View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14892_high_1 (Length: 995)

Name: NF14892_high_1
Description: NF14892
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14892_high_1
NF14892_high_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (17-986)||(39783044-39784013)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 850; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 850; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 986
Target Start/End: Original strand, 39783044 - 39784013
Alignment:
Q  17 cagtgtgctcctctgcaggcctttcaagatcaaatttgatttgagccttttcttgtccacctttataatgatgattagcattttgagttaaactaattgc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39783044 cagtgtgctcctctgcaggcctttcaagatcaaatttgatttgagtcttttcttgtccacctttatgatgatgattagcattttgagttaaactaattgc 39783143  T
Q  117 attcttgaagtaccattcttgttcttttacttcaactcctcttcttgcctccatattttgcatcagtatcttttgtattcgatacaaacgatgaagctcg 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  39783144 attcttgaagtaccattcttgttcttttacttcaactcctcttcttgcctccatattttgcatcagtatcttttgtattcgatacaaccgatgaagctcg 39783243  T
Q  217 tatacctgaaagaaaattctcgcaacactcaattgacgtatggttttnnnnnnngttctatgtttgccagtgtgcattcaagaacgactgatgcaacttc 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39783244 tatacctgaaagaaaattctcgcaacactcaattgacgtatggttttaaaaaaagttctatgtttgccagtgtgcattcaagaacgactgatgcaacttc 39783343  T
Q  317 aatcatagtcacaaactcgcatagacatcaaatggccgatgcagcttcaatattggtcgtgacatcaannnnnnngatgtctatgagtttttgactatga 416  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||    
T  39783344 aatcatagtcacagactcgcatagacatcaaatggccgatgcagcttcaatattggtcgtgacatcaatttttttgatgtctatgagtttttgactatga 39783443  T
Q  417 ttgaagctgcattggtcagtataagttatagcaaagacatatgcaacttcaatatcagtaacggagacatcaaataccttgaactactaatacttataga 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39783444 ttgaagctgcattggtcagtataagttatagcaaagacatatgcaacttcaatatcagtaatggagacatcaaataccttgaactactaatacttataga 39783543  T
Q  517 aagaataacgtggaggaatagatatagaagtacctgttgtttgaaagtttcttcatgctttaacatggccatcctcatgtattctttgtcacgtgaccta 616  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  39783544 aagaataacgtggaggaatagatatagaagtacctgttgtttgaaagtttcttcatgctttaacatggccatcctcatgtattctttgtcacatgaccta 39783643  T
Q  617 acaagcttctccatgaatgatcaatttagtttctatagaggctaactagttttgaaccttctttgtcccaagtttaccttcatacacaggttaagcttaa 716  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39783644 acaagcttctccatcaatgatcaatttagtttctatagaggctaactagttttgaaccttctttgtcccaagtttaccttcatacacaggttaagcttaa 39783743  T
Q  717 atgaggaaaattctaagagaatagagttatttatgtagaaaataggattgattctaggaaagcacataaatatttatggtctaattgattcttgaaacat 816  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39783744 atgaggaaaattctaagagaatagagttatttatatagaaaataggattgattctaggaaagcacataaatatttatggtctaattgattcttgaaacat 39783843  T
Q  817 tggcacaaaatgatggcatctacttccttttagtataatttgtctccttccaatactttggaccacatttgaatgaaactcatcnnnnnnnnnnnnnnta 916  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              ||    
T  39783844 tggcacaaaatgatggcatctacttccttttagtataatttgtctccttccaatactttggaccacatttgaatgaaactcatcaaaaaaataaaaaata 39783943  T
Q  917 tctcccgacaactttacctgttagtattttcctaccataataatagcttctcttatgtgtagatgatgtc 986  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  39783944 tctcccgacaactttacctgttagtattttcctaccataataatagcttctcttatgtgtatatgatgtc 39784013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University