View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14892_low_2 (Length: 732)

Name: NF14892_low_2
Description: NF14892
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14892_low_2
NF14892_low_2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-716)||(1067040-1067767)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 617; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 617; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 716
Target Start/End: Complemental strand, 1067767 - 1067040
Alignment:
Q  1 gagtacctcgtgcgtgtggttttgctttttatatgtttatagcagtgagtgtttttcttgtgagtagaattagcagtgttttccaaccaacattttcttg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1067767 gagtacctcgtgcgtgtggttttgctttttatatgtttatagtagtgagtgtttttcttgtgagtagaattagcagtgttttccaaccaacattttcttg 1067668  T
Q  101 caaaaaattagtgttgtgtccgatgttagaatttgtctcagttttatagtgtgattggttagtgtccattgtctggctatttttcatgaaaattcaggtg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1067667 caaaaaattagtgttgtgtccgatgttagaatttgtctcagttttatagtgtgattggttactgtccattgtctggctatttttcatgaaatttcaggtg 1067568  T
Q  201 taccgtgattggaaatttattcaattgtaaggtctggtttggaggcttttgattctaattgtttttgattggttagcaccagcatttctaaacaaatata 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  1067567 taccgtgattggaaatttattcaattgtaaggtctggtttggaggcttttgattctaattgtttttgattggttagcaccagcatttctaaacaaacata 1067468  T
Q  301 cttccgacatgtgttagcttgttgacgcccacaaaactgattccgagactcagcaagttaaaaccaatcttgaatgttggtgtctgaaaccgatacgaca 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||     |||||    
T  1067467 cttccgacatgtgttagcttgttgacgcccacaaaactgattccgagactcagcaagttgaaaccaatcttgaatgttggtgtctgaaac-----cgaca 1067373  T
Q  401 ctgacagtgtgacacattaggtcacaagcaactatgtcattttctcaaattattatgggagtcaatttgatagcaatagtgtcttgtccgatatgttcgt 500  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1067372 ctgacagtctgacacattgggtcacaagcaactatgtcattttctcaaattattatgggagtcaatttgatagcaatagtgtcttgtccgatatgttcgt 1067273  T
Q  501 atctatattagtgtttcatagtgattgagtttagttttgttactgtccattgtctggttatttttcatgaaatttcagatgtatagtggttggaaattta 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1067272 atctatattagtgtttcatagtgattgagtttagttttgttactgtccattatctggttatttttcatgaaatttcagatgtatagtggttggaaattta 1067173  T
Q  601 ctccattgaagttctttattaaacaatgttatgtttcgttttggcga-----------------tgtcgagacatgatggttttaatagcttggtgtcac 683  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  1067172 ttccattgaagttctttattaaacaatgttatgtttcgttttggcgatggtttgtagcaaccattgtcgagacatgatggttttaatagtttggtgtcac 1067073  T
Q  684 tttgtgatttggagtctgctatataatgtatct 716  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1067072 tttgtgatttggagtctgctatataatgtatct 1067040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University