View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14904_low_1 (Length: 906)

Name: NF14904_low_1
Description: NF14904
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14904_low_1
NF14904_low_1
[»] chr4 (21 HSPs)
chr4 (6-513)||(53995454-53995961)
chr4 (133-505)||(43137879-43138265)
chr4 (106-505)||(7290655-7291058)
chr4 (128-513)||(47681939-47682338)
chr4 (129-505)||(34458061-34458456)
chr4 (106-410)||(1458280-1458585)
chr4 (151-513)||(36444836-36445207)
chr4 (159-444)||(31763711-31763997)
chr4 (106-334)||(23601912-23602138)
chr4 (105-386)||(47304970-47305246)
chr4 (108-513)||(50689203-50689617)
chr4 (129-240)||(47764664-47764774)
chr4 (106-240)||(51084188-51084322)
chr4 (273-422)||(19902254-19902403)
chr4 (129-242)||(52255691-52255804)
chr4 (107-241)||(1180567-1180704)
chr4 (106-271)||(33881226-33881391)
chr4 (198-280)||(40712010-40712092)
chr4 (513-574)||(54157301-54157362)
chr4 (401-443)||(13611293-13611335)
chr4 (142-187)||(19902401-19902446)
[»] chr5 (16 HSPs)
chr5 (106-513)||(31335254-31335674)
chr5 (106-513)||(10541434-10541850)
chr5 (106-443)||(31302939-31303277)
chr5 (110-513)||(31223588-31224004)
chr5 (106-512)||(40897240-40897637)
chr5 (129-498)||(12621252-12621633)
chr5 (221-443)||(34583248-34583469)
chr5 (273-513)||(5926735-5926987)
chr5 (110-240)||(34583477-34583607)
chr5 (340-422)||(28376498-28376580)
chr5 (134-243)||(5926626-5926735)
chr5 (449-502)||(16719874-16719927)
chr5 (111-271)||(28283195-28283355)
chr5 (561-596)||(2074799-2074834)
chr5 (137-235)||(5863390-5863488)
chr5 (661-706)||(673827-673872)
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (110-505)||(9458610-9459018)
chr7 (106-513)||(5734098-5734519)
chr7 (137-443)||(26425126-26425432)
chr7 (106-312)||(4920142-4920348)
chr7 (106-423)||(3525930-3526247)
chr7 (191-443)||(21523678-21523930)
chr7 (109-392)||(27157523-27157804)
chr7 (254-386)||(12217984-12218117)
chr7 (106-222)||(21857756-21857872)
chr7 (441-513)||(4920027-4920099)
chr7 (127-186)||(5515681-5515740)
chr7 (401-443)||(9625911-9625953)
chr7 (195-241)||(9822404-9822450)
chr7 (195-241)||(10724329-10724375)
chr7 (109-150)||(12217849-12217890)
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (106-511)||(29442428-29442844)
chr8 (106-440)||(27209026-27209358)
chr8 (125-442)||(6635600-6635917)
chr8 (125-443)||(6627801-6628119)
chr8 (110-433)||(29909747-29910070)
chr8 (160-417)||(8109213-8109468)
chr8 (114-443)||(5938257-5938579)
chr8 (106-240)||(14266437-14266571)
chr8 (101-239)||(42279809-42279946)
chr8 (350-435)||(18421563-18421646)
chr8 (378-443)||(14858128-14858193)
chr8 (140-258)||(10582954-10583072)
chr8 (196-269)||(13582256-13582329)
[»] chr2 (32 HSPs)
chr2 (136-513)||(40355809-40356196)
chr2 (106-439)||(41534733-41535059)
chr2 (112-513)||(5305397-5305811)
chr2 (106-398)||(38855478-38855769)
chr2 (133-413)||(12068500-12068779)
chr2 (106-398)||(30487607-30487896)
chr2 (157-443)||(15440502-15440786)
chr2 (105-309)||(34639721-34639923)
chr2 (109-312)||(38119469-38119672)
chr2 (106-366)||(42472395-42472650)
chr2 (106-271)||(19089850-19090004)
chr2 (513-566)||(29156867-29156920)
chr2 (121-185)||(30617089-30617153)
chr2 (376-443)||(42472280-42472347)
chr2 (197-278)||(45571235-45571316)
chr2 (197-278)||(45574902-45574983)
chr2 (197-278)||(45578569-45578650)
chr2 (197-278)||(45582236-45582317)
chr2 (197-278)||(45585903-45585984)
chr2 (197-278)||(45589570-45589651)
chr2 (197-278)||(45593237-45593318)
chr2 (197-278)||(45596904-45596985)
chr2 (197-278)||(45600571-45600652)
chr2 (197-278)||(45604238-45604319)
chr2 (197-278)||(45607905-45607986)
chr2 (197-278)||(45611572-45611653)
chr2 (197-278)||(45615239-45615320)
chr2 (109-182)||(19284807-19284880)
chr2 (513-566)||(29156171-29156224)
chr2 (106-185)||(32980326-32980406)
chr2 (442-497)||(32256625-32256680)
chr2 (376-423)||(34639974-34640021)
[»] chr1 (21 HSPs)
chr1 (106-386)||(40708151-40708431)
chr1 (105-497)||(35361806-35362205)
chr1 (110-483)||(13640714-13641099)
chr1 (513-726)||(19990872-19991080)
chr1 (242-513)||(51126676-51126957)
chr1 (106-398)||(3289014-3289306)
chr1 (110-372)||(13260329-13260592)
chr1 (134-398)||(9856728-9856993)
chr1 (106-278)||(12569684-12569856)
chr1 (818-891)||(19990703-19990776)
chr1 (105-240)||(13142341-13142476)
chr1 (443-513)||(8770861-8770931)
chr1 (128-271)||(22680645-22680788)
chr1 (513-564)||(28314557-28314608)
chr1 (817-859)||(16072895-16072937)
chr1 (513-566)||(28313859-28313912)
chr1 (513-566)||(19990295-19990348)
chr1 (131-227)||(49831758-49831853)
chr1 (124-238)||(2753458-2753572)
chr1 (137-239)||(43403407-43403509)
chr1 (513-563)||(16073302-16073352)
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (106-440)||(692800-693132)
chr6 (106-440)||(22293236-22293570)
chr6 (105-398)||(16166566-16166859)
chr6 (110-483)||(22300177-22300562)
chr6 (105-303)||(4127218-4127415)
chr6 (242-443)||(15055375-15055576)
chr6 (165-302)||(16464069-16464206)
chr6 (109-229)||(6139120-6139240)
chr6 (254-443)||(6138939-6139117)
chr6 (441-513)||(4127457-4127529)
chr6 (364-443)||(16463964-16464043)
chr6 (138-261)||(17313890-17314013)
chr6 (110-185)||(29426727-29426802)
[»] chr3 (17 HSPs)
chr3 (513-727)||(48208188-48208399)
chr3 (109-398)||(53200267-53200555)
chr3 (106-443)||(54739603-54739940)
chr3 (105-443)||(9797931-9798244)
chr3 (133-413)||(44027771-44028047)
chr3 (814-891)||(48208024-48208101)
chr3 (125-240)||(1070969-1071084)
chr3 (513-566)||(54695674-54695727)
chr3 (106-242)||(4958007-4958143)
chr3 (513-566)||(54694949-54695002)
chr3 (200-268)||(43106278-43106347)
chr3 (526-566)||(263478-263518)
chr3 (128-240)||(50385564-50385667)
chr3 (441-513)||(9798258-9798330)
chr3 (121-271)||(50496168-50496319)
chr3 (513-566)||(33639630-33639683)
chr3 (513-566)||(48452934-48452986)
[»] scaffold0004 (1 HSPs)
scaffold0004 (128-240)||(33727-33839)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 436; Significance: 0; HSPs: 21)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 436; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 53995961 - 53995454
Alignment:
Q  6 atgtcgaagaatatataatacatcttttaagccgatcatattgtgaggacaattcgatttcagtggatagcgaagatgaagaaacaatatctatagcggc 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53995961 atgtcgaagaatatataatacatcttttaagccgatcatattgtgaggacaattcgattccagtggatagcgaagatgaagaaacaatatctatagcggc 53995862  T
Q  106 taggggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaag 205  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  53995861 taggggtgggaatgagccaggccaagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacttgtcaaag 53995762  T
Q  206 actttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgt 305  Q
     |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  53995761 gctttattttaagcctgacctgacctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacatagtttgt 53995662  T
Q  306 tcatcaaattgtttctcctttcaatttgtacaatgtactaaatatagagataaacattaattagatagagattaaactaatgaaacacaattgtaaaatt 405  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  53995661 tcatcaaattttttctcctttcaatttgtacaatgtactaaatatagagataaacattaattagatagagattaaactaatgacaaacaattgtaaaatt 53995562  T
Q  406 tatagatggatagaaactccagaataatcatgtctgatttcaaacttaatctaataaccatacttgaccttaggcataccagtagcaagccttaacagtt 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||    
T  53995561 tatagatggatagaaactccagaataatcatgtttgatttcaaacttaatctaataatcatacttgaccttaggcatatcagtagcaagctttaacaatt 53995462  T
Q  506 gacacaaa 513  Q
     |||||||    
T  53995461 cacacaaa 53995454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 133 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 43138265 - 43137879
Alignment:
Q  133 cgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaagactttattttaagcctggcctgacctt 232  Q
    ||||||||| |||| |||| | |||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  43138265 cgggctttgtttaagtaggtttggcctagttgaaaaaattgaggcctaagccttggccttttatcagtcaaagactttattttaagtctggcctgacctt 43138166  T
Q  233 tttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgttcatcaaattgtttctcctttcaattt 332  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||   ||||||||||    
T  43138165 tttaaaagtctggtctgaccaattagcctgtttaaaagcctagtttgtgttacaaatttcaaacagagttagttcatcaattttttttcactttcaattt 43138066  T
Q  333 gtacaatgtactaaatat--agagataaacattaattagatagagattaaactaatgaaacacaattgtaaaatttatagatggatagaaactccagaat 430  Q
    || |||  |||| |||||  |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  43138065 gtgcaacatacttaatatagagagataaacattaattagatacatattaaactaatgaaacacaattgtaaaatttatagatggataaaaactcaagaat 43137966  T
Q  431 aatcatgtct------------gatttcaaacttaatctaataaccatacttgaccttaggcataccagtagcaagccttaacagtt 505  Q
    |||||||| |            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  43137965 aatcatgtgtgataacaacaaagatttcaaacttaatctaataaccatacttgaccttaagcatatcagtagcaagccttaacagtt 43137879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 106 - 505
Target Start/End: Original strand, 7290655 - 7291058
Alignment:
Q  106 taggggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaag 205  Q
    |||||||| ||||||||  ||||||||||| ||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||| || |||||| |||||||||    
T  7290655 taggggtgagaatgagctgggccgagccggactttggttaaataggctaggtttagttgaaaaaactaaagcctaagccttggtcttttatctgtcaaag 7290754  T
Q  206 actttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgt 305  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||| |||    
T  7290755 actttattttaagcctgacctgacctttttaaaagtctggcctgacctattagcctgcctaaaagcctagtttgtgttacaaatttcaaacatagtatgt 7290854  T
Q  306 tcatcaaattgtttctcctttcaatttgtacaatgtactaaatatagagataaacattaattagatagagattaaactaatgaaacacaattgtaaaatt 405  Q
    || || |||| ||| |||||||||||||| |||   ||| ||||||||||||||||||||||||||| | | | ||||||| ||||||||||||||||||    
T  7290855 tcttc-aattttttgtcctttcaatttgtgcaacacacttaatatagagataaacattaattagatacaaaat-aactaataaaacacaattgtaaaatt 7290952  T
Q  406 tatagatggatagaaactccagaataatcatgt-----------ctgatttcaaacttaatctaataaccatacttgaccttaggcataccagtagcaag 494  Q
    ||||||||||| | |     |||||||||||||             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  7290953 tatagatggatcgta-----agaataatcatgttgataacaacaaggatttcaaacttaatctaataaccatacttgaccttaggcatatcagtagcaag 7291047  T
Q  495 ccttaacagtt 505  Q
    |||||||||||    
T  7291048 ccttaacagtt 7291058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 182; E-Value: 6e-98
Query Start/End: Original strand, 128 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 47682338 - 47681939
Alignment:
Q  128 cgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaa---gcctaggccttttacctgtcaaagactttattttaagcctggc 224  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||   | || | ||||||||||||||||   ||||||||||| |||||    
T  47682338 cgagccggg-tttgcttaaatagactaggcctagtagaaaaaaccaaggcataataagtcttgaccttttacctgtcaaatgttttattttaagtctggc 47682240  T
Q  225 ctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgttcatcaaattgtttctcct 324  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||  || ||||  ||    
T  47682239 ctggcctttttaaaagtctggtctgacctattagtctgtctaaaagcctagtttatgttacaaatttcaaacagaatcggttcatcagtttttttc--ct 47682142  T
Q  325 ttcaatttgtacaatgta--ctaaatatagagataaacattaattagatagagattaaactaatgaaacacaattgtaaaatttatagatggatagaaac 422  Q
    |||||||| | ||| |||  || ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  47682141 ttcaatttatgcaacgtatacttaatatagagataaacattaattagatacaaattaaactaatgaaacacaattgtaaaatttatagatggataaaaac 47682042  T
Q  423 tccagaataatcatgtct------------gatttcaaacttaatctaataaccatacttgaccttaggcataccagtagcaagccttaacagttgacac 510  Q
    || |||||||||||||||            |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||    
T  47682041 tcaagaataatcatgtctgataacaacaaggatttcaaacttaatctaataatcatacttgaccttaggcatatcagtagcaagctttaacagttcacac 47681942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 180; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 129 - 505
Target Start/End: Original strand, 34458061 - 34458456
Alignment:
Q  129 gagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaagactttattttaagcctggcctga 228  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||| |    
T  34458061 gagccggactttgcttaaataggctaggcatagttgaaaaaactaagacctaagccttggccttttaccagtcaaagactttattttaagtttggcctaa 34458160  T
Q  229 cctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgttcatcaa-attgtttctcctttc 327  Q
    ||||||||||||||||  ||| || |||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| ||| | ||||||||||  |||||| |||||||    
T  34458161 cctttttaaaagtctggcctgtcctattagcctgtctaaaagcctagtttacgttacgaatttcaaaaagaatatgttcatcaattttgtttttcctttc 34458260  T
Q  328 aatttgtacaatgtactaaatatagagata------aacattaattagatagagattaaactaatgaaacacaattgtaaaatttatagatggatagaaa 421  Q
    ||||||| |||  |||| |||||| |||||      ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  34458261 aatttgtgcaacatacttaatataaagataaacattaacattaattagatacaaattaaactaatgaaacatagttgtaaaatttatagatggatagaaa 34458360  T
Q  422 ctccagaataatcatgtct------------gatttcaaacttaatctaataaccatacttgaccttaggcataccagtagcaagccttaacagtt 505  Q
    ||| |||||||||||||||            ||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||| || ||||||||||||| ||||    
T  34458361 ctcaagaataatcatgtctgataacaacaaggatttcaaacttaatctaataaccccacttaaccttaggcatatcaatagcaagccttaatagtt 34458456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 171; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 106 - 410
Target Start/End: Original strand, 1458280 - 1458585
Alignment:
Q  106 taggggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaag 205  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  1458280 taggggtgggaatgagccggggcgagccgggctttgcttaaataggttaggtcttgttgaaaaaactaaggcctaagtcttggccttttacctgtcaaag 1458379  T
Q  206 actttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttac-aaatttcaaacagagtttg 304  Q
    | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||| | | |||||||||||||||| ||    
T  1458380 attttattttaagcctgacctgacctttttaaaagtctggtctgacctattagtctgtctaaaagcctagtttatgatgcaaaatttcaaacagagtatg 1458479  T
Q  305 ttcatcaa-attgtttctcctttcaatttgtacaatgtactaaatatagagataaacattaattagatagagattaaactaatgaaacacaattgtaaaa 403  Q
    ||||| || |     || ||||||||||||| |||  |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1458480 ttcataaataaaaaatc-cctttcaatttgtgcaacatacttaatatagagataaacattaattagatacagattaaactaatgaaacacaattgtaaaa 1458578  T
Q  404 tttatag 410  Q
    | |||||    
T  1458579 tatatag 1458585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 160; E-Value: 9e-85
Query Start/End: Original strand, 151 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 36445207 - 36444836
Alignment:
Q  151 gctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaagactttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctga 250  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||||| |  | ||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||| || ||||||    
T  36445207 gctaggtctagttgaaaaaactaaggcgtaagctttagtcttttacatgtcaaagactttattttaagtctggtctggcctttttaaaagcctaatctga 36445108  T
Q  251 cccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgttcatcaaattgtttctcctttcaatttgtacaatgtactaaatat 350  Q
    || |||| |||||  |||||| |||||| |||||||||||| ||| ||| | |||||||||| || |||||   |||||||||| ||| ||||| |||||    
T  36445107 cctattaacctgttcaaaagcctagtttgtgttacaaattttaaagagaatctgttcatcaatttttttct---ttcaatttgtgcaacgtacttaatat 36445011  T
Q  351 agagataaacattaattagatagagattaaactaatgaaacacaattgtaaaatttatagatggatagaaactccagaataatcatgtc----------- 439  Q
    ||| |||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||               
T  36445010 agatataaacattaattagatacaaattaaactaataaaacacaagtgtaaaatttatagatggatagaaactcaagaataatcatgtcagataacaaca 36444911  T
Q  440 -tgatttcaaacttaatctaataaccatacttgaccttaggcataccagtagcaagccttaacagttgacacaaa 513  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||| ||||| |||| |||||||    
T  36444910 aggatttcaaacttaatctaataaccatacttgaccttagacaaatcagtagcaagtcttaatagttcacacaaa 36444836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 147; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 159 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 31763997 - 31763711
Alignment:
Q  159 tagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaagactttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattag 258  Q
    |||||||||||||||||||||||||||   ||||||| |  |||||||||||||||||||  || ||| || ||||||||||||| |||||||| | |||    
T  31763997 tagttgaaaaaactaaggcctaagccttaaccttttatccatcaaagactttattttaagtgtgacctaacatttttaaaagtctaatctgacctactag 31763898  T
Q  259 cctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgttcatcaaattgtttctccttt-caatttgtacaatgtactaaatatagagata 357  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||   |||||||| || | | |||||| |||||||| ||| ||||| ||| ||||||||    
T  31763897 cctgtctaaaagcttagtttgtgttacaaatttcaagcagtgtccattcatcaatttttctttccttttcaatttgtgcaacgtacttaatgtagagata 31763798  T
Q  358 aacattaattagatagagattaaactaatgaaacacaattgtaaaatttatagatggatagaaactccagaataatcatgtctgatt 444  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  31763797 aacattaattagatacacattaaactaataaaacacaatcgtaaaatttatagatggatagaaactcaagaataatcatgtctgatt 31763711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 142; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 106 - 334
Target Start/End: Original strand, 23601912 - 23602138
Alignment:
Q  106 taggggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaag 205  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  23601912 taggggtgggaatgagcctggccgagtcgggctttgcttaaataggctagacctagttgaaaaaactaaggcctaagccttgaccttttacctgtcaaag 23602011  T
Q  206 actttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgt 305  Q
     |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||  |||||| |||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| | |||    
T  23602012 gctttattttaagtctggcctgacctttttaaaagcctggcctgacctattagcttgtctaaaagcctagtttgtgttacaaatttcaaacagaatatgt 23602111  T
Q  306 tcatcaaattgtttctcctttcaatttgt 334  Q
    ||||| |  | ||| ||||||||||||||    
T  23602112 tcatcga--tttttttcctttcaatttgt 23602138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 139; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 105 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 47305246 - 47304970
Alignment:
Q  105 ctaggggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaa-ctaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaa 203  Q
    |||||||||||||||||    |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| | | |||||||||| ||||    
T  47305246 ctaggggtgggaatgag----gccgagccggactttgattaaataggctaggcctagttgaaaaaaactaaagcctaagcattgaccttttacctatcaa 47305151  T
Q  204 agactttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagttt 303  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||| || |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  47305150 agactttattttaagcctaacctgacctttttaaaagtctgacctggcctattagcttgtctaaaagcctagtttatgttacaaatttttaacagagttt 47305051  T
Q  304 gttcatcaaattgtttctcctttcaatttgtacaatgtactaaatatagagataaacattaattagatagagattaaactaat 386  Q
    |||||| ||  | ||| | |||||||||| | ||| ||||| |||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||    
T  47305050 gttcattaa--ttttttttctttcaatttatgcaacgtacttaatatagagataaacattaattaggtacaaattaaactaat 47304970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 120; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 108 - 513
Target Start/End: Original strand, 50689203 - 50689617
Alignment:
Q  108 ggggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaagac 207  Q
    ||||||||||||| || | |||| |||| |||||||||||||||   | ||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||| ||||||| ||    
T  50689203 ggggtgggaatgatccggaccgaaccggactttgcttaaataggtctgacctagttgaaaaaactaaggcttaagccttggtcttttacttgtcaaacac 50689302  T
Q  208 tttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgttc 307  Q
    |||||||| || ||||     |||||| ||||| |||| |||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||   ||    
T  50689303 tttattttgagtctgg-----ccttttcaaaagcctgacctgacctattagcctgtctaaaagcctagtttgtgttacaaatttcaaatagagttcagtc 50689397  T
Q  308 atcaaattgtttctcctttcaatttgtacaatgtactaaa--tatagagataaacattaattagatagagattaaactaatgaaacacaattgtaaaatt 405  Q
    ||| | || | | || ||||||||||| |||   ||| ||  || ||||||||||| |||||||||| | ||||||||||| ||||||| | ||||||||    
T  50689398 atccatttttctttcttttcaatttgtgcaacacacttaatgtagagagataaacaataattagatacatattaaactaataaaacacagtcgtaaaatt 50689497  T
Q  406 tatagatggatagaaactccagaataatcatgtct------------gatttcaaacttaatctaataaccatacttgaccttaggcataccagtagcaa 493  Q
    || |||||||||||||||| |||||||| || |||            ||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||  |||| |||    
T  50689498 tacagatggatagaaactcaagaataattatatctgataacaagaaggatttcaaacttaatctgataatcatacttaaccttaggcatattagtaccaa 50689597  T
Q  494 gccttaacagttgacacaaa 513  Q
    |||| || |||| |||||||    
T  50689598 gcctcaaaagttcacacaaa 50689617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 80; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 129 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 47764774 - 47764664
Alignment:
Q  129 gagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaagactttattttaagcctggcctga 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| | |||| |||||||||||| ||| |||||    
T  47764774 gagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcct-agccttggccttttaccttttaaaggctttattttaagtctgacctga 47764676  T
Q  229 cctttttaaaag 240  Q
    ||||||||||||    
T  47764675 cctttttaaaag 47764664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 106 - 240
Target Start/End: Original strand, 51084188 - 51084322
Alignment:
Q  106 taggggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaag 205  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||| |||  ||  | ||||||||    
T  51084188 taggggtgggaatgagccgggccgagccgagctttgcttaaataggccgggcctagttgaaaaaactaaagcctaagcctgggctattagcatgtcaaag 51084287  T
Q  206 actttattttaagcctggcctgacctttttaaaag 240  Q
     ||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  51084288 gctttattttaagcctggcctagcctttttaaaag 51084322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 273 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 19902403 - 19902254
Alignment:
Q  273 tagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgttcatcaaattgtttctcctttcaatttgtacaatgtactaaatatagagataaacattaattagata 372  Q
    |||||| |||||||||||| ||| | ||| |||||||||| || | | || ||||||||| | |||  |||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  19902403 tagtttgtgttacaaattttaaatatagtatgttcatcaatttatctttcttttcaatttatgcaacatacttaatatatagataaacattaattagata 19902304  T
Q  373 gagattaaactaatgaaacacaattgtaaaatttatagatggatagaaac 422  Q
     | |||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||  ||||||||    
T  19902303 taaattaaattaataaaacataattgtaaaatttatagataaatagaaac 19902254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 129 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 52255804 - 52255691
Alignment:
Q  129 gagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttac-ctgtcaaagactttattttaagcctggcctg 227  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||  | ||||||||||||||||| || |||| || ||||| |||  ||||||||| ||||||||||||  |||| ||    
T  52255804 gagccggactttgtttaaataggctgaggctagttgaaaaaactaaagcttaagtct-ggcctattagtctgtcaaaggctttattttaagtttggcttg 52255706  T
Q  228 acctttttaaaagtc 242  Q
    |||||||||||||||    
T  52255705 acctttttaaaagtc 52255691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 107 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 1180704 - 1180567
Alignment:
Q  107 aggggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaa---gcctaggcctttta-cctgtca 202  Q
    ||||||||||||||||| ||  |||  ||||||||||||||||||    || |||||||||||||| | | ||||   |||| ||||| ||| |||||||    
T  1180704 aggggtgggaatgagccgggttgagttgggctttgcttaaataggtcgagcatagttgaaaaaactgaagtctaataagcct-ggcctattagcctgtca 1180606  T
Q  203 aagactttattttaagcctggcctgacctttttaaaagt 241  Q
    ||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  1180605 aaggctttattttaagtctgacctgacctttttaaaagt 1180567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 106 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 33881391 - 33881226
Alignment:
Q  106 taggggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggcctttta-cctgtcaaa 204  Q
    |||||||||||||  | | ||| ||||||| |||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||| | ||||| || ||| | |||  ||||||||    
T  33881391 taggggtgggaataggtcgggctgagccggactttccttaaataggtcaggcctagttgaaaaaactaaaggctaagtct-ggcatattagtctgtcaaa 33881293  T
Q  205 gactttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagc 271  Q
    | |||||||||||  ||  |||||| |||||||||| | || ||| |  ||||| ||||||||||||    
T  33881292 ggctttattttaaaactaacctgacatttttaaaagcccgaactggcatattagtctgtctaaaagc 33881226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 198 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 40712092 - 40712010
Alignment:
Q  198 tgtcaaagactttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttat 280  Q
    |||| |||||||||||||||   ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| | | ||||||| || |||||    
T  40712092 tgtccaagactttattttaactatggtctgacctttttaaaagtctgatctgacctattagcatatgtaaaagcctaatttat 40712010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 513 - 574
Target Start/End: Original strand, 54157301 - 54157362
Alignment:
Q  513 aagagtaactcaaaagagttactccaaatcttaacccttcatcttaataataataattaatg 574  Q
    |||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||| ||||||    
T  54157301 aagagtaagtctaaagacttactccaaatcttgacccttcattttaataacaatagttaatg 54157362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 401 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 13611335 - 13611293
Alignment:
Q  401 aaatttatagatggatagaaactccagaataatcatgtctgat 443  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||    
T  13611335 aaatttatagatggatagaaactcaagaataataatgtatgat 13611293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 142 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 19902446 - 19902401
Alignment:
Q  142 cttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctag 187  Q
    |||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  19902446 cttaaatagattatgcctagttgaaaaaactaaggcctaagtctag 19902401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 244; Significance: 1e-135; HSPs: 16)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 106 - 513
Target Start/End: Original strand, 31335254 - 31335674
Alignment:
Q  106 taggggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaag 205  Q
    |||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  31335254 taggggtgggaatgagctgggccgagtcgggctttgcttaaataggctaggccttgttgaaaaaactaaggcctaagctttggccttttacctgtcaaag 31335353  T
Q  206 actttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgt 305  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||   |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  31335354 actttattttaagcttggtctgacctttttaaaagtctagcctgacctattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcgaacagagtatgt 31335453  T
Q  306 tcatcaa-attgtttctcctttcaatttgtacaatgtactaaatatagagataaacattaattagatagagattaaactaatgaaacacaattgtaaaat 404  Q
    |||||||  || ||| |||||||||||||| ||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  31335454 tcatcaattttttttttcctttcaatttgtgcaacgtacttaatatagatataaacattaattagatacatattaaactaatgaaacacaattataaaat 31335553  T
Q  405 ttatagatggatagaaactccagaataatcatgtct------------gatttcaaacttaatctaataaccatacttgaccttaggcataccagtagca 492  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||| ||||||            |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  31335554 ttatagatggatagaaactcaaaaataataatgtctgataacagcaaggatttcaatcttaatctaataaccatactggaccttaggcatatcagtagca 31335653  T
Q  493 agccttaacagttgacacaaa 513  Q
    ||| ||||||||| |||||||    
T  31335654 agcattaacagttcacacaaa 31335674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 106 - 513
Target Start/End: Original strand, 10541434 - 10541850
Alignment:
Q  106 taggggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaag 205  Q
    |||| ||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||    
T  10541434 taggagtgggaatgagcatggccgagccggactttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagccttgaccttttacttgtcaaag 10541533  T
Q  206 actttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgt 305  Q
     |||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |   ||||| |||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  10541534 gctttattttaattctggcctgacctttttaaaagtcaggcatgacctattagcctgtctaaaagcctagttagtgttacaaatttcaaacagagtttgt 10541633  T
Q  306 tcatcaaattgtttctcctttcaatttgtacaatgtactaaatatagagataaacattaattagatagagattaaactaatgaaacacaattgtaaaatt 405  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||||||| ||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10541634 tcatc-aattttttc-actttcaatttgtgcaacgtacttaatatagaaattaacattaattagatacatattaaactaatgaaacacaattgtaaaatt 10541731  T
Q  406 tatagatggatagaaactccagaataatcatgtct------------gatttcaaacttaatctaataaccatacttgaccttaggcataccagtagcaa 493  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |            ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |    
T  10541732 tatagatggatagaaactcaagaataatcatgtgtgataacaacaaggatttcaaacttaatctaataaccatacttgactttaggcatatcagtagc-a 10541830  T
Q  494 gccttaacagttgacacaaa 513  Q
    |||||||||| | |||||||    
T  10541831 gccttaacagatcacacaaa 10541850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 106 - 443
Target Start/End: Original strand, 31302939 - 31303277
Alignment:
Q  106 taggggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaacta--aggcctaagcctaggccttttacctgtcaa 203  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||| | ||||||||| |||||||    
T  31302939 taggggtgggaatgagccgggccgagccgggctttgcttaaataggctaggccttgttgaaaaaactataaggcctaagcattggccttttatctgtcaa 31303038  T
Q  204 agactttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagttt 303  Q
    || |||||||||||   ||| ||||||||||||||||||||  || ||| |||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  31303039 aggctttattttaaatttggtctgacctttttaaaagtctggcctaacctattaacctgtctaaaaacctagtttatgttacaaatttcgaacagagtat 31303138  T
Q  304 gttcatcaaattgtttctcctttcaatttgtacaatgtactaaatatagagataaacattaattagatagagattaaactaatgaaacacaattgtaaaa 403  Q
    ||||||||| || ||| |||||||||||||| |||  |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||    
T  31303139 gttcatcaattttttt-tcctttcaatttgtgcaacatacttaatatagagataaacattaattagatacagattaaactaatgaaacacaattatcaaa 31303237  T
Q  404 tttatagatggatagaaactccagaataatcatgtctgat 443  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||| || ||||||    
T  31303238 tttatagatggatagaaactcaaaaataataatatctgat 31303277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 183; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 110 - 513
Target Start/End: Original strand, 31223588 - 31224004
Alignment:
Q  110 ggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaagactt 209  Q
    ||||| |||||||| |||||||  ||| ||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||| |||||| | || ||||||||||||||||||||    
T  31223588 ggtggaaatgagccgggccgagatgggttttgcttaaatagactaggcctcattgaaaaaactaaggtctaagctttggtcttttacctgtcaaagactt 31223687  T
Q  210 tattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtcta--aaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgttc 307  Q
    |||||||    |||| |||||||||||||||||||   ||||| |||||||||||||  ||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  31223688 tattttagtattggcatgacctttttaaaagtctggcatgacctattagcctgtctaataaagcctagtttatgctacaaatttcaaagagagtttgttc 31223787  T
Q  308 atcaaattgtttctcctttcaatttgtacaatgtactaaatatagagataaacattaattagatag--agattaaactaatgaaacacaattgtaaaatt 405  Q
    ||||| || |||   |||||||||||| |||  |||| |||||| ||||||||||||||||||| |  | |||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  31223788 atcaattttttt---ctttcaatttgtgcaacatacttaatataaagataaacattaattagattgcaaaattatactaatgaaacacaattataaaatt 31223884  T
Q  406 tatagatggatagaaactccagaataatcatgtct------------gatttcaaacttaatctaataaccatacttgaccttaggcataccagtagcaa 493  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  31223885 tatagatggatagaaactcaagaataatcatgtctgataacagtaaggatttcaaacttaatctaataaccatacttgaccttaggcatatcactagcaa 31223984  T
Q  494 gccttaacagttgacacaaa 513  Q
    ||||||| |||| |||||||    
T  31223985 gccttaatagttcacacaaa 31224004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 180; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 106 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 40897637 - 40897240
Alignment:
Q  106 taggggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaag 205  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||| |||| ||||||||||    
T  40897637 taggggtgggaatgagccgggccgagtcgggctttgcttaaataggctaggccttgttgaaaaaactaaagcctaagccttggctttttgcctgtcaaag 40897538  T
Q  206 actttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgt 305  Q
     ||||||||||                      |||||| ||||||| ||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||    
T  40897537 gctttatttta----------------------agtctgttctgacctattagtctgtctaaaagcctaatttatgttacaaatttcaaacagagtatgt 40897460  T
Q  306 tcatcaaattgtttct-cctttcaatttgtacaatgtactaaatatagagataaacattaattagatagagattaaactaatgaaacacaattgtaaaat 404  Q
    ||||||| || ||| | ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  40897459 tcatcaattttttttttcctttcaatttgtgcaatgtacttaatatagagataaacattaattagatacagattaagttaatgaaacacaattgtaaaat 40897360  T
Q  405 ttatagatggatagaaactccagaataatcatgtctg------------atttcaaacttaatctaataaccatacttgaccttaggcataccagtagca 492  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||            ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| | ||||||    
T  40897359 ttatagacggatagaaactcaagaataatcatgtttgataacagcaagaatttcaaacttaatcaaataaccatacttgaccttagacatatcggtagca 40897260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 165; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 129 - 498
Target Start/End: Original strand, 12621252 - 12621633
Alignment:
Q  129 gagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaagactttattttaagcctggcctga 228  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||||||| |||||||||||| ||||  ||     
T  12621252 gagccggactttgcttaaataggctaggtttagttgaaaaaattaaggcctaagccttgatcttttacctgtcaaaggctttattttaagtctggtttgg 12621351  T
Q  229 cctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgttcatcaaattgtttctcctttca 328  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||| || | ||||||| |||||| | |||||||||||||||| ||| | |||||||||     | || |||||    
T  12621352 cctttttaaaagtctgacctgacctattagtctttttaaaagcctagtttgtattacaaatttcaaacacagtcttttcatcaaaaaaaatttcttttca 12621451  T
Q  329 atttgtacaatgtactaaatatagagataaacattaattagatagagattaaactaatgaaacacaattgtaaaatttatagatggatagaaactccaga 428  Q
    |||||| | |  |||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  12621452 atttgtgcgacatacttaatatagagataaacattaattagatacaaattaaactaataaaatacaattgtaaaatttatagatggatagaaactcaaga 12621551  T
Q  429 ataatcatgtct------------gatttcaaacttaatctaataaccatacttgaccttaggcataccagtagcaagcctt 498  Q
    ||||||||||||            |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||    
T  12621552 ataatcatgtctgataacaacaaggatttcaaacctaatctaataaccatacttgagcttagacatatcagtagcaagcctt 12621633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 119; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 221 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 34583469 - 34583248
Alignment:
Q  221 tggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgttcatcaaattgtttc 320  Q
    ||||||| |||||||||||| |||   || || |||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||| ||||| |||||||||| || ||||    
T  34583469 tggcctggcctttttaaaagcctggcttggcctattagcctgtctaaaagcctagtttgtcttacaaatttcaaatagagtctgttcatcaattt-tttc 34583371  T
Q  321 tcctttcaatttgtacaatgtactaaatatagagataaacattaattagatagagattaaactaatgaaacacaattgtaaaatttatagatggatagaa 420  Q
    |||||||||||||| ||| ||||| |||||| ||||||| |||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  34583370 tcctttcaatttgtgcaacgtacttaatataaagataaatattaattagatacaaattaaactaataaaacacaattgtaaaatgtatagatgggtagaa 34583271  T
Q  421 actccagaataatcatgtctgat 443  Q
    |||| ||||||||||||||||||    
T  34583270 actcaagaataatcatgtctgat 34583248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 100; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 273 - 513
Target Start/End: Original strand, 5926735 - 5926987
Alignment:
Q  273 tagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgttcatcaaattgtttctcctttcaatttgtacaatgtactaaatatagagataaacattaattagata 372  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||   | |  |||  |||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  5926735 tagtttgtgttacaaatttcaaacagagtatgttcatcaattttcatttattttttatttgtgcaacgtactaaatataaagataaacattaattagata 5926834  T
Q  373 gagattaaactaatgaaacacaattgtaaaatttatagatggatagaaactccagaataatcatgtct------------gatttcaaacttaatctaat 460  Q
     | ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||            |||||||||||||| |||||    
T  5926835 caaattaaactaataaaaaacaattgtaaaatttatagatggattggaactcaagaataatcatgtctcataaaaacgaagatttcaaacttaaactaat 5926934  T
Q  461 aaccatacttgaccttaggcataccagtagcaagccttaacagttgacacaaa 513  Q
    |||||||||| || |||| ||||  |||||||||||||||||||| |||||||    
T  5926935 aaccatacttaacattagacatattagtagcaagccttaacagttcacacaaa 5926987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 95; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 110 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 34583607 - 34583477
Alignment:
Q  110 ggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaagactt 209  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||  || |||    
T  34583607 ggtgggaatgagccgggccgagccgggctttacttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaagacctaagccttggccttttagctgtcggaggctt 34583508  T
Q  210 tattttaagcctggcctgacctttttaaaag 240  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  34583507 tattttaagcctggcctggcctttttaaaag 34583477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 340 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 28376580 - 28376498
Alignment:
Q  340 gtactaaatatagagataaacattaattagatagagattaaactaatgaaacacaattgtaaaatttatagatggatagaaac 422  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||| ||  |||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  28376580 gtacttaatatatagataaacattaattaaatgcagattaaattaataaaacataattgtaaaatttatagatggataaaaac 28376498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 134 - 243
Target Start/End: Original strand, 5926626 - 5926735
Alignment:
Q  134 gggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaagactttattttaagcctggcctgaccttt 233  Q
    ||||||||||| |||||   || ||||||||||||||||||| | ||||||| | | ||||| || ||||| |||||||||||||  ||||||||||||     
T  5926626 gggctttgctttaatagatcagacctagttgaaaaaactaagacataagccttgactttttatctatcaaatactttattttaagtttggcctgacctta 5926725  T
Q  234 ttaaaagtct 243  Q
    ||||||||||    
T  5926726 ttaaaagtct 5926735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 449 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 16719927 - 16719874
Alignment:
Q  449 acttaatctaataaccatacttgaccttaggcataccagtagcaagccttaaca 502  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || | |||||||||||||    
T  16719927 acttaatctaataatcatacttgaccttaggcatatcaatcgcaagccttaaca 16719874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 111 - 271
Target Start/End: Original strand, 28283195 - 28283355
Alignment:
Q  111 gtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaagacttt 210  Q
    ||||||||||||  || | ||||||  |||||||||||||||   |||||||| ||||| |||| |  |||| || | |  || |||||||||||  |||    
T  28283195 gtgggaatgagctgggtccagccggattttgcttaaataggccgagcctagttaaaaaagctaaagtttaagtctggtctattaacctgtcaaaggtttt 28283294  T
Q  211 attttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagc 271  Q
    |||||||| ||| |||||| ||||||||||||  |  || || ||||||||||||||||||    
T  28283295 attttaagtctgacctgacttttttaaaagtccaacttggcctattagcctgtctaaaagc 28283355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 561 - 596
Target Start/End: Original strand, 2074799 - 2074834
Alignment:
Q  561 aataataattaatggccaagattaattactaataat 596  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2074799 aataataattaatggctaagattaattactaataat 2074834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 137 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 5863488 - 5863390
Alignment:
Q  137 ctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggcctttta-cctgtcaaagactttattttaagcctggcctgaccttttt 235  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||| ||||||| || |  || ||| | |||||||||||||||||||||  |||  ||||||||||    
T  5863488 ctttgcttaaataggtcaggcctagttgaaaaaaataaagcctaag-cttgatctattagcttgtcaaagactttattttaagtttggtatgaccttttt 5863390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 661 - 706
Target Start/End: Original strand, 673827 - 673872
Alignment:
Q  661 tccctttcaacctcgttgagtttcgtggcaatggcacacacacctt 706  Q
    |||||||||||||| |||  ||||||||||||| ||||||||||||    
T  673827 tccctttcaacctctttgcatttcgtggcaatgccacacacacctt 673872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 224; Significance: 1e-123; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 110 - 505
Target Start/End: Original strand, 9458610 - 9459018
Alignment:
Q  110 ggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaagactt 209  Q
    |||||||||||| | | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||   |    
T  9458610 ggtgggaatgagtcggaccgagccgggcttttcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagccttgaccttttacctgtcaaaggtct 9458709  T
Q  210 tattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgttcat 309  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  9458710 tattttaagcttggcctgacctttttaaaagtctggcctgacctattagcttgtctaaaagcctagtttatgttacaaatttcaaaaagagtatgttcat 9458809  T
Q  310 -caaattgtttctcctttcaatttgtacaatgtactaaatatagagataaacattaattagatagagattaaactaatgaaacacaattgtaaaatttat 408  Q
      |||    |  |||||||||||||| ||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9458810 aaaaaaaaatattcctttcaatttgtgcaacgtacttaatatagatataaacattaattagatacaaattaaactaatgaaacacaattgtaaaatttat 9458909  T
Q  409 agatggatagaaactccagaataatcatgtctg------------atttcaaacttaatctaataaccatacttgaccttaggcataccagtagcaagcc 496  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  9458910 agatggatggaaactcaagaataatcatgtctgataaaagcaagaatttcaaacttaatctaataaccatacttgaccttaggcatatcagtagcaagcc 9459009  T
Q  497 ttaacagtt 505  Q
    |||| ||||    
T  9459010 ttaaaagtt 9459018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 184; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 106 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 5734519 - 5734098
Alignment:
Q  106 taggggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaag 205  Q
    ||||| ||| |||||||| || |||||||  ||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||| || | |||||||||||||||||    
T  5734519 tagggatggaaatgagccgggtcgagccgaactttgcttaaataggataggtctagttgaaaaaattaaggcctaagtcttgaccttttacctgtcaaag 5734420  T
Q  206 actttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgt 305  Q
     ||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||| |||  || |||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| | | |||    
T  5734419 gctttattttaagccttgccagacctttttaaaaatctggtctagcctattagcatgtctaaaagcctagtttatattacaaatttcaaacaaaatatgt 5734320  T
Q  306 tcatcaaattgtttctcctttcaatttgtacaatgtact---aaatatagagataaacattaattagatagagattaaactaatgaaacacaattgtaaa 402  Q
    ||||| | || ||| | ||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5734319 tcatc-atttttttgttctttcaatttgtacaatgtacttaataatatagagataaacattaatcagatacagattaaactaatgaaacataattgtaaa 5734221  T
Q  403 atttatagatggatagaaactccagaataatcatgtct------------gatttcaaacttaatctaataaccatacttgaccttaggcataccagtag 490  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||| |||||| |            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||    
T  5734220 atttatagatgtatagaaactcaagaatagtcatgtttgataacaacaaggatttcaaacttaatctaataaccatacttgaccttaagcatataagtag 5734121  T
Q  491 caagccttaacagttgacacaaa 513  Q
    ||| |||||||| || |||||||    
T  5734120 caaaccttaacatttcacacaaa 5734098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 147; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 137 - 443
Target Start/End: Original strand, 26425126 - 26425432
Alignment:
Q  137 ctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaagactttattttaagcctggcctgaccttttta 236  Q
    |||||||||||||    |||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||  || |||||||||||||    
T  26425126 ctttgcttaaataattcaggcttagttgaaaaaactaaggcttaagccttggccttttacctgtcaaaagctttattttaagtttgacctgaccttttta 26425225  T
Q  237 aaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgttcatcaaattgtttctcctttcaatttgtac 336  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||||  | |||| |||||||||||||||| |||||   |||||| | || | | || ||||||||||| |    
T  26425226 aaagtctggtctgacctattagcctgtctaaaagtcttgtttgtgttacaaatttcaaatagagtccattcatccatttttatttcttttcaatttgtgc 26425325  T
Q  337 aatgtactaaatatagagataaacattaattagatagagattaaactaatgaaacacaattgtaaaatttatagatggatagaaactccagaataatcat 436  Q
    || ||||| ||| | ||||||||||||||||||||| | ||| ||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26425326 aacgtacttaatgttgagataaacattaattagatacaaattcaactaataaaacacgatcgtaaaatttatagatggatagaaactcaagaataatcat 26425425  T
Q  437 gtctgat 443  Q
    |||||||    
T  26425426 gtctgat 26425432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 127; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 106 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 4920348 - 4920142
Alignment:
Q  106 taggggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaag 205  Q
    |||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||| | | ||||| |||||||||    
T  4920348 taggggtgggaatgagctggggcgagccgggctttgcttaaataagctaggcctagtggaaaaacctaaggcctaagccttgacattttatctgtcaaag 4920249  T
Q  206 actttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgt 305  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||| | || ||    
T  4920248 actttattttaagtctggcctgacctttttaaaagtctgacctgacttattagcctgtctaaaagtctagtttgtgttacaaatttcaaacataattggt 4920149  T
Q  306 tcatcaa 312  Q
    |||||||    
T  4920148 tcatcaa 4920142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 118; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 106 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 3526247 - 3525930
Alignment:
Q  106 taggggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaag 205  Q
    ||||||||||||| |||| | ||||| |||||||||||||||||||   | ||| ||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||    
T  3526247 taggggtgggaataagccggaccgagtcgggctttgcttaaataggtctgacctggttgataaaactaaggcctaagccttgaccttttacctatcaaag 3526148  T
Q  206 actttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgt 305  Q
    |||||||||||||  || ||||| ||||||||||||||| ||| ||| ||||   ||||||||||   ||||| ||||| |||||||||| ||||||  |    
T  3526147 actttattttaagtttgacctgatctttttaaaagtctgttctaacctattaatttgtctaaaagtcaagtttttgttataaatttcaaatagagttcat 3526048  T
Q  306 tcatcaaattgtttctcctttcaatttgtacaatgtactaaatatagagataaacattaattagatagagattaaactaatgaaacacaattgtaaaatt 405  Q
    ||||||| || | | || ||| ||||||  ||| ||| | ||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||  |||||||    
T  3526047 tcatcaatttttctttctttttaatttgagcaacgtatttaatatagagatcaacattaattagatacatattaaactaataaaacacaatcataaaatt 3525948  T
Q  406 tatagatggatagaaact 423  Q
    || ||||| |||||||||    
T  3525947 tacagatgaatagaaact 3525930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 191 - 443
Target Start/End: Original strand, 21523678 - 21523930
Alignment:
Q  191 ttttacctgtcaaagactttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatt 290  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||| |||| |||| |||||||||||| ||   ||||| | |||||| |||||| |  |||||| |||||||||||    
T  21523678 ttttacctgttaaaggctttattttaagtctggtctgatctttttaaaagtttggcatgacctactagcctatctaaatgtctagtttgtgttacaaatt 21523777  T
Q  291 tcaaacagagtttgttcatcaaattgtttctcctttcaatttgtacaatgtactaaatatagagataaacattaattagatagagattaaactaatgaaa 390  Q
    | ||| | ||| | |||||| | || | | || | |||||||||  || || || ||| |||||||||||||| |||||||| | ||||||| ||| |||    
T  21523778 ttaaataaagtctattcatccatttttctttcttctcaatttgtgtaacgtgcttaatgtagagataaacatttattagatacacattaaacaaataaaa 21523877  T
Q  391 cacaattgtaaaatttatagatggatagaaactccagaataatcatgtctgat 443  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  21523878 cacaatcgtaaaatttatagatgaatagaaactcaagaataatcgtgtctgat 21523930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 109 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 27157804 - 27157523
Alignment:
Q  109 gggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaagact 208  Q
    |||||| |||||||  ||||||||| ||||||| |||||||||   |  ||||||||||||||||   | ||||| | || ||||||||||||||    |    
T  27157804 gggtggaaatgagctgggccgagccaggctttgattaaataggtctgatctagttgaaaaaactataacttaagcattggtcttttacctgtcaagt--t 27157707  T
Q  209 ttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgttca 308  Q
    |||||||||| ||| | |||||||||||||| | ||  |||||| |||||| ||| ||||||  |||||| |||||||||||||||| ||| |   ||||    
T  27157706 ttattttaagtctgacttgacctttttaaaaatttgtcctgacctattagcatgtttaaaagtctagtttgtgttacaaatttcaaatagaatccattca 27157607  T
Q  309 tcaaattgtttctcctttcaatttgtacaatgtactaaatatagagataaacattaattagatagagattaaactaatgaaaca 392  Q
    || | || | | || ||||||||||| |||  || | |||  |||||||||||||||||| ||| | ||||||||||| |||||    
T  27157606 tccatttttctttcttttcaatttgtgcaacataattaatgcagagataaacattaattacatacacattaaactaataaaaca 27157523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 254 - 386
Target Start/End: Original strand, 12217984 - 12218117
Alignment:
Q  254 attagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgttcatcaaattgt-ttctcctttcaatttgtacaatgtactaaatatag 352  Q
    |||||||||| ||||| | |||||| |||||||||||| ||| ||||| ||||||| || || | || | |||||||||| | ||| ||||| |||||||    
T  12217984 attagcctgtttaaaaacctagtttgtgttacaaattttaaatagagtatgttcataaatttttgttttactttcaatttatgcaacgtacttaatatag 12218083  T
Q  353 agataaacattaattagatagagattaaactaat 386  Q
    |||||||||||||||||||| | ||| |||||||    
T  12218084 agataaacattaattagatacaaattcaactaat 12218117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 106 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 21857872 - 21857756
Alignment:
Q  106 taggggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggcctttta-cctgtcaaa 204  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||| |||| ||| ||||||    |||||||| |||||||||| ||||||| || | ||| ||| |||||||||    
T  21857872 taggggtgggaatgagccgggtcgagccggactttactttaataggtcgagcctagttaaaaaaactaaagcctaagtct-gacctattagcctgtcaaa 21857774  T
Q  205 gactttattttaagcctg 222  Q
    ||||||||||||||||||    
T  21857773 gactttattttaagcctg 21857756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 441 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 4920099 - 4920027
Alignment:
Q  441 gatttcaaacttaatctaataaccatacttgaccttaggcataccagtagcaagccttaacagttgacacaaa 513  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| ||| ||||| |||||||    
T  4920099 gatttcaaacttaatctactaaccatacttgacattatgcatatcagtagcaagctttagcagttcacacaaa 4920027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 127 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 5515740 - 5515681
Alignment:
Q  127 ccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagccta 186  Q
    |||||| || |||||||||||||||  || |||||||||||||||||| | |||||||||    
T  5515740 ccgagctggactttgcttaaataggtcagacctagttgaaaaaactaaagtctaagccta 5515681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 401 - 443
Target Start/End: Original strand, 9625911 - 9625953
Alignment:
Q  401 aaatttatagatggatagaaactccagaataatcatgtctgat 443  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||    
T  9625911 aaatttatagatggatagaaactcaagaataataatgtatgat 9625953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 195 - 241
Target Start/End: Original strand, 9822404 - 9822450
Alignment:
Q  195 acctgtcaaagactttattttaagcctggcctgacctttttaaaagt 241  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||    
T  9822404 acctgtcaaaaactttattttaagtctgacatgacctttttaaaagt 9822450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 195 - 241
Target Start/End: Original strand, 10724329 - 10724375
Alignment:
Q  195 acctgtcaaagactttattttaagcctggcctgacctttttaaaagt 241  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||    
T  10724329 acctgtcaaaaactttattttaagtctgacatgacctttttaaaagt 10724375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 109 - 150
Target Start/End: Original strand, 12217849 - 12217890
Alignment:
Q  109 gggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaatag 150  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||    
T  12217849 gggtgggaatgagtcaggtcgagccgggctttgattaaatag 12217890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 215; Significance: 1e-117; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 215; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 106 - 511
Target Start/End: Original strand, 29442428 - 29442844
Alignment:
Q  106 taggggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaag 205  Q
    |||||||||||||||| | ||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||| ||||||||    
T  29442428 taggggtgggaatgagtcgggccgagtcggactttgcttaaataggttaggcctagttgaaaaaactaaggcttaagccttgaccttttacatgtcaaag 29442527  T
Q  206 actttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgt 305  Q
     |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||  || |||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  29442528 gctttattttaagtctgtcctgacctttttaaaagtctggtctagcctattagcctgtctaaaaacctagtttatgttacaaaattcaaacaaagtttgt 29442627  T
Q  306 tc-atcaaattgtttctcctttcaatttgtacaatgtactaaatatagagataaacattaattagatagagattaaactaatgaaacacaattgtaaaat 404  Q
    || |||  ||| ||| |||||||||||||| |||  |||| ||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  29442628 tcgatc--attttttttcctttcaatttgtgcaacatacttaatatagagataaccattaattatatacagattaaactaatgaaacacaattctaaaat 29442725  T
Q  405 ttatagatggatagaaactccagaataatcatgtctg------------atttcaaacttaatctaataaccatacttgaccttaggcataccagtagca 492  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||            ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  29442726 ttatagatggatagaaactcaagaataatcatgtctgataacagcaagaatttcaaacttaatctaataatcatacttgaccttaggcatatcagtagca 29442825  T
Q  493 agccttaacagttgacaca 511  Q
    ||| |||||| || |||||    
T  29442826 agctttaacaattcacaca 29442844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 106 - 440
Target Start/End: Original strand, 27209026 - 27209358
Alignment:
Q  106 taggggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaag 205  Q
    ||||||||| |||||| | || |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||  ||||| ||    
T  27209026 taggggtggaaatgagtcgggtcgagtcgggctttgcttaaataggttaggcctagttgaaaaaactaaggcataagccttgaccttttatatgtcatag 27209125  T
Q  206 actttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgt 305  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||| ||||||  |||||| | |||||||||||||| |||||||||    
T  27209126 actttattttaagtctgacctgacctttttaaaagtctaacctgacctattagcctgtttaaaagtatagtttgtattacaaatttcaaaaagagtttgt 27209225  T
Q  306 tcatcaaattgtttctcctttcaatttgtacaatgtactaaatatagagataaacattaattagatagagattaaactaatgaaacacaattgtaaaatt 405  Q
    |||||||  | ||| | |||||||||||| ||| ||||| |||||||| ||||| |||||| ||||| | ||||||||||| |||||||||||||||| |    
T  27209226 tcatcaa--ttttttttctttcaatttgtgcaacgtacttaatatagatataaatattaatcagatacaaattaaactaataaaacacaattgtaaaaat 27209323  T
Q  406 tatagatggatagaaactccagaataatcatgtct 440  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  27209324 tatagatggatagaaactcaagaataatcatgtct 27209358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 122; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 125 - 442
Target Start/End: Original strand, 6635600 - 6635917
Alignment:
Q  125 ggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaagactttattttaagcctggc 224  Q
    |||||||| | | ||||||||||||||   |||||||||||||||||||||| |||||| | | |||||||| |||||||||||||||||||||  || |    
T  6635600 ggccgagctgagttttgcttaaataggtctggcctagttgaaaaaactaaggtctaagctttgaccttttacttgtcaaagactttattttaagtttgac 6635699  T
Q  225 ctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgttcatcaaattgtttctcct 324  Q
    ||||||||||||||||| ||   ||||| |||||| ||||||||||| |||||| | |||| | ||||||| ||||||  |||||| | || | | || |    
T  6635700 ctgacctttttaaaagtttggcttgacctattagcttgtctaaaagcctagtttgtattacgagtttcaaatagagttcattcatctatttttctttctt 6635799  T
Q  325 ttcaatttgtacaatgtactaaatatagagataaacattaattagatagagattaaactaatgaaacacaattgtaaaatttatagatggatagaaactc 424  Q
    |||||||||| |||  |||| ||| ||||||||||||||||||||||| | |||||| |||| ||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  6635800 ttcaatttgtccaacatacttaatgtagagataaacattaattagatacacattaaaataataaaacaaaattgtgaaatttatagatggatataaactc 6635899  T
Q  425 cagaataatcatgtctga 442  Q
     ||||||||  |||||||    
T  6635900 aagaataatattgtctga 6635917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 119; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 125 - 443
Target Start/End: Original strand, 6627801 - 6628119
Alignment:
Q  125 ggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaagactttattttaagcctggc 224  Q
    |||||||| | | ||||||||||||||   |||||||||||||||||||||| |||||| | | |||||||| |||||||||||||||||||||  || |    
T  6627801 ggccgagctgagttttgcttaaataggtctggcctagttgaaaaaactaaggtctaagctttgaccttttacttgtcaaagactttattttaagtttgac 6627900  T
Q  225 ctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgttcatcaaattgtttctcct 324  Q
    ||||||||||||||||| |    ||||| |||||| ||||||||||| |||||| | |||| | ||||||| ||||||  |||||| | || | | || |    
T  6627901 ctgacctttttaaaagttttgcttgacctattagcttgtctaaaagcctagtttgtattacgagtttcaaatagagttcattcatctatttttctttctt 6628000  T
Q  325 ttcaatttgtacaatgtactaaatatagagataaacattaattagatagagattaaactaatgaaacacaattgtaaaatttatagatggatagaaactc 424  Q
    |||||||||| |||  |||| ||| ||||||||||||||||||||||| | |||||| |||| ||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  6628001 ttcaatttgtccaacatacttaatgtagagataaacattaattagatacacattaaaataataaaacaaaattgtgaaatttatagatggatataaactc 6628100  T
Q  425 cagaataatcatgtctgat 443  Q
     | ||||||| ||||||||    
T  6628101 aaaaataatcttgtctgat 6628119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 110 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 29910070 - 29909747
Alignment:
Q  110 ggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaagactt 209  Q
    ||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||  ||  || ||||| |||| ||| || ||||||| ||||||||| || |  |||  ||    
T  29910070 ggtgggaatgagttaggtcgagccgggctttgcttaaataggtcagatctggttgataaaattaaagcttaagccttggccttttatctcttcaaggttt 29909971  T
Q  210 tattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgttcat 309  Q
    | |||||||| | | ||| ||||||| |||||||| ||||||| ||||||| |||||||||| ||||||| |||| |||| ||||| ||||||  |||||    
T  29909970 tgttttaagcttcgtctggccttttttaaagtctggtctgacctattagccggtctaaaagcctagtttaggttataaatatcaaatagagttcattcat 29909871  T
Q  310 caaattgtttctcctttcaatttgtacaatgtactaaatatagagataaacattaattagatagagattaaactaatgaaacacaattgtaaaatttata 409  Q
    | | || | | || |||||||||||  ||  |||| ||| ||||  ||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  29909870 ccatttttctttcttttcaatttgtggaacatacttaatgtagaactaaacattaattagatacacattaaactaataaaacacaatcgtaaaatttata 29909771  T
Q  410 gatggatagaaactccagaataat 433  Q
    ||||||||||||||| ||||||||    
T  29909770 gatggatagaaactcaagaataat 29909747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 160 - 417
Target Start/End: Original strand, 8109213 - 8109468
Alignment:
Q  160 agttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaagactttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagc 259  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||    ||||||||||||||| |||||| ||||      
T  8109213 agttgaaaaaactaaggcctaagctttggccttttaccggtcaaaggctttattttaagcttggcctagtttttttaaaagtctgaactgacctattaat 8109312  T
Q  260 ctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgttcatcaaattgtttctcctttcaatttgtacaatgtactaaatatagagataaa 359  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| |||| ||| ||||||| |||||| | || | | || |||||| |||| |||  |||| ||| || || ||||    
T  8109313 ctgtctaaaagcctagtttatgttacatatttaaaatagagtttattcatccatttttctttcttttcaa-ttgtgcaacatact-aatgtataggtaaa 8109410  T
Q  360 cattaattagatagagattaaactaatgaaacacaattgtaaaatttatagatggata 417  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  8109411 cattaattagatacacattaaactaataaaacacaatcgtaaaatttatagatggata 8109468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 83; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 114 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 5938579 - 5938257
Alignment:
Q  114 ggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaagactttatt 213  Q
    |||||||||  | ||||||||  ||||| |||||||||   |||||||||  ||||||||||||||       ||| |||||| |||||||  |||||||    
T  5938579 ggaatgagctggaccgagccgatctttgtttaaataggtctggcctagttagaaaaactaaggcctt------ggctttttacttgtcaaacgctttatt 5938486  T
Q  214 ttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgttcatcaaa 313  Q
    |||| | ||||||  |||||||||| |||||  |||||| |  ||||||||||||| | |||  | |||||||||||||||| ||||    |||||| |     
T  5938485 ttaaacttggcctagcctttttaaa-gtctggcctgacctaagagcctgtctaaaaacctaggctgtgttacaaatttcaaatagagaccattcatccat 5938387  T
Q  314 ttgtttctcctttcaatttgtacaatgtactaaatatagagataaacattaattagatagagattaaactaatgaaacacaattgtaaaatttatagatg 413  Q
    || | | |   |||||||||| ||| ||||| ||| |||||||||||||||| |||||| | ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  5938386 ttttctttatgttcaatttgtgcaacgtacttaatgtagagataaacattaactagatacacattaaactaataaaacacaatcgtaaaatttatagatg 5938287  T
Q  414 gatagaaactccagaataatcatgtctgat 443  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  5938286 gatagaaactcaagaataatcatgtttgat 5938257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 106 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 14266571 - 14266437
Alignment:
Q  106 taggggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggcctttta-cctgtcaaa 204  Q
    |||||||||||||  ||| | |||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||| | ||||||||   ||| ||| |||||||||    
T  14266571 taggggtgggaataggccggaccgagctgggctttgcttaaataggtcaggcctagttgaaaaaattaaagtctaagcct-cacctcttagcctgtcaaa 14266473  T
Q  205 gactttattttaagcctggcctgacctttttaaaag 240  Q
    | |||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  14266472 ggctttattttaagtctggtctgacctttttaaaag 14266437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 101 - 239
Target Start/End: Original strand, 42279809 - 42279946
Alignment:
Q  101 gcggctaggggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggcctttta-cctg 199  Q
    |||| ||||| |||||||||| | |||| ||| |||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||  | ||||||| ||||| ||| | ||    
T  42279809 gcggttagggctgggaatgagtcgggcc-agctgggctttgcttaaataggccgagcctagttgaaaaaactaaaacttaagcct-ggcctattagcttg 42279906  T
Q  200 tcaaagactttattttaagcctggcctgacctttttaaaa 239  Q
    |||||| |||| ||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  42279907 tcaaaggctttttttaaagcctgacctgacctttttaaaa 42279946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 350 - 435
Target Start/End: Original strand, 18421563 - 18421646
Alignment:
Q  350 tagagataaacattaattagatagagattaaactaatgaaacacaattgtaaaatttatagatggatagaaactccagaataatca 435  Q
    |||||||||| || ||||||||| |||||||||||||  || |||||  |||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||    
T  18421563 tagagataaatatcaattagatacagattaaactaat--aaaacaatcataaaatttatagatcgatataaactcaagaataatca 18421646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 378 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 14858193 - 14858128
Alignment:
Q  378 taaactaatgaaacacaattgtaaaatttatagatggatagaaactccagaataatcatgtctgat 443  Q
    |||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | | || |||||||||||||    
T  14858193 taaattaataaaacacagttgtaaaatttatagatggatagaaacactaaaacaatcatgtctgat 14858128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 140 - 258
Target Start/End: Original strand, 10582954 - 10583072
Alignment:
Q  140 tgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggcct-tttacctgtcaaagactttattttaagcctggcctgacctttttaaa 238  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||||||||| | |||||||| | ||| || | ||||||||| |||||| | |||||||| || ||||| |||||    
T  10582954 tgcttaaatagggtaggtctagttgaaaaaactaaagtctaagcct-gacctattaatctgtcaaaggctttatatgaagcctggtctaaccttcttaaa 10583052  T
Q  239 agtctgatctgacccattag 258  Q
    |||  | ||||||| |||||    
T  10583053 agttcgttctgacctattag 10583072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 196 - 269
Target Start/End: Original strand, 13582256 - 13582329
Alignment:
Q  196 cctgtcaaagactttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaa 269  Q
    |||||||||| |||||||| || | || |||| |||||||||||||  |||||| || |||||| |||||||||    
T  13582256 cctgtcaaaggctttatttcaaacttgacctggcctttttaaaagttcgatctgccctattagcatgtctaaaa 13582329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 206; Significance: 1e-112; HSPs: 32)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 136 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 40356196 - 40355809
Alignment:
Q  136 gctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaagactttattttaagcctggcctgaccttttt 235  Q
    |||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  40356196 gctttgtttagataggctaggccttgttgaaaaaactaaggcctaagtcttggccttttacctctcaaagactttattttaagcatgacctgaccttttt 40356097  T
Q  236 aaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgttcatcaaattgtttctcctttcaatttgta 335  Q
    ||||||||| ||||||  ||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  | ||| ||||||| ||||||     
T  40356096 aaaagtctggtctgacatattagtctgtctaaaagcctaatttatgttacaaatttcaaacagagtatgttcatcaa--tttttttcctttccatttgtg 40355999  T
Q  336 caatgtactaaatatagagataaacattaattagatagagattaaactaatgaaacacaattgtaaaatttatagatggatagaaactccagaataatca 435  Q
    |||  |||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  40355998 caacatacttaatatagagataaacattaattatatacagattaagctaatgaaacacaactgtaaaaattatagatggatagaaactcaagaataatta 40355899  T
Q  436 tgtct------------gatttcaaacttaatctaataaccatacttgaccttaggcataccagtagcaagccttaacagttgacacaaa 513  Q
    |||||             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||    
T  40355898 tgtctaataacagcaagaatttcaaacttaatctaataaccatacttgaccttaggcatatcagtagcaagccttaaaagttcacacaaa 40355809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 184; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 106 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 41535059 - 41534733
Alignment:
Q  106 taggggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaag 205  Q
    ||||||||||||||||   ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||| |||||| |          
T  41535059 taggggtgggaatgagttgggctgagccgggctttggttaaataggctaggcctagttgaaaaaattaaggcctaagtcttggccgtttaccgg------ 41534966  T
Q  206 actttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgt 305  Q
     ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  41534965 -ctttattttaagcctagcctgacctttttaaaagtctggtctgacctattagcctatctaaaaacctagtttaagttacaaatttcaaacagagtatgt 41534867  T
Q  306 tcatcaaattgtttctcctttcaatttgtacaatgtactaaatatagagataaacattaattagatagagattaaactaatgaaacacaattgtaaaatt 405  Q
    ||||||  || |||  | ||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  41534866 tcatcatttttttttccgtttcaatttgtgcaatgtacttaatatagtgataaacattaattagatacaaattaaactaataaaacacaattgtaaaatt 41534767  T
Q  406 tatagatggatagaaactccagaataatcatgtc 439  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  41534766 tatagatggatagaaactcaagaataatcatgtc 41534733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 174; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 112 - 513
Target Start/End: Original strand, 5305397 - 5305811
Alignment:
Q  112 tgggaatgagccagg-ccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaagacttt 210  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||| ||||    
T  5305397 tgggaatgagcccgggccgagccgggctttgcttaaataggccaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagacttggccttttacccgtcaaaggcttt 5305496  T
Q  211 attttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgttcatc 310  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||| ||| ||||||| |||||||| ||||||||  | |||| |||||||||||||||| |||||   ||||||    
T  5305497 attttaagcctgacctggcctttttaaaagcctggtctgacctattagcctatctaaaagtcttgtttgtgttacaaatttcaaatagagtccattcatc 5305596  T
Q  311 aaattgtttctcctttcaatttgtacaatgtactaaatatagagataaacattaattagatagagattaaactaatgaaacacaattgtaaaatttatag 410  Q
     | || | | || |||||||||||  || ||||| ||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  5305597 catttttatttcttttcaatttgtggaacgtacttaatgtagagataaacattaattagatacaaattaaactaataaaacacaatcgtaaaatttatag 5305696  T
Q  411 atggatagaaactccagaataatcatgtct------------gatttcaaacttaatctaataaccatacttgaccttaggcataccagtagcaagcctt 498  Q
    || ||||| ||||| |||||||||||||||            ||||| ||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||  |||| |||||||     
T  5305697 attgataggaactcaagaataatcatgtctgataacaagaaggattttaaacttaatctgataactatacttaaccttaggcatattagtaccaagcctc 5305796  T
Q  499 aacagttgacacaaa 513  Q
    || |||| |||||||    
T  5305797 aaaagttcacacaaa 5305811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 161; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 106 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 38855769 - 38855478
Alignment:
Q  106 taggggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaag 205  Q
    |||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  38855769 taggggtgggaatgagtcgggccgagcggggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagccttggccttttacccgtcaaag 38855670  T
Q  206 actttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgt 305  Q
     ||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||   ||| || |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| | | |    
T  38855669 gctttattttaagcatggcctggcctttttaaaagcctagcctggcctattagcctgtctaaaagcctagtttgtgttacaaatttcaaacagattatat 38855570  T
Q  306 tcatcaaattgtttctcctttcaatttgtacaatgtactaaatatagagataaacattaattagatagagattaaactaatgaaacacaattg 398  Q
    ||||| || | ||| | |||||||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||| ||| |||||||||||    
T  38855569 tcatcgaaat-ttttttctttcaatttgtgcaacgtacttaatatggagataaacattaattagatacaaattaaaccaataaaacacaattg 38855478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 153; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 133 - 413
Target Start/End: Original strand, 12068500 - 12068779
Alignment:
Q  133 cgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaagactttattttaagcctggcctgacctt 232  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   |||||| |||||||||| |||||||||||| ||||| || ||||    
T  12068500 cgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaagcctaagcctta-ccttttgcctgtcaaaggctttattttaagtctggcttggcctt 12068598  T
Q  233 tttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgttcatcaaattgtttctcctttcaattt 332  Q
    ||||||||| || ||||||| ||||||||| ||||||   |||||| |||||||||||||||||| ||| | ||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  12068599 tttaaaagtatggtctgacctattagcctgactaaaaatctagtttgtgttacaaatttcaaacaaagtcttttcatcaaattttttttcctttcaattt 12068698  T
Q  333 gtacaatgtactaaatatagagataaacattaattagatagagattaaactaatgaaacacaattgtaaaatttatagatg 413  Q
    ||||||| |||| |||||| ||| |||||||||||||||| | ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||    
T  12068699 gtacaatatacttaatataaagacaaacattaattagatacaaattaaactaataaaacagaattgtaaaatttattgatg 12068779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 140; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 106 - 398
Target Start/End: Original strand, 30487607 - 30487896
Alignment:
Q  106 taggggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaa--aactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaa 203  Q
    |||||| || |||||| | || ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||  | |||||||||| ||||||    
T  30487607 taggggaggaaatgagtcgggtcgagccggattttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaaaactaaggcctaagttttggccttttacttgtcaa 30487706  T
Q  204 agactttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagttt 303  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||     |||||||||||||||||| ||||||  |||| ||||||||||||||||||    
T  30487707 agactttattttaagcctggtctgacctttttaaaagtctagtct-----attagcctgtctaaaagcctagtttgagttataaatttcaaacagagttt 30487801  T
Q  304 gttcatcaaattgtttctcctttcaatttgtacaatgtactaaatatagagataaacattaattagatagagattaaactaatgaaacacaattg 398  Q
    ||||||||  || ||| |||||||||||||| |||  |||| |||||| ||||||||| |||||||||| | ||||||||||| |||||||||||    
T  30487802 gttcatcattttttttttcctttcaatttgtgcaacatacttaatatatagataaacactaattagatacaaattaaactaataaaacacaattg 30487896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 128; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 157 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 15440786 - 15440502
Alignment:
Q  157 cctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaagactttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccatt 256  Q
    ||||||||||||| |||| |||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||  |||| || |||    
T  15440786 cctagttgaaaaa-ctaatgcctaaaccttggcctttaacctgtcaaagactttattttaagtccggcctgacctttttaaaagtctagtctggcctatt 15440688  T
Q  257 agcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgttcatcaa-attgtttctcctttcaatttgtacaatgtactaaatatagaga 355  Q
    ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| ||| ||||||  ||||||||  |||||| || ||| ||  ||| ||| ||||| ||||||||||    
T  15440687 agcatgtctaaaagcctagtttgtgttacaaattttaaatagagttctttcatcaattttgtttttctttttaa-ctgtgcaacgtacttaatatagaga 15440589  T
Q  356 taaacattaattagatagagattaaactaatgaaacacaattgtaaaatttatagatggatagaaactccagaataatcatgtctgat 443  Q
    |||||||| |||||||| | ||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  15440588 taaacattgattagatacaaattaaactaataaaacacaatt-aaaaatttatagatggatagaaactcaagaataatcgtgtctgat 15440502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 110; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 105 - 309
Target Start/End: Original strand, 34639721 - 34639923
Alignment:
Q  105 ctaggggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaa 204  Q
    ||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    |||||||||||||| |  ||||||| |||||||    
T  34639721 ctaggagtgggaatgagccggaccgagccgggctttgcttaaataggctaggtctagttgaaagt--taaggcctaagccttgagcttttacttgtcaaa 34639818  T
Q  205 gactttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttg 304  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||  | ||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||| ||||| ||    
T  34639819 gactttattttaagtctggcctgacctttttaaaagcctgacctggactattagcctgtctaaaagtttagtttgtgttacgaatttcaaagagagtatg 34639918  T
Q  305 ttcat 309  Q
    |||||    
T  34639919 ttcat 34639923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 108; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 109 - 312
Target Start/End: Original strand, 38119469 - 38119672
Alignment:
Q  109 gggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaagact 208  Q
    ||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||| ||| || |||||||| |||||||  |    
T  38119469 gggtgggaatgagctgggccgagccaggctttgcttaaataggttaggcctagttgaaaaaaataaagcctaaaccttggtcttttaccggtcaaaggtt 38119568  T
Q  209 ttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgttca 308  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||  || ||||  | ||||| |||||||||||  |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  38119569 ttattttaagcctgacctgacctttttaaaagcatggtctggtctattagtctgtctaaaagtctagtttgtgttacaaatttcaaacaaagtttgttca 38119668  T
Q  309 tcaa 312  Q
    ||||    
T  38119669 tcaa 38119672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 106 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 42472650 - 42472395
Alignment:
Q  106 taggggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaag 205  Q
    |||||||||||||||| | || ||| || |||||| ||||||||||   |  ||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||    
T  42472650 taggggtgggaatgagtcgggtcgacccaggctttccttaaataggtctgatctagttgaaaaaactaaggtctaagtctaggtcttttacctgtgaaag 42472551  T
Q  206 actttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgt 305  Q
     ||||||||||||| || |||||||||||||||||      ||  || |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||    |    
T  42472550 gctttattttaagcatgacctgacctttttaaaag-----cctagcctattagcctgtctaaaagcctagtttgtgttacaaatttcaaatagagaccat 42472456  T
Q  306 tcatcaaattgtttctcctttcaatttgtacaatgtactaaatatagagataaacattaat 366  Q
    ||||| | || | | || ||||||||||| |||  |||| |||||| ||||||||||||||    
T  42472455 tcatccatttttctttcttttcaatttgtgcaacatacttaatataaagataaacattaat 42472395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 106 - 271
Target Start/End: Original strand, 19089850 - 19090004
Alignment:
Q  106 taggggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaag 205  Q
    ||||||||||||||||   || | ||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||| || ||           ||  ||| ||||||    
T  19089850 taggggtgggaatgagatgggtcaagccgggctttgcttaaataggctgagcttagttgaaaaaactaaagctta-----------ttagcctatcaaag 19089938  T
Q  206 actttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagc 271  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||  ||||| ||||||||||||||||||    
T  19089939 actttattttaagcttggtctgacctttttaaaagcctgacttgacctattagcctgtctaaaagc 19090004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 513 - 566
Target Start/End: Complemental strand, 29156920 - 29156867
Alignment:
Q  513 aagagtaactcaaaagagttactccaaatcttaacccttcatcttaataataat 566  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  29156920 aagagtaactcaaaagagttactccaaatctaaacccttcatcttaataataat 29156867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 121 - 185
Target Start/End: Original strand, 30617089 - 30617153
Alignment:
Q  121 gccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcct 185  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  30617089 gccaggcctagccgagctttgcttaaataggccaggcctagttgaaaaaactaaagcctaagcct 30617153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 376 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 42472347 - 42472280
Alignment:
Q  376 attaaactaatgaaacacaattgtaaaatttatagatggatagaaactccagaataatcatgtctgat 443  Q
    ||||||||||| ||||||||| | | |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  42472347 attaaactaataaaacacaatcgcataatttatagatgtatagaaactcaagaataatcatgtctgat 42472280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 197 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 45571316 - 45571235
Alignment:
Q  197 ctgtcaaagactttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagttt 278  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||  ||||||||| ||||||||||  | ||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  45571316 ctgtcaaagactttattttaagtttggtttgaccttttaaaaagtctgacataacctattagcatgtctaaaagcttagttt 45571235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 197 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 45574983 - 45574902
Alignment:
Q  197 ctgtcaaagactttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagttt 278  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||  ||||||||| ||||||||||  | ||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  45574983 ctgtcaaagactttattttaagtttggtttgaccttttaaaaagtctgacataacctattagcatgtctaaaagcttagttt 45574902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 197 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 45578650 - 45578569
Alignment:
Q  197 ctgtcaaagactttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagttt 278  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||  ||||||||| ||||||||||  | ||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  45578650 ctgtcaaagactttattttaagtttggtttgaccttttaaaaagtctgacataacctattagcatgtctaaaagcttagttt 45578569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 197 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 45582317 - 45582236
Alignment:
Q  197 ctgtcaaagactttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagttt 278  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||  ||||||||| ||||||||||  | ||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  45582317 ctgtcaaagactttattttaagtttggtttgaccttttaaaaagtctgacataacctattagcatgtctaaaagcttagttt 45582236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 197 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 45585984 - 45585903
Alignment:
Q  197 ctgtcaaagactttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagttt 278  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||  ||||||||| ||||||||||  | ||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  45585984 ctgtcaaagactttattttaagtttggtttgaccttttaaaaagtctgacataacctattagcatgtctaaaagcttagttt 45585903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 197 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 45589651 - 45589570
Alignment:
Q  197 ctgtcaaagactttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagttt 278  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||  ||||||||| ||||||||||  | ||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  45589651 ctgtcaaagactttattttaagtttggtttgaccttttaaaaagtctgacataacctattagcatgtctaaaagcttagttt 45589570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 197 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 45593318 - 45593237
Alignment:
Q  197 ctgtcaaagactttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagttt 278  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||  ||||||||| ||||||||||  | ||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  45593318 ctgtcaaagactttattttaagtttggtttgaccttttaaaaagtctgacataacctattagcatgtctaaaagcttagttt 45593237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 197 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 45596985 - 45596904
Alignment:
Q  197 ctgtcaaagactttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagttt 278  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||  ||||||||| ||||||||||  | ||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  45596985 ctgtcaaagactttattttaagtttggtttgaccttttaaaaagtctgacataacctattagcatgtctaaaagcttagttt 45596904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #23
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 197 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 45600652 - 45600571
Alignment:
Q  197 ctgtcaaagactttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagttt 278  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||  ||||||||| ||||||||||  | ||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  45600652 ctgtcaaagactttattttaagtttggtttgaccttttaaaaagtctgacataacctattagcatgtctaaaagcttagttt 45600571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #24
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 197 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 45604319 - 45604238
Alignment:
Q  197 ctgtcaaagactttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagttt 278  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||  ||||||||| ||||||||||  | ||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  45604319 ctgtcaaagactttattttaagtttggtttgaccttttaaaaagtctgacataacctattagcatgtctaaaagcttagttt 45604238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #25
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 197 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 45607986 - 45607905
Alignment:
Q  197 ctgtcaaagactttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagttt 278  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||  ||||||||| ||||||||||  | ||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  45607986 ctgtcaaagactttattttaagtttggtttgaccttttaaaaagtctgacataacctattagcatgtctaaaagcttagttt 45607905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #26
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 197 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 45611653 - 45611572
Alignment:
Q  197 ctgtcaaagactttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagttt 278  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||  ||||||||| ||||||||||  | ||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  45611653 ctgtcaaagactttattttaagtttggtttgaccttttaaaaagtctgacataacctattagcatgtctaaaagcttagttt 45611572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #27
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 197 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 45615320 - 45615239
Alignment:
Q  197 ctgtcaaagactttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagttt 278  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||  ||||||||| ||||||||||  | ||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  45615320 ctgtcaaagactttattttaagtttggtttgaccttttaaaaagtctgacataacctattagcatgtctaaaagcttagttt 45615239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #28
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 109 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 19284880 - 19284807
Alignment:
Q  109 gggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaag 182  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||| || | ||||||||||||||  ||| |||||||    
T  19284880 gggtgggaatgagccgggccgagccgggatttacttaaatacgccaagcctagttgaaaaacgtaaagcctaag 19284807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #29
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 513 - 566
Target Start/End: Original strand, 29156171 - 29156224
Alignment:
Q  513 aagagtaactcaaaagagttactccaaatcttaacccttcatcttaataataat 566  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||| ||||    
T  29156171 aagagtaactcaaaagagttactccaaatcctgacccttcatcctaatattaat 29156224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #30
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 106 - 185
Target Start/End: Original strand, 32980326 - 32980406
Alignment:
Q  106 taggggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctag-ttgaaaaaactaaggcctaagcct 185  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||  |||||||||||||||||   || |||| || |||||||||||||||||||||    
T  32980326 taggggtgggaatgagccgggctgagctaggctttgcttaaataggtctggactagtttaaaaaaactaaggcctaagcct 32980406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #31
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 442 - 497
Target Start/End: Original strand, 32256625 - 32256680
Alignment:
Q  442 atttcaaacttaatctaataaccatacttgaccttaggcataccagtagcaagcct 497  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||  |||| |||||||    
T  32256625 atttcaaacttaatctaataatcatacttaaccttaggcatattagtaccaagcct 32256680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #32
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 376 - 423
Target Start/End: Original strand, 34639974 - 34640021
Alignment:
Q  376 attaaactaatgaaacacaattgtaaaatttatagatggatagaaact 423  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  34639974 attaaactaataaatcacaattgtaaaatttatagatggatataaact 34640021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 181; Significance: 3e-97; HSPs: 21)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 106 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 40708431 - 40708151
Alignment:
Q  106 taggggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaag 205  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  40708431 taggggtgggaatgagccgggccgagtcggactttggttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaagcctaagccttggccttttacctgtcaaag 40708332  T
Q  206 actttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgt 305  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  40708331 gctttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctggcctgacctattaacctgtctaaaagcgtagtttgtgttacaaattttaaacagagtttgt 40708232  T
Q  306 tcatcaaattgtttctcctttcaatttgtacaatgtactaaatatagagataaacattaattagatagagattaaactaat 386  Q
    |||| || || ||| | |||||||||| | ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  40708231 tcattaattttttttttctttcaatttatgcaacgtacttaatatagagataaacattaattagatacaaattaaactaat 40708151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 170; E-Value: 9e-91
Query Start/End: Original strand, 105 - 497
Target Start/End: Original strand, 35361806 - 35362205
Alignment:
Q  105 ctaggggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaa 204  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||    
T  35361806 ctaggggtgggaatgagccgggccgagccgagctttgcttatataggcttggcctatttgaaaaaactaaggcctaagccttgaccttttacatgtcaaa 35361905  T
Q  205 gactttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttg 304  Q
    ||||||||||||||  ||| ||| |||||||||||||||| ||||  | |||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||| ||||||||       
T  35361906 gactttattttaagtatggtctggcctttttaaaagtctggtctggtctattagcctgtctaaaaccctagtttgtgttacaaatttctaacagagtcga 35362005  T
Q  305 ttcatcaaattgtttctcctttcaatttgtacaatgtactaaatatagagataaacattaattagatagagattaaactaatgaaacacaattgtaaaat 404  Q
    |||||| | || | | || ||||||||||| |||  |||| ||| ||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  35362006 ttcatccatttttctttcttttcaatttgtgcaacatacttaatgtagagataaacattagttagatacacattaaactaataaaacacaatcgtaaaat 35362105  T
Q  405 ttatagatggatagaaactccagaataatcatgtct-------gatttcaaacttaatctaataaccatacttgaccttaggcataccagtagcaagcct 497  Q
    ||||| ||||||| |||||| |||||| ||||||||        |||||||||||||||| |||| ||||||| || |||||||||  |||| |||||||    
T  35362106 ttatatatggatataaactcaagaatattcatgtcttataacaaatttcaaacttaatctgataatcatacttaactttaggcatattagtaccaagcct 35362205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 157; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 110 - 483
Target Start/End: Original strand, 13640714 - 13641099
Alignment:
Q  110 ggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaagactt 209  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |   ||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||| |||    
T  13640714 ggtgggaatgagccgggccgagccgggctttgcttaaatatgtctggcctagttgaaaaatctaaggcctaaaccttggctttttacctgtcaaaggctt 13640813  T
Q  210 tattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgttcat 309  Q
    ||||||||||||| | || ||||||||||||  ||  ||  || |||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| | |||||    
T  13640814 tattttaagcctgacatggcctttttaaaagcttggcctagcctattagcctatctaaaagcctagtttgtgttacaaatttcaaatagagtctattcat 13640913  T
Q  310 caaattgtttctcctttcaatttgtacaatgtactaaatatagagataaacattaattagatagagattaaactaatgaaacacaattgtaaaatttata 409  Q
    | | || | | || ||||||||||| ||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||| || |||||| |||||||||| |    
T  13640914 ccatttttctttcttttcaatttgtgcaaggtacttaatgtagagataaacattaattagatacaaattaaaccaataaagcacaatcgtaaaatttaaa 13641013  T
Q  410 gatggatagaaactccagaataatcatgtct------------gatttcaaacttaatctaataaccatacttgaccttaggcata 483  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||            ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  13641014 gatggatagaaactcaagaatagtcatgtctcatgacaagaaggatttcaaacttaatctgataaccatacttaaccttaggcata 13641099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 152; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 513 - 726
Target Start/End: Complemental strand, 19991080 - 19990872
Alignment:
Q  513 aagagtaactcaaaagagttactccaaatcttaacccttcatcttaataataataattaatggccaagattaattactaataatttttaggtgtggttaa 612  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||   |||||   |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  19991080 aagagtaactcaaaagagttactccaaatcttaacccttg-tcttaaaaataat---taatgaataagattaattactactaatttttaggtgtggttaa 19990985  T
Q  613 atcaggagaattgcataagatcggtgcagttaaagttaattcatcccttccctttcaacctcgttgagtttcgtggcaatggcacacacacctttgccta 712  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  19990984 atcaggagaattgcataacatcggtgcagttaaagttaattcatcccttccctttcaacct-gttgagtttcgtggcaatggcacacacacatttgccta 19990886  T
Q  713 ataactccattgat 726  Q
    ||||||||||||||    
T  19990885 ataactccattgat 19990872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 152; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 242 - 513
Target Start/End: Original strand, 51126676 - 51126957
Alignment:
Q  242 ctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgttcatcaaattgtttctcctttcaatttgtacaatgt 341  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||  |||||||||||| ||| ||    
T  51126676 ctgatctgacctattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaatagagtttgttcatcaatttttttc--ctttcaatttgtgcaacgt 51126773  T
Q  342 actaaatatagagataaacattaattagatagagattaaactaatgaaacacaattgtaaaatttatagatggatagaaactccagaataatcatgtctg 441  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||| ||||| ||||||| ||    
T  51126774 acttaatatagagataaacattaattagatacaggttaaactaatgaaacacagttgtaaaatgtatagatggatataaactcaagaatcatcatgtttg 51126873  T
Q  442 ------------atttcaaacttaatctaataaccatacttgaccttaggcataccagtagcaagccttaacagttgacacaaa 513  Q
                ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  51126874 ataacagcaagaatttcaaacttaatctaataatcatacttgaccttatgcatatcagtagcaagctttaacagttcacacaaa 51126957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 146; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 106 - 398
Target Start/End: Original strand, 3289014 - 3289306
Alignment:
Q  106 taggggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaag 205  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||  ||||||||    
T  3289014 taggggtgggaatgagataggccgagccgggcttt-cttaaataggttaggcctagttgaaaaaactaaggtctaagccttgaccttttatttgtcaaag 3289112  T
Q  206 actttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgt 305  Q
    ||||||||||||||||| |||  ||||||||||||  ||   ||||| |||||||||| ||||||  |||||| ||||| |||||||||||||||| |||    
T  3289113 actttattttaagcctgacctagcctttttaaaagcttggcatgacctattagcctgtttaaaagtctagtttgtgttagaaatttcaaacagagtatgt 3289212  T
Q  306 tcatcaaatt-gtttctcctttcaatttgtacaatgtactaaatatagagataaacattaattagatagagattaaactaatgaaacacaattg 398  Q
    ||||| | ||  ||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||| |||||||||||    
T  3289213 tcatcgatttattttttcctttcaatttgtgcaatgtacttaatatagagataaacattaattagatacaaattaaaccaataaaacacaattg 3289306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 136; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 110 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 13260592 - 13260329
Alignment:
Q  110 ggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaagactt 209  Q
    |||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  13260592 ggtgggaatgagtcgggccgagccgggatttgcttaaatagactaggcctagttgaaaaaactaagacctaagtcttggccttttacctgtcaaagactt 13260493  T
Q  210 tattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgttcat 309  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||  || | || || |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  13260492 tattttaagtctggcctgacctttttaaaagcatggtatggcctattagcctgtctaaaagcatagtttgtgttacaaatttcaaacagagtatgttcat 13260393  T
Q  310 -caaattgtttctcctttcaatttgtacaatgtactaaatatagagataaacattaattagata 372  Q
      |||       |||||||||||||| ||| ||||| |||||| | ||||||||||||||||||    
T  13260392 aaaaaaaaaaattcctttcaatttgtgcaacgtacttaatataaatataaacattaattagata 13260329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 134 - 398
Target Start/End: Original strand, 9856728 - 9856993
Alignment:
Q  134 gggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaagactttattttaagcctggcctgaccttt 233  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| | | |||||||| ||||||| ||||||||||||  |||||  |||||||    
T  9856728 gggctttacttaaataggttaggcctagttgaaaaaaccaagacctaagcattgaccttttacttgtcaaatactttattttaattctggctcgaccttt 9856827  T
Q  234 ttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgttcat-caaattgtttctcctttcaattt 332  Q
    |||||||||||| |||| | ||||  |||||||||| | || ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||  |||       ||||||||||||    
T  9856828 ttaaaagtctgacctgatctattaatctgtctaaaaacctaatttgtgttacaaatttcaaatagagtatgttcataaaaaaaaaaaatcctttcaattt 9856927  T
Q  333 gtacaatgtactaaatatagagataaacattaattagatagagattaaactaatgaaacacaattg 398  Q
    || ||| ||||| |||||||||||| |||||||||| ||| | ||||||| ||| |||||||||||    
T  9856928 gtgcaacgtacttaatatagagatacacattaattatatacaaattaaaccaataaaacacaattg 9856993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 93; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 106 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 12569856 - 12569684
Alignment:
Q  106 taggggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaag 205  Q
    ||||| || ||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||| ||| ||||    
T  12569856 tagggatgcgaatgagctgggccgagctgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggtctaagccttgaccttttacttgttaaag 12569757  T
Q  206 actttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagttt 278  Q
     |||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||| | | || ||||| |||||||||||| ||||||    
T  12569756 gctttattttaagtctgacctgacctttttaaaagcctgaccaggcctattagtctgtctaaaagcctagttt 12569684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 818 - 891
Target Start/End: Complemental strand, 19990776 - 19990703
Alignment:
Q  818 atattcattctttttaggttttattttgatccattcatgtatcgatgcaactgcaccatttatcactgtcatgt 891  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  19990776 atattcattctttttaggttttattttgatccattcatgtattgatgcaactccaccatttatcactgtcatgt 19990703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 105 - 240
Target Start/End: Original strand, 13142341 - 13142476
Alignment:
Q  105 ctaggggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggcctttta-cctgtcaa 203  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||| ||| ||| ||||    
T  13142341 ctagggttgggaatgagccgggccgagccggactttgcttaaataggtcaggcctagttgaaaaaattaaagcctaagcct-ggcctattagcctatcaa 13142439  T
Q  204 agactttattttaagcctggcctgacctttttaaaag 240  Q
     | |||||||||||| ||||| || ||||||||||||    
T  13142440 tggctttattttaagtctggcatggcctttttaaaag 13142476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 443 - 513
Target Start/End: Original strand, 8770861 - 8770931
Alignment:
Q  443 tttcaaacttaatctaataaccatacttgaccttaggcataccagtagcaagccttaacagttgacacaaa 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  8770861 tttcaaacttaatctaataaccatacttgaccttaggcatatcagtagcaagcattaacagttcacacaaa 8770931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 128 - 271
Target Start/End: Original strand, 22680645 - 22680788
Alignment:
Q  128 cgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggcctttta-cctgtcaaagactttattttaagcctggcct 226  Q
    |||||| || |||||||||||||||||| |||||| |||||||| || | ||||| || ||||| ||| |||||||||| ||||| |||||||||||| |    
T  22680645 cgagccaggttttgcttaaataggctagacctagtcgaaaaaaccaaagtctaagtct-ggcctattagcctgtcaaaggctttactttaagcctggcgt 22680743  T
Q  227 gacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagc 271  Q
    | ||| |||||||||| |  ||  || ||||||||| ||||||||    
T  22680744 ggcctctttaaaagtccggcctagcctattagcctgcctaaaagc 22680788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 513 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 28314608 - 28314557
Alignment:
Q  513 aagagtaactcaaaagagttactccaaatcttaacccttcatcttaataata 564  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28314608 aagagtaactcaaaagatttactccaaatctaaacccttcatcttaataata 28314557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 817 - 859
Target Start/End: Original strand, 16072895 - 16072937
Alignment:
Q  817 gatattcattctttttaggttttattttgatccattcatgtat 859  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16072895 gatattcattctttttaggttttattttgatccattcatgtat 16072937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 513 - 566
Target Start/End: Original strand, 28313859 - 28313912
Alignment:
Q  513 aagagtaactcaaaagagttactccaaatcttaacccttcatcttaataataat 566  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||    
T  28313859 aagagtaactcaaaagagttactccaaatcttgacccttcatcctaatattaat 28313912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 513 - 566
Target Start/End: Original strand, 19990295 - 19990348
Alignment:
Q  513 aagagtaactcaaaagagttactccaaatcttaacccttcatcttaataataat 566  Q
    |||||||| || ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  19990295 aagagtaagtctaaagacttactccaaatctaaacccttcatcttaataataat 19990348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 131 - 227
Target Start/End: Original strand, 49831758 - 49831853
Alignment:
Q  131 gccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggcctttta-cctgtcaaagactttattttaagcctggcctg 227  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||| | ||||  |||| |||| |||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  49831758 gccgagctttgcttaaataggccaggtccagttttaaaa-ctaaagcctaagcct-ggcctattagcctgtcaaagactttactttaagcctggcctg 49831853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 124 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 2753572 - 2753458
Alignment:
Q  124 aggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggcctttta-cctgtcaaagactttattttaagcctg 222  Q
    ||||||| ||| || ||||||||||| |  ||||||||||||||||||||| |||||| ||| | ||| ||| ||| |||||| ||||| |||||| |||    
T  2753572 aggccgaaccgagcgttgcttaaatatgtcaggcctagttgaaaaaactaaagcctaaacct-gacctattagcctctcaaaggctttactttaagtctg 2753474  T
Q  223 gcctgacctttttaaa 238  Q
     ||||| |||||||||    
T  2753473 ccctgatctttttaaa 2753458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 137 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 43403509 - 43403407
Alignment:
Q  137 ctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacc-tgtcaaagactttattttaagcctggcctgaccttttt 235  Q
    ||||||||||||| |  || |||||||||||||| ||| || |||| || | ||| ||| | ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  43403509 ctttgcttaaataagtcagacctagttgaaaaaattaaagcataagtct-gacctattagcatgtcaaagactttattttaagtctgacctgaccttttt 43403411  T
Q  236 aaaa 239  Q
    ||||    
T  43403410 aaaa 43403407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 513 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 16073352 - 16073302
Alignment:
Q  513 aagagtaactcaaaagagttactccaaatcttaacccttcatcttaataat 563  Q
    |||||||| || ||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  16073352 aagagtaagtctaaagacttattccaaatctaaacccttcatcttaataat 16073302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 178; Significance: 2e-95; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 106 - 440
Target Start/End: Original strand, 692800 - 693132
Alignment:
Q  106 taggggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacc-tgtcaaa 204  Q
    ||||| |||||||||| | |  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||| |||||||    
T  692800 tagggctgggaatgagtcggatcgagtcgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaagacctaagtcttggccttttaccatgtcaaa 692899  T
Q  205 gactttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttg 304  Q
    |  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||| ||||||  | || | ||||||||||||||||||||||  |    
T  692900 ggatttattttaagtctggcctgacctttttaaaagtctggtatgacctattagcctgtttaaaagtctggtctgtgttacaaatttcaaacagagtccg 692999  T
Q  305 ttcatcaaattgtttctcctttcaatttgtacaatgtactaaatatagagataaacattaattagatagagattaaactaatgaaacacaattgtaaaat 404  Q
    |||||||| || |||||   |||||||||| ||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||| | |||||| |||| |||||||||||||||||    
T  693000 ttcatcaatttttttct---ttcaatttgtgcaacgtacttaatatagaggtaaacattaattagatacaaattaaattaataaaacacaattgtaaaat 693096  T
Q  405 ttatagatggatagaaactccagaataatcatgtct 440  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  693097 ttatagatggatagaaactcaagaataatcatgtct 693132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 167; E-Value: 6e-89
Query Start/End: Original strand, 106 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 22293570 - 22293236
Alignment:
Q  106 taggggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaag 205  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||  ||||||||||||||||  | ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  22293570 taggggtgggaatgagccgagccgagccgaactttgcttaaataggcctgacctagttgaaaaatctaaggcctaagccttggccttttacctgtcaaat 22293471  T
Q  206 actttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgt 305  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||  || |||  || |||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||| ||||||| |    
T  22293470 actttattttaagtttggcctgacctttttaaaagcttggtctagcctattagcctgtctaaaagtctagtttgtgttacaaatttcaaatagagtttat 22293371  T
Q  306 tcatcaaattgtttctcctttcaatttgtacaatgtactaaatatagagataaacattaattagatagagattaaactaatgaaacacaattgtaaaatt 405  Q
    ||||| | || | | || ||||||||||  ||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||  ||||| ||||||||    
T  22293370 tcatccatttttctttcttttcaatttgagcaaggtacttaatgtagagataaacattaattagatacaaattaaactaataaagtacaatcgtaaaatt 22293271  T
Q  406 tatagatggatagaaactccagaataatcatgtct 440  Q
    || |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  22293270 taaagatggatagaaactcaagaataatcatgtct 22293236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 105 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 16166859 - 16166566
Alignment:
Q  105 ctaggggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaa 204  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||    
T  16166859 ctaggggtgggaatgagccgggccgagccggacattgcttaaataagctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaaaccttggccttttacctgtccaa 16166760  T
Q  205 gactttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttg 304  Q
    | |||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||    || || |||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||     
T  16166759 ggctttattttaagcctgacctggcctttttaaaagcctagcatggcctattagcctgtctaaaagcctagtttgtgttataaatttcaaacagagttta 16166660  T
Q  305 ttcatcaaattgtttctcctttcaatttgtacaatgtactaaatatagagataaacattaattagatagagattaaactaatgaaacacaattg 398  Q
     ||||||| || ||| |||||||||||||| |||  |||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||    
T  16166659 ctcatcaacttttttttcctttcaatttgtgcaacatacttaatatagagataaacattaattagatacaaattaaactaataaaacacaattg 16166566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 157; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 110 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 22300562 - 22300177
Alignment:
Q  110 ggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaagactt 209  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |   ||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||| |||    
T  22300562 ggtgggaatgagccgggccgagccgggctttgcttaaatatgtctggcctagttgaaaaatctaaggcctaaaccttggctttttacctgtcaaaggctt 22300463  T
Q  210 tattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgttcat 309  Q
    ||||||||||||| | || ||||||||||||  ||  ||  || |||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| | |||||    
T  22300462 tattttaagcctgacatggcctttttaaaagcttggcctagcctattagcctatctaaaagcctagtttgtgttacaaatttcaaatagagtctattcat 22300363  T
Q  310 caaattgtttctcctttcaatttgtacaatgtactaaatatagagataaacattaattagatagagattaaactaatgaaacacaattgtaaaatttata 409  Q
    | | || | | || ||||||||||| ||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||| || |||||| |||||||||| |    
T  22300362 ccatttttctttcttttcaatttgtgcaaggtacttaatgtagagataaacattaattagatacaaattaaaccaataaagcacaatcgtaaaatttaaa 22300263  T
Q  410 gatggatagaaactccagaataatcatgtct------------gatttcaaacttaatctaataaccatacttgaccttaggcata 483  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||            ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  22300262 gatggatagaaactcaagaatagtcatgtctcatgacaagaaggatttcaaacttaatctgataaccatacttaaccttaggcata 22300177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 115; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 105 - 303
Target Start/End: Original strand, 4127218 - 4127415
Alignment:
Q  105 ctaggggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaa 204  Q
    |||||| || ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  4127218 ctagggatgagaatgagccgggccgagtcgggctttgcttaaataggctaggcctagcggaaaaacctaaggcctaagccttggccttttacctgtcaaa 4127317  T
Q  205 gactttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagttt 303  Q
    | ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||| || ||| | |||||||||| ||||| |||||    
T  4127318 ggctttattttaagcctggtctggcctttttaaaagcctgacctgaccaattagcctgtctaaaagcctactttgt-ttacaaatttgaaacatagttt 4127415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 242 - 443
Target Start/End: Original strand, 15055375 - 15055576
Alignment:
Q  242 ctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgttcatcaaattgtttctcctttcaatttgtacaatgt 341  Q
    ||||| ||||| ||||  ||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||    | |||| | || | | || |||||||||||||||  |    
T  15055375 ctgatttgacctattactctgtctaaaagcttagtctgtgttacaaatttcaaatagagcccatgcatccatttttctttcttttcaatttgtacaacat 15055474  T
Q  342 actaaatatagagataaacattaattagatagagattaaactaatgaaacacaattgtaaaatttatagatggatagaaactccagaataatcatgtctg 441  Q
    ||| ||| ||||||||||||||||||| ||| | |||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  15055475 acttaatgtagagataaacattaattaaatacacattaaattaataaaacacaatcgtaaaatttatagatggatagaaactcaagaatagtcatgtctg 15055574  T
Q  442 at 443  Q
    ||    
T  15055575 at 15055576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 165 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 16464206 - 16464069
Alignment:
Q  165 aaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaagactttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtc 264  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||| |   |||||||||||| |||||  |||||| |||||||||||||| || |||   | ||||| |||||    
T  16464206 aaaaaactaaggcctaagccttggtcttttatccagcaaagactttatattaagtttggcctaacctttttaaaagtttggtctagtctattagtctgtc 16464107  T
Q  265 taaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtt 302  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  16464106 taaaagcttagtttgtgttacaaatttcaaatagagtt 16464069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 109 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 6139240 - 6139120
Alignment:
Q  109 gggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaagact 208  Q
    ||||||||||||||| ||||||| | | ||||||||||||||||  | |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||  ||    
T  6139240 gggtgggaatgagccgggccgagtctgactttgcttaaataggcctgacctaattgaaaaaactaaggcctaagccttggccttttacccctcaaatgct 6139141  T
Q  209 ttattttaagcctggcctgac 229  Q
    ||||||||||  |||||||||    
T  6139140 ttattttaagtttggcctgac 6139120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 254 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 6139117 - 6138939
Alignment:
Q  254 attagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgttcatcaaattgtttctcctttcaatttgtacaatgtactaaatataga 353  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||  |||||| | || | | || ||||||||||  |||  |||              
T  6139117 attagcctgtctaaaagcctagtttatgttacaaatttcaaatggagttcattcatccatttttctatcttttcaatttgagcaacatac---------- 6139028  T
Q  354 gataaacattaattagatagagattaaactaatgaaacacaattgtaaaatttatagatggatagaaactccagaataatcatgtctgat 443  Q
     |||||||||||||||||| | ||| ||||||| ||||||||| |||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  6139027 -ataaacattaattagatacacatttaactaataaaacacaatcgtaaaattgatggatggatagaaactcaagaataatcatgtctgat 6138939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 441 - 513
Target Start/End: Original strand, 4127457 - 4127529
Alignment:
Q  441 gatttcaaacttaatctaataaccatacttgaccttaggcataccagtagcaagccttaacagttgacacaaa 513  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||| |||||||    
T  4127457 gatttcaaacttaatctactaaccatacttgaccttaggcatatcagtagcaaaccttgaccgttcacacaaa 4127529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 364 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 16464043 - 16463964
Alignment:
Q  364 aattagatagagattaaactaatgaaacacaattgtaaaatttatagatggatagaaactccagaataatcatgtctgat 443  Q
    ||||||||| | ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||| |||| | ||| ||||||||||||||    
T  16464043 aattagatacacattaaactaataaaacacaatcgtaaaatttatagatgaatataaacacaagagtaatcatgtctgat 16463964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 138 - 261
Target Start/End: Original strand, 17313890 - 17314013
Alignment:
Q  138 tttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggcctttta-cctgtcaaagactttattttaagcctggcctgaccttttta 236  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||| || | ||| ||| | ||||||||  ||||||||||| ||||| || || |||||    
T  17313890 tttgcttaaataggttaggcctagttgaaaaaactaaagcgtaagtct-gacctattagcttgtcaaaggttttattttaagtctggcttggccatttta 17313988  T
Q  237 aaagtctgatctgacccattagcct 261  Q
    |||||| || |||||  ||||||||    
T  17313989 aaagtccgacctgacatattagcct 17314013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 110 - 185
Target Start/End: Original strand, 29426727 - 29426802
Alignment:
Q  110 ggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcct 185  Q
    ||||||||||||| ||||| |||| | ||||||||||||||||   || ||||||||||||||||  |||||||||    
T  29426727 ggtgggaatgagctaggccaagcccgactttgcttaaataggccgagcttagttgaaaaaactaaaacctaagcct 29426802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 169; Significance: 4e-90; HSPs: 17)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 4e-90
Query Start/End: Original strand, 513 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 48208399 - 48208188
Alignment:
Q  513 aagagtaactcaaaagagttactccaaatcttaacccttcatcttaataataataattaatggccaagattaattactaataatttttaggtgtggttaa 612  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48208399 aagagtaactcaaaagaattactccaaatcttaacccttcatcttaataataat---taatggctaagattaattactaataatttttaggtgtggttaa 48208303  T
Q  613 atcaggagaattgcataagatcggtgcagttaaagttaattcatcccttccctttcaacctcgttgagtttcgtggcaatggcacacacacctttgccta 712  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||    
T  48208302 atcaggagaattgcataacatcggtgcgtttaaagttaattcatcccttccctttcaacctcgttgagtttcacggcaatggcacacacacttttgccta 48208203  T
Q  713 ataactccattgata 727  Q
    |||||||||||||||    
T  48208202 ataactccattgata 48208188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 158; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 109 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 53200555 - 53200267
Alignment:
Q  109 gggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaagact 208  Q
    ||||||||||| ||| |||||||| ||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||| |||||||||    
T  53200555 gggtgggaatgggccgggccgagctgggttttgcttaaataagctaggcctaattgaaaaaactaaggtctaagccttggcgttttacctatcaaagact 53200456  T
Q  209 ttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgttca 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||    ||||| |||||||||||||||||| | |||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  53200455 ttattttaagcctggcctgaccttttcaaaagcctagcttgacctattagcctgtctaaaagccttgtttgtgttataaatttcaaacagagtttgttca 53200356  T
Q  309 tcaaattgtttctcctttcaatttgtacaatgtactaaatatagagataaacattaattagatagagattaaactaatgaaacacaattg 398  Q
    || |||| ||| |||||||||||||| |||  | || ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||    
T  53200355 tc-aattttttttcctttcaatttgtgcaacatgcttaatatagagataaacattaattagatacaaattaaactaataaaacacaattg 53200267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 158; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 106 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 54739940 - 54739603
Alignment:
Q  106 taggggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaag 205  Q
    |||||||||||||||| | |||||||  || ||||||||||||||||  | ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||     
T  54739940 taggggtgggaatgagtctggccgagttggcctttgcttaaataggcctgacctagttgaaacaactaaggcctaagccttggccttttacttgtcaaat 54739841  T
Q  206 actttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgt 305  Q
     ||||||||||||| ||| ||| |||||||||| |||||  |||||| |||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||   |    
T  54739840 gctttattttaagcatggtctggcctttttaaatgtctggcctgacctattagcctgtctaaaagcctagtttgtattacaaatttcaaacagagtccat 54739741  T
Q  306 tcatcaaattgtttctcctttcaatttgtacaatgtactaaatatagagataaacattaattagatagagattaaactaatgaaacacaattgtaaaatt 405  Q
    ||||| | || | |||| |||||||||||  ||  |||| ||| ||||||||||||||||| | ||| | ||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  54739740 tcatccatttttctctcttttcaatttgtgtaacatacttaatgtagagataaacattaatcaaatacacattaaactaattaaacacaatcgtaaaatt 54739641  T
Q  406 tatagatggatagaaactccagaataatcatgtctgat 443  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  54739640 tatagatggatataaactcaagaataatcatgtctgat 54739603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 134; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 105 - 443
Target Start/End: Original strand, 9797931 - 9798244
Alignment:
Q  105 ctaggggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaa 204  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||| |||||    
T  9797931 ctaggggtgggaataagccgggccgagccggactttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaagcctaagccttgaccttttacctatcaaa 9798030  T
Q  205 gactttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttg 304  Q
    | || |||||||||| |||                      ||||||| |||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||  ||||||||    
T  9798031 ggctatattttaagcttgg----------------------tctgacctattaacctgtctaaaagcctagtttgtgttacaaatttcaacgagagtttg 9798108  T
Q  305 ttcatcaaattgtttctcctttcaatttgtacaatgtactaaatatagagataaacattaattagatagagattaaactaatgaaacacaattgtaaaat 404  Q
    |||||||| || |||||   |||||||||| ||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  9798109 ttcatcaatttttttct---ttcaatttgtgcaatgcacttaatatagatataaacattaattagatacaaattaaactaataaaacataattgtaaaat 9798205  T
Q  405 ttatagatggatagaaactccagaataatcatgtctgat 443  Q
    |||||||||||||||||||  |||| |||||||| ||||    
T  9798206 ttatagatggatagaaactaaagaaaaatcatgtttgat 9798244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 115; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 133 - 413
Target Start/End: Original strand, 44027771 - 44028047
Alignment:
Q  133 cgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaagactttattttaagcctggcctgacctt 232  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| | ||||| || || ||||||   ||||||| |||||||||||| ||| |||||||||    
T  44027771 cgggctttgcttaaataggttaggcctagttgaaaaaattaaagtctaagtcttggtcttttattggtcaaaggctttattttaagtctgacctgacctt 44027870  T
Q  233 tttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacagagtttgttcatcaaattgtttctcctttcaattt 332  Q
    ||||||| | || |||| || ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| |||||  | ||| |||||| |||||    
T  44027871 tttaaaaatttggtctggcctattagcctgtctaaaagtttagtttgtgttacaaatttcaaacaatgtttgtttatcaa--tttttttccttttaattt 44027968  T
Q  333 gtacaatgtactaaatatagagataaacattaattagatagagattaaactaatgaaacacaattgtaaaatttatagatg 413  Q
    || || | |||| |  ||||| | |||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  44027969 gtgcagtatactta--atagaaacaaacattaattagatacaaattaaactaataaaacacaattgtaaaatttattgatg 44028047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 814 - 891
Target Start/End: Complemental strand, 48208101 - 48208024
Alignment:
Q  814 ggagatattcattctttttaggttttattttgatccattcatgtatcgatgcaactgcaccatttatcactgtcatgt 891  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48208101 ggagatattcattctttttagattttattttgatccattcatgtattgatgcaactgcaccatttatcactgtcatgt 48208024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 125 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 1071084 - 1070969
Alignment:
Q  125 ggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaagactttattttaagcctggc 224  Q
    |||||||||||||| || ||||||||| | | |||| |||||||||||||||||  ||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||| || |     
T  1071084 ggccgagccgggctctgattaaataggtttgacctaattgaaaaaactaaggcccgagccttggccttttacctatcaatgactttattttaagtctaga 1070985  T
Q  225 ctgacctttttaaaag 240  Q
    |||| |||||||||||    
T  1070984 ctgatctttttaaaag 1070969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 513 - 566
Target Start/End: Complemental strand, 54695727 - 54695674
Alignment:
Q  513 aagagtaactcaaaagagttactccaaatcttaacccttcatcttaataataat 566  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  54695727 aagagtaactcaaaagagttactccaaatctaaacccttcatcttaataataat 54695674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 106 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 4958143 - 4958007
Alignment:
Q  106 taggggtgggaatgagccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttac-ctgtcaaa 204  Q
    ||||||||||||||| || || |||| |||| |||||||||||||||   || ||| |||||||| ||| | |||||||| | ||| |||  ||||||||    
T  4958143 taggggtgggaatgaaccgggtcgagtcgggatttgcttaaataggccgagcttagatgaaaaaattaaagtctaagcct-gacctattagtctgtcaaa 4958045  T
Q  205 gactttattttaagcctggcctgacctttttaaaagtc 242  Q
    | ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  4958044 ggctttattttaagcctagcctgacctttataaaagtc 4958007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 513 - 566
Target Start/End: Original strand, 54694949 - 54695002
Alignment:
Q  513 aagagtaactcaaaagagttactccaaatcttaacccttcatcttaataataat 566  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||    
T  54694949 aagagtaactcaaaagagttactccaaatcttgacccttcatcctaatattaat 54695002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 200 - 268
Target Start/End: Original strand, 43106278 - 43106347
Alignment:
Q  200 tcaaagactttattttaagcctggcctgacctttttaaaagt-ctgatctgacccattagcctgtctaaa 268  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| | || || ||| |||||||||||||||    
T  43106278 tcaaagactttattttaagtctgacctgacctttttaaaagtccggacctcacctattagcctgtctaaa 43106347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 526 - 566
Target Start/End: Complemental strand, 263518 - 263478
Alignment:
Q  526 aagagttactccaaatcttaacccttcatcttaataataat 566  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  263518 aagagttactccaaatctaaacccttcatcttaataataat 263478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 128 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 50385667 - 50385564
Alignment:
Q  128 cgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacctgtcaaagactttattttaagcctggcctg 227  Q
    |||||||| |||| ||||||||||    ||||||||||||||||||| |||||||  |||        ||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  50385667 cgagccggactttacttaaataggtcgagcctagttgaaaaaactaaagcctaaggttag--------cctgtcaaagactttattt-aagcctgacctg 50385577  T
Q  228 acctttttaaaag 240  Q
    |||||||||||||    
T  50385576 acctttttaaaag 50385564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 441 - 513
Target Start/End: Original strand, 9798258 - 9798330
Alignment:
Q  441 gatttcaaacttaatctaataaccatacttgaccttaggcataccagtagcaagccttaacagttgacacaaa 513  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||  |||||||||  |||  |||||||||||||||| |||| |||||||    
T  9798258 gatttcaaacgtaatctaataatcatttttgaccttacacatgtcagtagcaagccttaatagttcacacaaa 9798330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 121 - 271
Target Start/End: Original strand, 50496168 - 50496319
Alignment:
Q  121 gccaggccgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaa-ctaaggcctaagcctaggccttttacctg-tcaaagactttattttaag 218  Q
    |||||| | ||||||| |||||||||| |||  ||  ||||||||||||| |||| ||||||| || ||||| ||| ||  |||||  ||||||||||||    
T  50496168 gccaggtcaagccgggttttgcttaaacaggtcagatctagttgaaaaaaactaaagcctaagtct-ggcctattagcttatcaaatgctttattttaag 50496266  T
Q  219 cctggcctgacctttttaaaagtctgatctgacccattagcctgtctaaaagc 271  Q
     ||| ||||| ||||||||||| || | |||||| |||| | |||||||||||    
T  50496267 tctgacctgatctttttaaaagcctaacctgacctattaacgtgtctaaaagc 50496319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 513 - 566
Target Start/End: Complemental strand, 33639683 - 33639630
Alignment:
Q  513 aagagtaactcaaaagagttactccaaatcttaacccttcatcttaataataat 566  Q
    |||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||    
T  33639683 aagagtaagtctaaagacttactccagatcttaacccttcattttaaaaataat 33639630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 513 - 566
Target Start/End: Original strand, 48452934 - 48452986
Alignment:
Q  513 aagagtaactcaaaagagttactccaaatcttaacccttcatcttaataataat 566  Q
    |||||||| || |||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||    
T  48452934 aagagtaagtctaaagagttactcaaaatcttaa-tcttcatcttaataataat 48452986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0004 (Bit Score: 54; Significance: 2e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0004
Description:

Target: scaffold0004; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 128 - 240
Target Start/End: Original strand, 33727 - 33839
Alignment:
Q  128 cgagccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggcctttta-cctgtcaaagactttattttaagcctggcct 226  Q
    |||||||||||||||||||||||||   ||||| ||||||||||||| ||||||| || ||||| ||| || ||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  33727 cgagccgggctttgcttaaataggccgagcctatttgaaaaaactaaagcctaagtct-ggcctattagcccgtcgaaggctttattttaagcctggcct 33825  T
Q  227 gacctttttaaaag 240  Q
    | ||||||||||||    
T  33826 ggcctttttaaaag 33839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University