View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14904_low_5 (Length: 549)

Name: NF14904_low_5
Description: NF14904
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14904_low_5
NF14904_low_5
[»] chr4 (12 HSPs)
chr4 (221-535)||(55558641-55558955)
chr4 (221-533)||(35856294-35856607)
chr4 (221-533)||(13337622-13337935)
chr4 (239-533)||(49710577-49710872)
chr4 (302-533)||(49786371-49786603)
chr4 (340-533)||(13344441-13344635)
chr4 (225-346)||(1861068-1861189)
chr4 (221-321)||(617956-618056)
chr4 (153-224)||(30964373-30964444)
chr4 (153-224)||(8254959-8255030)
chr4 (153-224)||(8268377-8268448)
chr4 (155-224)||(4305659-4305728)
[»] chr7 (17 HSPs)
chr7 (221-535)||(42232386-42232701)
chr7 (225-529)||(21069586-21069890)
chr7 (221-533)||(9000664-9000977)
chr7 (221-533)||(22844190-22844503)
chr7 (221-533)||(12780667-12780980)
chr7 (221-434)||(5828174-5828387)
chr7 (221-535)||(7037107-7037422)
chr7 (302-533)||(12785521-12785753)
chr7 (1-224)||(41089826-41090049)
chr7 (153-224)||(38306193-38306264)
chr7 (156-224)||(47325963-47326031)
chr7 (153-224)||(3419734-3419805)
chr7 (164-224)||(25160758-25160818)
chr7 (154-224)||(5860366-5860436)
chr7 (174-224)||(10244135-10244185)
chr7 (132-224)||(3867027-3867119)
chr7 (158-224)||(33435047-33435112)
[»] scaffold0118 (1 HSPs)
scaffold0118 (221-535)||(28237-28551)
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (223-535)||(21113262-21113574)
chr8 (221-533)||(25218084-25218397)
chr8 (239-533)||(30325880-30326175)
chr8 (221-527)||(25208572-25208879)
chr8 (221-529)||(7822225-7822534)
chr8 (153-224)||(9519431-9519502)
chr8 (153-224)||(36630769-36630840)
chr8 (155-224)||(32066373-32066442)
chr8 (153-224)||(24995473-24995544)
chr8 (153-224)||(34389083-34389154)
chr8 (166-224)||(37986936-37986994)
chr8 (171-224)||(31207440-31207492)
chr8 (164-211)||(10248644-10248691)
[»] chr5 (18 HSPs)
chr5 (221-535)||(24629471-24629785)
chr5 (221-535)||(10025365-10025679)
chr5 (221-535)||(30346147-30346461)
chr5 (221-532)||(25542314-25542625)
chr5 (221-533)||(3690364-3690677)
chr5 (221-533)||(3876110-3876423)
chr5 (221-533)||(27881471-27881784)
chr5 (221-533)||(37261690-37262003)
chr5 (221-533)||(8428104-8428417)
chr5 (221-533)||(17871158-17871470)
chr5 (225-533)||(14192331-14192640)
chr5 (221-522)||(37373323-37373625)
chr5 (221-533)||(39883570-39883875)
chr5 (155-224)||(698295-698364)
chr5 (155-224)||(18593177-18593246)
chr5 (153-224)||(34378030-34378101)
chr5 (153-212)||(29087413-29087472)
chr5 (153-213)||(7392120-7392179)
[»] chr1 (18 HSPs)
chr1 (221-535)||(52500964-52501278)
chr1 (221-533)||(16042412-16042723)
chr1 (221-533)||(36207602-36207915)
chr1 (221-533)||(6310513-6310826)
chr1 (221-533)||(37389671-37389984)
chr1 (221-479)||(2452690-2452949)
chr1 (221-535)||(2329553-2329868)
chr1 (220-468)||(48774920-48775168)
chr1 (221-321)||(48233765-48233865)
chr1 (153-224)||(5389499-5389570)
chr1 (153-224)||(24450008-24450079)
chr1 (153-224)||(41920385-41920455)
chr1 (154-224)||(30685982-30686052)
chr1 (155-224)||(46692897-46692966)
chr1 (153-224)||(31585838-31585909)
chr1 (153-226)||(24684554-24684626)
chr1 (176-224)||(20113599-20113647)
chr1 (184-224)||(24658892-24658932)
[»] chr2 (15 HSPs)
chr2 (223-535)||(24268588-24268900)
chr2 (221-515)||(27192876-27193171)
chr2 (221-515)||(27842690-27842985)
chr2 (221-533)||(27509761-27510074)
chr2 (221-535)||(24246211-24246525)
chr2 (221-533)||(21395757-21396070)
chr2 (225-530)||(35610044-35610349)
chr2 (221-521)||(41919728-41920016)
chr2 (302-533)||(28665715-28665947)
chr2 (302-533)||(37824549-37824781)
chr2 (373-523)||(17683442-17683593)
chr2 (221-313)||(3642979-3643071)
chr2 (221-285)||(17683597-17683661)
chr2 (153-224)||(39338943-39339014)
chr2 (155-224)||(10524031-10524100)
[»] chr3 (18 HSPs)
chr3 (221-528)||(10110987-10111294)
chr3 (221-535)||(10000794-10001108)
chr3 (221-474)||(10237941-10238194)
chr3 (221-533)||(10968301-10968614)
chr3 (221-533)||(52918413-52918726)
chr3 (221-517)||(50410555-50410852)
chr3 (223-533)||(13530428-13530739)
chr3 (221-533)||(11369026-11369338)
chr3 (221-533)||(33158-33471)
chr3 (221-533)||(10039017-10039319)
chr3 (469-535)||(10244920-10244986)
chr3 (153-223)||(20611715-20611785)
chr3 (153-224)||(2392584-2392655)
chr3 (153-224)||(2394331-2394402)
chr3 (153-224)||(34475832-34475903)
chr3 (153-224)||(47235648-47235719)
chr3 (491-535)||(27275059-27275103)
chr3 (153-224)||(19176435-19176505)
[»] scaffold0225 (1 HSPs)
scaffold0225 (220-535)||(13795-14110)
[»] scaffold0262 (1 HSPs)
scaffold0262 (221-535)||(19392-19706)
[»] scaffold0134 (1 HSPs)
scaffold0134 (225-535)||(4778-5088)
[»] scaffold0017 (1 HSPs)
scaffold0017 (221-535)||(186941-187253)
[»] scaffold0003 (2 HSPs)
scaffold0003 (221-533)||(183198-183511)
scaffold0003 (221-399)||(165920-166098)
[»] scaffold0356 (1 HSPs)
scaffold0356 (221-535)||(17394-17709)
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (221-534)||(12517661-12517975)
chr6 (221-533)||(30881713-30882025)
chr6 (221-394)||(2201838-2202011)
chr6 (373-523)||(10188561-10188712)
chr6 (390-533)||(2200417-2200561)
chr6 (221-321)||(18344512-18344612)
chr6 (153-224)||(16510379-16510450)
chr6 (166-224)||(3117438-3117496)
chr6 (221-281)||(10187931-10187991)
chr6 (221-291)||(18814133-18814203)
chr6 (164-213)||(20701892-20701941)
[»] scaffold0002 (2 HSPs)
scaffold0002 (222-535)||(320853-321167)
scaffold0002 (453-535)||(319233-319314)
[»] scaffold0073 (2 HSPs)
scaffold0073 (221-532)||(32319-32631)
scaffold0073 (240-535)||(157-453)
[»] scaffold0107 (1 HSPs)
scaffold0107 (273-533)||(42414-42675)
[»] scaffold0550 (1 HSPs)
scaffold0550 (221-533)||(87-404)
[»] scaffold1139 (1 HSPs)
scaffold1139 (256-533)||(1439-1717)
[»] scaffold0090 (1 HSPs)
scaffold0090 (302-533)||(48479-48711)
[»] scaffold0068 (1 HSPs)
scaffold0068 (155-224)||(35849-35919)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 295; Significance: 1e-165; HSPs: 12)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 221 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 55558955 - 55558641
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55558955 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttcggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 55558856  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55558855 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcatttttggacatgatatcacgcattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 55558756  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttcataatctcaatagggactg 520  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  55558755 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcctcataatctcaatagggactg 55558656  T
Q  521 tcagcgtcgagtgtg 535  Q
    |||||||||||||||    
T  55558655 tcagcgtcgagtgtg 55558641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 221 - 533
Target Start/End: Original strand, 35856294 - 35856607
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||| |||||||  || ||||||||||||| | |||||||||||  | |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||    
T  35856294 tttgacgaattgaccgaggcatcaacaatatccggcctcgttcctcctcggacaacaggcaatatctgcctaaaatcaccacctaaaactactgtcattc 35856393  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    ||||||| |||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  35856394 caccaaaaggtttaagtgcgtttaggggatcattcttggacatgatatcacgcaatgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcggtgcatcattggagc 35856493  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttca-taatctcaatagggact 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||    
T  35856494 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgacgcctcattaatctcaatagggact 35856593  T
Q  520 gtcagcgtcgagtg 533  Q
    ||| |||| |||||    
T  35856594 gtcggcgtggagtg 35856607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 221 - 533
Target Start/End: Original strand, 13337622 - 13337935
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||| |||||||  || ||||||||||||| | |||||||||||  | |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||    
T  13337622 tttgacgaattgaccgaggcatcaacaatatccggcctcgttcctcctcggacaacaggcaatatctgcctaaaatcaccacctaaaactactgtcattc 13337721  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    ||||||| |||||||    |||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||    
T  13337722 caccaaaaggtttaagtgtgtttaggggatcattcttggacatgatatcacgcaatgatcggtcaactgcctcaaaccaccatcggtgcatcattggagc 13337821  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttca-taatctcaatagggact 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||    
T  13337822 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgacgcctcattaatctcaatagggact 13337921  T
Q  520 gtcagcgtcgagtg 533  Q
     || |||| |||||    
T  13337922 atcggcgtggagtg 13337935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 239 - 533
Target Start/End: Original strand, 49710577 - 49710872
Alignment:
Q  239 gcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaatggtttaaact 338  Q
    |||||||||||||   |||||||||||  | | |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |     
T  49710577 gcatcaacaatatctggcctcgttcctcctcgaacaacaggcaatatctgcctaaaatcaccacctaaaactattgtcattccaccgaaaggtttaagcg 49710676  T
Q  339 cgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagcctcatcccaaattatcaa 438  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  49710677 cgtttaggggatcattcttggacatgatatcacgcaatgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcgatgcatcattggagcctcatcccaaattatcaa 49710776  T
Q  439 ctttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttc-ataatctcaatagggactgtcagcgtcgagtg 533  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49710777 ctttgcagcacgcacaaggtctgccctaggactatccttttgcatcttaagcgatgatgcctcgttaatctcaatagggactgtcagcgtcgagtg 49710872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 302 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 49786603 - 49786371
Alignment:
Q  302 cctaaaactattgtcattccaccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacacc 401  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||  ||||||    |||||||||||||||||||||||||||| ||  || ||||||||||||||||||||||||||    
T  49786603 cctaaaactattgccattccaccaaaaagtttaagtgtgtttaggggatcattcttggacatgatatcaagcaatgatcggtcaactgcctcaaaacacc 49786504  T
Q  402 atcagtgcatcaatggagcctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttc 501  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  49786503 atcggtgcatcattggagcctcatcccaaattatcaactttgcagcacacaccaggtctgcccaaggactatccttttccatcgtaagcgatgacgcctc 49786404  T
Q  502 a-taatctcaatagggactgtcagcgtcgagtg 533  Q
    | |||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  49786403 attaatctcaatagggactgtcggcgtggagtg 49786371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 143; E-Value: 7e-75
Query Start/End: Original strand, 340 - 533
Target Start/End: Original strand, 13344441 - 13344635
Alignment:
Q  340 gtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagcctcatcccaaattatcaac 439  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  13344441 gtttaggggatcattcttggacatgatatcacgcaatgatcggtcaactgcctcaaaccaccatcggtgcatcattggagcctcatcccaaattatcaac 13344540  T
Q  440 tttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttca-taatctcaatagggactgtcagcgtcgagtg 533  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||| || |||| |||||    
T  13344541 tttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgacgcctcattaatctcaatagggactatcggcgtggagtg 13344635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 98; E-Value: 5e-48
Query Start/End: Original strand, 225 - 346
Target Start/End: Original strand, 1861068 - 1861189
Alignment:
Q  225 atgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattccacc 324  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||    
T  1861068 atgaattgattgatgcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacaggcaatatttgcctgaaatcaccaccttacactattgtcattccacc 1861167  T
Q  325 aaatggtttaaactcgtttagg 346  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  1861168 aaatggtttaaactcgtttagg 1861189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 221 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 618056 - 617956
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||  ||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  618056 tttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcatgcctcgttccttttcagacaacatgcaatatctgcttgaaatcaccacctaaagctattgtcattc 617957  T
Q  321 c 321  Q
    |    
T  617956 c 617956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 153 - 224
Target Start/End: Original strand, 30964373 - 30964444
Alignment:
Q  153 gctgcaatctctgtttgccttgatttggtttttctctggtgtatcgggggcgaggggtgccatgctaatttg 224  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||    
T  30964373 gctgcaatctttgtttgacttgatttggtttttctctggtgtaccgagggcgaggggtgccctgctaatttg 30964444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 153 - 224
Target Start/End: Original strand, 8254959 - 8255030
Alignment:
Q  153 gctgcaatctctgtttgccttgatttggtttttctctggtgtatcgggggcgaggggtgccatgctaatttg 224  Q
    |||| ||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  8254959 gctgtaatctttgtttcacttgatttggtttttctctggtgtaccgggggcgaggggtgccctgctaatttg 8255030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 153 - 224
Target Start/End: Original strand, 8268377 - 8268448
Alignment:
Q  153 gctgcaatctctgtttgccttgatttggtttttctctggtgtatcgggggcgaggggtgccatgctaatttg 224  Q
    |||| ||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  8268377 gctgtaatctttgtttcacttgatttggtttttctctggtgtaccgggggcgaggggtgccctgctaatttg 8268448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 155 - 224
Target Start/End: Original strand, 4305659 - 4305728
Alignment:
Q  155 tgcaatctctgtttgccttgatttggtttttctctggtgtatcgggggcgaggggtgccatgctaatttg 224  Q
    |||||||| |||||| || ||||| |||||||||||||||| ||||||| || |||||| ||||||||||    
T  4305659 tgcaatctttgtttgactggatttcgtttttctctggtgtaccgggggcaagcggtgccctgctaatttg 4305728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 292; Significance: 1e-164; HSPs: 17)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 221 - 535
Target Start/End: Original strand, 42232386 - 42232701
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaa-ctattgtcatt 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  42232386 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttcggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaaactattgtcatt 42232485  T
Q  320 ccaccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggag 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42232486 ccaccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgatatcacgcattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggag 42232585  T
Q  420 cctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttcataatctcaatagggact 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  42232586 cctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcctcataatctcaatagggact 42232685  T
Q  520 gtcagcgtcgagtgtg 535  Q
    ||||||||||||||||    
T  42232686 gtcagcgtcgagtgtg 42232701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 225 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 21069890 - 21069586
Alignment:
Q  225 atgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattccacc 324  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  21069890 atgaattgattgatgcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacaggcaatatctacctgaaatcaccacctaaaactactgtgattccacc 21069791  T
Q  325 aaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagcctca 424  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| || | || |||||||||||||||||| | ||||| |||||||||     
T  21069790 aaatggtctaaactcgtttaggggatcattcttggacatgatatcacgcattgaccgatgaaatgcctcaaaacaccatcaatacatcattggagcctcg 21069691  T
Q  425 tcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttcataatctcaatagggactgtcag 524  Q
    | | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  21069690 ttcgaaattatcaagtttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcctcataatctcaatagggactgtcat 21069591  T
Q  525 cgtcg 529  Q
    |||||    
T  21069590 cgtcg 21069586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 221 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 9000977 - 9000664
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||| ||||||| ||| ||||||||||||| | |||||||||||  | |||||| ||||||||||||||| | ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  9000977 tttgacgaattgactgaggcatcaacaatatccggcctcgttcctcctcggacaataggcaatatctgcctaaaatcacaacctaaaactactgtcattc 9000878  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    ||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  9000877 caccaaaaggtttaagcgcgtttaggggatcattcttggacatgatatcacgcaatgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcggtgcatcattggagc 9000778  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttca-taatctcaatagggact 519  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  9000777 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcatcaggtctgccctaggactatccttttccatcttaagcgatgatgcctcattaatctcaatagggact 9000678  T
Q  520 gtcagcgtcgagtg 533  Q
    ||||||||||||||    
T  9000677 gtcagcgtcgagtg 9000664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 221 - 533
Target Start/End: Original strand, 22844190 - 22844503
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||| |||  ||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||| |||    
T  22844190 tttgatgaactgattgaggcatcaacaatatcatgcctcgttccttttcggatgacatgcaatatctgcatgaaatcaccacctaaaacttttgtctttc 22844289  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  22844290 caccaaaaggtctaaactcgtttaggggatcattcttggacatgatatcacgcattgatcgatcaactgcctcaaaacaccatcggtgcatcattggagc 22844389  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttca-taatctcaatagggact 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  22844390 ctcatcccaaattatcaactttgctacatgcaccaggtcttccctaggactatccttttcaatcgtaagcgatgatgcctcattaatctcaatagggact 22844489  T
Q  520 gtcagcgtcgagtg 533  Q
    ||||||||||||||    
T  22844490 gtcagcgtcgagtg 22844503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 221 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 12780980 - 12780667
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||| |||||||  || ||||||||||||| | |||||||||||  | |||| |||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  12780980 tttgacgaattgaccgaggcatcaacaatatccggcctcgttcctccttggactacaggcaacatctgcctaaaatcaccacctaaaactattgtcattc 12780881  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    ||||||| |||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  12780880 caccaaaaggtttaagtgcgtttaggggatcattcttggacatgatatcaaacaatgatcggacaactgcctcaaaacaccatcggtgcatcattggagc 12780781  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttca-taatctcaatagggact 519  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||| |||||||||||||||||    
T  12780780 ctcatcccaaattatcaactttgtagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgacacctcattaatctcaatagggact 12780681  T
Q  520 gtcagcgtcgagtg 533  Q
    ||| ||||||||||    
T  12780680 gtcggcgtcgagtg 12780667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 182; E-Value: 4e-98
Query Start/End: Original strand, 221 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 5828387 - 5828174
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||    
T  5828387 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacaggcaatatctgcctgaaatcaccacctaaaactaatatcattc 5828288  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  5828287 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgatatcacacattgatcgatcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcattggagc 5828188  T
Q  421 ctcatcccaaatta 434  Q
    ||||||||||||||    
T  5828187 ctcatcccaaatta 5828174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 172; E-Value: 4e-92
Query Start/End: Original strand, 221 - 535
Target Start/End: Original strand, 7037107 - 7037422
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||| |||||||  || ||||||||||||| | |||||||||||  | |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||    
T  7037107 tttgacgaattgaccgaggcatcaacaatatccggcctcgttcctcctcggacaacaggcaatatctgcctaaaatcaccacctaaaactactgtcattc 7037206  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    ||||||| |||||||   |||||| ||||||||||||| |||||||| |||  | ||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||| ||||||    
T  7037207 caccaaaaggtttaagtgcgtttaagggatcattcttgaacatgatatcacgtaatgatcggtcaactacctcaaaacaccattggtgcatcattggagc 7037306  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttca-taatctcaatagggact 519  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||    
T  7037307 ctcaccccaaattatcaactttgcagcatgcattaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgacgcctcattaatctcaatagggact 7037406  T
Q  520 gtcagcgtcgagtgtg 535  Q
    ||| |||| |||||||    
T  7037407 gtcggcgtggagtgtg 7037422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 153; E-Value: 8e-81
Query Start/End: Original strand, 302 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 12785753 - 12785521
Alignment:
Q  302 cctaaaactattgtcattccaccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacacc 401  Q
    |||||||||| || ||||||||||||  ||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| ||  || ||||||||||||||||||||||||||    
T  12785753 cctaaaactactgccattccaccaaaaagtttaagtgcgtttaggggatcattcttggacatgatatcaagcaatgatcggtcaactgcctcaaaacacc 12785654  T
Q  402 atcagtgcatcaatggagcctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttc 501  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  12785653 atcggtgcatcattggagcctcatcccaaattatcaactttgcagcacacaccaggtctgcccaaggactatccttttccatcgtaagcgatgacgcctc 12785554  T
Q  502 a-taatctcaatagggactgtcagcgtcgagtg 533  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  12785553 attaatctcaatagggactgtcagcgtggagtg 12785521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 41090049 - 41089826
Alignment:
Q  1 tgtatttattatagaacgatggtactaatgaacttttcatatggtcagcgaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtagaagcaaatttatttgatttgagtc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  41090049 tgtatttattatagaacgatggtactaatgaacttttcatatggtcagcgaacttttatattttttattttagtagaagcaaatttatttgatttgagtc 41089950  T
Q  101 ttggttagtataacctgatattttgttgaatgagattgagagatggggttttgctgcaatctctgtttgccttgatttggtttttctctggtgtatcggg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| | ||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41089949 ttggttagtataacctgatattttgttgaatgagatcgagagttggggtctagctacaatctttgtttgacttgatttggtttttctctggtgtatcggg 41089850  T
Q  201 ggcgaggggtgccatgctaatttg 224  Q
    ||||||||||||  ||||||||||    
T  41089849 ggcgaggggtgctctgctaatttg 41089826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 153 - 224
Target Start/End: Original strand, 38306193 - 38306264
Alignment:
Q  153 gctgcaatctctgtttgccttgatttggtttttctctggtgtatcgggggcgaggggtgccatgctaatttg 224  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||    
T  38306193 gctgcaatctttgtttgacttgatttggtttttctctggtgtacagggggcgaggggtgccctgctaatttg 38306264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 156 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 47326031 - 47325963
Alignment:
Q  156 gcaatctctgtttgccttgatttggtttttctctggtgtatcgggggcgaggggtgccatgctaatttg 224  Q
    ||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  47326031 gcaatctttgtttaacttgatttggtttttctctggtgtaccgggggcgaggggtgccttgctaatttg 47325963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 153 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 3419805 - 3419734
Alignment:
Q  153 gctgcaatctctgtttgccttgatttggtttttctctggtgtatcgggggcgaggggtgccatgctaatttg 224  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||||    
T  3419805 gctgcaatctttgtttgacttgatttggtttttctctggtataccgggggcgaggggtgccctgttaatttg 3419734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 164 - 224
Target Start/End: Original strand, 25160758 - 25160818
Alignment:
Q  164 tgtttgccttgatttggtttttctctggtgtatcgggggcgaggggtgccatgctaatttg 224  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||    
T  25160758 tgtttgacttggtttggtttttctctggtgtaccgagggcgaggggtgccctgctaatttg 25160818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 154 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 5860436 - 5860366
Alignment:
Q  154 ctgcaatctctgtttgccttgatttggtttttctctggtgtatcgggggcgaggggtgccatgctaatttg 224  Q
    ||||||||| |||||| ||  |||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  5860436 ctgcaatctttgtttggctgaatttggtttttctctactgtaccgggggcgaggggtgccctgctaatttg 5860366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 174 - 224
Target Start/End: Original strand, 10244135 - 10244185
Alignment:
Q  174 gatttggtttttctctggtgtatcgggggcgaggggtgccatgctaatttg 224  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||    
T  10244135 gatttggtttttctctggtgtaccgggggagaggggtgccctgctaatttg 10244185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 132 - 224
Target Start/End: Original strand, 3867027 - 3867119
Alignment:
Q  132 gagattgagagatggggttttgctgcaatctctgtttgccttgatttggtttttctctggtgtatcgggggcgaggggtgccatgctaatttg 224  Q
    ||||| |||||  ||||| | ||| |||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||| || |||||| ||||| | ||||||||||    
T  3867027 gagatcgagagtcggggtctagctacaatctttgtttgacttgatatggtttttctctggtgtaccgagggcgaagggtggcctgctaatttg 3867119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 158 - 224
Target Start/End: Original strand, 33435047 - 33435112
Alignment:
Q  158 aatctctgtttgccttgatttggtttttctctggtgtatcgggggcgaggggtgccatgctaatttg 224  Q
    ||||| |||||  |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||    
T  33435047 aatctttgtttagcttgatttggtttt-ctctggtgtaccgggggcgaggggtgccctgttaatttg 33435112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0118 (Bit Score: 287; Significance: 1e-161; HSPs: 1)
Name: scaffold0118
Description:

Target: scaffold0118; HSP #1
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 221 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 28551 - 28237
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  28551 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacatgcaatatctgcctgatatcaccaccttaaactattgtcattc 28452  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28451 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgatatcacgcattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 28352  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttcataatctcaatagggactg 520  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  28351 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcctcataatctcaatagggactg 28252  T
Q  521 tcagcgtcgagtgtg 535  Q
    |||||||||||||||    
T  28251 tcagcgtcgagtgtg 28237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 277; Significance: 1e-155; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 223 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 21113574 - 21113262
Alignment:
Q  223 tgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattcca 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21113574 tgatgaattgattgatgcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattcca 21113475  T
Q  323 ccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagcct 422  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21113474 ccaaatggtttaaacttgtttaggggatcattcttggacatgatatcacgcattgatcggtcaactgccgcaaaacaccatcagtgcatcaatggagcct 21113375  T
Q  423 catcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttcataatctcaatagggactgtc 522  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  21113374 catcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgtcctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcctcataatctcaatagggactgtc 21113275  T
Q  523 agcgtcgagtgtg 535  Q
    | |||||||||||    
T  21113274 aacgtcgagtgtg 21113262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 221 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 25218397 - 25218084
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||| |||||||  || ||||||||||||| | |||||||||||  | |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||    
T  25218397 tttgacgaattgaccgaggcatcaacaatatccggcctcgttcctcctcggacaacaggcaatatctgcctaaaatcaccacctaaaactactgtcattc 25218298  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    ||||||| |||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  25218297 caccaaaaggtttaagtgcgtttaggggatcattcttggacatgatatcacgcaatgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcggtgcatcattggagc 25218198  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttca-taatctcaatagggact 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||    
T  25218197 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgacgcctcattaatctcaatagggact 25218098  T
Q  520 gtcagcgtcgagtg 533  Q
    ||| |||| |||||    
T  25218097 gtcggcgtggagtg 25218084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 239 - 533
Target Start/End: Original strand, 30325880 - 30326175
Alignment:
Q  239 gcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaatggtttaaact 338  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||  | |||||| ||||||||||||||| | ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||       
T  30325880 gcatcaacaatatccggcctcgttcctcctcggacaataggcaatatctgcctaaaatcacaacctaaaactactgtcattccaccaaaaggtttaagtg 30325979  T
Q  339 cgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagcctcatcccaaattatcaa 438  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30325980 cgtttaggggatcattcttggacatgatatcacgcaatgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcggtgcatcattggagcctcatcccaaattatcaa 30326079  T
Q  439 ctttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttca-taatctcaatagggactgtcagcgtcgagtg 533  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||| || |||| |||||    
T  30326080 ctttgcagcatgcaccaggtctgccctaggactatcattttccatcgtaagcgatgacgcctcattaatctcaatagggactatcggcgtggagtg 30326175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 180; E-Value: 6e-97
Query Start/End: Original strand, 221 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 25208879 - 25208572
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||| |||||||  || ||||||||||||| | |||||||||||  | ||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||    
T  25208879 tttgacgaattgaccgaggcatcaacaatatccggcctcgttcctcctcggaaaacaggcaatatctgcctaaaatcaccacctaaaactactgtcattc 25208780  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    ||||||| |||||||     ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||     
T  25208779 caccaaaaggtttaagtgtctttaggggatcattcttggacatgatatcacacaatgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcggtgcatcattggagt 25208680  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttca-taatctcaatagggact 519  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||    
T  25208679 ctcatcccaaattatcaactttggagcacgcatcaggtctgccctaggactttccttttccatcgtaagcgatgacgcctcattaatctcaatagggact 25208580  T
Q  520 gtcagcgt 527  Q
    ||| ||||    
T  25208579 gtcggcgt 25208572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 178; E-Value: 9e-96
Query Start/End: Original strand, 221 - 529
Target Start/End: Original strand, 7822225 - 7822534
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||| |||||||  || ||||||||||||  | |||||||||||  | |||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||    
T  7822225 tttgacgaattgaccgaggcatcaacaataatcggcctcgttcctcctcggacaataggcaatatctgcctaaaatcaccacctaaaactactgtcattc 7822324  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    ||||||| |||||||    ||||||||||||||| |||||||||||| ||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  7822325 caccaaaaggtttaagtgtgtttaggggatcatttttggacatgatatcatgcaatgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcggtgcatcattggagc 7822424  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttca-taatctcaatagggact 519  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||| || ||| |||||||||||||||||    
T  7822425 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatcctctttcatcgcaagcgatgacgcctcattaatctcaatagggact 7822524  T
Q  520 gtcagcgtcg 529  Q
    ||||||||||    
T  7822525 gtcagcgtcg 7822534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 153 - 224
Target Start/End: Original strand, 9519431 - 9519502
Alignment:
Q  153 gctgcaatctctgtttgccttgatttggtttttctctggtgtatcgggggcgaggggtgccatgctaatttg 224  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||    
T  9519431 gctgcaatctttgtttgacttgatttggtttttctctggtgtaccgggggtgaggggtgccctgctaatttg 9519502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 153 - 224
Target Start/End: Original strand, 36630769 - 36630840
Alignment:
Q  153 gctgcaatctctgtttgccttgatttggtttttctctggtgtatcgggggcgaggggtgccatgctaatttg 224  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  36630769 gctgcaatctttgtttgacttgatttggtttttctttggtgtaccgggggcgaggggtgccctgctaatttg 36630840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 155 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 32066442 - 32066373
Alignment:
Q  155 tgcaatctctgtttgccttgatttggtttttctctggtgtatcgggggcgaggggtgccatgctaatttg 224  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  32066442 tgcaatctttgtttgacttgatttggtttttctctagtgtaccgggggcgaggggtgccctgctaatttg 32066373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 153 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 24995544 - 24995473
Alignment:
Q  153 gctgcaatctctgtttgccttgatttggtttttctctggtgtatcgggggcgaggggtgccatgctaatttg 224  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||    
T  24995544 gctgcaatctttgtttgacttgatttggtttttctctggtgtactgggggcgaggggtgtcttgctaatttg 24995473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 153 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 34389154 - 34389083
Alignment:
Q  153 gctgcaatctctgtttgccttgatttggtttttctctggtgtatcgggggcgaggggtgccatgctaatttg 224  Q
    |||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||    
T  34389154 gctgcaatttttgtttgacttgatttggtttttctctggtgtaccaggggcgaggggtgccctgctaatttg 34389083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 166 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 37986994 - 37986936
Alignment:
Q  166 tttgccttgatttggtttttctctggtgtatcgggggcgaggggtgccatgctaatttg 224  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  37986994 tttgacttgatttggtttttctctggtgtaccgggggcgaggggtgccctgctaatttg 37986936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 171 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 31207492 - 31207440
Alignment:
Q  171 cttgatttggtttttctctggtgtatcgggggcgaggggtgccatgctaatttg 224  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||| ||||||||||    
T  31207492 cttgatttggtttttctctggtgtaccaggggcga-gggtgccctgctaatttg 31207440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 164 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 10248691 - 10248644
Alignment:
Q  164 tgtttgccttgatttggtttttctctggtgtatcgggggcgaggggtg 211  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  10248691 tgtttggcttgatttggtgtttctctggtgtaccgggggtgaggggtg 10248644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 275; Significance: 1e-153; HSPs: 18)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 275; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 221 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 24629785 - 24629471
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24629785 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacatgcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 24629686  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24629685 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgatatcacgcattgatcggccaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 24629586  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttcataatctcaatagggactg 520  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  24629585 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcatcaggtcttccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcctcataatcttaatagggactg 24629486  T
Q  521 tcagcgtcgagtgtg 535  Q
    |||||||||||||||    
T  24629485 tcagcgtcgagtgtg 24629471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 221 - 535
Target Start/End: Original strand, 10025365 - 10025679
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10025365 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatattgcctcgttccttttcggacagcaggcaatatctgcctaatatcaccacctaaaactattgtcattc 10025464  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10025465 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgatatcacgcattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 10025564  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttcataatctcaatagggactg 520  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  10025565 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcactaggtctgccccaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcctcataatctcaatagggaccg 10025664  T
Q  521 tcagcgtcgagtgtg 535  Q
    ||| | |||||||||    
T  10025665 tcaacttcgagtgtg 10025679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 221 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 30346461 - 30346147
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  30346461 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacatgcaatatctgcctgacatcaccacctaaaactattgtcattc 30346362  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  30346361 caccaaatagtttaaactcgtttaggggatcaatcttggacatgatatcacgcattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagt 30346262  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttcataatctcaatagggactg 520  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  30346261 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcatcaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagtgatgatgcctcataatctcaatagggactg 30346162  T
Q  521 tcagcgtcgagtgtg 535  Q
    |||||||||||||||    
T  30346161 tcagcgtcgagtgtg 30346147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 221 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 25542625 - 25542314
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  25542625 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatattctgccacgttccttttcggacaacagacaatatctgcctgaaatcaccacctaaaactactgtcattc 25542526  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  25542525 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgatatcacgcattaatcggtcaacttcctcaaaacaccatcagtgcatcattggagc 25542426  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttcataatctcaatagggactg 520  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  25542425 ctcatcttaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcctcataatctcaatagggacta 25542326  T
Q  521 tcagcgtcgagt 532  Q
    ||||||||||||    
T  25542325 tcagcgtcgagt 25542314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 221 - 533
Target Start/End: Original strand, 3690364 - 3690677
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||    
T  3690364 tttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacagacaatatctgcctgaaatcaccacctaaaactactatcattc 3690463  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||  ||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||    
T  3690464 caccaaaaggtctaaactcgtttaggggatcattcttggatatgatatcatgcattgattggtcaactgcctcaaaacaccatcggttcatcattggagc 3690563  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttca-taatctcaatagggact 519  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  3690564 ctcatcccaaattatcaactttgcagcaggcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagtgatgatgcctcattaatctcaatagggact 3690663  T
Q  520 gtcagcgtcgagtg 533  Q
    || ||| |||||||    
T  3690664 gttagcatcgagtg 3690677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 221 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 3876423 - 3876110
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||    
T  3876423 tttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacagacaatatctgcctgaaatcaccacctaaaactactatcattc 3876324  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||  ||||||| ||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||    
T  3876323 caccaaaaggtctaaactcgtttaggggatcattcttggatatgatatcatgcattgattggtcaactgcctcaaaacatcatcggttcatcattggagc 3876224  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttca-taatctcaatagggact 519  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  3876223 ctcatcccaaattatcaactttgcagcaggcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagtgatgatgcctcattaatctcaatagggact 3876124  T
Q  520 gtcagcgtcgagtg 533  Q
    || ||| |||||||    
T  3876123 gttagcatcgagtg 3876110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 221 - 533
Target Start/End: Original strand, 27881471 - 27881784
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    |||||||||||||  || ||||||||||||| | |||| ||||||  | |||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||    
T  27881471 tttgatgaattgaccgaggcatcaacaatatccggccttgttcctcctcggacaacatgcaatatctgcctaaaatcaccacctaaaactactgtcattc 27881570  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    ||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  27881571 caccaaaaggtttaagcgcgtttaggggatcattcttggacatgatatcacgcaatgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcggtgcatcattggagc 27881670  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttca-taatctcaatagggact 519  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||    
T  27881671 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcatcaggtttgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgacgcctcattaatctcaatagggact 27881770  T
Q  520 gtcagcgtcgagtg 533  Q
    ||| |||| |||||    
T  27881771 gtcggcgtggagtg 27881784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 221 - 533
Target Start/End: Original strand, 37261690 - 37262003
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    |||||||||||||| ||  |||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  37261690 tttgatgaattgatcgagacatcaacaatatcctgcctcgttccttttcagacaacaggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaactattgtcattc 37261789  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    |||| || ||| ||||||||||||  ||||||||| | ||||||||| | | |||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  37261790 caccgaaaggtctaaactcgtttaaaggatcattcctagacatgatatcgcgcattgatcagtcaacttcctcaaaacaccatcaatgcatcattggagc 37261889  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttca-taatctcaatagggact 519  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  37261890 ctcatcccaaattatcaactttacagcacgcaccaggtctgtcctaggactatccttttccatcgtaagcaatgatgcctcattaatctcaatagggact 37261989  T
Q  520 gtcagcgtcgagtg 533  Q
    ||||||||||||||    
T  37261990 gtcagcgtcgagtg 37262003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 221 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 8428417 - 8428104
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||| |||||||  || |||||||||||||   |||||||||||  | |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| || |||||    
T  8428417 tttgacgaattgaccgaggcatcaacaatatctggcctcgttcctcctcggacaacaggcaatatctgcctaaaatcaccacctaaaactactgccattc 8428318  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    ||||||| |||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| ||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  8428317 caccaaaaggtttaagtgcgtttaggggatcattcttggacatgatatcaagcaatgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcggtgcatcattggagc 8428218  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttca-taatctcaatagggact 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||    
T  8428217 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgacgcctcattaatctcaatagggact 8428118  T
Q  520 gtcagcgtcgagtg 533  Q
    ||| |||| |||||    
T  8428117 gtcggcgtggagtg 8428104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 221 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 17871470 - 17871158
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||| |||  ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||    
T  17871470 tttgatgaactgattgaggcatcaacaatatcatgcctcgttccttttcggatgacatgcaatatctgcctgaaatcaccacctaaaacttttgtctttc 17871371  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  17871370 caccaaaaggtctaaactcgtttaggggatcattcttggacatgata-tacgcattgatcgatcaactgcctcaaaacaccatcggtgcatcattggagc 17871272  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttca-taatctcaatagggact 519  Q
    ||||| ||| |||||||||||| |  || |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  17871271 ctcattccatattatcaacttttctacatgcaccatgtcttccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcctcattaatctcaatagggact 17871172  T
Q  520 gtcagcgtcgagtg 533  Q
    ||||||||||||||    
T  17871171 gtcagcgtcgagtg 17871158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 225 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 14192640 - 14192331
Alignment:
Q  225 atgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattccacc 324  Q
    ||||||| ||||  ||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  14192640 atgaattaattggggcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcgggcaacatgcaatatatgcctgaaatcaccacctaaaacaactgtcattccacc 14192541  T
Q  325 aaatggtttaaactcgtttagggg-atcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagcctc 423  Q
    ||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||| || |||||||||    
T  14192540 aaaaggtctaaactcgtttagggggatcattcttggacatgatatcacgcattgatcggtcaattgcttcaaaacaccatcggtgca-cattggagcctc 14192442  T
Q  424 atcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttca-taatctcaatagggactgtc 522  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | | ||||||||||||||  ||||    
T  14192441 atcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagtgatgatgcctaattaatctcaatagggtatgtc 14192342  T
Q  523 agcgtcgagtg 533  Q
    || ||||||||    
T  14192341 agtgtcgagtg 14192331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 221 - 522
Target Start/End: Original strand, 37373323 - 37373625
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||| |||||||  || ||||||||||||| | |||||||||||  |  ||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||| ||| ||||    
T  37373323 tttgacgaattgaccgacgcatcaacaatatccggcctcgttcctcctcagacaacaggcaatatctgcttaaaatcaccacctaaaactactgtgattc 37373422  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    ||||||| |||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||     
T  37373423 caccaaaaggtttaagtgcgtttaggggatcattcttggacatgatatcacgcaatgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcggtgcatcattggagt 37373522  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttca-taatctcaatagggact 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||    
T  37373523 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgacgcctcattaatctcaatagggact 37373622  T
Q  520 gtc 522  Q
    |||    
T  37373623 gtc 37373625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 221 - 533
Target Start/End: Original strand, 39883570 - 39883875
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||| ||||||| ||| ||||||||||||| | |||||||||||  | |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||    
T  39883570 tttgacgaattgactgaggcatcaacaatatccggcctcgttcctcctaggacaacaggcaatatctgcctgaaatcaccacgtaaaactactgtcattc 39883669  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    ||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||        || |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  39883670 caccaaaaggtttaagcgcgtttaggggatcattcttggacatg--------caatgatcggtcagctgcctcaaaacaccatcggtgcatcattggagc 39883761  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttca-taatctcaatagggact 519  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||    
T  39883762 ctcatcccaaattatcagctttgcagcacgcaccaggtctgccttaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcctcattaatctcaataaggact 39883861  T
Q  520 gtcagcgtcgagtg 533  Q
     |||||||||||||    
T  39883862 atcagcgtcgagtg 39883875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 155 - 224
Target Start/End: Original strand, 698295 - 698364
Alignment:
Q  155 tgcaatctctgtttgccttgatttggtttttctctggtgtatcgggggcgaggggtgccatgctaatttg 224  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  698295 tgcaatctttgtttgacttgatttggtttttctctggtgtaccgggggcgaggggtgccctgctaatttg 698364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 155 - 224
Target Start/End: Original strand, 18593177 - 18593246
Alignment:
Q  155 tgcaatctctgtttgccttgatttggtttttctctggtgtatcgggggcgaggggtgccatgctaatttg 224  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||| ||||||||||    
T  18593177 tgcaatctttgtttgacttgatttggtttttctctcgtgtaccgggggcgagggatgccctgctaatttg 18593246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 153 - 224
Target Start/End: Original strand, 34378030 - 34378101
Alignment:
Q  153 gctgcaatctctgtttgccttgatttggtttttctctggtgtatcgggggcgaggggtgccatgctaatttg 224  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| ||||| ||||||||||    
T  34378030 gctgcaatctttgtttgacttgatttgggttttctctggtgtaccgggggcaaggagtgccctgctaatttg 34378101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 153 - 212
Target Start/End: Original strand, 29087413 - 29087472
Alignment:
Q  153 gctgcaatctctgtttgccttgatttggtttttctctggtgtatcgggggcgaggggtgc 212  Q
    |||||||||| |||||| |||| ||||||  ||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  29087413 gctgcaatctttgtttgacttgttttggtaattctctgttgtaccgggggcgaggggtgc 29087472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 153 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 7392179 - 7392120
Alignment:
Q  153 gctgcaatctctgtttgccttgatttggtttttctctggtgtatcgggggcgaggggtgcc 213  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||| |||| || ||| ||||||||||    
T  7392179 gctgcaatct-tgtttggcttgatttggtgtttctctgatgtaccgagggtgaggggtgcc 7392120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 275; Significance: 1e-153; HSPs: 18)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 275; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 221 - 535
Target Start/End: Original strand, 52500964 - 52501278
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52500964 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacatgcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 52501063  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52501064 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgatatcacgcattgatcggccaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 52501163  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttcataatctcaatagggactg 520  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  52501164 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcatcaggtcttccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcctcataatcttaatagggactg 52501263  T
Q  521 tcagcgtcgagtgtg 535  Q
    |||||||||||||||    
T  52501264 tcagcgtcgagtgtg 52501278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 221 - 533
Target Start/End: Original strand, 16042412 - 16042723
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||| ||||| | ||| ||||||||||||| | |||||||||||  | |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||    
T  16042412 tttgacgaattaactgaggcatcaacaatatccggcctcgttcctcctaggacaacaggcaatatctgcctgaaatcaccacgtaaaactactgtcattc 16042511  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    ||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| | ||||    
T  16042512 caccaaaaggtttaagcgcgtttaggggatcattcttggacatgatatcacacaatgatcagtcagctgcctcaaaacaccatcggtgcatcatttgagc 16042611  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttcataatctcaatagggactg 520  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||    
T  16042612 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcctcatta-ctcaatagggactg 16042710  T
Q  521 tcagcgtcgagtg 533  Q
    |||||||||||||    
T  16042711 tcagcgtcgagtg 16042723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 221 - 533
Target Start/End: Original strand, 36207602 - 36207915
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||| ||||||||  |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  36207602 tttgatgaattgattgaggcatcaataatatcctgcctctttccttttcagacaacaggcaatatctgtctgaaatcaccacctaaaactactgtcattc 36207701  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    ||||||| ||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||    
T  36207702 caccaaaaggtctaaactcatttaagggatcattcttggacatggtatcacacattgatcagtcaactgcctcaaaacaccattagtgcatgattggagc 36207801  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttc-ataatctcaatagggact 519  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||  |||||| ||||||||||    
T  36207802 ctcatcccaaattatcaacgttgcagcacgcaccaggtctaccctaggactattcttttccatcgtaagcgatgatgcctcgttaatcttaatagggact 36207901  T
Q  520 gtcagcgtcgagtg 533  Q
    ||| ||||||||||    
T  36207902 gtcggcgtcgagtg 36207915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 178; E-Value: 9e-96
Query Start/End: Original strand, 221 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 6310826 - 6310513
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||| |||||||  || |||||||||||||   ||||| |||||  | ||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||    
T  6310826 tttgacgaattgaccgaggcatcaacaatatcaggcctcattcctcctcggacaacagacaatatctgcctaaaatcaccacctaaaactattgtcgttc 6310727  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    ||||||| |||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  6310726 caccaaaaggtttaagtgcgtttaggggatcattcttggacatgatatcacgcaatgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcggtgcatcattggagc 6310627  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttca-taatctcaatagggact 519  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||| ||||||||| |||||||    
T  6310626 ctcatcccaaattatcaactttgcagcatgcatcaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgataacgcctcattaatctcaaaagggact 6310527  T
Q  520 gtcagcgtcgagtg 533  Q
    ||| |||| |||||    
T  6310526 gtcggcgtggagtg 6310513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 178; E-Value: 9e-96
Query Start/End: Original strand, 221 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 37389984 - 37389671
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||| |||||||  || ||||||||||||| | |||||||||||  | |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  37389984 tttgacgaattgaccgaggcatcaacaatatccagcctcgttcctcctcggacaacaggcaatatctgcctaaaatcaccacctaaaactattgtcattc 37389885  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    ||||||| |||||||   |||||| |||||||||||||| ||||||| ||| || |||| ||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||     
T  37389884 caccaaaaggtttaagtgcgtttaagggatcattcttggccatgatatcacgcaatgattggtcaactgcctcaaaacaccatcattgtatcattggagt 37389785  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttca-taatctcaatagggact 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||  | ||| |||||||||||||||||    
T  37389784 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctgggactatccttttccattgtaagcgatgacacctcattaatctcaatagggact 37389685  T
Q  520 gtcagcgtcgagtg 533  Q
    ||| |||| |||||    
T  37389684 gtcggcgtggagtg 37389671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 172; E-Value: 4e-92
Query Start/End: Original strand, 221 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 2452949 - 2452690
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||  |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  2452949 tttgatgaattgattgaagcatcaacaatatcctgcctcgatccttttcggacaatgggcaatatcttcctgaaatcaccacctaaaactactgtcattc 2452850  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    ||||||| | | |||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  2452849 caccaaaagttctaaactcgtttaaggggtcattcttggacatgatatcacacattgatcgatcaactgcctcaaaacaccatcggtgcatcattggagc 2452750  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctg-ccctaggactatcctttt 479  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2452749 ctcatcccaaattatcaacattacagcacgcaccaggtctgcccctaggactatcctttt 2452690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 221 - 535
Target Start/End: Original strand, 2329553 - 2329868
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||||||||||||| | |||| ||||||||  ||||||||| |||   |||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||| | | ||||||    
T  2329553 tttgatgaattgattaaggcattaacaatatcgtgcctcgttgcttcacggacaacaggtagtatctgcctgaaatcaccacctaaaaccactatcattc 2329652  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    ||| ||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||  |||||||||||||  |||||||| |||||     
T  2329653 cacgaaaaggtctaaacttgtttaggggatcattcttggacatgatatcacacattgatcggtaaactttctcaaaacaccattggtgcatcattggaga 2329752  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatg-cttcataatctcaatagggact 519  Q
    |||||   ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| || | |||||||||||||||||    
T  2329753 ctcataaaaaattatcaactttgcagcacacaccaggtctgccctaggactgtccttttccatagtaagcgatgatgcctccttaatctcaatagggact 2329852  T
Q  520 gtcagcgtcgagtgtg 535  Q
    | |||  |||||||||    
T  2329853 gccagtttcgagtgtg 2329868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 153; E-Value: 8e-81
Query Start/End: Original strand, 220 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 48775168 - 48774920
Alignment:
Q  220 atttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcatt 319  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||  |||||| || |||| |||||||||||||||||  ||||||    
T  48775168 atttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacatacaatatttgtctgaaatcaccacctaaaactaccgtcatt 48775069  T
Q  320 ccaccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggag 419  Q
    || ||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||  ||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||    
T  48775068 cctccaaaaggtctaaactcgtttaagggatcattcttggatatgatatcatgcattgattggtcaactgcttcaaaacaccatcggtgcatcattggag 48774969  T
Q  420 cctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctagg 468  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  48774968 cctcatcacaaattatcaactttgaagcacgcaccaggtctgccctagg 48774920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 81; E-Value: 7e-38
Query Start/End: Original strand, 221 - 321
Target Start/End: Original strand, 48233765 - 48233865
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  48233765 tttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctgtctcgttccttttcggacaacaggcaatatctgcctgaaatcaccacctaaaactattgtcattc 48233864  T
Q  321 c 321  Q
    |    
T  48233865 c 48233865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 153 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 5389570 - 5389499
Alignment:
Q  153 gctgcaatctctgtttgccttgatttggtttttctctggtgtatcgggggcgaggggtgccatgctaatttg 224  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||    
T  5389570 gctgcaatctttgtttgacttgatttgatttttctctggtgtaccgggggcgaggggtgcccagctaatttg 5389499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 153 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 24450079 - 24450008
Alignment:
Q  153 gctgcaatctctgtttgccttgatttggtttttctctggtgtatcgggggcgaggggtgccatgctaatttg 224  Q
    |||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  24450079 gctgcaatctttgtttgacttggtttggtttttctctggtgtaccgggggcgaggggtgccctgctattttg 24450008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 153 - 224
Target Start/End: Original strand, 41920385 - 41920455
Alignment:
Q  153 gctgcaatctctgtttgccttgatttggtttttctctggtgtatcgggggcgaggggtgccatgctaatttg 224  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||    
T  41920385 gctgcaatctttgtttgacttgatttggtttttctctggtgta-ctggggcgaggggtgccctgctaatttg 41920455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 154 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 30686052 - 30685982
Alignment:
Q  154 ctgcaatctctgtttgccttgatttggtttttctctggtgtatcgggggcgaggggtgccatgctaatttg 224  Q
    ||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||    
T  30686052 ctgcaatccttgtttgacttgatttggtttttctctggtgtacctggggcgaggggtgccctgctaatttg 30685982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 155 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 46692966 - 46692897
Alignment:
Q  155 tgcaatctctgtttgccttgatttggtttttctctggtgtatcgggggcgaggggtgccatgctaatttg 224  Q
    |||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||    
T  46692966 tgcaatctttgtttgacttgatttgatttttctctggtgtaccgggggcgagaggtgccctgctaatttg 46692897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 153 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 31585909 - 31585838
Alignment:
Q  153 gctgcaatctctgtttgccttgatttggtttttctctggtgtatcgggggcgaggggtgccatgctaatttg 224  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||  | ||| |||||||||| ||||||||||    
T  31585909 gctgcaatctttgtttgacttgatttggtttttctctggtgtactgagggtgaggggtgccctgctaatttg 31585838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 153 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 24684626 - 24684554
Alignment:
Q  153 gctgcaatctctgtttgccttgatttggtttttctctggtgtatcgggggcgaggggtgccatgctaatttgat 226  Q
    |||| ||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  24684626 gctgtaatctttgtttgacttgatttggtttt-ctctggtgtaccgggggcgaggggtgccctactaatttgat 24684554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 176 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 20113647 - 20113599
Alignment:
Q  176 tttggtttttctctggtgtatcgggggcgaggggtgccatgctaatttg 224  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  20113647 tttggtttttctcgggtgtaccgggggcgaggggtgccctgctaatttg 20113599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 184 - 224
Target Start/End: Original strand, 24658892 - 24658932
Alignment:
Q  184 ttctctggtgtatcgggggcgaggggtgccatgctaatttg 224  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||    
T  24658892 ttctctggtgtatcgggggcaaggggtgccctgctgatttg 24658932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 269; Significance: 1e-150; HSPs: 15)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 223 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 24268900 - 24268588
Alignment:
Q  223 tgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattcca 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24268900 tgatgaattgattgatgcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattcca 24268801  T
Q  323 ccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagcct 422  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  24268800 ccaaatggtttaaacttgtttaggggatcattcttggacatgatatcacgcattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcagtggagcct 24268701  T
Q  423 catcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttcataatctcaatagggactgtc 522  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  24268700 catcccaaattatcaactttgcagcatgcaccaggtctgtcctaggactatcattttccatcgtaagcgatgatgcctcaaaatctcaatagggactgtc 24268601  T
Q  523 agcgtcgagtgtg 535  Q
    |||||||||||||    
T  24268600 agcgtcgagtgtg 24268588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 221 - 515
Target Start/End: Original strand, 27192876 - 27193171
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  27192876 tttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacaggcaatatctgcctgaaatcaccacctaaaactattgtcattc 27192975  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||  || |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||    
T  27192976 caccaaaaggtctaaactcgtttaggggatcattcttgtacatgatataacgcattgatcggtcaactgcctcaaagcaccatcggtgcatcattggagc 27193075  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttca-taatctcaatagg 515  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  27193076 ctcatcccaaattatcaattttgcagcacgcaccaggtcagccctaggactatccttttccatcataagcgatgatgcctcattaatctcaatagg 27193171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 221 - 515
Target Start/End: Original strand, 27842690 - 27842985
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  27842690 tttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacaggcaatatctgcctgaaatcaccacctaaaactattgtcattc 27842789  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||  || |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||    
T  27842790 caccaaaaggtctaaactcgtttaggggatcattcttgtacatgatataacgcattgatcggtcaactgcctcaaagcaccatcggtgcatcattggagc 27842889  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttca-taatctcaatagg 515  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  27842890 ctcatcccaaattatcaattttgcagcacgcaccaggtcagccctaggactatccttttccatcataagcgatgatgcctcattaatctcaatagg 27842985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 221 - 533
Target Start/End: Original strand, 27509761 - 27510074
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  27509761 tttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctgtctcgttcctttttggacaacaggcaatatctgcctgaaatcaccacctaaaactactgtcattc 27509860  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    |||||||  || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||    
T  27509861 caccaaaatgtctaaactcatttaggggatcattcttggacatgatatcacgcattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcggtgcatcattgaagc 27509960  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttca-taatctcaatagggact 519  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| || ||||||| |||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  27509961 ctcatcctaaattatcaactttgcagcatgcaccagatctgccctaggtctgtccttttgcatcgtaagcaatgatgcctcattaatctcaatagggact 27510060  T
Q  520 gtcagcgtcgagtg 533  Q
    ||||| ||||||||    
T  27510061 gtcagtgtcgagtg 27510074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 221 - 535
Target Start/End: Original strand, 24246211 - 24246525
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttg-ggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcatt 319  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| || ||||||||  |||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||| | | |||    
T  24246211 tttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctgcatcattcctttttcggacaacatgcaatatctgccttaaatcaccacctaaaactactatgatt 24246310  T
Q  320 ccaccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggag 419  Q
    |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  24246311 ccaccaaaaggtctaaactcatttaggggatcattcttggacatgatatcacgtattgatcggtcaactgcctcaaaataccatcagtgcatcattggag 24246410  T
Q  420 cctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttca-taatctcaatagggac 518  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  24246411 cctcat--caaattatcaactttgcagcacgcaccaagtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcctcattaatctcaatagggac 24246508  T
Q  519 tgtcagcgtcgagtgtg 535  Q
    |||||||||||||||||    
T  24246509 tgtcagcgtcgagtgtg 24246525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 221 - 533
Target Start/End: Original strand, 21395757 - 21396070
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||| |||||||  || ||||||||||||| | |||||||||||  | |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||  |||||||    
T  21395757 tttgacgaattgacggaggcatcaacaatatccggcctcgttcctcctcggacaacaggcaatatctgcctaaaatcaccacctaaaactacggtcattc 21395856  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    ||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  21395857 caccaaaaggtttaagcgcgtttaggggatcattcttggacatgatatcacgcaatgatcggtcaacagcctcaaaacaccatcggtgcatcattggagc 21395956  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttca-taatctcaatagggact 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||    
T  21395957 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaagtctgccctaggactatcctttagcatcttaagcgatgatgcctcattaatctcaacagggact 21396056  T
Q  520 gtcagcgtcgagtg 533  Q
    ||||||| ||||||    
T  21396057 gtcagcgccgagtg 21396070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 225 - 530
Target Start/End: Original strand, 35610044 - 35610349
Alignment:
Q  225 atgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattccacc 324  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| | |||||||| |||    
T  35610044 atgaattgattggggcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcgggcaacaggcaatatatgcctgaaatcaccacctaaaacaactgtcattctacc 35610143  T
Q  325 aaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagcctca 424  Q
    ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||| || ||||||||||    
T  35610144 aaaaggtctaaactcgtttaggggatcattcttggacatgatatcacgtattgatcggtcaattgcttcaaaacaccatcggtgca-cattggagcctca 35610242  T
Q  425 tcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttca-taatctcaatagggactgtca 523  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| | | ||||||||||| ||  |||||    
T  35610243 tcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccttaggactatccttttccatcgtaagtgatgatgcctaattaatctcaataaggtatgtca 35610342  T
Q  524 gcgtcga 530  Q
    |||||||    
T  35610343 gcgtcga 35610349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 158; E-Value: 8e-84
Query Start/End: Original strand, 221 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 41920016 - 41919728
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||| |||||||  || ||||||||||||||  |||||||||||  | ||||||||||||||||||||||             ||||||| || |||||    
T  41920016 tttgacgaattgaccgaggcatcaacaatatatggcctcgttcctcctcggacaacaggcaatatctgcct-------------aaaactactgccattc 41919930  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    ||||||| |||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| ||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  41919929 caccaaaaggtttaagtgcgtttaggggatcattcttggacatgatatcaagcaatgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcggtgcatcattggagc 41919830  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttca-taatctcaatagggact 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||    
T  41919829 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgacgcctcattaatctcaatagggact 41919730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 153; E-Value: 8e-81
Query Start/End: Original strand, 302 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 28665947 - 28665715
Alignment:
Q  302 cctaaaactattgtcattccaccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacacc 401  Q
    |||||||||| || ||||||||||||  ||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| ||  || ||||||||||||||||||||||||||    
T  28665947 cctaaaactactgccattccaccaaaaagtttaagtgcgtttaggggatcattcttggacatgatatcaagcaatgatcggtcaactgcctcaaaacacc 28665848  T
Q  402 atcagtgcatcaatggagcctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttc 501  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  28665847 atcggtgcatcattggagcctcatcccaaattatcaactttgcagcacacaccaggtctgcccaaggactatccttttccatcgtaagcgatgacgcctc 28665748  T
Q  502 a-taatctcaatagggactgtcagcgtcgagtg 533  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  28665747 attaatctcaatagggactgtcagcgtggagtg 28665715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 153; E-Value: 8e-81
Query Start/End: Original strand, 302 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 37824781 - 37824549
Alignment:
Q  302 cctaaaactattgtcattccaccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacacc 401  Q
    |||||||||| || ||||||||||||  ||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| ||  || ||||||||||||||||||||||||||    
T  37824781 cctaaaactactgccattccaccaaaaagtttaagtgcgtttaggggatcattcttggacatgatatcaagcaatgatcggtcaactgcctcaaaacacc 37824682  T
Q  402 atcagtgcatcaatggagcctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttc 501  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  37824681 atcggtgcatcattggagcctcatcccaaattatcaactttgcagcacacaccaggtctgcccaaggactatccttttccatcgtaagcgatgacgcctc 37824582  T
Q  502 a-taatctcaatagggactgtcagcgtcgagtg 533  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  37824581 attaatctcaatagggactgtcagcgtggagtg 37824549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 373 - 523
Target Start/End: Complemental strand, 17683593 - 17683442
Alignment:
Q  373 cattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagcctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggacta 472  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||  |||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  17683593 cattgatgagtcaactgcctcaaaacaccattggtgcatcattagagcctcattccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctacgacta 17683494  T
Q  473 tccttttccatcgtaagcgatgatgcttca-taatctcaatagggactgtca 523  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||    
T  17683493 tcctttttcatcgtaagcgatgatgcctcattaatctcgatagggactgtca 17683442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 221 - 313
Target Start/End: Original strand, 3642979 - 3643071
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactatt 313  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  3642979 tttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcgggcaacaggcaatatctacctgaaatcaccacctaaaactatt 3643071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 221 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 17683661 - 17683597
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatat 285  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  17683661 tttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacaagcaatat 17683597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 153 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 39339014 - 39338943
Alignment:
Q  153 gctgcaatctctgtttgccttgatttggtttttctctggtgtatcgggggcgaggggtgccatgctaatttg 224  Q
    |||||||| | |||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  39339014 gctgcaatatttgtttgacttgatttggtttttctttggtgtaccgggggcgaggggtgccctgctaatttg 39338943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 155 - 224
Target Start/End: Original strand, 10524031 - 10524100
Alignment:
Q  155 tgcaatctctgtttgccttgatttggtttttctctggtgtatcgggggcgaggggtgccatgctaatttg 224  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||  ||||||||| |||||| ||| ||||||    
T  10524031 tgcaatctttgtttgacttgatttggtttttctctggtctactgggggcgagaggtgccctgccaatttg 10524100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 268; Significance: 1e-149; HSPs: 18)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 221 - 528
Target Start/End: Original strand, 10110987 - 10111294
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  10110987 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacaggcaatatctgcctgaaatcaccacctaaaactattgtcattc 10111086  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  10111087 catcaaatggtttaaactcgtttagggaatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcattagagc 10111186  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttcataatctcaatagggactg 520  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10111187 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaagtctgccctaggactatccttttccatcgtaagagatgatgcctcataatctcaatagggactg 10111286  T
Q  521 tcagcgtc 528  Q
    ||||||||    
T  10111287 tcagcgtc 10111294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 221 - 535
Target Start/End: Original strand, 10000794 - 10001108
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  10000794 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacaggcaacatctgcctgaaatccccacctaaaactattgtcattc 10000893  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  10000894 catcaaatggtttaaactcgtttagggaatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcattagagc 10000993  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttcataatctcaatagggactg 520  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||| ||||||||    
T  10000994 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaagtctgccctaggactatccttttccatcgtaagagatgattcctcataatctcaacagggactg 10001093  T
Q  521 tcagcgtcgagtgtg 535  Q
    |||||||||||||||    
T  10001094 tcagcgtcgagtgtg 10001108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 221 - 474
Target Start/End: Original strand, 10237941 - 10238194
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  10237941 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacaagcaatatctgcctgaaatcaccacctaaaactattgtcattc 10238040  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    || |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  10238041 catcaaatggtttaaactcgtttagggaatcattcctggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcattagagc 10238140  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatc 474  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10238141 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatc 10238194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 221 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 10968614 - 10968301
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||| ||| ||| |||| |||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||    
T  10968614 tttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctccctcgatccgtttcggactacagacaatatctgcctgaaatcaccatctaaaactactgtcattc 10968515  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    ||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  10968514 caccaaaaggtctaaaatcgtttaggggatcattcttggacctgatatcatgcattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcggtgcatcattggagc 10968415  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttca-taatctcaatagggact 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||    
T  10968414 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgacgcctcattaatctcaatagggact 10968315  T
Q  520 gtcagcgtcgagtg 533  Q
    ||| ||||||||||    
T  10968314 gtcggcgtcgagtg 10968301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 221 - 533
Target Start/End: Original strand, 52918413 - 52918726
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||| ||||||| |||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  52918413 tttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctccctcgatccttttcggactacatgcaatatctgcctgaaatcaccacctaaaactactgtcattc 52918512  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    ||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  52918513 caccaaaaggtctaaacttgtttaggggatcattcttggacatgatatcacgcaatgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcggtgcatcattggagc 52918612  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttca-taatctcaatagggact 519  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |  ||| ||||||||||| |||||    
T  52918613 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctaccctaggattatccttttccatcgtaagcgatgacggctcattaatctcaataaggact 52918712  T
Q  520 gtcagcgtcgagtg 533  Q
    ||||||||||||||    
T  52918713 gtcagcgtcgagtg 52918726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 221 - 517
Target Start/End: Original strand, 50410555 - 50410852
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||  ||||||||| ||||  |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  50410555 tttgatgaattgattgaggcatcaaaaatatcgtgcctcgttgctttacggacaacaggcagtatctgcctgaaatcaccacctaaaactactgtcattc 50410654  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    ||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||    
T  50410655 cacgaaaaggtataaactcgtttaggggatcattcttggacatgatatcacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccattggtgcatcattggagc 50410754  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatg-cttcataatctcaataggga 517  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||    
T  50410755 ctcatcacaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcctccttaatctcaataggga 50410852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 223 - 533
Target Start/End: Original strand, 13530428 - 13530739
Alignment:
Q  223 tgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattcca 322  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  13530428 tgatgaattgattgaggcatcaacaatatcgtgcctcgttcctttttggacaacaggcaatatctgcctgaaatcaccagctaaaactactgtcattcca 13530527  T
Q  323 ccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagcct 422  Q
     | || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||| |||||||||||||  ||| ||||  |||||||    
T  13530528 tcgaaaggtctaaactcgtttaggggatcattcttggacatgatatgacgcattgatcggtcaactgtctcaaaacaccattggtgtatcatcggagcct 13530627  T
Q  423 catcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttca-taatctcaatagggactgt 521  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |    
T  13530628 tatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttctatcgtaagcgatgatgcctcattaatctcaatagggactat 13530727  T
Q  522 cagcgtcgagtg 533  Q
    ||| ||||||||    
T  13530728 cagtgtcgagtg 13530739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 221 - 533
Target Start/End: Original strand, 11369026 - 11369338
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||| |||||||| |||||||| ||||||||    
T  11369026 tttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacagacaatatatgcctgaaatcaccacttaaaactactgtcattc 11369125  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    ||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||  ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  11369126 caccaaaaggtctaaactcgtataggggatcattcttggatatgatatcatgcattgattggtcaactgcctcaaaacaccatcggtgcatcattggagc 11369225  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttca-taatctcaatagggact 519  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||    
T  11369226 ctcatcccaaattatcaactttgaagcatgcaccaggtctg-cctaggactatccttttccatcttaagcgatgatgcctcattaatctcaacagggact 11369324  T
Q  520 gtcagcgtcgagtg 533  Q
    || |||||||||||    
T  11369325 gttagcgtcgagtg 11369338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 221 - 533
Target Start/End: Original strand, 33158 - 33471
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||| |||||||  || ||||||||||||| | || ||||||||  | |||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  33158 tttgacgaattgaccgaggcatcaacaatatccggcgtcgttcctcctcggacaacatgcaatatctgcctaaaatcaccacctaaaactattgtcattc 33257  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    ||||||| |||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||    
T  33258 caccaaaaggtttaagtgcgtttaggggatcattcttggacatgatatcacgcaatgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcggtgcatcatcggagc 33357  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttca-taatctcaatagggact 519  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  33358 ctcatcccaaattatcaactatgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcctcattaatctcaatagggact 33457  T
Q  520 gtcagcgtcgagtg 533  Q
    ||| |||| |||||    
T  33458 gtcggcgtggagtg 33471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 160; E-Value: 5e-85
Query Start/End: Original strand, 221 - 533
Target Start/End: Original strand, 10039017 - 10039319
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||| ||||||||| | ||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  10039017 tttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcagacaacatgcaatatcttcttgaaatcaccacataaaactattgtcattc 10039116  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    ||||||| ||| |||||||||||| |||||||||| | ||||||||| ||| |||||||| ||||||| |||||||| |||||           ||||||    
T  10039117 caccaaaaggtctaaactcgtttaagggatcattcctagacatgatatcacgcattgatcagtcaacttcctcaaaagaccat-----------tggagc 10039205  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttca-taatctcaatagggact 519  Q
    | |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  10039206 cccatcccaaattatcaattttacagtacgcaccaggtctgccctatgactatccttctccagcgtaagcgatgatgcctcattaatctcaatagggact 10039305  T
Q  520 gtcagcgtcgagtg 533  Q
    ||||||||||||||    
T  10039306 gtcagcgtcgagtg 10039319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 469 - 535
Target Start/End: Original strand, 10244920 - 10244986
Alignment:
Q  469 actatccttttccatcgtaagcgatgatgcttcataatctcaatagggactgtcagcgtcgagtgtg 535  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10244920 actatccttttacatcgtaagagatgatgcctcataatctcaatagggactgtcagcgtcgagtgtg 10244986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 153 - 223
Target Start/End: Original strand, 20611715 - 20611785
Alignment:
Q  153 gctgcaatctctgtttgccttgatttggtttttctctggtgtatcgggggcgaggggtgccatgctaattt 223  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  20611715 gctgcaatctttgtttgacttgatttggtttttctctggtgtaccgggggcgaggggtgccctgctaattt 20611785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 153 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 2392655 - 2392584
Alignment:
Q  153 gctgcaatctctgtttgccttgatttggtttttctctggtgtatcgggggcgaggggtgccatgctaatttg 224  Q
    |||||||||| |||||| |||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2392655 gctgcaatctttgtttgacttggtttggttttactctggtgtaccgggggcgaggggtgccctgctaatttg 2392584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 153 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 2394402 - 2394331
Alignment:
Q  153 gctgcaatctctgtttgccttgatttggtttttctctggtgtatcgggggcgaggggtgccatgctaatttg 224  Q
    |||||||||| |||||| |||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2394402 gctgcaatctttgtttgacttggtttggttttactctggtgtaccgggggcgaggggtgccctgctaatttg 2394331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 153 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 34475903 - 34475832
Alignment:
Q  153 gctgcaatctctgtttgccttgatttggtttttctctggtgtatcgggggcgaggggtgccatgctaatttg 224  Q
    |||||||| | |||||| |||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  34475903 gctgcaatttttgtttgacttggtttgatttttctctggtgtaccgggggcgaggggtgccctgctaatttg 34475832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 153 - 224
Target Start/End: Original strand, 47235648 - 47235719
Alignment:
Q  153 gctgcaatctctgtttgccttgatttggtttttctctggtgtatcgggggcgaggggtgccatgctaatttg 224  Q
    |||||||||| |||||| |||| |||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  47235648 gctgcaatctttgtttgacttggtttggtttttctccagtgtaccgggggcgaggggtgccctgctaatttg 47235719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 491 - 535
Target Start/End: Original strand, 27275059 - 27275103
Alignment:
Q  491 gatgatgcttcataatctcaatagggactgtcagcgtcgagtgtg 535  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  27275059 gatgatgcctcataatcttaatagggactgtcagcgtcgagtgtg 27275103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 153 - 224
Target Start/End: Original strand, 19176435 - 19176505
Alignment:
Q  153 gctgcaatctctgtttgccttgatttggtttttctctggtgtatcgggggcgaggggtgccatgctaatttg 224  Q
    |||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||| |||| |||| | || ||||||| ||||||||||    
T  19176435 gctgcaatctttgtttgacttaatttggtttttctctgatgtaccgggagtga-gggtgccctgctaatttg 19176505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0225 (Bit Score: 256; Significance: 1e-142; HSPs: 1)
Name: scaffold0225
Description:

Target: scaffold0225; HSP #1
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 220 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 14110 - 13795
Alignment:
Q  220 atttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcatt 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  14110 atttgatgaattgattgatgcatcaacaatatcttgcctcgttccttttcggacaacaggcaatatctgcctgaaatcaccacctaaaactattatcatt 14011  T
Q  320 ccaccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggag 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  14010 ccaccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgatatcactcattgatctgtcaactgcctcaaaacaccattagtgcatcattggag 13911  T
Q  420 cctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttcataatctcaatagggact 519  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  13910 cctcatcccaaattatcatctttgcagcacgcaccaggtctgccctaagactatccttttccatcgtaagcaatgatgcctcataatctcaatagggact 13811  T
Q  520 gtcagcgtcgagtgtg 535  Q
    ||||| ||||||||||    
T  13810 gtcagtgtcgagtgtg 13795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0262 (Bit Score: 255; Significance: 1e-141; HSPs: 1)
Name: scaffold0262
Description:

Target: scaffold0262; HSP #1
Raw Score: 255; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 221 - 535
Target Start/End: Original strand, 19392 - 19706
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  19392 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacagacaatatctgcctgaaattaccacctaaaactattgtcattc 19491  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  19492 caccaaatgatttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgatatcacgcattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcattggagc 19591  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttcataatctcaatagggactg 520  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  19592 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgacctaagactatccttttccatcgtaagcgatgatgcctcataatctcaatagggaatg 19691  T
Q  521 tcagcgtcgagtgtg 535  Q
    |||  ||||||||||    
T  19692 tcaaagtcgagtgtg 19706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0134 (Bit Score: 251; Significance: 1e-139; HSPs: 1)
Name: scaffold0134
Description:

Target: scaffold0134; HSP #1
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 225 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 5088 - 4778
Alignment:
Q  225 atgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattccacc 324  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5088 atgaattgattgatgcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcgaacaataggcaatatctgcctaaaatcaccatctaaaactattgtcattccacc 4989  T
Q  325 aaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagcctca 424  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  4988 aaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgatatcatgcattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcattggatcctca 4889  T
Q  425 tcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttcataatctcaatagggactgtcag 524  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  4888 tcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttctatcgtaagcgatgatgcctcataatctcaatagggactgtcag 4789  T
Q  525 cgtcgagtgtg 535  Q
     ||||||||||    
T  4788 ggtcgagtgtg 4778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017 (Bit Score: 248; Significance: 1e-137; HSPs: 1)
Name: scaffold0017
Description:

Target: scaffold0017; HSP #1
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 221 - 535
Target Start/End: Original strand, 186941 - 187253
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  186941 tttgatgaattgattggtgcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacaggcaatatctgcttgaaatcaccacctaaaactactgtcattc 187040  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  187041 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgatatcacgcattgatcgttcaactacctcaaaacaccatgagtgcatcattggagc 187140  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttcataatctcaatagggactg 520  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  187141 ctcatctcaaattatcaactttgcagcacgcaccagg--tgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcgtcataatctcaatagggactg 187238  T
Q  521 tcagcgtcgagtgtg 535  Q
    |||||||||||||||    
T  187239 tcagcgtcgagtgtg 187253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 218; Significance: 1e-119; HSPs: 2)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 221 - 533
Target Start/End: Original strand, 183198 - 183511
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||    
T  183198 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatcctgcctcattccttttcggacaacagacaatatctgcctgaaatcaccacctaaaactactatcattc 183297  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||  ||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||    
T  183298 caccaaaaggtctaaactcgtttaggggatcattcttggatatgatatcatgcattgattggtcaactgcctcaaaacaccatcggtacatcattggagc 183397  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttca-taatctcaatagggact 519  Q
    || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  183398 ctaatcccaaattattaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcctcattaatctcaatagggact 183497  T
Q  520 gtcagcgtcgagtg 533  Q
    |  |||||||||||    
T  183498 ggtagcgtcgagtg 183511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 221 - 399
Target Start/End: Original strand, 165920 - 166098
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||    
T  165920 tttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacagacaatatctgcctgaaatcaccacctaaaactactatcattc 166019  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaaca 399  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||  ||||||| |||||||||||||||||||    
T  166020 caccaaaaggtctaaactcgtttaggtgatcattcttggatatgatatcatgcattgattggtcaactgcctcaaaaca 166098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0356 (Bit Score: 216; Significance: 1e-118; HSPs: 1)
Name: scaffold0356
Description:

Target: scaffold0356; HSP #1
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 221 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 17709 - 17394
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||| |||||||| ||||||| |||||||||    
T  17709 tttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacatgcaatagctgcctgaaatcaccacataaaactcttgtcattc 17610  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    |||  || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  17609 cacggaaaggtctaaactcgtttaggggatcattcttggacatgatatcacgcattgatcgatcaactgcctcaaaacaccatcggtgcatcattggagc 17510  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttca-taatctcaatagggact 519  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  17509 ctcatcccaaactattaactttgcagcacgcaccagttcttccctaggactatccttttccattgtaagcgatgatgcctcattaatctcaatagggact 17410  T
Q  520 gtcagcgtcgagtgtg 535  Q
    ||||||||||||||||    
T  17409 gtcagcgtcgagtgtg 17394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 211; Significance: 1e-115; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 221 - 534
Target Start/End: Original strand, 12517661 - 12517975
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||| ||||| | ||| ||||||||||||| | |||||||||||  | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  12517661 tttgacgaattaactgaggcatcaacaatatccggcctcgttcctcctcggacaacaggcaatatctgcctgaaatcaccacctaaaactactgtcattc 12517760  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    ||||||| ||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  12517761 caccaaaaggtttaagcgcgtttagaggatcattcttggacatgatatcacacaatgatcggtcagctgcctcaaaacaccatcggtgcatcattggagc 12517860  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttca-taatctcaatagggact 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  12517861 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccatgcctgccctaggactatcattttccatcgtaagcgatgatgcctcattaatctcaatagggact 12517960  T
Q  520 gtcagcgtcgagtgt 534  Q
    |||||||||||||||    
T  12517961 gtcagcgtcgagtgt 12517975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 221 - 533
Target Start/End: Original strand, 30881713 - 30882025
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||| |||  ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||    
T  30881713 tttgatgaactgattgaggcatcaacaatatcatgcctcgttccttttcggatgacatgcaatatctgcctgaaatcaccacctaaaacttttgtctttc 30881812  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  30881813 caccaaaaggtctaaactcgtttaggggatcattcttggacatgata-tacgcattgatcgatcaactgcctcaaaacaccatcggtgcatcattggagc 30881911  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttca-taatctcaatagggact 519  Q
    ||||| ||| |||||||||||| |  || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  30881912 ctcattccatattatcaacttttctacatgcaccaggtcttccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcctcattaatctcaatagggact 30882011  T
Q  520 gtcagcgtcgagtg 533  Q
    ||||||||||||||    
T  30882012 gtcagcgtcgagtg 30882025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 221 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 2202011 - 2201838
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||  ||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||    
T  2202011 tttgatgaattgatcgaggcatcaacaatatcctgcctcgatccttttcggacaatgggcaatatctgcctgaagtcaccacctaaaactactgtcattc 2201912  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctca 394  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||    
T  2201911 caccaaaaggtctaaactcgtttagggggtcattcttggacatgatatcacgctttgatcggtcaactgcctca 2201838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 373 - 523
Target Start/End: Original strand, 10188561 - 10188712
Alignment:
Q  373 cattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagcctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggacta 472  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||  |||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10188561 cattgatgagtcaactgcctcaaaacaccattggtgcatcattagagcctcattccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctacgacta 10188660  T
Q  473 tccttttccatcgtaagcgatgatgcttca-taatctcaatagggactgtca 523  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  10188661 tccttttccatcgtaagcgatgatgcctcattaatctcaatagggactgtca 10188712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 390 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 2200561 - 2200417
Alignment:
Q  390 cctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagcctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaag 489  Q
    ||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2200561 cctcaaaacactatcggtgcatcattggagcctcattccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctcccctaggactatctttttccatcgtaag 2200462  T
Q  490 cgatgatgcttca-taatctcaatagggactgtcagcgtcgagtg 533  Q
    ||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2200461 cgatgatgcctcattaatcttaatagggactgtcagcgtcgagtg 2200417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 221 - 321
Target Start/End: Original strand, 18344512 - 18344612
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  18344512 tttgataaattgattgaggcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacatgcaatatctgcctgaaatcaccacctaaaactattgtcattc 18344611  T
Q  321 c 321  Q
    |    
T  18344612 c 18344612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 153 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 16510450 - 16510379
Alignment:
Q  153 gctgcaatctctgtttgccttgatttggtttttctctggtgtatcgggggcgaggggtgccatgctaatttg 224  Q
    |||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||| || |||| ||||||||| ||||||||||    
T  16510450 gctgcaatctttgtttgacttgatatggtttttctctggtgtaccgagggcaaggggtgccctgctaatttg 16510379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 166 - 224
Target Start/End: Original strand, 3117438 - 3117496
Alignment:
Q  166 tttgccttgatttggtttttctctggtgtatcgggggcgaggggtgccatgctaatttg 224  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  3117438 tttgacttgatttggtttttctctggtgttccgggggcgaggggtgccctgctaatttg 3117496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 221 - 281
Target Start/End: Original strand, 10187931 - 10187991
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggca 281  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||| |||||    
T  10187931 tttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctgtctcgttccttttcggacaataggca 10187991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 221 - 291
Target Start/End: Original strand, 18814133 - 18814203
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcct 291  Q
    ||||||||||||||| | | |||||||||||  || |||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  18814133 tttgatgaattgattaagggatcaacaatatcatgtctcgttccttttcggacaacatgcaatatctgcct 18814203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 164 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 20701941 - 20701892
Alignment:
Q  164 tgtttgccttgatttggtttttctctggtgtatcgggggcgaggggtgcc 213  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  20701941 tgtttggcgtgatttggtttttctctggtgtaccgggggtgaggggtgcc 20701892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 207; Significance: 1e-113; HSPs: 2)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 222 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 321167 - 320853
Alignment:
Q  222 ttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattcc 321  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  321167 ttgatgaattgattaaggcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacagacaatatctgcctgaaatcaccacctaaaactcttgtcattcc 321068  T
Q  322 accaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagcc 421  Q
    |||||| ||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||  || |||| |||||||    
T  321067 accaaaaggtctaaagttgtttaggggatcattcttggacatgatatcacccattgatcgatcaaatgcctcaaaacaccatcgatgtatcattggagcc 320968  T
Q  422 tcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttca-taatctcaatagggactg 520  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||  |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  320967 tcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtcttccctaggactatccttttctatcacaagcgatgatgcctcattaatctcaatagggactg 320868  T
Q  521 tcagcgtcgagtgtg 535  Q
    ||| |||||||||||    
T  320867 tcaacgtcgagtgtg 320853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 453 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 319314 - 319233
Alignment:
Q  453 ccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttcataatctcaatagggactgtcagcgtcgagtgtg 535  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  319314 ccaggtctgccctaagactatc-ttttccatcgtaagcaatgatgactcataatctcaatagggactgtcagcgtcaagtgtg 319233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0073 (Bit Score: 193; Significance: 1e-104; HSPs: 2)
Name: scaffold0073
Description:

Target: scaffold0073; HSP #1
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 221 - 532
Target Start/End: Original strand, 32319 - 32631
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||| ||||||| ||| |||||||||||||   |||||||||||  | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  32319 tttgacgaattgactgaggcatcaacaatatctggcctcgttcctcgtcggacaacaggcaatatctgcctgaaatcaccacctaaaactactgtcattc 32418  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagc 420  Q
    ||||||| ||||||| | |||||| |||||| | ||||||||||||| ||| || |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  32419 caccaaaaggtttaagcgcgtttacgggatcgtgcttggacatgatatcacgcaatgatcggtcagctgcctcaaaacaccatcggtgcatcattggagc 32518  T
Q  421 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttca-taatctcaatagggact 519  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||    
T  32519 ctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaagactatccttttccattgtaagcgatgatgcctcattaatctcaatagggtct 32618  T
Q  520 gtcagcgtcgagt 532  Q
     ||||||||||||    
T  32619 atcagcgtcgagt 32631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0073; HSP #2
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 240 - 535
Target Start/End: Original strand, 157 - 453
Alignment:
Q  240 catcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaatggtttaaactc 339  Q
    |||||||||||| | |||||||||||  | ||| || ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||   |    
T  157 catcaacaatatccggcctcgttcctcctcggaaaaaaggcaatatctgcctaaaatcaccacctaaaactactgtcattccaccaaaaggtttaagtgc 256  T
Q  340 gtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagcctcatcccaaattatcaac 439  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||| |||  | ||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  257 gtttaagggatcattcttgaacatgatatcacgtaatgatcggtcaactacctcaaaacaccattggtgcatcattggagcctcaccccaaattatcaac 356  T
Q  440 tttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttca-taatctcaatagggactgtcagcgtcgagtgtg 535  Q
    ||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  357 tttgcagcatgcattaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgacgcctcattaatctcaatagggactgtcggcgtggagtgtg 453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0107 (Bit Score: 182; Significance: 4e-98; HSPs: 1)
Name: scaffold0107
Description:

Target: scaffold0107; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 4e-98
Query Start/End: Original strand, 273 - 533
Target Start/End: Original strand, 42414 - 42675
Alignment:
Q  273 caacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccaca 372  Q
    ||||||| ||||||||| | | ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  42414 caacaggaaatatctgcataaaatcaccacctaaaactactgtcattccaccaaaaggtttaagcacgtttaggggatcattcttggacatgatatcacg 42513  T
Q  373 cattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagcctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggacta 472  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||    
T  42514 caatgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcattggagcctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaagtatgccctaagacta 42613  T
Q  473 tccttttccatcgtaagcgatgatgcttca-taatctcaatagggactgtcagcgtcgagtg 533  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  42614 tccttttccatcttaagcgatgatgcctcattaatctcaatagggactgtcggcgtcgagtg 42675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0550 (Bit Score: 169; Significance: 2e-90; HSPs: 1)
Name: scaffold0550
Description:

Target: scaffold0550; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 221 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 404 - 87
Alignment:
Q  221 tttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 320  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||| | |||| ||||||  | ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||   ||||||    
T  404 tttgacgaattgattgaggcatcaacaatatccggccttgttcctcctcggacaacagacaatatctgcctgaaatcaccacctaaaactaccttcattc 305  T
Q  321 caccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatga----taccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatg 416  Q
    ||||||| ||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||    || ||| || |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  304 caccaaaaggtttaagcgcgtttaggggatcatgcttggacatgaatgatatcacgcaatgatcggtcagctgcctcaaaacaccattagtgcatcattg 205  T
Q  417 gagcctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttc-ataatctcaatagg 515  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| |||||||     
T  204 gagccttaacccaaattatcaactttgcagcacgcacctggtctgccctaagactatccttttccatcgtaagcgatgatgcctcgttaatttcaataga 105  T
Q  516 gactgtcagcgtcgagtg 533  Q
    ||||||||||||||||||    
T  104 gactgtcagcgtcgagtg 87  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1139 (Bit Score: 163; Significance: 8e-87; HSPs: 1)
Name: scaffold1139
Description:

Target: scaffold1139; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 8e-87
Query Start/End: Original strand, 256 - 533
Target Start/End: Original strand, 1439 - 1717
Alignment:
Q  256 cctcgttccttttgggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattc 355  Q
    ||||| || |||| || ||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||     
T  1439 cctcgatctttttcgggcaacaggcaatatctacttgaaatcaccacctaaaactactatcattccaccaaaaggtctaaactcgtttaggggatcatta 1538  T
Q  356 ttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcagtgcatcaatggagcctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcacca 455  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||    
T  1539 ttggacatgatatcacgcattgatcggtcaactgcctcaaaacaccatcggtgcatcatttgagcctcaaccaaaattattaactttgcagcacgcacca 1638  T
Q  456 ggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttca-taatctcaatagggactgtcagcgtcgagtg 533  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||| || ||||||||    
T  1639 ggtctgccctaggactatcctttttcattttaagcgatgatgcctcattaatatcaatagggactgttagtgtcgagtg 1717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090 (Bit Score: 153; Significance: 8e-81; HSPs: 1)
Name: scaffold0090
Description:

Target: scaffold0090; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 8e-81
Query Start/End: Original strand, 302 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 48711 - 48479
Alignment:
Q  302 cctaaaactattgtcattccaccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgataccacacattgatcggtcaactgcctcaaaacacc 401  Q
    |||||||||| || ||||||||||||  ||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| ||  || ||||||||||||||||||||||||||    
T  48711 cctaaaactactgccattccaccaaaaagtttaagtgcgtttaggggatcattcttggacatgatatcaagcaatgatcggtcaactgcctcaaaacacc 48612  T
Q  402 atcagtgcatcaatggagcctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgccctaggactatccttttccatcgtaagcgatgatgcttc 501  Q
    ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  48611 atcggtgcatcattggagcctcatcccaaattatcaactttgcagcacgcaccaggtctgcccaaggactatccttttccatcgtaagcgatgacgcctc 48512  T
Q  502 a-taatctcaatagggactgtcagcgtcgagtg 533  Q
    | |||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  48511 attaatctcaatagggactgtcggcgtggagtg 48479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0068 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0068
Description:

Target: scaffold0068; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 155 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 35919 - 35849
Alignment:
Q  155 tgcaatctctgtttgccttgattt-ggtttttctctggtgtatcgggggcgaggggtgccatgctaatttg 224  Q
    |||||||| |||||| ||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||    
T  35919 tgcaatctttgtttgacttaattttggtttttctctggtgtaccgggggcgaggggtgcctagctaatttg 35849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University