View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14907_high_1 (Length: 818)

Name: NF14907_high_1
Description: NF14907
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14907_high_1
NF14907_high_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (16-800)||(31854763-31855545)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 742; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 742; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 800
Target Start/End: Complemental strand, 31855545 - 31854763
Alignment:
Q  16 aaacggagaagaacgattccaccatccaactcctgaaaaacatccaagttaattgattataagattttttcggtgtggagaatgaactacgtgagttctc 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  31855545 aaacggagaagaacgattccaccatccaactcctgaaaaacatccaagttaattgattccaagattttttcggtgtagagaatgaactacgtgagttctc 31855446  T
Q  116 agagtcaagagagatagaacatttatgtgttgcatttgatctacctcaagagttatcaaggcaacattaggaggcaagctgtaattaggatccatgagag 215  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31855445 agagtcaagagagatataacatttatgtgttgcatttgatctacctcaagagttatcaaggcaacattaggaggcaagctgtaattaggatccatgagag 31855346  T
Q  216 ttcctttggttaaatgagaggacttccaattttttgatttctgatcaattgaatatctcataagatgtaatatttaatcatatgttaatgatcatgattc 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31855345 ttcctttggttaaatgagaggacttccaattttttgatttctgatcaattgaatatctcataagatgtaatatttaatcatatgttaatgatcatgattc 31855246  T
Q  316 attagtacatgaagtacaataatcgagtctgtcatacctcatgtgtaaaagctaataatattggtgagtaaatttcttgaccagttgtacgacgccagcg 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31855245 attagtacatgaagtacaataatcgagtctgtcatacctcatgtgtaaaagctaataatattggtgagtaaatttcttgaccagttgtacgacgccagcg 31855146  T
Q  416 tgaaccagctccaacgttgtggattccgatatagtaatttcctctaacctatgtagaattagaaatgacagaaaaagggaatataataaatctgtatgct 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31855145 tgaaccagctccaacgttgtggattccgatatagtaatttcctctaacctatgtagaattagaaatgacagaaaaagggaatataataaatctgtatgct 31855046  T
Q  516 atatagagatagaagataggaaaacatggaggatgcataaaaatgtaaactaattggtgacatttccatactattagtccatcacatgtactattattat 615  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  31855045 atatagagatagaagataggaaaacatggaggatgcataaaaatgtaaactaattggtgacatttccatactgttagtccatcacatgtactattattat 31854946  T
Q  616 cagcctttgctatgcaaacttgttcatcgagtggttcccctactcctctaccgtcgtcctcgatcaagcgccttaagtagtacacaccgagtgtcaatag 715  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31854945 cagcctttgctatgcaaacttgttcatcgagtggttcccctactcctctaccgtcgtcctcgatcaagcgccttaagtagtacacaccgagtgtcaatag 31854846  T
Q  716 attttatacaagataataatagattgaaatagataataaaaatttggttagatacctatgaagcatcaattccacttcaccgtct 800  Q
    ||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  31854845 attttatacaatataataat--attgaaatagataatgaaaatttggttagatacctatgaagcatcaattcaacttcaccgtct 31854763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University