View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14908_low_2 (Length: 492)

Name: NF14908_low_2
Description: NF14908
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14908_low_2
NF14908_low_2
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (10-480)||(2621301-2621771)
chr6 (10-480)||(2589734-2590204)
chr6 (31-475)||(2674756-2675203)
chr6 (38-466)||(2571275-2571703)
chr6 (149-480)||(2435904-2436235)
chr6 (91-480)||(2449083-2449472)
chr6 (88-475)||(2642967-2643354)
chr6 (298-466)||(2598288-2598456)
chr6 (393-468)||(33788355-33788430)
chr6 (31-75)||(2436297-2436341)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (363-468)||(27731269-27731374)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (384-429)||(31440455-31440500)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 435; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 435; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 2621771 - 2621301
Alignment:
Q  10 catcatcaactacaaatttagtaacaacatcttcaacgacattgttataattaaaaacatcatcactgcctcgcgttgttgagttgaaagagttagatgg 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2621771 catcatcaactacaaatttagtaacaacatcttcaacgacattgttataattaaaaacatcatcactgcctcgcgttgttgagttgaaagagttagatgg 2621672  T
Q  110 actcacgagtctacaaccacccgtgttttgcatgcgatctttattcatgatagatggggtgtcatcgatttggtccttttttgtttgctggagacgaaca 209  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2621671 actcacgagtctacaaccactcatgttttgcatgtgatctctattcatgatagatggggtgtcatcggtttggtccttttttgtttgctggagacgaaca 2621572  T
Q  210 agggaggcgtaaagagaattgtcattttgcatgaggctttcatgagatcctgtttctgcgatcataccattttgaacaaccgcaatgatgtctgcatttt 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2621571 agggaggcgtaaagagaattgtcattttgcatgaggctttcatgagatcctgtttccgcgatcataccattttgaacaaccgcaatgatgtctgcatttt 2621472  T
Q  310 gaatggtggataagcggtgagcaatgatgatggtggtgcgtccaacggtggctttgtctaaagcttcttggacaactctttcggattcagaatctagtgc 409  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2621471 gaatggtggataagcggtgagcgatgatgatggtggtgcgtccaacggtggctttgtctaaagcttcttggacaactctttcggattcagaatctagtgc 2621372  T
Q  410 acttgttgcttcatctagcaatagaatttttggcatttttatgatagctcttgcaatggaaatcctatgct 480  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2621371 acttgttgcttcatctagcaaaagaatttttggcatttttatgatagctcttgcaatggaaatcctttgct 2621301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 10 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 2590204 - 2589734
Alignment:
Q  10 catcatcaactacaaatttagtaacaacatcttcaacgacattgttataattaaaaacatcatcactgcctcgcgttgttgagttgaaagagttagatgg 109  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||| ||||||| |||| |||||| || ||| |||| ||    
T  2590204 catcatcaactacaaatttagtagcaacatcttcaacaacattgttatagtttaaaacatcatcattgcctcgtgttgctgagttcaaggagctagaagg 2590105  T
Q  110 actcacgagtctacaaccacccgtgttttgcatgcgatctttattcatgatagatggggtgtcatcgatttggtccttttttgtttgctggagacgaaca 209  Q
    ||| ||||||||||||  || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||  ||| |||| |||||||||| || |||||||||    
T  2590104 actaacgagtctacaagtactcgtgttttgcatgtgatctttattcatgatagatggggtgtcgtcagtttcgtccctttttgtttgttgaagacgaaca 2590005  T
Q  210 agggaggcgtaaagagaattgtcattttgcatgaggctttcatgagatcctgtttctgcgatcataccattttgaacaaccgcaatgatgtctgcatttt 309  Q
    |||||||| ||||  |||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||| ||||    ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2590004 agggaggcataaattgaattgtcatcttgcacgaggctttcgtgagatcctatttccataatcttaccattttgaacaactgcaatgatgtctgcatttt 2589905  T
Q  310 gaatggtggataagcggtgagcaatgatgatggtggtgcgtccaacggtggctttgtctaaagcttcttggacaactctttcggattcagaatctagtgc 409  Q
    | ||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||    
T  2589904 ggatggtagataggcggtgagcgatgatgatggtggtgcgtccaacggtagctttgtctagagcttcttggacaaccctttctgattcagaatcgagtgc 2589805  T
Q  410 acttgttgcttcatctagcaatagaatttttggcatttttatgatagctcttgcaatggaaatcctatgct 480  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  2589804 acttgttgcttcatctagcaatagaatttttggcatttttatgatagctcttgcaatggcaatcctttgct 2589734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 31 - 475
Target Start/End: Original strand, 2674756 - 2675203
Alignment:
Q  31 taacaacatcttcaacgacattgttataattaaaaacatcatcactgcctcgcgttgttgagttgaaagagtt---agatggactcacgagtctacaacc 127  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||||||  | ||||||||  ||  | ||  |||||||||||||| |   |||  |||| |||||||||| ||     
T  2674756 taacaatatcttcaacaacattgttataattaaggatatcatcaccaccatgtgtcattgagttgaaagagctgctagaacgacttacgagtctacgact 2674855  T
Q  128 acccgtgttttgcatgcgatctttattcatgatagatggggtgtcatcgatttggtccttttttgtttgctggagacgaacaagggaggcgtaaagagaa 227  Q
    || ||||||||||||| || || |||||||||||||||| ||||||||  |||| || ||| | ||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  2674856 actcgtgttttgcatgtgacctctattcatgatagatggagtgtcatcagtttgatcatttctagtttgttggagacgaacgagggaggtgtaaagagaa 2674955  T
Q  228 ttgtcattttgcatgaggctttcatgagatcctgtttctgcgatcataccattttgaacaaccgcaatgatgtctgcattttgaatggtggataagcggt 327  Q
    || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||   |||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  2674956 ttttcattttgcatgaggctttcgtgagatcccgtttccatgatcttaccattttggacaactgcaatgatgtctgcattttggatggttgataagcggt 2675055  T
Q  328 gagcaatgatgatggtggtgcgtccaacggtggctttgtctaaagcttcttggacaactctttcggattcagaatctagtgcacttgttgcttcatctag 427  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| |  |||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2675056 gagcgatgatgatggtggtgcgtccaaccgccgctttgtctagagcttcttgaacaactcgttcggattcagaatcaagtgcacttgttgcttcatctag 2675155  T
Q  428 caatagaatttttggcatttttatgatagctcttgcaatggaaatcct 475  Q
     |||| |||||| ||||||||||| || ||||||||||||| ||||||    
T  2675156 taataaaattttaggcatttttattatggctcttgcaatggcaatcct 2675203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 38 - 466
Target Start/End: Original strand, 2571275 - 2571703
Alignment:
Q  38 atcttcaacgacattgttataattaaaaacatcatcactgcctcgcgttgttgagttgaaagagttagatggactcacgagtctacaaccacccgtgttt 137  Q
    |||||||||  |||||||||||||||  | ||||||||  ||  | ||  |||||||||||||| ||||  ||||||| ||||||| || || |||| ||    
T  2571275 atcttcaacatcattgttataattaacgatatcatcaccaccgtgtgtcattgagttgaaagagctagaatgactcacaagtctacgactactcgtgatt 2571374  T
Q  138 tgcatgcgatctttattcatgatagatggggtgtcatcgatttggtccttttttgtttgctggagacgaacaagggaggcgtaaagagaattgtcatttt 237  Q
    | |||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||  ||||||| ||| | ||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  2571375 tccatgtgatctctattcatgatagatggagtgtcatcactttggtcatttctagtttgttggagacgaacaagggatgtgtaaagagaattgtcatttt 2571474  T
Q  238 gcatgaggctttcatgagatcctgtttctgcgatcataccattttgaacaaccgcaatgatgtctgcattttgaatggtggataagcggtgagcaatgat 337  Q
    |||||||||| || ||||||||  ||||   || || |||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||    
T  2571475 gcatgaggctatcgtgagatcccatttccatgaccagaccattttgaacgaccgcaataatgtctgcattttggatggtagataagcggtgagcgatgat 2571574  T
Q  338 gatggtggtgcgtccaacggtggctttgtctaaagcttcttggacaactctttcggattcagaatctagtgcacttgttgcttcatctagcaatagaatt 437  Q
    ||||||||| |||||||| |  |||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  2571575 gatggtggttcgtccaactgcagctttgtctagagcttcttggacgactcgttcggattcagaatcgagtgcacttgttgcttcgtctaacaatagaatt 2571674  T
Q  438 tttggcatttttatgatagctcttgcaat 466  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  2571675 tttggcatttttatgatggctcttgcaat 2571703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 149 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 2436235 - 2435904
Alignment:
Q  149 tttattcatgatagatggggtgtcatcgatttggtccttttttgtttgctggagacgaacaagggaggcgtaaagagaattgtcattttgcatgaggctt 248  Q
    |||||||||||||||| |||| ||| ||  |||||| ||||| || || |||||| |||| ||||| | |||||  ||| ||||||||||||||||||||    
T  2436235 tttattcatgatagatagggtatcaccgtcttggtcatttttggtgtgttggagatgaactagggatgtgtaaatggaactgtcattttgcatgaggctt 2436136  T
Q  249 tcatgagatcctgtttctgcgatcataccattttgaacaaccgcaatgatgtctgcattttgaatggtggataagcggtgagcaatgatgatggtggtgc 348  Q
    || ||||||||||||||   |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2436135 tcgtgagatcctgtttccatgatcttaccattttgaacaactgcaatgatgtctgcattttggatggtggataagcggtgagcgatgatgatggtggtgc 2436036  T
Q  349 gtccaacggtggctttgtctaaagcttcttggacaactctttcggattcagaatctagtgcacttgttgcttcatctagcaatagaatttttggcatttt 448  Q
    |||||||    |||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2436035 gtccaactacagctttgtctagagcttcttggacaactcgttcagattcagaatcgagagcacttgttgcttcgtctagcaatagaatttttggcatttt 2435936  T
Q  449 tatgatagctcttgcaatggaaatcctatgct 480  Q
    ||  || ||||||||||||| |||||| ||||    
T  2435935 tactatggctcttgcaatggcaatcctttgct 2435904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 170; E-Value: 5e-91
Query Start/End: Original strand, 91 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 2449472 - 2449083
Alignment:
Q  91 agttgaaagagttagatggactcacgagtctacaaccacccgtgttttgcatgcgatctttattcatgatagatggggtgtcatcgatttggtccttttt 190  Q
    ||||||||||| ||||  ||||||||||| ||  || || ||||||||| ||| ||||| |||||||||||| ||| ||||  ||  ||||||| ||| |    
T  2449472 agttgaaagagctagaacgactcacgagtgtatcactacacgtgttttggatgtgatctctattcatgataggtggagtgtggtcactttggtcatttct 2449373  T
Q  191 tgtttgctggagacgaacaagggaggcgtaaagagaattgtcattttgcatgaggctttcatgagatcctgtttctgcgatcataccattttgaacaacc 290  Q
     ||||| || |||||||| ||||||| |||||||||  ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||  ||||| ||||||||||||| |      
T  2449372 agtttgttgaagacgaacgagggaggtgtaaagagagctgtcattttgcataaggctttcgtgagatcctgtttccacgatcttaccattttgaacgatt 2449273  T
Q  291 gcaatgatgtctgcattttgaatggtggataagcggtgagcaatgatgatggtggtgcgtccaacggtggctttgtctaaagcttcttggacaactcttt 390  Q
    |||||||| |||||| ||   |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||| |||||||| || ||||||||||||||||||| ||    
T  2449272 gcaatgatatctgcagttctgatggtggataagcggtgagcgatgataatggtggtgcgttcaactgtggctttctcaaaagcttcttggacaactcgtt 2449173  T
Q  391 cggattcagaatctagtgcacttgttgcttcatctagcaatagaatttttggcatttttatgatagctcttgcaatggaaatcctatgct 480  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||  |||| || || |||||||||||||||||||| ||||    
T  2449172 cggattcaaaatctagtgcacttgttgcttcgtctagcaatagaattcttggatttttgattatggctcttgcaatggaaatcctttgct 2449083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 148; E-Value: 7e-78
Query Start/End: Original strand, 88 - 475
Target Start/End: Original strand, 2642967 - 2643354
Alignment:
Q  88 ttgagttgaaagagttagatggactcacgagtctacaaccacccgtgttttgcatgcgatctttattcatgatagatggggtgtcatcgatttggtcctt 187  Q
    |||||||||||||| ||||  ||||||||||||||| || || ||||||||||||| || || | |||||||||||||  | ||| ||  ||||||| ||    
T  2642967 ttgagttgaaagagctagaacgactcacgagtctacgactactcgtgttttgcatgtgacctctgttcatgatagatgcagggtcctcattttggtcatt 2643066  T
Q  188 ttttgtttgctggagacgaacaagggaggcgtaaagagaattgtcattttgcatgaggctttcatgagatcctgtttctgcgatcataccattttgaaca 287  Q
    | | ||||| ||||||||||| || |||| |||||||||||| |||| ||||  |||||||||||||| |||||||||    ||| | ||||||||||      
T  2643067 tctagtttgttggagacgaacgagagaggtgtaaagagaattttcatcttgcgcgaggctttcatgagttcctgtttccattatcttgccattttgaaac 2643166  T
Q  288 accgcaatgatgtctgcattttgaatggtggataagcggtgagcaatgatgatggtggtgcgtccaacggtggctttgtctaaagcttcttggacaactc 387  Q
    || ||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| | | ||||||||| ||| |||||||||| ||    
T  2643167 actgcaatgatgtcagcattttggatggtggataggcgatgagcgatgatgatggttgtgcgtccaactgcgactttgtctagagcgtcttggacaattc 2643266  T
Q  388 tttcggattcagaatctagtgcacttgttgcttcatctagcaatagaatttttggcatttttatgatagctcttgcaatggaaatcct 475  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || | ||||| |||||| ||||||||||| || ||||||||||||| ||||||    
T  2643267 gttcggattcagaatcaagtgcacttgtcgcttcgtccaacaataaaattttaggcatttttattatggctcttgcaatggcaatcct 2643354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 298 - 466
Target Start/End: Original strand, 2598288 - 2598456
Alignment:
Q  298 tgtctgcattttgaatggtggataagcggtgagcaatgatgatggtggtgcgtccaacggtggctttgtctaaagcttcttggacaactctttcggattc 397  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |  |||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||    
T  2598288 tgtctgcattttggatggtagataatcggtgagcgatgatgatggtggtgcgtccaactgaagctttgtctagagcttcttggacgactcgttcggattc 2598387  T
Q  398 agaatctagtgcacttgttgcttcatctagcaatagaatttttggcatttttatgatagctcttgcaat 466  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  2598388 agaatcgagtgcacttgttgcttcgtctaacaatagaatttttggcatttttatgatggctcttgcaat 2598456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 393 - 468
Target Start/End: Original strand, 33788355 - 33788430
Alignment:
Q  393 gattcagaatctagtgcacttgttgcttcatctagcaatagaatttttggcatttttatgatagctcttgcaatgg 468  Q
    |||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||  ||||||  |||  ||||||||||||||||||||||||    
T  33788355 gattcagagtcaagtgcactagttgcttcatcaagcagaagaattactggattttttatgatagctcttgcaatgg 33788430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 31 - 75
Target Start/End: Complemental strand, 2436341 - 2436297
Alignment:
Q  31 taacaacatcttcaacgacattgttataattaaaaacatcatcac 75  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||| |||    
T  2436341 taacaacatcttcaacaacattgttataattaacgacatcaccac 2436297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000003; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 363 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 27731374 - 27731269
Alignment:
Q  363 ttgtctaaagcttcttggacaactctttcggattcagaatctagtgcacttgttgcttcatctagcaatagaatttttggcatttttatgatagctcttg 462  Q
    ||||||||||||| ||| ||||| | ||| |||||   |||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||| ||  || |||  ||||||||||    
T  27731374 ttgtctaaagcttgttgtacaacacgttccgattcgacatctagtgcacttgttgcttcatcaagcaataatattttagggtttcttaaaatagctcttg 27731275  T
Q  463 caatgg 468  Q
    ||||||    
T  27731274 caatgg 27731269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000007; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 384 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 31440500 - 31440455
Alignment:
Q  384 actctttcggattcagaatctagtgcacttgttgcttcatctagca 429  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  31440500 actctttcggattgagaatccagtgcacttgttgcttcatcaagca 31440455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University