View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14924_low_2 (Length: 674)

Name: NF14924_low_2
Description: NF14924
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14924_low_2
NF14924_low_2
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (18-674)||(5418229-5418885)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 605; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 605; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 674
Target Start/End: Original strand, 5418229 - 5418885
Alignment:
Q  18 acaaacgacaattaaattcgagtatggatcaataaagccataaagtacgtacgcggcttccgcacataataccacactaccaaacccactatccagctgt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5418229 acaaacgacaattaaattcgagtatggatcaataaagccataaagtacgtacgcggcttccgcacataataccacactaccaaacccactatccagctgt 5418328  T
Q  118 ctctttgcttgcaattttgagatgtcaatacatttcacaaaccaaagctaaaagactcataaattgactcaataaccttgaatttggtttaactgttttc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5418329 ctctttgcttgcaattttgagatgtcaatacatttcacaaaacaaagctaaaagactcataaattgactcaataaccttgaatttggtttaactgttttc 5418428  T
Q  218 tagaatccgcattcacgtagtcgagacacaagtgaccgtttgattttaatgtaatttaaaattatagagtttgaatctgaatcgtccaatcttaatcaaa 317  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5418429 tagaatccgcattcacttagtcgagacacaagtgaccgtttgattttaatgtaatttaaaaatatagagtttgaatgtgaatcgtccaatcttaatcaaa 5418528  T
Q  318 tcaccactaaagttctagagtacgtgaatgcgcagaatccttaaaattaaagatgagcatgatccaattccctttagttataccttcccatcttttcacc 417  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5418529 taaccactaaaattctagagtacgtgaatacgcggaatccttaaaattaaaggtgagcatgatccaattccctttagttataccttcccatcttttcacc 5418628  T
Q  418 tacccattttgtactataaataatgtcactcacacaattcaaccacataagcctcaaacttccttagtgagtttcccttcctctgctctagtgagtgcca 517  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5418629 tacccattttctactataaataatctcactcacacaattcaaccacataagcctcaaacttccttagtgagttttccttcctctgctctagtgagtgcca 5418728  T
Q  518 ctttagttaactttcatatagttcatctaaatattttctcaatattctacactttgacagcaagatgaagccagcatttgcagctatgttacttgtgtgt 617  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5418729 ctttagttaactttcatatagttcatctaaatcttttctcaatattctacactttgacagcaagatgaagccagcatttgcagctatgttacttgtgtgt 5418828  T
Q  618 cttatccttagctcatttatgttcgaaatgtccattgctggcactggtatgttataa 674  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5418829 cttatccttagctcatttatgttcgaaatgtccattgctggcactggtatgttataa 5418885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University