View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14925_low_3 (Length: 528)

Name: NF14925_low_3
Description: NF14925
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14925_low_3
NF14925_low_3
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (8-513)||(34843774-34844279)
chr7 (402-505)||(21631243-21631346)
chr7 (341-513)||(37405455-37405626)
chr7 (402-505)||(21632974-21633077)
chr7 (406-505)||(21633204-21633303)
chr7 (402-505)||(29597986-29598089)
chr7 (404-505)||(21631009-21631114)
chr7 (403-505)||(3233016-3233118)
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (341-513)||(51295218-51295389)
chr4 (345-513)||(24807483-24807649)
chr4 (402-507)||(5653184-5653289)
chr4 (342-513)||(52545109-52545276)
chr4 (401-513)||(23985888-23985999)
chr4 (403-507)||(42665049-42665152)
chr4 (341-411)||(8005848-8005917)
chr4 (403-505)||(18395657-18395758)
chr4 (341-505)||(3529163-3529323)
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (341-507)||(902132-902296)
chr1 (341-513)||(3284557-3284728)
chr1 (341-513)||(3282856-3283027)
chr1 (403-507)||(9310528-9310632)
chr1 (341-513)||(9312084-9312255)
chr1 (341-411)||(33773145-33773214)
chr1 (443-505)||(33072895-33072957)
chr1 (347-505)||(5924800-5924954)
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (403-513)||(33869362-33869472)
chr6 (341-513)||(15868447-15868618)
chr6 (403-513)||(15866696-15866806)
chr6 (341-513)||(14618979-14619148)
chr6 (341-513)||(33866154-33866325)
chr6 (343-504)||(14611141-14611299)
chr6 (371-505)||(32080023-32080153)
chr6 (403-513)||(24544734-24544844)
chr6 (345-395)||(14620560-14620610)
chr6 (341-369)||(32079965-32079993)
[»] scaffold0251 (1 HSPs)
scaffold0251 (341-513)||(6281-6452)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (404-507)||(39787070-39787173)
chr5 (403-464)||(33689982-33690043)
chr5 (402-505)||(21637147-21637250)
chr5 (345-377)||(8080966-8080998)
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (402-505)||(20957728-20957831)
chr2 (402-463)||(20957556-20957617)
chr2 (345-411)||(25302758-25302823)
chr2 (345-411)||(25306753-25306818)
chr2 (345-399)||(41602398-41602452)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (345-411)||(35244113-35244178)
chr3 (341-400)||(41874454-41874513)
chr3 (345-411)||(35243935-35244000)
chr3 (426-505)||(9032718-9032797)
[»] scaffold0006 (1 HSPs)
scaffold0006 (341-503)||(39200-39359)
[»] scaffold0060 (1 HSPs)
scaffold0060 (402-505)||(8971-9074)
[»] scaffold0057 (1 HSPs)
scaffold0057 (426-513)||(58923-59010)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 454; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 454; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 513
Target Start/End: Original strand, 34843774 - 34844279
Alignment:
Q  8 aaattattctgatgaaatcaaatctgtacagttgtatattgacacaaaactacgattaaaatttagtgagcaactaacatacttcttatgtttagattgc 107  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34843774 aaattattctgatgaaatcaaatatgtacagttgtatattgacacaaaactacgattaaaatttagtgagcaactaacatacttcttatgtttagattgc 34843873  T
Q  108 tcttagaatttaggttcaatttaattcaatcttatacgatcggtttgtaatgtgaattattgcaacatacacactttctcaaaagctggacatttggagc 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34843874 tcttagaatttaggttcaatttaattcaatcttatacgatcggtttgtaatgtgagttattgcaacatacacactttctcaaaagctggacatttggagc 34843973  T
Q  208 gtgattcaagttgttcgatagaattgccccagcaatggctgacccaatgaatctttgataagcttcatattagaattttggttgagtttaacttaaccgt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  34843974 gtgattcaagttgttcgatagaattgccccagcaatggctgacccaatgaatctttgataagcttcatattagaattttggttgaatttaacttgaccgt 34844073  T
Q  308 taaaaaactagatattagagtgtttgcaaggtaagttagagttagttacacaactaaactctttatatagtaacactcatgtatcatttcaatccatctt 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34844074 taaaaaactagatattagagtgtttgtaaggtaagttagagttagttacacaactaaactctatatataggaacactcatgtatcatttcaatccatctt 34844173  T
Q  408 ttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatctttatcctt 507  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  34844174 ttatcaaatctagtttactctactatgagtcactatgggtatctcccacatgaatacacctatgctctctttctagttgatcactatgatctttatcctt 34844273  T
Q  508 tggatt 513  Q
     |||||    
T  34844274 gggatt 34844279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 402 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 21631346 - 21631243
Alignment:
Q  402 catcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatcttt 501  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  21631346 catcttttatcaaatctagtttactctactatgagtcactatgggtatctcccacattaatacacctatgctctctttctagctgatcaatatgatcttt 21631247  T
Q  502 atcc 505  Q
    ||||    
T  21631246 atcc 21631243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 341 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 37405626 - 37405455
Alignment:
Q  341 agttagagttagttacacaa-ctaaactctttatatagtaacactcatgta-tcatttcaatccatcttttatcaaatctagtttactctattatgagtc 438  Q
    |||||||||||||||| ||| |||| |||| ||||||| ||||||  |||| ||||| || |  ||||||| | ||||||||||||||||  ||||||||    
T  37405626 agttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcatt-cact--atcttttgttaaatctagtttactctcctatgagtc 37405530  T
Q  439 actatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatctttatcctttggatt 513  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  37405529 actatgggtatctcccacatgaatacacctatgctctctttctagctgatcactatgatctttatccttgggatt 37405455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 402 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 21633077 - 21632974
Alignment:
Q  402 catcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatcttt 501  Q
    ||||||||||||||| ||| ||| |||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  21633077 catcttttatcaaatatagattattctactatgagtcactatgtgtatctcccacatgaatacacctatgctctcttttcagctgatcactgtgatcttt 21632978  T
Q  502 atcc 505  Q
    ||||    
T  21632977 atcc 21632974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 406 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 21633303 - 21633204
Alignment:
Q  406 ttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatctttatcc 505  Q
    |||||| ||||||| ||||||||| |||| |||||||||  ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  21633303 ttttatgaaatctaatttactctactatgggtcactatgagtatctcccacatgaatacatctatgctctctttctagctgatcactatgatctttatcc 21633204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 402 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 29598089 - 29597986
Alignment:
Q  402 catcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatcttt 501  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||| | |||| ||||||| | |||||||||||||| ||||    
T  29598089 catcttttatcaaatctagttcattctactatgagtctctatgggtatctcccacatgaatactcttatgctctctttcttgctgatcactatgaccttt 29597990  T
Q  502 atcc 505  Q
    ||||    
T  29597989 atcc 29597986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 404 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 21631114 - 21631009
Alignment:
Q  404 tcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagct----gatcactatgatct 499  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||| |||| ||||||| ||||||| |||||    ||||||||||||||    
T  21631114 tcttttatctaatctagtttactctactatgagtcactatgtgtatctcccacattaatagacctatgctctctttctagctgatcgatcactatgatct 21631015  T
Q  500 ttatcc 505  Q
    ||||||    
T  21631014 ttatcc 21631009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 403 - 505
Target Start/End: Original strand, 3233016 - 3233118
Alignment:
Q  403 atcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatcttta 502  Q
    ||||||||| |||||||||| | |||| ||| | ||  |||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||| | |||||||||| ||| |||||    
T  3233016 atcttttattaaatctagttcattctactataaatctgtatggatatctcccacatgaatactcttatgctctctttcttgctgatcactgtgaccttta 3233115  T
Q  503 tcc 505  Q
    |||    
T  3233116 tcc 3233118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 117; Significance: 2e-59; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 341 - 513
Target Start/End: Original strand, 51295218 - 51295389
Alignment:
Q  341 agttagagttagttacacaactaaactctttatatagtaacactcatgtatcatttcaatccatcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcac 440  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  | ||||||| |||||| ||| |||||||| | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51295218 agttagagttagttacacaactaaacattatatataggaacactaatgcatcatttcta-ctaccttttatcaaatctagtttactctattatgagtcac 51295316  T
Q  441 tatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatctttatcctttggatt 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  51295317 tatggatatctcccacatgaatacacctatgctctctttctagctgatcactatgatctttatccttaggatt 51295389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 345 - 513
Target Start/End: Original strand, 24807483 - 24807649
Alignment:
Q  345 agagttagttacacaactaaactctttatatagtaacactcatgtatcatttcaatccatcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatg 444  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || | |||  |||||||| |||||    
T  24807483 agagttagttacacaactaaaatctatatataggaacactcatgtatcatttcaat-catcttttatcaaatcta-ttgattctcctatgagtctctatg 24807580  T
Q  445 gatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatctttatcctttggatt 513  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||| ||||| | ||||| ||  ||||||||||||||||| |||||    
T  24807581 gatatctcccacatgaatactactatgctctctctctagctaatatctatgatctttatccttgggatt 24807649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 402 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 5653289 - 5653184
Alignment:
Q  402 catcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatcttt 501  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5653289 catcttttatcaaatctagtttactctcctatgagtcactgtgggtatctcccacatgaatacacctatgctctctttctagctgatcactatgatcttt 5653190  T
Q  502 atcctt 507  Q
    ||||||    
T  5653189 atcctt 5653184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 342 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 52545276 - 52545109
Alignment:
Q  342 gttagagttagttacacaactaaactctttatatagtaacactcatgtatcatttcaatccatcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcact 441  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| | |  |||||||||| |||||| || | ||||| ||||||  ||    
T  52545276 gttagagttagttacacaactaaactctatatataggaacactcatgtatcattttatt--atcttttatc-aatcta-ttcattctataatgagtttct 52545181  T
Q  442 atggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatctttatcctttggatt 513  Q
    |||  |||||||||||||| ||| | |||| || |||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  52545180 atgagtatctcccacatgagtactcttatgctcgctttcttgctgatcactatgatctttatccttgggatt 52545109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 401 - 513
Target Start/End: Original strand, 23985888 - 23985999
Alignment:
Q  401 ccatcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatctt 500  Q
    ||||||||||||||||||| || | |||  |||||||| |||||| |||||||||||||||||   ||||| ||||| | ||||||||  ||||||||||    
T  23985888 ccatcttttatcaaatcta-ttgattctcctatgagtctctatggttatctcccacatgaatattactatgctctctctctagctgatgtctatgatctt 23985986  T
Q  501 tatcctttggatt 513  Q
    ||||||| |||||    
T  23985987 tatccttgggatt 23985999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 403 - 507
Target Start/End: Original strand, 42665049 - 42665152
Alignment:
Q  403 atcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatcttta 502  Q
    ||||||||||||||||| || | |||| |||||||  |||||| ||||||||| || ||||| | |||| ||||||| |||| ||||||||||| |||||    
T  42665049 atcttttatcaaatcta-ttcattctactatgagtttctatgggtatctcccagataaatactcttatgctctctttctagccgatcactatgaccttta 42665147  T
Q  503 tcctt 507  Q
    |||||    
T  42665148 tcctt 42665152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 341 - 411
Target Start/End: Original strand, 8005848 - 8005917
Alignment:
Q  341 agttagagttagttacacaactaaactctttatatagtaacactcatgtatcatttcaatccatcttttat 411  Q
    ||||||| ||||||||  |||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  8005848 agttagaattagttacttaactaatctctatatataggaacactcatgtatcatttcaat-catcttttat 8005917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 403 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 18395758 - 18395657
Alignment:
Q  403 atcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatcttta 502  Q
    ||||||||||| ||||| || ||| || ||||||||  ||||  |||||||||||||||||| | |||| ||||||| | ||| |||||||||| |||||    
T  18395758 atcttttatcatatcta-ttcactatactatgagtctatatgagtatctcccacatgaatactcttatgctctctttcttgctaatcactatgaccttta 18395660  T
Q  503 tcc 505  Q
    |||    
T  18395659 tcc 18395657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 341 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 3529323 - 3529163
Alignment:
Q  341 agttagagttagttacacaa-ctaaactctttatatagtaacactcatgta-tcatttcaatccatcttttatcaaatctagtttactctattatgagtc 438  Q
    |||||||||||||||| ||| |||| |||| ||||||| ||||||  |||| ||||| || |  ||||||||||||||||| || | |||  ||||||||    
T  3529323 agttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcatt-catt--atcttttatcaaatcta-ttgattctcctatgagtc 3529228  T
Q  439 actatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatctttatcc 505  Q
     |||||| ||| | ||||||||||||  ||||| ||||| |  ||||||||||||||| ||||||||    
T  3529227 tctatggttattttccacatgaatactactatgctctctct--agctgatcactatgacctttatcc 3529163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 104; Significance: 1e-51; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 341 - 507
Target Start/End: Original strand, 902132 - 902296
Alignment:
Q  341 agttagagttagttacacaactaaactctttatatagtaacactcatgtatcatttcaatccatcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcac 440  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |  ||||||| | ||||||||||||||||  ||||||||||    
T  902132 agttagagttagttacacaattaaactctctatataggaacactcatgtatcatttcatt--atcttttgttaaatctagtttactctcctatgagtcac 902229  T
Q  441 tatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatctttatcctt 507  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||| ||||||||||||||||    
T  902230 tatgggtatctcccacatgaatacacctatgctctctttctaactgatcattatgatctttatcctt 902296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 341 - 513
Target Start/End: Original strand, 3284557 - 3284728
Alignment:
Q  341 agttagagttagttacacaa-ctaaactctttatatagtaacactcatgta-tcatttcaatccatcttttatcaaatctagtttactctattatgagtc 438  Q
    |||||||||||||||| ||| |||| |||| ||||||| ||||||  |||| ||||| || |  ||||||| | ||||||||||||||||  ||||||||    
T  3284557 agttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcatt-cact--atcttttgttaaatctagtttactctcctatgagtc 3284653  T
Q  439 actatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatctttatcctttggatt 513  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  3284654 actatgggtatctcccacatgaatacacctatgctctctttctagctgatcactatgatctttatccttgggatt 3284728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 341 - 513
Target Start/End: Original strand, 3282856 - 3283027
Alignment:
Q  341 agttagagttagttacacaa-ctaaactctttatatagtaacactcatgta-tcatttcaatccatcttttatcaaatctagtttactctattatgagtc 438  Q
    |||||||||||||||| ||| |||| |||| ||||||| ||||||  |||| ||||| || |  ||||||| | ||||||||||||||||  ||| ||||    
T  3282856 agttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcatt-cact--atcttttgttaaatctagtttactctcctataagtc 3282952  T
Q  439 actatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatctttatcctttggatt 513  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  3282953 actatgggtatctcccacatgaatacacctatgctctctttctagttgatcactatgatctttatccttgggatt 3283027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 403 - 507
Target Start/End: Original strand, 9310528 - 9310632
Alignment:
Q  403 atcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatcttta 502  Q
    ||||||| | ||||||| ||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9310528 atcttttgttaaatctaatttactctcctatgagtcactatgggtatctcccacatgaatacacatatgctctctttctagctgatcactatgatcttta 9310627  T
Q  503 tcctt 507  Q
    |||||    
T  9310628 tcctt 9310632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 341 - 513
Target Start/End: Original strand, 9312084 - 9312255
Alignment:
Q  341 agttagagttagttacacaa-ctaaactctttatatagtaacactcatgta-tcatttcaatccatcttttatcaaatctagtttactctattatgagtc 438  Q
    |||||||||||||||| ||| |||| |||| ||||||| ||||||  |||| ||||| || |  ||||||| | ||||||||||||||||   |||||||    
T  9312084 agttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcatt-catt--atcttttgttaaatctagtttactctcccatgagtc 9312180  T
Q  439 actatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatctttatcctttggatt 513  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  9312181 actatgagtatctcccacatgaatacacatatgctctctttctagctgatcactatgatctttatccttgggatt 9312255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 341 - 411
Target Start/End: Original strand, 33773145 - 33773214
Alignment:
Q  341 agttagagttagttacacaactaaactctttatatagtaacactcatgtatcatttcaatccatcttttat 411  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  33773145 agttagagttagttacacgactaaactctatatataagaacactcatgtatcatttccat-catcttttat 33773214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 443 - 505
Target Start/End: Original strand, 33072895 - 33072957
Alignment:
Q  443 tggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatctttatcc 505  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||| ||||||| | |||||||| ||||| ||||||||    
T  33072895 tggatatctcccacatgaatactcttatgatctctttcttgctgatcattatgacctttatcc 33072957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 347 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 5924954 - 5924800
Alignment:
Q  347 agttagttacacaactaaactctttatatagtaacactcatgtatcatttcaatccatcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatgga 446  Q
    ||||||||| |||  |||||||| ||||||  ||||||| ||||| ||||||   ||||||||||||| |||| || | ||||| ||||||  |||||      
T  5924954 agttagttaaacagttaaactctatatataagaacactcgtgtattatttcat--catcttttatcaa-tcta-ttcattctataatgagtttctatgag 5924859  T
Q  447 tatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatctttatcc 505  Q
    ||||||| | |||||||| | |||| |  ||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  5924858 tatctcctatatgaatactcttatgcttgcttttttactgatcactatgatctttatcc 5924800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 79; Significance: 1e-36; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 403 - 513
Target Start/End: Original strand, 33869362 - 33869472
Alignment:
Q  403 atcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatcttta 502  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  33869362 atcttttgttaaatctagtttactctcctatgagtcactatggatatctcccacatgaatacacctatgctctctttctagctgatcactatgatcttta 33869461  T
Q  503 tcctttggatt 513  Q
    || || |||||    
T  33869462 tctttgggatt 33869472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 341 - 513
Target Start/End: Original strand, 15868447 - 15868618
Alignment:
Q  341 agttagagttagttacacaa-ctaaactctttatatagtaacactcatgta-tcatttcaatccatcttttatcaaatctagtttactctattatgagtc 438  Q
    |||||||||||||||| ||| |||| |||| ||||||| ||||||  |||| ||||| || |  ||||||| | ||||||||||||||||  ||||||||    
T  15868447 agttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcatt-catt--atcttttgttaaatctagtttactctcctatgagtc 15868543  T
Q  439 actatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatctttatcctttggatt 513  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  15868544 actatgggtatctcccacatgaatacacatatgctctctttctagctgatcactatgatctttatccttgggatt 15868618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 403 - 513
Target Start/End: Original strand, 15866696 - 15866806
Alignment:
Q  403 atcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatcttta 502  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  15866696 atcttttgttaaatctagtttactctcctatgagtcactatgggtatctcccacatgaatacacatatgctctctttctagctgatcactatgatcttta 15866795  T
Q  503 tcctttggatt 513  Q
    ||||| |||||    
T  15866796 tccttgggatt 15866806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 341 - 513
Target Start/End: Original strand, 14618979 - 14619148
Alignment:
Q  341 agttagagttagttacacaactaaactctttatatagtaacactcatgtatcatttcaatccatcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcac 440  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||| || | |||  |||||||| |    
T  14618979 agttagagttagttacacaactaaactctatatataggaacactcatgtatcatttcatt--atcttttatcaaatcta-ttgattctcctatgagtctc 14619075  T
Q  441 tatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatctttatcctttggatt 513  Q
    ||||| ||||||||||||||||||  ||||| ||||| | ||| ||||  |||| || ||||||||| |||||    
T  14619076 tatggttatctcccacatgaatactactatgctctctctctagttgatatctatcatttttatccttgggatt 14619148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 341 - 513
Target Start/End: Original strand, 33866154 - 33866325
Alignment:
Q  341 agttagagttagttacaca-actaaactctttatatagtaacactcatgta-tcatttcaatccatcttttatcaaatctagtttactctattatgagtc 438  Q
    |||||||||||||||| || ||||| |||| ||||||| ||||||  |||| ||||| || |  ||||||| | ||||||||||||||||  |||| |||    
T  33866154 agttagagttagttactcagactaatctctatatataggaacactattgtactcatt-cact--atcttttgttaaatctagtttactctcctatgggtc 33866250  T
Q  439 actatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatctttatcctttggatt 513  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  33866251 actatgggtatctcccacatgaatacacctatgctctctttctagctgatcactatgatcttaatccttgggatt 33866325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 343 - 504
Target Start/End: Original strand, 14611141 - 14611299
Alignment:
Q  343 ttagagttagttacacaactaaactctttatatagtaacactcatgtatcatttcaatccatcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcacta 442  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||| |  |||||||||||||| || || | | |  |||||||| |||    
T  14611141 ttagagttagttacacaactaaactctatatataggaacactcgtgtatcatttcatt--atcttttatcaaatata-ttgattatcctatgagtctcta 14611237  T
Q  443 tggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatctttatc 504  Q
    ||| ||||||||||||||||||  ||||| ||||| | ||||||||  ||||||||||||||    
T  14611238 tggttatctcccacatgaatactactatgctctctctctagctgatatctatgatctttatc 14611299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 371 - 505
Target Start/End: Original strand, 32080023 - 32080153
Alignment:
Q  371 tatatagtaacactcatgtatcatttcaatccatcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatggatatctcccacatgaatacacctat 470  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| || | |||  |||||||| || | | |||||| |||||||||||  ||||    
T  32080023 tatataggaacactcgtgtatcatttcaatc-atcttttatcaaatcta-ttgattctcctatgagtctctgtagttatctctcacatgaatactactat 32080120  T
Q  471 gttctctttttagctgatcactatgatctttatcc 505  Q
    | ||||| |  ||||||||||||||||||||||||    
T  32080121 gctctctct--agctgatcactatgatctttatcc 32080153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 403 - 513
Target Start/End: Original strand, 24544734 - 24544844
Alignment:
Q  403 atcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatcttta 502  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||  |||||||| ||||| ||| | |||| |  |||| | ||| ||||||||||||||||    
T  24544734 atcttttatcaaatctagtttactctactatgagtttctatgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctttcttgcttatcactatgatcttta 24544833  T
Q  503 tcctttggatt 513  Q
    ||||| |||||    
T  24544834 tccttgggatt 24544844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 345 - 395
Target Start/End: Original strand, 14620560 - 14620610
Alignment:
Q  345 agagttagttacacaactaaactctttatatagtaacactcatgtatcatt 395  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||    
T  14620560 agagttagttacacaactaaactctatatataggaaaactcatgtatcatt 14620610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 341 - 369
Target Start/End: Original strand, 32079965 - 32079993
Alignment:
Q  341 agttagagttagttacacaactaaactct 369  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  32079965 agttagagttagttacacaactaaactct 32079993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0251 (Bit Score: 72; Significance: 2e-32; HSPs: 1)
Name: scaffold0251
Description:

Target: scaffold0251; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 341 - 513
Target Start/End: Original strand, 6281 - 6452
Alignment:
Q  341 agttagagttagttacacaa-ctaaactctttatatagtaacactcatgta-tcatttcaatccatcttttatcaaatctagtttactctattatgagtc 438  Q
    |||||||||||||||| ||| |||| |||| ||||||| ||||||  |||| ||||| || |  ||||||| | ||||| ||||||||||  ||||||||    
T  6281 agttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcatt-cact--atcttttgttaaatcaagtttactctcctatgagtc 6377  T
Q  439 actatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatctttatcctttggatt 513  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  6378 actatgggtatctcccacatgaatacatctatgctctctttctagctgatcactatgatctttatccttgggatt 6452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 68; Significance: 4e-30; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 404 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 39787173 - 39787070
Alignment:
Q  404 tcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatctttat 503  Q
    |||||| | ||||||||||||||||  ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  39787173 tcttttgttaaatctagtttactctcctataagtcactatgggtatctcccacatgaatacacatatgctctctttctagctgatcactatgatctttat 39787074  T
Q  504 cctt 507  Q
    ||||    
T  39787073 cctt 39787070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 403 - 464
Target Start/End: Original strand, 33689982 - 33690043
Alignment:
Q  403 atcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatggatatctcccacatgaatac 464  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  33689982 atcttttatcaaatctaattcactctattatgagtctctatgggtatctcccacatgaatac 33690043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 402 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 21637250 - 21637147
Alignment:
Q  402 catcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatcttt 501  Q
    |||| ||||||||||  |||| | || | ||| |||| |||||| ||||| |||||||||||| | |||||||||||| |  ||||||| ||||||||||    
T  21637250 catcatttatcaaataaagttcattccactataagtctctatgggtatcttccacatgaatactcttatgttctctttcttactgatcattatgatcttt 21637151  T
Q  502 atcc 505  Q
    ||||    
T  21637150 atcc 21637147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 345 - 377
Target Start/End: Original strand, 8080966 - 8080998
Alignment:
Q  345 agagttagttacacaactaaactctttatatag 377  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  8080966 agagttagttacacaactaaactctctatatag 8080998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 56; Significance: 6e-23; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 402 - 505
Target Start/End: Original strand, 20957728 - 20957831
Alignment:
Q  402 catcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatcttt 501  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||  |||||  | |||||||||| ||| ||||    
T  20957728 catcttttgtcaaatctagtttactctactatgagtcactatgggtatctcccacatgaatactcttatgcactcttccttgctgatcactgtgaccttt 20957827  T
Q  502 atcc 505  Q
    ||||    
T  20957828 atcc 20957831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 402 - 463
Target Start/End: Original strand, 20957556 - 20957617
Alignment:
Q  402 catcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatggatatctcccacatgaata 463  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  20957556 catcttttgtcaaatctagtttactctactatgagtcactatgggtatctcccacatgaata 20957617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 345 - 411
Target Start/End: Original strand, 25302758 - 25302823
Alignment:
Q  345 agagttagttacacaactaaactctttatatagtaacactcatgtatcatttcaatccatcttttat 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  25302758 agagttagttacacaactaaactctatatataggatcactcatgtatcatttcaat-catcttttat 25302823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 345 - 411
Target Start/End: Original strand, 25306753 - 25306818
Alignment:
Q  345 agagttagttacacaactaaactctttatatagtaacactcatgtatcatttcaatccatcttttat 411  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  25306753 agagttagttacacagctaaactctatatataggaacactcatgtaacatttcaat-catcttttat 25306818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 345 - 399
Target Start/End: Original strand, 41602398 - 41602452
Alignment:
Q  345 agagttagttacacaactaaactctttatatagtaacactcatgtatcatttcaa 399  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  41602398 agagttagttacataactaaattctatatataggaacactcatgtatcatttcaa 41602452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 51; Significance: 5e-20; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 345 - 411
Target Start/End: Original strand, 35244113 - 35244178
Alignment:
Q  345 agagttagttacacaactaaactctttatatagtaacactcatgtatcatttcaatccatcttttat 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  35244113 agagttagttacacaactaaactctatatataggaacactcatgtatcatttcaat-catcttttat 35244178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 341 - 400
Target Start/End: Original strand, 41874454 - 41874513
Alignment:
Q  341 agttagagttagttacacaactaaactctttatatagtaacactcatgtatcatttcaat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  41874454 agttagagttagttacacaactaaactctatatataggaacactcatgtaccatttcaat 41874513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 345 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 35244000 - 35243935
Alignment:
Q  345 agagttagttacacaactaaactctttatatagtaacactcatgtatcatttcaatccatcttttat 411  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  35244000 agagttaattacacaactaaactctatatataggaacactcatgtatcatttcaat-catcttttat 35243935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 426 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 9032797 - 9032718
Alignment:
Q  426 tctattatgagtcactatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatctttatcc 505  Q
    |||| |||||||  |||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||| |||||||| ||||  ||||||||    
T  9032797 tctactatgagtttctatgggtatctcccacatgaatattcgtatgttctcttttttgctgatcattatgtactttatcc 9032718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 48; Significance: 3e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 341 - 503
Target Start/End: Original strand, 39200 - 39359
Alignment:
Q  341 agttagagttagttacacaactaaactctttatatagtaacactcatgtatcatttcaatccatcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcac 440  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||   ||||||||||| |||||| |    ||||| ||||||       
T  39200 agttaaagttagttacacaactaaactctatatataggaacactcatgtatcatttca--tcatcttttatc-aatctattcatttctataatgagtttt 39296  T
Q  441 tatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatctttat 503  Q
    ||||  |||||||||||||| ||| | ||  ||  |||| | |||||||||||||||||||||    
T  39297 tatgagtatctcccacatgagtactcttaattttgctttcttgctgatcactatgatctttat 39359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0060 (Bit Score: 44; Significance: 8e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0060
Description:

Target: scaffold0060; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 402 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 9074 - 8971
Alignment:
Q  402 catcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatcttt 501  Q
    |||||||||||||||  |||| | |||| ||||||||  ||||| ||||| |||||||||||| | |||||||||||| | |||||||| ||| ||||||    
T  9074 catcttttatcaaataaagttcattctactatgagtccttatgggtatcttccacatgaatactcttatgttctctttcttgctgatcattataatcttt 8975  T
Q  502 atcc 505  Q
    ||||    
T  8974 atcc 8971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0057 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0057
Description:

Target: scaffold0057; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 426 - 513
Target Start/End: Original strand, 58923 - 59010
Alignment:
Q  426 tctattatgagtcactatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatctttatcctttggatt 513  Q
    ||||| ||||||  |||||  |||||||||||||| ||| | |||| |  |||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  58923 tctataatgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctttcttgctgatcactatgatctttatccttgggatt 59010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University