View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1492_high_22 (Length: 425)

Name: NF1492_high_22
Description: NF1492
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1492_high_22
NF1492_high_22
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (10-418)||(3215505-3215913)
chr5 (25-401)||(3207586-3207962)
chr5 (25-410)||(3201603-3201988)
chr5 (37-328)||(3219101-3219392)
chr5 (37-164)||(3224189-3224317)
chr5 (43-306)||(3179008-3179271)
chr5 (43-306)||(3239569-3239832)
chr5 (196-306)||(3220537-3220647)
chr5 (211-306)||(3230770-3230865)
chr5 (32-143)||(3230933-3231044)
chr5 (32-143)||(3220700-3220811)
chr5 (211-306)||(3225522-3225617)
chr5 (32-143)||(3225685-3225796)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (112-148)||(46215262-46215298)
chr1 (93-144)||(139416-139467)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 401; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 401; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 3215913 - 3215505
Alignment:
Q  10 aatataccaccatacaacatcatttcaggtacctcaatgtcttgtccacatctcagcggaattgctgctctgttgaaaaactctcatccagattggtctc 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3215913 aatataccaccatacaacatcatttcaggtacctcaatgtcttgtccacatctcagtggaattgctgctctgttgaaaaactctcatccagattggtctc 3215814  T
Q  110 ccgctgctataaaatcagcaatcatgacaactgcttatgaagttaatcttcaaggaaaagctattttggaccaaagacttaaaccagctgatttatttgc 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3215813 ccgctgctataaaatcagcaatcatgacaactgcttatgaagttaatcttcaaggaaaagctattttggaccaaagacttaaaccagctgatttatttgc 3215714  T
Q  210 cactggtgctggacatgtcaacccttcgaaagcaaacgatccaggacttgtttatgatattgaaccaaatgattatgttccttacttgtgtggtttgaat 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3215713 cactggtgctggacatgtcaacccttcgaaagcaaacgatccaggacttgtttatgatattgaaccaaatgattatgttccttacttgtgtggtttgaat 3215614  T
Q  310 tacactgatagacatgttggaattattttgcaacagaaagtgaaatgctctgatataaagagcataccacaagcacagcttaattatccatcattttcta 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3215613 tacactgatagacatgttggaattattttgcaacagaaagtgaaatgctctgatataaagagcataccacaagcacagcttaattatccatcattttcta 3215514  T
Q  410 tattcttgg 418  Q
    |||| ||||    
T  3215513 tattgttgg 3215505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 25 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 3207962 - 3207586
Alignment:
Q  25 aacatcatttcaggtacctcaatgtcttgtccacatctcagcggaattgctgctctgttgaaaaactctcatccagattggtctcccgctgctataaaat 124  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| || || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  3207962 aacataatttcaggtacctcaatgtcatgtcctcatcttagtggcattgctgctttgttgaaaaactctcatccagattggtctccagctgctataaaat 3207863  T
Q  125 cagcaatcatgacaactgcttatgaagttaatcttcaaggaaaagctattttggaccaaagacttaaaccagctgatttatttgccactggtgctggaca 224  Q
    | |||||||||||||||||| || | |||||||||||||| ||  ||||||||||||||||| ||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  3207862 ccgcaatcatgacaactgctaatcaggttaatcttcaaggtaagcctattttggaccaaagaattctaccagctgatgtatttgccactggtgctggaca 3207763  T
Q  225 tgtcaacccttcgaaagcaaacgatccaggacttgtttatgatattgaaccaaatgattatgttccttacttgtgtggtttgaattacactgatagacat 324  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||     
T  3207762 tgtcaacccttcaaaagcaaatgatccgggacttgtttatgatattgaaacaaatgattatgttccttatttgtgtggtttgaattatactgatagacaa 3207663  T
Q  325 gttggaattattttgcaacagaaagtgaaatgctctgatataaagagcataccacaagcacagcttaattatccatc 401  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3207662 gttggagttattttgcaacaaaaagtgaaatgctctgatgtaaagagcataccacaagcacagcttaattatccatc 3207586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 25 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 3201988 - 3201603
Alignment:
Q  25 aacatcatttcaggtacctcaatgtcttgtccacatctcagcggaattgctgctctgttgaaaaactctcatccagattggtctcccgctgctataaaat 124  Q
    ||||| ||| |||||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| || || ||||||||||    
T  3201988 aacataattgcaggtacctcgatgtcttgtcctcatcttagtggcattgctgctttgttgaaaaactcgcatccagattggtcaccagcagctataaaat 3201889  T
Q  125 cagcaatcatgacaactgcttatgaagttaatcttcaaggaaaagctattttggaccaaagacttaaaccagctgatttatttgccactggtgctggaca 224  Q
    ||||||||||||| |||||| || | |||||||| || || ||  |||||||||||||||| |||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  3201888 cagcaatcatgacgactgctaatcatgttaatctccatggtaagcctattttggaccaaaggcttctaccagctgatgtatttgccactggtgctggaca 3201789  T
Q  225 tgtcaacccttcgaaagcaaacgatccaggacttgtttatgatattgaaccaaatgattatgttccttacttgtgtggtttgaattacactgatagacat 324  Q
    ||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||     
T  3201788 tgttaacccttcaaaagcaaacgatccgggacttgtttatgatattgaaacaaatgattatgttccttatttgtgtggtttgaattatactgatatacaa 3201689  T
Q  325 gttggaattattttgcaacagaaagtgaaatgctctgatataaagagcataccacaagcacagcttaattatccatcattttctat 410  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||    
T  3201688 gttggaattatattgcaacaaaaagtgaaatgctctgatgtaaagagcataccacaagcacaacttaattacccatcaatttctat 3201603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 37 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 3219392 - 3219101
Alignment:
Q  37 ggtacctcaatgtcttgtccacatctcagcggaattgctgctctgttgaaaaactctcatccagattggtctcccgctgctataaaatcagcaatcatga 136  Q
    ||||||||||||||||||   |||||||  |||||||| || ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3219392 ggtacctcaatgtcttgttttcatctcaatggaattgcagcactgttgaaaaattctcatccagatcggtctcccgctgctataaaatcagcaatcatga 3219293  T
Q  137 caactgcttatgaagttaatcttcaaggaaaagctattttggaccaaagacttaaaccagctgatttatttgccactggtgctggacatgtcaacccttc 236  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||     
T  3219292 caactgcttatgagtttaatcttcaaggaaaagctattttagaccaaaggcttaaaccagctgatttatttgccactggtgctggatatgtcaaccattt 3219193  T
Q  237 gaaagcaaacgatccaggacttgtttatgatattgaaccaaatgattatgttccttacttgtgtggtttgaattacactgatagacatgttg 328  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||   ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||| ||||    
T  3219192 gaaagcaaacgatccaggacttgtttatgacattgaaccaaatgacattgttccttacttgggtggtttgaattatactgatatacaagttg 3219101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 37 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 3224317 - 3224189
Alignment:
Q  37 ggtacctcaatgtcttgtccacatctcagcggaattgctgctctgttga-aaaactctcatccagattggtctcccgctgctataaaatcagcaatcatg 135  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||| |||||||| |  ||||||| |||||| |||||||||||||||||   ||||||||||||| |||||||||    
T  3224317 ggtacctcaatgtcttgttctcatctcagtggaattgcagtactgttgataaaactatcatccagattggtctctgtctgctataaaatcggcaatcatg 3224218  T
Q  136 acaactgcttatgaagttaatcttcaagg 164  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  3224217 acaactgcatatgaggttaatcttcaagg 3224189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 43 - 306
Target Start/End: Original strand, 3179008 - 3179271
Alignment:
Q  43 tcaatgtcttgtccacatctcagcggaattgctgctctgttgaaaaactctcatccagattggtctcccgctgctataaaatcagcaatcatgacaactg 142  Q
    |||||||||||||| |||||||| || ||||||||  || | ||||  |||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  3179008 tcaatgtcttgtcctcatctcagtggcattgctgcattgatcaaaagttctcatcctgattggtcgccagctgcaataaaatcagcaatcatgacaactg 3179107  T
Q  143 cttatgaagttaatcttcaaggaaaagctattttggaccaaagacttaaaccagctgatttatttgccactggtgctggacatgtcaacccttcgaaagc 242  Q
    || ||    | || ||    || |   |||| ||||| |||||||||  ||| |||||| | ||||| |||||||| |||||||| || |||   |||||    
T  3179108 ctaatactctcaacctcggcgggattcctatattggatcaaagactttcacctgctgatgtttttgctactggtgcaggacatgttaatcctgttaaagc 3179207  T
Q  243 aaacgatccaggacttgtttatgatattgaaccaaatgattatgttccttacttgtgtggtttg 306  Q
     || ||||| || ||||||||||||||| ||||| | ||||| ||||||||  |||||||||||    
T  3179208 taatgatcctggtcttgtttatgatattcaaccagaagattacgttccttatctgtgtggtttg 3179271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 43 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 3239832 - 3239569
Alignment:
Q  43 tcaatgtcttgtccacatctcagcggaattgctgctctgttgaaaaactctcatccagattggtctcccgctgctataaaatcagcaatcatgacaactg 142  Q
    |||||||||||||| |||||||| || ||||||||  || | ||||  |||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  3239832 tcaatgtcttgtcctcatctcagtggcattgctgcattgatcaaaagttctcatcctgattggtcgccagctgcaataaaatcagcaatcatgacaactg 3239733  T
Q  143 cttatgaagttaatcttcaaggaaaagctattttggaccaaagacttaaaccagctgatttatttgccactggtgctggacatgtcaacccttcgaaagc 242  Q
    || ||    | || ||    || |   |||| ||||| |||||||||  ||| |||||| | ||||| |||||||| |||||||| || |||   |||||    
T  3239732 ctaatactctcaacctcggcgggattcctatattggatcaaagactttcacctgctgatgtttttgctactggtgcaggacatgttaatcctgttaaagc 3239633  T
Q  243 aaacgatccaggacttgtttatgatattgaaccaaatgattatgttccttacttgtgtggtttg 306  Q
     || ||||| || ||||||||||||||| ||||| | ||||| ||||||||  |||||||||||    
T  3239632 taatgatcctggtcttgtttatgatattcaaccagaagattacgttccttatctgtgtggtttg 3239569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 196 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 3220647 - 3220537
Alignment:
Q  196 gctgatttatttgccactggtgctggacatgtcaacccttcgaaagcaaacgatccaggacttgtttatgatattgaaccaaatgattatgttccttact 295  Q
    |||||| | ||||| |||||||| |||||||| || |||   ||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||      
T  3220647 gctgatatttttgctactggtgcaggacatgttaatcctgttaaagctaatgatcctggtcttgtttatgatattgaaccagaagattatgttccttatc 3220548  T
Q  296 tgtgtggtttg 306  Q
    |||||||||||    
T  3220547 tgtgtggtttg 3220537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 211 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 3230865 - 3230770
Alignment:
Q  211 actggtgctggacatgtcaacccttcgaaagcaaacgatccaggacttgtttatgatattgaaccaaatgattatgttccttacttgtgtggtttg 306  Q
    |||||||| |||||||| || ||||  ||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||  | |||||||||    
T  3230865 actggtgcaggacatgttaatccttttaaagctaatgatcctggtcttgtttatgatattgaaccagaagattatgttccttatctttgtggtttg 3230770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 32 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 3231044 - 3230933
Alignment:
Q  32 tttcaggtacctcaatgtcttgtccacatctcagcggaattgctgctctgttgaaaaactctcatccagattggtctcccgctgctataaaatcagcaat 131  Q
    |||| ||||| |||||||||||||| || || || || ||||||||  || | ||||  ||||| || |||||||| || || |||||||||||||||||    
T  3231044 tttccggtacttcaatgtcttgtcctcacctaagtggtattgctgcattgatcaaaagttctcaccctgattggtcgccagccgctataaaatcagcaat 3230945  T
Q  132 catgacaactgc 143  Q
    ||||||||||||    
T  3230944 catgacaactgc 3230933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 32 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 3220811 - 3220700
Alignment:
Q  32 tttcaggtacctcaatgtcttgtccacatctcagcggaattgctgctctgttgaaaaactctcatccagattggtctcccgctgctataaaatcagcaat 131  Q
    |||| ||||| |||||||||||||| || || || || ||| ||||  || | ||||  ||||| || |||||||| || || |||||||||||||||||    
T  3220811 tttccggtacttcaatgtcttgtcctcacctaagtggtatttctgcattgatcaaaagttctcaccctgattggtcaccagccgctataaaatcagcaat 3220712  T
Q  132 catgacaactgc 143  Q
    ||||||||||||    
T  3220711 catgacaactgc 3220700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 211 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 3225617 - 3225522
Alignment:
Q  211 actggtgctggacatgtcaacccttcgaaagcaaacgatccaggacttgtttatgatattgaaccaaatgattatgttccttacttgtgtggtttg 306  Q
    |||||||| |||||||| || |||   ||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||  | |||||||||    
T  3225617 actggtgcaggacatgttaatcctgttaaagctaatgatcctggtcttgtttatgatattgaaccagaagattatgttccttatctatgtggtttg 3225522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 32 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 3225796 - 3225685
Alignment:
Q  32 tttcaggtacctcaatgtcttgtccacatctcagcggaattgctgctctgttgaaaaactctcatccagattggtctcccgctgctataaaatcagcaat 131  Q
    |||| ||||| || ||||||||||| || || || || ||||||||  || | ||||  |||||||| |||||||| || || ||||||||||| |||||    
T  3225796 tttcgggtacttcgatgtcttgtcctcacctaagtggtattgctgcattgatcaaaagttctcatcctgattggtcaccagccgctataaaatcggcaat 3225697  T
Q  132 catgacaactgc 143  Q
    ||||||||||||    
T  3225696 catgacaactgc 3225685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 112 - 148
Target Start/End: Original strand, 46215262 - 46215298
Alignment:
Q  112 gctgctataaaatcagcaatcatgacaactgcttatg 148  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  46215262 gctgctataaaatcagcaatcatgacaacagcttatg 46215298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 93 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 139467 - 139416
Alignment:
Q  93 tcatccagattggtctcccgctgctataaaatcagcaatcatgacaactgct 144  Q
    ||||||||||||||| || || ||||||||||| || |||||||||||||||    
T  139467 tcatccagattggtcacctgcagctataaaatccgctatcatgacaactgct 139416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University