View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1492_low_24 (Length: 423)

Name: NF1492_low_24
Description: NF1492
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1492_low_24
NF1492_low_24
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (1-415)||(6759817-6760229)
chr3 (1-415)||(6456619-6457031)
chr3 (93-415)||(49963483-49963805)
chr3 (359-401)||(42104063-42104105)
chr3 (55-93)||(49963835-49963873)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (1-310)||(39676250-39676564)
chr7 (364-401)||(22027189-22027226)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (93-412)||(42631914-42632233)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (93-415)||(38175175-38175496)
chr2 (125-415)||(15229056-15229346)
chr2 (55-96)||(38175107-38175148)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 257; Significance: 1e-143; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 1 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 6760229 - 6759817
Alignment:
Q  1 agtattgtgcaggatgtttcttcatttgctgaaaatgtgtccatgattcatatcattggaaattctctaactggcttgtatgtattacaaatggtaacgc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  6760229 agtattgtgcaggatgtttcttcctttgctgaaaatgtgtccatgattcatatcattggatattctccaactggcttgtatgtattacaaatggcaacgt 6760130  T
Q  101 gtggtggtgtcaattggccggcgctttgttggttatgttatggtgttggtaggcctgctgcttctgttgtgttgtgggttctctttcctgttaaattgtg 200  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  6760129 gtggtggtgtcaattggctggtgctttgttggttctgttatggtgttggtaggcatgttgctactgttgtgttgtgggttttgtttcctgttaaattgtg 6760030  T
Q  201 tacaatatttttacggcccnnnnnnnatcttctgtttgttttgtgagctttatagtgtgtcttgttgttcagaattttatcaaacctgcttctgttttgc 300  Q
    |||  |||||||||||| |       |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  6760029 taccgtatttttacggcgc-ttttttatcttctgtttgttttgtgaactttttagtgtgtcttgttgttctgaattttatcaaacatgcttctgttttgc 6759931  T
Q  301 tctaaatacgnnnnnnnnnacaggatattgattatggtcagcttctggtattgatggtattttctaaaacagcaagtgtggtaaggaatgagtgcaagca 400  Q
    || |||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6759930 tcgaaatacg-ttttttttacaggatattgattatggtcagcttctggtattgatgggatctgctaaaacagcaagtgtggtaaggaatgagtgcaagca 6759832  T
Q  401 ctgttggcctatgct 415  Q
    ||| |||||||||||    
T  6759831 ctgctggcctatgct 6759817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 1 - 415
Target Start/End: Original strand, 6456619 - 6457031
Alignment:
Q  1 agtattgtgcaggatgtttcttcatttgctgaaaatgtgtccatgattcatatcattggaaattctctaactggcttgtatgtattacaaatggtaacgc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||     
T  6456619 agtattgtgcaggatgtttcttcctttgctgaaaatgtgtccatgattcatatcattggatattctccaactggcttgtatgtattacaaatggtaacgt 6456718  T
Q  101 gtggtggtgtcaattggccggcgctttgttggttatgttatggtgttggtaggcctgctgcttctgttgtgttgtgggttctctttcctgttaaattgtg 200  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  6456719 gtggtggtgtcaattggctggtgctttgttggttctgttatggtgttggtaggcatgctgctactgttgtgttgtgggttttgtttcctgttaaattgtg 6456818  T
Q  201 tacaatatttttacggcccnnnnnnnatcttctgtttgttttgtgagctttatagtgtgtcttgttgttcagaattttatcaaacctgcttctgttttgc 300  Q
    | |  |||||||||||| |       |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  6456819 tgccgtatttttacggcgc-ttttttatcttctgtttgttttgtgaactttttagtgtgtcttgttgttctgaattttatcaaacatgcttctgttttgc 6456917  T
Q  301 tctaaatacgnnnnnnnnnacaggatattgattatggtcagcttctggtattgatggtattttctaaaacagcaagtgtggtaaggaatgagtgcaagca 400  Q
    ||||||||||         ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| || | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  6456918 tctaaatacg-ttttttttacaggatattgattatggtcaacttctggtgttgatgggatctgctaaaacagcaagtgtggtaaggaataagtgcaagca 6457016  T
Q  401 ctgttggcctatgct 415  Q
    ||| |||||||||||    
T  6457017 ctgctggcctatgct 6457031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 151; E-Value: 9e-80
Query Start/End: Original strand, 93 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 49963805 - 49963483
Alignment:
Q  93 ggtaacgcgtggtggtgtcaattggccggcgctttgttggttatgttatggtgttggtaggcctgctgcttctgttgtgttgtgggttctctttcctgtt 192  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||| |||||||||| |||||||||    
T  49963805 ggtaacgcatggtggtgtcaattggccgacgttttgttggttatgttatggtgttggtaggcatgttgctactgttgtgctgtgggttctatttcctgtt 49963706  T
Q  193 aaattgtgtacaatatttttacggcccnnnnnnnatcttctgtttgttttgtgagctttatagtgtgtcttgttgttcagaattttatcaaacctgcttc 292  Q
    ||||||||||   ||||||||||           |||||||||||||||||| ||  || ||||||| |||||||||| |||||||||||||  ||||||    
T  49963705 aaattgtgtatcgtatttttacgaatttttttttatcttctgtttgttttgtaagaattttagtgtgccttgttgttctgaattttatcaaatatgcttc 49963606  T
Q  293 tgttttgctctaaatacgnnnnnnnnnacaggatattgattatggtcagcttctggtattgatggtattttctaaaacagcaagtgtggtaaggaatgag 392  Q
    |||||| |||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || | |||||||| | ||||||||||||||||||    
T  49963605 tgttttcctctaaatacgtttttcattacaggatattgattatggtcagcttctggtactgatgggatctgctaaaacaacgagtgtggtaaggaatgag 49963506  T
Q  393 tgcaagcactgttggcctatgct 415  Q
    ||||||||||| |||||||||||    
T  49963505 tgcaagcactgctggcctatgct 49963483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 359 - 401
Target Start/End: Original strand, 42104063 - 42104105
Alignment:
Q  359 attttctaaaacagcaagtgtggtaaggaatgagtgcaagcac 401  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  42104063 atttgctaaaacagaaagtgtggtaaggaatgagtgcaagcac 42104105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 55 - 93
Target Start/End: Complemental strand, 49963873 - 49963835
Alignment:
Q  55 attggaaattctctaactggcttgtatgtattacaaatg 93  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  49963873 attggatattctccaactggcttgtatgtattacaaatg 49963835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Original strand, 39676250 - 39676564
Alignment:
Q  1 agtattgtgcaggatgtttcttcatttgctgaaaatgtgtccatgattcatatcattggaaattctctaactggcttgtatgtattacaaatggtaacgc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  39676250 agtattgtgcaggatgtttcttcctttgctgaaaatgtatccatgattcatatcattggatattctccaactggcttgtatgtattgcaaatggtaacgc 39676349  T
Q  101 gtggtggtgtcaattggccggc-----gctttgttggttatgttatggtgttggtaggcctgctgcttctgttgtgttgtgggttctctttcctgttaaa 195  Q
    ||||||||||||| ||||||||     |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  39676350 gtggtggtgtcaactggccggcgctttgctttgttggttctgttatggtgttggtaggcctactgctactgttgtgttgtgggttctgtttcctattaaa 39676449  T
Q  196 ttgtgtacaatatttttacggcccnnnnnnnatcttctgtttgttttgtgagctttatagtgtgtcttgttgttcagaattttatcaaacctgcttctgt 295  Q
    ||||||||  ||||| || ||| |       ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||    
T  39676450 ttgtgtaccgtatttctagggctctttttttatcttatgtttgttttgtgagctttttagtgtgtcttgttgttctgaattttatcaaacttgcttcggt 39676549  T
Q  296 tttgctctaaatacg 310  Q
    |||||||||||||||    
T  39676550 tttgctctaaatacg 39676564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 364 - 401
Target Start/End: Original strand, 22027189 - 22027226
Alignment:
Q  364 ctaaaacagcaagtgtggtaaggaatgagtgcaagcac 401  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  22027189 ctaaaacaaaaagtgtggtaaggaatgagtgcaagcac 22027226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 184; Significance: 2e-99; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 93 - 412
Target Start/End: Original strand, 42631914 - 42632233
Alignment:
Q  93 ggtaacgcgtggtggtgtcaattggccggcgctttgttggttatgttatggtgttggtaggcctgctgcttctgttgtgttgtgggttctctttcctgtt 192  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||| |  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||| |    
T  42631914 ggtaacgcatggtggtgtcaattggccggtgttttgttgggtcggttatggtgttggtaggcctgctgctacggttgtgttgtgggttctgtttcctgct 42632013  T
Q  193 aaattgtgtacaatatttttacggcccnnnnnnnatcttctgtttgttttgtgagctttatagtgtgtcttgttgttcagaattttatcaaacctgcttc 292  Q
    |||||||||||  ||| |||| |||||       ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  42632014 aaattgtgtaccgtatctttatggccctttttgtatcttctgtttgttttgtgagctttttagtgtgtcttgttgttctgaattttatcaaacctgcttc 42632113  T
Q  293 tgttttgctctaaatacgnnnnnnnnnacaggatattgattatggtcagcttctggtattgatggtattttctaaaacagcaagtgtggtaaggaatgag 392  Q
    | ||||||||||| ||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  42632114 tattttgctctaagtacgtattttattacaggatattgattatggtcagcttctggtattgatgggatctgctaaaacagcaagtgtggtaaggaatgag 42632213  T
Q  393 tgcaagcactgttggcctat 412  Q
    ||||||||||| ||||||||    
T  42632214 tgcaagcactgctggcctat 42632233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 151; Significance: 9e-80; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 9e-80
Query Start/End: Original strand, 93 - 415
Target Start/End: Original strand, 38175175 - 38175496
Alignment:
Q  93 ggtaacgcgtggtggtgtcaattggccggcgctttgttggttatgttatggtgttggtaggcctgctgcttctgttgtgttgtgggttctctttcctgtt 192  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |  ||||||||||  |||||| ||| |||||    
T  38175175 ggtaacgtgtggtggtgtcaattgaccgacgttttgttggttatgttatggtgttggtaggcctactgttattgttgtgttgcaggttctattttctgtt 38175274  T
Q  193 aaattgtgtacaatatttttacggcccnnnnnnnatcttctgtttgttttgtgagctttatagtgtgtcttgttgttcagaattttatcaaacctgcttc 292  Q
    |||||||||||  |||||||||| |||       ||||| ||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||  ||||||    
T  38175275 aaattgtgtaccgtatttttacgaccctctttttatctt-tgtttgttttgtgagttttttagtgtgccttgttgttctgaattttatcaaatatgcttc 38175373  T
Q  293 tgttttgctctaaatacgnnnnnnnnnacaggatattgattatggtcagcttctggtattgatggtattttctaaaacagcaagtgtggtaaggaatgag 392  Q
    |||||| |||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || | |||||||| | ||||||||||||||||||    
T  38175374 tgttttcctctaaatacgtttttcattacaggatattgattatggtcagcttctggtactgatgggatctgctaaaacatcgagtgtggtaaggaatgag 38175473  T
Q  393 tgcaagcactgttggcctatgct 415  Q
    ||||||||||| |||||||||||    
T  38175474 tgcaagcactgctggcctatgct 38175496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 125 - 415
Target Start/End: Original strand, 15229056 - 15229346
Alignment:
Q  125 tttgttggttatgttatggtgttggtaggcctgctgcttctgttgtgttgtgggttctctttcctgttaaattgtgtacaatatttttacggcccnnnnn 224  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  | |||| | ||| | ||||||||||||   ||||||||| |||         
T  15229056 tttgctggttatgttatggtgttggtaggcctgctgctactgttgtgttgcagattctatgtccagataaattgtgtaccgaatttttacgacccttttt 15229155  T
Q  225 nnatcttctgtttgttttgtgagctttatagtgtgtcttgttgttcagaattttatcaaacctgcttctgttttgctctaaatacgnnnnnnnnnacagg 324  Q
      |||||| ||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||         |||||    
T  15229156 ttatcttcagtttgttttctgagctttttagtgtgccttgttgttctgaattttatcaaatatgcttctgttttgctcttaatacgttttttattacagg 15229255  T
Q  325 atattgattatggtcagcttctggtattgatggtattttctaaaacagcaagtgtggtaaggaatgagtgcaagcactgttggcctatgct 415  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||| || |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||    
T  15229256 atattgattatggtcagcttttggtactgatggcatatgataaaacagcaagtgtggtaaggaatgagtgcaagcaatgcttgcctatgct 15229346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 55 - 96
Target Start/End: Original strand, 38175107 - 38175148
Alignment:
Q  55 attggaaattctctaactggcttgtatgtattacaaatggta 96  Q
    |||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  38175107 attggatattctccaactgacttgtatgtattacaaatggta 38175148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University