View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1492_low_4 (Length: 696)

Name: NF1492_low_4
Description: NF1492
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1492_low_4
NF1492_low_4
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (14-679)||(36842619-36843284)
chr1 (187-679)||(37512966-37513467)
chr1 (14-129)||(37512856-37512971)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 642; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 642; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 679
Target Start/End: Complemental strand, 36843284 - 36842619
Alignment:
Q  14 agatgaaccttgttagggattggcaaccaagcgcctgaatagcctcatccttggaatagtccaagagttccgacgttacattaagcacatcaacagcgaa 113  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  36843284 agatgaaccttgttagggattagcaaccaagcgcctgaatagcctcatccttggaatagtccaagagttccgaagttacattaagcacatcaacagcgaa 36843185  T
Q  114 atatgtgctgcaatatgcagacgataaattaaaaacttttaagaagagtccaatataactttatgttggagatcaatatcataagtgagctgatgaaaag 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36843184 atatgtgctgcaatatgcagacgataaattaaaaacttttaagaagagtccaatataactttatgttggagatcaatatcataagtgagctgatgaaaag 36843085  T
Q  214 aattcatagcatataaaataacatcaacagaatatggaaagacaaaagaatcaatcatgagaaacttacatctgcgccttagaaatggatagcaacttat 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  36843084 aattcatagcatataaaataacatcaacagaatatggaaagacaaaagaatcaatcatgagaaacttacatctgcgccttacaaatggatagcaacttat 36842985  T
Q  314 tgaaagattctgctatgatcttgactagtttgatgtgctcagatctcagttctttatagcatctttcttcaagatattttgctatctggcagaaatagtg 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36842984 tgaaagattctgctatgatcttgactagtttgatgtgctcagatctcagttctttatagcatctttcttcaagatattttgctatctggcagaaatagtg 36842885  T
Q  414 cacttcagaattggactgacctaattcaagcacatcctattttcctcctcttctttgaataaaattaaataaatttcccatacaggactgaaataaatga 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36842884 cacttcagaattggactgacctaattcaagcacatcctattttcctcctcttctttgaataaaattaaataaatttcccatacaggactgaaataaatga 36842785  T
Q  514 ataaatacctttggaaggcgtaaaggatttttggctgcatattcacataatttgacaattttcctttcgtttggaagctcatcttgagaagtattgtata 613  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36842784 ataaatacctttggaatgcgtaatggatttttggctgcatattcacataatttgacaattttcctttcgtttggaagctcatcttgagaagtattgtata 36842685  T
Q  614 acatgaataccagggttcaaaggcattaacaaatcaatggtaaagcgaaaagatatggccatatat 679  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36842684 acatgaataccagggttcaacggcattaacaaatcaatggtaaagcgaaaagatatggccatatat 36842619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 374; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 187 - 679
Target Start/End: Original strand, 37512966 - 37513467
Alignment:
Q  187 caatatcataagtgagctgatgaaaagaattcatagcatataaaataacatcaacagaatatggaaagacaaaagaatcaatcatgagaaacttacatct 286  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  37512966 caatatcataagtgagctgatgaaaagaattcatagcatataaaataacatcaacagaaaatggaaagacaagagaatcaatcgtgagaaacttacatct 37513065  T
Q  287 gcgccttagaaatggatagcaacttattgaaagattctgctatgatcttgactagtttgatgtgctcagatctcagttctttatagcatctttcttcaag 386  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37513066 gcgccttacaaatggaaagcaacttattgaaagattctgctatgatcttgactagtttgatgtgctcagatctcagttctttatagcatctttcttcaag 37513165  T
Q  387 atattttgctatctggcag---------aaatagtgcacttcagaattggactgacctaattcaagcacatcctattttcctcctcttctttgaataaaa 477  Q
    |||||||||||||| ||||         |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  37513166 atattttgctatctagcagaaagagcagaaatagtgaacttcagaattggactgagctaattcaagtacatcctattttcctcctcttctttgaaaaaaa 37513265  T
Q  478 ttaaataaatttcccatacaggactgaaataaatgaataaatacctttggaaggcgtaaaggatttttggctgcatattcacataatttgacaattttcc 577  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37513266 ttaaataaattgcccatacatgactgaaataaatgaataaatacctttggaatgcgaaaaggatttttggctgcatattcacataatttgacaattttcc 37513365  T
Q  578 tttcgtttggaagctcatcttgagaagtattgtataacatgaataccagggttcaaaggcattaacaaatcaatggtaaagcgaaaagatatggccatat 677  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||| ||||||||||  |||||  ||||||||||||||||||    
T  37513366 tttcgtttggaagctcatcctgagaagtattgtataacatgaataccagggctcaacctcatgaacaaatcaacagtaaaatgaaaagatatggccatat 37513465  T
Q  678 at 679  Q
    ||    
T  37513466 at 37513467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 14 - 129
Target Start/End: Original strand, 37512856 - 37512971
Alignment:
Q  14 agatgaaccttgttagggattggcaaccaagcgcctgaatagcctcatccttggaatagtccaagagttccgacgttacattaagcacatcaacagcgaa 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  37512856 agatgaaccttgttagggattggcaaccaagtgcctgaatagcctcgtccttggaatagtccaagagctccgaagttacattaagcacatcaacagcgaa 37512955  T
Q  114 atatgtgctgcaatat 129  Q
    ||||||||||||||||    
T  37512956 atatgtgctgcaatat 37512971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University