View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1492_low_5 (Length: 693)

Name: NF1492_low_5
Description: NF1492
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1492_low_5
NF1492_low_5
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (1-370)||(41381971-41382340)
chr2 (455-675)||(41381663-41381883)
chr2 (578-672)||(43854448-43854542)
chr2 (2-69)||(43853134-43853201)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (1-352)||(7971590-7971941)
chr6 (1-352)||(8041747-8042098)
chr6 (2-363)||(8031869-8032230)
chr6 (455-675)||(7971226-7971446)
chr6 (455-675)||(8042267-8042487)
chr6 (455-672)||(8032363-8032580)
chr6 (1-207)||(7979303-7979509)
chr6 (540-672)||(7978162-7978294)
[»] scaffold0531 (2 HSPs)
scaffold0531 (2-363)||(3102-3463)
scaffold0531 (455-672)||(2527-2744)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (2-293)||(14198614-14198905)
chr7 (524-672)||(14198113-14198261)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 346; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 346; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 41382340 - 41381971
Alignment:
Q  1 ttcatggatcatcactctctacaccttgtggcaaatggttgagatgcatgagatggttccgggaaaacgtcttgatacatataatgaattgggccaacat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41382340 ttcatggatcatcactctctacaccctgtggcaaatggttgagatgcatgagatggttccgggaaaacgtcttgatacatataatgaattgggccaacat 41382241  T
Q  101 gcgtttggtgaaaagttagggttgtggattgtgatgcctcaacaacttgtggtacaagttggggtggacattgtctacatggtcaccggaggtgcatcat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41382240 gcgtttggtgaaaagttagggttgtggattgtgatgcctcaacaacttgtggtacaagttggggtggacattgtctacatggtcaccggaggtgcatcat 41382141  T
Q  201 tgcaaaaatttcacaatacactgtgtccaagttgcaaaccaatcaaattgaattttttcattatgatctttgcctctgctcaatttgtattgtgtcatct 300  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41382140 tgcaaaaatttcacaatacagtttgtccaagttgcaaaccaatcaaattgagctttttcattatgatctttgcctctgctcaatttgtattgtgtcatct 41382041  T
Q  301 accaaacctcaactccctttctagtgtatcttttgttgcagcagttatgtccttttggtatatatgtcaa 370  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41382040 acccaacctcaactccctttctagtgtatcttttgttgcagcagttatgtccttttggtatatatgtcaa 41381971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 455 - 675
Target Start/End: Complemental strand, 41381883 - 41381663
Alignment:
Q  455 cagttactctgcaattgcttgggctggtagtgtacacaagggagtacaagcaaatgtagaatatactagcaaagccacgactagtgcaggatctgtcttt 554  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41381883 cagttactctgcaattgcttgggttggtagtgtacacaagggagtacaagcaaatgtacaatatactagcaaagccacgactagtgcaggatctgtcttt 41381784  T
Q  555 aatttctttaatgcacttggttctgttgcttttgcctatgcaggtcacaatgtggtgttggaaattcaatctacaatcccatctacacctgagaaaccat 654  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41381783 aatttctttaatgcacttggttctgttgcttttgcctatgcaggacacaatgtggtgttggaaattcaatctacaatcccatctacacctgagaaaccat 41381684  T
Q  655 ctaagggtccaatgtggaaag 675  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  41381683 ctaagggtccaatgtggaaag 41381663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 578 - 672
Target Start/End: Original strand, 43854448 - 43854542
Alignment:
Q  578 tgttgcttttgcctatgcaggtcacaatgtggtgttggaaattcaatctacaatcccatctacacctgagaaaccatctaagggtccaatgtgga 672  Q
    |||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||| | |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  43854448 tgttgcatttgcctatgctggacacaatgtggtgttggagattcaagcaacaatcccttccacaccagagaaaccatccaagggtccaatgtgga 43854542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 2 - 69
Target Start/End: Original strand, 43853134 - 43853201
Alignment:
Q  2 tcatggatcatcactctctacaccttgtggcaaatggttgagatgcatgagatggttccgggaaaacg 69  Q
    |||||||| ||||| ||||||||  | |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||    
T  43853134 tcatggataatcaccctctacactctatggcaaatggttgaaatgcatgaaatggttccaggaaaacg 43853201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 252; Significance: 1e-140; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 1 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 7971941 - 7971590
Alignment:
Q  1 ttcatggatcatcactctctacaccttgtggcaaatggttgagatgcatgagatggttccgggaaaacgtcttgatacatataatgaattgggccaacat 100  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  7971941 ttcatggatcatcacactgtacaccttgtggcaaatggttgagatgcatgagatggttccaggaaaacgtcttgatacatataatgaattagggcaacat 7971842  T
Q  101 gcgtttggtgaaaagttagggttgtggattgtgatgcctcaacaacttgtggtacaagttggggtggacattgtctacatggtcaccggaggtgcatcat 200  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7971841 gcttttggtgaaaagttagggttgtggattgtgatgcctcaacaacttgtggtacaggtcgggtcggacattgtctacatggtcaccggaggtgcatcat 7971742  T
Q  201 tgcaaaaatttcacaatacactgtgtccaagttgcaaaccaatcaaattgaattttttcattatgatctttgcctctgctcaatttgtattgtgtcatct 300  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  7971741 tgcaaaaatttcacaatacagtctgtccaagttgcaaaccaatcaaattgagctttttcattatgatctttgcctctgctcattttgtattgtctcatct 7971642  T
Q  301 accaaacctcaactccctttctagtgtatcttttgttgcagcagttatgtcc 352  Q
    ||||||| | |||||| ||||  |||||||||| || ||||| || ||||||    
T  7971641 accaaacttgaactccatttccggtgtatctttggtggcagccgtcatgtcc 7971590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 1 - 352
Target Start/End: Original strand, 8041747 - 8042098
Alignment:
Q  1 ttcatggatcatcactctctacaccttgtggcaaatggttgagatgcatgagatggttccgggaaaacgtcttgatacatataatgaattgggccaacat 100  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  8041747 ttcatggatcatcacactgtacaccttgtggcaaatggttgagatgcatgagatggttccaggaaaacgtcttgatacatataatgaattagggcaacat 8041846  T
Q  101 gcgtttggtgaaaagttagggttgtggattgtgatgcctcaacaacttgtggtacaagttggggtggacattgtctacatggtcaccggaggtgcatcat 200  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8041847 gcttttggtgaaaagttagggttgtggattgtgatgcctcaacaacttgtggtacaggtcgggtcggacattgtctacatggtcaccggaggtgcatcat 8041946  T
Q  201 tgcaaaaatttcacaatacactgtgtccaagttgcaaaccaatcaaattgaattttttcattatgatctttgcctctgctcaatttgtattgtgtcatct 300  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  8041947 tgcaaaaatttcacaatacagtctgtccaagttgcaaaccaatcaaattgagctttttcattatgatctttgcctctgctcattttgtattgtctcatct 8042046  T
Q  301 accaaacctcaactccctttctagtgtatcttttgttgcagcagttatgtcc 352  Q
    ||||||| | |||||| ||||  |||||||||| || ||||| || ||||||    
T  8042047 accaaacttgaactccatttccggtgtatctttggtggcagccgtcatgtcc 8042098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 2 - 363
Target Start/End: Original strand, 8031869 - 8032230
Alignment:
Q  2 tcatggatcatcactctctacaccttgtggcaaatggttgagatgcatgagatggttccgggaaaacgtcttgatacatataatgaattgggccaacatg 101  Q
    ||||||| ||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||| |||  ||||||| || |||||||    
T  8031869 tcatggaccatcactctgtatacattgtggcaaatggttgagatgcatgaaatgattccgggaaaacgttttgatagataccatgaattaggtcaacatg 8031968  T
Q  102 cgtttggtgaaaagttagggttgtggattgtgatgcctcaacaacttgtggtacaagttggggtggacattgtctacatggtcaccggaggtgcatcatt 201  Q
    ||||||| |||||||||||  | |  |||||| | |||||||||||| | ||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8031969 cgtttggcgaaaagttaggcctttatattgtggttcctcaacaacttatagtagaagttgggggcgacattgtctacatggtcaccggaggtgcatcatt 8032068  T
Q  202 gcaaaaatttcacaatacactgtgtccaagttgcaaaccaatcaaattgaattttttcattatgatctttgcctctgctcaatttgtattgtgtcatcta 301  Q
    ||  || || ||||||||| ||||| |||||||||||   ||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8032069 gcggaagttccacaatacagtgtgttcaagttgcaaaaatatcaaattgacctatttcattatgatctttgcctctgctcaatttgtattgtgtcatcta 8032168  T
Q  302 ccaaacctcaactccctttctagtgtatcttttgttgcagcagttatgtccttttggtatat 363  Q
    |||||| | |||||| ||||  ||||||| || ||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  8032169 ccaaacttgaactccatttccggtgtatccttggttgcagcagtcatgtccatttggtatat 8032230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 8e-69
Query Start/End: Original strand, 455 - 675
Target Start/End: Complemental strand, 7971446 - 7971226
Alignment:
Q  455 cagttactctgcaattgcttgggctggtagtgtacacaagggagtacaagcaaatgtagaatatactagcaaagccacgactagtgcaggatctgtcttt 554  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||| |||||| ||||||||| || |||| ||||||||||||||||    
T  7971446 cagttactctacaattgcttgggctggtagtatacacaagggagtactagaaaatgtacaatatagtagcaaagctacaactactgcaggatctgtcttt 7971347  T
Q  555 aatttctttaatgcacttggttctgttgcttttgcctatgcaggtcacaatgtggtgttggaaattcaatctacaatcccatctacacctgagaaaccat 654  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||| || ||||| |||||| |||| || ||| | ||||| || |||||||||||||||||||    
T  7971346 aatttctttaatgcacttggctctgttgcatttgcctttgccggacacaacgtggtgctggagatccaagcaacaattccgtctacacctgagaaaccat 7971247  T
Q  655 ctaagggtccaatgtggaaag 675  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  7971246 ctaagggtccaatgtggaaag 7971226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 5e-64
Query Start/End: Original strand, 455 - 675
Target Start/End: Original strand, 8042267 - 8042487
Alignment:
Q  455 cagttactctgcaattgcttgggctggtagtgtacacaagggagtacaagcaaatgtagaatatactagcaaagccacgactagtgcaggatctgtcttt 554  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||| |||||| ||||||||| || |||| ||||||||||||||||    
T  8042267 cagttactctacaattgcttgggctggtagtatacacaagggagtactagaaaatgtacaatatagtagcaaagctacaactactgcaggatctgtcttt 8042366  T
Q  555 aatttctttaatgcacttggttctgttgcttttgcctatgcaggtcacaatgtggtgttggaaattcaatctacaatcccatctacacctgagaaaccat 654  Q
     ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||| || |||| ||||||| |||| || ||| | ||||| || |||||||| ||||||||||    
T  8042367 tatttctttaatgcacttggctctgttgcatttgcctttgctggacacattgtggtgctggagatccaagcaacaattccgtctacaccggagaaaccat 8042466  T
Q  655 ctaagggtccaatgtggaaag 675  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  8042467 ctaagggtccaatgtggaaag 8042487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 455 - 672
Target Start/End: Original strand, 8032363 - 8032580
Alignment:
Q  455 cagttactctgcaattgcttgggctggtagtgtacacaagggagtacaagcaaatgtagaatatactagcaaagccacgactagtgcaggatctgtcttt 554  Q
    |||||| ||| ||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||| || || | || ||||| ||| ||||||    
T  8032363 cagttattctacaattgcttggactactagtgtacacaagggagtacaagaaaatgtacaatatagtagcaaggctacaaatactgcagaatcagtcttt 8032462  T
Q  555 aatttctttaatgcacttggttctgttgcttttgcctatgcaggtcacaatgtggtgttggaaattcaatctacaatcccatctacacctgagaaaccat 654  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| || || ||||||||| | || || ||| | ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  8032463 aatttctttaatgcactcggctctgttgcatttgcctatgctggacataatgtggtgctcgagatccaagcaacaattccatctacacctgagaaaccat 8032562  T
Q  655 ctaagggtccaatgtgga 672  Q
    ||||||||||||||||||    
T  8032563 ctaagggtccaatgtgga 8032580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 8e-32
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 7979509 - 7979303
Alignment:
Q  1 ttcatggatcatcactctctacaccttgtggcaaatggttgagatgcatgagatggttccgggaaaacgtcttgatacatataatgaattgggccaacat 100  Q
    |||||||||||||||  |||||||  | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||| |||  ||||||| || ||||||    
T  7979509 ttcatggatcatcacattctacacactttggcaaatggttgagatgcatgaaatggttccgggaaaacgctttgatagataccatgaattaggtcaacat 7979410  T
Q  101 gcgtttggtgaaaagttagggttgtggattgtgatgcctcaacaacttgtggtacaagttggggtggacattgtctacatggtcaccggaggtgcatcat 200  Q
    || |||||  |||| |||||  | |  |||||| |||||||||||||||||||| || |||| ||  ||||||| || |||||||| || ||  ||||||    
T  7979409 gcttttgggaaaaaattaggtctttatattgtggtgcctcaacaacttgtggtagaaattggtgttaacattgtttatatggtcactgggggaacatcat 7979310  T
Q  201 tgcaaaa 207  Q
    |||||||    
T  7979309 tgcaaaa 7979303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 540 - 672
Target Start/End: Complemental strand, 7978294 - 7978162
Alignment:
Q  540 gcaggatctgtctttaatttctttaatgcacttggttctgttgcttttgcctatgcaggtcacaatgtggtgttggaaattcaatctacaatcccatcta 639  Q
    |||||| | |||||| | |||||||||||||||||  || |||||||||||||||| || |||||||||||||| || || ||| | ||||| || || |    
T  7978294 gcaggaacagtctttgacttctttaatgcacttggcactattgcttttgcctatgctggacacaatgtggtgttagagatccaagcaacaattccgtcga 7978195  T
Q  640 cacctgagaaaccatctaagggtccaatgtgga 672  Q
    |||| ||||||||||| |||| |||||||||||    
T  7978194 caccggagaaaccatccaaggttccaatgtgga 7978162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0531 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 2)
Name: scaffold0531
Description:

Target: scaffold0531; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 2 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 3463 - 3102
Alignment:
Q  2 tcatggatcatcactctctacaccttgtggcaaatggttgagatgcatgagatggttccgggaaaacgtcttgatacatataatgaattgggccaacatg 101  Q
    ||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||  ||  ||||| |||| ||||| |    
T  3463 tcatggatcatcactctgtatacattgtggcaaatggttgagatgcatgaaatggttcctggaaaacgttttgataggtaccatgaactgggacaacacg 3364  T
Q  102 cgtttggtgaaaagttagggttgtggattgtgatgcctcaacaacttgtggtacaagttggggtggacattgtctacatggtcaccggaggtgcatcatt 201  Q
    ||||||| |||||||||||  | |  |||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  3363 cgtttggcgaaaagttaggcctttatattgtggtgcctcaacaacttgtagtagaagttggggtgaacattgtttacatggtcaccggaggtgcatcact 3264  T
Q  202 gcaaaaatttcacaatacactgtgtccaagttgcaaaccaatcaaattgaattttttcattatgatctttgcctctgctcaatttgtattgtgtcatcta 301  Q
    || ||| || ||||||||| |||||||||||||||||   ||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3263 gcgaaagttccacaatacagtgtgtccaagttgcaaaaatatcaaattgacatatttcattatgatctttgcctctgctcaatttgtattgtgtcatcta 3164  T
Q  302 ccaaacctcaactccctttctagtgtatcttttgttgcagcagttatgtccttttggtatat 363  Q
    |||||| | |||||| ||||| |||||||||| || |||||||| |||||| ||||||||||    
T  3163 ccaaacttgaactccatttctggtgtatctttggtggcagcagtcatgtccatttggtatat 3102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0531; HSP #2
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 455 - 672
Target Start/End: Complemental strand, 2744 - 2527
Alignment:
Q  455 cagttactctgcaattgcttgggctggtagtgtacacaagggagtacaagcaaatgtagaatatactagcaaagccacgactagtgcaggatctgtcttt 554  Q
    |||||||||| | ||||||||| |||   ||| |||||||||||||  || ||||||| |||||| ||| || || |||||    |||| ||| ||||||    
T  2744 cagttactctactattgcttggactgccggtgcacacaagggagtaatagaaaatgtacaatatagtagaaacgctacgacggccgcagaatcagtcttt 2645  T
Q  555 aatttctttaatgcacttggttctgttgcttttgcctatgcaggtcacaatgtggtgttggaaattcaatctacaatcccatctacacctgagaaaccat 654  Q
    |||||||||||||||||||| ||| | || ||||||||||| || |||||||||||  |||| || ||| | ||||| || |||||||||||||||||||    
T  2644 aatttctttaatgcacttggctctatcgcgtttgcctatgccggacacaatgtggtactggagatccaagcaacaattccgtctacacctgagaaaccat 2545  T
Q  655 ctaagggtccaatgtgga 672  Q
    ||||||||||||||||||    
T  2544 ctaagggtccaatgtgga 2527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 56; Significance: 8e-23; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 2 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 14198905 - 14198614
Alignment:
Q  2 tcatggatcatcactctctacaccttgtggcaaatggttgagatgcatgagatggttccgggaaaacgtcttgatacatataatgaattgggccaacatg 101  Q
    |||||| |||||||  | ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| || || |||||| | |||| |||| ||||| |||| ||| |||    
T  14198905 tcatggttcatcacattatacacgttatggcaaatggttgagatgcatgaaatggtacccgggaaacgtttcgatagatatcatgaactgggtcaatatg 14198806  T
Q  102 cgtttggtgaaaagttagggttgtggattgtgatgcctcaacaacttgtggtacaagttggggtggacattgtctacatggtcaccggaggtgcatcatt 201  Q
    | |||||||||||||| ||  |||  |||||  |||| ||||||||| | ||  |||| || ||  |||||||||||||||| ||||||||   ||| ||    
T  14198805 cttttggtgaaaagttgggtctgtatattgttgtgccacaacaacttattgttgaagtcggcgttaacattgtctacatggtaaccggaggaaaatcttt 14198706  T
Q  202 gcaaaaatttcacaatacactgtgtccaagttgcaaaccaatcaaattgaattttttcattatgatctttgcctctgctcaatttgtattgt 293  Q
    ||| || |||||  ||||  ||||| |   |||||||  ||||||||||| || ||| || ||||| |||||||||| ||| ||||| ||||    
T  14198705 gcagaagtttcatgataccgtgtgttccgattgcaaaaaaatcaaattgacttattttataatgatttttgcctctgttcactttgtcttgt 14198614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 524 - 672
Target Start/End: Complemental strand, 14198261 - 14198113
Alignment:
Q  524 caaagccacgactagtgcaggatctgtctttaatttctttaatgcacttggttctgttgcttttgcctatgcaggtcacaatgtggtgttggaaattcaa 623  Q
    |||||| |||||||   ||||| ||||||||  |||||| ||||| |||||   ||| |||||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||| |||    
T  14198261 caaagctacgactaccccaggaactgtctttggtttcttcaatgcccttggagatgtggcttttgcttatgccggacacaacgtggtgttagaaatccaa 14198162  T
Q  624 tctacaatcccatctacacctgagaaaccatctaagggtccaatgtgga 672  Q
     | ||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  14198161 gcaacaattccatctacaccggaaaaaccatctaagggtccaatgtgga 14198113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University