View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14932_high_7 (Length: 346)

Name: NF14932_high_7
Description: NF14932
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14932_high_7
NF14932_high_7
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (16-346)||(12158525-12158849)
chr2 (48-341)||(30866614-30866900)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (22-346)||(4815458-4815783)
chr1 (16-341)||(23599699-23600024)
chr1 (142-346)||(13392600-13392804)
chr1 (22-339)||(10068517-10068833)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (22-346)||(29638074-29638398)
chr5 (107-200)||(1623900-1623993)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (22-346)||(41500573-41500897)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (22-346)||(676160-676484)
[»] scaffold0010 (1 HSPs)
scaffold0010 (16-339)||(250847-251170)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 252; Significance: 1e-140; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 16 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 12158849 - 12158525
Alignment:
Q  16 aatattaaataattcaacgtggtaatgatttcctattgtgaaagattcaatattacctccacgttttgattttatgcaaaagaatgtatcatccatgttt 115  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||| ||||||  ||||||    
T  12158849 aatataaaataattcaacgtggtaatgatttcctattgtgaaagattcaatattacctccccattttgattttacgcaaaagaatatatcatatatgttt 12158750  T
Q  116 ggaatgttaatgtcatgcttattgcaaaataaaattatctcctccaataaaggttctcattcatcatctcttagagtttataatcggccatttgtgatgt 215  Q
    |      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |  ||||||||||||    
T  12158749 g------taatgtcatgcttattgcaaaataaaattatctcctccaataaaggttctcattcatcatctcttagagtttgtaattgctcatttgtgatgt 12158656  T
Q  216 taatcaagttcataggattgacgatgtcttgatctttcctttgcaaagcttgtgacaattcatttgacatacctaagacctttttcatcaaatgcaatgt 315  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12158655 taatcaagttcatagcattgacgatgtcttgatcttttctttgcaaagcttgtgacaattcatttaacatacctaagacctttttcatcaaatgcaatgt 12158556  T
Q  316 gggtgcgaaatcaaaattattcattagaatt 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12158555 gggtgcgaaatcaaaattattcattagaatt 12158525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 48 - 341
Target Start/End: Original strand, 30866614 - 30866900
Alignment:
Q  48 ctattgtgaaagattcaatattacctccacgttttgattttatgcaaaagaatgtatcatccatgtttggaatgttaatgtcatgcttattgcaaaataa 147  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |   |  ||| || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  30866614 ctattgtgatagattcaacattacctccacgttttgattgtccacggaagtatatatcatccatgcttggaatgctaatgtcatgcttattgcaaaataa 30866713  T
Q  148 aattatctcctccaataaaggttctcattcatcatctcttagagtttataatcggccatttgtgatgttaatcaagttcataggattgacgatgtcttga 247  Q
    | ||| ||||||||||||| |||| |||  ||||       |||||| |||     | ||||| ||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||    
T  30866714 agttacctcctccaataaatgttcccatctatca-------gagtttgtaacaactcttttgtaatgttaaccaagttcatagcattgacaatgtcttga 30866806  T
Q  248 tctttcctttgcaaagcttgtgacaattcatttgacatacctaagacctttttcatcaaatgcaatgtgggtgcgaaatcaaaattattcatta 341  Q
    ||||| || | ||| | |||| |||| | |||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||  ||| |||||||||||||||||||    
T  30866807 tcttttctctacaatgattgtcacaaataatttgaaatacccaagacttttttcatcaaatgtaatgtgattgcaaaatcaaaattattcatta 30866900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 178; Significance: 6e-96; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 6e-96
Query Start/End: Original strand, 22 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 4815783 - 4815458
Alignment:
Q  22 aaataattcaacgtggtaa-tgatttcctattgtgaaagattcaatattacctccacgttttgattttatgcaaaagaatgtatcatccatgtttggaat 120  Q
    ||||||||||| | ||||| ||||| |||||||||| |||||||  |||||||||||||||||| |||   |  |||||| ||||||||||| |||||||    
T  4815783 aaataattcaatgcggtaaatgattccctattgtgatagattcagcattacctccacgttttgactttccacggaagaatatatcatccatgcttggaat 4815684  T
Q  121 gttaatgtcatgcttattgcaaaataaaattatctcctccaataaaggttctcattcatcatctcttagagtttataatcggccatttgtgatgttaatc 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| || ||||||  | ||| ||||| ||||     
T  4815683 gttaatgtcatgcttattgcaaaataaaattacctcctccaataaaggttcccatccatcatctcttagagcttgtaatcgctcctttttgatgctaatt 4815584  T
Q  221 aagttcataggattgacgatgtcttgatctttcctttgcaaagcttgtgacaattcatttgacatacctaagacctttttcatcaaatgcaatgtgggtg 320  Q
    | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  4815583 aggttcatagcattgacgatgtcttgatctttcctttgcaatgcttgtgacaattcatttgaaaaacctaagatctttttcatcaaatgcaatgtgagtg 4815484  T
Q  321 cgaaatcaaaattattcattagaatt 346  Q
    | ||||||||| ||||||| ||||||    
T  4815483 caaaatcaaaagtattcatgagaatt 4815458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 16 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 23600024 - 23599699
Alignment:
Q  16 aatattaaataattcaacgtggtaatgatttcctattgtgaaagattcaatattacctccacgttttgattttatgcaaaagaatgtatcatccatgttt 115  Q
    ||||| ||||||||||| |  |||||||||  ||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||| |   | |||| || ||||| ||||||||    
T  23600024 aatataaaataattcaatgccgtaatgattctctattgtgatagattcaacattacctccatgttttgattgtccacgaaagtatatatcacccatgttt 23599925  T
Q  116 ggaatgttaatgtcatgcttattgcaaaataaaattatctcctccaataaaggttctcattcatcatctcttagagtttataatcggccatttgtgatgt 215  Q
    ||||||  |||| |||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     | ||||| ||||    
T  23599924 ggaatgccaatgccatgcttattgcaaaataaatttacctcatccaataaaggttctcattcatcatctcttagagtttgtaacaactcttttgtaatgt 23599825  T
Q  216 taatcaagttcataggattgacgatgtcttgatctttcctttgcaaagcttgtgacaattcatttgacatacctaagacctttttcatcaaatgcaatgt 315  Q
    ||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| |||  | ||||| | ||||||||| | |||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  23599824 taaccaaattcatagcattgacgatgtcttgattttttatctgcaatgtttgtgacaaattatttgaaatacccaagacttttttcatcaaatgcaatgt 23599725  T
Q  316 gggtgcgaaatcaaaattattcatta 341  Q
    |  ||| |||||||||||||||||||    
T  23599724 gattgcaaaatcaaaattattcatta 23599699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 142 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 13392804 - 13392600
Alignment:
Q  142 aaataaaattatctcctccaataaaggttctcattcatcatctcttagagtttataatcggccatttgtgatgttaatcaagttcataggattgacgatg 241  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||  ||||||| ||||||||||| |||||| |||| |    ||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||    
T  13392804 aaataaaattacctcttccaataaacattctcatccatcatctctttgagtttgtaattgcttctttgtgatgttaaccaagttcataacattgacgatg 13392705  T
Q  242 tcttgatctttcctttgcaaagcttgtgacaattcatttgacatacctaagacctttttcatcaaatgcaatgtgggtgcgaaatcaaaattattcatta 341  Q
    |||| ||||||||||| ||| | ||||||||||| |||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||| || |||| ||||||||| |||||||||    
T  13392704 tcttaatctttccttttcaatgattgtgacaatttatttgaaataccaaagacttttttcatcaaatgtaatatgagtgcaaaatcaaaagtattcatta 13392605  T
Q  342 gaatt 346  Q
    |||||    
T  13392604 gaatt 13392600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 22 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 10068833 - 10068517
Alignment:
Q  22 aaataattcaacgtggtaatgatttcctattgtgaaagattcaatattacctccacgttttgattttatgcaaaagaatgtatcatccatgtttggaatg 121  Q
    ||||||||||| ||| ||||| ||   ||||||||||||||||| | ||| | |||| |||||||||     |||| || | |||  |||||||||||||    
T  10068833 aaataattcaatgtgataatggttctatattgtgaaagattcaacactactttcacgctttgattttccatgaaagtatatgtcactcatgtttggaatg 10068734  T
Q  122 ttaatgtcatgcttattgcaaaataaaattatctcctccaataaaggttctcattcatcatctcttagagtttataatcggccatttgtgatgttaatca 221  Q
    | | |||||||| |||||||||||||  ||| ||| |  ||||||| ||||||| |||||||||| ||||||| |||| |    ||||||||| ||| ||    
T  10068733 tga-tgtcatgcatattgcaaaataattttacctcatataataaagattctcatccatcatctctaagagtttgtaattgtttctttgtgatgctaacca 10068635  T
Q  222 agttcataggattgacgatgtcttgatctttcctttgcaaagcttgtgacaattcatttgacatacctaagacctttttcatcaaatgcaatgtgggtgc 321  Q
      | ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||   ||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||| |||||  ||||    
T  10068634 gttgcatagcattgacaatgtcttgatctttcctttgcaatatttgcgacaattcatttgagatgcctaagacttttttcattaaatgtaatgttagtgc 10068535  T
Q  322 gaaatcaaaattattcat 339  Q
     ||||||||| |||||||    
T  10068534 aaaatcaaaaatattcat 10068517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 177; Significance: 2e-95; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 22 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 29638398 - 29638074
Alignment:
Q  22 aaataattcaacgtggtaatgatttcctattgtgaaagattcaatattacctccacgttttgattttatgcaaaagaatgtatcatccatgtttggaatg 121  Q
    ||||||||||| | |||||||||| |||||||||| |||||||  |||||||||||||||||| |||   |  |||||| ||||||||||| ||||||||    
T  29638398 aaataattcaatgcggtaatgattacctattgtgatagattcagcattacctccacgttttgactttccacggaagaatatatcatccatgcttggaatg 29638299  T
Q  122 ttaatgtcatgcttattgcaaaataaaattatctcctccaataaaggttctcattcatcatctcttagagtttataatcggccatttgtgatgttaatca 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||| || || ||||||  | ||||||||| |||  |    
T  29638298 ttaatgtcatgcttattgcaaaataaaattacctcctccaataaaggttcccatccatcatctcttaaagcttgtaatcgctcctttgtgatgctaacta 29638199  T
Q  222 agttcataggattgacgatgtcttgatctttcctttgcaaagcttgtgacaattcatttgacatacctaagacctttttcatcaaatgcaatgtgggtgc 321  Q
     |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29638198 ggttcatagcattgacaatgtcttgatctttcctttgcaatgcttgtgacaattcatttgaaaaatctaagacctttttcatcaaatgcaatgtgagtgc 29638099  T
Q  322 gaaatcaaaattattcattagaatt 346  Q
     ||||||||| ||||||| ||||||    
T  29638098 aaaatcaaaagtattcatgagaatt 29638074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 107 - 200
Target Start/End: Original strand, 1623900 - 1623993
Alignment:
Q  107 tccatgtttggaatgttaatgtcatgcttattgcaaaataaaattatctcctccaataaaggttctcattcatcatctcttagagtttataatc 200  Q
    ||||||||||||||||| ||| |  ||  |||||||||||||  ||  |||| ||||| ||| |||| |||||||||||||| ||||| |||||    
T  1623900 tccatgtttggaatgttcatgccccgcccattgcaaaataaatctacatccttcaatataggatctcgttcatcatctcttaaagtttgtaatc 1623993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 177; Significance: 2e-95; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 22 - 346
Target Start/End: Original strand, 41500573 - 41500897
Alignment:
Q  22 aaataattcaacgtggtaatgatttcctattgtgaaagattcaatattacctccacgttttgattttatgcaaaagaatgtatcatccatgtttggaatg 121  Q
    ||||||||||| | |||||||||| |||||||||| |||||||   |||||||||||| |||| |||   |  |||||| ||||||||||| ||||||||    
T  41500573 aaataattcaatgcggtaatgattccctattgtgatagattcagcgttacctccacgtattgactttccacggaagaatatatcatccatgcttggaatg 41500672  T
Q  122 ttaatgtcatgcttattgcaaaataaaattatctcctccaataaaggttctcattcatcatctcttagagtttataatcggccatttgtgatgttaatca 221  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| || ||||||  | ||||||||| |||| |    
T  41500673 ttaatgtcatgcttattgccaaataaaattacctcctccaataaaggttcccatccatcatctcttagagcttgtaatcgctcctttgtgatgctaatta 41500772  T
Q  222 agttcataggattgacgatgtcttgatctttcctttgcaaagcttgtgacaattcatttgacatacctaagacctttttcatcaaatgcaatgtgggtgc 321  Q
     |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  41500773 ggttcatagcattgacgatgtcttgatctttcctttgcaatgcttgtgacaattcatttgaaaaacctaagacctttttcattaaatgcaatgtgagtgc 41500872  T
Q  322 gaaatcaaaattattcattagaatt 346  Q
     ||||||||| ||||||| ||||||    
T  41500873 aaaatcaaaagtattcatgagaatt 41500897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 177; Significance: 2e-95; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 22 - 346
Target Start/End: Original strand, 676160 - 676484
Alignment:
Q  22 aaataattcaacgtggtaatgatttcctattgtgaaagattcaatattacctccacgttttgattttatgcaaaagaatgtatcatccatgtttggaatg 121  Q
    ||||||||||| | |||||||||| |||||||||| |||||||  |||||||||||||||||| |||   |  |||||| ||||||||||| ||||||||    
T  676160 aaataattcaatgcggtaatgattacctattgtgatagattcagcattacctccacgttttgactttccacggaagaatatatcatccatgcttggaatg 676259  T
Q  122 ttaatgtcatgcttattgcaaaataaaattatctcctccaataaaggttctcattcatcatctcttagagtttataatcggccatttgtgatgttaatca 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||| || || ||||||  | ||||||||| |||  |    
T  676260 ttaatgtcatgcttattgcaaaataaaattacctcctccaataaaggttcccatccatcatctcttaaagcttgtaatcgctcctttgtgatgctaacta 676359  T
Q  222 agttcataggattgacgatgtcttgatctttcctttgcaaagcttgtgacaattcatttgacatacctaagacctttttcatcaaatgcaatgtgggtgc 321  Q
     |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  676360 ggttcatagcattgacaatgtcttgatctttcctttgcaatgcttgtgacaattcatttgaaaaatctaagacctttttcatcaaatgcaatgtgagtgc 676459  T
Q  322 gaaatcaaaattattcattagaatt 346  Q
     ||||||||| ||||||| ||||||    
T  676460 aaaatcaaaagtattcatgagaatt 676484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0010 (Bit Score: 172; Significance: 2e-92; HSPs: 1)
Name: scaffold0010
Description:

Target: scaffold0010; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 16 - 339
Target Start/End: Original strand, 250847 - 251170
Alignment:
Q  16 aatattaaataattcaacgtggtaatgatttcctattgtgaaagattcaatattacctccacgttttgattttatgcaaaagaatgtatcatccatgttt 115  Q
    ||||| ||||||||||| | ||||||||||  ||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |    |||||| ||||||||||||||    
T  250847 aatataaaataattcaatgcggtaatgattctctattatgatagattcaacattacctccacgttttgattttctatggaagaatatatcatccatgttt 250946  T
Q  116 ggaatgttaatgtcatgcttattgcaaaataaaattatctcctccaataaaggttctcattcatcatctcttagagtttataatcggccatttgtgatgt 215  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||  || ||||||||||||||| || ||||||  | ||||||||||    
T  250947 ggaatgctaatatcatgcttattgcaaaataaaattacctcatccaataaaggttcctatccatcatctcttagagcttgtaatcgctcctttgtgatgt 251046  T
Q  216 taatcaagttcataggattgacgatgtcttgatctttcctttgcaaagcttgtgacaattcatttgacatacctaagacctttttcatcaaatgcaatgt 315  Q
    ||| || |||||||  ||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  251047 taaccaggttcataacattgatgatatcttgatctttcctttgcaatgcttgtgacaattcattcgaaatacttaagacctttttcatcaaatgcaatgt 251146  T
Q  316 gggtgcgaaatcaaaattattcat 339  Q
    | |||| |||||||||||||||||    
T  251147 gagtgcaaaatcaaaattattcat 251170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University