View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF14934_high_1 (Length: 634)
Name: NF14934_high_1
Description: NF14934
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF14934_high_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 594; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 594; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 622
Target Start/End: Original strand, 27230368 - 27230989
Alignment:
| Q |
1 |
tctcataactcatgacctaagtcaatagacacaatctattacaaaatataattataataaactatttaaaaaacctaagttgcacttccaatagcaggac |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
27230368 |
tctcataactcatgacctaagtcaatagagacaatctattacaaaatataattataataatctatttaaaaaacctaagttgcagatccaatagcaggac |
27230467 |
T |
|
| Q |
101 |
aaaaagttatatcataactttcagcccctttacattgatacataggaggcttattatcaccagaatatatatgagcattagggcattgttgcttaaactt |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27230468 |
aaaaagttatatcataactttcagcccctttacattgatacataggaggcttattatcaccagaatatatatgagcattagggcattgttgcttaaactt |
27230567 |
T |
|
| Q |
201 |
gagtgtatactcatcaagttgacaattattcccattacaacaatgttcatcatccttaaacacatcacaagcactattacaccctacataaaatccatta |
300 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
27230568 |
gagtgtatactcatcaagttgacaattattcccattacaacaatgttcatcatccttaaacacatcacaagcactattacaccctacataaagtccatta |
27230667 |
T |
|
| Q |
301 |
gcattataagctattaaagatggtggacaaacatttccaaaatccatattacaggtcacaactggacatggacctgaaccatccaacaatgttccaccaa |
400 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27230668 |
gcattataagctattaaagatggtggacaaacatttccaaaatccatattacaggtcacaactggacatggacctgatccatccaacaatgttccaccaa |
27230767 |
T |
|
| Q |
401 |
caggtttgatattaacaaaaatattttgtccatgaatcaaacttatttcataggaaacaattgattcgttaacgttgaaattgagaagtgttacgggata |
500 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27230768 |
caggtttgatattaacaaaaatattttgtccatgaatcaaacttatttcataggaaacaattgattcgttaacgttgaaattgagaagtgttacgggata |
27230867 |
T |
|
| Q |
501 |
attaggtgttgtgtctgcacactctcgagtccctaatcggcaatcaccagtttcacatgaaaaataatcatctgcatttgttgtgcattctgttcttgcc |
600 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27230868 |
attaggtgttgtgtctgcacactctcgagtccctaatcggcaatcaccagtttcacatgaaaaataatcatctgtatttgttgtgcattctgttcttgcc |
27230967 |
T |
|
| Q |
601 |
caaattgatccactataatgat |
622 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27230968 |
caaattgatccactataatgat |
27230989 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University