View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14934_low_6 (Length: 524)

Name: NF14934_low_6
Description: NF14934
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14934_low_6
NF14934_low_6
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-517)||(28608432-28608948)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (4-511)||(437959-438466)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (1-517)||(13659803-13660319)
chr3 (4-499)||(13652321-13652816)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 485; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 485; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 28608948 - 28608432
Alignment:
Q  1 cctccaacaaagatcatacaaatacgaaaattcatttttggtaaggacccaagattacgatcaacaaataatcccaccgagcaaggtgcactttgcatca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  28608948 cctccaacaaagatcatacaaatacgaaaattcatttttggtaaggacccaagattacgatcaacaaataatcccacagagcaaggtgcactttgcatca 28608849  T
Q  101 cattcaagttgatatctttgaacgcaacatcagttgtttcaaatgcaccttccggacttagttgtttgtggaatggaaggagaatcaagcttgtatgttt 200  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28608848 cattcaagtttatatctttgaacgcaacatcagttgtttcaaatgcaccttccggacttagttgtttgtggaatggaaggagaatcaagcttgtatgttt 28608749  T
Q  201 ttcgttaactaaattgtatatgtcttcctgaatggttgcatattcggacacaacatttaacgtttctactctgatagcatcatatgcctctctgagtgct 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28608748 ttcgttaactaaattgtatatgtcttcgtgaatggttgcatattcggacacaacatttaacgtttctactctgatagcatcatatgcctctctgagtgct 28608649  T
Q  301 tcaaatttattatcaatactttctaactctatctgggatctcgtaagattttgtgttctagattggccactaggcttctccatatgagaagcaacaactg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  28608648 tcaaatttattatcaatactttctaactctatctgggatcttgtaagattttgtgttccagattggccactaggcttctccatatgagaagcaacaagtg 28608549  T
Q  401 caccatcacgtccaacgagttcaacaaggtaaagtgcaaaaatatgcataggggaaagtctagtggcattgaaagattcaatgaggctaataacccctac 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28608548 caccatcacgtccaacgagttcaacaaggtaaagtgcaaaaatatgcataggggaaagtctagtggcattgaaagattcaatgaggctaataacccctac 28608449  T
Q  501 agcctgacgagaattat 517  Q
    ||| ||||||| |||||    
T  28608448 agcttgacgagtattat 28608432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 244; Significance: 1e-135; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 4 - 511
Target Start/End: Original strand, 437959 - 438466
Alignment:
Q  4 ccaacaaagatcatacaaatacgaaaattcatttttggtaaggacccaagattacgatcaacaaataatcccaccgagcaaggtgcactttgcatcacat 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||||| |||||||||| ||| || ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  437959 ccaacaaagatcatacaaatacgaaaatttaaagttggtaatgacccaagatcacggtccacaaatattcccacagagcaaggtgcactttgcatcacat 438058  T
Q  104 tcaagttgatatctttgaacgcaacatcagttgtttcaaatgcaccttccggacttagttgtttgtggaatggaaggagaatcaagcttgtatgtttttc 203  Q
    ||||||| ||||||||| | |||  || ||||||||| | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||    
T  438059 tcaagtttatatctttgtatgcagtattagttgtttcgagtgcaccttctgaacttagttgtttgtggaatggaaggagaatcaaacttgtacatttttc 438158  T
Q  204 gttaactaaattgtatatgtcttcctgaatggttgcatattcggacacaacatttaacgtttctactctgatagcatcatatgcctctctgagtgcttca 303  Q
     ||| |  | |||||||| ||||| |||||||||||||| |  |||||||||||||  ||||  ||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  438159 attagccgagttgtatatatcttcgtgaatggttgcatagtttgacacaacatttagtgtttggactctaatagcatcatatgcctctttgaatgcttca 438258  T
Q  304 aatttattatcaatactttctaactctatctgggatctcgtaagattttgtgttctagattggccactaggcttctccatatgagaagcaacaactgcac 403  Q
    ||  ||||   ||| ||||||||||||| |||||||   |||||||||||||||| ||||||||||||||  || |||||||||||||||||||  ||||    
T  438259 aaggtattggtaatgctttctaactctagctgggattgtgtaagattttgtgttccagattggccactagatttttccatatgagaagcaacaagggcac 438358  T
Q  404 catcacgtccaacgagttcaacaaggtaaagtgcaaaaatatgcataggggaaagtctagtggcattgaaagattcaatgaggctaataacccctacagc 503  Q
    || |||||||||||| |||||||||||||||  |||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  438359 caacacgtccaacgatttcaacaaggtaaaggccaaaaacatgtataggggaaattctagtggcattgaaatattcaatgaggctaataactcctacggc 438458  T
Q  504 ctgacgag 511  Q
    ||||||||    
T  438459 ctgacgag 438466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 177; Significance: 4e-95; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 4e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 13660319 - 13659803
Alignment:
Q  1 cctccaacaaagatcatacaaatacgaaaattcatttttggtaaggacccaagattacgatcaacaaataatcccaccgagcaaggtgcactttgcatca 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||| | |||||||||    
T  13660319 cctccaataaagatcatacaaattcgaaagttcatttttgttattgacccaagattacgatcaacaaagattcccacagagcaaggtgaagtttgcatca 13660220  T
Q  101 cattcaagttgatatctttgaacgcaacatcagttgtttcaaatgcaccttccggacttagttgtttgtggaatggaaggagaatcaagcttgtatgttt 200  Q
    |||||  ||| ||||||||| | ||||||  ||||||||| | |||||||   | |||||  ||||| ||||||||||| | ||||| ||||||  ||||    
T  13660219 cattctggtttatatctttgtatgcaacactagttgtttcgagtgcacctaatgaacttaagtgtttatggaatggaagtataatcatgcttgtgcgttt 13660120  T
Q  201 ttcgttaactaaattgtatatgtcttcctgaatggttgcatattcggacacaacatttaacgtttctactctgatagcatcatatgcctctctgagtgct 300  Q
    ||| ||| |  | || |||||||| || |||||||||| |||    |||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||  ||||||    
T  13660119 ttcattagcagagttatatatgtcctcatgaatggttgaataggatgacacaacatttaaggtttcgactctgacagcatcatatgcctctccaagtgct 13660020  T
Q  301 tcaaatttattatcaatactttctaactctatctgggatctcgtaagattttgtgttctagattggccactaggcttctccatatgagaagcaacaactg 400  Q
    |||||| |||||| ||| ||||||  |||||  |||||||| ||||||||||| | || || ||||  ||||||||| ||||||||||  ||||||| ||    
T  13660019 tcaaatgtattattaatgctttcttgctctacttgggatcttgtaagattttgcgctccaggttggttactaggcttatccatatgagcggcaacaagtg 13659920  T
Q  401 caccatcacgtccaacgagttcaacaaggtaaagtgcaaaaatatgcataggggaaagtctagtggcattgaaagattcaatgaggctaataacccctac 500  Q
    |||||  ||||||   |||||||| |||||||||||| |||| ||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||      
T  13659919 caccagtacgtcctttgagttcaataaggtaaagtgcgaaaacatgtataggggaaattctagtagcattgaaagattcaacgaggctgataacccctgt 13659820  T
Q  501 agcctgacgagaattat 517  Q
    |||||| |||| |||||    
T  13659819 agcctggcgagcattat 13659803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 172; E-Value: 3e-92
Query Start/End: Original strand, 4 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 13652816 - 13652321
Alignment:
Q  4 ccaacaaagatcatacaaatacgaaaattcatttttggtaaggacccaagattacgatcaacaaataatcccaccgagcaaggtgcactttgcatcacat 103  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  13652816 ccaacaaatatcatacaaattcgaaagttcattttcggtaatgtcccaagattacgatcaacaaagattcccacagagcaaggtgcagtttgcatcacat 13652717  T
Q  104 tcaagttgatatctttgaacgcaacatcagttgtttcaaatgcaccttccggacttagttgtttgtggaatggaaggagaatcaagcttgtatgtttttc 203  Q
    ||| ||| ||||||||| | ||||||  ||||||||| | |||||||   | |||||  ||||| ||||||||||| | ||||| |||||| ||||||||    
T  13652716 tcaggtttatatctttgtatgcaacactagttgtttcgagtgcacctaatgaacttaagtgtttatggaatggaagtataatcatgcttgtgtgtttttc 13652617  T
Q  204 gttaactaaattgtatatgtcttcctgaatggttgcatattcggacacaacatttaacgtttctactctgatagcatcatatgcctctctgagtgcttca 303  Q
     ||| || |||| |||||||| || ||||||||||||||    |||||||||||||| |||   ||||| | |||||| || |||||||  | |||||||    
T  13652616 attagctgaattatatatgtcctcgtgaatggttgcataggatgacacaacatttaaggttcggactctaacagcatcgtacgcctctccaaatgcttca 13652517  T
Q  304 aatttattatcaatactttctaactctatctgggatctcgtaagattttgtgttctagattggccactaggcttctccatatgagaagcaacaactgcac 403  Q
    ||| |||||| ||| ||||||  ||||| |||||| || ||||||||||||| || || |||  |||||||||| |||||||||| |||||||| |||||    
T  13652516 aatgtattattaatgctttcttgctctacctgggaactggtaagattttgtgctccaggttgcacactaggcttatccatatgagcagcaacaagtgcac 13652417  T
Q  404 catcacgtccaacgagttcaacaaggtaaagtgcaaaaatatgcataggggaaagtctagtggcattgaaagattcaatgaggctaataaccccta 499  Q
    |   ||||||   |||||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||| | ||||||||||    
T  13652416 cggtacgtcctttgagttcaataaggtaaagtgaaaaaacatgtataggggaaattctagtggcattgaaagactgaatgaggttgataaccccta 13652321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University