View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14935_low_4 (Length: 487)

Name: NF14935_low_4
Description: NF14935
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14935_low_4
NF14935_low_4
[»] chr3 (20 HSPs)
chr3 (80-436)||(4856435-4856792)
chr3 (80-436)||(4878170-4878527)
chr3 (100-442)||(4835124-4835452)
chr3 (113-443)||(4841809-4842138)
chr3 (180-436)||(4852464-4852716)
chr3 (177-468)||(4880708-4880982)
chr3 (177-467)||(4860702-4860975)
chr3 (262-451)||(4871501-4871689)
chr3 (254-422)||(4826402-4826570)
chr3 (262-451)||(4845742-4845930)
chr3 (111-286)||(4842873-4843050)
chr3 (111-286)||(4868569-4868746)
chr3 (97-204)||(4826595-4826702)
chr3 (80-248)||(4846018-4846185)
chr3 (111-200)||(4837498-4837587)
chr3 (254-294)||(4837426-4837466)
chr3 (80-143)||(4860974-4861033)
chr3 (80-143)||(4880981-4881040)
chr3 (377-433)||(4810356-4810411)
chr3 (357-434)||(4536805-4536879)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (283-427)||(21703749-21703893)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 262; Significance: 1e-146; HSPs: 20)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 80 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 4856792 - 4856435
Alignment:
Q  80 ttttttcagctaaaccatattggtgtgcaaccaagtggagagatagagccaataatactaaatggtctttttgtgtggaaaattgaacgataggta---- 175  Q
    ||||||||||||||||||   |||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||| || ||||||||        
T  4856792 ttttttcagctaaaccat---ggtgggcaaacaagtggagagatagagccaatattactgaatggtcttgttgtgtggaaaattaaaggataggtaggga 4856696  T
Q  176 ctgatcatcaactagtagcaaatacatggaaggaacatgtaaaattgttgaataattcaattcgtacacaattttgacatttagtaaatgacttagattg 275  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  4856695 ctgatcatcaactagtagcaaatacatggaaggaacatgtaacattgttgaataattcaattcatacacaattttgacatttagtacatgacttagattg 4856596  T
Q  276 accataaactcacattgagtctctaactagtataaaaccagtatactccatatgtattatgcaccaacactaataataatatcacttcttaaaatggcta 375  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  4856595 accataaactcacattgagtctctaactagtataaaaccagtatactccatatgtattatgcaccaacactaataattatatcacttcttaaaatggcta 4856496  T
Q  376 attcctttttcttatccttactagtgttgttccttgctgctcttatgtttgttcctcaaca 436  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||| ||| |||||||||    
T  4856495 attcatttttcttatccttattagtgttattccttgctgcttttatgcttgctcctcaaca 4856435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 80 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 4878527 - 4878170
Alignment:
Q  80 ttttttcagctaaaccatattggtgtgcaaccaagtggagagatagagccaataatactaaatggtctttttgtgtggaaaattgaacgataggta---- 175  Q
    ||||||||||||||||||   |||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||| || ||||||||        
T  4878527 ttttttcagctaaaccat---ggtgggcaaacaagtggagagatagagccaatattactgaatggtcttgttgtgtggaaaattaaaggataggtaggga 4878431  T
Q  176 ctgatcatcaactagtagcaaatacatggaaggaacatgtaaaattgttgaataattcaattcgtacacaattttgacatttagtaaatgacttagattg 275  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  4878430 ctgatcatcaactagtagcaaatacatggaaggaacatgtaacattgttgaataattcaattcatacacaattttgacatttagtacatgacttagattg 4878331  T
Q  276 accataaactcacattgagtctctaactagtataaaaccagtatactccatatgtattatgcaccaacactaataataatatcacttcttaaaatggcta 375  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  4878330 accataaactcacattgagtctctaactagtataaaaccagtatactccatatgtattatgcaccaacactaataattatatcacttcttaaaatggcta 4878231  T
Q  376 attcctttttcttatccttactagtgttgttccttgctgctcttatgtttgttcctcaaca 436  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||| ||| |||||||||    
T  4878230 attcatttttcttatccttattagtgttattccttgctgcttttatgcttgctcctcaaca 4878170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 100 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 4835452 - 4835124
Alignment:
Q  100 tggtgtgcaaccaagtggagagatagagccaataatactaaatggtctttttgtgtggaaaattgaacgataggtactgatcatcaactagtagcaaata 199  Q
    |||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||     || |||     |||||||| ||||||||||||    
T  4835452 tggtgtgcaaacaagcggagagataaagccaataatactaaatggtcttgttgtgtggaaaat-----gaaagg-----atcatcaagtagtagcaaata 4835363  T
Q  200 catggaaggaacatgtaaaattgttgaataattcaattcgtacacaattttgacatttagtaaatgacttagattgaccataaactcacattgagtctct 299  Q
    ||||||     | ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4835362 catggac----cttgtaacattgttgaataattcaattcatacacaattttgacatttagtaaatgactttgattgaccataaactcactttgagtctct 4835267  T
Q  300 aactagtataaaaccagtatactccatatgtattatgcaccaacactaataataatatcacttcttaaaatggctaattcctttttcttatccttactag 399  Q
    || |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  4835266 aattagtataaaaccagttaactccatatgtattatgcaccaacactaataataatatcacttcttaaaatggctaaatcctttttcttatccttgctag 4835167  T
Q  400 tgttgttccttgctgctcttatgtttgttcctcaacattttgc 442  Q
    || | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4835166 tggtattccttgctgctcttatgtttggtcctcaacattttgc 4835124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 113 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 4842138 - 4841809
Alignment:
Q  113 agtggagagatagagccaataatactaaatggtctttttgtgtggaaaat----tgaacgataggtactgatcatcaactagtagcaaatacatggaagg 208  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||    | || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||     
T  4842138 agtggaaagatagagccaataatactaaatggtcttgctgtatggaaaatgaaattaaggatagttaatgatcatcaactagtagcaaatacatggaagt 4842039  T
Q  209 aacatgtaaaattgttgaataattcaattcgtacacaattttgacatttagtaaatgacttagattgaccataaactcacattgagtctctaactagtat 308  Q
        ||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4842038 ----tgtaacattgttgaataattcaattcatacataattttgacatttagtaaataacttagattgaccataaactcacattgagtctctaattagtat 4841943  T
Q  309 aaaaccagtatactccatatgtattatgcaccaacactaataataatatcacttcttaaaatggctaattcctttttcttatccttactagtgttgttcc 408  Q
    |||||||||  | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  4841942 aaaaccagttaattccatatgtattatgcaccaacac-aataataatatcacttcttaaaatggctaaatcctttttcttatccttattagtgttattcc 4841844  T
Q  409 ttgctgctcttatgtttgttcctcaacattttgca 443  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  4841843 ttgctgctcttatgttttctcctcaacattttgca 4841809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 180 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 4852716 - 4852464
Alignment:
Q  180 tcatcaactagtagcaaatacatggaaggaacatgtaaaattgttgaataattcaattcgtacacaattttgacatttagtaaatgacttagattgacca 279  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||    | ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4852716 tcataaactagtagcaactacatggaa----cttgtaacattgttgaataattcaattcatacacaattttgacatttagtaaatgacttagatcgacca 4852621  T
Q  280 taaactcacattgagtctctaactagtataaaaccagtatactccatatgtattatgcaccaacactaataataatatcacttcttaaaatggctaattc 379  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4852620 taaactcacattgagtctctaactagtataaaaccagtatactccatatgtattatgcaccaacactaataattatatcacttcttaaaatggctaattc 4852521  T
Q  380 ctttttcttatccttactagtgttgttccttgctgctcttatgtttgttcctcaaca 436  Q
     ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||| ||| |||||||||    
T  4852520 atttttcttatccttattagtgttattccttgctgcttttatgcttgctcctcaaca 4852464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 153; E-Value: 7e-81
Query Start/End: Original strand, 177 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 4880982 - 4880708
Alignment:
Q  177 tgatcatcaactagtagcaaatacatggaaggaacatgtaaaattgttgaataattcaattcgtacacaattttgacatttagtaaatgacttagattga 276  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||    | ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||              ||||||    
T  4880982 tgatcatcagctagtatcaaatacatggaa----cttgtaacattgttgaataattcaattcgtgcacaattttaacttt--------------gattga 4880901  T
Q  277 ccataaactcacattgagtctctaactagtataaaaccagtata-ctccatatgtattatgcaccaacactaataataatatcacttcttaaaatggcta 375  Q
    | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  4880900 cgatagactcacattgagtctctaactagtataaaaccagtttaactccctatgtattatgcaccaacactaataattatatcacttcttaaaatggcta 4880801  T
Q  376 attcctttttcttatccttactagtgttgttccttgctgctcttatgtttgttcctcaacattttgcagttgatgccatacgtctccctccaa 468  Q
    | |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  4880800 aatcctttttcttatccttattagtgttattccttgctgctcttatgtttgttcctcaacattttgctgttgatgccatacatctccctccaa 4880708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 177 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 4860975 - 4860702
Alignment:
Q  177 tgatcatcaactagtagcaaatacatggaaggaacatgtaaaattgttgaataattcaattcgtacacaattttgacatttagtaaatgacttagattga 276  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||    | ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||              ||||||    
T  4860975 tgatcatcagctagtatcaaatacatggaa----cttgtaacattgttgaataattcaattcgtgcacaattttaacttt--------------gattga 4860894  T
Q  277 ccataaactcacattgagtctctaactagtataaaaccagtata-ctccatatgtattatgcaccaacactaataataatatcacttcttaaaatggcta 375  Q
    | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  4860893 cgatagactcacattgagtctctaactagtataaaaccagtttaactccctatgtattatgcaccaacactaataattatatcacttcttaaaatggcta 4860794  T
Q  376 attcctttttcttatccttactagtgttgttccttgctgctcttatgtttgttcctcaacattttgcagttgatgccatacgtctccctcca 467  Q
    | |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  4860793 aatcctttttcttatccttattagtgttattccttgctgctcttatgtttgttcctcaacattttgctgttgatgccatacatctccctcca 4860702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 262 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 4871689 - 4871501
Alignment:
Q  262 aatgacttagattgaccataaactcacattgagtctctaactagtataaaaccagtatactccatatgtattatgcaccaacactaataataatatcact 361  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4871689 aatgacttagattgaccataaactcacattgagtctctaactagtataaagccagttaactccatatgtattatgcaccaacac-aataataatatcact 4871591  T
Q  362 tcttaaaatggctaattcctttttcttatccttactagtgttgttccttgctgctcttatgtttgttcctcaacattttgcagttgatgc 451  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  4871590 tcttaaaatggctaattcctttttcttatccttattagtgttattccttgctgcttttatgcttgctcctcaacattttgctgttgatgc 4871501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 254 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 4826570 - 4826402
Alignment:
Q  254 atttagtaaatgacttagattgaccataaactcacattgagtctctaactagtataaaaccagtatactccatatgtattatgcaccaacactaataata 353  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  4826570 atttagtaaatgacttagattgaccataaactcacattgagtctctaactagtataaaaccagttaactctctatgtattatgcaccaacactaataata 4826471  T
Q  354 atatcacttcttaaaatggctaattcctttttcttatccttactagtgttgttccttgctgctcttatg 422  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||    
T  4826470 atatcacttcttaaagtggctaattcctttttcttatccttgctagtggtattccttgctgctcttatg 4826402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 262 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 4845930 - 4845742
Alignment:
Q  262 aatgacttagattgaccataaactcacattgagtctctaactagtataaaaccagtatactccatatgtattatgcaccaacactaataataatatcact 361  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4845930 aatgacttagattgaccaaaaaatcacattgagtctctaactagtataaagccagttaactacctatgtattatgcaccaacac-aataataatatcact 4845832  T
Q  362 tcttaaaatggctaattcctttttcttatccttactagtgttgttccttgctgctcttatgtttgttcctcaacattttgcagttgatgc 451  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  4845831 tcttaaaatggctaattcctttttcttatccttattagtgttattccttgctgcttttatgcttgctcctcaacattttgctgttgatgc 4845742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 111 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 4843050 - 4842873
Alignment:
Q  111 caagtggagagatagagccaataatactaaa------tggtctttttgtgtggaaaattgaacgataggtactgatcatcaactagtagcaaatacatgg 204  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||      ||||||  |||| ||||||||  || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  4843050 caagtggagagatagagcaaataatactaaaaaaaaatggtctagttgtatggaaaatgaaaggatagttagtgatcatcaactagtagcaaatacatgg 4842951  T
Q  205 aaggaacatgtaaaattgttgaataattcaattcgtacacaattttgacatttagtaaatgacttagattgaccataaactc 286  Q
    |     | ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4842950 ag----cttgtaacattgttgaataattcaattcatacacaattttgacatttagtaaatgacttagattgaccataaactc 4842873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 111 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 4868746 - 4868569
Alignment:
Q  111 caagtggagagatagagccaataatactaaa------tggtctttttgtgtggaaaattgaacgataggtactgatcatcaactagtagcaaatacatgg 204  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||      ||||||  |||| ||||||||  || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  4868746 caagtggagagatagagcaaataatactaaaaaaaaatggtctagttgtatggaaaatgaaaggatagttagtgatcatcaactagtagcaaatacatgg 4868647  T
Q  205 aaggaacatgtaaaattgttgaataattcaattcgtacacaattttgacatttagtaaatgacttagattgaccataaactc 286  Q
    |     | ||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4868646 ag----cttgtaacattgttgaataattcaattcatacataattttgacatttagtaaatgacttagattgaccataaactc 4868569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 97 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 4826702 - 4826595
Alignment:
Q  97 tattggtgtgcaaccaagtggagagatagagccaataatactaaatggtctttttgtgtggaaaattgaacgataggtactgatcatcaactagtagcaa 196  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  || |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4826702 tattggtgtgcaaacaagtggagagatagagccaataatactaaatggtcttgttgtgtggaaaatgaaaggataggtactgatcatcaacaagtagcaa 4826603  T
Q  197 atacatgg 204  Q
    ||||||||    
T  4826602 atacatgg 4826595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 80 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 4846185 - 4846018
Alignment:
Q  80 ttttttcagctaaaccatattggtgtgcaaccaagtggagagatagagccaataatactaaatggtctttttgtgtggaaaattgaacgatagg----ta 175  Q
    |||||||||||||||||   || || |||| |||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||| || ||||||    ||    
T  4846185 ttttttcagctaaaccacggtg-tgggcaaacaagtggagatatagagccaatattactgaatggtcttgttgtgtggaaaattaaaggataggtagcta 4846087  T
Q  176 ctgatcatcaactagtagcaaatacatggaaggaacatgtaaaattgttgaataattcaattcgtacacaatt 248  Q
    |  ||||||||||||| ||||||||||    ||||||||||| |||||| ||||||||||||| || ||||||    
T  4846086 ccaatcatcaactagttgcaaatacat----ggaacatgtaacattgttcaataattcaattcataaacaatt 4846018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 111 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 4837587 - 4837498
Alignment:
Q  111 caagtggagagatagagccaataatactaaatggtctttttgtgtggaaaattgaacgataggtactgatcatcaactagtagcaaatac 200  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  || ||||| |||||||||||||  | ||||||||||    
T  4837587 caagtggagagataaagccaataatactaaatggtcttgttgtgtggaaaatgaaaggatagctactgatcatcaataactagcaaatac 4837498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 254 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 4837466 - 4837426
Alignment:
Q  254 atttagtaaatgacttagattgaccataaactcacattgag 294  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4837466 atttagtaaatgacttatattgaccataaactcacattgag 4837426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 80 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 4861033 - 4860974
Alignment:
Q  80 ttttttcagctaaaccatattggtgtgcaaccaagtggagagatagagccaataatactaaatg 143  Q
    ||||||||| ||||||||    ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4861033 ttttttcaggtaaaccat----gtgcgcaaacaagtggagagatagagccaataatactaaatg 4860974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 80 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 4881040 - 4880981
Alignment:
Q  80 ttttttcagctaaaccatattggtgtgcaaccaagtggagagatagagccaataatactaaatg 143  Q
    ||||||||| ||||||||    ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4881040 ttttttcaggtaaaccat----gtgcgcaaacaagtggagagatagagccaataatactaaatg 4880981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 377 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 4810411 - 4810356
Alignment:
Q  377 ttcctttttcttatccttactagtgttgttccttgctgctcttatgtttgttcctca 433  Q
    |||||||||||||| ||||||  |||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  4810411 ttcctttttcttatacttactt-tgttgttccttgcttctcttatgcttgttcctca 4810356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 357 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 4536879 - 4536805
Alignment:
Q  357 tcacttcttaaaatggctaattcctttttcttatccttactagtgttgttccttgctgctcttatgtttgttcctcaa 434  Q
    ||||||||||||||||||   || |||| | ||||||||||| |||||||||||||||| |||||  ||||| |||||    
T  4536879 tcacttcttaaaatggct---tcattttacctatccttactattgttgttccttgctgcccttatccttgtttctcaa 4536805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 85; Significance: 3e-40; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 283 - 427
Target Start/End: Original strand, 21703749 - 21703893
Alignment:
Q  283 actcacattgagtctctaactagtataaaaccagtatactccatatgtattatgcaccaacactaataataatatcacttcttaaaatggctaattcctt 382  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||  ||| | ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  21703749 actcccattgagtctctaactagtataaaaccggttaacttcctatgtcttatgcaccaacactaatattaatatcacttcttaaaatggctaattcttt 21703848  T
Q  383 tttcttatccttactagtgttgttccttgctgctcttatgtttgt 427  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||  |||||||||||| ||||    
T  21703849 tttcttgtccttactagtggtattccacgctgctcttatgcttgt 21703893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University