View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14938_high_1 (Length: 640)

Name: NF14938_high_1
Description: NF14938
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14938_high_1
NF14938_high_1
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (1-626)||(27776418-27777043)
chr6 (443-625)||(10279956-10280138)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (1-624)||(19742781-19743404)
chr4 (1-624)||(19796684-19797307)
chr4 (1-624)||(19539738-19540360)
chr4 (1-624)||(19671661-19672284)
chr4 (334-387)||(26453320-26453373)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (341-624)||(34053144-34053427)
chr1 (341-601)||(15239445-15239705)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (434-579)||(23499099-23499244)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 618; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 618; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 626
Target Start/End: Complemental strand, 27777043 - 27776418
Alignment:
1 gcttgtttcaaattgtctctttcgcgtaggtggtgcagcaattttactctcaaacatttcttcagattctaaccgttcaaaatatctccttaaacacact 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
27777043 gcttgtttcaaattgtctctttcgtgtaggtggtgcagcaattttactctcaaacatttcttcagattctaaccgttcaaaatatctccttaaacacact 27776944  T
101 gttcgtacacacaaaggttcacaagataattgttacaattcaatccttcaacaagaagatgaaacaaacaaaatcacaggaatttcactctcaaaacaac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
27776943 gttcgtacacacaaaggttcacaagataattgttacaattcaatccttcaacaagaagatgaaacaaacaaaatcacaggaatttcactctcaaaacaac 27776844  T
201 taatgagttcagctggttttgcacttaaagcaaacatcacaacacttggaaaatcagttttacctttactagaacaattaaaatatgctacaacttttgt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
27776843 taatgagttcagctggttttgcacttaaagcaaacatcacaacacttggaaaatcagttttacctttactagaacaattaaaatatgctgcaacttttgt 27776744  T
301 agctaaaaagtattttaattccaaaattagggtttatacacctgattttaagctatgttttgagcatttttgtattcatactggtggaaaaggtgttcaa 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
27776743 agctaaaaagtattttaattccaaaattagggtttatacacctgattttaagctatgttttgagcatttttgtattcatactggtggaaaaggtgttcaa 27776644  T
401 gatgagatacaaaaagtgcttggattaagtgattggcaaattgagccttcaagaatgacactttatagatatggaaatacttcaagtagttctgtttggt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
27776643 gatgagatacaaaaagtgcttggattaagtgattggcaaattgagccttcaagaatgacactttatagatatggaaatacttcaagtagttctgtttggt 27776544  T
501 atgttttggcttattgtgaagctaagggaaggataaggaaaggtgataggatttggcaaattgcatttgggtctggatttaaatgtaacactgctgtttg 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
27776543 atgttttggcttattgtgaagctaagggaaggataaggaaaggtgataggatttggcaaattgcatttgggtctggatttaaatgtaacactgctgtttg 27776444  T
601 gtgtgctttaaggaatgttgatcctg 626  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
27776443 gtgtgctttaaggaatgttgatcctg 27776418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 443 - 625
Target Start/End: Original strand, 10279956 - 10280138
Alignment:
443 gagccttcaagaatgacactttatagatatggaaatacttcaagtagttctgtttggtatgttttggcttattgtgaagctaagggaaggataaggaaag 542  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| || || |||   ||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||| ||  | |  || |    
10279956 gagccttcaagaatgacactatatagatatggtaacacatcatcaagttctgtttggtatgaattgtcttattgtgaagctaaggggagagttaaaaagg 10280055  T
543 gtgataggatttggcaaattgcatttgggtctggatttaaatgtaacactgctgtttggtgtgctttaaggaatgttgatcct 625  Q
    |  ||| |||||||||||| || ||||| |||||||||||   ||| ||||||||||||| |||||| | |||||||||||||    
10280056 gacataagatttggcaaatggcttttggatctggatttaaggttaatactgctgtttggtatgctttgaagaatgttgatcct 10280138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 364; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 624
Target Start/End: Complemental strand, 19743404 - 19742781
Alignment:
1 gcttgtttcaaattgtctctttcgcgtaggtggtgcagcaattttactctcaaacatttcttcagattctaaccgttcaaaatatctccttaaacacact 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||  ||||| ||||||    
19743404 gcttgtttcaaattgtctctttcgtgtaggtggtgcagcaatcttactctcaaacatttcttcagattctcaacgttcaaagtatcatcttaagcacact 19743305  T
101 gttcgtacacacaaaggttcacaagataattgttacaattcaatccttcaacaagaagatgaaacaaacaaaatcacaggaatttcactctcaaaacaac 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||| |||    
19743304 gttcgtacacacaaaggttcacaagatacttgttacaattcagtctttcaaaaagaagatgaaacaaacaaaatcacaggagtatcactttcaaaagaac 19743205  T
201 taatgagttcagctggttttgcacttaaagcaaacatcacaacacttggaaaatcagttttacctttactagaacaattaaaatatgctacaacttttgt 300  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||| || | || | ||||||||||    
19743204 taatgagttcggctggttttgcacttaaagccaacatcacaacacttggaaaatatgttctacctttactagaacaattcaagtttgtttcaacttttgt 19743105  T
301 agctaaaaagtattttaattccaaaattagggtttatacacctgattttaagctatgttttgagcatttttgtattcatactggtggaaaaggtgttcaa 400  Q
     | |||||| || ||||||  |||| | | | |||||||||||||||||||| | |||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||  ||||      
19743104 tgttaaaaaatactttaataacaaagtcaagatttatacacctgattttaagttgtgttttgaccacttttgtgttcatacgggtggaaaagcggttctt 19743005  T
401 gatgagatacaaaaagtgcttggattaagtgattggcaaattgagccttcaagaatgacactttatagatatggaaatacttcaagtagttctgtttggt 500  Q
    |||||||| ||||||||||| || ||||||||||  ||| | ||||||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
19743004 gatgagattcaaaaagtgctggggttaagtgattttcaattagagccttcaaagatgacactttatagatatggtaacacttcaagtagttctgtttggt 19742905  T
501 atgttttggcttattgtgaagctaagggaaggataaggaaaggtgataggatttggcaaattgcatttgggtctggatttaaatgtaacactgctgtttg 600  Q
    |||  ||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
19742904 atgagttggcatattgtgaagctaaaggaagaataagaaaaggtgataggatttggcaaattgcatttgggtctggatttaagtgtaacactgctgtttg 19742805  T
601 gtgtgctttaaggaatgttgatcc 624  Q
    |||||| |||||||||||||||||    
19742804 gtgtgcattaaggaatgttgatcc 19742781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 624
Target Start/End: Original strand, 19796684 - 19797307
Alignment:
1 gcttgtttcaaattgtctctttcgcgtaggtggtgcagcaattttactctcaaacatttcttcagattctaaccgttcaaaatatctccttaaacacact 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||  ||||| ||||||    
19796684 gcttgtttcaaattgtctctttcgtgtaggtggtgcagcaatcttactctcaaacatttcttcagattctcaacgttcaaagtatcatcttaagcacact 19796783  T
101 gttcgtacacacaaaggttcacaagataattgttacaattcaatccttcaacaagaagatgaaacaaacaaaatcacaggaatttcactctcaaaacaac 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||| |||    
19796784 gttcgtacacacaaaggttcacaagatacttgttacaattcagtctttcaaaaagaagatgaaacaaacaaaatcacaggagtatcactttcaaaagaac 19796883  T
201 taatgagttcagctggttttgcacttaaagcaaacatcacaacacttggaaaatcagttttacctttactagaacaattaaaatatgctacaacttttgt 300  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||| || | || | ||||||||||    
19796884 taatgagttcggctggttttgcacttaaagccaacatcacaacacttggaaaatatgttctacctttactagaacaattcaagtttgtttcaacttttgt 19796983  T
301 agctaaaaagtattttaattccaaaattagggtttatacacctgattttaagctatgttttgagcatttttgtattcatactggtggaaaaggtgttcaa 400  Q
     | |||||| || ||||||  |||| | | | |||||||||||||||||||| | |||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||  ||||      
19796984 tgttaaaaaatactttaataacaaagtcaagatttatacacctgattttaagttgtgttttgaccacttttgtgttcatacgggtggaaaagcggttctt 19797083  T
401 gatgagatacaaaaagtgcttggattaagtgattggcaaattgagccttcaagaatgacactttatagatatggaaatacttcaagtagttctgtttggt 500  Q
    |||||||| ||||||||||| || ||||||||||  ||| | ||||||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
19797084 gatgagattcaaaaagtgctggggttaagtgattttcaattagagccttcaaagatgacactttatagatatggtaacacttcaagtagttctgtttggt 19797183  T
501 atgttttggcttattgtgaagctaagggaaggataaggaaaggtgataggatttggcaaattgcatttgggtctggatttaaatgtaacactgctgtttg 600  Q
    |||  ||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
19797184 atgagttggcatattgtgaagctaaaggaagaataagaaaaggtgataggatttggcaaattgcatttgggtctggatttaagtgtaacactgctgtttg 19797283  T
601 gtgtgctttaaggaatgttgatcc 624  Q
    |||||| |||||||||||||||||    
19797284 gtgtgcattaaggaatgttgatcc 19797307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 624
Target Start/End: Complemental strand, 19540360 - 19539738
Alignment:
1 gcttgtttcaaattgtctctttcgcgtaggtggtgcagcaattttactctcaaacatttcttcagattctaaccgttcaaaatatctccttaaacacact 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||  | |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
19540360 gcttgtttcaaattgtctctttcgtgtaggtggtgcagccatcttactctcaaacatttccactgattctcaccgttcaaaatatcaccttaaacacact 19540261  T
101 gttcgtacacacaaaggttcacaagataattgttacaattcaatccttcaacaagaagatgaaacaaacaaaatcacaggaatttcactctcaaaacaac 200  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||   |    
19540260 gttcctacacacaaaggttcacaagatacttgttacaattcagtctttcaaaaagaagatgaaacaaacaaaatcacaggagtatcactttcaaaagc-c 19540162  T
201 taatgagttcagctggttttgcacttaaagcaaacatcacaacacttggaaaatcagttttacctttactagaacaattaaaatatgctacaacttttgt 300  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||| | ||||||||||||||||| || | || | ||||||||||    
19540161 taatgagttcggctggtattgcacttaaagccaacatcacaacacttggaaaatatgttctgcctttactagaacaattcaagtttgtttcaacttttgt 19540062  T
301 agctaaaaagtattttaattccaaaattagggtttatacacctgattttaagctatgttttgagcatttttgtattcatactggtggaaaaggtgttcaa 400  Q
     | |||||| || |||||   |||| | | | |||||||||||||||||||| | |||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||  ||||      
19540061 tgttaaaaaatactttaacaacaaagtgaagatttatacacctgattttaagttgtgttttgaccacttttgtgttcatacgggtggaaaagcggttctt 19539962  T
401 gatgagatacaaaaagtgcttggattaagtgattggcaaattgagccttcaagaatgacactttatagatatggaaatacttcaagtagttctgtttggt 500  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||| | ||||||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||    
19539961 gatgagatacaaaaagtgctaggattaagtgattttcaattagagccttcaaagatgacactttatagatatggtaacacttcaagtagttttgtttggt 19539862  T
501 atgttttggcttattgtgaagctaagggaaggataaggaaaggtgataggatttggcaaattgcatttgggtctggatttaaatgtaacactgctgtttg 600  Q
    |||  ||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
19539861 atgagttggcatattgtgaagctaaaggaagaataagaaaaggtgataggatttggcaaattgcatttgggtctagatttaagtgtaacactgctgtttg 19539762  T
601 gtgtgctttaaggaatgttgatcc 624  Q
    |||||| |||| ||||||||||||    
19539761 gtgtgcattaaagaatgttgatcc 19539738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 624
Target Start/End: Complemental strand, 19672284 - 19671661
Alignment:
1 gcttgtttcaaattgtctctttcgcgtaggtggtgcagcaattttactctcaaacatttcttcagattctaaccgttcaaaatatctccttaaacacact 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||  | |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
19672284 gcttgtttcaaattgtctctttcgtgtaggtggtgcagccatcttactctcaaacatttccaccgattctcaccgttcaaaatatcaccttaaacacact 19672185  T
101 gttcgtacacacaaaggttcacaagataattgttacaattcaatccttcaacaagaagatgaaacaaacaaaatcacaggaatttcactctcaaaacaac 200  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||| | |    
19672184 gttcgtacacacaaaggttcgcaagatacttgttacaattcagtctttcaaaaagaagatgaaacaaacaaaatcacaggagtatcactttcaaaagacc 19672085  T
201 taatgagttcagctggttttgcacttaaagcaaacatcacaacacttggaaaatcagttttacctttactagaacaattaaaatatgctacaacttttgt 300  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||  |||||||| |||| ||||||||| ||||||| | |||||||| |    
19672084 taatgagttcagctggttttgcccttaaagccaacatcccaacacttggaaaatttgttttaccattaccagaacaattcaaatatgtttcaacttttat 19671985  T
301 agctaaaaagtattttaattccaaaattagggtttatacacctgattttaagctatgttttgagcatttttgtattcatactggtggaaaaggtgttcaa 400  Q
     |  | ||||||  ||||   |||| | | | |||||||||||||||||||| | |||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||  ||||      
19671984 tgtcagaaagtacattaacaacaaagtgatgatttatacacctgattttaagttgtgttttgaccacttttgtgttcatacgggtggaaaagcggttctt 19671885  T
401 gatgagatacaaaaagtgcttggattaagtgattggcaaattgagccttcaagaatgacactttatagatatggaaatacttcaagtagttctgtttggt 500  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||||  ||| | ||||||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
19671884 gatgagatacaaaaagtgctagggttaagtgattttcaattagagccttcaaagatgacactttatagatatggtaacacttcaagtagttctgtttggt 19671785  T
501 atgttttggcttattgtgaagctaagggaaggataaggaaaggtgataggatttggcaaattgcatttgggtctggatttaaatgtaacactgctgtttg 600  Q
    |||  ||||| |||||||||||||| |||||  || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
19671784 atgagttggcatattgtgaagctaaaggaagagtatgaaaaggtgataggatttggcaaattgcatttgggtctggatttaagtgtaacactcctgtttg 19671685  T
601 gtgtgctttaaggaatgttgatcc 624  Q
    |||||| |||||||||||||||||    
19671684 gtgtgcattaaggaatgttgatcc 19671661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 334 - 387
Target Start/End: Original strand, 26453320 - 26453373
Alignment:
334 ttatacacctgattttaagctatgttttgagcatttttgtattcatactggtgg 387  Q
    ||||| |||||||||||||||   |||||||||||||||||||||| |||||||    
26453320 ttatatacctgattttaagcttgcttttgagcatttttgtattcatgctggtgg 26453373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 84; Significance: 1e-39; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 341 - 624
Target Start/End: Original strand, 34053144 - 34053427
Alignment:
341 cctgattttaagctatgttttgagcatttttgtattcatactggtggaaaaggtgttcaagatgagatacaaaaagtgcttggattaagtgattggcaaa 440  Q
    |||||||||||  ||  |||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||   |||||  || | |||   ||||   | ||||||||||| |    
34053144 cctgattttaaattagcttttgagcatttttgtattcatgctggtggaagagctgttttggatgaattagagaaaaatcttgaccttagtgattggcata 34053243  T
441 ttgagccttcaagaatgacactttatagatatggaaatacttcaagtagttctgtttggtatgttttggcttattgtgaagctaagggaaggataaggaa 540  Q
    | || || ||||||||||||||  |||||| ||| |||||||| ||||||||  | |||||||  |||||||||  ||||||||| || ||||| || ||    
34053244 tggaaccatcaagaatgacactaaatagatttggtaatacttctagtagttcattatggtatgaattggcttatactgaagctaaagggaggattagaaa 34053343  T
541 aggtgataggatttggcaaattgcatttgggtctggatttaaatgtaacactgctgtttggtgtgctttaaggaatgttgatcc 624  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| || ||||  ||||||||    
34053344 aggtgataggacttggcaaattgcatttggttctggatttaaatgtaacagtgctgtgtggcgtgcattgaggaccgttgatcc 34053427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 341 - 601
Target Start/End: Original strand, 15239445 - 15239705
Alignment:
341 cctgattttaagctatgttttgagcatttttgtattcatactggtggaaaaggtgttcaagatgagatacaaaaagtgcttggattaagtgattggcaaa 440  Q
    |||||||||||  ||  |||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||   |||||| |  | |||   ||||  |||||||||||||| |    
15239445 cctgattttaaattagcttttgagcatttttgtattcatgctggtggaagagctgttttggatgagttggagaaaaatcttgatttaagtgattggcata 15239544  T
441 ttgagccttcaagaatgacactttatagatatggaaatacttcaagtagttctgtttggtatgttttggcttattgtgaagctaagggaaggataaggaa 540  Q
    | || || ||||| ||||||||  |||||| ||| || ||||| ||||||||  | |||||||  |||||||||  ||||||||| || ||||| |  ||    
15239545 tggaaccatcaaggatgacactgaatagatttggtaacacttctagtagttcattgtggtatgaattggcttatactgaagctaaagggaggattaaaaa 15239644  T
541 aggtgataggatttggcaaattgcatttgggtctggatttaaatgtaacactgctgtttgg 601  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| | ||||||||||    
15239645 aggtgatagaacttggcaaattgcatttggttctggttttaagtgtaatagtgctgtttgg 15239705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 434 - 579
Target Start/End: Complemental strand, 23499244 - 23499099
Alignment:
434 tggcaaattgagccttcaagaatgacactttatagatatggaaatacttcaagtagttctgtttggtatgttttggcttattgtgaagctaagggaagga 533  Q
    ||||| || ||||| |||||||||||||||||| | | |||||| || || || |||||  ||||||| |  ||||||||    ||||| ||||||||||    
23499244 tggcatatggagccgtcaagaatgacactttatcgttttggaaacacctcgagcagttcgctttggtacgaattggcttacacggaagccaagggaagga 23499145  T
534 taaggaaaggtgataggatttggcaaattgcatttgggtctggatt 579  Q
    | | |||||| ||||| |  |||||||| |||||||| || |||||    
23499144 tcaagaaaggagatagaacatggcaaatagcatttggttcaggatt 23499099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University