View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14940_low_1 (Length: 791)

Name: NF14940_low_1
Description: NF14940
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14940_low_1
NF14940_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (18-779)||(42136921-42137682)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 695; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 695; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 779
Target Start/End: Original strand, 42136921 - 42137682
Alignment:
Q  18 atttgttgctttatatggctccgttggccgcgatgattttgttgccggttactttgtatgttgaaggcaatgtgtttgcgataacgattgagaaagcgag 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42136921 atttgttgctttatatggctccgttggccgcgatgattttgttgccggttactttgtatattgaaggcaatgtgtttgcgataacgattgagaaagcgag 42137020  T
Q  118 gagtgatccgtttattgtgtttttgttgattgggaatgctactgttgcttatttggtgaatttgactaattttcttgttactaagcatactagtgctttg 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  42137021 gagtgatccgtttattgtgtttttgttgattgggaatgctactgttgcttatttggtgaatttgactaattttcttgtgactaagcatactagtgctttg 42137120  T
Q  218 actcttcaagttttggggaatgctaaagctgctgtggctgctgttgtttcggttttgatattcagaaatccggttactgtgatggggatgactggttttg 317  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  42137121 actcttcaagttttggggaatgccaaagctgctgtggctgctgttgtttcggttttgatattcagaaatccagttactgtgatggggatgactggttttg 42137220  T
Q  318 ggattacaatcatgggtgttgtgctttatagtgaagctaagaagagatctaaaggtgcatctcattgatgttggattggtgattggtgaatgtgattatg 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42137221 ggattacaatcatgggtgttgtgctttatagtgaagctaagaagagatctaaaggtgcatctcattgatgttggattggtgattggtgaatgtgattatg 42137320  T
Q  418 gattcaannnnnnnnnggattttcataaaggcgtaaacgggtatttcttactggcttcttattattgttaattgtgtgggaagttttgattttgattcaa 517  Q
    |||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  42137321 gattcaatttttttttggattttcataaaggcgtaaacgggtatttcttacttgcttcttattattgttaattgtttgggaagttttgattttgattcaa 42137420  T
Q  518 ttgtatctctgtggaattggatctgatcggatcaagttacagcaattggactgtataggaagaagccgagagggaaagggttatttagttatgtttgttt 617  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42137421 ttgtatctctgtggaattggatttgatcggatcaagttacaacaattggactgtataggaagaagctgagagggaaagggttatttagttatgtttgttt 42137520  T
Q  618 ttctattgccggctgtgtaaccatataaagtgctcgcttcgatgccctttggcaacatacattaatgatttataggaaatataaagctacattgtatttg 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42137521 ttctattgccggctgtgtaaccatataaagtgctcgcttcgatgccctttggcaacatacattaatgatttataggaaatataaagctacattgtatttg 42137620  T
Q  718 gtgagggaggaaaattctcctttgcttcattttgttaattacgttgtccattgtttcatttc 779  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  42137621 gtgagggaggaaaattctcctttgcttcattttgttaattacattgtccattgtttcatttc 42137682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University