View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1494_low_17 (Length: 252)

Name: NF1494_low_17
Description: NF1494
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1494_low_17
NF1494_low_17
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (13-234)||(22239937-22240158)
chr6 (13-234)||(29564605-29564826)
chr6 (13-234)||(25618107-25618329)
chr6 (31-210)||(25782891-25783070)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (13-234)||(15560815-15561036)
chr3 (13-234)||(37938537-37938758)
chr3 (13-234)||(55510899-55511120)
chr3 (13-231)||(11943543-11943761)
chr3 (13-234)||(10549903-10550112)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (13-234)||(17586531-17586752)
chr2 (23-234)||(22661216-22661427)
chr2 (31-234)||(23627550-23627753)
chr2 (13-231)||(23632943-23633161)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (13-234)||(17098472-17098693)
chr1 (13-234)||(20402950-20403171)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (13-234)||(23907563-23907784)
chr8 (13-234)||(23633175-23633396)
chr8 (13-234)||(23803410-23803631)
chr8 (13-234)||(19362860-19363081)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (13-234)||(10646532-10646755)
chr4 (13-234)||(18245437-18245658)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (22-234)||(15210358-15210570)
[»] scaffold0841 (1 HSPs)
scaffold0841 (13-234)||(10-231)
[»] scaffold0679 (1 HSPs)
scaffold0679 (13-234)||(4115-4336)
[»] scaffold0015 (1 HSPs)
scaffold0015 (187-227)||(178711-178751)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 13 - 234
Target Start/End: Original strand, 22239937 - 22240158
Alignment:
Q  13 caaaggagactaaatcccaatatgaaagaagttgtgaaaaaggaagtcttaaaactcctagatgcaggtgtaatctatccaatttctgactccaaatggg 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  22239937 caaaggagactaaatcccaatatgaaagaagtcgtgaaaaaggaagtcttaaaactcctagatgcaggtgtgatctatccgatttctgactccaaatggg 22240036  T
Q  113 taagccccgtgcaagttgtaccaaaaaagggtggtctcacagttattaaaaacaataaaaatgaatccattgccactagaaccgtcaccggttggagaat 212  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22240037 ttagccccgtgcaagttgtaccaaaaaagggtggtctcacagtcattaaaaatgataaaaatgaatccattgccactagaaccgtcaccggttggagaat 22240136  T
Q  213 gtgtattgattataggaagctt 234  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  22240137 gtgtattgattataggaagctt 22240158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 158; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 13 - 234
Target Start/End: Original strand, 29564605 - 29564826
Alignment:
Q  13 caaaggagactaaatcccaatatgaaagaagttgtgaaaaaggaagtcttaaaactcctagatgcaggtgtaatctatccaatttctgactccaaatggg 112  Q
    ||||| || |||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||    
T  29564605 caaagaaggctaaatcttaatatgaaagaagttgtgaaaaaagaagttttaaaactcctagatgcaggtgttatttatccaatttctgattctaaatggg 29564704  T
Q  113 taagccccgtgcaagttgtaccaaaaaagggtggtctcacagttattaaaaacaataaaaatgaatccattgccactagaaccgtcaccggttggagaat 212  Q
    | |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  29564705 ttagccccgtgcaagttgtacctaagaagggtggtctcacagttattaaaaatgataaaaatgaatccattgctactagaaccgtcaccggttggagaat 29564804  T
Q  213 gtgtattgattataggaagctt 234  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  29564805 gtgtattgattataggaagctt 29564826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 13 - 234
Target Start/End: Original strand, 25618107 - 25618329
Alignment:
Q  13 caaaggagactaaatcccaatatgaaagaagttgtgaaaaaggaagtcttaaaactcctagatgcaggtgtaatctatccaatttctgactccaaatggg 112  Q
    ||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||| || |||||||    
T  25618107 caaagaaggctaaatcctaatatgaaagaagttgtgaaaaat-aagtcttaaaactcctagaagcaggtgttatttatccaatctctgattctaaatggg 25618205  T
Q  113 taa--gccccgtgcaagttgtaccaaaaaagggtggtctcacagttattaaaaacaataaaaatgaatccattgccactagaaccgtcaccggttggaga 210  Q
    | |  ||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||    
T  25618206 ttatagccccgttcaagttgtacctaagaagggtggtctcacagttattaaaaatgataaagatgaatccattgctactagaaccgtcttcggttggaga 25618305  T
Q  211 atgtgtattgattataggaagctt 234  Q
    ||||| ||||||||||||||||||    
T  25618306 atgtgcattgattataggaagctt 25618329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 31 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 25783070 - 25782891
Alignment:
Q  31 aatatgaaagaagttgtgaaaaaggaagtcttaaaactcctagatgcaggtgtaatctatccaatttctgactccaaatgggtaagccccgtgcaagttg 130  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||| | || |||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||| |    
T  25783070 aatatgaaggaagttgtgaaaaaagaagttttaaaactcttagatgcaggtattatttatccaatttctgattctaaatgggttagccccgttcaagtag 25782971  T
Q  131 taccaaaaaagggtggtctcacagttattaaaaacaataaaaatgaatccattgccactagaaccgtcaccggttggaga 210  Q
    |||| ||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||  ||||| |||||||||    
T  25782970 tacctaaaaagggttgtctcacaggtattaaaaacgataaaaatgaatccattgctactagaattgtcactggttggaga 25782891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 13 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 15561036 - 15560815
Alignment:
Q  13 caaaggagactaaatcccaatatgaaagaagttgtgaaaaaggaagtcttaaaactcctagatgcaggtgtaatctatccaatttctgactccaaatggg 112  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  15561036 caaagaagactaaatcccaatatgaaagaagttgtgaaaaaggaagtcttaaaactcctagatgcaggtgttatttatccaatttctgactccaaatggg 15560937  T
Q  113 taagccccgtgcaagttgtaccaaaaaagggtggtctcacagttattaaaaacaataaaaatgaatccattgccactagaaccgtcaccggttggagaat 212  Q
    | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15560936 ttagccccgtgcaagttgtaccaaagaagggtggtctcacagttattaaaaatgataaaaatgaatccattgccactagaaccgtcaccggttggagaat 15560837  T
Q  213 gtgtattgattataggaagctt 234  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  15560836 gtgtattgattataggaagctt 15560815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 13 - 234
Target Start/End: Original strand, 37938537 - 37938758
Alignment:
Q  13 caaaggagactaaatcccaatatgaaagaagttgtgaaaaaggaagtcttaaaactcctagatgcaggtgtaatctatccaatttctgactccaaatggg 112  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  37938537 caaagaagactaaatcccaatatgaaagaagttgtgaaaaaggaagtcttaaaactcctagatgcaggtgttatttatccaatttctgactccaaatggg 37938636  T
Q  113 taagccccgtgcaagttgtaccaaaaaagggtggtctcacagttattaaaaacaataaaaatgaatccattgccactagaaccgtcaccggttggagaat 212  Q
    | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37938637 ttagccccgtgcaagttgtaccaaagaagggtggtctcacagttattaaaaatgataaaaatgaatccattgccactagaaccgtcaccggttggagaat 37938736  T
Q  213 gtgtattgattataggaagctt 234  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  37938737 gtgtattgattataggaagctt 37938758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 13 - 234
Target Start/End: Original strand, 55510899 - 55511120
Alignment:
Q  13 caaaggagactaaatcccaatatgaaagaagttgtgaaaaaggaagtcttaaaactcctagatgcaggtgtaatctatccaatttctgactccaaatggg 112  Q
    ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||    
T  55510899 caaagaaggctaaatcctaatatgaaagaagttgtgaaaaaagaagttttaaaactcctagatgcaggtgttatttatccaatttctgattccaaatggg 55510998  T
Q  113 taagccccgtgcaagttgtaccaaaaaagggtggtctcacagttattaaaaacaataaaaatgaatccattgccactagaaccgtcaccggttggagaat 212  Q
    | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  55510999 ttagccccgtgcaagttgtacctaaaaagggtggtctcacagttattaaaaatgataaaaatgaatccattgccactaggaccgtcaccggttggagaat 55511098  T
Q  213 gtgtattgattataggaagctt 234  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  55511099 gtgtattgattataggaagctt 55511120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 13 - 231
Target Start/End: Original strand, 11943543 - 11943761
Alignment:
Q  13 caaaggagactaaatcccaatatgaaagaagttgtgaaaaaggaagtcttaaaactcctagatgcaggtgtaatctatccaatttctgactccaaatggg 112  Q
    ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||| ||||||||||    
T  11943543 caaagaaggctaaatcctaatatgaaagaagttgtgaaaaaagaagttttaaaactcctagatgcaagtgttatttatccaatttctgattccaaatggg 11943642  T
Q  113 taagccccgtgcaagttgtaccaaaaaagggtggtctcacagttattaaaaacaataaaaatgaatccattgccactagaaccgtcaccggttggagaat 212  Q
    | ||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  11943643 ttagcccggtgcaagttgtacctaaaaaggatggtctcacagttattaaaaatgataaaaatgaatccattgccactaggaccatcaccggttggagaat 11943742  T
Q  213 gtgtattgattataggaag 231  Q
    |||||||||||||||||||    
T  11943743 gtgtattgattataggaag 11943761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 13 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 10550112 - 10549903
Alignment:
Q  13 caaaggagactaaatcccaatatgaaagaagttgtgaaaaaggaagtcttaaaactc--ctagatgcaggtgtaatctatccaatttctgactccaaatg 110  Q
    ||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||  |||||||||||||| |              || ||||||||    
T  10550112 caaagaaggctaaaccctaatatgaaagaagttgtgaaaaaagaagttttaaaactctcctagatgcaggtgtta--------------gattccaaatg 10550027  T
Q  111 ggtaagccccgtgcaagttgtaccaaaaaagggtggtctcacagttattaaaaacaataaaaatgaatccattgccactagaaccgtcaccggttggaga 210  Q
    ||| ||  |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||    
T  10550026 ggttagaaccgtgcaagttgtacctaagaagggtggtctcacagttattaaaaatgataagaatgaatccattgctactaaaactgtcaccggttggaga 10549927  T
Q  211 atgtgtattgattataggaagctt 234  Q
    |||||||||||||| |||||||||    
T  10549926 atgtgtattgattacaggaagctt 10549903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 186; Significance: 1e-101; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 13 - 234
Target Start/End: Original strand, 17586531 - 17586752
Alignment:
Q  13 caaaggagactaaatcccaatatgaaagaagttgtgaaaaaggaagtcttaaaactcctagatgcaggtgtaatctatccaatttctgactccaaatggg 112  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  17586531 caaagaagactaaatcccaatatgaaagaagttgtgaaaaaggaagtcttaaaactcctagatgcaggtgttatttatccaatttctgactccaaatggg 17586630  T
Q  113 taagccccgtgcaagttgtaccaaaaaagggtggtctcacagttattaaaaacaataaaaatgaatccattgccactagaaccgtcaccggttggagaat 212  Q
    | | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  17586631 ttaaccccgtgcaagttgtaccaaagaagggtggtctcacagttattaaaaatgataaaaatgaatccattgccactagaaccgtcaccagttggagaat 17586730  T
Q  213 gtgtattgattataggaagctt 234  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  17586731 gtgtattgattataggaagctt 17586752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 23 - 234
Target Start/End: Original strand, 22661216 - 22661427
Alignment:
Q  23 taaatcccaatatgaaagaagttgtgaaaaaggaagtcttaaaactcctagatgcaggtgtaatctatccaatttctgactccaaatgggtaagccccgt 122  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  22661216 taaatcctaatatgaaagaagttgtgaaaaaagaagtcctaaaactcctagatgcaggtgttatctatccaatttctgactccaaaagggttagccccgt 22661315  T
Q  123 gcaagttgtaccaaaaaagggtggtctcacagttattaaaaacaataaaaatgaatccattgccactagaaccgtcaccggttggagaatgtgtattgat 222  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||| |||||| ||||| || || ||||||||||||||||| ||||||    
T  22661316 gcaagttgtaccaaaaaagggtggtctcacagttataaaaaatgataaaaatgaattcattgcaactaggacagttaccggttggagaatgtgcattgat 22661415  T
Q  223 tataggaagctt 234  Q
    ||||||||||||    
T  22661416 tataggaagctt 22661427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 31 - 234
Target Start/End: Original strand, 23627550 - 23627753
Alignment:
Q  31 aatatgaaagaagttgtgaaaaaggaagtcttaaaactcctagatgcaggtgtaatctatccaatttctgactccaaatgggtaagccccgtgcaagttg 130  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||| | || |||||||| |||||||| |||||||    
T  23627550 aatatgaaagaagttgtaaaaaaggaagttttaaagctcctagatgcaggtgttatttatccaatctctaattctaaatgggttagccccgttcaagttg 23627649  T
Q  131 taccaaaaaagggtggtctcacagttattaaaaacaataaaaatgaatccattgccactagaaccgtcaccggttggagaatgtgtattgattataggaa 230  Q
    |||| ||||||| |||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  23627650 tacctaaaaaggatggtctcacaattattaaaaatgataaaaatgaatccattgctactagaactgtcactagttggagaatgtgtattgattataggaa 23627749  T
Q  231 gctt 234  Q
    ||||    
T  23627750 gctt 23627753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 13 - 231
Target Start/End: Original strand, 23632943 - 23633161
Alignment:
Q  13 caaaggagactaaatcccaatatgaaagaagttgtgaaaaaggaagtcttaaaactcctagatgcaggtgtaatctatccaatttctgactccaaatggg 112  Q
    ||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||| || |||||||| ||||| || |||||||    
T  23632943 caaagaaggctaaaccctaatatgaaagaagttgtgaaaaaggaagttttaaagctcctagatacaggtgttatttatccaatctctgattctaaatggg 23633042  T
Q  113 taagccccgtgcaagttgtaccaaaaaagggtggtctcacagttattaaaaacaataaaaatgaatccattgccactagaaccgtcaccggttggagaat 212  Q
    |  ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| | | |||||  ||||  |||||||||||    
T  23633043 ttcgccccgttcaagttgtacctaaaaagggtggtctcacagtttttaaaaattataaaaatgaatccattcctattagaattgtcattggttggagaat 23633142  T
Q  213 gtgtattgattataggaag 231  Q
    |||||||||||||||||||    
T  23633143 gtgtattgattataggaag 23633161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 186; Significance: 1e-101; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 13 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 17098693 - 17098472
Alignment:
Q  13 caaaggagactaaatcccaatatgaaagaagttgtgaaaaaggaagtcttaaaactcctagatgcaggtgtaatctatccaatttctgactccaaatggg 112  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  17098693 caaagaagactaaatcccaatatgaaagaagttgtgaagaaggaagtcttaaaactcctagatgcaggtgttatttatccaatttctgactccaaatggg 17098594  T
Q  113 taagccccgtgcaagttgtaccaaaaaagggtggtctcacagttattaaaaacaataaaaatgaatccattgccactagaaccgtcaccggttggagaat 212  Q
    | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17098593 ttagccccgtgcaagttgtaccaaagaagggtggtctcacagttattaaaaatgataaaaatgaatccattgccactagaaccgtcaccggttggagaat 17098494  T
Q  213 gtgtattgattataggaagctt 234  Q
    ||||||||||||||| ||||||    
T  17098493 gtgtattgattatagaaagctt 17098472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 13 - 234
Target Start/End: Original strand, 20402950 - 20403171
Alignment:
Q  13 caaaggagactaaatcccaatatgaaagaagttgtgaaaaaggaagtcttaaaactcctagatgcaggtgtaatctatccaatttctgactccaaatggg 112  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  20402950 caaaggagactaaaccccaatatgaaagaagttgtgaaaaaggaagtcttaaaactcctagatgcaggtgtgatctatccaatttctgactccaaatggg 20403049  T
Q  113 taagccccgtgcaagttgtaccaaaaaagggtggtctcacagttattaaaaacaataaaaatgaatccattgccactagaaccgtcaccggttggagaat 212  Q
    | || || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20403050 ttagtcctgtgcaagttgtaccaaagaagggtggtctcacagtcattaaaaatgataaaaatgaatccattgccactagaaccgtcaccggttggagaat 20403149  T
Q  213 gtgtattgattataggaagctt 234  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  20403150 gtgtattgattataggaagctt 20403171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 182; Significance: 2e-98; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 13 - 234
Target Start/End: Original strand, 23907563 - 23907784
Alignment:
Q  13 caaaggagactaaatcccaatatgaaagaagttgtgaaaaaggaagtcttaaaactcctagatgcaggtgtaatctatccaatttctgactccaaatggg 112  Q
    ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  23907563 caaagaaggctaaatcctaatatgaaagaagttgtgaaaaaagaagttttaaaactcctagatgcaggtgtcatttatccaatttctgactccaaatggg 23907662  T
Q  113 taagccccgtgcaagttgtaccaaaaaagggtggtctcacagttattaaaaacaataaaaatgaatccattgccactagaaccgtcaccggttggagaat 212  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  23907663 ttagccccgtgcaagttgtaccaaaaaagggtggtctcacagttattaaaaacgataaaaatgaatccattgccactaggaccgtcaccggttggagaat 23907762  T
Q  213 gtgtattgattataggaagctt 234  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  23907763 gtgtattgattataggaagctt 23907784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 13 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 23633396 - 23633175
Alignment:
Q  13 caaaggagactaaatcccaatatgaaagaagttgtgaaaaaggaagtcttaaaactcctagatgcaggtgtaatctatccaatttctgactccaaatggg 112  Q
    ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||    
T  23633396 caaagaaggctaaatcctaatatgaaagaagttgtgaaaaaagaagttttaaaactcctagatgcaggtgttatttatccaatttctgattccaaatggg 23633297  T
Q  113 taagccccgtgcaagttgtaccaaaaaagggtggtctcacagttattaaaaacaataaaaatgaatccattgccactagaaccgtcaccggttggagaat 212  Q
    | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  23633296 ttagccccgtgcaagttgtacctaaaaagggtggtctcacagttattaaaaatgataaaaatgaatccattgccactaggaccgtcaccggttggagaat 23633197  T
Q  213 gtgtattgattataggaagctt 234  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  23633196 gtgtattgattataggaagctt 23633175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 13 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 23803631 - 23803410
Alignment:
Q  13 caaaggagactaaatcccaatatgaaagaagttgtgaaaaaggaagtcttaaaactcctagatgcaggtgtaatctatccaatttctgactccaaatggg 112  Q
    ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| | |||| |||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||    
T  23803631 caaagaaggctaaatcctaatatgaaagaagttgtgaaaaaagaagtttaaaaaatcctagatgcaggtgttatttatccaatttctgattccaaatggg 23803532  T
Q  113 taagccccgtgcaagttgtaccaaaaaagggtggtctcacagttattaaaaacaataaaaatgaatccattgccactagaaccgtcaccggttggagaat 212  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  23803531 taagccccgtgcaagttgtacctaaaaagggtggtctcacagttattaaaaatgataaaaatgaatccattgccactaggaccgtcaccggatggagaat 23803432  T
Q  213 gtgtattgattataggaagctt 234  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  23803431 gtgtattgattataggaagctt 23803410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 13 - 234
Target Start/End: Original strand, 19362860 - 19363081
Alignment:
Q  13 caaaggagactaaatcccaatatgaaagaagttgtgaaaaaggaagtcttaaaactcctagatgcaggtgtaatctatccaatttctgactccaaatggg 112  Q
    ||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||    
T  19362860 caaagaaggctaaaccctaatatgaaagaagttgtgaaaaaagaagttttaaaacttctagatgcaggtgttatttatccaatttctgattccaaatggg 19362959  T
Q  113 taagccccgtgcaagttgtaccaaaaaagggtggtctcacagttattaaaaacaataaaaatgaatccattgccactagaaccgtcaccggttggagaat 212  Q
    | |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  19362960 ttagccccgtgcaagtcgtacctaagaagggtggtctcaaagttattaaaaatgataaaaatgaatccattgctactagaaccgtcaccggttggagaat 19363059  T
Q  213 gtgtattgattataggaagctt 234  Q
    ||| ||||||||||||||||||    
T  19363060 gtgcattgattataggaagctt 19363081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 157; Significance: 1e-83; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 13 - 234
Target Start/End: Original strand, 10646532 - 10646755
Alignment:
Q  13 caaaggagactaaatcccaatatgaaagaagttgtgaaaaaggaagtcttaaaactcctagatgcaggtgtaatctatccaatttctgactccaaatggg 112  Q
    ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||    
T  10646532 caaagaaggctaaatcctaatatgaaagaagttgtgaaaaaagaagttttaaaactcctagatgcaggtgttatttatccaatttctgattccaaatggg 10646631  T
Q  113 taagccccgtgcaagttgtaccaaaaaagggtggtctcacagttattaaaaacaataaaaatgaatccattgccactagaaccgtcaccggttggag--a 210  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |    
T  10646632 ttagccccgtgcaagttgtacctaaaaaaggtggtctcacagttattaaaaatgataaaaatgaatccattgccactaggaccgtcaccggttggagaaa 10646731  T
Q  211 atgtgtattgattataggaagctt 234  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  10646732 atgtgtattgattataggaagctt 10646755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 13 - 234
Target Start/End: Original strand, 18245437 - 18245658
Alignment:
Q  13 caaaggagactaaatcccaatatgaaagaagttgtgaaaaaggaagtcttaaaactcctagatgcaggtgtaatctatccaatttctgactccaaatggg 112  Q
    ||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||| || |||||||| ||||| || | |||||    
T  18245437 caaagaaggctaaatcctaatataaaagaagttgtgaaaaaagaagtcttaaaactcctagaagcatgtgttatttatccaatctctgattctacatggg 18245536  T
Q  113 taagccccgtgcaagttgtaccaaaaaagggtggtctcacagttattaaaaacaataaaaatgaatccattgccactagaaccgtcaccggttggagaat 212  Q
    | |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  18245537 ttagccccgttcaagttgtacctaagaagggtggtctcacagttattaaaaatgataaaaatgaatccattgctactagaaccgtcaccggttggagaat 18245636  T
Q  213 gtgtattgattataggaagctt 234  Q
    ||| ||||||||||||||||||    
T  18245637 gtgcattgattataggaagctt 18245658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 129; Significance: 7e-67; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 22 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 15210570 - 15210358
Alignment:
Q  22 ctaaatcccaatatgaaagaagttgtgaaaaaggaagtcttaaaactcctagatgcaggtgtaatctatccaatttctgactccaaatgggtaagccccg 121  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||| || |||||||| ||||| || |||||||| |||||||    
T  15210570 ctaaatcctaatatgaaagaagttgtgaaaaaggaagttttgaaactcttagatgcaggtgttatttatccaatctctgattctaaatgggttagccccg 15210471  T
Q  122 tgcaagttgtaccaaaaaagggtggtctcacagttattaaaaacaataaaaatgaatccattgccactagaaccgtcaccggttggagaatgtgtattga 221  Q
    | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||| ||||||||| |||  ||||||||||||||||||||    
T  15210470 ttcaagttgtacctaaaaagggtggtctcacagttattaagaatgataaaaatgaatccattgctactagaaccatcagtggttggagaatgtgtattga 15210371  T
Q  222 ttataggaagctt 234  Q
    ||| | |||||||    
T  15210370 ttacatgaagctt 15210358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0841 (Bit Score: 122; Significance: 1e-62; HSPs: 1)
Name: scaffold0841
Description:

Target: scaffold0841; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 13 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 231 - 10
Alignment:
Q  13 caaaggagactaaatcccaatatgaaagaagttgtgaaaaaggaagtcttaaaactcctagatgcaggtgtaatctatccaatttctgactccaaatggg 112  Q
    ||||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||| || || || |||||||    
T  231 caaagaaggctaaatcctaatatgaaagaggttgtgaaaaaggaagtattaaagctcctagatgcaggtgttatttatccaatctccgattctaaatggg 132  T
Q  113 taagccccgtgcaagttgtaccaaaaaagggtggtctcacagttattaaaaacaataaaaatgaatccattgccactagaaccgtcaccggttggagaat 212  Q
    | |||||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||  | ||||||||||||||||  || ||||| ||||| |||||||||||    
T  131 ttagccccgttcaagttgtacctaaaaagggtggccttacagttattaaaaatgaaaaaaatgaatccattgttacaagaactgtcactggttggagaat 32  T
Q  213 gtgtattgattataggaagctt 234  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  31 gtgtattgattataggaagctt 10  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0679 (Bit Score: 114; Significance: 6e-58; HSPs: 1)
Name: scaffold0679
Description:

Target: scaffold0679; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 13 - 234
Target Start/End: Original strand, 4115 - 4336
Alignment:
Q  13 caaaggagactaaatcccaatatgaaagaagttgtgaaaaaggaagtcttaaaactcctagatgcaggtgtaatctatccaatttctgactccaaatggg 112  Q
    ||||| || |||||||| ||||| |||||| |||||||||| || || || |||||| || |||||||||| || |||||||| || || || || ||||    
T  4115 caaagaaggctaaatcctaatataaaagaaattgtgaaaaatgaggttttgaaactcttaaatgcaggtgttatttatccaatctccgattctaagtggg 4214  T
Q  113 taagccccgtgcaagttgtaccaaaaaagggtggtctcacagttattaaaaacaataaaaatgaatccattgccactagaaccgtcaccggttggagaat 212  Q
    | |||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  4215 ttagccccgttcaagttgtacctaaaaagagtggtctcacagttattaagaatgataaaaatgaatccattgccactagaaccgttaccggttgtagaat 4314  T
Q  213 gtgtattgattataggaagctt 234  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  4315 gtgtattgattataggaagctt 4336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0015 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0015
Description:

Target: scaffold0015; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 187 - 227
Target Start/End: Original strand, 178711 - 178751
Alignment:
Q  187 actagaaccgtcaccggttggagaatgtgtattgattatag 227  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  178711 actagaaccgtcaccggatggagaatgtgcattgactatag 178751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University