View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14950_low_4 (Length: 245)

Name: NF14950_low_4
Description: NF14950
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14950_low_4
NF14950_low_4
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (18-235)||(8522645-8522862)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (18-232)||(25523368-25523582)
chr6 (82-232)||(24140436-24140586)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (18-232)||(11117685-11117899)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (18-232)||(34233127-34233341)
chr5 (18-232)||(34240900-34241114)
chr5 (22-232)||(41572353-41572563)
chr5 (22-232)||(41617992-41618202)
chr5 (18-232)||(41713892-41714106)
chr5 (55-232)||(42117311-42117488)
chr5 (18-235)||(42123022-42123239)
chr5 (18-234)||(42128416-42128632)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (119-234)||(11994732-11994847)
chr2 (119-234)||(12248082-12248197)
chr2 (177-232)||(32682256-32682311)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 18 - 235
Target Start/End: Original strand, 8522645 - 8522862
Alignment:
Q  18 ttgtaaatgtattgaattgctttccctgcggtattactcccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagaccgttaagattagttaattccaa 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  8522645 ttgtaaatgtattgaattgctttccctgaggtatttctcccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagactgttaagattggttaattccaa 8522744  T
Q  118 aggaatcacaccggttaacatatttgaggaaagatccaaaaattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgg 217  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8522745 aggaatcacatcggttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttgggaatatgacctgtaagtctgttatgg 8522844  T
Q  218 gaaaggttaagccctatg 235  Q
    ||||||||||||||||||    
T  8522845 gaaaggttaagccctatg 8522862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 107; Significance: 9e-54; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 18 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 25523582 - 25523368
Alignment:
Q  18 ttgtaaatgtattgaattgctttccctgcggtattactcccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagaccgttaagattagttaattccaa 117  Q
    |||||||||| ||||||||||||||    |||||| ||||||| | | | ||||||||||||| || ||||||||||  ||| | ||| |||||||||      
T  25523582 ttgtaaatgtgttgaattgctttcctctaggtatttctcccaccaaatggttattggaaagattcatgacttcaagaaagtttaaattggttaattccgc 25523483  T
Q  118 aggaatcacaccggttaacatatttgaggaaagatccaaaaattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||    
T  25523482 aggaatcacaccggttaacatattcagggaaagatccagagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttgggaatatgaccggtaagtctgttgtgg 25523383  T
Q  218 gaaaggttaagccct 232  Q
    |||||||||||||||    
T  25523382 gaaaggttaagccct 25523368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 82 - 232
Target Start/End: Original strand, 24140436 - 24140586
Alignment:
Q  82 caagacttcaagaccgttaagattagttaattccaaaggaatcacaccggttaacatatttgaggaaagatccaaaaattccaagtatgtcaagtttcct 181  Q
    |||||||||||||| ||| | ||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||| |||||     
T  24140436 caagacttcaagactgttcatattggttaattccgaaggaatcacgccggttaacatatttgatgaaagattcaaagattccaagtatgtcaactttccg 24140535  T
Q  182 atggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccct 232  Q
    |||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  24140536 atggattggggaatatgaccagtaagtctgttatgggaaaggttaatccct 24140586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 103; Significance: 2e-51; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 18 - 232
Target Start/End: Original strand, 11117685 - 11117899
Alignment:
Q  18 ttgtaaatgtattgaattgctttccctgcggtattactcccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagaccgttaagattagttaattccaa 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||| ||| | ||||| |||| ||| ||||||||||||  |   | ||| ||||||||       
T  11117685 ttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccactagatggttatttgaaatatctaagacttcaagaaagcccaaattggttaattctgc 11117784  T
Q  118 aggaatcacaccggttaacatatttgaggaaagatccaaaaattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgg 217  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||| ||    
T  11117785 aggaatcacactggttaacatatttgatgaaagatccaaagattccaagtatgccaagtttcctatggagttgggaatatgaccagtaagtctgttacgg 11117884  T
Q  218 gaaaggttaagccct 232  Q
    ||||| |||||||||    
T  11117885 gaaagattaagccct 11117899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 99; Significance: 6e-49; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 18 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 34233341 - 34233127
Alignment:
Q  18 ttgtaaatgtattgaattgctttccctgcggtattactcccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagaccgttaagattagttaattccaa 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||| ||||||||       
T  34233341 ttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggttaattctgc 34233242  T
Q  118 aggaatcacaccggttaacatatttgaggaaagatccaaaaattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgg 217  Q
    |||||||| ||| || | ||||||||| || ||||||||  ||||||||| ||||||||||  ||||||||  |||||| |||| || |||||||||||     
T  34233241 aggaatcataccagtgagcatatttgacgagagatccaacgattccaagtttgtcaagttttgtatggattgaggaataggaccagtgagtctgttatgt 34233142  T
Q  218 gaaaggttaagccct 232  Q
    |||||||||||||||    
T  34233141 gaaaggttaagccct 34233127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 18 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 34241114 - 34240900
Alignment:
Q  18 ttgtaaatgtattgaattgctttccctgcggtattactcccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagaccgttaagattagttaattccaa 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||| ||||||||       
T  34241114 ttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggttaattctgc 34241015  T
Q  118 aggaatcacaccggttaacatatttgaggaaagatccaaaaattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgg 217  Q
    |||||||| ||| || | ||||||||| || ||||||||  ||||||||| ||||||||||  ||||||||  |||||| |||| || |||||||||||     
T  34241014 aggaatcataccagtgagcatatttgacgagagatccaacgattccaagtttgtcaagttttgtatggattgaggaataggaccagtgagtctgttatgt 34240915  T
Q  218 gaaaggttaagccct 232  Q
    |||||||||||||||    
T  34240914 gaaaggttaagccct 34240900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 22 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 41572563 - 41572353
Alignment:
Q  22 aaatgtattgaattgctttccctgcggtattactcccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagaccgttaagattagttaattccaaagga 121  Q
    |||||||||||| || ||||| || |||||| ||||||| ||| | ||||  ||||||| ||| ||| ||| |||||| |||||  |||||||  |||||    
T  41572563 aaatgtattgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttatgagaaagattcaatactccaataccgttcagattgattaattctgaagga 41572464  T
Q  122 atcacaccggttaacatatttgaggaaagatccaaaaattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaa 221  Q
    || ||||| || |  |||||||| |||||||||||  |||||| || || ||||||||||| |||||  |||||| |||| || ||||||||||||||||    
T  41572463 attacaccagtgagtatatttgacgaaagatccaatgattccatgtttgacaagtttcctacggattgaggaataggaccggtgagtctgttatgggaaa 41572364  T
Q  222 ggttaagccct 232  Q
    |||||||||||    
T  41572363 ggttaagccct 41572353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 22 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 41618202 - 41617992
Alignment:
Q  22 aaatgtattgaattgctttccctgcggtattactcccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagaccgttaagattagttaattccaaagga 121  Q
    |||||||||||| || ||||| || |||||| ||||||| ||| | ||||  ||||||| ||| ||| ||| |||||| |||||  |||||||  |||||    
T  41618202 aaatgtattgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttatgagaaagattcaatactccaataccgttcagattgattaattctgaagga 41618103  T
Q  122 atcacaccggttaacatatttgaggaaagatccaaaaattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaa 221  Q
    || ||||| || |  |||||||| |||||||||||  |||||| || || ||||||||||| |||||  |||||| |||| || ||||||||||||||||    
T  41618102 attacaccagtgagtatatttgacgaaagatccaatgattccatgtttgacaagtttcctacggattgaggaataggaccggtgagtctgttatgggaaa 41618003  T
Q  222 ggttaagccct 232  Q
    |||||||||||    
T  41618002 ggttaagccct 41617992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 18 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 41714106 - 41713892
Alignment:
Q  18 ttgtaaatgtattgaattgctttccctgcggtattactcccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagaccgttaagattagttaattccaa 117  Q
    |||||||||||||||| |||||||| || |||||| ||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||  ||  | ||| ||||| |  |     
T  41714106 ttgtaaatgtattgaactgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttattagaaagatccaagacttcaagaaagtccaaattggttaactttac 41714007  T
Q  118 aggaatcacaccggttaacatatttgaggaaagatccaaaaattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgg 217  Q
    |||||||  ||| || | ||||||||| || ||||||||  ||||||||| | |||||||||| |||||||  ||||| ||||| || ||| ||||||      
T  41714006 aggaatccgaccagtgagcatatttgacgagagatccaatgattccaagtttatcaagtttcccatggattggggaatgtgaccagtgagtttgttatat 41713907  T
Q  218 gaaaggttaagccct 232  Q
    |||||||||||||||    
T  41713906 gaaaggttaagccct 41713892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 55 - 232
Target Start/End: Original strand, 42117311 - 42117488
Alignment:
Q  55 tcccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagaccgttaagattagttaattccaaaggaatcacaccggttaacatatttgaggaaagatcc 154  Q
    |||||| ||| | ||||||||||||| |||||||| ||||  ||  | ||| ||||||||   ||| |||| |||||| | ||||||||| || ||||||    
T  42117311 tcccactagatggttattggaaagattcaagacttgaagaaagtctaaattggttaattctgcagggatcataccggtaagcatatttgacgagagatcc 42117410  T
Q  155 aaaaattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccct 232  Q
    ||  ||||||||| || ||||||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  42117411 aatgattccaagtttgacaagtttcccatggatttgggaatatgaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccct 42117488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 18 - 235
Target Start/End: Original strand, 42123022 - 42123239
Alignment:
Q  18 ttgtaaatgtattgaattgctttccctgcggtattactcccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagaccgttaagattagttaattccaa 117  Q
    |||||||||||||||| |||||||| || |||||| ||||||||||| | ||||| |||| ||| ||||||||||||  |   | ||| |||| |||       
T  42123022 ttgtaaatgtattgaactgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttatttgaaatatctaagacttcaagaaagcccaaattggttagttctgc 42123121  T
Q  118 aggaatcacaccggttaacatatttgaggaaagatccaaaaattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgg 217  Q
    |||||||||| | || | ||||||||| || ||||||||  ||||||||| || ||||| ||| || ||||  |||||| ||||  | ||||||||||||    
T  42123122 aggaatcacatcagtgagcatatttgatgagagatccaaccattccaagtttgacaagtatccaattgattggggaataggaccattgagtctgttatgg 42123221  T
Q  218 gaaaggttaagccctatg 235  Q
    ||||||||||||||||||    
T  42123222 gaaaggttaagccctatg 42123239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 18 - 234
Target Start/End: Original strand, 42128416 - 42128632
Alignment:
Q  18 ttgtaaatgtattgaattgctttccctgcggtattactcccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagaccgttaagattagttaattccaa 117  Q
    ||||||||||||||||||||  ||| || |||||| ||||||| ||| | ||||| |||||||| ||||||||||||      | |||  |||||||       
T  42128416 ttgtaaatgtattgaattgcggtccttgaggtatttctcccactagatggttatttgaaagatctaagacttcaagaaaacccaaattgcttaattctgc 42128515  T
Q  118 aggaatcacaccggttaacatatttgaggaaagatccaaaaattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgg 217  Q
    |||||||||| | || | || |||||| || ||||||||  ||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| | ||  | ||| ||||||||    
T  42128516 aggaatcacatcagtgagcacatttgatgagagatccaaccattccaagtttgtcaagtttcccatggattttggaatagggccaatgagtttgttatgg 42128615  T
Q  218 gaaaggttaagccctat 234  Q
    |||||||| || |||||    
T  42128616 gaaaggttgagtcctat 42128632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 52; Significance: 6e-21; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 119 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 11994847 - 11994732
Alignment:
Q  119 ggaatcacaccggttaacatatttgaggaaagatccaaaaattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatggg 218  Q
    ||||||||| | || | ||||||||| || |||||||   ||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| ||||  | |||||||||||||    
T  11994847 ggaatcacatcagtgagcatatttgatgagagatccagccattccaagtttgtcaagtttcccatggatttgggaataggaccaatgagtctgttatggg 11994748  T
Q  219 aaaggttaagccctat 234  Q
    ||||||||||||||||    
T  11994747 aaaggttaagccctat 11994732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 119 - 234
Target Start/End: Original strand, 12248082 - 12248197
Alignment:
Q  119 ggaatcacaccggttaacatatttgaggaaagatccaaaaattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatggg 218  Q
    ||||||||| | || | ||||||||| || |||||||   ||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| ||||  | |||||||||||||    
T  12248082 ggaatcacatcagtgagcatatttgatgagagatccagccattccaagtttgtcaagtttcccatggatttgggaataggaccaatgagtctgttatggg 12248181  T
Q  219 aaaggttaagccctat 234  Q
    ||||||||||||||||    
T  12248182 aaaggttaagccctat 12248197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 177 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 32682311 - 32682256
Alignment:
Q  177 ttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccct 232  Q
    |||| |||||||  ||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||    
T  32682311 ttcccatggattggggaatatgatcggtgagtctgttatgggaaaggttaagccct 32682256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University