View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14958_low_5 (Length: 239)

Name: NF14958_low_5
Description: NF14958
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14958_low_5
NF14958_low_5
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (10-227)||(10639164-10639381)
chr8 (10-227)||(32716230-32716447)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (10-227)||(22903224-22903441)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (10-227)||(26662965-26663182)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (10-227)||(13340826-13341043)
chr7 (10-108)||(13330030-13330128)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (10-227)||(5670359-5670576)
[»] scaffold0697 (1 HSPs)
scaffold0697 (10-161)||(5529-5680)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (38-219)||(34149051-34149232)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (38-94)||(48943430-48943486)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 206; Significance: 1e-113; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 206; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 10 - 227
Target Start/End: Original strand, 10639164 - 10639381
Alignment:
Q  10 cacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagatgacaaaagtagatataga 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10639164 cacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatataga 10639263  T
Q  110 acaaggaagggtgagatagctacacatgtgttaggtgtatgctcaccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgact 209  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10639264 acaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcaccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgact 10639363  T
Q  210 ctagagtccttagtgatg 227  Q
    ||||||||||||| ||||    
T  10639364 ctagagtccttagagatg 10639381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 10 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 32716447 - 32716230
Alignment:
Q  10 cacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagatgacaaaagtagatataga 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  32716447 cacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatataga 32716348  T
Q  110 acaaggaagggtgagatagctacacatgtgttaggtgtatgctcaccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgact 209  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  32716347 acaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcaccagatttacaattcatttatgttttacctggttgggagggatcagctgctgact 32716248  T
Q  210 ctagagtccttagtgatg 227  Q
    ||||||||||||| ||||    
T  32716247 ctagagtccttagagatg 32716230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 206; Significance: 1e-113; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 206; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 10 - 227
Target Start/End: Original strand, 22903224 - 22903441
Alignment:
Q  10 cacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagatgacaaaagtagatataga 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  22903224 cacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatataga 22903323  T
Q  110 acaaggaagggtgagatagctacacatgtgttaggtgtatgctcaccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgact 209  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22903324 acaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcaccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgact 22903423  T
Q  210 ctagagtccttagtgatg 227  Q
    ||||||||||||| ||||    
T  22903424 ctagagtccttagagatg 22903441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 10 - 227
Target Start/End: Original strand, 26662965 - 26663182
Alignment:
Q  10 cacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagatgacaaaagtagatataga 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  26662965 cacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgctggaagctgacaaaagtagatataga 26663064  T
Q  110 acaaggaagggtgagatagctacacatgtgttaggtgtatgctcaccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgact 209  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26663065 acaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcaccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgact 26663164  T
Q  210 ctagagtccttagtgatg 227  Q
    ||||||||||||| ||||    
T  26663165 ctagagtccttagagatg 26663182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 10 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 13341043 - 13340826
Alignment:
Q  10 cacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagatgacaaaagtagatataga 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||     
T  13341043 cacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacctacatcaaggtcaatgtgcctgaagctgacaaaagtagatatagg 13340944  T
Q  110 acaaggaagggtgagatagctacacatgtgttaggtgtatgctcaccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgact 209  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13340943 acaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcgccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgact 13340844  T
Q  210 ctagagtccttagtgatg 227  Q
    ||||||||||||| ||||    
T  13340843 ctagagtccttagagatg 13340826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 10 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 13330128 - 13330030
Alignment:
Q  10 cacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagatgacaaaagtagatatag 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  13330128 cacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacctacatcaaggtcaatgtgcctgaagctgacaaaagtagatatag 13330030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 182; Significance: 2e-98; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 10 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 5670576 - 5670359
Alignment:
Q  10 cacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagatgacaaaagtagatataga 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||     
T  5670576 cacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacctacatcaaggtcaatgtgcctgaagctgacaaaagtagatatagg 5670477  T
Q  110 acaaggaagggtgagatagctacacatgtgttaggtgtatgctcaccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgact 209  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5670476 acaaggaagggtgagatagctacaaatatgttaggtatatgctcgccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgact 5670377  T
Q  210 ctagagtccttagtgatg 227  Q
    ||||||||||||| ||||    
T  5670376 ctagagtccttagagatg 5670359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0697 (Bit Score: 132; Significance: 1e-68; HSPs: 1)
Name: scaffold0697
Description:

Target: scaffold0697; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 10 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 5680 - 5529
Alignment:
Q  10 cacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagatgacaaaagtagatataga 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  5680 cacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcattgtgccagaagctgacaaaagtagatataga 5581  T
Q  110 acaaggaagggtgagatagctacacatgtgttaggtgtatgctcaccagatt 161  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  5580 acaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcactagatt 5529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 114; Significance: 6e-58; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 38 - 219
Target Start/End: Original strand, 34149051 - 34149232
Alignment:
Q  38 aattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagatgacaaaagtagatatagaacaaggaagggtgagatagctacacatg 137  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||| ||| | |    
T  34149051 aattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgcccgaagctgacaaaactagattcagaacaaggaagggtgagatagcaacaaacg 34149150  T
Q  138 tgttaggtgtatgctcaccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgactctagagtcct 219  Q
    |||| |||||||||||||||||| | ||||| |||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||||||    
T  34149151 tgttgggtgtatgctcaccagatatgcaatttatatatgtgttgcctgggtgggaaggttcagctgctgattctagagtcct 34149232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 49; Significance: 4e-19; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 38 - 94
Target Start/End: Complemental strand, 48943486 - 48943430
Alignment:
Q  38 aattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagatgac 94  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  48943486 aattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgcccgaagctgac 48943430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University