View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14961_low_6 (Length: 471)

Name: NF14961_low_6
Description: NF14961
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14961_low_6
NF14961_low_6
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (19-464)||(48592071-48592516)
chr1 (19-464)||(48601766-48602211)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (19-464)||(23231816-23232261)
chr4 (19-460)||(23224483-23224924)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 434; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 434; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 48592516 - 48592071
Alignment:
Q  19 caatactcaacatcatccgtgatattatgttgttggaaagctttatcaaagcttgtgtgaggttcacactttcttccaccttagacttatttgccaaagt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  48592516 caatactcaacatcatccgtgatattatgttgttggaaagctttatcaaagcttgtgtgaggttcacactttcttctgccttagacttatttgccaaagt 48592417  T
Q  119 ttgaatgaattcatggagttcttgggttcgaatcggtagaaattgtgccatggttcgattacccaagagctcagtggtgctgagctttttaataaatttc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48592416 ttgaatgaattcatggagttcttgggttcgaatcggtagaaattgtgccatggttcgattacccaagagctcagtggtgctgagctttttaataaatttc 48592317  T
Q  219 caataagtcccataaggagcgaaagcaaaagttgcatcatcataggcaactacgttgatggctatgctcattttacggtgagaataagtgagctcatgtg 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48592316 caataagtcccataaggagcgaaagcaaaagttgcatcatcataggcaactacgttgatggctatgctcattttacggtgagaataagtgagctcatgtg 48592217  T
Q  319 tcttgagaaactctttggcgagtgatggagtgttaacaatgataaattgagaggagccaagtcgaagggatattaaagggccatattgatcggagaggtg 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48592216 tcttgagaaactctttggcgagtgatggagtgttaacaatgataaattgagaggagccaagtcgaagggatattaaagggccatattgatcggagaggtg 48592117  T
Q  419 gcgaaaggcctgatgaatgagtggtttgaggagatgatgatgtcca 464  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  48592116 gcgaaaggcctgatgaatgagtggtttgaggagatgaagatgtcca 48592071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 434; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 48602211 - 48601766
Alignment:
Q  19 caatactcaacatcatccgtgatattatgttgttggaaagctttatcaaagcttgtgtgaggttcacactttcttccaccttagacttatttgccaaagt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  48602211 caatactcaacatcatccgtgatattatgttgttggaaagctttatcaaagcttgtgtgaggttcacactttcttctgccttagacttatttgccaaagt 48602112  T
Q  119 ttgaatgaattcatggagttcttgggttcgaatcggtagaaattgtgccatggttcgattacccaagagctcagtggtgctgagctttttaataaatttc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48602111 ttgaatgaattcatggagttcttgggttcgaatcggtagaaattgtgccatggttcgattacccaagagctcagtggtgctgagctttttaataaatttc 48602012  T
Q  219 caataagtcccataaggagcgaaagcaaaagttgcatcatcataggcaactacgttgatggctatgctcattttacggtgagaataagtgagctcatgtg 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48602011 caataagtcccataaggagcgaaagcaaaagttgcatcatcataggcaactacgttgatggctatgctcattttacggtgagaataagtgagctcatgtg 48601912  T
Q  319 tcttgagaaactctttggcgagtgatggagtgttaacaatgataaattgagaggagccaagtcgaagggatattaaagggccatattgatcggagaggtg 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48601911 tcttgagaaactctttggcgagtgatggagtgttaacaatgataaattgagaggagccaagtcgaagggatattaaagggccatattgatcggagaggtg 48601812  T
Q  419 gcgaaaggcctgatgaatgagtggtttgaggagatgatgatgtcca 464  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  48601811 gcgaaaggcctgatgaatgagtggtttgaggagatgaagatgtcca 48601766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 322; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 464
Target Start/End: Original strand, 23231816 - 23232261
Alignment:
Q  19 caatactcaacatcatccgtgatattatgttgttggaaagctttatcaaagcttgtgtgaggttcacactttcttccaccttagacttatttgccaaagt 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    ||||||| ||||||| ||| ||    
T  23231816 caatactcaacatcatccgtgatattatgttgttggaaagctttatcaaagcttgtgtgaggttcaaactttctctggccttagatttatttgtcaatgt 23231915  T
Q  119 ttgaatgaattcatggagttcttgggttcgaatcggtagaaattgtgccatggttcgattacccaagagctcagtggtgctgagctttttaataaatttc 218  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||  | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23231916 ttgaatgaattcatcgagttcttgggttcgaatcggtaggaattgcccaatggttcggttacccaagagctcagtggtgctgagctttttaataaatttc 23232015  T
Q  219 caataagtcccataaggagcgaaagcaaaagttgcatcatcataggcaactacgttgatggctatgctcattttacggtgagaataagtgagctcatgtg 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23232016 caataagtcccataaggagcgaaagcaaaagttgcatcatcataggcaactacgttgatggctatgctcattttacggtgagaataagtgagctcatgtg 23232115  T
Q  319 tcttgagaaactctttggcgagtgatggagtgttaacaatgataaattgagaggagccaagtcgaagggatattaaagggccatattgatcggagaggtg 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||  |||||||||||||||||||| | ||| |||||| | || |||||||     
T  23232116 tcttgagaaactctttggcgagtgatggagtgttaacaactataaatcgagcagagccaagtcgaagggatataagaggtccatatcgctcagagaggtc 23232215  T
Q  419 gcgaaaggcctgatgaatgagtggtttgaggagatgatgatgtcca 464  Q
    ||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||    
T  23232216 gcggaaggcatgatgaataagtggtttaaggagatgaagatgtcca 23232261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 158; E-Value: 7e-84
Query Start/End: Original strand, 19 - 460
Target Start/End: Original strand, 23224483 - 23224924
Alignment:
Q  19 caatactcaacatcatccgtgatattatgttgttggaaagctttatcaaagcttgtgtgaggttcacactttcttccaccttagacttatttgccaaagt 118  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| || |||||| |||||||    
T  23224483 caatgctcaacatcatccgtgatattatgttgttggaaagcttcaacaaagcttgagtgaggttcacgctttcttcaaccttggatttattttccaaagt 23224582  T
Q  119 ttgaatgaattcatggagttcttgggttcgaatcggtagaaattgtgccatggttcgattacccaagagctcagtggtgctgagctttttaataaatttc 218  Q
    ||||||||| || | ||||||| | |||||||| ||||  |||||| | || || || || || |||||||||  ||| || |||||||| || ||||||    
T  23224583 ttgaatgaactcgttgagttctcgagttcgaattggtaagaattgtccaatagtccggttgcctaagagctcaaaggtactaagctttttgatgaatttc 23224682  T
Q  219 caataagtcccataaggagcgaaagcaaaagttgcatcatcataggcaactacgttgatggctatgctcattttacggtgagaataagtgagctcatgtg 318  Q
    ||||| | ||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||| |||||  ||||||||| ||| |||||||||||  |||||||   ||||| | ||    
T  23224683 caatatgccccataaggggcaaaagcaaaagtagcatcatcgtagacaactgtgttgatggcaatgttcattttacgggaagaataaacaagctcgtttg 23224782  T
Q  319 tcttgagaaactctttggcgagtgatggagtgttaacaatgataaattgagaggagccaagtcgaagggatattaaagggccatattgatcggagaggtg 418  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||| |   |||||| ||||||| ||   || ||||||||||||||||| |  || |||||| |||| |||||||     
T  23224783 ttttgagaaactcttttgcgagtgatggggaactaacaacgataaatggaacagaaccaagtcgaagggatataaggggtccatatcgatcagagaggtc 23224882  T
Q  419 gcgaaaggcctgatgaatgagtggtttgaggagatgatgatg 460  Q
    ||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||| ||||    
T  23224883 gcgaaaggcttgatgaacgaggggtttgaggagatgaagatg 23224924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University