View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14965_low_3 (Length: 533)

Name: NF14965_low_3
Description: NF14965
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14965_low_3
NF14965_low_3
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (16-515)||(45082075-45082574)
chr1 (15-515)||(45077779-45078279)
chr1 (16-477)||(45074584-45075048)
chr1 (15-495)||(45067008-45067489)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (16-486)||(34504344-34504823)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (338-515)||(12697952-12698128)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (20-138)||(17584404-17584522)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 456; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 456; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 45082574 - 45082075
Alignment:
Q  16 acagaatcagctgttaggatcaaatctgccgtcggtagaggtgcttttgtgaaggacatttttgtcaaaggaatggatttgaatacattgaaatatgtgt 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45082574 acagaatcagctgttaggatcaaatctgccgtcggtagaggtgcttttgtgaaggacatttttgtcaaaggaatggatttgaatacattgaaatatgtgt 45082475  T
Q  116 tttggatgacaggttcttatggagatcatcctgataagggatttgatccaaacgcattgcctaaaattagtggaataaattatagagatgtcaccgctaa 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45082474 tttggatgacaggttcttatggagatcatcctgataacggatttgatccaaacgcattgcctaaaattagtggaataaattatagagatgtcaccgctaa 45082375  T
Q  216 gaatgtgactattgcaggcaaacttgaaggaatttcgaacgacccttttactggaatatgtgtttctaatgtgactattgaaatgagtgcacataagaag 315  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45082374 gaatgtgactattgcgggcaaagttgaaggaatttctaacgacccttttactggaatatgtgtttctaatgtgactattgaaatgagtgcacataagaag 45082275  T
Q  316 aaacttccatggaattgtactgatgtttctggagttacaagtaatgtggttcctaaaccatgtgaactgctgaaagagaaggaaattgaatgtccttttc 415  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45082274 aaacttccatggaattgcactgatatttctggagttacaagtaatgtggttcctaaaccatgtgaactgctgaaagagaaggaaattgaatgtccttttc 45082175  T
Q  416 caacagataaactacccattgaaaatgttcagttcaagacttgcaacttccaaagtagtgtcttctgataatgtggatgtaaaatttgacctttaatgct 515  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||    
T  45082174 caagagataaactacccattgaaaatgttcaattcaagacttgcaacttccaaagtagtgtcttctgataatgtggatgtaaaaattgaaatttaatgct 45082075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 409; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 45078279 - 45077779
Alignment:
Q  15 cacagaatcagctgttaggatcaaatctgccgtcggtagaggtgcttttgtgaaggacatttttgtcaaaggaatggatttgaatacattgaaatatgtg 114  Q
    ||||||||| ||| |||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  45078279 cacagaatccgctattagaataaaatctgctgtcggtagaggtgcttttgtgaaggacattttcgtcaaaggaatggatttgaatacaatgaaatatgtg 45078180  T
Q  115 ttttggatgacaggttcttatggagatcatcctgataagggatttgatccaaacgcattgcctaaaattagtggaataaattatagagatgtcaccgcta 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45078179 ttttggatgacaggttcttatggagatcatcctgataacggatttgatccaaacgcattgcctaaaattagtggaataaattatagagatgtcaccgcta 45078080  T
Q  215 agaatgtgactattgcaggcaaacttgaaggaatttcgaacgacccttttactggaatatgtgtttctaatgtgactattgaaatgagtgcacataagaa 314  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45078079 agaatgtgactattgcgggcaaacttgaaggaatttctaacgacccttttactggaatatgtgtttctaatgtgactattgaaatgagtgcacataagaa 45077980  T
Q  315 gaaacttccatggaattgtactgatgtttctggagttacaagtaatgtggttcctaaaccatgtgaactgctgaaagagaaggaaattgaatgtcctttt 414  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  45077979 gaaacttccatggaattgcactgatatttctggagttacaagtaatgtggttcctaaaccatgtgaattgctgcaagagaaggaaattgaatgtcctttt 45077880  T
Q  415 ccaacagataaactacccattgaaaatgttcagttcaagacttgcaacttccaaagtagtgtcttctgataatgtggatgtaaaatttgacctttaatgc 514  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |  ||||||||    
T  45077879 ccaacagataaactagccatcgaaaatgttcaattcaagacttgtaacttccaaagtagtgtcttctgataacatggatgtaaaattttaattttaatgc 45077780  T
Q  515 t 515  Q
    |    
T  45077779 t 45077779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 16 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 45075048 - 45074584
Alignment:
Q  16 acagaatcagctgttaggatcaaatctgccgtcggtagaggtgcttttgtgaaggacatttttgtcaaaggaatggatttgaatacattgaaatatgtgt 115  Q
    |||||||| |||||||| |||||| | ||| |||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||| |    
T  45075048 acagaatcggctgttagaatcaaaacagccatcggtagaggcgcatatgtgaaggacatttttgtcaaaggaatgaatttggacacaatgaaatatgttt 45074949  T
Q  116 tttggatgacaggttcttatggagatcatcctgataagggatttgatccaaacgcattgcctaaaattagtggaataaattatagagatgtcaccgctaa 215  Q
    ||||||||||||| ||||||      || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || || ||    
T  45074948 tttggatgacagggtcttataagtcacaccctgataatggatttgatccaaacgcattgcctaaaattagtgaaataaattatagagatgttactgccaa 45074849  T
Q  216 gaatgtgactattgcaggcaaacttgaaggaatttcgaacgacccttttactggaatatgtgtttctaatgtgactattgaaatgagtgcacataagaag 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  45074848 gaatgtgactattgcaggcaaacttgatggaatttctaatgacccttttactggaatttgtgtttctaatgcgactattgaaatgagtgcacataagaag 45074749  T
Q  316 aaacttccatggaattgtactgatgtttctggagttacaagtaatgtggttcctaaaccatgtgaactgctgaaagagaaggaaa---ttgaatgtcctt 412  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||| |||||| |||||  |||||| ||||   ||||||||||||    
T  45074748 aaacttccatggaattgcactgatgtttctggagttacaagtaatgtgagtcctacaccctgtgaattgctggcagagaaagaaaaatttgaatgtcctt 45074649  T
Q  413 ttccaacagataaactacccattgaaaatgttcagttcaagacttgcaacttccaaagtagtgtc 477  Q
    ||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  45074648 ttccaactgataaacttaccattgaaaatgttcagttcaagacttgtaacttcaaaagtagtgtc 45074584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 15 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 45067489 - 45067008
Alignment:
Q  15 cacagaatcagctgttaggatcaaatctgccgtcggtagaggtgcttttgtgaaggacatttttgtcaaaggaatggatttgaatacattgaaatatgtg 114  Q
    |||||||||||||||||| |||||| | ||||| |||||||| || | ||||||||| || || |||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||     
T  45067489 cacagaatcagctgttagaatcaaaacagccgttggtagaggcgcatatgtgaaggatatattcgtcaaaggaatgaatttgaacacaatgaaatatgtt 45067390  T
Q  115 ttttggatgacaggttcttatggagatcatcctgataagggatttgatccaaacgcattgcctaaaattagtggaataaattatagagatgtcaccgcta 214  Q
    ||||||||||||||  |||||      ||  |||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |  ||||    
T  45067389 ttttggatgacaggggcttataagtcacacgctgaaaatggatttgatccaaaagcattgcctaaaattagtggaataaactatagagatattattgcta 45067290  T
Q  215 agaatgtgactattgcaggcaaacttgaaggaatttcgaacgacccttttactggaatatgtgtttctaatgtgactattgaaatgagtgcacataagaa 314  Q
    |||||||||| ||||||||  ||||||| |||||||| || |||||||| || || |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  45067289 agaatgtgacaattgcaggacaacttgacggaatttctaatgaccctttcacagggatatgcatttctaatgtgactattgaaatgagtgcacagaagaa 45067190  T
Q  315 gaaacttccatggaattgtactgatgtttctggagttacaagtaatgtggttcctaaaccatgtgaactgctgaaagagaaggaaattgaatgtcctttt 414  Q
     || |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  |||||  ||||||| |||| ||||||||||||    
T  45067189 taatcttccatggaattgcactgatgtttctggagttgcaagtaatgcggttcctaaaccatgtgatatgctgccagagaagaaaatcgaatgtcctttt 45067090  T
Q  415 ccaacagataaactacccattgaaaatgttcagttcaagacttgcaacttccaaag-tagtgtcttctgataatgtggatgt 495  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||| ||||||| |||||||    
T  45067089 ccaacagataaactacccattgaaaatgttcagttcaagacttgtaactttcaaagttaatgtcttatgataatatggatgt 45067008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 211; Significance: 1e-115; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 16 - 486
Target Start/End: Complemental strand, 34504823 - 34504344
Alignment:
Q  16 acagaatcagctgttaggatcaaatctgccgtcggtagaggtgcttttgtgaaggacatttttgtcaaaggaatggatttgaataca---ttgaaatatg 112  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |  | ||||||||||||||||||||||||| || | ||||| |||   |||| |||||    
T  34504823 acagaatcagctgttagaatcaaatcagccgtcggtagaggcggatatgtgaaggacatttttgtcaaaggagtgaaattgaacacaatattgagatatg 34504724  T
Q  113 tgttttggatgacaggttcttatggagatcatcctgataagggatttgatccaaacgcattgcctaaaattagtggaataaattatagagatgtcaccgc 212  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| | || ||||||||| |  ||    
T  34504723 tgttttggttgacagggtcttatggagaccaccctgataatggatttgatccaaaagcattgcctaaaattactggaattatttttagagatgttattgc 34504624  T
Q  213 taagaatgtgactattgcaggcaaacttgaaggaatttcgaacgacccttttactggaatatgtgtttctaatgtgactattgaaatgagtgcac----- 307  Q
    ||||||||||||  |||| ||  |||||||||||||||| || || |||||||| || |||||| |||||||||||||||||||| | || |  |         
T  34504623 taagaatgtgaccgttgcggggcaacttgaaggaatttctaatgatccttttacagggatatgtatttctaatgtgactattgaattaagcgagcttaag 34504524  T
Q  308 -ataagaagaaacttccatggaattgtactgatgtttctggagttacaagtaatgtggttcctaaaccatgtgaactgctgaaagagaaggaaattgaat 406  Q
     | ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||| |||||||||    
T  34504523 aagaagaagaaacttccatggaattgcacagatgtttctggagttacaagtaatgtggttcctaaaccatgtgatctgctgtcagagaagaaaattgaat 34504424  T
Q  407 gtccttttccaacagataaactacccattgaaaatgttcagttcaagacttgcaacttccaaagtagtgtcttctgataa 486  Q
    |||| ||||||||||||||| |  | |||||| ||||||||||||||||||| ||| |  |||||||||| |||||||||    
T  34504423 gtccctttccaacagataaattggctattgaagatgttcagttcaagacttgtaacattaaaagtagtgtgttctgataa 34504344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 106; Significance: 8e-53; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 338 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 12698128 - 12697952
Alignment:
Q  338 atgtttctggagttacaagtaatgtggttcctaaaccatgtgaactgctgaaagagaaggaaattgaatgtccttttccaacagataaactacccattga 437  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||  || ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  12698128 atgtttctggagttacaagtaacgtggttcctaaaccatgtgaattgctgctagcgaagggaattgaatgtccttttccaacagttaaactacccattga 12698029  T
Q  438 aaatgttcagttcaagacttgcaacttccaaagtagtgtcttctgataatgtggatgtaaaatttgacctttaatgct 515  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  |||  |||||||| || |||| ||||||||||    
T  12698028 aaatgttctgttcaagacttgtaactttcaaagtagtgtcttctattaacatggatgtataa-ttgaactttaatgct 12697952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000003; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 20 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 17584522 - 17584404
Alignment:
Q  20 aatcagctgttaggatcaaatctgccgtcggtagaggtgcttttgtgaaggacatttttgtcaaaggaatggatttgaatacattgaaatatgtgttttg 119  Q
    |||||||| |||| |||||| |||| || |||||||| || | |||||| |  || ||||| | ||||||| | ||||| ||| ||||||||||||||||    
T  17584522 aatcagctattagaatcaaaactgcagttggtagaggagcatatgtgaaaggtatatttgttagaggaatgaaattgaaaacaatgaaatatgtgttttg 17584423  T
Q  120 gatgacaggttcttatgga 138  Q
    |||||||||||| ||||||    
T  17584422 gatgacaggttcatatgga 17584404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University