View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14967_low_5 (Length: 512)

Name: NF14967_low_5
Description: NF14967
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14967_low_5
NF14967_low_5
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (2-495)||(16236551-16237044)
chr2 (2-495)||(32714308-32714801)
chr2 (321-459)||(158745-158883)
chr2 (267-429)||(158887-159049)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (2-495)||(28575400-28575893)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (2-428)||(20633592-20634018)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (2-423)||(38836086-38836496)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (44-398)||(18568090-18568443)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (97-336)||(5698895-5699134)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 466; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 466; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 16237044 - 16236551
Alignment:
Q  2 gtttccttgtttctccaattccatatagcgtgacaagcagtggcccaaaagtctctccattccacattatgattccaatagacattagtaaacaaattaa 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16237044 gtttccttgtttctccaattccatatagcgtgacaagcagtggcccaaaagtctctccactccacattgtgattccaatagacattagtaaacaaattaa 16236945  T
Q  102 atttaatccaattagataaatcaccttcaaagaaacttgttcttgcagcattgtccactacacacaaccaaagtgccgtggcttttggacagtccctcaa 201  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16236944 aattaatccaattagataaatcaccttcaaagaaacttgttcttgcagcattgtccactacacacaaccaaagtgccgtggcttttggacagtccctcaa 16236845  T
Q  202 aacatgaatttcagactcaatctcatcatgacagaacctacacataggattaccaatccccatcttatgcttcctcaaatttgttaacaatcttccatgg 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16236844 aacatgaatttcagactcaatctcatcatgacagaacctacacataggattaccaatccccatcttatgcttcctcaaatttgttaacaatcttccatgg 16236745  T
Q  302 tagagcatccacataaaatgttttatacgttcaggtgcactaatcttccacaactttaaccaaatctcatcttgtgcatcattgtcaaaatttgacagca 401  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  16236744 tagagcatccacataaaatgctttatacgttcaggtgctctaatcttccacaactttaaccaaatctcatcttgtgcatcattgtcaaattttgacagca 16236645  T
Q  402 tatgataagctgatgcaattgtgaatttcccattagaagaacccgaccacatttgcttgtcatttccatcattctcatccggcaccgcaatggt 495  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16236644 tatgataagctgatgcaattgtgaattttccattagaagaacccgaccacatttgcttgtcatttccatcattctcatccggcaccgcaatggt 16236551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 466; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 495
Target Start/End: Original strand, 32714308 - 32714801
Alignment:
Q  2 gtttccttgtttctccaattccatatagcgtgacaagcagtggcccaaaagtctctccattccacattatgattccaatagacattagtaaacaaattaa 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32714308 gtttccttgtttctccaattccatatagcgtgacaagcagtggcccaaaagtctctccactccacattgtgattccaatagacattagtaaacaaattaa 32714407  T
Q  102 atttaatccaattagataaatcaccttcaaagaaacttgttcttgcagcattgtccactacacacaaccaaagtgccgtggcttttggacagtccctcaa 201  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32714408 aattaatccaattagataaatcaccttcaaagaaacttgttcttgcagcattgtccactacacacaaccaaagtgccgtggcttttggacagtccctcaa 32714507  T
Q  202 aacatgaatttcagactcaatctcatcatgacagaacctacacataggattaccaatccccatcttatgcttcctcaaatttgttaacaatcttccatgg 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32714508 aacatgaatttcagactcaatctcatcatgacagaacctacacataggattaccaatccccatcttatgcttcctcaaatttgttaacaatcttccatgg 32714607  T
Q  302 tagagcatccacataaaatgttttatacgttcaggtgcactaatcttccacaactttaaccaaatctcatcttgtgcatcattgtcaaaatttgacagca 401  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  32714608 tagagcatccacataaaatgctttatacgttcaggtgctctaatcttccacaactttaaccaaatctcatcttgtgcatcattgtcaaattttgacagca 32714707  T
Q  402 tatgataagctgatgcaattgtgaatttcccattagaagaacccgaccacatttgcttgtcatttccatcattctcatccggcaccgcaatggt 495  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32714708 tatgataagctgatgcaattgtgaattttccattagaagaacccgaccacatttgcttgtcatttccatcattctcatccggcaccgcaatggt 32714801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 321 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 158883 - 158745
Alignment:
Q  321 gttttatacgttcaggtgcactaatcttccacaactttaaccaaatctcatcttgtgcatcattgtcaaaatttgacagcatatgataagctgatgcaat 420  Q
    |||| ||||||| ||| || ||| ||||||| ||||| ||||||||| |||||||  || |||| ||||| ||||||| || || ||||  ||| |||||    
T  158883 gtttaatacgttgaggagctctactcttccagaacttcaaccaaatcgcatcttgaacaacattatcaaagtttgacatcacattataaattgaagcaat 158784  T
Q  421 tgtgaatttcccattagaagaacccgaccacatttgctt 459  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  158783 tgtgaattttccattagtagaacccgaccacatttgctt 158745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 267 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 159049 - 158887
Alignment:
Q  267 tatgcttcctcaaatttgttaacaatcttccatggtagagcatccacataaaatgttttatacgttcaggtgcactaatcttccacaactttaaccaaat 366  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||  |||| ||||| ||| |||||||| ||||||| ||| || ||| ||||||| | ||| ||||||||    
T  159049 tatgcttcctcgaatttgttaacaatctttcataatagaacatccccatgaaatgtttaatacgttgaggagctctactcttccagagcttcaaccaaat 158950  T
Q  367 ctcatcttgtgcatcattgtcaaaatttgacagcatatgataagctgatgcaattgtgaattt 429  Q
    | |||||||   | |||| ||||| ||||||| || || ||||| ||| ||||||||||||||    
T  158949 cacatcttgaagaacattatcaaagtttgacatcacattataagttgaagcaattgtgaattt 158887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 462; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 462; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 495
Target Start/End: Original strand, 28575400 - 28575893
Alignment:
Q  2 gtttccttgtttctccaattccatatagcgtgacaagcagtggcccaaaagtctctccattccacattatgattccaatagacattagtaaacaaattaa 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28575400 gtttccttgtttctccaattccatatagcgtgacaagcagtggcccaaaagtctctccactccacattgtgattccaatagacattagtaaacaaattaa 28575499  T
Q  102 atttaatccaattagataaatcaccttcaaagaaacttgttcttgcagcattgtccactacacacaaccaaagtgccgtggcttttggacagtccctcaa 201  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28575500 aattaatccaattagataaatcaccttcaaagaaacttgttcttgcagcattgtccactacacacaaccaaagtgccgtggcttttggacagtccctcaa 28575599  T
Q  202 aacatgaatttcagactcaatctcatcatgacagaacctacacataggattaccaatccccatcttatgcttcctcaaatttgttaacaatcttccatgg 301  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28575600 aacatgaatttcagcctcaatctcatcatgacagaacctacacataggattaccaatccccatcttatgcttcctcaaatttgttaacaatcttccatgg 28575699  T
Q  302 tagagcatccacataaaatgttttatacgttcaggtgcactaatcttccacaactttaaccaaatctcatcttgtgcatcattgtcaaaatttgacagca 401  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  28575700 tagagcatccacataaaatgctttatacgttcaggtgctctaatcttccacaactttaaccaaatctcatcttgtgcatcattgtcaaattttgacagca 28575799  T
Q  402 tatgataagctgatgcaattgtgaatttcccattagaagaacccgaccacatttgcttgtcatttccatcattctcatccggcaccgcaatggt 495  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28575800 tatgataagctgatgcaattgtgaattttccattagaagaacccgaccacatttgcttgtcatttccatcattctcatccggcaccgcaatggt 28575893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 395; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 395; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 428
Target Start/End: Original strand, 20633592 - 20634018
Alignment:
Q  2 gtttccttgtttctccaattccatatagcgtgacaagcagtggcccaaaagtctctccattccacattatgattccaatagacattagtaaacaaattaa 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  20633592 gtttccttgtttctccaattccatatagtgtgacaagcagtggcccaaaagtctctccactccacattattattccaatagacattagtaaacaaattaa 20633691  T
Q  102 atttaatccaattagataaatcaccttcaaagaaacttgttcttgcagcattgtccactacacacaaccaaagtgccgtggcttttggacagtccctcaa 201  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20633692 atttaatccaactagataaatcaccttcaaagaaacttgttcttgcagcattgtccactacacacaaccaaagtgccgtggcttttggacagtccctcaa 20633791  T
Q  202 aacatgaatttcagactcaatctcatcatgacagaacctacacataggattaccaatccccatcttatgcttcctcaaatttgttaacaatcttccatgg 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  20633792 aacatgaatttcagactcaatctcatcatgacagaacctacacataggattaccaatccccatcttatgcttcctcaaatttgttgacaatcttccatgg 20633891  T
Q  302 tagagcatccacataaaatgttttatacgttcaggtgcactaatcttccacaactttaaccaaatctcatcttgtgcatcattgtcaaaatttgacagca 401  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20633892 tagagcatcgacataaaatgttttatacgttcaggtgctctaatattccacaactttaaccaaatctcatcttgtgcatcattgtcaaaatttgacagca 20633991  T
Q  402 tatgataagctgatgcaattgtgaatt 428  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  20633992 tatgataagctgatgcaattgtgaatt 20634018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 340; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 340; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 423
Target Start/End: Original strand, 38836086 - 38836496
Alignment:
Q  2 gtttccttgtttctccaattccatatagcgtgacaagcagtggcccaaaagtctctccattccacattatgattccaatagacattagtaaacaaattaa 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38836086 gtttccttgtttctccaattccatatagcgtgacaagcggtggcccaaaagtctctccactccacattatgattccaatagacattagtaaacaaattaa 38836185  T
Q  102 atttaatccaattagataaatcaccttcaaagaaacttgttcttgcagcattgtccactacacacaaccaaagtgccgtggcttttggacagtccctcaa 201  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38836186 atataatccaactagataaatcaccttcaaagaaacttgttcttgcagcattgtccactgcacacaatcaaagtgccgtggcttttggacagtccctcaa 38836285  T
Q  202 aacatgaatttcagactcaatctcatcatgacagaacctacacataggattaccaatccccatcttatgcttcctcaaatttgttaacaatcttccatgg 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38836286 aacatgaatttcagactcaatctcatcatgacagaacctacacataggattaccaatccccatcttatgcttcctcaaatttgttaacaatcttccatgg 38836385  T
Q  302 tagagcatccacataaaatgttttatacgttcaggtgcactaatcttccacaactttaaccaaatctcatcttgtgcatcattgtcaaaatttgacagca 401  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||           || |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  38836386 tagagcattcacataaaatgttttatacg-----------tattcttccacaactttaatcaaatctcatcttgtgcagcattgtcaaaatttgacagta 38836474  T
Q  402 tatgataagctgatgcaattgt 423  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  38836475 tatgataagctgatgcaattgt 38836496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 212; Significance: 1e-116; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 44 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 18568443 - 18568090
Alignment:
Q  44 gcccaaaagtctctccattccacattatgattccaa-tagacattagtaaacaaattaaatttaatccaattagataaatcaccttcaaagaaacttgtt 142  Q
    |||||||||| |||||| || ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||| |||||||||    
T  18568443 gcccaaaagtttctccactctacattatgattcctagtagacattagtaaacaaattaaatttaatccaatgcgataaaccaccttcaaa-aaacttgtt 18568345  T
Q  143 cttgcagcattgtccactacacacaaccaaagtgccgtggcttttggacagtccctcaaaacatgaatttcagactcaatctcatcatgacagaacctac 242  Q
    |||||||||  |||||||||||||||| ||| |||| | |||||| ||||||||||||  |||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  18568344 cttgcagcaaagtccactacacacaacgaaattgccatcgcttttagacagtccctcagtacataaatttcagactcaatctgatcatgacaaaacctac 18568245  T
Q  243 acataggattaccaatccccatcttatgcttcctcaaatttgttaacaatcttccatggtagagcatccacataaaatgttttatacgttcaggtgcact 342  Q
    ||||  |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  18568244 acatttgattaccaatccacatcttatgcttcctcaa-tttgttaacaatcttccatgatagagcttccacataaaatgttttatacgttcaggtactct 18568146  T
Q  343 aatcttccacaactttaaccaaatctcatcttgtgcatcattgtcaaaatttgaca 398  Q
    || |||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  18568145 aaacttccacaactttaactaagtctcatcttgtgcaacattgtcaaaatttgaca 18568090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 64; Significance: 9e-28; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 97 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 5699134 - 5698895
Alignment:
Q  97 attaaatttaatccaattagataaatcaccttcaaagaaacttgttcttgcagcattgtccactacacacaaccaaagtgccgtggcttttggacagtcc 196  Q
    |||||| || ||||||| ||||| ||||||||||||||||  ||  ||| ||| | | || ||||| | || ||| || |||   ||||||||||| ||     
T  5699134 attaaaattgatccaatgagatagatcaccttcaaagaaagctgcccttccagtagtatctactaccctcatccagagagccaaagcttttggacaatct 5699035  T
Q  197 ctcaaaacatgaatttcagactcaatctcatcatgacagaacctacacataggattaccaatccccatcttatgcttcctcaaatttgttaacaatcttc 296  Q
    || ||||||||||| |||||||||||| |||||||||| || |||||||| ||| | |||||||||||||||  | ||||||||| ||||| ||||||||    
T  5699034 cttaaaacatgaatctcagactcaatcacatcatgacaaaaactacacattggacttccaatccccatcttactcctcctcaaatatgttagcaatcttc 5698935  T
Q  297 catggtagagcatccacataaaatgttttatacgttcagg 336  Q
    |||| || |  ||||||||||||  ||| | |||||||||    
T  5698934 catgatatataatccacataaaaaatttaacacgttcagg 5698895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University