View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14967_low_8 (Length: 478)

Name: NF14967_low_8
Description: NF14967
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14967_low_8
NF14967_low_8
[»] chr5 (18 HSPs)
chr5 (28-459)||(30060076-30060507)
chr5 (29-459)||(30749351-30749781)
chr5 (22-453)||(30399778-30400206)
chr5 (22-459)||(30677136-30677570)
chr5 (31-459)||(30242340-30242765)
chr5 (31-459)||(30206235-30206660)
chr5 (28-459)||(30435529-30435954)
chr5 (28-459)||(29871893-29872312)
chr5 (28-459)||(30713393-30713818)
chr5 (28-201)||(30338748-30338921)
chr5 (31-201)||(29853021-29853191)
chr5 (28-201)||(30483111-30483284)
chr5 (302-459)||(30338490-30338647)
chr5 (309-459)||(29853299-29853449)
chr5 (302-459)||(30483385-30483542)
chr5 (107-440)||(17418150-17418477)
chr5 (309-459)||(30331099-30331249)
chr5 (28-212)||(17982610-17982795)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (28-459)||(26707051-26707473)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (21-453)||(20296556-20296994)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (22-275)||(25294018-25294271)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (22-87)||(7582056-7582121)
chr1 (374-459)||(7099474-7099559)
chr1 (28-88)||(7099131-7099191)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 368; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 368; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 28 - 459
Target Start/End: Original strand, 30060076 - 30060507
Alignment:
Q  28 ttcaatgactatatgtctaagattttgtaaacaaaccaagcgtttcggaagacaactcagtgaatcacacttttttattttcaagatttccagtttttgt 127  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| || ||||||||||||  |  ||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  30060076 ttcaatgactatatgtctaagattttgtaagcaagccaagcgttttgggagacaactcagtttacgacagtcttttattttcaagatttccagtttttgt 30060175  T
Q  128 aagttgtaaattgagttaggcaacttttttatatcaagagaacgaagttccaaataccttaaatgaattaaactacctagtaatggctctcggataaagg 227  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30060176 aagttgtaaattgagtcaggcaacttttttatatcaagagaacgaagttccaaataccttaaatgaattaaactacctagtaatggctctcggataaagg 30060275  T
Q  228 ttatgcgtaaaacccgaagagaaaggtttgttgggaagtaatcatgtttttcttttgaccaagtactacaaaactcaaaccatgttcgcaaggattcaac 327  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30060276 ttatgcataaaacccgaagagaaaggtttgttgggaagtaatcatgtttttcttttgaaaaagtactacaaaactcaaaccatgttcgcaaggattcaac 30060375  T
Q  328 tattttgaaagcatccttgtcgaaggataacaagtctttagtgtcaaaactaatgtggtgtgtgctttttgacaaactagtcaagtttgcattctccaaa 427  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30060376 tattttgaaagcatccttgtcgaaggataacgagtctttattgtcaaaactaatgtggtgtgtgctttttgacaaactagtcaagtttgcattctccaaa 30060475  T
Q  428 tacatacattcttgccccattactgattgagc 459  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30060476 tacatacattcttgccccattactgattgagc 30060507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 459
Target Start/End: Original strand, 30749351 - 30749781
Alignment:
Q  29 tcaatgactatatgtctaagattttgtaaacaaaccaagcgtttcggaagacaactcagtgaatcacacttttttattttcaagatttccagtttttgta 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| || ||||||||||||  |  |||   |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30749351 tcaatgactatatgtctaagattttgtaagcaagccaagcgttttgggagacaactcagtttacgacagcgttttattttcaagatttccagtttttgta 30749450  T
Q  129 agttgtaaattgagttaggcaacttttttatatcaagagaacgaagttccaaataccttaaatgaattaaactacctagtaatggc-tctcggataaagg 227  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||| |||||||||    
T  30749451 agttgtaaattgagttaggcaacttttttatatcaagagaacgaagttccaaataccttaaatgaattaaactccctagtgatggcatct-ggataaagg 30749549  T
Q  228 ttatgcgtaaaacccgaagagaaaggtttgttgggaagtaatcatgtttttcttttgaccaagtactacaaaactcaaaccatgttcgcaaggattcaac 327  Q
     | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30749550 atgtgcgtaaaacccgaagagaaaggtttgttgggaagtaatcatgtttttcttttgacaaaatactacacaactcaaaccatgttcgcaaggattcaac 30749649  T
Q  328 tattttgaaagcatccttgtcgaaggataacaagtctttagtgtcaaaactaatgtggtgtgtgctttttgacaaactagtcaagtttgcattctccaaa 427  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30749650 tattttgaaagcatccttgtcgaaggataacgagtcgttattgtcaaaactaatatggtgtgtgcttttcgacaaactagtcaagtttgcattctccaaa 30749749  T
Q  428 tacatacattcttgccccattactgattgagc 459  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30749750 tacatacattcttgccccattactgattgagc 30749781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 22 - 453
Target Start/End: Original strand, 30399778 - 30400206
Alignment:
Q  22 acaatattcaatgactatatgtctaagattttgtaaacaaaccaagcgtttcggaagacaactcagtgaatcacacttttttattttcaagatttccagt 121  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||  || |||||||||| || |||||| |||||  | |||| | ||||||||||||| ||||||||    
T  30399778 acaatattcaataactatatgtctaagattttgtaagaaagccaagcgttttgggagacaaatcagttcaccacaatgttttattttcaaggtttccagt 30399877  T
Q  122 ttttgtaagttgtaaattgagttaggcaacttttttatatcaagagaacgaagttccaaataccttaaatgaattaaactacctagtaatggctctcgga 221  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| || ||| |||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  30399878 ttttgtaagttgtaaattgagtcaggcaactcttgtatgtcaagataaagaagctccaaataccttaaatgaattaaactacctagtaatggcccccgga 30399977  T
Q  222 taaaggttatgcgtaaaacccgaagagaaaggtttgttgggaagtaatcatgtttttcttttgaccaagtactacaaaactcaaaccatgttcgcaagga 321  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||| ||||||||   |||   || |||||||||||||||||||||||||    
T  30399978 taaaggttgtgcataaaacccgaagagaagggtctgttgggaagtaatcctgttcttcttttggaaaag---tagaaaactcaaaccatgttcgcaagga 30400074  T
Q  322 ttcaactattttgaaagcatccttgtcgaaggataacaagtctttagtgtcaaaactaatgtggtgtgtgctttttgacaaactagtcaagtttgcattc 421  Q
    ||||||| || |||| ||| |||  ||||| |||||||| |  | || || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  30400075 ttcaacttttctgaaggcaccctcatcgaatgataacaaattatcagagttaaaacttatgtggtgtgtgctttttgacaaactagtcatgtttgcattc 30400174  T
Q  422 tccaaatacatacattcttgccccattactga 453  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  30400175 tccaaatatatacattcttgccccattactga 30400206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 22 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 30677570 - 30677136
Alignment:
Q  22 acaatattcaatgactatatgtctaagattttgtaaacaaaccaagcgtttcggaagacaactcagtgaatcacacttttttattttcaagatttccagt 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| || || |||  |||||| | |||||||||||||||||||||     
T  30677570 acaatattcaatgactatatgtctaagattttgtaaacaagccaagcgttttggaagccagctaagtttatcacagtgttttattttcaagatttccagc 30677471  T
Q  122 ttttgtaagttgtaaattgagttaggcaacttttttatatcaagagaacgaagttccaaataccttaaatgaattaaactacctagtaatggctctcgga 221  Q
    |||| || |||||||||||||| ||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||   ||||    
T  30677470 ttttttaggttgtaaattgagtcaggcaacatatttatgtcaagagaacgaagttccaaataccttaaatgaattaaactccctagtgatggcatccgga 30677371  T
Q  222 taaaggttatgcgtaaaacccgaagagaaaggtttgttgggaagtaatcatgtttttcttttgaccaagtactacaaaactcaaaccatgttcgcaagga 321  Q
    |||||| | ||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||| ||  ||  |||    |||| |||| |||||| ||||||    
T  30677370 taaaggatgtgcataaaacccgaagagaaaggtatgttgggaagaaatcatgtttttttttggaataataact---caactgaaacaatgttctcaagga 30677274  T
Q  322 ttcaactattttgaaagcatccttgtcgaaggataacaagtctttagtgtcaaaactaatgtggtgtgtgctttttgacaaactagtcaagtttgcattc 421  Q
    ||||||| |||||||||||| ||| || |||||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||   |||    
T  30677273 ttcaacttttttgaaagcattcttatcaaaggataacaagtctttgaggtcaaaaccaatgtggtgtgtgctttttgacaaactggtcatgttttttttc 30677174  T
Q  422 tccaaatacatacattcttgccccattactgattgagc 459  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  30677173 tccaaatacatacattctggccccattactaattgagc 30677136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 31 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 30242765 - 30242340
Alignment:
Q  31 aatgactatatgtctaagattttgtaaacaaaccaagcgtttcggaagacaactcagtgaatcacacttttttattttcaagatttccagtttttgtaag 130  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||| || ||||||||||||  |  ||| | ||||||||||||||||||||| |||| || |    
T  30242765 aatgactatatgtctaagattttgtaagcaagccaagtgttttgggagacaactcagtttacgacaatgttttattttcaagatttccagcttttttagg 30242666  T
Q  131 ttgtaaattgagttaggcaacttttttatatcaagagaacgaagttccaaataccttaaatgaattaaactacctagtaatggctctcggataaaggtta 230  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||   |||||||||| |     
T  30242665 ttgtaaattgagtcaggcaaatttttgatgtcaagagaacgaagttccaaataccttaaatgaattaaactccctagtgatggcatccggataaaggatg 30242566  T
Q  231 tgcgtaaaacccgaagagaaaggtttgttgggaagtaatcatgtttttcttttgaccaagtactacaaaactcaaaccatgttcgcaaggattcaactat 330  Q
    ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | ||  ||  |||| |||| |||||| ||||||||||||| |    
T  30242565 tgcataaaacccgaagagaaaggtatgttgggaagttatcatgttttt-ttttggcataata--actcaactgaaacaatgttctcaaggattcaacttt 30242469  T
Q  331 tttgaaagcatccttgtcgaaggataacaagtctttagtgtcaaaactaatgtggtgtgtgctttttgacaaactagtcaagtttgcattctccaaatac 430  Q
    ||||||||||| ||| || |||||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||   ||||||||||||    
T  30242468 tttgaaagcattcttatcaaaggataacaagtctttgtagtcaaaaccaatgtggtgtgtgctttttgacaaactggtcatgtttttgttctccaaatac 30242369  T
Q  431 atacattcttgccccattactgattgagc 459  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30242368 atacattctggccccattactgattgagc 30242340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 31 - 459
Target Start/End: Original strand, 30206235 - 30206660
Alignment:
Q  31 aatgactatatgtctaagattttgtaaacaaaccaagcgtttcggaagacaactcagtgaatcacacttttttattttcaagatttccagtttttgtaag 130  Q
    |||||| | |||||| ||||| ||||||||| |||||| |||||||||||| || |||   | ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30206235 aatgacaagatgtctgagattctgtaaacaagccaagcctttcggaagacagctaagtttttgacaatcttttattttcaagatttccagtttttgtaag 30206334  T
Q  131 ttgtaaattgagttaggcaacttttttatatcaagagaacgaagttccaaataccttaaatgaattaaactacctagtaatggctctcggataaaggtta 230  Q
    |||||||||||||  |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||  |  ||||||||| |     
T  30206335 ttgtaaattgagtccggcaacatttttatttcaagagaacgaagttccaaataccttaaatgaattaaactccctagtgatggtacctggataaaggatg 30206434  T
Q  231 tgcgtaaaacccgaagagaaaggtttgttgggaagtaatcatgtttttcttttgaccaagtactacaaaactcaaaccatgttcgcaaggattcaactat 330  Q
    ||| |||||||||||| ||| ||||||||||  ||||||||||||||  ||| |   ||  | |    |||| |||| |||||| ||||||||||||| |    
T  30206435 tgcataaaacccgaagggaacggtttgttggcgagtaatcatgttttgttttggtgtaatgatt---caactgaaacaatgttctcaaggattcaacttt 30206531  T
Q  331 tttgaaagcatccttgtcgaaggataacaagtctttagtgtcaaaactaatgtggtgtgtgctttttgacaaactagtcaagtttgcattctccaaatac 430  Q
      |||| ||| ||| |||||| ||||||| ||| | |  || |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||    
T  30206532 cctgaaggcaccctcgtcgaatgataacacgtcatcatagtgaaaacttatgtggtgtgtgctttttgacaaagtagtcatgtttgaattctccaaatac 30206631  T
Q  431 atacattcttgccccattactgattgagc 459  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30206632 atacattcttgacccattactgattgagc 30206660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 165; E-Value: 5e-88
Query Start/End: Original strand, 28 - 459
Target Start/End: Original strand, 30435529 - 30435954
Alignment:
Q  28 ttcaatgactatatgtctaagattttgtaaacaaaccaagcgtttcggaagacaactcagtgaatcacacttttttattttcaagatttccagtttttgt 127  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||  |  ||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  30435529 ttcaatgactatatgtctaagattttgtaagcaaaccaagcgttttgggagacaactcagttcacgacaatattttattttcaagatttccagtttttgt 30435628  T
Q  128 aagttgtaaattgagttaggcaacttttttatatcaagagaacgaagttccaaataccttaaatgaattaaactacctagtaatggctctcggataaagg 227  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |    || |||  || | | | |||    
T  30435629 aagttgtaaattgagttaggcaacttttttatatcaagagaacaaagttccaaataccttaaatgaattaaactcc---atactgggccttgtagagagg 30435725  T
Q  228 ttatgcgtaaaacccgaagagaaaggtttgttgggaagtaatcatgtttttcttttgacca-agtactacaaaactcaaaccatgttcgcaaggattcaa 326  Q
     | ||| |||||| ||||||||   ||||  |||||||| ||||||||||  ||| ||  | | | || |  || |||||| ||||||| ||||||||||    
T  30435726 atgtgcttaaaactcgaagagagctgtttaatgggaagtgatcatgtttt--tttggaatataattctcc--aagtcaaacaatgttcgtaaggattcaa 30435821  T
Q  327 ctattttgaaagcatccttgtcgaaggataacaagtctttagtgtcaaaactaatgtggtgtgtgctttttgacaaactagtcaagtttgcattctccaa 426  Q
    || ||||||| ||| |||  ||||| |||||||| | || || || |||||| |||||||||||| |||||| |||| |||||| |||||||||||||||    
T  30435822 cttttttgaaggcaccctcatcgaatgataacaaattttcagagttaaaacttatgtggtgtgtgttttttgtcaaattagtcatgtttgcattctccaa 30435921  T
Q  427 atacatacattcttgccccattactgattgagc 459  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  30435922 atacatacattctttccccgttactgattgagc 30435954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 28 - 459
Target Start/End: Original strand, 29871893 - 29872312
Alignment:
Q  28 ttcaatgactatatgtctaagattttgtaaacaaaccaagcgtttcggaagacaactcagtgaatcacacttttttattttcaagatttccagtttttgt 127  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || || |||  |||||| | ||||||||||||||||||||| |||| |    
T  29871893 ttcaatgactatatgtctaagattttgtaaacaagccaagcgtttcggaagccagctaagtttatcacagtattttattttcaagatttccagctttttt 29871992  T
Q  128 aagttgtaaattgagttaggcaacttttttatatcaagagaacgaagttccaaataccttaaatgaattaaactacctagtaatggctctcggataaagg 227  Q
    |  ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||   ||||||||||    
T  29871993 agattgtaaattgagtcaggcaacttttttatgtcaagaaaacgaagtcccaaataccttaaatgaattaaactccccagtgatggcatccggataaagg 29872092  T
Q  228 ttatgcgtaaaacccgaagagaaaggtttgttgggaagtaatcatgtttttcttttgaccaagtactacaaaactcaaaccatgttcgcaaggattcaac 327  Q
     |  || ||||||||| |||||||| | || |||||||| ||||||||||  |||||     |||  | | ||||| ||| |||||| ||||||||||||    
T  29872093 atgcgcataaaacccggagagaaagatatgctgggaagttatcatgtttt--ttttg-----gtaaga-ataactc-aacaatgttctcaaggattcaac 29872183  T
Q  328 tattttgaaagcatccttgtcgaaggataacaagtctttagtgtcaaaactaatgtggtgtgtgctttttgacaaactagtcaagtttgcattctccaaa 427  Q
    | ||||||||||||  |  || ||||||||||   ||||   ||||| |  ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||   |||||||||    
T  29872184 ttttttgaaagcattttcatcaaaggataaca---ctttgtagtcaacaacaatgtggtgtgtgctttttgacaaactggtcatgtttttgttctccaaa 29872280  T
Q  428 tacatacattcttgccccattactgattgagc 459  Q
    | |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  29872281 tgcatacattcttgccccattattgattgagc 29872312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 28 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 30713818 - 30713393
Alignment:
Q  28 ttcaatgactatatgtctaagattttgtaaacaaaccaagcgtttcggaagacaactcagtgaatcacacttttttattttcaagatttccagtttttgt 127  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||  || ||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  30713818 ttcaatgactatatgtctaagattttgtaaacaagccaagcgtttcggaaggcaactaagtttattacagtgttttattttcaagatttccagtttttgt 30713719  T
Q  128 aagttgtaaattgagttaggcaacttttttatatcaagagaacgaagttccaaataccttaaatgaattaaactacctagtaatggctctcggataaagg 227  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |    || |||  |  | | |||||    
T  30713718 aagttgtaaattgagtcaggcaacttttttatgccaagagaatgaatttccaaataccttaaatgaattaaactcc---atactgggacctgtagaaagg 30713622  T
Q  228 ttatgcgtaaaacccgaagagaaaggtttgttgggaagtaatcatgtttttcttttgaccaagtactacaaaactcaaaccatgttcgcaaggattcaac 327  Q
     | ||| |||||| ||||||||   ||||  |||||||| ||||||||||| ||   |   | | || |  || |||||| ||||||| |||||||||||    
T  30713621 atgtgcttaaaactcgaagagagctgtttaatgggaagtgatcatgttttt-ttgcaatataattctcc--aagtcaaacaatgttcgtaaggattcaac 30713525  T
Q  328 tattttgaaagcatccttgtcgaaggataacaagtctttagtgtcaaaactaatgtggtgtgtgctttttgacaaactagtcaagtttgcattctccaaa 427  Q
    | ||||||| ||| |||  ||||| |||||||| | || || || |||||| |||||||||||| |||||| |||| |||||| ||||||||||||||||    
T  30713524 ttttttgaaggcaccctcatcgaatgataacaatttttcagagtgaaaacttatgtggtgtgtgttttttgtcaaattagtcatgtttgcattctccaaa 30713425  T
Q  428 tacatacattcttgccccattactgattgagc 459  Q
    |||| |||||||| |||| |||||||||||||    
T  30713424 tacacacattctttccccgttactgattgagc 30713393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 28 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 30338921 - 30338748
Alignment:
Q  28 ttcaatgactatatgtctaagattttgtaaacaaaccaagcgtttcggaagacaactcagtgaatcacacttttttattttcaagatttccagtttttgt 127  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||  ||||||   ||||||||||||||||||||||||||||    
T  30338921 ttcaatgactatatgcctaagattttgtaagcaagccaagcgttttggaagacaactcagtttatcacaacgttttattttcaagatttccagtttttgt 30338822  T
Q  128 aagttgtaaattgagttaggcaacttttttatatcaagagaacgaagttccaaataccttaaatgaattaaact 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30338821 aagttgtaaattgagttaggcaacttttctatgtcaagataagtaagttccaaataccttaaatgaattaaact 30338748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 111; E-Value: 8e-56
Query Start/End: Original strand, 31 - 201
Target Start/End: Original strand, 29853021 - 29853191
Alignment:
Q  31 aatgactatatgtctaagattttgtaaacaaaccaagcgtttcggaagacaactcagtgaatcacacttttttattttcaagatttccagtttttgtaag 130  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||| ||||||||||||  | | || | |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  29853021 aatgactatatgtctaagattttgtaagcaagccaagtgtttcgggagacaactcagttcaccgcagtcttttattttcaatatttccagtttttgtaag 29853120  T
Q  131 ttgtaaattgagttaggcaacttttttatatcaagagaacgaagttccaaataccttaaatgaattaaact 201  Q
    |||||||||||||  |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29853121 ttgtaaattgagtccggcaacatttttatgtcaagagaacgaagttccaaataccttaaatgaattaaact 29853191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 28 - 201
Target Start/End: Original strand, 30483111 - 30483284
Alignment:
Q  28 ttcaatgactatatgtctaagattttgtaaacaaaccaagcgtttcggaagacaactcagtgaatcacacttttttattttcaagatttccagtttttgt 127  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||| || |||||||||||   |  ||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  30483111 ttcaatgactatatgcctaagattttgtaagcaagccaagcgttttgggagacaactcagattacgacagtcttttattttcaagatttccagtttttgt 30483210  T
Q  128 aagttgtaaattgagttaggcaacttttttatatcaagagaacgaagttccaaataccttaaatgaattaaact 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30483211 aagttgtaaattgagttaggcaacttttctatgtcaagataaataagttccaaataccttaaatgaattaaact 30483284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 302 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 30338647 - 30338490
Alignment:
Q  302 tcaaaccatgttcgcaaggattcaactattttgaaagcatccttgtcgaaggataacaagtctttagtgtcaaaactaatgtggtgtgtgctttttgaca 401  Q
    |||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||  |  ||||||||||| ||||  ||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  30338647 tcaaacaaagttcgcaaggattcaacttttttgaaagcattttcatcgaaggataaaaagttgttgctgtcaaaaccaatgtggtgtgtgctttttgaca 30338548  T
Q  402 aactagtcaagtttgcattctccaaatacatacattcttgccccattactgattgagc 459  Q
    || |||||  ||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30338547 aattagtcgtgtttttattctccaaacacatacattcttgccccattactgattgagc 30338490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 309 - 459
Target Start/End: Original strand, 29853299 - 29853449
Alignment:
Q  309 atgttcgcaaggattcaactattttgaaagcatccttgtcgaaggataacaagtctttagtgtcaaaactaatgtggtgtgtgctttttgacaaactagt 408  Q
    |||||||||||||||||||| |||| || ||| |||  ||||| |||||||| |  |  | || |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  29853299 atgttcgcaaggattcaacttttttaaaggcaccctcatcgaatgataacaaattatcggagttaaaacttatgtggtgtgtgctttttgtcaaactagt 29853398  T
Q  409 caagtttgcattctccaaatacatacattcttgccccattactgattgagc 459  Q
    || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  29853399 catgtttgcattctccaaatacacacattcttgccccattactgattgagc 29853449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 302 - 459
Target Start/End: Original strand, 30483385 - 30483542
Alignment:
Q  302 tcaaaccatgttcgcaaggattcaactattttgaaagcatccttgtcgaaggataacaagtctttagtgtcaaaactaatgtggtgtgtgctttttgaca 401  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||  |  ||||||||||| || |  ||  ||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  30483385 tcaaacaatgttcgcaaggattcaacttttttgaaagcattttcatcgaaggataaaaatttcttgctgttaaaaccaatgtggtgtgtgctttttgaca 30483484  T
Q  402 aactagtcaagtttgcattctccaaatacatacattcttgccccattactgattgagc 459  Q
    || |||||  ||||  |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  30483485 aattagtcgtgtttttattctccaaacacgtacattcttgccccattactgattgagc 30483542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 107 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 17418477 - 17418150
Alignment:
Q  107 ttcaagatttccagtttttgtaagttgtaaattgagttaggcaacttttttatatcaagagaacgaagttccaaataccttaaatgaattaaactaccta 206  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||  || ||  | ||||| | |  |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||  |||    
T  17418477 ttcaagatttctagtttttgtaagttgcaaattcagtccggtaaaatgtttatgtaagcagaacgaagttctaaataccataaatgaattaaactctcta 17418378  T
Q  207 gtaatggctctcggataaaggttatgcgtaaaacccgaagagaaaggtttgttgggaagtaatcatgtttt--tcttttgaccaagtactacaaaactca 304  Q
    || | ||  |  ||| | ||| | ||| |||||||||||||||| ||||| |||| ||||  |||||||||  ||| ||    | |  |||    ||| |    
T  17418377 gtgagggtacctggagagaggatgtgcataaaacccgaagagaatggtttcttggcaagtggtcatgttttggtctgtt----atgatcta----actga 17418286  T
Q  305 aaccatgttcgcaaggattcaactattttgaaagcatccttgtcgaaggataacaagtctttagtgtcaaaactaatgtggtgtgtgctttttgacaaac 404  Q
    ||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||  | ||  |||| | |||| | || || |||||  ||||||||||||||||||||||||     
T  17418285 aacaatgttcgcaaggattcaacttttttgaaggcatcctcattgagtgatagcgagtcatcagagtgaaaacatatgtggtgtgtgctttttgacaaaa 17418186  T
Q  405 tagtcaagtttgcattctccaaatacatacattctt 440  Q
    || ||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  17418185 taatcatgtttgcattctctaaatacatacattctt 17418150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 309 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 30331249 - 30331099
Alignment:
Q  309 atgttcgcaaggattcaactattttgaaagcatccttgtcgaaggataacaagtctttagtgtcaaaactaatgtggtgtgtgctttttgacaaactagt 408  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||| | |  ||||  |||||||| |  || | ||||||||| ||||| || |||||||||| |||||||||    
T  30331249 atgttcgcaaggattcaacttttttgaaggcaccgtcatcgattgataacaaattattggagtcaaaacttatgtgatgggtgctttttgtcaaactagt 30331150  T
Q  409 caagtttgcattctccaaatacatacattcttgccccattactgattgagc 459  Q
    || |||||||||||||| ||||||| ||| |||| ||| || |||||||||    
T  30331149 catgtttgcattctccagatacatatattgttgctccagtattgattgagc 30331099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 28 - 212
Target Start/End: Original strand, 17982610 - 17982795
Alignment:
Q  28 ttcaatgactatatgtctaagattttgtaaacaaa-ccaagcgtttcggaagacaactcagtgaatcacacttttttattttcaagatttccagtttttg 126  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||  |||||||| ||||||||||||   | |     ||| | |||||||||||||| ||||||    
T  17982610 ttcaatgactaaatgtctaagattttgtaaacaaagacagacgtttcggcagacaactcagtttgtaaacagatttcaatttcaagatttccaatttttg 17982709  T
Q  127 taagttgtaaattgagttaggcaacttttttatatcaagagaacgaagttccaaataccttaaatgaattaaactacctagtaatg 212  Q
    |||| | ||||||||||  || ||  ||||||| |||| |    |||| ||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||    
T  17982710 taagctataaattgagtcggggaatatttttatctcaaaactgtgaagctccaaatacctcaaatgaattaaactaacgagtaatg 17982795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 138; Significance: 6e-72; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 6e-72
Query Start/End: Original strand, 28 - 459
Target Start/End: Original strand, 26707051 - 26707473
Alignment:
Q  28 ttcaatgactatatgtctaagattttgtaaacaaaccaagcgtttcggaagacaactcagtgaatcacacttttttattttcaagatttccagtttttgt 127  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||| ||||||||||||||   |||||| | |||||||||||||||||||||||||| |    
T  26707051 ttcaatgactatatgtctaagattttgtaaacaagtcaagtgtttaggaagacaactcagattatcacaatcttttattttcaagatttccagttttttt 26707150  T
Q  128 aagttgtaaattgagttaggcaacttttttatatcaagagaacgaagttccaaataccttaaatgaattaaactacctagtaatggctctcggataaagg 227  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||    |  |      ||    
T  26707151 aagttgtaaattgagttaggaaacttttttatatcaagataacgaagttccaaataccttaaatgaattaagctccctagtgataatacctg------gg 26707244  T
Q  228 ttatgcgtaaaacccgaagagaaaggtttgttgggaagtaatcatgtttttcttttgaccaagtactacaaaactcaaaccatgttcgcaaggattcaac 327  Q
     | ||| |||||||||||||||  |||||  |||||||| |||||| |||| |   ||  || | || |  || |||||| |||||||||||||||||||    
T  26707245 atgtgcataaaacccgaagagagcggtttaatgggaagtgatcatggttttttggggaataa-ttcttc--aagtcaaacaatgttcgcaaggattcaac 26707341  T
Q  328 tattttgaaagcatccttgtcgaaggataacaagtctttagtgtcaaaactaatgtggtgtgtgctttttgacaaactagtcaagtttgcattctccaaa 427  Q
    | |||||||   | |||  ||||| ||||| ||    |  | || |||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  26707342 ttttttgaagataccctcatcgaatgataaaaaagtatcggagttaaaacttatgtggtgtgtgctttttgtcaaactactcatgtttgcattctccaaa 26707441  T
Q  428 tacatacattcttgccccattactgattgagc 459  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  26707442 tacatgcattcttgtcccattactgattgagc 26707473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 136; Significance: 9e-71; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 9e-71
Query Start/End: Original strand, 21 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 20296994 - 20296556
Alignment:
Q  21 aacaatattcaatgactatatgtctaagattttgtaaacaaaccaagcgtttcggaagacaactcagtgaatcacacttttttattttcaagatttccag 120  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||  ||||| |||||||||||||||||||   ||||||   | ||||||||||| ||||||     
T  20296994 aacaatcttcaatgactatatgtctaagattttgtaggcaggccaagtgtttcggaagacaactcagattatcacagcgtattattttcaaggtttccaa 20296895  T
Q  121 tttttgtaagttgtaaattgagttaggcaacttttttatatcaagagaacgaagttccaaataccttaaatgaattaaactacctagtaatggctctcgg 220  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||  |||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||| || || |  ||    
T  20296894 tttttgcaagttgtaaattgagtcaggcaactcttttatgacaagattacgaagctccaaataccttaaatgaattaaactctctagtgatcgcacatgg 20296795  T
Q  221 ataaaggttatgcgtaaaacccgaagagaaaggtttgttgggaagtaatcatgtttttcttttgaccaagtactacaa------aactcaaaccatgttc 314  Q
     |||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |  ||| ||  ||  |  | ||      |||| |||| ||||||    
T  20296794 gtaaaggatgtgcgcaaaacccgaagagaaaggtttgttgggatgtaatcatgatctattttggaataatgatgataatcactcaactgaaacaatgttc 20296695  T
Q  315 gcaaggattcaactattttgaaagcatccttgtcgaaggataacaagtctttagtgtcaaaactaatgtggtgtgtgctttttgacaaactagtcaagtt 414  Q
    ||||||||||||||  |||||| ||| |||||| || ||||||||||||| |   |||||||| ||||||||||||||||  ||||||| |||| | |||    
T  20296694 gcaaggattcaacttctttgaaggcacccttgttgatggataacaagtctgtgtagtcaaaaccaatgtggtgtgtgcttcgtgacaaattagtaacgtt 20296595  T
Q  415 tgcattctccaaatacatacattcttgccccattactga 453  Q
    |  || |||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  20296594 tttatcctccaaatacatacattctttccccactactga 20296556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 94; Significance: 1e-45; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 22 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 25294271 - 25294018
Alignment:
Q  22 acaatattcaatgactatatgtctaagattttgtaaacaaaccaagcgtttcggaagacaactcagtgaatcacacttttttattttcaagatttccagt 121  Q
    |||| ||| ||||| || |||||||||||||||||| ||| ||||  |||| ||||||| |||||||  |||| | | ||||||||| ||||||||||||    
T  25294271 acaacattgaatgattagatgtctaagattttgtaagcaagccaaatgttttggaagaccactcagtttatcataatattttatttttaagatttccagt 25294172  T
Q  122 ttttgtaagttgtaaattgagttaggcaacttttttatatcaagagaacgaagttccaaataccttaaatgaattaaactacctagtaatggctctcgga 221  Q
     ||| ||||||||||||||||| || |||| ||||||| |||||||||  |||| |||||||||||||||||||||| || |||| | ||||  || |||    
T  25294171 atttttaagttgtaaattgagtcagacaacatttttatgtcaagagaataaagtgccaaataccttaaatgaattaagcttcctattgatggtacttgga 25294072  T
Q  222 taaaggttatgcgtaaaacccgaagagaaaggtttgttgggaagtaatcatgtt 275  Q
    |||||| | ||| |||||| |||||| || ||||||||| ||||| ||||||||    
T  25294071 taaaggatgtgcataaaactcgaagacaacggtttgttgagaagtgatcatgtt 25294018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000003; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 22 - 87
Target Start/End: Complemental strand, 7582121 - 7582056
Alignment:
Q  22 acaatattcaatgactatatgtctaagattttgtaaacaaaccaagcgtttcggaagacaactcag 87  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||  |||| ||| |||||||||||||||    
T  7582121 acaatcttcaatgactaaatgtctaagattttgtaagcaagacaagtgttccggaagacaactcag 7582056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 374 - 459
Target Start/End: Original strand, 7099474 - 7099559
Alignment:
Q  374 aaactaatgtggtgtgtgctttttgacaaactagtcaagtttgcattctccaaatacatacattcttgccccattactgattgagc 459  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||  ||||||  | |||||| || |||  ||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  7099474 aaactaatatgatgtgtgctttttgacaagttagtcacatatgcattatctaaaaccatacattcttgcccccctactgattgagc 7099559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 28 - 88
Target Start/End: Original strand, 7099131 - 7099191
Alignment:
Q  28 ttcaatgactatatgtctaagattttgtaaacaaaccaagcgtttcggaagacaactcagt 88  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||| |||  |||| |||  |||||||||||||||    
T  7099131 ttcaatgattaaatgtctaagattttgtaagcaagacaagtgttctggaagacaactcagt 7099191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University