View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1496_low_18 (Length: 237)

Name: NF1496_low_18
Description: NF1496
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1496_low_18
NF1496_low_18
[»] scaffold0667 (1 HSPs)
scaffold0667 (1-222)||(4458-4679)
[»] chr2 (24 HSPs)
chr2 (54-200)||(16269098-16269244)
chr2 (46-218)||(9328590-9328762)
chr2 (58-218)||(8573496-8573656)
chr2 (50-182)||(9291964-9292096)
chr2 (56-211)||(9065582-9065737)
chr2 (46-173)||(9364664-9364791)
chr2 (46-185)||(12006097-12006236)
chr2 (56-200)||(9061130-9061274)
chr2 (58-185)||(10335868-10335995)
chr2 (46-185)||(12012525-12012664)
chr2 (46-217)||(11987469-11987637)
chr2 (52-218)||(9284175-9284341)
chr2 (46-173)||(10371894-10372021)
chr2 (56-170)||(10353148-10353262)
chr2 (46-170)||(10347824-10347948)
chr2 (58-169)||(7115633-7115744)
chr2 (46-176)||(9274554-9274684)
chr2 (46-218)||(9320973-9321142)
chr2 (49-173)||(9316055-9316173)
chr2 (91-173)||(7611975-7612057)
chr2 (49-185)||(12018864-12019006)
chr2 (50-109)||(8576392-8576451)
chr2 (102-172)||(8579522-8579592)
chr2 (91-161)||(17566107-17566177)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (52-222)||(37462476-37462649)
chr3 (75-172)||(39427680-39427780)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (51-222)||(45243686-45243857)
chr7 (75-222)||(45230419-45230569)
chr7 (100-172)||(45237987-45238059)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (56-185)||(26574885-26575014)
chr4 (91-158)||(561273-561340)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (49-218)||(29467762-29467931)
chr1 (46-173)||(29453283-29453410)
chr1 (75-173)||(29443329-29443427)
chr1 (46-173)||(29423301-29423428)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (46-205)||(41966684-41966843)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (95-173)||(36224454-36224532)


Alignment Details
Target: scaffold0667 (Bit Score: 214; Significance: 1e-117; HSPs: 1)
Name: scaffold0667
Description:

Target: scaffold0667; HSP #1
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 4679 - 4458
Alignment:
Q  1 ttcctgacgaaataggtgaagaagaggttaattcaaatgacagcgttgaaattgatgttgctgctttgggaggatgtctttgtatgactgtgaattatga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4679 ttcctgacgaaataggtgaagaagaggttaattcaaatgacagtgttgaaattgatgttgctgctttgggaggatgtctttgtatgactgtgaattatga 4580  T
Q  101 aactactaaaattgatgtttgggtgatgaaacaatatggattaaaagatagttggtgtaaactttttactttgatgaaatcgtgtgtcacttcacatttg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4579 aactactaaaattgatgtttgggtgatgaaacaatatggattaaaagatagttggtgtaaactttttactatgatgaaatcgtgtgtcacttcacatttg 4480  T
Q  201 aaatcttcgagtcctttatgtt 222  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  4479 aaatcttcgagtcctttatgtt 4458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 99; Significance: 5e-49; HSPs: 24)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 54 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 16269244 - 16269098
Alignment:
Q  54 gatgttgctgctttgggaggatgtctttgtatgactgtgaattatgaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaacaatatggattaaaagatagtt 153  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||  | ||||||||    
T  16269244 gatgttgctgttttgggaggatgtctttgtataactgtgaattatgaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaagagtatggatatagagatagtt 16269145  T
Q  154 ggtgtaaactttttactttgatgaaatcgtgtgtcacttcacatttg 200  Q
    |||| ||||||||||| ||| | ||||||||| ||||||||||||||    
T  16269144 ggtgcaaactttttaccttggttaaatcgtgtttcacttcacatttg 16269098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 97; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 46 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 9328762 - 9328590
Alignment:
Q  46 ttgaaattgatgttgctgctttgggaggatgtctttgtatgactgtgaattatgaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaacaatatggattaaa 145  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |     
T  9328762 ttgaaattgatgttgatgttttgggagggtgtctttgcatgactttgaattatgaaactactgaaattgatgtttgggtgatgaaacaatatggatatag 9328663  T
Q  146 agatagttggtgtaaactttttactttgatgaaatcgtgtgtcacttcacatttgaaatcttcgagtccttta 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||| ||  || || ||||||||||| ||| ||||||    
T  9328662 agatagttggtgtaaactttttactatggttaaatcgtgtttccatttacctttgaaatctttgaggccttta 9328590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 58 - 218
Target Start/End: Original strand, 8573496 - 8573656
Alignment:
Q  58 ttgctgctttgggaggatgtctttgtatgactgtgaattatgaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaacaatatggattaaaagatagttggtg 157  Q
    |||||| |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |  | ||||||||||||    
T  8573496 ttgctgttttgggtgggtgtctttgtatgtctgtgaattatgaaaccactgaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggttctagagatagttggtg 8573595  T
Q  158 taaactttttactttgatgaaatcgtgtgtcacttcacatttgaaatcttcgagtccttta 218  Q
    |||||||||||||||  | ||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||| ||||||    
T  8573596 taaactttttactttcgttaaatcgtgtttcactccacattttaaatcttcgaggccttta 8573656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 50 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 9292096 - 9291964
Alignment:
Q  50 aattgatgttgctgctttgggaggatgtctttgtatgactgtgaattatgaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaacaatatggattaaaagat 149  Q
    ||||| |||||||| ||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  | ||||    
T  9292096 aattgctgttgctgttttaggagagtgtctttgtatgactgtgaattatgaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaacaatatggttctagagat 9291997  T
Q  150 agttggtgtaaactttttactttgatgaaatcg 182  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  9291996 agttggtgtaaactttttactttggttaaatcg 9291964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 56 - 211
Target Start/End: Original strand, 9065582 - 9065737
Alignment:
Q  56 tgttgctgctttgggaggatgtctttgtatgactgtgaattatgaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaacaatatggattaaaagatagttgg 155  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||  | ||||||||||    
T  9065582 tgttgctgttttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaatattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttgg 9065681  T
Q  156 tgtaaactttttactttgatgaaatcgtgtgtcacttcacatttgaaatcttcgag 211  Q
    |||||||||||||||||| | ||||| ||| ||  ||||||||||| | |||||||    
T  9065682 tgtaaactttttactttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacagcttcgag 9065737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 46 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 9364791 - 9364664
Alignment:
Q  46 ttgaaattgatgttgctgctttgggaggatgtctttgtatgactgtgaattatgaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaacaatatggattaaa 145  Q
    ||||||| |||||||| | ||||||||| |||||| |||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9364791 ttgaaatcgatgttgcggttttgggagggtgtcttagtatgattgtgaattatcaaactactcaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggattaaa 9364692  T
Q  146 agatagttggtgtaaactttttactttg 173  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||    
T  9364691 agatagttggtgtaaattgtttactttg 9364664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 46 - 185
Target Start/End: Original strand, 12006097 - 12006236
Alignment:
Q  46 ttgaaattgatgttgctgctttgggaggatgtctttgtatgactgtgaattatgaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaacaatatggattaaa 145  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||| ||| |||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||| |  ||    
T  12006097 ttgaaattaatgttgctgatttgggagggtgtctttgtttgattgtgaattatcaaactactaagattgatgtatgggtgatgaaagaatatggttgtaa 12006196  T
Q  146 agatagttggtgtaaactttttactttgatgaaatcgtgt 185  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  12006197 agatagttggtgtaaactttttactttgatgggatcgtgt 12006236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 56 - 200
Target Start/End: Original strand, 9061130 - 9061274
Alignment:
Q  56 tgttgctgctttgggaggatgtctttgtatgactgtgaattatgaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaacaatatggattaaaagatagttgg 155  Q
    |||||||| |||||| || |||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||  | ||||||||||    
T  9061130 tgttgctgttttgggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatggatctagagatagttgg 9061229  T
Q  156 tgtaaactttttactttgatgaaatcgtgtgtcacttcacatttg 200  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||| ||| ||||| ||||    
T  9061230 tgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttg 9061274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 58 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 10335995 - 10335868
Alignment:
Q  58 ttgctgctttgggaggatgtctttgtatgactgtgaattatgaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaacaatatggattaaaagatagttggtg 157  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |  | ||||||||||||    
T  10335995 ttgctgttttgggagggtgtctttgtttgcctgtgaattatcaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggctgtagagatagttggtg 10335896  T
Q  158 taaactttttactttgatgaaatcgtgt 185  Q
    ||||| |||||||||| | |||||||||    
T  10335895 taaacattttactttggttaaatcgtgt 10335868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 46 - 185
Target Start/End: Original strand, 12012525 - 12012664
Alignment:
Q  46 ttgaaattgatgttgctgctttgggaggatgtctttgtatgactgtgaattatgaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaacaatatggattaaa 145  Q
    ||||||||  |||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||| || |||||||||| |||||||| | |||||||||| ||||||| |  ||    
T  12012525 ttgaaatttctgttgctgatttgggagggtgtctttgtatgattgtgaatcatcaaactactaagattgatgtattggtgatgaaagaatatggttgtaa 12012624  T
Q  146 agatagttggtgtaaactttttactttgatgaaatcgtgt 185  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  12012625 agatagttggtgtaaactttttactttggtggaatcgtgt 12012664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 46 - 217
Target Start/End: Original strand, 11987469 - 11987637
Alignment:
Q  46 ttgaaattgatgttgctgctttgggaggatgtctttgtatgactgtgaattatgaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaacaatatggattaaa 145  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||| || |   |||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||  |     
T  11987469 ttgaaattgatgttgctgttttgggagggtgtctttgtttgactgtgaatcatca---tactaagattgatatttgggtgatgaaagaatatggatgtag 11987565  T
Q  146 agatagttggtgtaaactttttactttgatgaaatcgtgtgtcacttcacatttgaaatcttcgagtccttt 217  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||| ||  || || ||||||||||| ||| |||||    
T  11987566 agatagttggtgtaaacttttcacattgatggaatcgtgtttcgttttacctttgaaatctttgagcccttt 11987637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 52 - 218
Target Start/End: Original strand, 9284175 - 9284341
Alignment:
Q  52 ttgatgttgctgctttgggaggatgtctttgtatgactgtgaattatgaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaacaatatggattaaaagatag 151  Q
    |||| ||||||| ||| ||||| |||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |  | ||||||    
T  9284175 ttgaggttgctgttttaggaggttgtcttagtatgattgtgaattatcaaactactaaaattgacgtttgggtgatgaaagaatatggttctagagatag 9284274  T
Q  152 ttggtgtaaactttttactttgatgaaatcgtgtgtcacttcacatttgaaatcttcgagtccttta 218  Q
    |||||||||| ||||||||||| | |||||  |  |||||| || ||||||||||| ||| ||||||    
T  9284275 ttggtgtaaaatttttactttggttaaatcacggttcactttacgtttgaaatctttgaggccttta 9284341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 46 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 10372021 - 10371894
Alignment:
Q  46 ttgaaattgatgttgctgctttgggaggatgtctttgtatgactgtgaattatgaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaacaatatggattaaa 145  Q
    ||||||||  |||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||  ||||| |||||||||||||| ||||||| |  |     
T  10372021 ttgaaattcgtgttgctgttttaggagggtgtctttgtatgactgtggattataaaactactaacgttgatatttgggtgatgaaagaatatggttctag 10371922  T
Q  146 agatagttggtgtaaactttttactttg 173  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10371921 agatagttggtgtaaactttttactttg 10371894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 56 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 10353262 - 10353148
Alignment:
Q  56 tgttgctgctttgggaggatgtctttgtatgactgtgaattatgaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaacaatatggattaaaagatagttgg 155  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| ||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  | ||| ||||||    
T  10353262 tgttgctgctttaggagggtgtctttgtatgattgtggattataaagatactaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagagagttgg 10353163  T
Q  156 tgtaaactttttact 170  Q
    |||||||||||||||    
T  10353162 tgtaaactttttact 10353148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 46 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 10347948 - 10347824
Alignment:
Q  46 ttgaaattgatgttgctgctttgggaggatgtctttgtatgactgtgaattatgaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaacaatatggattaaa 145  Q
    ||||| || ||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||  ||||| ||  ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||  |     
T  10347948 ttgaagttcatgttgctgttttgggagggtgtctttgtatcactgtcgattataaagatactaaaattgatgtttgggtcatgaaagaatatggatgtag 10347849  T
Q  146 agatagttggtgtaaactttttact 170  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  10347848 agatagttggtgtaaactttttact 10347824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 58 - 169
Target Start/End: Original strand, 7115633 - 7115744
Alignment:
Q  58 ttgctgctttgggaggatgtctttgtatgactgtgaattatgaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaacaatatggattaaaagatagttggtg 157  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  | ||| || |||||    
T  7115633 ttgctgttttgggagggtgtctttgtatgattgtgaattatagaactactaaaacagatgtttgggtgatgaaacaatatggatctagagacagctggtg 7115732  T
Q  158 taaactttttac 169  Q
    ||||||||||||    
T  7115733 taaactttttac 7115744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 46 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 9274684 - 9274554
Alignment:
Q  46 ttgaaattgatgttgctgctttgggaggatgtctttgtatgactgtgaattatgaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaacaatatggattaaa 145  Q
    |||||||| |||||| || ||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||  || |||| || |||| ||||||||||||||| ||||||| |  |     
T  9274684 ttgaaattaatgttgttgttttggaagggtgtctttgtatgactttgaattatcgaaatactgaatttgaagtttgggtgatgaaagaatatggttctac 9274585  T
Q  146 agatagttggtgtaaactttttactttgatg 176  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9274584 agatagttggtgtaaactttttactttgatg 9274554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 46 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 9321142 - 9320973
Alignment:
Q  46 ttgaaattgatgttgctgctttgggaggatgtctttgtatgactgtgaattatgaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaacaatatggattaaa 145  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||| |||||||| ||||||    |||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||| |  |     
T  9321142 ttgaaattgatgttgatgttttgggagggtgtctttgcatgactt---attacgaaactacaaaagttgatgtttgggtgatgaaagaatatggttctag 9321046  T
Q  146 agatagttggtgtaaactttttactttgatgaaatcgtgtgtcacttcacatttgaaatcttcgagtccttta 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||  |  || || ||||||||||| ||| ||||||    
T  9321045 agatagttggtgtaaactttttactatggttaaatcgtgttacgatttacctttgaaatctttgaggccttta 9320973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 49 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 9316173 - 9316055
Alignment:
Q  49 aaattgatgttgctgctttgggaggatgtctttgtatgactgtgaattatgaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaacaatatggattaaaaga 148  Q
    |||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||| | |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||           
T  9316173 aaattgctgttgctgttttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatcaaactactaaaactgatgtttgggtgatgaaagactatggat------c 9316080  T
Q  149 tagttggtgtaaactttttactttg 173  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  9316079 tagttggtgtaaactttttactttg 9316055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 91 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 7612057 - 7611975
Alignment:
Q  91 tgaattatgaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaacaatatggattaaaagatagttggtgtaaactttttactttg 173  Q
    ||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  7612057 tgaattatgaaactattaagtttgatgtttgggtgatgaaagaatatggattaaaagatagttggtgtaaattgtttactttg 7611975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 49 - 185
Target Start/End: Original strand, 12018864 - 12019006
Alignment:
Q  49 aaattgatgttgctgctttgggaggatgtctttgtatgactgtgaattatg------aaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaacaatatggatt 142  Q
    |||||| |||||||| ||||||||| ||||||||| ||| | ||||||||       ||| |||||| || | |||||||||||||||| |||||||||     
T  12018864 aaattgctgttgctgatttgggagggtgtctttgtttgattatgaattatcgaaatcaaattactaagataggtgtttgggtgatgaaagaatatggatg 12018963  T
Q  143 aaaagatagttggtgtaaactttttactttgatgaaatcgtgt 185  Q
     | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  12018964 tagagatagttggtgtaaactttttactttgatggaatcgtgt 12019006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 50 - 109
Target Start/End: Original strand, 8576392 - 8576451
Alignment:
Q  50 aattgatgttgctgctttgggaggatgtctttgtatgactgtgaattatgaaactactaa 109  Q
    |||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  8576392 aattgatgttgctgtttttggagggtgtctttgtatgagtgtgaattatgaaactactaa 8576451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #23
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 102 - 172
Target Start/End: Original strand, 8579522 - 8579592
Alignment:
Q  102 actactaaaattgatgtttgggtgatgaaacaatatggattaaaagatagttggtgtaaactttttacttt 172  Q
    ||||||||  |||| ||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||| | ||||||||    
T  8579522 actactaaggttgaggtttgggtgatgaaaaaatatggatttagagatagttggtgtaaattgtttacttt 8579592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #24
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 91 - 161
Target Start/End: Original strand, 17566107 - 17566177
Alignment:
Q  91 tgaattatgaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaacaatatggattaaaagatagttggtgtaaa 161  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||| ||| |||||||||| | ||||| ||||||||||    
T  17566107 tgaattatcaaactactaatgttgatgtttgggtgattaaagaatatggatttagagataattggtgtaaa 17566177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 92; Significance: 8e-45; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 52 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 37462649 - 37462476
Alignment:
Q  52 ttgatgttgctgctttgggaggatgtctttgtatgactgtgaattatgaaa---ctactaaaattgatgtttgggtgatgaaacaatatggattaaaaga 148  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||   |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||  | |||    
T  37462649 ttgatgttgctgttttgggaggctgtctttgtatgactgtgaattataaaaaaactactaaatttgatgtttgggtgatgaaagaatatggatctagaga 37462550  T
Q  149 tagttggtgtaaactttttactttgatgaaatcgtgtgtcacttcacatttgaaatcttcgagtcctttatgtt 222  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||   ||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||    
T  37462549 tagttggtgtaaactttgtactgtggataaatcgtgtttcacttcacctttgaaatctttgaggcctttatgtt 37462476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 75 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 39427780 - 39427680
Alignment:
Q  75 tgtctttgtatgactgtgaatt---atgaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaacaatatggattaaaagatagttggtgtaaactttttactt 171  Q
    ||||||||||| ||||||| ||   ||| ||||| |||  |||||||||||||||||||| |||||||||  | | |||||||||||||| | |||||||    
T  39427780 tgtctttgtattactgtgagttgtaatggaactaataagtttgatgtttgggtgatgaaagaatatggatatagatatagttggtgtaaattgtttactt 39427681  T
Q  172 t 172  Q
    |    
T  39427680 t 39427680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 76; Significance: 3e-35; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 51 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 45243857 - 45243686
Alignment:
Q  51 attgatgttgctgctttgggaggatgtctttgtatgactgtgaattatgaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaacaatatggattaaaagata 150  Q
    ||||||| ||| | ||||||||  ||||||||||||| |||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||| |  | |||||    
T  45243857 attgatgatgcggttttgggagagtgtctttgtatgattgtgaattatcaaactaatgaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggttctagagata 45243758  T
Q  151 gttggtgtaaactttttactttgatgaaatcgtgtgtcacttcacatttgaaatcttcgagtcctttatgtt 222  Q
     |||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||| ||  |||||| |||||| ||| ||||||||||    
T  45243757 tttggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttcaattttcatttggaatctttgaggcctttatgtt 45243686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 75 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 45230569 - 45230419
Alignment:
Q  75 tgtctttgtatgactgtgaattatgaaactactaaaattgatg---tttgggtgatgaaacaatatggattaaaagatagttggtgtaaactttttactt 171  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||   |||||||||||||| ||||||| |  | ||||||||||||||||||||||||||    
T  45230569 tgtctttgtatgattgtgaattatcaaactaataaaattgatgatgtttgggtgatgaaagaatatggttctagagatagttggtgtaaactttttactt 45230470  T
Q  172 tgatgaaatcgtgtgtcacttcacatttgaaatcttcgagtcctttatgtt 222  Q
    || | ||||||||  ||| ||  ||||||  ||||| ||| ||||||||||    
T  45230469 tggttaaatcgtggttcaattttcatttggtatctttgagacctttatgtt 45230419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 100 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 45238059 - 45237987
Alignment:
Q  100 aaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaacaatatggattaaaagatagttggtgtaaactttttacttt 172  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||    
T  45238059 aaactactcaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaactttttacttt 45237987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 74; Significance: 4e-34; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 56 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 26575014 - 26574885
Alignment:
Q  56 tgttgctgctttgggaggatgtctttgtatgactgtgaattatgaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaacaatatggattaaaagatagttgg 155  Q
    |||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||| ||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  | ||||||||||    
T  26575014 tgttgctgatttaggagggtgtctttgtatgactgtggattataaagatactaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagttgg 26574915  T
Q  156 tgtaaactttttactttgatgaaatcgtgt 185  Q
    ||||||||||||||| || | |||||||||    
T  26574914 tgtaaactttttactgtggttaaatcgtgt 26574885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 91 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 561340 - 561273
Alignment:
Q  91 tgaattatgaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaacaatatggattaaaagatagttggtgt 158  Q
    ||||| || ||||||||||  ||||||||||||| |||||| |||||||||| | |||||||||||||    
T  561340 tgaataataaaactactaaggttgatgtttgggtaatgaaagaatatggatttagagatagttggtgt 561273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 74; Significance: 4e-34; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 49 - 218
Target Start/End: Original strand, 29467762 - 29467931
Alignment:
Q  49 aaattgatgttgctgctttgggaggatgtctttgtatgactgtgaattatgaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaacaatatggattaaaaga 148  Q
    ||||||||||||| | ||||||||| |||||||   ||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||  | |||    
T  29467762 aaattgatgttgcggttttgggagggtgtctttagttgattgtgaattatcaaactagtaaaattgatgtttggttgatgaaagaatatggatgtagaga 29467861  T
Q  149 tagttggtgtaaactttttactttgatgaaatcgtgtgtcacttcacatttgaaatcttcgagtccttta 218  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| | | ||||||| |||||| ||| ||| |||||| ||| ||||||    
T  29467862 tagttggcgtaaactttttactttggttagatcgtgtttcactttacagttggaatctttgaggccttta 29467931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 46 - 173
Target Start/End: Original strand, 29453283 - 29453410
Alignment:
Q  46 ttgaaattgatgttgctgctttgggaggatgtctttgtatgactgtgaattatgaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaacaatatggattaaa 145  Q
    ||||||||| |||||| | ||||| ||| ||||||||||||| |||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |     
T  29453283 ttgaaattggtgttgcggttttggaagggtgtctttgtatgattgtgaattatcaaactgttaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtag 29453382  T
Q  146 agatagttggtgtaaactttttactttg 173  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||    
T  29453383 agatagctggtgtgaactttttactttg 29453410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 75 - 173
Target Start/End: Original strand, 29443329 - 29443427
Alignment:
Q  75 tgtctttgtatgactgtgaattatgaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaacaatatggattaaaagatagttggtgtaaactttttactttg 173  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||  | |||||| |||||||||||||||||||||    
T  29443329 tgtctttgtatgattgtgaattatcaaactgctaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagctggtgtaaactttttactttg 29443427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 46 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 29423428 - 29423301
Alignment:
Q  46 ttgaaattgatgttgctgctttgggaggatgtctttgtatgactgtgaattatgaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaacaatatggattaaa 145  Q
    ||||||||| |||||| | | ||| ||| || ||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||| |||||||| |||||||||  |     
T  29423428 ttgaaattggtgttgcggttctggaagggtgcctttgtatgactgtgaattatcaaactgttaaaattgatgtttggctgatgaaagaatatggatgtag 29423329  T
Q  146 agatagttggtgtaaactttttactttg 173  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||    
T  29423328 agatagctggtgtaaactttttactttg 29423301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 56; Significance: 2e-23; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 46 - 205
Target Start/End: Original strand, 41966684 - 41966843
Alignment:
Q  46 ttgaaattgatgttgctgctttgggaggatgtctttgtatgactgtgaattatgaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaacaatatggattaaa 145  Q
    ||||||||  |||| ||| ||||||||| ||||||||||||  |||| ||||| ||||||   |  |||||||||||||||||||| ||||| |||  |     
T  41966684 ttgaaatttctgtttctgttttgggagggtgtctttgtatggttgtggattatcaaactagcgatgttgatgtttgggtgatgaaagaatatcgatctag 41966783  T
Q  146 agatagttggtgtaaactttttactttgatgaaatcgtgtgtcacttcacatttgaaatc 205  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| ||| ||||||||  |||||||||    
T  41966784 agatagctggtgtaaactttttactttggttaaatcttgtttcacttcatctttgaaatc 41966843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 47; Significance: 6e-18; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 95 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 36224532 - 36224454
Alignment:
Q  95 ttatgaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaacaatatggattaaaagatagttggtgtaaactttttactttg 173  Q
    ||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||| | |||||||||    
T  36224532 ttatggaactaataaatttgatgtttgggtgatgaaagaatatggatttagagatagttggtgtaaattgtttactttg 36224454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University