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 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1496_low_6 (Length: 422)

Name: NF1496_low_6
Description: NF1496
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1496_low_6
NF1496_low_6
[»] chr4 (17 HSPs)
chr4 (150-335)||(53994604-53994789)
chr4 (154-332)||(47304538-47304716)
chr4 (150-338)||(43137078-43137265)
chr4 (150-304)||(15521732-15521886)
chr4 (215-338)||(1458710-1458833)
chr4 (150-311)||(31763228-31763388)
chr4 (151-280)||(34458656-34458785)
chr4 (151-303)||(47681616-47681768)
chr4 (153-323)||(13610818-13610988)
chr4 (184-313)||(23602385-23602514)
chr4 (200-320)||(7291333-7291453)
chr4 (220-281)||(19901527-19901588)
chr4 (219-338)||(50689831-50689950)
chr4 (199-305)||(51084643-51084749)
chr4 (215-303)||(38069139-38069226)
chr4 (154-284)||(52254785-52254915)
chr4 (151-304)||(1180060-1180213)
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (151-338)||(9459173-9459360)
chr7 (151-335)||(5738536-5738720)
chr7 (153-323)||(9626258-9626428)
chr7 (199-322)||(3525484-3525607)
chr7 (151-276)||(12218623-12218748)
chr7 (220-303)||(3406170-3406253)
chr7 (193-304)||(4919685-4919796)
chr7 (217-311)||(26425742-26425836)
chr7 (268-332)||(12218372-12218436)
chr7 (220-272)||(21524257-21524309)
chr7 (219-276)||(27157124-27157181)
[»] chr2 (13 HSPs)
chr2 (211-338)||(40355558-40355685)
chr2 (151-332)||(38855090-38855271)
chr2 (151-305)||(34640476-34640630)
chr2 (151-334)||(38119926-38120109)
chr2 (199-334)||(41533416-41533551)
chr2 (229-314)||(12069043-12069128)
chr2 (199-311)||(38064467-38064579)
chr2 (193-276)||(30491111-30491194)
chr2 (216-334)||(42471854-42471972)
chr2 (150-315)||(5306035-5306200)
chr2 (145-284)||(19090301-19090440)
chr2 (200-284)||(17913894-17913978)
chr2 (150-276)||(30618156-30618282)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (150-311)||(34582978-34583139)
chr5 (151-338)||(40896988-40897175)
chr5 (180-304)||(16719670-16719794)
chr5 (151-276)||(10542335-10542460)
chr5 (194-303)||(31224210-31224319)
chr5 (184-324)||(5927145-5927285)
chr5 (193-322)||(12621811-12621941)
chr5 (200-305)||(28283634-28283739)
chr5 (195-276)||(29454658-29454739)
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (151-332)||(40707716-40707898)
chr1 (150-281)||(38669503-38669634)
chr1 (199-334)||(3289544-3289679)
chr1 (212-334)||(9857244-9857366)
chr1 (200-334)||(13258774-13258907)
chr1 (159-281)||(51127104-51127226)
chr1 (203-320)||(35362448-35362564)
chr1 (220-276)||(8772545-8772601)
chr1 (227-321)||(13642794-13642888)
chr1 (150-276)||(28093551-28093677)
chr1 (157-282)||(31375011-31375136)
chr1 (199-305)||(13142857-13142963)
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (151-334)||(16576580-16576762)
chr8 (151-303)||(29909264-29909416)
chr8 (218-311)||(6636192-6636285)
chr8 (220-281)||(29443052-29443113)
chr8 (193-305)||(6628400-6628511)
chr8 (199-334)||(18311156-18311287)
chr8 (219-276)||(3295187-3295244)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (151-315)||(16166196-16166361)
chr6 (151-321)||(6138552-6138723)
chr6 (218-334)||(30591368-30591484)
chr6 (215-321)||(697842-697948)
chr6 (194-302)||(15055909-15056017)
chr6 (219-321)||(22292823-22292925)
chr6 (227-321)||(22298389-22298483)
chr6 (252-325)||(17196554-17196627)
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (223-322)||(44028215-44028314)
chr3 (151-324)||(9798503-9798676)
chr3 (150-284)||(50385102-50385236)
chr3 (151-271)||(53199944-53200064)
chr3 (153-324)||(4957569-4957740)
chr3 (150-262)||(43107881-43107993)
chr3 (217-303)||(54739189-54739275)
chr3 (151-213)||(29652861-29652923)
chr3 (239-324)||(6130653-6130738)
[»] scaffold0004 (1 HSPs)
scaffold0004 (154-305)||(35199-35345)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 110; Significance: 3e-55; HSPs: 17)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 150 - 335
Target Start/End: Original strand, 53994604 - 53994789
Alignment:
Q  150 ttaggggtgggaataggtcaggccgcttgccagaggcctataactcggtctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttg 249  Q
    ||||||||||||||||| | ||||| ||| ||| |||||||  ||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| || ||  |||    
T  53994604 ttaggggtgggaataggcctggccgtttgtcaggggcctatggctcggcctactaaaagcccggtttggcctaactcgtttaataaatgagtcaaagttg 53994703  T
Q  250 agctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttataaaaaagcttatcaagcctatcaggccagcccgtatac 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||  |||||||||    
T  53994704 agctttttaaaaagcctattaatttaattaggctagacttaggcttataaaaaagcatatcaagcctattaggccgacccgtatac 53994789  T

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Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 154 - 332
Target Start/End: Original strand, 47304538 - 47304716
Alignment:
Q  154 gggtgggaataggtcaggccgcttgccagaggcctataactcggtctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttgagct 253  Q
    ||||| |||||||||||||||  || ||| |||||||  ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||    
T  47304538 gggtgagaataggtcaggccgtctgtcaggggcctatggctcgggctactaaaagcccgactcggcctaactcgtttaataaatgagtcaagcttgaact 47304637  T
Q  254 ttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttataaaaaagcttatcaagcctatcaggccagcccgta 332  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||     |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  47304638 ttttaaaaatcctatcaatttaattaggtcgggcttaggcttacaaaaaagcttatcatgcctatcaggccggcccgta 47304716  T

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Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 150 - 338
Target Start/End: Original strand, 43137078 - 43137265
Alignment:
Q  150 ttaggggtgggaataggtcaggccgcttgccagaggcctataactcggtctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttg 249  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||| ||| |||||||  ||||| ||| | ||| |||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||    
T  43137078 ttaggggtgggaataggccaggtcgcttgtcaggggcctatggctcggcctattgaaaacccggctcggcctagctcgtttaataaatgtgtcaagcttg 43137177  T
Q  250 agctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttataaaaaagcttatcaagcctatcaggccagcccgtatacgag 338  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |  ||||||| || ||||||||  |||||| |||||||| | |||||||||||||    
T  43137178 agctttttaaaaaccctattaatttaattaggccaggcttaggc-taaaaaaaagcccatcaagtctatcaggtcggcccgtatacgag 43137265  T

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Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 150 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 15521886 - 15521732
Alignment:
Q  150 ttaggggtgggaataggtcaggccgcttgccagaggcctataactcggtctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttg 249  Q
    ||||| ||||||||||||||| || || | ||| ||||||| |||| | |||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  15521886 ttaggagtgggaataggtcagaccactcgtcaggggcctatgactcagcctactaaaagtccggctcgacctaacttgtttaataaatgggttaaacttg 15521787  T
Q  250 agctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttataaaaaag 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||| ||||||||||||    
T  15521786 agctttttaaaaagcctattaatttaattaggtcagacttagacttataaaaaag 15521732  T

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Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 215 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 1458833 - 1458710
Alignment:
Q  215 tcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttgagctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttataaaaaagcttatcaagc 314  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||  ||||||||    
T  1458833 tcggcctagctcgtttaataaatgagttaaacttgagcttttttaaaaacctattaatttaattaggccagacttaggcttataaaaaagtctatcaagc 1458734  T
Q  315 ctatcaggccagcccgtatacgag 338  Q
    |||||||||| |||||||||||||    
T  1458733 ctatcaggccggcccgtatacgag 1458710  T

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Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 150 - 311
Target Start/End: Original strand, 31763228 - 31763388
Alignment:
Q  150 ttaggggtgggaataggtcaggccgcttgccagaggcctataactcggtctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttg 249  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| | ||| ||||||| | |||| |||||||||||||| | || |||||||| |||||||||| ||||||   ||    
T  31763228 ttaggggtgggaataggtcaagccgctcgtcaggggcctatgattcggcctactaaaagcccgacccgacctaactcatttaataaataggttaaatatg 31763327  T
Q  250 agctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttataaaaaagcttatca 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || |||| | ||||||||||| ||||||||||||    
T  31763328 agctttttaaaaagcctattaatttaaatatgctaga-ttaggcttatagaaaagcttatca 31763388  T

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Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 151 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 34458785 - 34458656
Alignment:
Q  151 taggggtgggaataggtcaggccgcttgccagaggcctataactcggtctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttga 250  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||  ||||| ||| ||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  34458785 taggggtgggaataggtcaggccgctcgtcaggggcctatggctcggcctagtaaaagttcgggtcggcctaactcgtttaataaatgggtcaaacttga 34458686  T
Q  251 gctttttaaaaagcctattaatttaattag 280  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  34458685 gctttttaaagagcctattaatttaattag 34458656  T

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Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 151 - 303
Target Start/End: Original strand, 47681616 - 47681768
Alignment:
Q  151 taggggtgggaataggtcaggccgcttgccagaggcctataactcggtctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttga 250  Q
    |||| |||||| |||| || |||||| | ||  ||||||| | |||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  47681616 taggagtgggagtaggccaagccgctcgtcaagggcctatgattcggcctactaaaagtccggctcggcctagctcgtttaataaatgggtcaagcttga 47681715  T
Q  251 gctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttataaaaaa 303  Q
    | ||||||||||| |||||||||||||||||  |  |||||||||||||||||    
T  47681716 gatttttaaaaagtctattaatttaattaggtcaggcttaggcttataaaaaa 47681768  T

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Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 153 - 323
Target Start/End: Original strand, 13610818 - 13610988
Alignment:
Q  153 ggggtgggaataggtcaggccgcttgccagaggcctataactcggtctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttgagc 252  Q
    |||||||||||| | ||||| ||||| ||| |||||||  | ||| ||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||| ||| || | |||||    
T  13610818 ggggtgggaataagccaggctgcttgtcaggggcctatggcccggcctactaaaagctcggcccgacctaactcgtttaataaataggtcaaacatgagc 13610917  T
Q  253 tttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttataaaaaagcttatcaagcctatcaggc 323  Q
    |||||||||||| ||||||||||| | || ||   ||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||    
T  13610918 tttttaaaaagcttattaatttaaatgggttaggtttaggcttatagaaaagcctatcaggcctatcaggc 13610988  T

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Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 184 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 23602514 - 23602385
Alignment:
Q  184 ggcctataactcggtctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttgagctttttaaaaagcctattaatttaattaggct 283  Q
    |||||||  ||||| ||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||  |||| |||||||||||| |||||||||||||||||      
T  23602514 ggcctatggctcggcctattaaaagctcggttcggcctaactcgtttaataaatgagttaaatttgaactttttaaaaagtctattaatttaattaggtc 23602415  T
Q  284 atacttaggcttataaaaaagcttatcaag 313  Q
    |  ||||||||||||||||||  |||||||    
T  23602414 aagcttaggcttataaaaaagtctatcaag 23602385  T

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Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 200 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 7291453 - 7291333
Alignment:
Q  200 tactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttgagctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttataa 299  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||| | ||||||    
T  7291453 tactaaaagaccggttcggcctaactcgtttagtaaatgagtcaagtttgagctttttaaaaagcctattaatttaattaggtctgacttatgattataa 7291354  T
Q  300 aaaagcttatcaagcctatca 320  Q
    |||||  |||||| |||||||    
T  7291353 aaaagtctatcaaacctatca 7291333  T

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Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 220 - 281
Target Start/End: Original strand, 19901527 - 19901588
Alignment:
Q  220 ctaactcgtttaataaatgggttaagcttgagctttttaaaaagcctattaatttaattagg 281  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  19901527 ctaactcgtttaataaataggtcaagcttgagctttttaaaaagcatattaatttaaatagg 19901588  T

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Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 219 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 50689950 - 50689831
Alignment:
Q  219 cctaactcgtttaataaatgggttaagcttgagctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttataaaaaagcttatcaagcctat 318  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||  ||||||||||||||||| |||||||| || | || ||  ||||| |  |||||||| ||||||| | ||||    
T  50689950 cctaactcgtttaataaataggctaagtatgagctttttaaaaagcatattaattaaaatgggttaggcttagacggataaaaaaacttatcatgtctat 50689851  T
Q  319 caggccagcccgtatacgag 338  Q
    |||||  |||||||||||||    
T  50689850 caggctggcccgtatacgag 50689831  T

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Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 199 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 51084749 - 51084643
Alignment:
Q  199 ctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttgagctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttata 298  Q
    ||||| || ||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| |||  |||||||||||||||  |||||||||| |||||||  || |||||||||    
T  51084749 ctacttaatgcccggctcagcctagctcgtttattaaataggttaggctcaagctttttaaaaagctcattaatttaaataggctaggctcaggcttata 51084650  T
Q  299 aaaaagc 305  Q
     ||||||    
T  51084649 gaaaagc 51084643  T

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Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 215 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 38069226 - 38069139
Alignment:
Q  215 tcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttgagctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttataaaaaa 303  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||   |||||||||| |||||||||||||| ||| ||| |||  ||||| |||||||||||    
T  38069226 tcggtctaactcgtttaataaataggttaaatatgagcttttt-aaaagcctattaatctaaatagactaggcttagacttataaaaaa 38069139  T

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Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 154 - 284
Target Start/End: Original strand, 52254785 - 52254915
Alignment:
Q  154 gggtgggaataggtcaggccgcttgccagaggcctataactcggtctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttgagct 253  Q
    |||||| |||||| ||||| ||| | ||| ||||||| || ||| ||||  |||| | |||||||||||| | ||||| ||||  |||||| ||  ||||    
T  52254785 gggtggaaataggccaggctgctcgtcaggggcctatgacccggcctacctaaagtctggctcggcctaatttgtttattaaacaggttaaactcaagct 52254884  T
Q  254 ttttaaaaagcctattaatttaattaggcta 284  Q
    ||||| |||||  |||||||||| |||||||    
T  52254885 ttttataaagctcattaatttaaataggcta 52254915  T

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Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 151 - 304
Target Start/End: Original strand, 1180060 - 1180213
Alignment:
Q  151 taggggtgggaataggtcaggccgcttgccagaggcctataactcggtctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttga 250  Q
    ||||||||| |||||||||||||| | | ||| || |||| |  ||  ||||| |||| ||  ||||  |||||||||||| ||||| ||| |  ||  |    
T  1180060 taggggtggaaataggtcaggccgttcgtcaggggtctatgaaccgccctacttaaagtccaactcgatctaactcgtttattaaataggtaatactcaa 1180159  T
Q  251 gctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttataaaaaag 304  Q
    |||||||||||||   |||||||||| ||||||| ||| ||||||||| |||||    
T  1180160 gctttttaaaaagttcattaatttaaataggctagactaaggcttatagaaaag 1180213  T

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Target: chr7 (Bit Score: 100; Significance: 2e-49; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 151 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 9459360 - 9459173
Alignment:
Q  151 taggggtgggaataggtcaggccgcttgccagaggcctataactcggtctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttga 250  Q
    ||||||||||| |||||||| | ||| |  ||||||||||  ||||  |||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||| || ||||||||    
T  9459360 taggggtgggattaggtcagcctgctcgttagaggcctatggctcgtcctacaaaaagcccggctcggcctagcttgtttaataaatgagtcaagcttga 9459261  T
Q  251 gctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttataaaaaagcttatcaagcctatcaggccagcccgtatacgag 338  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||  | |||||||||||||    
T  9459260 gctttttaaaaagcctattgatttaattaggccagacttaggcttataaaaaagcctatcaagcctatcagatcggcccgtatacgag 9459173  T

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Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 151 - 335
Target Start/End: Original strand, 5738536 - 5738720
Alignment:
Q  151 taggggtgggaataggtcaggccgcttgccagaggcctataactcggtctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttga 250  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| | ||| |||||||  || || ||||||||||  | |||| | |||||||||||||||||||||| ||  ||||    
T  5738536 taggggtgggaataggccaggccgctcgtcaggggcctatggcttggcctactaaaagttcagctcagtctaactcgtttaataaatgggtcaaatttga 5738635  T
Q  251 gctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttataaaaaagcttatcaagcctatcaggccagcccgtatac 335  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| |   |||||||||||||||||  |||||||||||||||  | ||||||||||    
T  5738636 gctttttaaaaagtctattaatttaattaggccaagtttaggcttataaaaaagtctatcaagcctatcagaacggcccgtatac 5738720  T

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Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 153 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 9626428 - 9626258
Alignment:
Q  153 ggggtgggaataggtcaggccgcttgccagaggcctataactcggtctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttgagc 252  Q
    |||||||||||| | ||||| ||||| ||| |||||||  | ||| ||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||| ||| || | |||||    
T  9626428 ggggtgggaataagccaggctgcttgtcaggggcctatggcccggcctactaaaagctcggcccgacctaactcgtttaataaataggtcaaacatgagc 9626329  T
Q  253 tttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttataaaaaagcttatcaagcctatcaggc 323  Q
    |||||||||||| ||||||||||| | || ||   ||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||    
T  9626328 tttttaaaaagcttattaatttaaatgggttaggtttaggcttatagaaaagcctatcaggcctatcaggc 9626258  T

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Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 199 - 322
Target Start/End: Original strand, 3525484 - 3525607
Alignment:
Q  199 ctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttgagctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttata 298  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| | || |||| ||||||||||| |||||||||||| | || ||  ||||||||||||    
T  3525484 ctactgaaagcccggcccggcctaactcgtttaataaataggtcaggcatgagatttttaaaaagtctattaatttaaatgggttaggcttaggcttata 3525583  T
Q  299 aaaaagcttatcaagcctatcagg 322  Q
    ||||||| |||||||| |||||||    
T  3525584 aaaaagcctatcaagcttatcagg 3525607  T

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Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 151 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 12218748 - 12218623
Alignment:
Q  151 taggggtgggaataggtcaggccgcttgccagaggcctataactcggtctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttga 250  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||  | ||| |||||||  ||||  ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| || || ||| |    
T  12218748 tagggatgggaataggccaggccgcccgtcaggggcctatggctcgacctactaaaagctcggctcggcctatctcgtttaataaatgagtcaaacttaa 12218649  T
Q  251 gctttttaaaaagcctattaatttaa 276  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||    
T  12218648 gctttttaaaaagactattaatttaa 12218623  T

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Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 220 - 303
Target Start/End: Original strand, 3406170 - 3406253
Alignment:
Q  220 ctaactcgtttaataaatgggttaagcttgagctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttataaaaaa 303  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||  ||  ||||||| |||||||||    
T  3406170 ctaactcatttaataaataggttaagcatgagctttttaaaaaacctattaatttaaatagcttaggcttaggcatataaaaaa 3406253  T

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Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 193 - 304
Target Start/End: Original strand, 4919685 - 4919796
Alignment:
Q  193 ctcggtctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttgagctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttagg 292  Q
    ||||| ||||||||||| | |||  ||||| ||||||||||| |||| | || ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |   |||||     
T  4919685 ctcggcctactaaaagctcagcttagcctagctcgtttaatagatggatcaaacttgaactttttaaaaagcctattaatttaaataggttgggcttaga 4919784  T
Q  293 cttataaaaaag 304  Q
    ||||||||||||    
T  4919785 cttataaaaaag 4919796  T

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Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 217 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 26425836 - 26425742
Alignment:
Q  217 ggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttgagctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttataaaaaagcttatca 311  Q
    ||||||||||||||||||||  ||| |||| | ||||||||||||||| | ||||||||| | ||| |  |||| ||||||||||||||||||||    
T  26425836 ggcctaactcgtttaataaaaaggtcaagcattagctttttaaaaagcttgttaatttaaatgggccaggcttaagcttataaaaaagcttatca 26425742  T

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Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 268 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 12218436 - 12218372
Alignment:
Q  268 ttaatttaattaggctatacttaggcttataaaaaagcttatcaagcctatcaggccagcccgta 332  Q
    |||||||||||||||    ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||    
T  12218436 ttaatttaattaggccgggcttaggcttataaaaaagcatatcaagtctatcaggccggcccgta 12218372  T

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Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 220 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 21524309 - 21524257
Alignment:
Q  220 ctaactcgtttaataaatgggttaagcttgagctttttaaaaagcctattaat 272  Q
    |||||||||||||||||| | |||||| | ||||||||||||||| |||||||    
T  21524309 ctaactcgtttaataaatagattaagcattagctttttaaaaagcatattaat 21524257  T

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Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 219 - 276
Target Start/End: Original strand, 27157124 - 27157181
Alignment:
Q  219 cctaactcgtttaataaatgggttaagcttgagctttttaaaaagcctattaatttaa 276  Q
    ||||||||||||||||| | ||  || | | |||||||||||||||||||||||||||    
T  27157124 cctaactcgtttaataactcggccaaacataagctttttaaaaagcctattaatttaa 27157181  T

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Target: chr2 (Bit Score: 96; Significance: 6e-47; HSPs: 13)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 211 - 338
Target Start/End: Original strand, 40355558 - 40355685
Alignment:
Q  211 cggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttgagctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttataaaaaagcttatc 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||  | |||||||||||||||||||| |||     
T  40355558 cggctcggcctaactcgtttaataaatgggtcaaacttgagctttttaaaaagcctactaatttaattaggtcagacttaggcttataaaaaagcctatg 40355657  T
Q  311 aagcctatcaggccagcccgtatacgag 338  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  40355658 aagcctatcaggccagcccgtatacgag 40355685  T

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Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 151 - 332
Target Start/End: Original strand, 38855090 - 38855271
Alignment:
Q  151 taggggtgggaataggtcaggccgcttgccagaggcctataactcggtctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttga 250  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||  | ||  |||||||  ||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||    
T  38855090 taggggtgggaataggccagaccgcccgtcaacggcctatggctcggcctactaaaagccaggctcgacctaactcgtttaaaaaatgagtcaagcttga 38855189  T
Q  251 gctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttataaaaaagcttatcaagcctatcaggccagcccgta 332  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||| ||||||| |||||||| | |||||||    
T  38855190 gctttttaaaaagcctattaatttaattaggctaggcttaggctcataaaaaagcctatcaagtctatcaggtcggcccgta 38855271  T

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Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 151 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 34640630 - 34640476
Alignment:
Q  151 taggggtgggaataggtcaggccgcttgccagaggcctataactcggtctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttga 250  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||  | ||| |||||||  ||||| ||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||  || || |||||    
T  34640630 taggggtgggaataggccagaccgcccgtcaggggcctatggctcggcctactaaaagcccggctcgacctagctcgattaataaataagtcaaacttga 34640531  T
Q  251 gctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttataaaaaagc 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||   ||||||||||||||||||||    
T  34640530 gctttttaaaaagcctattaatttaaataggccgaacttaggcttataaaaaagc 34640476  T

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Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 151 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 38120109 - 38119926
Alignment:
Q  151 taggggtgggaataggtcaggccgcttgccagaggcctataactcggtctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttga 250  Q
    |||||||||||||||  ||||| |||   ||  |||||||  |||||  ||| ||||| ||||||||||||| | | |||||||||||||| ||||||||    
T  38120109 taggggtgggaatagaccaggctgctcatcatgggcctatggctcggcttacaaaaagtccggctcggcctagcccatttaataaatgggtcaagcttga 38120010  T
Q  251 gctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttataaaaaagcttatcaagcctatcaggccagcccgtata 334  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |     ||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | |||||||||    
T  38120009 gctttttaaaaagcctattaatttaattatgtagggcttaggcttataaaaaaacttatcaagcctatcagatcggcccgtata 38119926  T

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Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 199 - 334
Target Start/End: Original strand, 41533416 - 41533551
Alignment:
Q  199 ctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttgagctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttata 298  Q
    ||||||||||  ||||||||||||  ||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||||||||    
T  41533416 ctactaaaagttcggctcggcctagatcgtttaataaataggccaagcttgagctttttaaaaagcttattaatttaaataggttatgcttaggcttata 41533515  T
Q  299 aaaaagcttatcaagcctatcaggccagcccgtata 334  Q
    ||||| | |||| ||||||||| |||  ||||||||    
T  41533516 aaaaaacctatcgagcctatcaagccgacccgtata 41533551  T

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Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 229 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 12069128 - 12069043
Alignment:
Q  229 ttaataaatgggttaagcttgagctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttataaaaaagcttatcaagc 314  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||| |||||| ||||||| ||||||||    
T  12069128 ttaataaatgggttaagtttgagctttttaaaaagcctattaatttaattaggccgggcttaagcttattaaaaagcctatcaagc 12069043  T

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Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 199 - 311
Target Start/End: Original strand, 38064467 - 38064579
Alignment:
Q  199 ctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttgagctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttata 298  Q
    ||||||||| ||||  || |||||  |||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||   | |||||||||||    
T  38064467 ctactaaaaacccgattcagcctagttcgtttaataaataagttaagcttgaactttttaaaaagtctattaatttaattaggccggatttaggcttata 38064566  T
Q  299 aaaaagcttatca 311  Q
    ||||||| |||||    
T  38064567 aaaaagcctatca 38064579  T

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Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 193 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 30491194 - 30491111
Alignment:
Q  193 ctcggtctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttgagctttttaaaaagcctattaatttaa 276  Q
    ||||| |||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  30491194 ctcggcctactaaaagtccggttcggcctaacttgtttaataaatgagtcaagcttgagctttttaaaaagtctattaacttaa 30491111  T

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Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 216 - 334
Target Start/End: Original strand, 42471854 - 42471972
Alignment:
Q  216 cggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttgagctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttataaaaaagcttatcaagcc 315  Q
    |||||||||| ||||||||||  |||||  | |||||||||||||||| || ||||||||| |||| ||  |||||||||||||||||| |||||| |||    
T  42471854 cggcctaacttgtttaataaacaggttagacatgagctttttaaaaagtctgttaatttaaataggttaggcttaggcttataaaaaagattatcaggcc 42471953  T
Q  316 tatcaggccagcccgtata 334  Q
    ||| ||| | |||||||||    
T  42471954 tataaggtcggcccgtata 42471972  T

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Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 150 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 5306200 - 5306035
Alignment:
Q  150 ttaggggtgggaataggtcaggccgcttgccagaggcctataactcggtctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttg 249  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||| | ||| |||||||  | ||  ||||| ||||| || | || |||| |||||||||||||  ||| |||| ||    
T  5306200 ttagggatgggaataggccaggccgctcgtcaggggcctatggcccgacctactgaaagctcgacccgacctagctcgtttaataaaaaggtcaagcatg 5306101  T
Q  250 agctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttataaaaaagcttatcaagcc 315  Q
    ||||||||||||| | | ||||||||| | || ||  |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5306100 agctttttaaaaaacttgttaatttaaatgggttaggcttaagcttataaaaaagcttatcaagcc 5306035  T

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Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 145 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 19090440 - 19090301
Alignment:
Q  145 tgtacttaggggtgggaataggtcaggccgcttgccagaggcctataactcggtctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaa 244  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| |   ||||||||||| || |   ||||| ||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||| |     
T  19090440 tgtatttaggggtgggaataggtcaggccgttcctcagaggcctatgacccaacctacttaaagcccggctcggcgtagctcgtttattaaataggtaag 19090341  T
Q  245 gcttgagctttttaaaaagcctattaatttaattaggcta 284  Q
    |||  ||||||||||||||   |||||||||| |||||||    
T  19090340 gctcaagctttttaaaaagttcattaatttaaataggcta 19090301  T

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Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 200 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 17913978 - 17913894
Alignment:
Q  200 tactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttgagctttttaaaaagcctattaatttaattaggcta 284  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||| |||| ||||| ||| |  ||  ||||||||||||||  ||||||||||| |||||||    
T  17913978 tacttaaagctcggctcggcctaactcctttattaaataggtaagactcaagctttttaaaaagtttattaatttaaataggcta 17913894  T

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Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 150 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 30618282 - 30618156
Alignment:
Q  150 ttaggggtgggaataggtcaggccgcttgccagaggcctataactcggtctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttg 249  Q
    |||||| |||||||||| ||| ||||  | | | |||||||  | ||| ||||| ||||| | ||| |||||| ||| |||| ||||| ||||| |||      
T  30618282 ttagggatgggaataggccagaccgcccgtccggggcctatggcacggcctacttaaagctcagctaggcctagctcatttattaaataggttaggctca 30618183  T
Q  250 agctttttaaaaagcctattaatttaa 276  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||    
T  30618182 agctttttaaaaagcttattaatttaa 30618156  T

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Target: chr5 (Bit Score: 86; Significance: 6e-41; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 150 - 311
Target Start/End: Original strand, 34582978 - 34583139
Alignment:
Q  150 ttaggggtgggaataggtcaggccgcttgccagaggcctataactcggtctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttg 249  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||  | |||  ||||||  ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||    
T  34582978 ttaggggtgggaataggccaggccgcccgtcaggagcctatggctcggcctactaaaagctcggctcggcctaactcgtttaatcaatgagtcaagcttg 34583077  T
Q  250 agctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttataaaaaagcttatca 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||| ||||||||| |||||    
T  34583078 agctttttaaaaagcctattaatttaattaggccgggcttaggcttgtaaaaaagcctatca 34583139  T

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Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 151 - 338
Target Start/End: Original strand, 40896988 - 40897175
Alignment:
Q  151 taggggtgggaataggtcaggccgcttgccagaggcctataactcggtctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttga 250  Q
    |||||||||||||||||||||  ||| | ||| |||||||  ||||  ||||||||||| ||| ||||||||  ||||||||||||||||| || ||| |    
T  40896988 taggggtgggaataggtcaggttgctcgtcaggggcctatggctcgacctactaaaagctcggttcggcctagttcgtttaataaatgggtcaaacttaa 40897087  T
Q  251 gctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttataaaaaagcttatcaagcctatcaggccagcccgtatacgag 338  Q
    |||||||||||| | | ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||| | |||| |||||| |||||||||||||    
T  40897088 gctttttaaaaatcttgttaatttaattaggccagacttaggcttataaaaaagcctatcgaacctaccaggccggcccgtatacgag 40897175  T

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Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 180 - 304
Target Start/End: Original strand, 16719670 - 16719794
Alignment:
Q  180 cagaggcctataactcggtctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttgagctttttaaaaagcctattaatttaatta 279  Q
    |||||||||||  ||||| |||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16719670 cagaggcctatggctcggcctactaaaagtctggctcagcctaactcgtttaataaatgagtcaagcttgagctttttaaaaagcctattaatttaatta 16719769  T
Q  280 ggctatacttaggcttataaaaaag 304  Q
    |||    ||||||||||||||||||    
T  16719770 ggccgggcttaggcttataaaaaag 16719794  T

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Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 151 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 10542460 - 10542335
Alignment:
Q  151 taggggtgggaataggtcaggccgcttgccagaggcctataactcggtctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttga 250  Q
    ||||| || ||||||| ||| |||||   ||| |||||||  ||||| ||| ||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10542460 tagggatgagaataggccagaccgctcatcaggggcctatggctcggcctattaaaaactcggctcggcttaactcgtttaataaatgggtcaagcttga 10542361  T
Q  251 gctttttaaaaagcctattaatttaa 276  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  10542360 gctttttaaaaagcctattaatttaa 10542335  T

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Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 194 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 31224319 - 31224210
Alignment:
Q  194 tcggtctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttgagctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggc 293  Q
    |||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||| ||||||||| |||||||| |  |||| ||    
T  31224319 tcggtctattaaaagtcctgctcggcctaactcgtttaataaatgggttaaacttgaacttttaaaaaagtctattaattcaattaggccaggcttacgc 31224220  T
Q  294 ttataaaaaa 303  Q
    ||||||||||    
T  31224219 ttataaaaaa 31224210  T

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Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 184 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 5927285 - 5927145
Alignment:
Q  184 ggcctataactcggtctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttgagctttttaaaaagcctattaatttaattaggct 283  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||| | |  |||||| |||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||| |||||| |||||| |||||     
T  5927285 ggcctatgactcggtctactaaaaacccgacccaacctaacccgtttaataaataggtcaaactttagctttttaaaaaacctattcatttaaataggcc 5927186  T
Q  284 atacttaggcttataaaaaagcttatcaagcctatcaggcc 324  Q
    |||| ||||||||||||||| | |||||  ||||| |||||    
T  5927185 atacataggcttataaaaaatcctatcagtcctataaggcc 5927145  T

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Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 193 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 12621941 - 12621811
Alignment:
Q  193 ctcggtctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttgagctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttagg 292  Q
    ||||| |||||||||| | || | |||||| ||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||      ||||||    
T  12621941 ctcggcctactaaaagtctggtttggcctagctcgtttaataaatgagtcaagtttgagctttttaaaaagcctattaattcaaatagatcgggcttagg 12621842  T
Q  293 cttat-aaaaaagcttatcaagcctatcagg 322  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  12621841 cttataaaaaaagcttatcaagcctatcagg 12621811  T

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Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 200 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 28283739 - 28283634
Alignment:
Q  200 tactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttgagctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttataa 299  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| | |||  || |||||||||||   ||| |||||| |||||||  || |||||||||     
T  28283739 tacttaaagcccggctcggcctagctcgtttattaaataggtaaggctcaagttttttaaaaagttcatttatttaaataggctaggctaaggcttatag 28283640  T
Q  300 aaaagc 305  Q
    ||||||    
T  28283639 aaaagc 28283634  T

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Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 195 - 276
Target Start/End: Original strand, 29454658 - 29454739
Alignment:
Q  195 cggtctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttgagctttttaaaaagcctattaatttaa 276  Q
    ||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||  |||||  ||| || ||||||||||||  ||||||||||    
T  29454658 cggtctacttaaagctcggctcgacctaactcgtttattaaacaggttagacttaagatttttaaaaagctcattaatttaa 29454739  T

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Target: chr1 (Bit Score: 79; Significance: 8e-37; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 151 - 332
Target Start/End: Original strand, 40707716 - 40707898
Alignment:
Q  151 taggggtgggaataggtcaggccgcttgccagaggcctataactcggtctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttga 250  Q
    |||||||||||||||| ||||||||  | ||| |||||||  |||||  |||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||| || ||||||||    
T  40707716 taggggtgggaataggccaggccgcccgtcaggggcctatggctcggcttactgaaagcccggctcggcctaacttgtttaatgaatgagtcaagcttga 40707815  T
Q  251 gctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttat-aaaaaagcttatcaagcctatcaggccagcccgta 332  Q
    |||||||||||| ||||| |||||| |||||    |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| | |||||||    
T  40707816 gctttttaaaaaacctatcaatttatttaggtcggacttaggcttataaaaaaagcctatcaagcctatcaggtcggcccgta 40707898  T

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Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 150 - 281
Target Start/End: Original strand, 38669503 - 38669634
Alignment:
Q  150 ttaggggtgggaataggtcaggccgcttgccagaggcctataactcggtctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttg 249  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||| | ||| |||||||   | || |||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||| || |||||||    
T  38669503 ttaggagtgggaataggccaggccgctcgtcaggggcctatggtttggcctactaaaagcccggtccggcctagctcgtttaataaatgagtcaagcttg 38669602  T
Q  250 agctttttaaaaagcctattaatttaattagg 281  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38669603 agctttttaaaaagcctattaatttaattagg 38669634  T

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Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 199 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 3289679 - 3289544
Alignment:
Q  199 ctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttgagctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttata 298  Q
    ||||||||| |||||| ||| ||| ||||||||||||||| || |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||    
T  3289679 ctactaaaaacccggcacggtctagctcgtttaataaatgagtcaagcttaatctttttaaaaagcctattaatttaattaggtcgggtttaggcttata 3289580  T
Q  299 aaaaagcttatcaagcctatcaggccagcccgtata 334  Q
    ||||| | |||||| ||||||||||| |||||||||    
T  3289579 aaaaaccctatcaaacctatcaggccggcccgtata 3289544  T

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Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 212 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 9857366 - 9857244
Alignment:
Q  212 ggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttgagctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttat-aaaaaagcttatc 310  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||     |||||||||| |||||| | ||||    
T  9857366 ggctaggcctaactcgtttaataaatgagtcaagcttgagctttttaaaaa-cctattaatttaattaggccgggtttaggcttataaaaaaaacctatc 9857268  T
Q  311 aagcctatcaggccagcccgtata 334  Q
    |||||||||||||| || ||||||    
T  9857267 aagcctatcaggccggctcgtata 9857244  T

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Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 200 - 334
Target Start/End: Original strand, 13258774 - 13258907
Alignment:
Q  200 tactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttgagctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttataa 299  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||      |||||||||||||||||||||    | |||||||||| |    
T  13258774 tactaaaagcccggcttagcctaactcgtttaataaatgagtcaagcttgggcttaggctcaagcctattaatttaattaggtcggagttaggcttat-a 13258872  T
Q  300 aaaagcttatcaagcctatcaggccagcccgtata 334  Q
    |||||| |||||||||||||||| | |||||||||    
T  13258873 aaaagcctatcaagcctatcaggtcggcccgtata 13258907  T

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Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 159 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 51127226 - 51127104
Alignment:
Q  159 ggaataggtcaggccgcttgccagaggcctataactcggtctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttgagcttttta 258  Q
    |||||||| |||||| || | ||| || ||||  ||||| ||||||| || || | | |||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||    
T  51127226 ggaataggccaggccactcgtcaggggtctatggctcggcctactaatagtccagtttggcctaactcgtttaataaatgtgtcaagcttaagcttttta 51127127  T
Q  259 aaaagcctattaatttaattagg 281  Q
    ||||| |||||||||||||||||    
T  51127126 aaaaggctattaatttaattagg 51127104  T

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Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 203 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 35362564 - 35362448
Alignment:
Q  203 taaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttgagctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttataaaaa 302  Q
    |||||||||||| | ||||||||| |||||||||| |||||  | ||||||||| ||||||||||||||||||| |  ||||  ||||||||||||||||    
T  35362564 taaaagcccggcccagcctaactcatttaataaataggttagacatgagctttt-aaaaagcctattaatttaaatgagctaggcttaggcttataaaaa 35362466  T
Q  303 agcttatcaagcctatca 320  Q
     || ||||| ||||||||    
T  35362465 cgcctatcaggcctatca 35362448  T

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Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 220 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 8772601 - 8772545
Alignment:
Q  220 ctaactcgtttaataaatgggttaagcttgagctttttaaaaagcctattaatttaa 276  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8772601 ctaactcgtttaataaatgagtcaagcttgagctttttaaaaagcctattaatttaa 8772545  T

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Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 227 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 13642888 - 13642794
Alignment:
Q  227 gtttaataaatgggttaagcttgagctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttat-aaaaaagcttatcaagcctatcag 321  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||| | |||||   |||||||||| |||||||| |||||| ||||||||    
T  13642888 gtttaataaataggttaagcatgagcttttcaaaaagcttattaatttaaat-ggctaggtttaggcttataaaaaaagcctatcaaacctatcag 13642794  T

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Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 150 - 276
Target Start/End: Original strand, 28093551 - 28093677
Alignment:
Q  150 ttaggggtgggaataggtcaggccgcttgccagaggcctataactcggtctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttg 249  Q
    ||||||||||||||||| ||| | ||| | ||| |||||||  | ||  || || ||||| |||| || ||||||||||||||||||  | | || | ||    
T  28093551 ttaggggtgggaataggacagactgctcgtcaggggcctatggcccgacctgctgaaagctcggcccgacctaactcgtttaataaaaagttcaaacatg 28093650  T
Q  250 agctttttaaaaagcctattaatttaa 276  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||    
T  28093651 agctttttaaaaaacctattaatttaa 28093677  T

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Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 157 - 282
Target Start/End: Original strand, 31375011 - 31375136
Alignment:
Q  157 tgggaataggtcaggccgcttgccagaggcctataactcggtctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttgagctttt 256  Q
    |||||||||| ||||| ||  | ||| ||||||| || ||| ||||| ||||  |||||||||||| |||| ||| ||||| ||||| |||  |||||||    
T  31375011 tgggaataggccaggctgcccgtcaggggcctatgacccggcctacttaaagttcggctcggcctagctcggttattaaataggttatgctcaagctttt 31375110  T
Q  257 taaaaagcctattaatttaattaggc 282  Q
    ||||||||  |||| ||||| |||||    
T  31375111 taaaaagctcattattttaaataggc 31375136  T

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Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 199 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 13142963 - 13142857
Alignment:
Q  199 ctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttgagctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttata 298  Q
    ||||| ||||| || |||| |||| |||||||| ||||| ||||| ||   |||||||||||||||  |||||||||| |||||||   | |||||||||    
T  13142963 ctacttaaagctcgactcgacctagctcgtttattaaataggttaggcacaagctttttaaaaagctcattaatttaaataggctaggttaaggcttata 13142864  T
Q  299 aaaaagc 305  Q
     ||||||    
T  13142863 gaaaagc 13142857  T

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Target: chr8 (Bit Score: 76; Significance: 5e-35; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 151 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 16576762 - 16576580
Alignment:
Q  151 taggggtgggaataggtcaggccgcttgccagaggcctataactcggtctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttga 250  Q
    |||||||||||||||| |||| |||  | ||| |||||||  ||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  16576762 taggggtgggaataggccaggtcgcccgtcaggggcctatggctcggcctactaaaagccccgctcagcctaactcgtttaataaatgagtcaagcttga 16576663  T
Q  251 gctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttataaaaaagcttatcaagcctatcaggccagcccgtata 334  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| |     ||||||||||||||| | ||||| ||||| |||| | |||||||||    
T  16576662 gctttataaaaagcctattaatttaattagg-ttggggtaggcttataaaaaatcctatcaggcctaccaggtcggcccgtata 16576580  T

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Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 151 - 303
Target Start/End: Original strand, 29909264 - 29909416
Alignment:
Q  151 taggggtgggaataggtcaggccgcttgccagaggcctataactcggtctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttga 250  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||| | ||| || |||| |  ||| |||||||||| | | |||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||    
T  29909264 taggggtgtgaataggccaggccgctcgtcaggggtctatgatccggcctactaaaagtctgactcggcctaactcgtttaataaataggtcaagcatga 29909363  T
Q  251 gctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttataaaaaa 303  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| | |||||  |||||||||||||||||    
T  29909364 gctttttaaaaatcctattaatttaaatgggctaggcttaggcttataaaaaa 29909416  T

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Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 218 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 6636285 - 6636192
Alignment:
Q  218 gcctaactcgtttaataaatgggttaagcttgagctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttataaaaaagcttatca 311  Q
    |||| |||| |||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| | || ||  ||||||||||||||||||| |||||    
T  6636285 gccttactcatttaataaataggtcaagcatgagctttttaaaaagcctattaatttaaattggttaggcttaggcttataaaaaagcctatca 6636192  T

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Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 220 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 29443113 - 29443052
Alignment:
Q  220 ctaactcgtttaataaatgggttaagcttgagctttttaaaaagcctattaatttaattagg 281  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29443113 ctaactcgtttaataaatgggtcaagtttgaactttttaaaaagcctattaatttaattagg 29443052  T

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Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 193 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 6628511 - 6628400
Alignment:
Q  193 ctcggtctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttgagctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttagg 292  Q
    ||||| ||||| ||||| |||| || ||| |||| |||||||||| ||| || | ||||||||||||||||||||||||||||| | | |||  ||||||    
T  6628511 ctcggcctactgaaagcacggcccgaccttactcatttaataaataggtcaaacatgagctttttaaaaagcctattaatttaaattgactaggcttagg 6628412  T
Q  293 cttataaaaaagc 305  Q
    | |||||||||||    
T  6628411 c-tataaaaaagc 6628400  T

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Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 199 - 334
Target Start/End: Original strand, 18311156 - 18311287
Alignment:
Q  199 ctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttgagctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttata 298  Q
    |||||||||| | | ||| |||||||||||||||||||||  | | |||||| ||||||||||||  ||||||||||  | ||    |||||| ||||||    
T  18311156 ctactaaaagtctgtctcagcctaactcgtttaataaatgactcatgcttgaactttttaaaaagtttattaatttaggtcgg----acttagacttata 18311251  T
Q  299 aaaaagcttatcaagcctatcaggccagcccgtata 334  Q
    ||||||| |||||| | |||| | || |||||||||    
T  18311252 aaaaagcctatcaaacatatcggtccggcccgtata 18311287  T

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Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 219 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 3295244 - 3295187
Alignment:
Q  219 cctaactcgtttaataaatgggttaagcttgagctttttaaaaagcctattaatttaa 276  Q
    |||| |||||||||||||||| | || ||| | ||||||||||| |||||||||||||    
T  3295244 cctatctcgtttaataaatggatcaaacttaaactttttaaaaatcctattaatttaa 3295187  T

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Target: chr6 (Bit Score: 74; Significance: 8e-34; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 151 - 315
Target Start/End: Original strand, 16166196 - 16166361
Alignment:
Q  151 taggggtgggaataggtcaggccgcttgccagaggcctataactcggtctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttga 250  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||  | ||| |||||||  ||||| ||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||| || ||||||||    
T  16166196 taggtgtgggaataggccaggccgcccgtcaggggcctatggctcggcctactaaaagctcggctcggcctagcttgtttaataaatgagtcaagcttga 16166295  T
Q  251 gc-tttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttataaaaaagcttatcaagcc 315  Q
    || ||||||||||||||||||| |||||||||     ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  16166296 gcttttttaaaaagcctattaacttaattaggtcgggcttaggcttataaaaaagcctatcaagcc 16166361  T

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Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 151 - 321
Target Start/End: Original strand, 6138552 - 6138723
Alignment:
Q  151 taggggtgggaataggtcaggccgcttgccagaggcctataactcggtctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttga 250  Q
    |||||||||||||||||||||||| | | ||| ||||||| |  ||| ||||||||||| |||   ||||||||||||||||||||| ||| || | |||    
T  6138552 taggggtgggaataggtcaggccgttcgtcaggggcctatgatccggcctactaaaagctcggtctggcctaactcgtttaataaataggtcaaacatga 6138651  T
Q  251 gctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttat-aaaaaagcttatcaagcctatcag 321  Q
    ||||||||||||| |||||||||||  |  ||||  ||||||||||| |||||||  |||||||||||||||    
T  6138652 gctttttaaaaagtctattaatttacatgagctaggcttaggcttataaaaaaagtatatcaagcctatcag 6138723  T

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Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 218 - 334
Target Start/End: Original strand, 30591368 - 30591484
Alignment:
Q  218 gcctaactcgtttaataaatgggttaagcttgagctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttataaaaaagcttatcaagccta 317  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||     ||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  30591368 gcctagctcgtttaataaatgggtcaaatttgagctttttaaaaagcctattaaattaaataggtcgggcttaggcttataaaaaaacctatcaagccta 30591467  T
Q  318 tcaggccagcccgtata 334  Q
    ||||||| |||||||||    
T  30591468 tcaggccggcccgtata 30591484  T

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Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 215 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 697948 - 697842
Alignment:
Q  215 tcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttgagctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttataaaaaagcttatcaagc 314  Q
    |||| ||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |  | |||||||||||||||||||| |||||| |    
T  697948 tcggtctagctcgtttaataaatgagtcaagcttgagctttttaaaaaacttattaatttaattatgtcaaacttaggcttataaaaaagcctatcaaac 697849  T
Q  315 ctatcag 321  Q
    |||||||    
T  697848 ctatcag 697842  T

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Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 194 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 15056017 - 15055909
Alignment:
Q  194 tcggtctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttgagctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggc 293  Q
    |||| ||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||| ||| |||||||| | |||||  ||||| |    
T  15056017 tcggcctactgaaagtccggcccggcctaactcgtttaataaataggtcaagcatgagctttttaaaaagtctaataatttaaatgggctaagcttagac 15055918  T
Q  294 ttataaaaa 302  Q
    |||||||||    
T  15055917 ttataaaaa 15055909  T

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Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 219 - 321
Target Start/End: Original strand, 22292823 - 22292925
Alignment:
Q  219 cctaactcgtttaataaatgggttaagcttgagctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttataaaaaagcttatcaagcctat 318  Q
    ||||||| ||||||||||  ||| |||| ||||||||| ||||||| ||||||||||| | |||||  | |||| |||||||||||| |||||| |||||    
T  22292823 cctaacttgtttaataaacaggtcaagcatgagcttttcaaaaagcttattaatttaaatgggctaggcataggtttataaaaaagcctatcaaacctat 22292922  T
Q  319 cag 321  Q
    |||    
T  22292923 cag 22292925  T

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Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 227 - 321
Target Start/End: Original strand, 22298389 - 22298483
Alignment:
Q  227 gtttaataaatgggttaagcttgagctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttat-aaaaaagcttatcaagcctatcag 321  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||| | |||||   |||||||||| |||||||| |||||| ||||||||    
T  22298389 gtttaataaataggttaagcatgagcttttcaaaaagcttattaatttaaat-ggctaggtttaggcttataaaaaaagcctatcaaacctatcag 22298483  T

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Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 252 - 325
Target Start/End: Original strand, 17196554 - 17196627
Alignment:
Q  252 ctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttataaaaaagcttatcaagcctatcaggcca 325  Q
    ||||||| |||| ||||| | |||| |||||||  || ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  17196554 ctttttataaagtctatttaattaaataggctaggctaaggcttacaaaaaagcttattaagcctatcaggcca 17196627  T

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Target: chr3 (Bit Score: 72; Significance: 1e-32; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 223 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 44028314 - 44028215
Alignment:
Q  223 actcgtttaataaatgggttaagcttgagctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttataaaaaagcttatcaagcctatcagg 322  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44028314 actcgtttaataaatgggtcaagtttgagctttttaaaaagcctatttatttaattaggtcggacttaggcttataaaaaagcttatcaagcctatcagg 44028215  T

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Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 151 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 9798676 - 9798503
Alignment:
Q  151 taggggtgggaataggtcaggccgcttgccagaggcctataactcggtctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttga 250  Q
    |||||||||||||||| ||||| |     ||| ||||||| |||||| |||| |||||  ||| |||  ||| |||||||||||||||  ||||||||||    
T  9798676 taggggtgggaataggccaggctgtccatcaggggcctatgactcggcctacaaaaagttcggttcgatctagctcgtttaataaatgatttaagcttga 9798577  T
Q  251 gctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttataaaaaagcttatcaagcctatcaggcc 324  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||    |||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||    
T  9798576 gctttttaaaaagccttttaatttaattaggccgggcttaggcttataaaaaagcccatcaagcctatccggcc 9798503  T

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Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 150 - 284
Target Start/End: Original strand, 50385102 - 50385236
Alignment:
Q  150 ttaggggtgggaataggtcaggccgcttgccagaggcctataactcggtctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttg 249  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| | ||| ||||||| || ||  ||||| ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||| |||||  ||      
T  50385102 ttaggggtgggaataggccaggccgctcgtcaggggcctatgacccgacctacttaaagctcggctcgacctaactcgtttattaaataggttagactca 50385201  T
Q  250 agctttttaaaaagcctattaatttaattaggcta 284  Q
    || ||||||||||||  |||||||||| |||||||    
T  50385202 agttttttaaaaagctcattaatttaaataggcta 50385236  T

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Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 151 - 271
Target Start/End: Original strand, 53199944 - 53200064
Alignment:
Q  151 taggggtgggaataggtcaggccgcttgccagaggcctataactcggtctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttga 250  Q
    |||| |||||||| || ||||||||  | ||  |||||||  |||||  ||||||||| ||| ||| ||||| ||||||||||||||| || ||||||||    
T  53199944 taggagtgggaatcggccaggccgcccgtcaagggcctatggctcggcttactaaaagtccgactctgcctatctcgtttaataaatgagtcaagcttga 53200043  T
Q  251 gctttttaaaaagcctattaa 271  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  53200044 gctttttaaaaagcctattaa 53200064  T

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Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 153 - 324
Target Start/End: Original strand, 4957569 - 4957740
Alignment:
Q  153 ggggtgggaataggtcaggccgcttgccagaggcctataactcggtctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttgagc 252  Q
    ||||||||||||||| ||||||||   |||  | |||| || ||| |||||||||  |||||||||||||  ||||||| ||||| ||| | |||| |||    
T  4957569 ggggtgggaataggttaggccgctcatcagtagtctatgacccggcctactaaaattccggctcggcctagttcgtttattaaataggtaaggcttaagc 4957668  T
Q  253 tttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttataaaaaagcttatcaagcctatcaggcc 324  Q
    |||||||||||    ||||||||| |||||||  || ||||||||| |||||| ||  | ||||||||||||    
T  4957669 tttttaaaaagttcgttaatttaaataggctaggctaaggcttatagaaaagcctactaggcctatcaggcc 4957740  T

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Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 150 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 43107993 - 43107881
Alignment:
Q  150 ttaggggtgggaataggtcaggccgcttgccagaggcctataactcggtctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttg 249  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||    || |||||||| |||||| ||||| ||||  ||||||||||||||||||||| |||||  ||| ||||      
T  43107993 ttagggttgggaataggtcaagccgcccctcaaaggcctatgactcggcctacttaaagatcggctcggcctaactcgtttattaaataagttgagctca 43107894  T
Q  250 agctttttaaaaa 262  Q
    |||||||||||||    
T  43107893 agctttttaaaaa 43107881  T

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Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 217 - 303
Target Start/End: Original strand, 54739189 - 54739275
Alignment:
Q  217 ggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttgagctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttataaaaaa 303  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| || | |||| ||||||||||| ||||| |||||| | |||||   ||| ||||||||||||    
T  54739189 ggcctaactcgtttaataaataggtcaaacatgagttttttaaaaagtctatttatttaaatgggctaggtttatgcttataaaaaa 54739275  T

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Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 151 - 213
Target Start/End: Original strand, 29652861 - 29652923
Alignment:
Q  151 taggggtgggaataggtcaggccgcttgccagaggcctataactcggtctactaaaagcccgg 213  Q
    ||||||||||||||||||||||| || | ||| |||||||  ||||| |||||||||| ||||    
T  29652861 taggggtgggaataggtcaggccactcgtcaggggcctatggctcggcctactaaaaggccgg 29652923  T

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Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 239 - 324
Target Start/End: Original strand, 6130653 - 6130738
Alignment:
Q  239 ggttaagcttgagctttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttataaaaaagcttatcaagcctatcaggcc 324  Q
    |||||||||  ||||||||||||||   |||||||||| |||| || ||| ||||||||| |||||  ||  ||||||||||||||    
T  6130653 ggttaagctcaagctttttaaaaagttcattaatttaaataggttagactaaggcttatagaaaagtctactaagcctatcaggcc 6130738  T

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Target: scaffold0004 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000009; HSPs: 1)
Name: scaffold0004
Description:

Target: scaffold0004; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 154 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 35345 - 35199
Alignment:
Q  154 gggtgggaataggtcaggccgcttgccagaggcctataactcggtctactaaaagcccggctcggcctaactcgtttaataaatgggttaagcttgagct 253  Q
    ||||||||||||| |||||||||   ||| ||||||| ||||   ||||| ||||||||||     ||| || ||||| ||||| ||||| |||  ||||    
T  35345 gggtgggaataggccaggccgctcatcaggggcctatgactctacctacttaaagcccggc-----ctagcttgtttattaaataggttaggctcaagct 35251  T
Q  254 ttttaaaaagcctattaatttaattaggctatacttaggcttataaaaaagc 305  Q
    |||||||||||  |||||||||| |||||||  || | ||||||| ||||||    
T  35250 ttttaaaaagctcattaatttaaataggctaggctaatgcttatagaaaagc 35199  T

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