View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14975_low_2 (Length: 589)

Name: NF14975_low_2
Description: NF14975
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14975_low_2
NF14975_low_2
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (297-575)||(30224173-30224452)
chr8 (295-575)||(5567367-5567648)
chr8 (297-575)||(25248955-25249228)
chr8 (299-575)||(3375443-3375709)
chr8 (299-550)||(31032038-31032285)
chr8 (311-575)||(6428699-6428963)
chr8 (333-528)||(3379172-3379366)
chr8 (382-493)||(36535924-36536035)
chr8 (353-415)||(14935576-14935638)
chr8 (297-350)||(5567676-5567729)
chr8 (530-575)||(36535860-36535905)
chr8 (383-446)||(29274786-29274849)
chr8 (471-550)||(19473649-19473728)
chr8 (471-550)||(19544574-19544653)
chr8 (471-550)||(19588043-19588122)
[»] chr4 (14 HSPs)
chr4 (297-575)||(7040304-7040583)
chr4 (297-575)||(23564684-23564963)
chr4 (297-575)||(18656051-18656330)
chr4 (297-575)||(52520542-52520824)
chr4 (297-570)||(23566383-23566628)
chr4 (297-575)||(52518700-52518982)
chr4 (353-481)||(3529251-3529379)
chr4 (353-481)||(23985773-23985901)
chr4 (380-542)||(54296454-54296617)
chr4 (353-550)||(52545137-52545333)
chr4 (297-486)||(3274538-3274728)
chr4 (353-453)||(24807423-24807522)
chr4 (465-550)||(56074680-56074766)
chr4 (353-403)||(18395816-18395866)
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (297-575)||(29758063-29758342)
chr2 (442-528)||(8759121-8759207)
chr2 (308-476)||(20516053-20516227)
chr2 (299-365)||(8759203-8759269)
chr2 (452-550)||(18612074-18612174)
chr2 (304-354)||(31155713-31155763)
chr2 (353-413)||(18739671-18739730)
chr2 (454-491)||(17149025-17149062)
[»] chr7 (17 HSPs)
chr7 (299-575)||(44963108-44963385)
chr7 (297-575)||(20046504-20046787)
chr7 (297-575)||(28124596-28124878)
chr7 (297-575)||(28126423-28126705)
chr7 (297-575)||(4895525-4895806)
chr7 (353-476)||(37405559-37405682)
chr7 (452-575)||(28014282-28014406)
chr7 (299-385)||(44962228-44962314)
chr7 (452-575)||(25471780-25471904)
chr7 (475-561)||(8405628-8405715)
chr7 (418-493)||(4880267-4880343)
chr7 (403-465)||(36989570-36989632)
chr7 (410-486)||(4571066-4571144)
chr7 (296-342)||(6322930-6322976)
chr7 (361-401)||(25471955-25471995)
chr7 (299-331)||(36989612-36989644)
chr7 (296-340)||(41966676-41966720)
[»] chr6 (22 HSPs)
chr6 (299-575)||(19645309-19645586)
chr6 (297-575)||(5376818-5377100)
chr6 (305-575)||(5378681-5378955)
chr6 (297-575)||(1088662-1088945)
chr6 (299-511)||(15149112-15149331)
chr6 (353-476)||(15868391-15868514)
chr6 (353-476)||(33866098-33866221)
chr6 (353-476)||(15866579-15866702)
chr6 (353-476)||(33869245-33869368)
chr6 (381-462)||(9415095-9415176)
chr6 (297-367)||(9414962-9415032)
chr6 (353-481)||(14611083-14611210)
chr6 (297-354)||(9415050-9415107)
chr6 (353-424)||(32079909-32079980)
chr6 (456-575)||(8915570-8915690)
chr6 (361-480)||(28884359-28884479)
chr6 (456-561)||(20985831-20985937)
chr6 (405-481)||(14618975-14619050)
chr6 (353-413)||(14620510-14620570)
chr6 (297-337)||(30376225-30376265)
chr6 (492-552)||(24544757-24544818)
chr6 (533-561)||(31528957-31528985)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (296-575)||(17402791-17403074)
chr3 (299-575)||(1139958-1140223)
chr3 (297-575)||(6789563-6789842)
chr3 (366-486)||(20302639-20302760)
chr3 (366-445)||(20327181-20327259)
chr3 (396-453)||(41874441-41874497)
[»] chr1 (15 HSPs)
chr1 (303-575)||(17449260-17449532)
chr1 (297-575)||(16808587-16808869)
chr1 (353-476)||(9312028-9312151)
chr1 (353-476)||(3282800-3282923)
chr1 (353-476)||(3284501-3284624)
chr1 (353-476)||(9310411-9310534)
chr1 (294-404)||(48940616-48940726)
chr1 (353-445)||(37664695-37664787)
chr1 (353-445)||(37674417-37674509)
chr1 (353-445)||(37702185-37702277)
chr1 (400-559)||(48941646-48941810)
chr1 (361-453)||(902084-902175)
chr1 (353-413)||(5924946-5925006)
chr1 (435-519)||(5924852-5924935)
chr1 (297-336)||(51020570-51020609)
[»] scaffold0057 (1 HSPs)
scaffold0057 (353-550)||(58785-58982)
[»] scaffold0251 (1 HSPs)
scaffold0251 (353-476)||(6225-6348)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (353-476)||(39787168-39787291)
chr5 (353-527)||(25076173-25076348)
chr5 (353-527)||(25134142-25134317)
chr5 (409-453)||(6569888-6569932)
[»] scaffold0006 (1 HSPs)
scaffold0006 (353-528)||(39144-39318)
[»] scaffold0185 (1 HSPs)
scaffold0185 (101-196)||(3480-3575)
[»] scaffold0189 (1 HSPs)
scaffold0189 (471-575)||(19063-19167)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 260; Significance: 1e-144; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 260; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 297 - 575
Target Start/End: Original strand, 30224173 - 30224452
Alignment:
Q  297 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 396  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30224173 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 30224272  T
Q  397 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctac 496  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30224273 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctac 30224372  T
Q  497 aatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 575  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30224373 aatgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 30224452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 295 - 575
Target Start/End: Original strand, 5567367 - 5567648
Alignment:
Q  295 tatgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtag 394  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  5567367 tatgttaaaatagctggaagttatgtgaagttagttaaagtagttagactagagttagtaatcaactatagttagttgatagctaaactagagttagtag 5567466  T
Q  395 cttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttct 494  Q
    ||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5567467 cttagttagaagttagttggagttagttactcaaactaatctctatatataggaaaactattgtactcattcatcatcttttatcaatctattcatttct 5567566  T
Q  495 acaatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 575  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5567567 acaatgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 5567648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 297 - 575
Target Start/End: Original strand, 25248955 - 25249228
Alignment:
Q  297 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataa---gtaaactagagttagta 393  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||   |||||||||||||||||    
T  25248955 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagtta---------gactagagttagtaatcaactatagttaattgataataagtaaactagagttagta 25249045  T
Q  394 gcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttc 493  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  25249046 gcttggttagaagttagttaaaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcatgatcttttatcaatctattcatttc 25249145  T
Q  494 tacaatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 575  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25249146 tacaatgagttactttgagtatctccctcatgagtacccttatgcttgctatcttgcttacatatatgacttttctccctatg 25249228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 175; E-Value: 6e-94
Query Start/End: Original strand, 299 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 3375709 - 3375443
Alignment:
Q  299 ttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttg 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3375709 ttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagacttctgttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagggttagtagcttg 3375610  T
Q  399 gttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctacaa 498  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  3375609 gttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaactctattgtacccattcattatctttt-tcaatctattcatttctacaa 3375511  T
Q  499 tgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 575  Q
    ||||          |||||||| |||||||  |||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  3375510 tgag----------tatctcccacatgagtactcttttgcttgctatcttacttacatctatgacctttctccctatg 3375443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 299 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 31032285 - 31032038
Alignment:
Q  299 ttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttg 398  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  31032285 ttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagacttgagttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagggttagtagcttg 31032186  T
Q  399 gttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctacaa 498  Q
    ||||||||    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |  |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  31032185 gttagaag----ttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacattactacactcattcatgatcttttatcaatctattca-ttctataa 31032091  T
Q  499 tgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgct 550  Q
    |||||| || ||| |||||||| |||||||  ||||||||||||| |||||||    
T  31032090 tgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctttcttgct 31032038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 153; E-Value: 8e-81
Query Start/End: Original strand, 311 - 575
Target Start/End: Original strand, 6428699 - 6428963
Alignment:
Q  311 gaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttag 410  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||    
T  6428699 gaagttatgtggagttagtta--gtagttagacaagagttagtaatcaactataattagttgataagtaaactagagttagtaccttagttaaaagttag 6428796  T
Q  411 ttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatctttt-atc-aatctattcatttctacaatgagttactt 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||| ||||||||||  ||||||||||||| |||    
T  6428797 ttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtaatcattcatcatcttttaatcaaatctattca-ctctacaatgagtttctt 6428895  T
Q  509 tgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 575  Q
    ||| |||||| | |||||||  ||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||    
T  6428896 tgagtatctctcacatgagtactcttatgtttgctatcttacttacatctatgacttctctccttatg 6428963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 333 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 3379366 - 3379172
Alignment:
Q  333 ggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaacta 432  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  3379366 ggtagttagactagagttagtaatcaactatagttagttgatagttaaactagagttagtagtttagttagaagttagttagagttagttactcaaacta 3379267  T
Q  433 atctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctacaatgagttactttgaatatctccctcatgagt 528  Q
    ||||||||||  ||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||| |||||||| |||||||    
T  3379266 atctctatattaaggaaaactattgtactcattcatcattttttatcaatctattca-ttctataatgagtttctatgagtatctcccacatgagt 3379172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 382 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 36536035 - 36535924
Alignment:
Q  382 ctagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaa 481  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  36536035 ctagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatatagcaatactgttgtactcattcatcatcttttatcaa 36535936  T
Q  482 tctattcatttc 493  Q
    ||||||||||||    
T  36535935 tctattcatttc 36535924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 353 - 415
Target Start/End: Original strand, 14935576 - 14935638
Alignment:
Q  353 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttaga 415  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  14935576 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtaacttggttagaagttagttaga 14935638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 297 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 5567729 - 5567676
Alignment:
Q  297 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtt 350  Q
    |||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5567729 tgttaaaatagctggaagttatgtgaagttagttaaggtagttagactagagtt 5567676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 530 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 36535905 - 36535860
Alignment:
Q  530 tcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 575  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  36535905 tcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacctttctccctatg 36535860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 383 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 29274849 - 29274786
Alignment:
Q  383 tagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatatag 446  Q
    ||||||||||||||||||||   ||||||||||| || |||||| || |||||| |||||||||    
T  29274849 tagagttagtagcttggttacgggttagttagagttaattactccaattaatctttatatatag 29274786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 471 - 550
Target Start/End: Original strand, 19473649 - 19473728
Alignment:
Q  471 tcttttatcaatctattcatttctacaatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgct 550  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| |||||||| || ||| |||||||| |||||||  |||||| |||||| |||||||    
T  19473649 tcttctatcaatctattca-ttctataatgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttattcttgctttcttgct 19473728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 471 - 550
Target Start/End: Original strand, 19544574 - 19544653
Alignment:
Q  471 tcttttatcaatctattcatttctacaatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgct 550  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| |||||||| || ||| |||||||| |||||||  |||||| |||||| |||||||    
T  19544574 tcttctatcaatctattca-ttctataatgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttattcttgctttcttgct 19544653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 471 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 19588122 - 19588043
Alignment:
Q  471 tcttttatcaatctattcatttctacaatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgct 550  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| |||||||| || ||| |||||||| |||||||  |||||| |||||| |||||||    
T  19588122 tcttctatcaatctattca-ttctataatgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttattcttgctttcttgct 19588043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 260; Significance: 1e-144; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 260; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 297 - 575
Target Start/End: Original strand, 7040304 - 7040583
Alignment:
Q  297 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 396  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7040304 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 7040403  T
Q  397 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctac 496  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7040404 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctac 7040503  T
Q  497 aatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 575  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7040504 aatgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 7040583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 297 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 23564963 - 23564684
Alignment:
Q  297 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 396  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23564963 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 23564864  T
Q  397 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctac 496  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23564863 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctac 23564764  T
Q  497 aatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 575  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23564763 aatgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctattttgcttacatctatgacttttctccctatg 23564684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 297 - 575
Target Start/End: Original strand, 18656051 - 18656330
Alignment:
Q  297 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 396  Q
    |||||| ||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  18656051 tgttaaaatagccggaagttatgtgaagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaactatagttagttgatagctaaactagagttagtagct 18656150  T
Q  397 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctac 496  Q
    | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  18656151 tagttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaaaactattgtactcattcatcatcttttatcaatctattcatttctac 18656250  T
Q  497 aatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 575  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18656251 aatgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 18656330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 297 - 575
Target Start/End: Original strand, 52520542 - 52520824
Alignment:
Q  297 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtta--gtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtag 394  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52520542 tgttaaaatagttggaagttatgtgtagttagttaaggtagttagactagagtaattgtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 52520641  T
Q  395 cttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatctttt-atc-aatctattcattt 492  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||| | |||||||    
T  52520642 tttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcatcatcttttaatcaaatattttcattt 52520741  T
Q  493 ctacaatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 575  Q
    | |  |||  |  || ||| |||||||| |||||||  ||||||||||||| |||| |||||||||||||  ||||||||||||    
T  52520742 c-aatatggatctctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctctctttcttacatctatgatctttctccctatg 52520824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 297 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 23566628 - 23566383
Alignment:
Q  297 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 396  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  23566628 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagtta---------gactagagttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagacttagtagct 23566538  T
Q  397 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctac 496  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 
T  23566537 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatc------------- 23566451  T
Q  497 aatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctcc 570  Q
           |||||||| ||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23566450 -------tactttgagtatctccctcatgggtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctcc 23566383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 145; E-Value: 5e-76
Query Start/End: Original strand, 297 - 575
Target Start/End: Original strand, 52518700 - 52518982
Alignment:
Q  297 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtta--gtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtag 394  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52518700 tgttaaaatagttggaagttatgtgtagttagttaaggtagttagactagagtaattgtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 52518799  T
Q  395 cttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatctttt-atc-aatctattcattt 492  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||| ||| ||| | |||| ||    
T  52518800 tttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacactgttgtactcaatcatcatcttttaatcaaatattttca-tt 52518898  T
Q  493 ctacaatgagttactttgaatatctccctcatgagtt-tcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 575  Q
    | |  |||  |  || ||| |||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  52518899 ccaatatggatctctatgagtatctcccacatgagttctcttatgcttgctctcttgcttacatctatgatctttctccctatg 52518982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 353 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 3529379 - 3529251
Alignment:
Q  353 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacac 452  Q
    ||||||| | ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3529379 taatcaactgtagttagttgataggtaaactaaagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacac 3529280  T
Q  453 tattgtactcattcattatcttttatcaa 481  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3529279 tattgtactcattcattatcttttatcaa 3529251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 353 - 481
Target Start/End: Original strand, 23985773 - 23985901
Alignment:
Q  353 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacac 452  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  23985773 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttattcaaactaatctctatatataggaacac 23985872  T
Q  453 tattgtactcattcattatcttttatcaa 481  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||    
T  23985873 tattgtactcattcaccatcttttatcaa 23985901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 380 - 542
Target Start/End: Original strand, 54296454 - 54296617
Alignment:
Q  380 aactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatctttt-at 478  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  54296454 aactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcatgatcttttaat 54296553  T
Q  479 caatctattcatttctacaatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgct 542  Q
    ||||| |||||||| || |||||||| || ||| |||||||||||| |||  |||||||||||||    
T  54296554 caatcaattcattt-tataatgagtttctatgagtatctccctcatcagtactcttatgcttgct 54296617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 353 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 52545333 - 52545137
Alignment:
Q  353 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacac 452  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| | |||||| ||||||||||||||||||    
T  52545333 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttggttagagttagttacac-aactaaactctatatataggaacac 52545235  T
Q  453 tattgtactca-ttcattatcttttatcaatctattcatttctacaatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgct 550  Q
    |  |||| ||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||| |||||||| |||||||  ||||||||| ||| |||||||    
T  52545234 tcatgta-tcattttattatcttttatcaatctattca-ttctataatgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttatgctcgctttcttgct 52545137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 297 - 486
Target Start/End: Complemental strand, 3274728 - 3274538
Alignment:
Q  297 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 396  Q
    |||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||| | |||| ||||||||||||| |||| |||||||||| |||||| ||||||||| |||    
T  3274728 tgttaaaatagttggaagttatatgaagttagttaaggtagtaaaactatagttagtaatcaactataattagttgataggtaaacaagagttagtggct 3274629  T
Q  397 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatat-aggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctat 486  Q
    || ||||||||||||||||| || ||||||||| |||| ||||||||| |  | ||  || ||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  3274628 tgattagaagttagttagagttaattactcaaattaatttctatatataaacatcatcatggtaatcattcatcatcttttatcaatctat 3274538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 353 - 453
Target Start/End: Original strand, 24807423 - 24807522
Alignment:
Q  353 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacac 452  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||  ||||||  |||| ||||||| | ||||||  |||||||||||||||||    
T  24807423 taatcaactatagttagttgataggtaaattagagttagaagcttggttaagagttaggaagagttagttacac-aactaaaatctatatataggaacac 24807521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 465 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 56074766 - 56074680
Alignment:
Q  465 tcattatcttttatcaatctattcatttctacaatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgct 550  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||| || ||||| || ||| |||||||| |||||||  ||||||||||||| |||||||    
T  56074766 tcatcatcttttatcattctattcatttctataacgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctttcttgct 56074680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 353 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 18395866 - 18395816
Alignment:
Q  353 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttag 403  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||||    
T  18395866 taatcaactatagttagttgataggtaaactatagttaataggttggttag 18395816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 256; Significance: 1e-142; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 297 - 575
Target Start/End: Original strand, 29758063 - 29758342
Alignment:
Q  297 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 396  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29758063 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagacttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 29758162  T
Q  397 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctac 496  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29758163 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctac 29758262  T
Q  497 aatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 575  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29758263 aatgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 29758342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 442 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 8759207 - 8759121
Alignment:
Q  442 tataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctacaatgagttactttgaatatctccctcatgagt 528  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  8759207 tataggaacactattgtactcattcatcatcttttatcaatctgttcatttctacaatgagtttctttgagtatctccctcatgagt 8759121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 308 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 20516227 - 20516053
Alignment:
Q  308 ttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagt 407  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||| ||||||||||| || ||||||||||   ||||| | |||| |||||||||||||||| |||     
T  20516227 ttggaagttatgtgcagttagttaaggtaattaaactggagttagtaattaactatagttagt---taagttagctagggttagtagcttggttaaaaga 20516131  T
Q  408 tagttagag-----gtagttact----caaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatctttt 476  Q
    |||||||||      ||||||||    ||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  20516130 tagttagagttagtttagttactcaaacaaactaatttttatatataagaacactattgtactcattcattatttttt 20516053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 299 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 8759269 - 8759203
Alignment:
Q  299 ttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatag 365  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  8759269 ttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagacttgagttagtaatcaactatag 8759203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 452 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 18612174 - 18612074
Alignment:
Q  452 ctattgtactcattcattat-cttttatcaatctattcatttctacaatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgc 549  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||  | | |||||||||| |||||||  ||||||||||||| ||||||    
T  18612174 ctattgtactcaatcattatacttttatcaatctattcatttctataatgagtttttgtaaatatctcccacatgagtactcttatgcttgctttcttgc 18612075  T
Q  550 t 550  Q
    |    
T  18612074 t 18612074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 304 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 31155763 - 31155713
Alignment:
Q  304 atagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagta 354  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  31155763 atagttggaagttatgcggagttagttaaggtagttaaactagagttagta 31155713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 353 - 413
Target Start/End: Original strand, 18739671 - 18739730
Alignment:
Q  353 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagtta 413  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||  ||||||| |||||||||    
T  18739671 taatcaattatagttagttgatacgttaactagagttagtagtctggttag-agttagtta 18739730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 454 - 491
Target Start/End: Complemental strand, 17149062 - 17149025
Alignment:
Q  454 attgtactcattcattatcttttatcaatctattcatt 491  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  17149062 attgtactctatcattatcttttatcaatctattcatt 17149025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 222; Significance: 1e-122; HSPs: 17)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 299 - 575
Target Start/End: Original strand, 44963108 - 44963385
Alignment:
Q  299 ttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttg 398  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  44963108 ttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagacttgagttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagggttagtagcttg 44963207  T
Q  399 gttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctacaa 498  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  44963208 gttagaagttagttagagttagttactcaaattaatctctatatataggaacactattgtactcattcatcatcttttatcaatctattcatttctacaa 44963307  T
Q  499 tgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 575  Q
    ||| || |||||| |||||||||||||| |  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  44963308 tgaatttctttgagtatctccctcatgaatactcttatgcttgctatcttacttacatctatgacttttctccctatg 44963385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 297 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 20046787 - 20046504
Alignment:
Q  297 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtta--gtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtag 394  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20046787 tgttaaaatagttggaagttatgtgtagttagttaaggtagttagactagagtaattgtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 20046688  T
Q  395 cttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctc-tatatataggaacactattgtactcattcattatc-ttttatcaatctattcattt 492  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  20046687 tttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctcttatatataggaacactattgtactcattcaatatctttttatcaatctattcattt 20046588  T
Q  493 ctacaatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 575  Q
    |||||||||||| || ||| |||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  20046587 ctacaatgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctatctcgcttacatctatgacttttctccctatg 20046504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 297 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 28124878 - 28124596
Alignment:
Q  297 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtta--gtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtag 394  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28124878 tgttaaaatagttggaagttatgtgtagttagttaaggtagttagactagagtaattgtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 28124779  T
Q  395 cttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatctttt-atc-aatctattcattt 492  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||| | |||| ||    
T  28124778 tttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcatcatcttttaatcaaatattttca-tt 28124680  T
Q  493 ctacaatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 575  Q
    | |  |||  |  || ||| |||||||| |||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  28124679 ccaatatggatctctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctctcttgcttacatctatgatctttctccctatg 28124596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 297 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 28126705 - 28126423
Alignment:
Q  297 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtta--gtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtag 394  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28126705 tgttaaaatagttggaagttatgtgtagttagttaaggtagttagactagagtaattgtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 28126606  T
Q  395 cttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatctttt-atc-aatctattcattt 492  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||| | |||| ||    
T  28126605 tttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcatcatcttttaatcaaatattttca-tt 28126507  T
Q  493 ctacaatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 575  Q
    | |  |||  |  || ||| |||||||| |||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  28126506 ccaatatggatctctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctctcttgcttacatctatgatctttctccctatg 28126423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 297 - 575
Target Start/End: Original strand, 4895525 - 4895806
Alignment:
Q  297 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtta--gtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtag 394  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4895525 tgttaaaatagttggaagttatgtgtagttagttaaggtagttagattagagtaattgtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 4895624  T
Q  395 cttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatctttt-atcaatctattcatttc 493  Q
     ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||| |||    
T  4895625 tttggttagaagttagttagagttatttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcatcatcttttaatcaatatattca-ttc 4895723  T
Q  494 tacaatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 575  Q
     |  |||  |  || ||| ||||||||  ||||||  ||||||| ||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  4895724 caatatggatctctatgagtatctcccagatgagtactcttatgtttgctctcttgcttacatctatgatctttctccctatg 4895806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 353 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 37405682 - 37405559
Alignment:
Q  353 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacac 452  Q
    ||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37405682 taatcaactatagttagttgatagataaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacac 37405583  T
Q  453 tattgtactcattcattatctttt 476  Q
    ||||||||||||||| ||||||||    
T  37405582 tattgtactcattcactatctttt 37405559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 452 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 28014406 - 28014282
Alignment:
Q  452 ctattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctacaatgagttactttgaatatctccctcatgag-tttcttatgcttgctatcttgct 550  Q
    ||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||| ||||||   |||||||||||||||||||||    
T  28014406 ctattgtactcattattcatcttttatcaatctattcatttctacaatgagtttctatgagtatctcccacatgagcactcttatgcttgctatcttgct 28014307  T
Q  551 tacatctatgacttttctccctatg 575  Q
    |||||||||||  ||||||||||||    
T  28014306 tacatctatgatctttctccctatg 28014282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 299 - 385
Target Start/End: Original strand, 44962228 - 44962314
Alignment:
Q  299 ttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataagtaaactag 385  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  44962228 ttaacatagttggaagttatgtgaagttagttaaggtagttagacttgagtgagtaatcaactatagttagttgataagtaaactag 44962314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 452 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 25471904 - 25471780
Alignment:
Q  452 ctattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctacaatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgct 550  Q
    ||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||| || |||||||| || | | |||||||| | ||| |  |||||||||||||||||| ||    
T  25471904 ctattgtactcattattcatcttttatcaatctattcatttatataatgagtttctattagtatctcccacgtgaataatcttatgcttgctatctttct 25471805  T
Q  551 tacatctatgacttttctccctatg 575  Q
    |||||||||||  ||||||| ||||    
T  25471804 tacatctatgatctttctccttatg 25471780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 475 - 561
Target Start/End: Original strand, 8405628 - 8405715
Alignment:
Q  475 ttatcaatctattcatttctacaatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctatga 561  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| ||  || |||||||| ||||| |  ||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  8405628 ttatcaatctagtcatttctacaatgagtttctacgattatctcccccatgaatactcttatgcttgctattttgcttacatatatga 8405715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 418 - 493
Target Start/End: Original strand, 4880267 - 4880343
Alignment:
Q  418 tagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatct-attcatttc 493  Q
    ||||||||  || ||||||| ||||||| |||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  4880267 tagttacttcaattaatctcgatatatatgaacaccattatactcattcatcatcttttatcaatctaattcatttc 4880343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 403 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 36989632 - 36989570
Alignment:
Q  403 gaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcatt 465  Q
    |||||||  ||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||    
T  36989632 gaagttatgtagagttagttattcaaactaatctctatatatagaaacattattgtagtcatt 36989570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 410 - 486
Target Start/End: Original strand, 4571066 - 4571144
Alignment:
Q  410 gttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacact-attgtactca--ttcattatcttttatcaatctat 486  Q
    ||||||| || |||||  |||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||  |||||||||||||||||||||||    
T  4571066 gttagagttaattacttcaactaatctctatatatatgaacactcattgta-tcattttcattatcttttatcaatctat 4571144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 296 - 342
Target Start/End: Original strand, 6322930 - 6322976
Alignment:
Q  296 atgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttaga 342  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||    
T  6322930 atgttaaaatagttggaagttatatggagttaattacggtagttaga 6322976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 361 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 25471995 - 25471955
Alignment:
Q  361 tatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggtt 401  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||    
T  25471995 tatagttagttgataggttaactagagttagtaggttggtt 25471955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 299 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 36989644 - 36989612
Alignment:
Q  299 ttaagatagttggaagttatgtggagttagtta 331  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  36989644 ttaagatagttggaagttatgtagagttagtta 36989612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 296 - 340
Target Start/End: Original strand, 41966676 - 41966720
Alignment:
Q  296 atgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagtta 340  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | |||| |||| |||||||    
T  41966676 atgttaagatagttggaagttatgtcgtgttaattaaagtagtta 41966720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 218; Significance: 1e-119; HSPs: 22)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 299 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 19645586 - 19645309
Alignment:
Q  299 ttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttg 398  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  19645586 ttaagatagttagaagatatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataagtaaactaaagttagtagcttg 19645487  T
Q  399 gttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctacaa 498  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  19645486 gttagaaattagtcagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctatttatttctacaa 19645387  T
Q  499 tgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 575  Q
    ||| || |||||| ||||||||||||||||  |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  19645386 tgaatttctttgagtatctccctcatgagtactcttatacttgctatcttggttacatctatgacttttctccctatg 19645309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 297 - 575
Target Start/End: Original strand, 5376818 - 5377100
Alignment:
Q  297 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtta--gtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtag 394  Q
    |||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5376818 tgttaaaatagttggaagttatatgtagttagttaaggtagttagactagagtaattgtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 5376917  T
Q  395 cttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctc-tatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttc 493  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5376918 tttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctcttatatataggaacactattgtactcattcaatatcttttatcaatctattcatttc 5377017  T
Q  494 tacaatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 575  Q
    ||||||||||| || ||| |||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5377018 tacaatgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 5377100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 305 - 575
Target Start/End: Original strand, 5378681 - 5378955
Alignment:
Q  305 tagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtta--gtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggtta 402  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5378681 tagttggaagttatgtgtagttagttaaggtagttagactagagtaattgtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagtttggtta 5378780  T
Q  403 gaagttagttagaggtagttactcaaactaatctc-tatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctacaatga 501  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5378781 gaagttagttagagttagttactcaaactaatctcttatatataggaacactattgtactcattcaatatcttttatcaatctattcatttctacaatga 5378880  T
Q  502 gttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 575  Q
    ||| || ||| |||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5378881 gtttctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 5378955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 297 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 1088945 - 1088662
Alignment:
Q  297 tgttaagatagttggaagttatgtg----gagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagt 392  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||     |||||||||| ||||||| | |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  1088945 tgttaaaatacttggaagttatgtgaagttagttagttaaagtagttaaattagagttagtgatcaactatagttagttgataagtaaattagagttagt 1088846  T
Q  393 agcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcattt 492  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  1088845 agctttgttagaagttagttagagttagttagtcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcatcatcttttatcaatctattca-tt 1088747  T
Q  493 ctacaatgagttac-tttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 575  Q
    ||| |||||||| | ||||| ||||||||  ||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  1088746 ctataatgagtttcttttgagtatctcccatatgagtactcttatgtttgctatcttgcttacatctatgacttctcttcctatg 1088662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 299 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 15149331 - 15149112
Alignment:
Q  299 ttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttg 398  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  15149331 ttaagatagttggaagttatgcggagttagttaaggtagttagacttgagttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagggtcagtagcttg 15149232  T
Q  399 gttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaac--ac-----tattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatt 491  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||  ||     || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15149231 gttagaagttagttagagttagttactcaaattaatttctatatataggaacgtactgttgtactgtactcattcattatcttttatcaatctattcatt 15149132  T
Q  492 tctacaatgagttactttga 511  Q
    ||||||||||||| ||||||    
T  15149131 tctacaatgagtttctttga 15149112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 353 - 476
Target Start/End: Original strand, 15868391 - 15868514
Alignment:
Q  353 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacac 452  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15868391 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttaatagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacac 15868490  T
Q  453 tattgtactcattcattatctttt 476  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  15868491 tattgtactcattcattatctttt 15868514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 353 - 476
Target Start/End: Original strand, 33866098 - 33866221
Alignment:
Q  353 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacac 452  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  33866098 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcagactaatctctatatataggaacac 33866197  T
Q  453 tattgtactcattcattatctttt 476  Q
    ||||||||||||||| ||||||||    
T  33866198 tattgtactcattcactatctttt 33866221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 353 - 476
Target Start/End: Original strand, 15866579 - 15866702
Alignment:
Q  353 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacac 452  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  15866579 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttaatagcttgggtagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatttaggaacac 15866678  T
Q  453 tattgtactcattcattatctttt 476  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  15866679 tattgtactcattcattatctttt 15866702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 353 - 476
Target Start/End: Original strand, 33869245 - 33869368
Alignment:
Q  353 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacac 452  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  33869245 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttacttaaactaatctctatatataggaacac 33869344  T
Q  453 tattgtactcattcattatctttt 476  Q
    |||||||| |||||| ||||||||    
T  33869345 tattgtacgcattcactatctttt 33869368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 381 - 462
Target Start/End: Original strand, 9415095 - 9415176
Alignment:
Q  381 actagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactc 462  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  9415095 actagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttagtgaaactaatctctatatataagaacactattgtactc 9415176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 297 - 367
Target Start/End: Original strand, 9414962 - 9415032
Alignment:
Q  297 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagtt 367  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  9414962 tgttaaaatagttggaagttatgcggagttagttaaggtagttagactagagttagtgatcaactatagtt 9415032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 353 - 481
Target Start/End: Original strand, 14611083 - 14611210
Alignment:
Q  353 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacac 452  Q
    ||||||| ||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||  ||||| |||||| ||||||| | |||||| ||||||||||||||||||    
T  14611083 taatcaactatggttagttgataggtaaattagagttagtagcttcgttaagagttatttagagttagttacac-aactaaactctatatataggaacac 14611181  T
Q  453 tattgtactca-ttcattatcttttatcaa 481  Q
    |  |||| ||| ||||||||||||||||||    
T  14611182 tcgtgta-tcatttcattatcttttatcaa 14611210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 297 - 354
Target Start/End: Original strand, 9415050 - 9415107
Alignment:
Q  297 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagta 354  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9415050 tgttaaaatagttggaagttatgtggagttagttaaggaagttagactagagttagta 9415107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 353 - 424
Target Start/End: Original strand, 32079909 - 32079980
Alignment:
Q  353 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttac 424  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||| |||||||    
T  32079909 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagaagcttggttaagagttagttagagttagttac 32079980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 456 - 575
Target Start/End: Original strand, 8915570 - 8915690
Alignment:
Q  456 tgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctacaatgagttactttgaatatctccctcatgagtt-tcttatgcttgctatcttgcttaca 554  Q
    |||||||||| |  ||||||||| |||||||||||||||| ||| |||| || ||| ||||| || || ||||  ||||||||||||| |||||||||||    
T  8915570 tgtactcatttagcatcttttattaatctattcatttctataataagtttctatgagtatcttccacacgagtactcttatgcttgctctcttgcttaca 8915669  T
Q  555 tctatgacttttctccctatg 575  Q
    ||||||| |||| || |||||    
T  8915670 tctatgatttttatctctatg 8915690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 361 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 28884479 - 28884359
Alignment:
Q  361 tatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacact-attgta 459  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||| ||||| |||   |||| |||||||   ||||||  || |||||| |||||| ||||||| | ||||||    
T  28884479 tatagttagttgataggttaactagagttagaagctttgtttatagttggttagagtcggttacttcaattaatctgtatataaaggaacaatcattgta 28884380  T
Q  460 ctcattcattatcttttatca 480  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  28884379 ctcattcattatcttttatca 28884359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 456 - 561
Target Start/End: Complemental strand, 20985937 - 20985831
Alignment:
Q  456 tgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctacaatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttaca 554  Q
    ||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||  | | | ||||| || |||||||  |||||||||||| | |||| |||||    
T  20985937 tgtactcatttgctatcttttatcaatctattcatttctataatgaatttttataagtatctaccacatgagtactcttatgcttgcaaacttgattaca 20985838  T
Q  555 tctatga 561  Q
    |||||||    
T  20985837 tctatga 20985831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 405 - 481
Target Start/End: Original strand, 14618975 - 14619050
Alignment:
Q  405 agttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactca-ttcattatcttttatcaa 481  Q
    |||||||||||| ||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||  |||| ||| ||||||||||||||||||    
T  14618975 agttagttagagttagttacacaa-ctaaactctatatataggaacactcatgta-tcatttcattatcttttatcaa 14619050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 353 - 413
Target Start/End: Original strand, 14620510 - 14620570
Alignment:
Q  353 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagtta 413  Q
    ||||||| |||  |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||  |||||||||    
T  14620510 taatcaactatgattagttgataggtaaactacagttagtagcttggttaagagttagtta 14620570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 297 - 337
Target Start/End: Original strand, 30376225 - 30376265
Alignment:
Q  297 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtag 337  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30376225 tgttaaaatagttggaagttatgtggagttagttaacgtag 30376265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 492 - 552
Target Start/End: Original strand, 24544757 - 24544818
Alignment:
Q  492 tctacaatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgctta 552  Q
    ||||| ||||||| || ||| ||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||    
T  24544757 tctactatgagtttctatgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctttcttgctta 24544818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 533 - 561
Target Start/End: Original strand, 31528957 - 31528985
Alignment:
Q  533 tatgcttgctatcttgcttacatctatga 561  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  31528957 tatgcttgctatcttgcttacatctatga 31528985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 209; Significance: 1e-114; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 296 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 17403074 - 17402791
Alignment:
Q  296 atgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtta--gtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagta 393  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17403074 atgttaaaatagttggaagttatgtgtagttagttaaggtagttagactagagtaattgtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagta 17402975  T
Q  394 gcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctc-tatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcattt 492  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  17402974 gtttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctcttatatataggaacactattgtactcattcaatatcttttatcaatctattcattt 17402875  T
Q  493 ctacaatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 575  Q
    |||||||||||| || ||| |||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17402874 ctacaatgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 17402791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 299 - 575
Target Start/End: Original strand, 1139958 - 1140223
Alignment:
Q  299 ttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttg 398  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||            |    
T  1139958 ttaagatagttggaagttatatggagttagttaaggtagttggacttgagttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactag------------g 1140045  T
Q  399 gttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctacaa 498  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1140046 gttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcatcatcttttatcaatctattcatttctacaa 1140145  T
Q  499 tgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 575  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1140146 tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 1140223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 297 - 575
Target Start/End: Original strand, 6789563 - 6789842
Alignment:
Q  297 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 396  Q
    |||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  6789563 tgttaaaatagttggaagtaatgtgtagttagttaaggtagttagactagagttggtaatcatgtatagttagtggataagtgaactagagttagtagct 6789662  T
Q  397 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctac 496  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||    
T  6789663 tggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaatactattgtactcattcactatcttttttcaatctattca-ttctac 6789761  T
Q  497 aatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatc-ttgcttacatctatgacttttctccctatg 575  Q
    |||||||| || ||| |||||||| |||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  6789762 aatgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctatctttgcttacatctatgacttctctccctatg 6789842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 366 - 486
Target Start/End: Original strand, 20302639 - 20302760
Alignment:
Q  366 ttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacact-attgtactcat 464  Q
    |||||||| | || ||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||| || | |||| ||||||||||||||||||||| ||||||| || |||| |||    
T  20302639 ttagttgaaaggttaactagacttagtagattggtta-aagtaagttatagttggttattcaaactaatctctatatataagaacactcatcgtac-cat 20302736  T
Q  465 t--cattatcttttatcaatctat 486  Q
    |  ||||||||||||| |||||||    
T  20302737 ttccattatcttttataaatctat 20302760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 366 - 445
Target Start/End: Original strand, 20327181 - 20327259
Alignment:
Q  366 ttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatata 445  Q
    |||||||| | || ||||||| ||||||||||||||| |||| ||||| || | ||||||||||||||||||| ||||||    
T  20327181 ttagttgaaaggttaactagacttagtagcttggtta-aagtaagttatagttggttactcaaactaatctctctatata 20327259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 396 - 453
Target Start/End: Original strand, 41874441 - 41874497
Alignment:
Q  396 ttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacact 453  Q
    |||||||  |||||||||||| ||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||    
T  41874441 ttggttaagagttagttagagttagttacacaa-ctaaactctatatataggaacact 41874497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 15)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 303 - 575
Target Start/End: Original strand, 17449260 - 17449532
Alignment:
Q  303 gatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggtta 402  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  17449260 gatagttggaagttatatggagttagttaaggtagttggacttgagttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagggttagtagcttcgtta 17449359  T
Q  403 gaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctacaatgag 502  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  17449360 gaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatctttt-tcaatctattcatgtctacaatgag 17449458  T
Q  503 ttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 575  Q
     | || ||| |||||||| |||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  17449459 attctatgagtatctcccacatgagtactcttttgcttgctatcttgcttacatctatgacctttctccctatg 17449532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 297 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 16808869 - 16808587
Alignment:
Q  297 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtta--gtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtag 394  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16808869 tgttaaaatagttggaagttatgtgtagttagttaaggtagttagactagagtaattgtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 16808770  T
Q  395 cttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatctttt-atc-aatctattcattt 492  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||| | |||| ||    
T  16808769 tttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatatatgaacactattgtactcattcatcatcttttaatcaaatattttca-tt 16808671  T
Q  493 ctacaatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 575  Q
    | |  |||  |  || ||| |||||||  |||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  16808670 ccaatatggatctctatgagtatctccgacatgagtactcttatgcttgctctcttgcttacatctatgatctttctccctatg 16808587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 353 - 476
Target Start/End: Original strand, 9312028 - 9312151
Alignment:
Q  353 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacac 452  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9312028 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacac 9312127  T
Q  453 tattgtactcattcattatctttt 476  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  9312128 tattgtactcattcattatctttt 9312151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 353 - 476
Target Start/End: Original strand, 3282800 - 3282923
Alignment:
Q  353 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacac 452  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3282800 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacac 3282899  T
Q  453 tattgtactcattcattatctttt 476  Q
    ||||||||||||||| ||||||||    
T  3282900 tattgtactcattcactatctttt 3282923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 353 - 476
Target Start/End: Original strand, 3284501 - 3284624
Alignment:
Q  353 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacac 452  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3284501 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacac 3284600  T
Q  453 tattgtactcattcattatctttt 476  Q
    ||||||||||||||| ||||||||    
T  3284601 tattgtactcattcactatctttt 3284624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 353 - 476
Target Start/End: Original strand, 9310411 - 9310534
Alignment:
Q  353 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacac 452  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  9310411 taatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaattaatatctatatataggaacac 9310510  T
Q  453 tattgtactcattcattatctttt 476  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  9310511 tattgtactcattcattatctttt 9310534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 294 - 404
Target Start/End: Original strand, 48940616 - 48940726
Alignment:
Q  294 atatgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagta 393  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48940616 atatgttaaaatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagacaagagttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagta 48940715  T
Q  394 gcttggttaga 404  Q
    | |||||||||    
T  48940716 gtttggttaga 48940726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 353 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 37664787 - 37664695
Alignment:
Q  353 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatata 445  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  37664787 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttattcaaactaatctctatatata 37664695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 353 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 37674509 - 37674417
Alignment:
Q  353 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatata 445  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  37674509 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttattcaaactaatctctatatata 37674417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 353 - 445
Target Start/End: Original strand, 37702185 - 37702277
Alignment:
Q  353 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatata 445  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  37702185 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaaattagttagagttagttattcaaactaatctctatatata 37702277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 400 - 559
Target Start/End: Original strand, 48941646 - 48941810
Alignment:
Q  400 ttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatctttt-atc-aatctattcatttc--ta 495  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||  ||    
T  48941646 ttagaagttagttagagttggttactcaaactaatctctatacatataaacactattgtactcattcagtatcttttaatcaaatctattcatttctata 48941745  T
Q  496 caatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctat 559  Q
     ||||||||  | ||| |||||| | ||||| |  |||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  48941746 taatgagtttatatgagtatctctcacatgaatactcttatacttgctctcttgcttacatctat 48941810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 361 - 453
Target Start/End: Original strand, 902084 - 902175
Alignment:
Q  361 tatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacact 453  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | || ||| |||| ||||||||||||||    
T  902084 tatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttacac-aattaaactctctatataggaacact 902175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 353 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 5925006 - 5924946
Alignment:
Q  353 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagtta 413  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5925006 taatcaactatagttagttgataggtaaattagagttagtagtttggttagaagttagtta 5924946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 435 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 5924935 - 5924852
Alignment:
Q  435 ctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctacaatgagttactttgaatatctcc 519  Q
    ||||||||||| |||||||  |||| |  ||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||| |||||||    
T  5924935 ctctatatataagaacactcgtgtattatttcatcatcttttatcaatctattca-ttctataatgagtttctatgagtatctcc 5924852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 297 - 336
Target Start/End: Original strand, 51020570 - 51020609
Alignment:
Q  297 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggta 336  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  51020570 tgttaaaatagttggaagttatgtggagttggttaaggta 51020609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0057 (Bit Score: 131; Significance: 1e-67; HSPs: 1)
Name: scaffold0057
Description:

Target: scaffold0057; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 353 - 550
Target Start/End: Original strand, 58785 - 58982
Alignment:
Q  353 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacac 452  Q
    ||||||| |||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  58785 taatcaactatagttagttagtaggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacac 58884  T
Q  453 tattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctacaatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgct 550  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||| |||||||| |||||||  ||||||||||||| |||||||    
T  58885 tattgtactcattcatcatcttttatcaatctattca-ttctataatgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctttcttgct 58982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0251 (Bit Score: 104; Significance: 1e-51; HSPs: 1)
Name: scaffold0251
Description:

Target: scaffold0251; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 353 - 476
Target Start/End: Original strand, 6225 - 6348
Alignment:
Q  353 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacac 452  Q
    ||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6225 taatcaactatagttaattgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacac 6324  T
Q  453 tattgtactcattcattatctttt 476  Q
    ||||||||||||||| ||||||||    
T  6325 tattgtactcattcactatctttt 6348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 100; Significance: 4e-49; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 353 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 39787291 - 39787168
Alignment:
Q  353 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacac 452  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39787291 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacac 39787192  T
Q  453 tattgtactcattcattatctttt 476  Q
    |||| |||||||||| | ||||||    
T  39787191 tattttactcattcactgtctttt 39787168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 353 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 25076348 - 25076173
Alignment:
Q  353 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaaca- 451  Q
    ||||||| ||||||||||||||| || ||||||| |||| |||   |||   ||||||||||||  ||| | || |||||||||||| |||||||||||     
T  25076348 taatcaactatagttagttgataggttaactagaattagaagccaagtttagagttagttagagtaagtcattccaactaatctctagatataggaacaa 25076249  T
Q  452 ctattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctacaatgagttactttgaatatctccctcatgag 527  Q
    | ||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| || |||||||||| ||||||||    
T  25076248 caattgtactctttcatcatcttttatcaatatattcatttctataatgagtttctatgaatatctctctcatgag 25076173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 353 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 25134317 - 25134142
Alignment:
Q  353 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaaca- 451  Q
    ||||||| ||||||||||||||| || ||||||| |||| |||   |||   ||||||||||||  ||| | || |||||||||||| |||||||||||     
T  25134317 taatcaactatagttagttgataggttaactagaattagaagccaagtttagagttagttagagtaagtcattccaactaatctctagatataggaacaa 25134218  T
Q  452 ctattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctacaatgagttactttgaatatctccctcatgag 527  Q
    | ||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| || |||||||||| ||||||||    
T  25134217 caattgtactctttcatcatcttttatcaatatattcatttctataatgagtttctatgaatatctctctcatgag 25134142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 409 - 453
Target Start/End: Original strand, 6569888 - 6569932
Alignment:
Q  409 agttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacact 453  Q
    |||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  6569888 agttagagttagttagtccaactaatctctatatataggaacact 6569932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 97; Significance: 2e-47; HSPs: 1)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 353 - 528
Target Start/End: Original strand, 39144 - 39318
Alignment:
Q  353 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacac 452  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| | |||||| ||||||||||||||||||    
T  39144 taatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttaaagttagttacac-aactaaactctatatataggaacac 39242  T
Q  453 tattgtactca-ttcattatcttttatcaatctattcatttctacaatgagttactttgaatatctccctcatgagt 528  Q
    |  |||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||  | ||| |||||||| |||||||    
T  39243 tcatgta-tcatttcatcatcttttatcaatctattcatttctataatgagtttttatgagtatctcccacatgagt 39318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0185 (Bit Score: 64; Significance: 1e-27; HSPs: 1)
Name: scaffold0185
Description:

Target: scaffold0185; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 101 - 196
Target Start/End: Original strand, 3480 - 3575
Alignment:
Q  101 cccaaaaagaggatgccgccggtaacttaactagaaagaatactgagaagaatctccataattattgtacctgcttaagaggactaaccaaagtaa 196  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||| || ||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  3480 cccaaaaagaggatgccgccagtatcttaaccagaaagaatactgaaaataatctccttaattattgtatctggttaagaggactaaccaaagtaa 3575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0189 (Bit Score: 50; Significance: 2e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0189
Description:

Target: scaffold0189; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 471 - 575
Target Start/End: Original strand, 19063 - 19167
Alignment:
Q  471 tcttttatcaatctattcatttctacaatgagttactttgaatatctccctcatgagtt-tcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctc 569  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||||||| || |||  ||||||| |||||||  || ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  19063 tcttttatcaatctattcatt-ctataatgagtttctatgagcatctcccacatgagtactcctatgctttctatcttgcttacatctatgatttttctc 19161  T
Q  570 cctatg 575  Q
    ||||||    
T  19162 cctatg 19167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University