View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14976_low_1 (Length: 681)

Name: NF14976_low_1
Description: NF14976
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14976_low_1
NF14976_low_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (14-663)||(37602636-37603285)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 634; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 634; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 37603285 - 37602636
Alignment:
Q  14 cataggcctaaaagatggaactgtgattctaagtgaaggagggccttctggtaatttagccaaagaatctataaaagtaggccattgcatacaaggtgtt 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37603285 cataggcctaaaagatggaactgtgattctaagtgaaggagggccttctggtaatttagccaaagaatctataaaagtaggccattgcatacaaggtgtt 37603186  T
Q  114 atgctaaaatctaaaatatgtacccttttgaatcccttaattgacttgaaaatttcattgttggaagcacaaaaaccaaacctatgccaaggaattaaat 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37603185 atgctaaaatctaaaatatgtacccttttgaatcccttaattgacttgaaaatttcattgttggaagcacaaaaaccaaacctatgccaaggaattaaat 37603086  T
Q  214 caacatacccggcgagttcggtaacggacatcaaccttctttgaattgtgtagttacttcctttgaaattcattgaagtaggacaaatccttgaagctct 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37603085 caacatacccggcgagttcggtaacggacatcaatcttctttgaattgtgtagttacttcctttgaaattcattgaagtaggacaaatccttgaagctct 37602986  T
Q  314 agagattaatgctctcagaaaccatgaagtgagtctttggtttgtgtcacctaatggtgaagcaacgttgtttaagacccacataacttgttgagctaag 413  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37602985 agagattaatgctcttagaaaccaggaagtgagtctttggttagtgtcacctaatggtgaagcaacgttgtttaagacccacataacttgttgagctaag 37602886  T
Q  414 gttatatcattgctttccaaagcacttgcacaatgaagtaagagcttttcaatacatgctccatctaagcttccaagacaacctttgagttcttctggtt 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37602885 gttatatcattgctttccaaagcacttgcacaatgaagtaagagcttttcaatacatgctccatctaagcttccaagacaacctttgagttcttctggtt 37602786  T
Q  514 caggaagaggaggagtgttttggtgtgtgttgaaaagtgttggattttgaaaggaaatggatgttgcttttaactcagctttcatgtggacgtgcatggt 613  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37602785 caggaagaggaggagtgttttggtgtgtgttgaaaagtgttggattttgaaaggaaatggatgttgcttttaactcagctttcatgtggacgtgcatggt 37602686  T
Q  614 tgaaggagattggaaaaatatagctaggttttatatggagatatgatata 663  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37602685 tgaaggagattggaaaaatatagctaggttttatatggagatatgatata 37602636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University