View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF14979_low_6 (Length: 525)
Name: NF14979_low_6
Description: NF14979
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF14979_low_6 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 437; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 437; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 221571 - 221087
Alignment:
| Q |
20 |
ttccgaatcgatgacttgtatttcactgcactttgtcctttatatttcatactcctgccaaaaccaataaatatatattaaggttaaaagccttcacaac |
119 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
221571 |
ttccgaatcgatgacttgtatttcactgcactttgtcctttatatttcatactcctgccaaaaccaataaatatatattaaggttaaaagccttcacaac |
221472 |
T |
|
| Q |
120 |
catcattaatcaacttaacttcgtataaataaatgacctaatccattttatctgcacacttcattatttatcgaataaaccaacaatttggtcaataaac |
219 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
221471 |
catcattaatcaacttaacttcgtataaataaatgacctaatccattttatctgcacacttcattatttatcgaataaaccaacaatttggtcaataaac |
221372 |
T |
|
| Q |
220 |
aataaaaatatactaaataaatagtccataaactatcattaattcatcaatttagactttagttcatcattatctttaaaaataaaagagaataataatt |
319 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
221371 |
aataaaattatactaaataaatagtccataaactatcattaattcatcaatttagactttagttcatcattatctttaaaaataaaagagaataataatt |
221272 |
T |
|
| Q |
320 |
cattgactatcttgatagttgagtctactttgtataattatataaagtattcattgacttgtatttccgagaatttgttggcaatggcattaggattttc |
419 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
221271 |
cattgactatcttgat---------tactttgtataattatataaagtattcattgacttgtatttccgagaatttgttggcaatggcattaggattttc |
221181 |
T |
|
| Q |
420 |
gcacgacgcgagagagaataataatagtacgtcttctctagaagaagattagaagaaaaggtaccacggttgcttttcttacatggattgatgatg |
515 |
Q |
| |
|
||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
221180 |
gcacgacgc--gggagaataataatagttagtcttctctagaagaagattagaagaaaaggtaccacggttgcttttcttacatggattgatgatg |
221087 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 437; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 690726 - 690242
Alignment:
| Q |
20 |
ttccgaatcgatgacttgtatttcactgcactttgtcctttatatttcatactcctgccaaaaccaataaatatatattaaggttaaaagccttcacaac |
119 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
690726 |
ttccgaatcgatgacttgtatttcactgcactttgtcctttatatttcatactcctgccaaaaccaataaatatatattaaggttaaaagccttcacaac |
690627 |
T |
|
| Q |
120 |
catcattaatcaacttaacttcgtataaataaatgacctaatccattttatctgcacacttcattatttatcgaataaaccaacaatttggtcaataaac |
219 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
690626 |
catcattaatcaacttaacttcgtataaataaatgacctaatccattttatctgcacacttcattatttatcgaataaaccaacaatttggtcaataaac |
690527 |
T |
|
| Q |
220 |
aataaaaatatactaaataaatagtccataaactatcattaattcatcaatttagactttagttcatcattatctttaaaaataaaagagaataataatt |
319 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
690526 |
aataaaattatactaaataaatagtccataaactatcattaattcatcaatttagactttagttcatcattatctttaaaaataaaagagaataataatt |
690427 |
T |
|
| Q |
320 |
cattgactatcttgatagttgagtctactttgtataattatataaagtattcattgacttgtatttccgagaatttgttggcaatggcattaggattttc |
419 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
690426 |
cattgactatcttgat---------tactttgtataattatataaagtattcattgacttgtatttccgagaatttgttggcaatggcattaggattttc |
690336 |
T |
|
| Q |
420 |
gcacgacgcgagagagaataataatagtacgtcttctctagaagaagattagaagaaaaggtaccacggttgcttttcttacatggattgatgatg |
515 |
Q |
| |
|
||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
690335 |
gcacgacgc--gggagaataataatagttagtcttctctagaagaagattagaagaaaaggtaccacggttgcttttcttacatggattgatgatg |
690242 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 437; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 735194 - 734710
Alignment:
| Q |
20 |
ttccgaatcgatgacttgtatttcactgcactttgtcctttatatttcatactcctgccaaaaccaataaatatatattaaggttaaaagccttcacaac |
119 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
735194 |
ttccgaatcgatgacttgtatttcactgcactttgtcctttatatttcatactcctgccaaaaccaataaatatatattaaggttaaaagccttcacaac |
735095 |
T |
|
| Q |
120 |
catcattaatcaacttaacttcgtataaataaatgacctaatccattttatctgcacacttcattatttatcgaataaaccaacaatttggtcaataaac |
219 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
735094 |
catcattaatcaacttaacttcgtataaataaatgacctaatccattttatctgcacacttcattatttatcgaataaaccaacaatttggtcaataaac |
734995 |
T |
|
| Q |
220 |
aataaaaatatactaaataaatagtccataaactatcattaattcatcaatttagactttagttcatcattatctttaaaaataaaagagaataataatt |
319 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
734994 |
aataaaattatactaaataaatagtccataaactatcattaattcatcaatttagactttagttcatcattatctttaaaaataaaagagaataataatt |
734895 |
T |
|
| Q |
320 |
cattgactatcttgatagttgagtctactttgtataattatataaagtattcattgacttgtatttccgagaatttgttggcaatggcattaggattttc |
419 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
734894 |
cattgactatcttgat---------tactttgtataattatataaagtattcattgacttgtatttccgagaatttgttggcaatggcattaggattttc |
734804 |
T |
|
| Q |
420 |
gcacgacgcgagagagaataataatagtacgtcttctctagaagaagattagaagaaaaggtaccacggttgcttttcttacatggattgatgatg |
515 |
Q |
| |
|
||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
734803 |
gcacgacgc--gggagaataataatagttagtcttctctagaagaagattagaagaaaaggtaccacggttgcttttcttacatggattgatgatg |
734710 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 437; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 859090 - 858606
Alignment:
| Q |
20 |
ttccgaatcgatgacttgtatttcactgcactttgtcctttatatttcatactcctgccaaaaccaataaatatatattaaggttaaaagccttcacaac |
119 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
859090 |
ttccgaatcgatgacttgtatttcactgcactttgtcctttatatttcatactcctgccaaaaccaataaatatatattaaggttaaaagccttcacaac |
858991 |
T |
|
| Q |
120 |
catcattaatcaacttaacttcgtataaataaatgacctaatccattttatctgcacacttcattatttatcgaataaaccaacaatttggtcaataaac |
219 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
858990 |
catcattaatcaacttaacttcgtataaataaatgacctaatccattttatctgcacacttcattatttatcgaataaaccaacaatttggtcaataaac |
858891 |
T |
|
| Q |
220 |
aataaaaatatactaaataaatagtccataaactatcattaattcatcaatttagactttagttcatcattatctttaaaaataaaagagaataataatt |
319 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
858890 |
aataaaattatactaaataaatagtccataaactatcattaattcatcaatttagactttagttcatcattatctttaaaaataaaagagaataataatt |
858791 |
T |
|
| Q |
320 |
cattgactatcttgatagttgagtctactttgtataattatataaagtattcattgacttgtatttccgagaatttgttggcaatggcattaggattttc |
419 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
858790 |
cattgactatcttgat---------tactttgtataattatataaagtattcattgacttgtatttccgagaatttgttggcaatggcattaggattttc |
858700 |
T |
|
| Q |
420 |
gcacgacgcgagagagaataataatagtacgtcttctctagaagaagattagaagaaaaggtaccacggttgcttttcttacatggattgatgatg |
515 |
Q |
| |
|
||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
858699 |
gcacgacgc--gggagaataataatagttagtcttctctagaagaagattagaagaaaaggtaccacggttgcttttcttacatggattgatgatg |
858606 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 116; E-Value: 9e-59
Query Start/End: Original strand, 388 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 218909 - 218782
Alignment:
| Q |
388 |
gagaatttgttggcaatggcattaggattttcgcacgacgcgagagagaataataatagtacgtcttctctagaagaagattagaagaaaaggtaccacg |
487 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
218909 |
gagaatttgttgacaatggcattaggattttcgcacgacacgagagagaataataatagtatgtcttctctagaagaagattagaagaaaaggtaccacg |
218810 |
T |
|
| Q |
488 |
gttgcttttcttacatggattgatgatg |
515 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
218809 |
gttgcttttcttacatggattgatgatg |
218782 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 116; E-Value: 9e-59
Query Start/End: Original strand, 388 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 695469 - 695342
Alignment:
| Q |
388 |
gagaatttgttggcaatggcattaggattttcgcacgacgcgagagagaataataatagtacgtcttctctagaagaagattagaagaaaaggtaccacg |
487 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
695469 |
gagaatttgttgacaatggcattaggattttcgcacgacacgagagagaataataatagtatgtcttctctagaagaagattagaagaaaaggtaccacg |
695370 |
T |
|
| Q |
488 |
gttgcttttcttacatggattgatgatg |
515 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
695369 |
gttgcttttcttacatggattgatgatg |
695342 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 116; E-Value: 9e-59
Query Start/End: Original strand, 388 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 699678 - 699551
Alignment:
| Q |
388 |
gagaatttgttggcaatggcattaggattttcgcacgacgcgagagagaataataatagtacgtcttctctagaagaagattagaagaaaaggtaccacg |
487 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
699678 |
gagaatttgttgacaatggcattaggattttcgcacgacacgagagagaataataatagtatgtcttctctagaagaagattagaagaaaaggtaccacg |
699579 |
T |
|
| Q |
488 |
gttgcttttcttacatggattgatgatg |
515 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
699578 |
gttgcttttcttacatggattgatgatg |
699551 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 116; E-Value: 9e-59
Query Start/End: Original strand, 388 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 732532 - 732405
Alignment:
| Q |
388 |
gagaatttgttggcaatggcattaggattttcgcacgacgcgagagagaataataatagtacgtcttctctagaagaagattagaagaaaaggtaccacg |
487 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
732532 |
gagaatttgttgacaatggcattaggattttcgcacgacacgagagagaataataatagtatgtcttctctagaagaagattagaagaaaaggtaccacg |
732433 |
T |
|
| Q |
488 |
gttgcttttcttacatggattgatgatg |
515 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
732432 |
gttgcttttcttacatggattgatgatg |
732405 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 116; E-Value: 9e-59
Query Start/End: Original strand, 388 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 856428 - 856301
Alignment:
| Q |
388 |
gagaatttgttggcaatggcattaggattttcgcacgacgcgagagagaataataatagtacgtcttctctagaagaagattagaagaaaaggtaccacg |
487 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
856428 |
gagaatttgttgacaatggcattaggattttcgcacgacacgagagagaataataatagtatgtcttctctagaagaagattagaagaaaaggtaccacg |
856329 |
T |
|
| Q |
488 |
gttgcttttcttacatggattgatgatg |
515 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
856328 |
gttgcttttcttacatggattgatgatg |
856301 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University