View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14981_low_18 (Length: 308)

Name: NF14981_low_18
Description: NF14981
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14981_low_18
NF14981_low_18
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (13-292)||(6368735-6369014)
chr8 (14-253)||(6389756-6389995)
chr8 (51-250)||(6362002-6362201)
chr8 (45-247)||(7457861-7458063)
chr8 (40-251)||(6409007-6409218)
chr8 (26-192)||(6273386-6273552)
chr8 (45-247)||(7470263-7470465)
chr8 (50-254)||(6351113-6351317)
chr8 (40-250)||(6423034-6423244)
chr8 (40-162)||(6330757-6330879)
chr8 (40-160)||(6320297-6320417)
chr8 (51-178)||(6287651-6287778)
chr8 (76-136)||(6262233-6262293)
chr8 (76-158)||(6456125-6456207)
chr8 (78-157)||(6449659-6449738)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (76-157)||(9606276-9606357)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (76-121)||(42692174-42692219)
chr2 (58-126)||(42689611-42689679)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (78-126)||(46708221-46708269)
chr7 (78-126)||(46709186-46709234)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 276; Significance: 1e-154; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 13 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 6369014 - 6368735
Alignment:
Q  13 tgaagactgataagtgggttaaattggaaactcgtacagagttgattgaaacttgcaccaccctcatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaa 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6369014 tgaagactgataagtgggttaaattggaaactcgtacagagttgattgaaacttgcaccaccctcatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaa 6368915  T
Q  113 ttttggacaatatcagtatggagggtacatccttaaccgaccaactaaaaccataagattcatgccagtgaaaggatcccatgagtttaaggagctcgct 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  6368914 ttttggacaatatcagtatggagggtacatccttaaccgaccaactaaaaccataagattcatgccagtgaaaggatcacatgagtttaaggagctcgct 6368815  T
Q  213 aaggactacatgaagacatatttgacgacaatcacaccaaaggttgaaacccttgaagttatgaatactatgctggtatt 292  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6368814 aaggactacatgaagacatatttgacgacaatcacaccaaaggttgaaacccttgaagttatgaatactatgctggtatt 6368735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 14 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 6389995 - 6389756
Alignment:
Q  14 gaagactgataagtgggttaaattggaaactcgtacagagttgattgaaacttgcaccaccctcatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaat 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6389995 gaagactgataagtgggttaaattggaaactcgtacagagttgattgaaacttgcaccaccctcatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaat 6389896  T
Q  114 tttggacaatatcagtatggagggtacatccttaaccgaccaactaaaaccataagattcatgccagtgaaaggatcccatgagtttaaggagctcgcta 213  Q
    ||||||||||||| ||| || || |||||  |||||||||||||||||| || |||||||||||| | ||||||| ||| ||||| | | ||||| ||||    
T  6389895 tttggacaatatccgtacggtggatacattgttaaccgaccaactaaaagcagaagattcatgcctgagaaaggaacccctgagtatgacgagcttgcta 6389796  T
Q  214 aggactacatgaagacatatttgacgacaatcacaccaaa 253  Q
    |||| |||  |||| | |||||||  ||||||||||||||    
T  6389795 aggattacgagaaggcttatttgagaacaatcacaccaaa 6389756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 51 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 6362201 - 6362002
Alignment:
Q  51 gagttgattgaaacttgcaccaccctcatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaattttggacaatatcagtatggagggtacatccttaacc 150  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || ||| ||||||    
T  6362201 gagttgattgaagcttgcaccaccctcatatggattgcttcagcacttcatgcagcagttaattttggacaatatccgtatggaggatatatcgttaacc 6362102  T
Q  151 gaccaactaaaaccataagattcatgccagtgaaaggatcccatgagtttaaggagctcgctaaggactacatgaagacatatttgacgacaatcacacc 250  Q
    ||||||||||||  | |||||||||||| | | | ||||||| ||||| | | ||||| ||||||||||||  |||| | ||| ||| |||||| |||||    
T  6362101 gaccaactaaaagtagaagattcatgcctgagcagggatcccctgagtatgatgagcttgctaaggactaccagaagtcttatctgaggacaataacacc 6362002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 45 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 7458063 - 7457861
Alignment:
Q  45 cgtacagagttgattgaaacttgcaccaccctcatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaattttggacaatatcagtatggagggtacatcc 144  Q
    ||||| |||||||  ||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| || ||||    
T  7458063 cgtacggagttgaaagaagcttgcaccattctcatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaattttggacaatatgcgtatggaggatatatcc 7457964  T
Q  145 ttaaccgaccaactaaaaccataagattcatgccagtgaaaggatcccatgagtttaaggagctcgctaaggactacatgaagacatatttgacgacaat 244  Q
    ||||||||||||| ||||  | |||||||||||| | ||||||||||  ||||| | | ||||| ||||||||||||  |||||| ||||||| ||||||    
T  7457963 ttaaccgaccaacaaaaagtagaagattcatgcctgagaaaggatccgttgagtatgatgagcttgctaaggactaccagaagacttatttgaggacaat 7457864  T
Q  245 cac 247  Q
    |||    
T  7457863 cac 7457861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 40 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 6409218 - 6409007
Alignment:
Q  40 aaactcgtacagagttgattgaaacttgcaccaccctcatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaattttggacaatatcagtatggagggta 139  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || || || ||    
T  6409218 aaactcgtgcagagttgattgaaacttgcaccaccctcatttggatggcttcagcacttcatgcagctgttaattttggacaatatccttacggtggata 6409119  T
Q  140 catccttaaccgaccaactaaaaccataagattcatgccagtgaaaggatcccatgagtttaaggagctcgctaaggactacatgaagacatatttgacg 239  Q
    |||  ||||||||||||||||||  | |||||||||||| | ||||||| ||| ||||| | | ||||| ||| |||||| |  |||| | |||||||      
T  6409118 cattgttaaccgaccaactaaaagtagaagattcatgcctgagaaaggaacccctgagtatgacgagcttgctcaggacttcgagaaggcgtatttgaga 6409019  T
Q  240 acaatcacacca 251  Q
    ||||||||||||    
T  6409018 acaatcacacca 6409007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 26 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 6273552 - 6273386
Alignment:
Q  26 gtgggttaaattggaaactcgtacagagttgattgaaacttgcaccaccctcatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaattttggacaatat 125  Q
    |||||||||  || ||||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6273552 gtgggttaagatgcaaactcgcacagagttgattgactcttgcactaccctcatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaattttggacaatat 6273453  T
Q  126 cagtatggagggtacatccttaaccgaccaactaaaaccataagattcatgccagtgaaaggatccc 192  Q
    | ||| || || ||||| ||||||||||||||||||| || |||||| |||||   |||||||||||    
T  6273452 ccgtacggtggttacattcttaaccgaccaactaaaagcagaagattaatgcctaagaaaggatccc 6273386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 45 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 7470465 - 7470263
Alignment:
Q  45 cgtacagagttgattgaaacttgcaccaccctcatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaattttggacaatatcagtatggagggtacatcc 144  Q
    ||||| |||||||  ||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| || ||||    
T  7470465 cgtacggagttgaaagaagcttgcaccattctcatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaattttggacaatatgcgtatggaggatatatcc 7470366  T
Q  145 ttaaccgaccaactaaaaccataagattcatgccagtgaaaggatcccatgagtttaaggagctcgctaaggactacatgaagacatatttgacgacaat 244  Q
    ||||||||||||| ||||  | |||||||||||| | ||||||||||  ||| | | | ||||| ||||||||||||  |||||| ||||||| ||||||    
T  7470365 ttaaccgaccaacaaaaagtagaagattcatgcctgagaaaggatccgttgaatatgatgagcttgctaaggactaccagaagacttatttgaggacaat 7470266  T
Q  245 cac 247  Q
    |||    
T  7470265 cac 7470263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 50 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 6351317 - 6351113
Alignment:
Q  50 agagttgattgaaacttgcaccaccctcatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaattttggacaatatcagtatggagggtacatccttaac 149  Q
    ||||||||| ||| ||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||| || |||||||||    
T  6351317 agagttgatcgaagcttccaccatccttatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaatttcggacaatatccatatggaggatatatccttaac 6351218  T
Q  150 cgaccaactaaaaccataagattcatgccagtgaaaggatcccatgagtttaaggagctcgctaaggactacatgaagacatatttgacgacaatcacac 249  Q
    || ||||| || |  | |||||||||||| | ||||||||| | ||||| | | ||||| ||||||||||||  |||| | ||||||| |||||||||||    
T  6351217 cggccaacaaagagtagaagattcatgcctgagaaaggatcacctgagtatgatgagcttgctaaggactaccagaagtcttatttgaggacaatcacac 6351118  T
Q  250 caaag 254  Q
    |||||    
T  6351117 caaag 6351113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 40 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 6423244 - 6423034
Alignment:
Q  40 aaactcgtacagagttgattgaaacttgcaccaccctcatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaattttggacaatatcagtatggagggta 139  Q
    |||||||| | |||||||| ||| ||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||| ||    
T  6423244 aaactcgtgcggagttgatcgaagcttccaccatccttatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaattttggacaatacccatatggaggata 6423145  T
Q  140 catccttaaccgaccaactaaaaccataagattcatgccagtgaaaggatcccatgagtttaaggagctcgctaaggactacatgaagacatatttgacg 239  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||  ||||||||||| | |||||||||    |||| |   |||||  |||||||||||  |||| ||||||||| |    
T  6423144 catccttaaccgaccaactaagagcaggagattcatgcctgagaaaggatcagccgagtatgctgagctttctaaggactaccagaaggcatatttgaag 6423045  T
Q  240 acaatcacacc 250  Q
    |||||||||||    
T  6423044 acaatcacacc 6423034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 40 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 6330879 - 6330757
Alignment:
Q  40 aaactcgtacagagttgattgaaacttgcaccaccctcatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaattttggacaatatcagtatggagggta 139  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||| ||    
T  6330879 aaacttgtacagagttgattgaagcttgcactatcctcatatggattgcttcagcacatcatgcagctgttaattttggtcaatatccatatggaggata 6330780  T
Q  140 catccttaaccgaccaactaaaa 162  Q
     || |||||||||||||||||||    
T  6330779 tatacttaaccgaccaactaaaa 6330757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 40 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 6320417 - 6320297
Alignment:
Q  40 aaactcgtacagagttgattgaaacttgcaccaccctcatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaattttggacaatatcagtatggagggta 139  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |  |||||||| ||    
T  6320417 aaacttgtacagagttgattgaagcttgcactatcctcatatggattgcttcagcacatcatgcagctgttaattttggtcaatacccatatggaggata 6320318  T
Q  140 catccttaaccgaccaactaa 160  Q
     || |||||||||||||||||    
T  6320317 tatacttaaccgaccaactaa 6320297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 72; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 51 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 6287778 - 6287651
Alignment:
Q  51 gagttgattgaaacttgcaccaccctcatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaattttggacaatatcagtatggagggtacatccttaacc 150  Q
    |||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| || || ||||| |||||||    
T  6287778 gagttgattgaggcttgcaccatcctcatatggattgcttcggcacttcatgcggctgttaattttggacaatatccgtacggtggttacattcttaacc 6287679  T
Q  151 gaccaactaaaaccataagattcatgcc 178  Q
    ||||||| |||| || |||||| |||||    
T  6287678 gaccaacaaaaagcagaagattaatgcc 6287651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 76 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 6262293 - 6262233
Alignment:
Q  76 tcatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaattttggacaatatcagtatggagg 136  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  6262293 tcatatggactgcttcagctcttcatgcagctgttaattttggacaatatccgtatggagg 6262233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 76 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 6456207 - 6456125
Alignment:
Q  76 tcatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaattttggacaatatcagtatggagggtacatccttaaccgaccaact 158  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||  |||||||| || ||||| ||||| ||||||    
T  6456207 tcatatggactgcttcagctcttcatgcagcagttaactttggacagtatccttatggaggatatatcctgaaccgtccaact 6456125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 78 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 6449738 - 6449659
Alignment:
Q  78 atatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaattttggacaatatcagtatggagggtacatccttaaccgaccaac 157  Q
    ||||||| |||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||  || ||||| || ||||| ||||| |||||    
T  6449738 atatggactgcttctgctcttcatgcagctgttaatttcggacaatatccttacggaggatatatcctgaaccgtccaac 6449659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000007; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 76 - 157
Target Start/End: Original strand, 9606276 - 9606357
Alignment:
Q  76 tcatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaattttggacaatatcagtatggagggtacatccttaaccgaccaac 157  Q
    ||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| || || || ||||| |||||    
T  9606276 tcatatggactgcttctgctcttcatgcagctgttaattttggacaatatccttatggaggttatattctaaaccgtccaac 9606357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000007; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 76 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 42692219 - 42692174
Alignment:
Q  76 tcatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaattttggaca 121  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  42692219 tcatatggattgcttcagctcttcatgcagctgttaattttggaca 42692174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 58 - 126
Target Start/End: Original strand, 42689611 - 42689679
Alignment:
Q  58 ttgaaacttgcaccaccctcatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaattttggacaatatc 126  Q
    ||||| ||||||| | | |||||||||  |||||||| || || |||||||||||||||||||||||||    
T  42689611 ttgaagcttgcactatcatcatatggacggcttcagccctccacgcagctgttaattttggacaatatc 42689679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 78 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 46708269 - 46708221
Alignment:
Q  78 atatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaattttggacaatatc 126  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||||    
T  46708269 atatggattgcttcagccctacatgcagctgtaaaatttggacaatatc 46708221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 78 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 46709234 - 46709186
Alignment:
Q  78 atatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaattttggacaatatc 126  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||||    
T  46709234 atatggattgcttcagctctacatgcagctgtaaactttggacaatatc 46709186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University