View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14983_low_2 (Length: 632)

Name: NF14983_low_2
Description: NF14983
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14983_low_2
NF14983_low_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-614)||(54472122-54472748)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 490; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 490; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 614
Target Start/End: Original strand, 54472122 - 54472748
Alignment:
Q  1 ggcaacaatacaaatgataacaatgggaatcaattgagcgtgggtggtataatagcagttgcaggtgcagcttgtataatcctccttgtcattatcctac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472122 ggcaacaatacaaatgataacaatgggaatcaattgagcgtgggtggtataatagcagttgcaggtgcagcttgtataatcctccttgtcattatcctac 54472221  T
Q  101 tctgcgttatatgtacaagaaggaagaagagatcacaacctcatcacattcattactaccctactccagcacacggtatatatttttatatatctcctat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472222 tctgcgttatatgtacaagaaggaagaagagatcacaacctcatcacattcattactaccctactccagcacacggtatatatttttatatatctcctat 54472321  T
Q  201 ttcnnnnnnnaataggaatttgcaaataagcatgttatgaagtttagaatagttaatggaggaag------------ttaattaattaatgattcatagc 288  Q
    |||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||            |||||||||||||||||||||||    
T  54472322 ttctttttttaataggaatttgcaaataagcatgttatgaagtttagaatagttaatgggggaagctaattaattaattaattaattaatgattcatagc 54472421  T
Q  289 ctattcttannnnnnngatcagaaatggatcctctaaagcttttgcatggtgccatagtcgacgcggtagaggatccaaatttgaatcttatgtagctac 388  Q
    |||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472422 ctattcttatttttttgatcagaaatggatcctctaaagcttttgcatggtgccatagtcgacgcggtagaggatccaaatttgaatcttatgtagctac 54472521  T
Q  389 aatatggtgttgcaaatgtagaaaccgttagatat-nnnnnnnnnngttatctttgaatttatcaatccctggtcataaaggatctaatttgttcaaatc 487  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472522 aatatggtgttgcaaatgtagaaactgtaagatataaaaaaaaaatgttatctttgaatttatcaatccctggtcataaaggatctaatttgttcaaatc 54472621  T
Q  488 atttgttaaaaggctagttgtatatgttgagtatgtcttataatgctaataagtgggagagtcaattaagcgaagcgagagtgacatgcctttttgaacc 587  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472622 atttgttaaaaggctagttgtatatgttgagtatgtgttataatgctaataagtgggagagtcaattaagcgaagcgagagtgacatgcctttttgaacc 54472721  T
Q  588 aacacagttacacgaaggtaagttgcg 614  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  54472722 aacacagttacacgaaggtaagttgcg 54472748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University