View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14986_high_7 (Length: 428)

Name: NF14986_high_7
Description: NF14986
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14986_high_7
NF14986_high_7
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (1-414)||(23852107-23852520)
chr2 (1-414)||(22618799-22619212)
chr2 (1-414)||(23751406-23751819)
chr2 (85-414)||(20573044-20573373)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 410; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 410; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 23852520 - 23852107
Alignment:
Q  1 cttaacatgattccttctttgttagaattagacttgatgaactgcagcataaccaagatgcacagtagtgatcataaactagttagttacacaaactttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23852520 cttaacatgattccttctttgttagaattagacttgatgaactgcagcataaccaagatgcacagtagtgatcataaactagttagttacacaaactttt 23852421  T
Q  101 ctagtattaagacactcaatcttgcagataatggacttgatggtccagatctgaatgtttttagaaacatgacttccgttgaagttattgtcctttctaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  23852420 ctagtattaagacactcaatcttgcagataatggacttgatggtccagatctgaatgtttttagaaacatgacttccgttaaagttattgtcctttctaa 23852321  T
Q  201 caatagtcttagttcagttccattttggttgagtaattgtgccaaacttcaacatctttatcttcgaagaaatgctcttaatggctcacttccattagct 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23852320 caatagtcttagttcagttccattttggttgagtaattgtgccaaacttcaacatctttatcttcgaagaaatgctcttaatggctcacttccattagct 23852221  T
Q  301 cttcgaaatttgacttctttggaattgcttaacctttctcaaaacaaaattgaatctgttccacagtggttaggagggttaaagagccttttgtatctca 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23852220 cttcgaaatttgacttctttggaattgcttaacctttctcaaaacaaaattgaatctgttccacagtggttaggagggttaaagagccttttgtatctca 23852121  T
Q  401 atctgtcatggaat 414  Q
    ||||||||||||||    
T  23852120 atctgtcatggaat 23852107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 22619212 - 22618799
Alignment:
Q  1 cttaacatgattccttctttgttagaattagacttgatgaactgcagcataaccaagatgcacagtagtgatcataaactagttagttacacaaactttt 100  Q
    |||| |||| ||||||||||| |||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||  ||||||  |||| |||||||||||||| ||||    
T  22619212 cttaccatgcttccttctttgatagaattagaattgaagaactgaagcataaccaagatgcacagtcatgatcaacaacttgttagttacacaaattttt 22619113  T
Q  101 ctagtattaagacactcaatcttgcagataatggacttgatggtccagatctgaatgtttttagaaacatgacttccgttgaagttattgtcctttctaa 200  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||  ||||  |||||||||    
T  22619112 ctagtattaaatcactcaatcttgcagataatagacttgatggtccagatctgaatgcttttagaaacatgacttcaattgaaaatattaacctttctaa 22619013  T
Q  201 caatagtcttagttcagttccattttggttgagtaattgtgccaaacttcaacatctttatcttcgaagaaatgctcttaatggctcacttccattagct 300  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||| |||| ||||||||||| || ||| |||||| ||||    
T  22619012 caatagtattagttcagttccaatttggttgagtaattgtgccaaacttgactatctttatcttggaagcaatgctcttaaaggttcagttccataagct 22618913  T
Q  301 cttcgaaatttgacttctttggaattgcttaacctttctcaaaacaaaattgaatctgttccacagtggttaggagggttaaagagccttttgtatctca 400  Q
    ||| ||||||||||||| ||| ||| |||  ||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||  |||||| |||| |||||||| ||||    
T  22618912 cttagaaatttgacttccttgaaatagctagacctttcccaaaacaaaattgaatctgttccaaaatggttagatgggttagagagtcttttgtacctca 22618813  T
Q  401 atctgtcatggaat 414  Q
    || | |||||||||    
T  22618812 atatttcatggaat 22618799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 23751819 - 23751406
Alignment:
Q  1 cttaacatgattccttctttgttagaattagacttgatgaactgcagcataaccaagatgcacagtagtgatcataaactagttagttacacaaactttt 100  Q
    |||| |||| ||||||||||| |||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||  ||||||  |||| |||||||||||||| ||||    
T  23751819 cttaccatgcttccttctttgatagaattagaattgaagaactgaagcataaccaagatgcacagtcatgatcaacaacttgttagttacacaaattttt 23751720  T
Q  101 ctagtattaagacactcaatcttgcagataatggacttgatggtccagatctgaatgtttttagaaacatgacttccgttgaagttattgtcctttctaa 200  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||  ||||  |||||||||    
T  23751719 ctagtattaaatcactcaatcttgcagataatagacttgatggtccagatctgaatgcttttagaaacatgacttcaattgaaaatattaacctttctaa 23751620  T
Q  201 caatagtcttagttcagttccattttggttgagtaattgtgccaaacttcaacatctttatcttcgaagaaatgctcttaatggctcacttccattagct 300  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||| |||| ||||||||||| || ||| |||||| ||||    
T  23751619 caatagtattagttcagttccaatttggttgagtaattgtgccaaacttgactatctttatcttggaagcaatgctcttaaaggttcagttccataagct 23751520  T
Q  301 cttcgaaatttgacttctttggaattgcttaacctttctcaaaacaaaattgaatctgttccacagtggttaggagggttaaagagccttttgtatctca 400  Q
    ||| ||||||||||||| ||| ||| |||  ||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||  |||||| |||| |||||||| ||||    
T  23751519 cttagaaatttgacttccttgaaatagctagacctttcccaaaacaaaattgaatctgttccaaaatggttagatgggttagagagtcttttgtacctca 23751420  T
Q  401 atctgtcatggaat 414  Q
    || | |||||||||    
T  23751419 atatttcatggaat 23751406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 158; E-Value: 6e-84
Query Start/End: Original strand, 85 - 414
Target Start/End: Original strand, 20573044 - 20573373
Alignment:
Q  85 agttacacaaacttttctagtattaagacactcaatcttgcagataatggacttgatggtccagatctgaatgtttttagaaacatgacttccgttgaag 184  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  |||||     
T  20573044 agttacacaaatttttctagcattaagtcactcaatcttgcagataatggacttaatggtccaaatctgaatgcttttagaaacatgacttcaattgaaa 20573143  T
Q  185 ttattgtcctttctaacaatagtcttagttcagttccattttggttgagtaattgtgccaaacttcaacatctttatcttcgaagaaatgctcttaatgg 284  Q
     ||||| |||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||     |||||| |||  |||| |||||||| |||||    
T  20573144 ctattgacctttctaacaatagaatcagttcagttccattttggttaggtaattgtgcaaaactgggttatctttctctcggaagcaatgctctcaatgg 20573243  T
Q  285 ctcacttccattagctcttcgaaatttgacttctttggaattgcttaacctttctcaaaacaaaattgaatctgttccacagtggttaggagggttaaag 384  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   |||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||   |||||||| |||||||||    
T  20573244 ctcacttccattagctcttcgaaatttgacttccttgacgttgcttgacctttcccaaaacaacattgaatctgttccattatggttaggtgggttaaag 20573343  T
Q  385 agccttttgtatctcaatctgtcatggaat 414  Q
    ||  ||||||| |||||| | |||||||||    
T  20573344 agtattttgtacctcaatatttcatggaat 20573373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University