View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14989_low_2 (Length: 673)

Name: NF14989_low_2
Description: NF14989
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14989_low_2
NF14989_low_2
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (19-673)||(30667575-30668227)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 572; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 572; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 673
Target Start/End: Original strand, 30667575 - 30668227
Alignment:
Q  19 ctctattgtactaccttctagtctatctactataagttgagaattatgctttacaattgatccgtccatttctctgcataccacaattctctcttaacat 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30667575 ctctattgtactaccttctagtctatctactataagttgagaattatgctttacaattgattcgtccatttctctgcataccgcaattctctcttaacat 30667674  T
Q  119 taagttcagatccactgctttggcgctttcattattgatctctcacttcgtaaaccgatctcagacgttatgactccagtctttgatggagaaatagaca 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  30667675 taagttcagatccactgctttggcgatttcattattgatctctcacttcgtaaaccgatctcagacgttatgactcaagtctttgacggagaaatagaca 30667774  T
Q  219 cttcttgatgagtgttttccactgagaaatacttcaaaaggtgggacacatcaaaggaggagaaaattttggtggctgggattgcaatgagagaccgggc 318  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  30667775 cttattgatgagtgttttccactgagaaatacttcaaaaggtgggacacatcaaaagaggagaagattttggtggctgggattgcaatgagaggccgggc 30667874  T
Q  319 tctcacatagtgactctggtggtatccatgccatccattagtgagttgtgacgcttttagcactgtattgatgtggcagatttaaggccgaatatcaggt 418  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  30667875 tctcacatagtgactctgatggtatccatgccatccattagtgagttgtgacgcttttagcactgtattgatgtggcagatttaaggctgaatatcaggt 30667974  T
Q  419 cattttactgctacccaaagatgatgggaagccagctcaagagttgtcacagttgaacaatgctctcttggcctggcatcggcaaattttgggggatcca 518  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  30667975 cattttactgctacccaaagacgatgggaagccagcttaagagttgtcatggttgaacaatgctctcttggcttggcatcggctaattttgggggatcca 30668074  T
Q  519 aactaactgatttcaaatgatcaaataacgtgttaatgtgttattgtcatcgttacaaaaggcctaagaatgctgcaagttaattaggaaaatagcattg 618  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30668075 aactaactgatttcaaatgatcaaatgacgtgttaatgtgttattgtcatcgttacaaaaggcctaagaatgctgcaagttaattaggaaaatagcattg 30668174  T
Q  619 catggttagatatatttggctggttattgtaaaattcgtctctttctgagtttct 673  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  30668175 catggttagatatatttggctggttattgtaaaattcg--tctttctgagtttct 30668227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University