View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1498_high_60 (Length: 432)

Name: NF1498_high_60
Description: NF1498
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1498_high_60
NF1498_high_60
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (18-422)||(4784978-4785382)
chr7 (18-422)||(4817407-4817811)
chr7 (26-355)||(4862525-4862854)
chr7 (26-355)||(4698341-4698670)
chr7 (31-355)||(4713222-4713546)
chr7 (29-355)||(4854590-4854916)
chr7 (26-332)||(4665594-4665900)
chr7 (26-332)||(4629568-4629874)
chr7 (26-181)||(4652330-4652485)
chr7 (26-344)||(4660448-4660766)
chr7 (26-345)||(4642350-4642669)
chr7 (26-351)||(4671280-4671605)
chr7 (50-345)||(4635503-4635798)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (38-171)||(18926902-18927035)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 345; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 345; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 422
Target Start/End: Original strand, 4784978 - 4785382
Alignment:
Q  18 acatgcgacaaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttgga 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4784978 acatgcgacaaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagacccccgttggttcgttctttgga 4785077  T
Q  118 taagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataaca 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4785078 taagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtatggtaattgaagatatggtggacccgttcattaaagattctataaca 4785177  T
Q  218 agtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagt 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||   | |||||||    
T  4785178 agtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggtgttaaattgtttgcatgatgatggaaatcaacgaatgtcgatgagtgatgtggttgcgacattagagt 4785277  T
Q  318 ttgcattgcagttggagatgagtgaggaggatagtaagcttgttggtaccaaggaaaaggaaaagagtaagcaaaggatagaattggcacattttactga 417  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  4785278 ttgcattgcagttagagatgagtgaggaggatagtaagcttgttggtaccaaggaaaaggaaaagagtgagcaaaggatagaattgtcacattttactga 4785377  T
Q  418 tgatg 422  Q
    |||||    
T  4785378 tgatg 4785382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 422
Target Start/End: Original strand, 4817407 - 4817811
Alignment:
Q  18 acatgcgacaaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttgga 117  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  4817407 acatgcgacaaagattgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagacccccgttggttcggtctttgga 4817506  T
Q  118 taagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataaca 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4817507 taagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtatggtaattgaagatatggtggacccgttcattaaagattctataaca 4817606  T
Q  218 agtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagt 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||   | |||||||    
T  4817607 agtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggtgttaaattgtttgcatgatgatggaaatcaacgaatgtcgatgagtgatgtggttgcgacattagagt 4817706  T
Q  318 ttgcattgcagttggagatgagtgaggaggatagtaagcttgttggtaccaaggaaaaggaaaagagtaagcaaaggatagaattggcacattttactga 417  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  4817707 ttgcattgcagttagagatgagtgaggaggatagtaagcttgttggtaccaaggaaaaggaaaagagtgagcaaaggatagaattgtcacattttactga 4817806  T
Q  418 tgatg 422  Q
    |||||    
T  4817807 tgatg 4817811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 26 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 4862854 - 4862525
Alignment:
Q  26 caaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaa 125  Q
    ||||||||||||||||| || || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||  || |||||||    
T  4862854 caaaggttgactctaaaatccgacgtgtattctttcggtgttgtccttcttgaggtgttgtgtgcgagaccaccattggttcgttcttctgaaaagaaaa 4862755  T
Q  126 aagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtg 225  Q
    |||| ||||| |  ||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4862754 aagcgagtttagtcgtttggtttcaaaaatgttacaatgaaggtgtcataattgaagagatggtagatccgttcataaaagattctataacaagtgagtg 4862655  T
Q  226 tttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattg 325  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4862654 tttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattg 4862555  T
Q  326 cagttggagatgagtgaggaggatagtaag 355  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  4862554 cagttggagatgagtgaggaagatactaag 4862525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 26 - 355
Target Start/End: Original strand, 4698341 - 4698670
Alignment:
Q  26 caaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaa 125  Q
    ||||||||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||    
T  4698341 caaaggttgaccctaaagtccgacgtgtactcttttggtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccacctttggttcgttctttggaaaagaaaa 4698440  T
Q  126 aagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtg 225  Q
    |||| ||||| |   ||||||| |||| ||||||||||||||||||| | || ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||   ||| ||    
T  4698441 aagcgagtttagtcttttggttccaaagatgttacaatgaaggtgtgatcatcgaagagatggtggacccgttcataaaggattctataacggctgaatg 4698540  T
Q  226 tttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattg 325  Q
    | | ||| ||||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4698541 tctaaaaagttattgccaaatggtgttgagttgtttgcatgatgatggaaatcaacggatgtcgatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattg 4698640  T
Q  326 cagttggagatgagtgaggaggatagtaag 355  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  4698641 cagttggagataagtgaggaggatactaag 4698670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 153; E-Value: 6e-81
Query Start/End: Original strand, 31 - 355
Target Start/End: Original strand, 4713222 - 4713546
Alignment:
Q  31 gttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagca 130  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||| || ||||||||||||| ||||||      
T  4713222 gttgactcttaagtctgacgtgtactcattcggagttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagaccacctttggatcattctttggataaggaaaaagtg 4713321  T
Q  131 agtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtgtttga 230  Q
    |   ||| || || |||  ||| ||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  4713322 aacatggttgctttgttcaaaaaatgttacaatgaaggtgtgatagttgaagagatggtggacccgttcataaaggactctataacaagtgagtgtttga 4713421  T
Q  231 aatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattgcagtt 330  Q
    ||||||||||| ||||||| || |||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||    
T  4713422 aatgttattgtgaaatggtgttgagttgtttgcatggtgatggaaatcaacgaatgtctatgagtgatgtggttgggactttagagcttgcgttgaaatt 4713521  T
Q  331 ggagatgagtgaggaggatagtaag 355  Q
    ||  ||||||| ||||||| |||||    
T  4713522 ggttatgagtggggaggatggtaag 4713546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 29 - 355
Target Start/End: Original strand, 4854590 - 4854916
Alignment:
Q  29 aggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaag 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||| ||||| || |||| || ||  ||||||||||||||||    
T  4854590 aggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgatgtacttcttgagatgttgtgtgcgagaccacctttggatcatttattggataagaaaaaag 4854689  T
Q  129 caagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtgttt 228  Q
      |   ||| || || |||  ||| ||||||||||||||| ||| || ||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  4854690 tgaacatggttgctttgttcaaaaaatgttacaatgaaggagtgatagttgaagagatggtggacccattcataaaggactctataacaagtgagtgttt 4854789  T
Q  229 gaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattgcag 328  Q
    ||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||  |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| |||||||| |||| ||| |     
T  4854790 gaaattttattgtcaaatggtgttgagttgtttgcatggtgatggaaatcaacggatgtctatgagtgatgtggttggaactttagagcttgcgttgaaa 4854889  T
Q  329 ttggagatgagtgaggaggatagtaag 355  Q
    ||||  ||||||| |||| ||||||||    
T  4854890 ttggttatgagtggggagaatagtaag 4854916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 26 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 4665900 - 4665594
Alignment:
Q  26 caaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaa 125  Q
    |||||| | |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||  |||||||||||| |    
T  4665900 caaaggctaactctaaaatctgatgtgtactcgttcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttggttcgtgatttggataagaata 4665801  T
Q  126 aagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtg 225  Q
      || ||| | | |  ||||||| ||| ||||||| |||||||||||| ||||||| | || || || || ||| |||  |||||||| |||  |||||     
T  4665800 ctgctagtctagtttgttggtttaaaaaatgttacgatgaaggtgtggcaattgaacaaatagttgatccattcgtaagggattctatcacagatgagta 4665701  T
Q  226 tttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattg 325  Q
     ||||||| ||||||  |  |||  |||||||| |||||||| ||||| | |||||||   ||||||||| | || ||||| | ||||||||||||||||    
T  4665700 cttgaaatattattgcaagttggcgttaagttgcttgcatgatgatgggactcaacgaccctcaatgagtcaagtggttgggggtttagagtttgcattg 4665601  T
Q  326 cagttgg 332  Q
    || ||||    
T  4665600 caattgg 4665594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 26 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 4629874 - 4629568
Alignment:
Q  26 caaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaa 125  Q
    |||||| | |||||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||  |||||||||||| |    
T  4629874 caaaggctaactctaaaatctgacgtgtactcgtttggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttggttcgtgatttggataagaata 4629775  T
Q  126 aagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtg 225  Q
     ||| ||| | | |  ||||||||||| |||  | |||||||||||||  |||||| | || || || || ||| |||  |||||||| |||  ||||||    
T  4629774 cagctagtctagtttgttggtttcaaaaatgccataatgaaggtgtggcgattgaacaaatagtcgatccattcttaagggattctatcacagttgagtg 4629675  T
Q  226 tttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattg 325  Q
     ||||||| ||||||  |  |||  |||||||| |||||||| ||||| | |||||||   ||||||||| | || ||||| | ||||||||||||||||    
T  4629674 cttgaaatattattgcaagttggcgttaagttgcttgcatgatgatgggactcaacgaccctcaatgagtcaagtggttgggggtttagagtttgcattg 4629575  T
Q  326 cagttgg 332  Q
    || ||||    
T  4629574 caattgg 4629568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 26 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 4652485 - 4652330
Alignment:
Q  26 caaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaa 125  Q
    |||||| | |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||  |||||||||||| |    
T  4652485 caaaggctaactctaaaatctgatgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttggttcgtgatttggataagaata 4652386  T
Q  126 aagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaa 181  Q
     ||||||| | | |  ||||||| ||| ||| ||| |||||||||||| |||||||    
T  4652385 cagcaagtctagtttgttggtttaaaaaatgctacgatgaaggtgtggcaattgaa 4652330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 26 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 4660766 - 4660448
Alignment:
Q  26 caaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaa 125  Q
    |||||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||   |||||||||||| |    
T  4660766 caaaggttaactctaaaatctgaagtgtactcgttcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctaggccaccattggttcgcgatttggataagaata 4660667  T
Q  126 aagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtg 225  Q
     | | ||| | | |  ||||||| ||| ||| ||  ||||||||||||  |||||| | || ||||| || | | ||||||||||||| ||   ||||||    
T  4660666 caactagtctagtttgttggtttaaaagatgctatgatgaaggtgtggcgattgaacaaatagtggatccatccctaaaagattctatcacggatgagtg 4660567  T
Q  226 tttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattg 325  Q
    |||| ||| ||||||  |  |||  ||||||||||||||||| ||||| | |||||||   ||||||||| | || ||||| | |||||||||||  |||    
T  4660566 tttggaatattattgcaagttggcgttaagttgtttgcatgatgatgggactcaacgaccttcaatgagtcaagtggttgggggtttagagtttgtgttg 4660467  T
Q  326 cagttggagatgagtgagg 344  Q
    || |||| | |||||||||    
T  4660466 caattggtggtgagtgagg 4660448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 26 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 4642669 - 4642350
Alignment:
Q  26 caaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaa 125  Q
    |||||| | |||||||| || ||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||| || || || |||||||||  |||||||||||| |    
T  4642669 caaaggctaactctaaaatcagatgtgtactcgttcggtgtggtacttcttgaagtgttgtgtgctaggccacctttggttcgtaatttggataagaata 4642570  T
Q  126 aagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtg 225  Q
      || ||| | | |  ||||||  ||| ||| ||| | ||||||||||  |||||| | || ||||| || ||| ||| |||||| || ||  | |||||    
T  4642569 ctgctagtctagtttgttggttcaaaagatgctacgaagaaggtgtggcgattgaacaaatagtggatccattcctaagagattccatcacgggcgagtg 4642470  T
Q  226 tttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattg 325  Q
    |||  ||| ||||||  |  |||  ||||||||||||||||| ||||||| |||||||   ||||||||| | || ||||| | |||||||||||| |||    
T  4642469 tttagaatattattgcaagttggcgttaagttgtttgcatgatgatggaattcaacgaccctcaatgagtcaagtggttgggggtttagagtttgcgttg 4642370  T
Q  326 cagttggagatgagtgagga 345  Q
    || |||| | ||||||||||    
T  4642369 caattggtggtgagtgagga 4642350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 26 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 4671605 - 4671280
Alignment:
Q  26 caaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaa 125  Q
    |||||| | |||||||| || ||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||| || || || ||||||||   |||||||||||| |    
T  4671605 caaaggctaactctaaaatcagatgtgtactcattcggtgtggtacttcttgaagtgttgtgtgctaggccacctttggttcgcgatttggataagaata 4671506  T
Q  126 aagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtg 225  Q
     ||| ||| | | |  ||||||| ||| ||| ||| ||||||||||||  |||||| | ||  ||||  | ||| |||  |||||||| ||  |||||||    
T  4671505 cagctagtctagtttgttggtttaaaagatgctacgatgaaggtgtggcgattgaacaaatactggattcattcctaagggattctatcacgggtgagtg 4671406  T
Q  226 tttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattg 325  Q
    |||| ||| ||||||  |  |||  || ||||| |||||||| ||||||| |||||||   ||||||||| | || ||||| | |||||||||||  |||    
T  4671405 tttggaatattattgcaagttggcgttgagttgcttgcatgatgatggaactcaacgaccctcaatgagtcaagtggttgggggtttagagtttgtgttg 4671306  T
Q  326 cagttggagatgagtgaggaggatag 351  Q
    || |||| | |||||||||| |||||    
T  4671305 caattggtggtgagtgaggaagatag 4671280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 50 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 4635798 - 4635503
Alignment:
Q  50 gtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttc 149  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||   |||||||||||| | ||| ||| | | |  ||||||      
T  4635798 gtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctaggccacctttggttcgcgatttggataagaatacagctagtctagtttgttggttca 4635699  T
Q  150 aaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggt 249  Q
    ||| ||| ||| | ||||||||||  |||||| | |||||||| || ||| ||| |||||| || ||  | ||||||||  ||| || |||  |  |||     
T  4635698 aaagatgctacgaagaaggtgtggcgattgaacaaatggtggatccattcctaagagattccatcacgggcgagtgttttgaatatttttgcaagttggc 4635599  T
Q  250 tttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattgcagttggagatgagtgagga 345  Q
     ||||||||||||||||| ||||||| |||||||   ||||||||| | || ||||| | |||||||||||| ||||| || | | ||||||||||    
T  4635598 gttaagttgtttgcatgatgatggaattcaacgaccctcaatgagtcaagtggttgggggtttagagtttgcgttgcaattagtggtgagtgagga 4635503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000001; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 38 - 171
Target Start/End: Original strand, 18926902 - 18927035
Alignment:
Q  38 ctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttgg 137  Q
    ||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || || ||||||||   ||| |||||||| |  || ||| | |    
T  18926902 ctaaaatctgacgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtattgtgtgcaaggccacctttggttcgcgatttagataagaagacggctagtctag 18927001  T
Q  138 ctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgt 171  Q
     |  ||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  18927002 tttgttggtttcaaagatgttacgatgaaggtgt 18927035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University