View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1498_high_70 (Length: 418)

Name: NF1498_high_70
Description: NF1498
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1498_high_70
NF1498_high_70
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (20-399)||(36425196-36425575)
chr4 (24-399)||(36411030-36411405)
chr4 (24-399)||(36416361-36416736)
chr4 (24-392)||(36373048-36373416)
chr4 (29-399)||(36403713-36404086)
chr4 (29-399)||(36396780-36397153)
chr4 (24-399)||(36368425-36368800)
chr4 (24-392)||(36387004-36387375)
chr4 (31-399)||(36433053-36433421)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (351-399)||(34712341-34712389)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 360; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 360; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 36425575 - 36425196
Alignment:
Q  20 gaacatcacggttgtacataaacaactgcggtttgccaattgtgctgaatttcaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcgtcggtcttccatgattg 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36425575 gaacatcacggttgtacataaacaactgcggtttgccaattgtgctgaatttcacggtgaacgcaccttttccagggtcatcgtcggtcttccatgattg 36425476  T
Q  120 aaggaaccaactttgattaatttttctatcaaaaccaagctttatatatggaagcattgtgtctgtgggatgatgaaagctttcccagatggcagtttcg 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  36425475 aaggaaccaactttgattaatttttctatcaaaaccaagctttatatatggaagcattgtgtctgtgggatgatccaagctttcccagatggcagtttcg 36425376  T
Q  220 gtgtcgtttaacctcagaacaaggtttcctatatccaatagttgagctataacattggtgttatttctttgtgaccgtgttaatgaaacattggtagacc 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  36425375 gtgtcgtttaacctcagaacaaggtttcctatatccaatagttgagctataacattggtgttatttctttgtgaatgtgttaatgaaacattggtagacc 36425276  T
Q  320 aaatgggaatggtgctaagtttgtggtggagttctagattcccatttgggtcgattgatagaattccagaagtgtcattg 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36425275 aaatgggaatggtgctaagtttgtggtggagttctagattcccatttgggtcgattgatagaattccagaagtgtcattg 36425196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 24 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 36411405 - 36411030
Alignment:
Q  24 atcacggttgtacataaacaactgcggtttgccaattgtgctgaatttcaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcgtcggtcttccatgattgaagg 123  Q
    |||| |||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||    
T  36411405 atcatggttgtacataaacaattgtggtttgccaatggtgctgaatttcaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcatctgtcttccaggattgaagg 36411306  T
Q  124 aaccaactttgattaatttttctatcaaaaccaagctttatatatggaagcattgtgtctgtgggatgatgaaagctttcccagatggcagtttcggtgt 223  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  36411305 acccaactttgattaatttttctatcaaaaccaatcttttgatacggaagcattgtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatggcagtttcggtgt 36411206  T
Q  224 cgtttaacctcagaacaaggtttcctatatccaatagttgagctataacattggtgttatttctttgtgaccgtgttaatgaaacattggtagaccaaat 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  36411205 cgtttaacctcagaacaaggtttcctatatccaatagttgagctataacattggtgttatttctttgtgactgtgttaatgaaacattggtagaccaaat 36411106  T
Q  324 gggaatggtgctaagtttgtggtggagttctagattcccatttgggtcgattgatagaattccagaagtgtcattg 399  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  36411105 gggaatggtgctaaggttgtggtggagttctagattcccattttggttgattgatagaattccagaagtgtcattg 36411030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 24 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 36416736 - 36416361
Alignment:
Q  24 atcacggttgtacataaacaactgcggtttgccaattgtgctgaatttcaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcgtcggtcttccatgattgaagg 123  Q
    |||| |||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||    
T  36416736 atcatggttgtacataaacaattgtggtttgccaatggtgctgaatttcaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcatctgtcttccaggattgaagg 36416637  T
Q  124 aaccaactttgattaatttttctatcaaaaccaagctttatatatggaagcattgtgtctgtgggatgatgaaagctttcccagatggcagtttcggtgt 223  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  36416636 acccaactttgattaatttttctatcaaaaccaatcttttgatacggaagcattgtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatggcagtttcggtgt 36416537  T
Q  224 cgtttaacctcagaacaaggtttcctatatccaatagttgagctataacattggtgttatttctttgtgaccgtgttaatgaaacattggtagaccaaat 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  36416536 cgtttaacctcagaacaaggtttcctatatccaatagttgagctataacattggtgttatttctttgtgactgtgttaatgaaacattggtagaccaaat 36416437  T
Q  324 gggaatggtgctaagtttgtggtggagttctagattcccatttgggtcgattgatagaattccagaagtgtcattg 399  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  36416436 gggaatggtgctaaggttgtggtggagttctagattcccattttggttgattgatagaattccagaagtgtcattg 36416361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 24 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 36373416 - 36373048
Alignment:
Q  24 atcacggttgtacataaacaactgcggtttgccaattgtgctgaatttcaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcgtcggtcttccatgattgaagg 123  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||  || |||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||||    
T  36373416 atcatggttgtacataaacaactgaggtttgacaatgctgttgaatttcactgtgaatgcaccatttccagggtcatcatctgtcttccaggattgaagg 36373317  T
Q  124 aaccaactttgattaatttttctatcaaaaccaagctttatatatggaagcattgtgtctgtgggatgatgaaagctttcccagatggcagtttcggtgt 223  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||| ||| |||| ||||| |||||||||||  |||||||| ||||||| |||||||||||| |   |||||| |||||    
T  36373316 aaccagctttgattagtttttctattaaacccaatctttagatatggaagcaaggtgtctgttggatgatcaaagctttcccataatacagttttggtgt 36373217  T
Q  224 cgtttaacctcagaacaaggtttcctatatccaatagttgagctataacattggtgttatttctttgtgaccgtgttaatgaaacattggtagaccaaat 323  Q
     ||||| | |||||||||||||| ||| |||| ||| ||||||||||||  ||||| |||||||||||||  ||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  36373216 tgtttatcatcagaacaaggtttgctacatccgataattgagctataaccctggtgctatttctttgtgattgtggtaatgaaacatcggtagaccaaat 36373117  T
Q  324 gggaatggtgctaagtttgtggtggagttctagattcccatttgggtcgattgatagaattccagaagt 392  Q
    ||||||||||||| | ||||||| |||| |||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  36373116 gggaatggtgctacggttgtggttgagtactagattttcatttggatcgattgatagaattccagaagt 36373048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 29 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 36404086 - 36403713
Alignment:
Q  29 ggttgtacataaacaactgcggtttgccaattgtgctgaatttcaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcgtcggtcttccatgattgaaggaacca 128  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||    
T  36404086 ggttgtacataaacaactgaggtttaccaatggtgctgaattccaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcatctgtcttccaggattgaaggaacca 36403987  T
Q  129 actttgattaatttttctatcaaaaccaagctttatatatggaagcattgtgtctgtgggatgatgaaagctttcccagatggcagtttcggtgtcgttt 228  Q
     ||||||||| ||||||||| ||| || | ||||| |||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||  |||| ||||    
T  36403986 gctttgattagtttttctattaaaccctatctttagatatggaagcaaggtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatgacagtttttgtgttgttt 36403887  T
Q  229 aacctcagaacaaggtttcctatatccaatagttgagctataa---cattggtgttatttctttgtgaccgtgttaatgaaacattggtagaccaaatgg 325  Q
    | | |||||||||||||| |||| ||  ||| ||  |||||||   |||||||| |||||||||||||  |||  |||||||||| ||||||||||||||    
T  36403886 atcatcagaacaaggtttgctatgtctgataatttcgctataacagcattggtgctatttctttgtgattgtggaaatgaaacatcggtagaccaaatgg 36403787  T
Q  326 gaatggtgctaagtttgtggtggagttctagattcccatttgggtcgattgatagaattccagaagtgtcattg 399  Q
    ||||||||||| | |||||||| | | ||||||| ||||||||||| || |||| ||| |||||||||||||||    
T  36403786 gaatggtgctatggttgtggtgaattactagatttccatttgggtcaatggataaaatcccagaagtgtcattg 36403713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 29 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 36397153 - 36396780
Alignment:
Q  29 ggttgtacataaacaactgcggtttgccaattgtgctgaatttcaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcgtcggtcttccatgattgaaggaacca 128  Q
    ||||||||||||||||||| ||| | || ||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||  |||    
T  36397153 ggttgtacataaacaactgaggtatacctatgctgctgaatttcaccgtgaatgcaccttttccagggtcatcttctgtcttccaggattgaaggggcca 36397054  T
Q  129 actttgattaatttttctatcaaaaccaagctttatatatggaagcattgtgtctgtgggatgatgaaagctttcccagatggcagtttcggtgtcgttt 228  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| | ||  ||||||||| |  |||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||  |||| ||||    
T  36397053 actttgattagtttttctatcaaaaccaaacctttgatatggaaggaaggtgtctgtgggatgatcaaagctttcccaaatgacagtttttgtgttgttt 36396954  T
Q  229 aacctcagaacaaggtttcctatatccaatagttgagctataa---cattggtgttatttctttgtgaccgtgttaatgaaacattggtagaccaaatgg 325  Q
    | | ||||||||| |||| || | ||   || ||  |||||||   || | ||| |||||||||||||  |||||||||||||||| || |||||||| |    
T  36396953 atcatcagaacaatgtttgctttgtctgttaattttgctataacagcactagtgatatttctttgtgatagtgttaatgaaacattagtggaccaaattg 36396854  T
Q  326 gaatggtgctaagtttgtggtggagttctagattcccatttgggtcgattgatagaattccagaagtgtcattg 399  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  36396853 gaatggtgctaaggttgtggtggagttctagattcccattttggttgattgatagaattccagaagtgtcattg 36396780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 24 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 36368800 - 36368425
Alignment:
Q  24 atcacggttgtacataaacaactgcggtttgccaattgtgctgaatttcaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcgtcggtcttccatgattgaagg 123  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||  ||||||||||||  ||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||     
T  36368800 atcatggttgtacataaacaactgaggttttccaatgctgctgaatttcaatgtgaatgcgccttttccagggtcatcatctgtcttccatgattggaga 36368701  T
Q  124 aaccaactttgattaatttttctatcaaaaccaagctttatatatggaagcattgtgtctgtgggatgatgaaagctttcccagatggcagtttcggtgt 223  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||| | |||||||||||  || ||||| ||||||| ||| |||||||| ||| |||||| || |     
T  36368700 aaccagctttgattagtttttctatcaaaaccaaccttgagatatggaagcaaggtatctgtaggatgatcaaaactttcccatatgacagttttggagc 36368601  T
Q  224 cgtttaacctcagaacaaggtttcctatatccaatagttgagctataacattggtgttatttctttgtgaccgtgttaatgaaacattggtagaccaaat 323  Q
      |||| | ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||| | |||||| |   || |||||||  ||||||||||||    
T  36368600 tttttagcatcaaaacaaggtttcctatatccgatagttgagctataacgttggtgctatttatctgtgactgcagtagtgaaacagcggtagaccaaat 36368501  T
Q  324 gggaatggtgctaagtttgtggtggagttctagattcccatttgggtcgattgatagaattccagaagtgtcattg 399  Q
    ||||||| ||||||| ||||||| |||  ||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36368500 gggaatgttgctaaggttgtggttgagaactagatttccatttcgatcgattgatagaattccagaagtgtcattg 36368425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 24 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 36387375 - 36387004
Alignment:
Q  24 atcacggttgtacataaacaactgcggtttgccaattgtgctgaatttcaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcgtcggtcttccatgattgaagg 123  Q
    |||| |||||||||| ||||  || ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||||    
T  36387375 atcatggttgtacattaacacttgaggtttgccaatggtgctgaatttcactgtgaatgcaccatttccagggtcatcatccgtcttccaggattgaagg 36387276  T
Q  124 aaccaactttgattaatttttct-atcaaaaccaagctttatatatggaagcattgtgtctgtgggatgatgaaagctttcccagatggcagtttcggtg 222  Q
    ||||| ||||||||| ||||| | ||||||||||||| ||| |||||||||||  |||||||| ||||||| |||||||||||| |   |||||| ||||    
T  36387275 aaccagctttgattagttttttttatcaaaaccaagccttagatatggaagcaaggtgtctgttggatgatcaaagctttcccataatacagttttggtg 36387176  T
Q  223 tcgtttaacctcagaacaaggtttcctatatccaatagttgagctataacat---tggtgttatttctttgtgaccgtgttaatgaaacattggtagacc 319  Q
    | ||||| | ||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    | ||| |||||||||||||  | |  |||||||||||||||||||    
T  36387175 ttgtttatcatcaaaacaaggtttgctatatccgatagttgagctataacagcactagtgctatttctttgtgattgcgggaatgaaacattggtagacc 36387076  T
Q  320 aaatgggaatggtgctaagtttgtggtggagttctagattcccatttgggtcgattgatagaattccagaagt 392  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| |||||    
T  36387075 aaatgggaatggtgcttaggttgtggtggagtactagatttccatttgggtcga-tgataaaattccggaagt 36387004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 31 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 36433421 - 36433053
Alignment:
Q  31 ttgtacataaacaactgcggtttgccaattgtgctgaatttcaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcgtcggtcttccatgattgaaggaaccaac 130  Q
    ||||||||||| | ||| | ||| ||||  ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |    
T  36433421 ttgtacataaaaagctgagttttaccaacggtgctgaatttcaacgtgaaggcaccttttccagggtcatcctctgtcttccaggattgaaggaaccagc 36433322  T
Q  131 tttgattaatttttctatcaaaaccaagctttatatatggaagcattgtgtctgtgggatgatgaaagctttcccagatggcagtttcggtgtcgtttaa 230  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||  ||||||||||   ||||| ||||||| || |||||| ||||| ||| |||||| |||   ||||||    
T  36433321 tttgattagtttttctatcaaaaccaagcctttgatatggaagccaagtgtccgtgggataatcaaagctatcccatatgacagttttggttctgtttaa 36433222  T
Q  231 cctcagaacaaggtttcctatatccaatagttgagctataacattggtgttatttctttgtgaccgtgttaatgaaacattggtagaccaaatgggaatg 330  Q
    | ||| ||||| ||||||||||||  |||||||||||||||| | |||| ||||| | |||||  |    | |||||||| |||||||||||||||||||    
T  36433221 catcaaaacaaagtttcctatatcagatagttgagctataacgtcggtgctatttatctgtgattgctggagtgaaacatcggtagaccaaatgggaatg 36433122  T
Q  331 gtgctaagtttgtggtggagttctagattcccatttgggtcgattgatagaattccagaagtgtcattg 399  Q
    |||||||| |||| || |||  ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  36433121 gtgctaaggttgttgttgagaactagatttccatttgggttgattgatagaattccagaagtgtcattg 36433053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 351 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 34712389 - 34712341
Alignment:
Q  351 ttctagattcccatttgggtcgattgatagaattccagaagtgtcattg 399  Q
    ||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  34712389 ttctagatttccattttggtcaattgatagaattccagaagtgtcattg 34712341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University