View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14997_low_2 (Length: 778)

Name: NF14997_low_2
Description: NF14997
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14997_low_2
NF14997_low_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (19-701)||(53464541-53465220)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 606; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 606; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 701
Target Start/End: Original strand, 53464541 - 53465220
Alignment:
Q  19 gaaacataggtgtagtgcaccttaatttgatttaagacaaaatgcnnnnnnnggtcttcaatcatgttcgctatttcgtctagtcaaggtggtttatctt 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53464541 gaaacataggtgtagtgcaccttaatttgatttaagacaaaatgcaaaaaaaggtcttcaatcatgttcgctatttcgtctagtcaaggtggtttatctt 53464640  T
Q  119 gtctattttgcaatactaaagaaggaaatctgatggaacactgcatggtttaagttcaaactctactttgcttgttgataagggtcacaactcacaacac 218  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53464641 gtctattttgcaataccaaagaaggaaatctgatggaacactgcatggtttaagttcaaactctactttgcttgttgataagggtcacaactcacaacac 53464740  T
Q  219 tatatatgcttaaataataattagtaattaatatcatacattaattttcaaagacnnnnnnncaatacagataattaattaatcttcatattgggtaatt 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53464741 tatatatgcttaaataataattagtaattaatatcatacattaattttcaaagacaaaaaaacaatacagataattaattaatcttcatattgggtaatt 53464840  T
Q  319 aaatattttaattaatttagtttcatatgatcatcgaccgacaaaggatccaaactgtgccattaatgaaggcgacaacctcttaggatctccactgatc 418  Q
    | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53464841 atatattttaattaatttagtttcatttgatcatcgaccgacaaaggatccaaactgtgccattaatgaaggcgacaacctcttaggatctccactgatc 53464940  T
Q  419 ttgcagatatatgtccctcccttatttttctactatttctgtcttgcaaggaacaatgaacccttgagtttagttgagttgagttgaattaaaactcttt 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  53464941 ttgcagatatatgtccctcccttatttttctactatttctgtcttgcaaggaacaatgaacccttgagtttagttgagttgagttgaattaaaactc-tt 53465039  T
Q  519 tatgtttcacattcacacactattcccctccatatatagagtacactttgagtttcaacttttaaaccattataccactaaaacttctttcctctctctt 618  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  53465040 tatgtttcacattcacacactattcccctccatatat--agtacactttgagtttcaacttttaaaccattataccactaaaacttctttcatctctctt 53465137  T
Q  619 tctctcttaatcaatagctataatcatgaataattttcatcctaatacttttcttcacttaaaccaaccagataatgagaata 701  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53465138 tctctcttaatcaatagctataatcatgaataattttcatcctaatacttttcttcacttaaaccaaccagataatgagaata 53465220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University