View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14999_high_3 (Length: 492)

Name: NF14999_high_3
Description: NF14999
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14999_high_3
NF14999_high_3
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (16-474)||(29965028-29965486)
chr5 (16-474)||(30009312-30009770)
chr5 (22-474)||(30007314-30007766)
chr5 (18-474)||(30001194-30001650)
chr5 (24-474)||(30043232-30043682)
chr5 (35-471)||(29953779-29954215)
chr5 (25-474)||(29946808-29947258)
chr5 (22-474)||(29995525-29995976)
chr5 (18-474)||(30067749-30068205)
chr5 (18-474)||(29944829-29945285)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (145-236)||(31890612-31890703)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 419; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 419; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 474
Target Start/End: Original strand, 29965028 - 29965486
Alignment:
Q  16 atgatttgaagaagttgaattacttagatatggtggttgatgagacattaagactttaccccgttggacccttattacttcctcgtgaatgtagagaaag 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29965028 atgatttgaagaagttgaattacttagatatggtggttgatgagacattaagactttaccctgttggacccttattacttcctcgtgaatgtagagaaag 29965127  T
Q  116 cataacaattgatggatattttataaaggaaaagacacgagttatagtaaatgcatgggctatagggagagattcaaatgtttggtcagaaaatgctgat 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||    
T  29965128 cataacaattgatggatattttataaaggaaaagacacgagttatagtaaatgcatgggctatagggagagattcaaatatttggttagaaaacgctgat 29965227  T
Q  216 gagttttatccagagagatttagtgataagaaaatgaattatcaaggacaagaatttgaatctataccatttggttcaggtcgtagacgttgtcctggga 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29965228 gagttttatccagagagatttagtgataagaaaatgaattatcaaggacagcaatttgaatctataccatttggttcaggtcgtagacgttgtcctggga 29965327  T
Q  316 ttcaattgggtttggttactgttagatttgttgtagctcaattggtgcattcctttaattgggaacttccacataatattagcccttccgatttgaatat 415  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  29965328 ttcaattgggtttggttacggttagatttgttgtagctcaattggtgcattgctttaattgggaacttccacataatattagcccttccaatttgaatat 29965427  T
Q  416 ggaagagaaatttggagtcactataccaagggctcaacacttgcacgcaataccgagtt 474  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  29965428 ggaagagaaatttggagtcactataccaagggctcaacatttgcacgcaataccgagtt 29965486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 419; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 30009770 - 30009312
Alignment:
Q  16 atgatttgaagaagttgaattacttagatatggtggttgatgagacattaagactttaccccgttggacccttattacttcctcgtgaatgtagagaaag 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30009770 atgatttgaagaagttgaattacttagatatggtggttgatgagacattaagactttaccctgttggacccttattacttcctcgtgaatgtagagaaag 30009671  T
Q  116 cataacaattgatggatattttataaaggaaaagacacgagttatagtaaatgcatgggctatagggagagattcaaatgtttggtcagaaaatgctgat 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||    
T  30009670 cataacaattgatggatattttataaaggaaaagacacgagttatagtaaatgcatgggctatagggagagattcaaatatttggttagaaaacgctgat 30009571  T
Q  216 gagttttatccagagagatttagtgataagaaaatgaattatcaaggacaagaatttgaatctataccatttggttcaggtcgtagacgttgtcctggga 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30009570 gagttttatccagagagatttagtgataagaaaatgaattatcaaggacagcaatttgaatctataccatttggttcaggtcgtagacgttgtcctggga 30009471  T
Q  316 ttcaattgggtttggttactgttagatttgttgtagctcaattggtgcattcctttaattgggaacttccacataatattagcccttccgatttgaatat 415  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  30009470 ttcaattgggtttggttacggttagatttgttgtagctcaattggtgcattgctttaattgggaacttccacataatattagcccttccaatttgaatat 30009371  T
Q  416 ggaagagaaatttggagtcactataccaagggctcaacacttgcacgcaataccgagtt 474  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30009370 ggaagagaaatttggagtcactataccaagggctcaacatttgcacgcaataccgagtt 30009312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 22 - 474
Target Start/End: Original strand, 30007314 - 30007766
Alignment:
Q  22 tgaagaagttgaattacttagatatggtggttgatgagacattaagactttaccccgttggacccttattacttcctcgtgaatgtagagaaagcataac 121  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||    
T  30007314 tgaagaagtttaattacttagatatggttgttgatgaaaccttaagactttatcctgttggacccttattaatccctcgtgaatgtagagagagcataac 30007413  T
Q  122 aattgatggatattttataaaggaaaagacacgagttatagtaaatgcatgggctatagggagagattcaaatgtttggtcagaaaatgctgatgagttt 221  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  || ||||||||||||||||||||||| |||    
T  30007414 aattgatggatattttataacgaaaaagactcgagttatagtaaatgcatgggctattgggagagattgtaacgtttggtcagaaaatgctgatgaattt 30007513  T
Q  222 tatccagagagatttagtgataagaaaatgaattatcaaggacaagaatttgaatctataccatttggttcaggtcgtagacgttgtcctgggattcaat 321  Q
    || ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||    
T  30007514 tacccagagagatttattgacaagaaaatgaattatcaaggacatgagtttgaatctataccatttggttctggtcgtaggcgttgtcctggaattcaat 30007613  T
Q  322 tgggtttggttactgttagatttgttgtagctcaattggtgcattcctttaattgggaacttccacataatattagcccttccgatttgaatatggaaga 421  Q
    |||||||  |||  ||||  || ||| |||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||    
T  30007614 tgggtttaattatcgttaagttggttatagctcaatttgtgcattgctttaactgggaacttccacataatattagtccttccaatttgaatatggagga 30007713  T
Q  422 gaaatttggagtcactataccaagggctcaacacttgcacgcaataccgagtt 474  Q
    |||||||||| || |||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||    
T  30007714 gaaatttggactctctataccaagagctcagcatttgcaggcaataccgagtt 30007766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 18 - 474
Target Start/End: Original strand, 30001194 - 30001650
Alignment:
Q  18 gatttgaagaagttgaattacttagatatggtggttgatgagacattaagactttaccccgttggacccttattacttcctcgtgaatgtagagaaagca 117  Q
    ||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||| ||| |||||| | ||||||||||||||||| | ||    
T  30001194 gatttgaagaattttaattacctagatatggtggttgatgaaaccttaagactttatcctgttgcacctttattaatccctcgtgaatgtagagagaaca 30001293  T
Q  118 taacaattgatggatattttataaaggaaaagacacgagttatagtaaatgcatgggctatagggagagattcaaatgtttggtcagaaaatgctgatga 217  Q
    ||||||||||||  |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |  |||||||||||||||||||||| ||    
T  30001294 taacaattgatgattattctataaaagaaaagacacgagttatagtaaatgcatgggcaattgggagagatcctgatgtttggtcagaaaatgctgaaga 30001393  T
Q  218 gttttatccagagagatttagtgataagaaaatgaattatcaaggacaagaatttgaatctataccatttggttcaggtcgtagacgttgtcctgggatt 317  Q
     ||||| ||||||||||||| ||| || |||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||    
T  30001394 attttacccagagagatttattgagaaaaaaatgaattatctcggacaagagtttgaatctataccatttggttctggtcgtagacgttgtcctggaatt 30001493  T
Q  318 caattgggtttggttactgttagatttgttgtagctcaattggtgcattcctttaattgggaacttccacataatattagcccttccgatttgaatatgg 417  Q
    ||||||||| || |||| ||||  || ||| |||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  30001494 caattgggtatgattacggttaagttggttatagctcaattcgtgcattgctttaactgggaacttccacataatattagtccttccaatttgaatatgg 30001593  T
Q  418 aagagaaatttggagtcactataccaagggctcaacacttgcacgcaataccgagtt 474  Q
    | |||||||||||| ||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| ||||    
T  30001594 aggagaaatttggactcactataccaagagctcagcatttgcacgcaataccaagtt 30001650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 24 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 30043682 - 30043232
Alignment:
Q  24 aagaagttgaattacttagatatggtggttgatgagacattaagactttaccccgttggacccttattacttcctcgtgaatgtagagaaagcataacaa 123  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| ||| || | |||||||||| |||||| |||| |||||    
T  30043682 aagaagttgaattatttagatatggtggttgatgagaccttaagactttaccccgtagcaccgttactagtccctcgtgaatctagagagagcacaacaa 30043583  T
Q  124 ttgatggatattttataaaggaaaagacacgagttatagtaaatgcatgggctatagggagagattcaaatgtttggtcagaaaatgctgatgagtttta 223  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||| | || |||||    
T  30043582 ttgatggttattttataaaggaaaagacacgacttatagtaaatgcatgggcaatagggagagatcctaatgtttggtcagaaaatgctaaagaatttta 30043483  T
Q  224 tccagagagatttagtgataagaaaatgaattatcaaggacaagaatttgaatctataccatttggttcaggtcgtagacgttgtcctgggattcaattg 323  Q
     ||||||||||||   || || |||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  30043482 cccagagagatttgtagagaaaaaaatgaattatcttggacaagagtttgaatctataccatttggttctggtcgtaggcgttgtcctggaattcaattg 30043383  T
Q  324 ggtttggttactgttagatttgttgtagctcaattggtgcattcctttaattgggaacttccacataatattagcccttccgatttgaatatggaagaga 423  Q
    |||||  ||||||||| ||| ||| ||||||||||  | ||||  ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||| ||||    
T  30043382 ggtttaattactgttaaattggttatagctcaatttatccattgttttaactgggaacttccacataatattagtccctccaatttgaatatggaggaga 30043283  T
Q  424 aatttggagtcactataccaagggctcaacacttgcacgcaataccgagtt 474  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||    
T  30043282 aatttggactcactataccaagagctcagcatttgcacgcaataccgagtt 30043232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 35 - 471
Target Start/End: Original strand, 29953779 - 29954215
Alignment:
Q  35 ttacttagatatggtggttgatgagacattaagactttaccccgttggacccttattacttcctcgtgaatgtagagaaagcataacaattgatggatat 134  Q
    ||||||||| ||||||||| |||| || |||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||    
T  29953779 ttacttagagatggtggttcatgaaactttaagactttaccctgttgcacccttattactccctcgtgaatgtagagagagtgtaacaattgatggatat 29953878  T
Q  135 tttataaaggaaaagacacgagttatagtaaatgcatgggctatagggagagattcaaatgtttggtcagaaaatgctgatgagttttatccagagagat 234  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||||||||||    
T  29953879 tttataaaggaaaagactcgagttatagtaaatgcatgggctatagggagagattcaaatgtttggtcagaaaatgccgaagaattttacccagagagat 29953978  T
Q  235 ttagtgataagaaaatgaattatcaaggacaagaatttgaatctataccatttggttcaggtcgtagacgttgtcctgggattcaattgggtttggttac 334  Q
    | | ||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| || || |||||||||||||| ||||||| |||||| || ||    
T  29953979 tcattggcaagaaaatgaattatcaaggacaagagtttgaatctctaccatttggttctggccgcagacgttgtcctggaattcaatcgggtttagtgac 29954078  T
Q  335 tgttagatttgttgtagctcaattggtgcattcctttaattgggaacttccacataatattagcccttccgatttgaatatggaagagaaatttggagtc 434  Q
     ||||  || ||| | || |||||||||||||  ||| |||||||||||||| ||||||| || |||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  29954079 cgttaagttggttattgcccaattggtgcattgttttgattgggaacttccatataatatcagtccttccaatttgaatatggaggagaaatttggactc 29954178  T
Q  435 actataccaagggctcaacacttgcacgcaataccga 471  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||    
T  29954179 actataccaagagctcaacacttgcatgtaataccga 29954215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 25 - 474
Target Start/End: Original strand, 29946808 - 29947258
Alignment:
Q  25 agaagttgaattacttagatatggtggttgatgagacattaagactttaccccgttggacccttattacttcctcgtgaatgtagagaaagcataacaat 124  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||| |||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||    
T  29946808 agaagttaagttacttagatatggtggttcatgaaactttaagactttaccctgttgcacccttgttactccctcgtgaatgtagagagagtataacaat 29946907  T
Q  125 tgatggatattttataaaggaaaagacacgagttatagtaaatgcatgggctatagggagagattcaaatgtttggtcagaaaatgctgatgagttttat 224  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||  ||| || ||| ||    
T  29946908 tgatggatattttataatggaaaagacacgagttatagtaaatgcatgggctatagagagagattctagtgtttggtcagaaaattatgaagaatttcat 29947007  T
Q  225 ccagagagatttagtgataagaaaatgaattatcaaggacaagaatttgaatctataccatttggttcaggtcgtagacgttgtcctgggattcaattgg 324  Q
    ||||| ||||||| ||| | ||||||||||||| |||||||  | ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| || |||    
T  29947008 ccagaaagatttattgacatgaaaatgaattatgaaggacataagtttaaatctataccatttggttctggtcgtagacgttgtcctggaattgaaatgg 29947107  T
Q  325 gtttggttactgttagatttgttgtagctcaattggtgcattcctttaattgggaacttccacataatattagcccttccgatttgaatatggaagagaa 424  Q
    ||||| | ||  ||| | | ||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||  ||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||    
T  29947108 gtttgatcacaattaaaatggttatagctcaattggtacattgctttaattgggaacttccatgtaatattagtccttccaatttgaatatggaggagaa 29947207  T
Q  425 atttggagtca--ctataccaagggctcaacacttgcacgcaataccgagtt 474  Q
    |||| || |||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29947208 atttaga-tcactctattccaagggctcaacacttgcacgcaataccgagtt 29947258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 22 - 474
Target Start/End: Original strand, 29995525 - 29995976
Alignment:
Q  22 tgaagaagttgaattacttagatatggtggttgatgagacattaagactttaccccgttggacccttattacttcctcgtgaatgtagagaaagcataac 121  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||| ||| || | |||||||| | |||||| |||| ||     
T  29995525 tgaagaagttgaattatttagatatggtggttgatgagaccttaagactttaccctgttgcaccattactagtccctcgtgagtctagagagagcacaat 29995624  T
Q  122 aattgatggatattttataaaggaaaagacacgagttatagtaaatgcatgggctatagggagagattcaaatgtttggtcagaaaatgctgatgagttt 221  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||| || || |||    
T  29995625 aattgatggttattttataaaggaaaagacacgacttatagtaaatgcatgggcaatagggagagatcctaatgtttggtcagaaaatgccgaagaattt 29995724  T
Q  222 tatccagagagatttagtgataagaaaatgaattatcaaggacaagaatttgaatctataccatttggttcaggtcgtagacgttgtcctgggattcaat 321  Q
    |||||||||||||||| ||| || ||| |||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||| |||||||    
T  29995725 tatccagagagatttattgagaa-aaactgaattatctcggacaagagtttgaatctataccatttggttctagtcgtaggcgttgtcctggaattcaat 29995823  T
Q  322 tgggtttggttactgttagatttgttgtagctcaattggtgcattcctttaattgggaacttccacataatattagcccttccgatttgaatatggaaga 421  Q
    |||||||  ||||  |||  || ||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||   |||||||||||| ||    
T  29995824 tgggtttaattacgattaagttggttatagctcaatttgtgcattgctttaattgggaacttccacataatattagttcttctagtttgaatatggagga 29995923  T
Q  422 gaaatttggagtcactataccaagggctcaacacttgcacgcaataccgagtt 474  Q
     ||||||||| |||||||||||||  ||||||| ||||| |||||||| ||||    
T  29995924 aaaatttggactcactataccaagaactcaacatttgcatgcaataccaagtt 29995976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 18 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 30068205 - 30067749
Alignment:
Q  18 gatttgaagaagttgaattacttagatatggtggttgatgagacattaagactttaccccgttggacccttattacttcctcgtgaatgtagagaaagca 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || || |||| ||||||| || | |||| | |||||||||| | ||    
T  30068205 gatttgaagaagttgaattacttagatatggtggttgatgaaaccttaagactgtatcctgttgcacccttactagtccctcctaaatgtagagagaaca 30068106  T
Q  118 taacaattgatggatattttataaaggaaaagacacgagttatagtaaatgcatgggctatagggagagattcaaatgtttggtcagaaaatgctgatga 217  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||||  || |||| |||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||    
T  30068105 taacaattgatgattattttataaaggaaaagacgagaattatggtaaatgcatgggcaatagggagagatcctaatgtttggtcagaaaatgctgaaga 30068006  T
Q  218 gttttatccagagagatttagtgataagaaaatgaattatcaaggacaagaatttgaatctataccatttggttcaggtcgtagacgttgtcctgggatt 317  Q
     ||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||  | ||||||||| ||  |||||||||||||| ||||| |||    
T  30068005 attttatccaaagagatttattgaaaagaaaatgaattatcaaagacaagagtttgaaagtttaccatttgattatggtcgtagacgttgccctggaatt 30067906  T
Q  318 caattgggtttggttactgttagatttgttgtagctcaattggtgcattcctttaattgggaacttccacataatattagcccttccgatttgaatatgg 417  Q
    |||||||||||   ||||||||  || ||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| || | | ||||||||||||    
T  30067905 caattgggtttaactactgttaagttggttatagctcaatttgtgcattgctttaattgggaactttcacataatattagtccattcaatttgaatatgg 30067806  T
Q  418 aagagaaatttggagtcactataccaagggctcaacacttgcacgcaataccgagtt 474  Q
    | |||||||||||| ||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| ||||    
T  30067805 aggagaaatttggactcactataccaagagctcagcatttgcacgcaataccaagtt 30067749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 18 - 474
Target Start/End: Original strand, 29944829 - 29945285
Alignment:
Q  18 gatttgaagaagttgaattacttagatatggtggttgatgagacattaagactttaccccgttggacccttattacttcctcgtgaatgtagagaaagca 117  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| | || |||  |||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||    
T  29944829 gatttgaagaattttaattacttagatatggtggttgatgaaactttaagacttcatccagtttcacccttcttactccctcgtgaatgtagagagaaca 29944928  T
Q  118 taacaattgatggatattttataaaggaaaagacacgagttatagtaaatgcatgggctatagggagagattcaaatgtttggtcagaaaatgctgatga 217  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||    
T  29944929 taacaattgatggttattttgtaaaggaaaagacacgagttatagtaaatgcatttacaatagcgagagatcctaatgtttggtcagaaaatgctgaaga 29945028  T
Q  218 gttttatccagagagatttagtgataagaaaatgaattatcaaggacaagaatttgaatctataccatttggttcaggtcgtagacgttgtcctgggatt 317  Q
     |||| ||||||||| |||| | |||||||| |||||||| |||||||||| ||||||  |||||||||||| |  |||||||| ||||| ||||| |||    
T  29945029 attttgtccagagaggtttattaataagaaattgaattatgaaggacaagagtttgaaagtataccatttggatttggtcgtaggcgttgccctggaatt 29945128  T
Q  318 caattgggtttggttactgttagatttgttgtagctcaattggtgcattcctttaattgggaacttccacataatattagcccttccgatttgaatatgg 417  Q
    ||||||| ||||   |||||||| ||     |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||||| ||||    
T  29945129 caattggctttgaggactgttaggttaagcatagctcaattggtgcattgctttaattggaaacttccatataatattagtccttctaatttgaacatgg 29945228  T
Q  418 aagagaaatttggagtcactataccaagggctcaacacttgcacgcaataccgagtt 474  Q
    | ||||||||||||    ||||||  || ||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  29945229 atgagaaatttggacaatctatacatagagctcaacacttacacgcaataccaagtt 29945285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000005; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 145 - 236
Target Start/End: Original strand, 31890612 - 31890703
Alignment:
Q  145 aaaagacacgagttatagtaaatgcatgggctatagggagagattcaaatgtttggtcagaaaatgctgatgagttttatccagagagattt 236  Q
    |||||||| || || || ||||||||||| | |||||||||||  | ||||||||||| || ||||||||   |||||||||||||||||||    
T  31890612 aaaagacaagaattttaataaatgcatggacaatagggagagacactaatgtttggtcggataatgctgagacgttttatccagagagattt 31890703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University