View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1499_low_3 (Length: 614)

Name: NF1499_low_3
Description: NF1499
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1499_low_3
NF1499_low_3
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (16-614)||(31207161-31207759)
chr7 (32-614)||(32352942-32353524)
chr7 (29-594)||(39426760-39427325)
chr7 (58-589)||(32354317-32354846)
chr7 (358-613)||(13818114-13818368)
chr7 (466-559)||(2433928-2434022)
chr7 (221-364)||(2434135-2434283)
[»] chr4 (12 HSPs)
chr4 (24-614)||(6668379-6668972)
chr4 (44-614)||(43291005-43291575)
chr4 (157-581)||(8989688-8990112)
chr4 (237-589)||(6805761-6806113)
chr4 (365-614)||(17894113-17894365)
chr4 (255-364)||(6685396-6685507)
chr4 (466-559)||(572633-572727)
chr4 (466-559)||(6661320-6661414)
chr4 (255-364)||(6661098-6661209)
chr4 (286-338)||(572521-572573)
chr4 (488-559)||(6685190-6685262)
chr4 (59-96)||(6806151-6806188)
[»] chr6 (12 HSPs)
chr6 (36-614)||(24042113-24042692)
chr6 (29-614)||(6950279-6950863)
chr6 (114-614)||(19975161-19975662)
chr6 (59-589)||(27077256-27077784)
chr6 (30-364)||(34234712-34235048)
chr6 (203-338)||(15516273-15516408)
chr6 (114-340)||(14922656-14922887)
chr6 (114-322)||(34096632-34096846)
chr6 (473-551)||(15516065-15516144)
chr6 (467-551)||(34234560-34234645)
chr6 (493-551)||(34096870-34096929)
chr6 (469-551)||(14922431-14922514)
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (29-614)||(10938578-10939163)
chr2 (29-614)||(10944440-10945025)
chr2 (28-568)||(26969495-26970036)
chr2 (371-502)||(68912-69043)
chr2 (497-614)||(73387-73504)
chr2 (303-508)||(9810435-9810645)
chr2 (61-313)||(14631933-14632185)
chr2 (193-364)||(19436273-19436449)
chr2 (466-551)||(19433005-19433091)
chr2 (467-551)||(18736829-18736914)
chr2 (467-589)||(14632311-14632433)
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (29-614)||(14657043-14657628)
chr3 (44-614)||(19930715-19931285)
chr3 (28-568)||(53727315-53727855)
chr3 (29-390)||(42254230-42254581)
chr3 (59-589)||(32895123-32895648)
chr3 (62-274)||(16357032-16357244)
chr3 (467-614)||(42254578-42254724)
chr3 (24-317)||(11634757-11635049)
chr3 (473-560)||(11635197-11635285)
chr3 (291-364)||(16363776-16363850)
chr3 (467-551)||(16363951-16364036)
chr3 (326-363)||(41541259-41541296)
[»] scaffold0028 (1 HSPs)
scaffold0028 (16-614)||(126719-127306)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (55-614)||(16085801-16086361)
chr5 (59-589)||(26052353-26052881)
chr5 (318-614)||(31307650-31307948)
chr5 (466-559)||(25636059-25636153)
chr5 (193-243)||(26707966-26708016)
chr5 (193-243)||(26977700-26977750)
chr5 (255-364)||(25635838-25635949)
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (44-614)||(49388081-49388649)
chr1 (29-614)||(1967803-1968379)
chr1 (30-605)||(38825985-38826555)
chr1 (59-594)||(24172095-24172631)
chr1 (128-554)||(47325006-47325441)
chr1 (488-551)||(49874096-49874160)
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (24-364)||(38677873-38678212)
chr8 (48-364)||(31183043-31183361)
chr8 (62-347)||(38641389-38641667)
chr8 (278-589)||(43656896-43657202)
chr8 (487-614)||(38641705-38641832)
chr8 (59-201)||(43657249-43657385)
chr8 (114-364)||(44316161-44316417)
chr8 (466-559)||(21256755-21256849)
chr8 (467-551)||(38677691-38677776)
chr8 (466-559)||(9032484-9032578)
chr8 (478-551)||(31182861-31182935)
chr8 (255-362)||(21256532-21256641)
chr8 (193-364)||(29278350-29278527)
chr8 (488-551)||(44315963-44316027)
chr8 (466-552)||(29278150-29278237)
[»] scaffold0012 (1 HSPs)
scaffold0012 (59-589)||(201467-201999)
[»] scaffold0014 (1 HSPs)
scaffold0014 (29-340)||(86276-86588)
[»] scaffold0086 (2 HSPs)
scaffold0086 (114-364)||(37954-38210)
scaffold0086 (493-551)||(38348-38407)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 483; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 483; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 614
Target Start/End: Original strand, 31207161 - 31207759
Alignment:
Q  16 aaaataacagtttaaaagagttttcctaggtaaacatcgtagatgtaatgcatcggaacggtatagcaagctatggaacccgtcctagtctaatgaggct 115  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  31207161 aaaataacagtttaaaagagtttttctgggtaaacatcgtagatgtaatgcatcggaacggtatagaaagctatggaacccgtcctagactaatgaggct 31207260  T
Q  116 taacacacagtgaattggtttagcatgctatggaacccaagacacttggtgtatgctagacgtctcacagtcacattacacccccacaattcttgatgtt 215  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  31207261 taacacgcagtgaattggtttagcaagctatggaacccaagacacttggtgtatactagaggtctcgcagtcacattacacccccacaattcttgctgtt 31207360  T
Q  216 acgcggttgtgcgctaataggccgtgcgcgtgtatggtattcatgagtgctcaagagatccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcata 315  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  31207361 acgcggttgttcgctaataggccgtgcgcgtggctggtattcatgagtgctctagagacccgccactgtctcatgcaagcggccccaattgacactcata 31207460  T
Q  316 taggtgattccatctagtgtatgctacaaccaaacaccacccataagggcttatggtaatcattaaaagcctttaaagcttatccctcaattttatatta 415  Q
    || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31207461 taagtgattccatctagtgtatgctagaaccaaacaccacccataagggcttatggtaatcattaaaagcctttaaagcttatccctcaattttatatta 31207560  T
Q  416 tttagcacgtctcatccattatcttacactataggaaagagacaacaatattttagtgctaacagaactagcaagtaacttgtttttacccattgaacct 515  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  31207561 tttagcacatctcatccattatcatacactataggaaagagacaacaatattttagtgcttagagaactagcaagtaacttgcttttacccattgaacct 31207660  T
Q  516 tcttcatgagatctccaatcacaaaggttgggttcccattacttgccgttttctagtggcatagtctcatttccctaaaattcttcccaaggggtttta 614  Q
    |||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  31207661 tcttcatgggatctccaatcaataaggttgggttcccattacttgccgttttctagtggcatggtctcatttccttaaaattcttcccaaggggtttta 31207759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 435; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 614
Target Start/End: Original strand, 32352942 - 32353524
Alignment:
Q  32 agagttttcctaggtaaacatcgtagatgtaatgcatcggaacggtatagcaagctatggaacccgtcctagtctaatgaggcttaacacacagtgaatt 131  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  32352942 agagttttcttgggtaaacatcgtagatgtaatgcatcggaacaatgtagcaagctatgaaacccgtcctagactaatgagacttaacacacagtgaatt 32353041  T
Q  132 ggtttagcatgctatggaacccaagacacttggtgtatgctagacgtctcacagtcacattacacccccacaattcttgatgttacgcggttgtgcgcta 231  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  32353042 ggtttagcaagctatggaacccaagacacttgttgtatgcaagaggtctcacaatcacattacacccccacaattcttgttgttacgcggttgtgcgcta 32353141  T
Q  232 ataggccgtgcgcgtgtatggtattcatgagtgctcaagagatccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatataggtgattccatcta 331  Q
    ||||||||||||||||  ||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  32353142 ataggccgtgcgcgtgcctggtatttatgagtgctccagagacccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatataggtgatttcatcta 32353241  T
Q  332 gtgtatgctacaaccaaacaccacccataagggcttatggtaatcattaaaagcctttaaagcttatccctcaattttatattatttagcacgtctcatc 431  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | | ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  32353242 gtgtatgctacgaccatacaccacccataagggcttatggtaatcattaaaagtcttaacaacttatccatcaattttatattatttagcacatctcatc 32353341  T
Q  432 cattatcttacactataggaaagagacaacaatattttagtgctaacagaactagcaagtaacttgtttttacccattgaaccttcttcatgagatctcc 531  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  32353342 cattatcatacactataggaaagagacaacattattttaatgctaacagaactaacaagtaacttgtttttacccattgaaccttcttcatgggatctcc 32353441  T
Q  532 aatcacaaaggttgggttcccattacttgccgttttctagtggcatagtctcatttccctaaaattcttcccaaggggtttta 614  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  32353442 aatcacataggttgggttcccattacttgtcgttttctagtggcatagtctcatttccctaaatttcttcccagggggtttta 32353524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 378; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 594
Target Start/End: Original strand, 39426760 - 39427325
Alignment:
Q  29 aaaagagttttcctaggtaaacatcgtagatgtaatgcatcggaacggtatagcaagctatggaacccgtcctagtctaatgaggcttaacacacagtga 128  Q
    |||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||| || ||||||||||| |||    
T  39426760 aaaaaagtttttctagataaacatcgtagatgtaatgcatcagaacggtatagcaagctatggaacccgttctagattaataagacttaacacacaatga 39426859  T
Q  129 attggtttagcatgctatggaacccaagacacttggtgtatgctagacgtctcacagtcacattacacccccacaattcttgatgttacgcggttgtgcg 228  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||| |||| |||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  39426860 gttggtttagcaagctatggaacccaagacacttgttgtatgttagaagtcccacaatcacgttacacccccacaattcttgctgttacacggttgtgcg 39426959  T
Q  229 ctaataggccgtgcgcgtgtatggtattcatgagtgctcaagagatccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatataggtgattccat 328  Q
     ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39426960 gtaataggccgtgcgcgtgcctggtattcatgagtgctctagagacccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatataggtgattccat 39427059  T
Q  329 ctagtgtatgctacaaccaaacaccacccataagggcttatggtaatcattaaaagcctttaaagcttatccctcaattttatattatttagcacgtctc 428  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||| | ||    
T  39427060 ctagtgtatgctacaatcaaacaccacccataaaggcttatggtaatcattaaaagcttttaaagcttacccatcaattttatattatttagcacatttc 39427159  T
Q  429 atccattatcttacactataggaaagagacaacaatattttagtgctaacagaactagcaagtaacttgtttttacccattgaaccttcttcatgagatc 528  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  39427160 atccattatcatacactataggaaagagacaacattattttcgtgctaacagaactaacaagtaatttatttttacccattgaaccttcttcataggatc 39427259  T
Q  529 tccaatcacaaaggttgggttcccattacttgccgttttctagtggcatagtctcatttccctaaa 594  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||   ||||||||| ||||||    
T  39427260 tccaatcacaaaggttgggtttccattacttgtcgttttcgagtggctatgtctcattttcctaaa 39427325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 58 - 589
Target Start/End: Complemental strand, 32354846 - 32354317
Alignment:
Q  58 atgtaatgcatcggaacggtatagcaagctatggaacccgtcctagtctaatgaggcttaacacacagtgaattggtttagcatgctatggaacccaaga 157  Q
    ||||||| ||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  32354846 atgtaatacatcg-aaccgtgtagcaagctatggaacccgtcctagactaatgagacttaacacacagtgaattggtttagcaagctatggaacccaata 32354748  T
Q  158 cacttggtgtatgctagacgtctcacagtcacattacacccccacaattcttgatgtta-cgcggttgtgcgctaataggccgtgcgcgtgtatggtatt 256  Q
    |||||| ||||||||||| |||||| | ||||| ||||||||||||||| | | ||| | ||  ||  |||||   |||||||||| | ||| |||| ||    
T  32354747 cacttgatgtatgctagaggtctcataatcacaatacacccccacaattttcg-tgtcatcgttgtgttgcgcatttaggccgtgcacatgtctggtttt 32354649  T
Q  257 catgagtgctcaagagatccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatataggtgattccatctagtgtatgctacaaccaaacaccacc 356  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| | |    
T  32354648 catgagtgctctagagacccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatataggtgattccatctagtgcatgctacaaccacacactaac 32354549  T
Q  357 cataagggcttatggtaatcattaaaagcctttaaagcttatccctc-aattttatattatttagcacgtctcatc-cattatc-ttacactataggaaa 453  Q
    | ||| || ||||||||||||||||| || || ||||| || ||||| |||||||  ||| ||||||| ||||||| |||| || | ||| |||||||||    
T  32354548 c-taaaggattatggtaatcattaaaggcattaaaagcctaaccctcaaattttaatttaattagcacttctcatctcattgtcataacattataggaaa 32354450  T
Q  454 gagacaacaatattttagtgctaacagaactagcaagtaacttgtttttacccattgaaccttcttcatgagatctccaatcacaaaggttgggttccca 553  Q
      ||||| || | ||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  32354449 aggacaa-aacagtttagtgctaacataactaacaagtgacttgttttt-cccattgaacctttttcatgggatctccaatcataaaggttgggttccca 32354352  T
Q  554 ttacttgccgttttctagtggcatagtctcatttcc 589  Q
    | ||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  32354351 tcacttgtcgttttcgagtggcatagt-tcatttcc 32354317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 158; E-Value: 9e-84
Query Start/End: Original strand, 358 - 613
Target Start/End: Complemental strand, 13818368 - 13818114
Alignment:
Q  358 ataagggcttatggtaatcattaaaagcctttaaagcttatccctcaattttatattatttagcacgtctcatccattatcttacactataggaaagaga 457  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || || ||||||| |||||| ||||||  |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  13818368 ataagggcttatggtaatcattaaaaacccttgaagcttaaccctcatttttat--tatttagcacatctcatccattatcatacactataggaaagaga 13818271  T
Q  458 caacaatattttagtgctaacagaactagcaagtaacttgtttttacccattgaaccttcttcatgagatctccaatcacaaaggttggg-ttcccatta 556  Q
    ||||  ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  13818270 caacgttatattagtgctaacagaactaacaagtaacttgtttttacccattataccttcttcatgggatctccaatcacaaaggttgggtttcccattg 13818171  T
Q  557 cttgccgttttctagtggcatagtctcatttccctaaaattcttcccaaggggtttt 613  Q
    |||| ||||||| ||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  13818170 cttgtcgttttcgagtggcagagtctcattttcctaaatttcttcccaaggggtttt 13818114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 466 - 559
Target Start/End: Complemental strand, 2434022 - 2433928
Alignment:
Q  466 ttttagtgctaacagaactagcaagtaacttgtttttacccat-tgaaccttcttcatgagatctccaatcacaaaggttgggttcccattactt 559  Q
    |||| |||||| ||||||||  |||| ||||||| |||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  2434022 tttttgtgctagcagaactaataagtgacttgttcttacccatatgaaccttattcatgggatctccaatcacaaagattgggttcccatcactt 2433928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 221 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 2434283 - 2434135
Alignment:
Q  221 gttgtgcgctaataggccgtgcgcgtgtatgg--tatt-catgagtgctcaagagatcc-gccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatat 316  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||  |||  |||| ||||||||||| ||||||   | || | |||||| || |||||||||||||||||||| ||    
T  2434283 gttgtgcgcgaataggccgtgcgcgtgcctggattatttcatgagtgctctagagattttgtcaagatctcatacaggcggccccacttgacactcacat 2434184  T
Q  317 aggtgattccatctagtgtatgctac-aaccaaacaccacccataaggg 364  Q
    |||||||| | || |||||||||| | || || ||||||||||||||||    
T  2434183 aggtgatttcttcaagtgtatgctgcaaatcatacaccacccataaggg 2434135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 415; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 415; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 614
Target Start/End: Original strand, 6668379 - 6668972
Alignment:
Q  24 agtttaaaagagttttcctaggtaaacatcgtagatgtaatgcatcggaacggtatagcaagctatggaacccgtcctagtctaatgaggcttaacacac 123  Q
    |||| ||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  6668379 agttaaaaagagtttttctgggtaaacgtcgtagatgtaatgcatcggaacggtgtagcaagctatggaatccgtcctagactaatgaggcttaacacac 6668478  T
Q  124 agtgaattggtttagcatgctatggaacccaagacacttggtgtatgctagacgtctcacagtcacattacacccccacaattcttgatgttacgcggtt 223  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  6668479 agtgaattggtttagcaagctatggaacccaagacacttggtgtatgctagaggtctcacagtcacattacacccccacaattcttgctgttacgcggtt 6668578  T
Q  224 gtgcgctaataggccgtgcgcgtgtatggtattcatgagtgctcaagagatccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatataggtgat 323  Q
    || |||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6668579 gtccgctaataggccttgcgcgtgcctggtattcatgagtgctctagagacctgccacggtctcatacaagcggccccacttgacactcatataggtgat 6668678  T
Q  324 tccatctagtgtatgctacaaccaaacaccacccataagggcttatggtaatcattaaaagcctttaaagcttatccctcaattttata-ttatttagca 422  Q
    ||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| || ||||||||||| ||||||||||    
T  6668679 tccatctagcgtatgctactaccatacaccacccataagggcttatggtaatcattaaaagctttcgaagcttacccatcaattttatatttatttagca 6668778  T
Q  423 cgtctc--atccattatcttacactataggaaagagacaacaatattttagtgctaacagaactagcaagtaacttgtttttacccattgaaccttcttc 520  Q
    | ||||  ||| ||| || ||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6668779 cttctcatatctattttcatacgccataggaaagagacaataatattttagtgctaacagaactagcaagtaacttgtttttacccattgaaccttcttc 6668878  T
Q  521 atgagatctccaatcacaaaggttgggttcccattacttgccgttttctagtggcatagtctcatttccctaaaattcttcccaaggggtttta 614  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||  |||||||||||||||||||    
T  6668879 atgggatctccaatcacaaaggttgggttcccgttacttgtcgttttctagtggcaaagtctcattttcctaactttcttcccaaggggtttta 6668972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 415; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 44 - 614
Target Start/End: Complemental strand, 43291575 - 43291005
Alignment:
Q  44 ggtaaacatcgtagatgtaatgcatcggaacggtatagcaagctatggaacccgtcctagtctaatgaggcttaacacacagtgaattggtttagcatgc 143  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  43291575 ggtaaacatcgtagatgtaatgcatcggaacggtgtagcaagctatgaaacccgtcctacactaatgagacttaacacacagtgaattggtttagcaagc 43291476  T
Q  144 tatggaacccaagacacttggtgtatgctagacgtctcacagtcacattacacccccacaattcttgatgttacgcggttgtgcgctaataggccgtgcg 243  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  43291475 tatggaacccaagacacttgttgtatgcaagaggtctcacaatcacattacacccccacaattcttgttgttacgcggttgtgccctaataggccgtgcg 43291376  T
Q  244 cgtgtatggtattcatgagtgctcaagagatccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatataggtgattccatctagtgtatgctaca 343  Q
    ||||  |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  43291375 cgtgcctggtattcatgagtgctctagagacccgccacggtctcatacaagcggccccacttgacactcatataggtgattccatctagtgtatgctacg 43291276  T
Q  344 accaaacaccacccataagggcttatggtaatcattaaaagcctttaaagcttatccctcaattttatattatttagcacgtctcatccattatcttaca 443  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||| | | ||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||    
T  43291275 accatacaccacctataagggcttatggtaatcattaaaaatcttaacaacttatccatcaattttatattatttaacacatctcatccattatcataca 43291176  T
Q  444 ctataggaaagagacaacaatattttagtgctaacagaactagcaagtaacttgtttttacccattgaaccttcttcatgagatctccaatcacaaaggt 543  Q
    ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  43291175 ctacaggaaagagacaacattattttagtgctaacagaactaacaagtaacttttttttacccattgaaccttcttcatgggatctccaatcacaaaggt 43291076  T
Q  544 tgggttcccattacttgccgttttctagtggcatagtctcatttccctaaaattcttcccaaggggtttta 614  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| || |||||||||    
T  43291075 tgggttcccattacttgtcgttttctagtggcatagtctcgtttccctaaatttcttctcatggggtttta 43291005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 165; E-Value: 6e-88
Query Start/End: Original strand, 157 - 581
Target Start/End: Original strand, 8989688 - 8990112
Alignment:
Q  157 acacttggtgtatgctagacgtctcacagtcacattacacccccacaattcttgatgtta-cgcggttgtgcgctaataggccgtgcgcgtgtatggtat 255  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||| | ||| | ||  ||  |||||   |||||| ||||||||| |||| |    
T  8989688 acacttgatgtatgctagaggtctcataatcacattacacccccacaattctcg-tgtcatcgttgtgttgcgcatttaggccatgcgcgtgtctggttt 8989786  T
Q  256 tcatgagtgctcaagagatccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatataggtgattccatctagtgtatgctacaaccaaacaccac 355  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||    
T  8989787 tcatgagtgctctagagacccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatataggtgattccatctagtgcatgctacaatcacacaccac 8989886  T
Q  356 ccataagggcttatggtaatcattaaaagcctttaaagcttatccctc-aattttatattatttagcacgtctca-tccattatc-ttacactataggaa 452  Q
    || ||| ||||||||||||||||||||  | || ||||| || ||||| |||||||  ||| ||||||| ||||| | |||| || | ||||||||||||    
T  8989887 cc-taaaggcttatggtaatcattaaagacattaaaagcctaaccctcaaattttaatttaattagcacttctcatttcattgtcataacactataggaa 8989985  T
Q  453 agagacaacaatattttagtgctaacagaactagcaagtaacttgtttttacccattgaaccttcttcatgagatctccaatcacaaaggttgggttccc 552  Q
    |  ||||| || | ||||||||||||| ||||| ||||| | |||||||| ||||||||||||| |||||| |||||| ||||| |||||||||||||||    
T  8989986 aaggacaa-aacagtttagtgctaacataactaacaagtgatttgttttt-cccattgaacctttttcatgggatctcaaatcataaaggttgggttccc 8990083  T
Q  553 attacttgccgttttctagtggcatagtc 581  Q
    || ||||| ||||||| ||||||||||||    
T  8990084 atcacttgtcgttttcgagtggcatagtc 8990112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 148; E-Value: 8e-78
Query Start/End: Original strand, 237 - 589
Target Start/End: Complemental strand, 6806113 - 6805761
Alignment:
Q  237 ccgtgcgcgtgtatggtattcatgagtgctcaagagatccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatataggtgattccatctagtgta 336  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  6806113 ccgtgcgcgtgtctggttttcatgagtgctctagagacccaccacggtcccatgcaagcggtcccacttgacactcatataggtgattccatctagtgca 6806014  T
Q  337 tgctacaaccaaacaccacccataagggcttatggtaatcattaaaagcctttaaagcttatccctc-aattttatattatttagcacgtctca-tccat 434  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||| || || ||||| || ||||| |||||||  ||| ||||||| ||||| | |||    
T  6806013 tgctacaaccacacaccaccc-taaaggcttatggtaatcattaaaggcattaaaagcctaaccctcaaattttaatttaattagcacttctcatttcat 6805915  T
Q  435 tatc-ttacactataggaaagagacaacaatattttagtgctaacagaactagcaagtaacttgtttttacccattgaaccttcttcatgagatctccaa 533  Q
    |||| | |||||||||||||  ||||| || | ||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||  |||||||||||| |||||| |||||||||    
T  6805914 tatcataacactataggaaaaggacaa-aacagtttagtgctaacataactaacaagtgacttgttttt-tccattgaacctttttcatgggatctccaa 6805817  T
Q  534 tcacaaaggttgggttcccattacttgccgttttctagtggcatagtctcatttcc 589  Q
    ||| |||||| | |||||||| ||||   |||||| |||||||||||| |||||||    
T  6805816 tcataaaggtagtgttcccatcacttattgttttcgagtggcatagtcacatttcc 6805761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 118; E-Value: 7e-60
Query Start/End: Original strand, 365 - 614
Target Start/End: Complemental strand, 17894365 - 17894113
Alignment:
Q  365 cttatggtaatcattaaaagcctttaaagcttatccctcaattttatattatttagcacgtctcatc--cattatcttacactataggaaagagacaaca 462  Q
    ||||| ||||||||||||| | |||||||||||  | ||||||||||||||||||| || ||||||   ||||| | |||||||||| || | ||||| |    
T  17894365 cttatcgtaatcattaaaaacttttaaagcttactcatcaattttatattatttagtacttctcatattcattaccatacactatagaaatgggacaaaa 17894266  T
Q  463 atattttagtgctaacagaactagcaagtaacttgt-ttttacccattgaaccttcttcatgagatctccaatcacaaaggttgggttcccattacttgc 561  Q
     |||| ||||||||||| ||||| || ||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||     
T  17894265 ttattctagtgctaacataactaacatgtaacttgtgttttacccattgaacctttttcatgggatctccaatcacaaatgttgggttctcattacttgt 17894166  T
Q  562 cgttttctagtggcatagtctcatttccctaaaattcttcccaaggggtttta 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||| |||||    
T  17894165 cgttttctagtggcatagtctcatttccctaaattttctcccaagggatttta 17894113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 255 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 6685507 - 6685396
Alignment:
Q  255 ttcatgagtgctcaagagatc-cgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatataggtgattccatctagtgtatgctac-aaccaaacac 352  Q
    ||||||||||||||||||||  || || | |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||| | || || ||||    
T  6685507 ttcatgagtgctcaagagatttcgtcaagatctcatacaagcggccccacttgacactcacataggtgatttcatcaagtgtatgctgcaaatcatacac 6685408  T
Q  353 cacccataaggg 364  Q
    ||||||||||||    
T  6685407 cacccataaggg 6685396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 466 - 559
Target Start/End: Original strand, 572633 - 572727
Alignment:
Q  466 ttttagtgctaacagaactagcaagtaacttgtttttacccat-tgaaccttcttcatgagatctccaatcacaaaggttgggttcccattactt 559  Q
    |||| |||||| || |||||  |||| |||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||| | ||||||||||||| ||||    
T  572633 ttttggtgctagcataactaataagtgacttgtttttacccatatgaaccttattcatgggatctccaatcacatatgttgggttcccatcactt 572727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 466 - 559
Target Start/End: Original strand, 6661320 - 6661414
Alignment:
Q  466 ttttagtgctaacagaactagcaagtaacttgtttttacccat-tgaaccttcttcatgagatctccaatcacaaaggttgggttcccattactt 559  Q
    |||| |||||| ||||||||  |||| ||||||| |||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| || |||| ||||    
T  6661320 ttttggtgctagcagaactaataagtgacttgttcttacccatatgaaccttattcatgggatctccaatcacaaaggttggttttccatcactt 6661414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 255 - 364
Target Start/End: Original strand, 6661098 - 6661209
Alignment:
Q  255 ttcatgagtgctcaagagatc-cgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatataggtgattccatctagtgtatgctac-aaccaaacac 352  Q
    ||||||||||||| ||||||  ||||  | |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||| ||| | | || || ||||    
T  6661098 ttcatgagtgctccagagatttcgccgagatctcatacaagcggccccacttgacactcacataggtgatttcatcaagtgcatgatgcaaatcatacac 6661197  T
Q  353 cacccataaggg 364  Q
    ||||||||||||    
T  6661198 cacccataaggg 6661209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 286 - 338
Target Start/End: Original strand, 572521 - 572573
Alignment:
Q  286 tcatgcaagcggccccacttgacactcatataggtgattccatctagtgtatg 338  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||    
T  572521 tcatacaagcggccccacttgacactcacataggtgatttcatcaagtgtatg 572573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 488 - 559
Target Start/End: Complemental strand, 6685262 - 6685190
Alignment:
Q  488 aagtaacttgtttttacccat-tgaaccttcttcatgagatctccaatcacaaaggttgggttcccattactt 559  Q
    |||| ||||||| ||||| || |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  6685262 aagtgacttgttcttaccaatatgaaccttattcatgggatctccaatcacaaaggttgggtacccatcactt 6685190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 59 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 6806188 - 6806151
Alignment:
Q  59 tgtaatgcatcggaacggtatagcaagctatggaaccc 96  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  6806188 tgtaatgcatcggaacggtgtagcaagctatggaaccc 6806151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 412; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 412; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 36 - 614
Target Start/End: Original strand, 24042113 - 24042692
Alignment:
Q  36 ttttcctaggtaaacatcgtagatgtaatgcatcggaacggtatagcaagctatggaacccgtcctagtctaatgaggcttaacacacagtgaattggtt 135  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  24042113 ttttcttaggtatacatcgtagatgtaatgcatcggaacggtgtagcaagctatggaacccatcctagactaatgagagttaacacacagtgaattggtt 24042212  T
Q  136 tagcatgctatggaaccc-aagacacttggtgtatgctagacgtctcacagtcacattacacccccacaattcttgatgttacgcggttgtgcgctaata 234  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  24042213 tagcaagctatggaaccccaagacacttgttgtatgcaagaggtctcacaatcacattacacccccataattcttgctgttacgcggttgtgcgctaata 24042312  T
Q  235 ggccgtgcgcgtgtatggtattcatgagtgctcaagagatccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatataggtgattccatctagtg 334  Q
    ||| |||||||||  |||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24042313 ggctgtgcgcgtgcctggtattcgtgagtgctctagagacccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatataggtgattccatctagtg 24042412  T
Q  335 tatgctacaaccaaacaccacccataagggcttatggtaatcattaaaagcctttaaagcttatccctcaattttatattatttagcacgtctcatccat 434  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  24042413 tatgctacaaccatacaccacccataaaggcttatggtaatcattaaaagcctttaaagtttatccctcaattttatattatttagcacatctcatccat 24042512  T
Q  435 tatcttacactataggaaagagacaacaatattttagtgctaacagaactagcaagtaacttgtttttacccattgaaccttcttcatgagatctccaat 534  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||  ||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  24042513 tatcatacaccataggaaagagacaacgttatattagtgctcacagaactaacaagtaacttgtttttacccattgaaccttcttcatgggatctccaat 24042612  T
Q  535 cacaaaggttgggttcccattacttgccgttttctagtggcatagtctcatttccctaaaattcttcccaaggggtttta 614  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||| | |||||||| |||||| ||||||||||||| |||||    
T  24042613 cacaaaggttgggtttccattacttgtcgttttcgagtggcagaatctcattttcctaaatttcttcccaagggttttta 24042692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 374; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 614
Target Start/End: Original strand, 6950279 - 6950863
Alignment:
Q  29 aaaagagttttcctaggtaaacatcgtagatgtaatgcatcggaacggtatagcaagctatggaacccgtcctagtctaatgaggcttaacacacagtga 128  Q
    ||||||||||| |  | ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||| || |||||||||||||||    
T  6950279 aaaagagtttttccggataaacatcgtaga-gtaatgcatcggaacagtatagcaagctatggaacccgtcatagactaataagacttaacacacagtga 6950377  T
Q  129 attggtttagcatgctatggaacccaagacacttggtgtatgctagacgtctcacagtcacattacacccccacaattcttgatgttacgcggttgtgcg 228  Q
     ||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  6950378 gttgatttagcaagctatggaacccaagacacttgttgtatgttagaggtctcacaatcacattacactcccacaattcttgctgttacgcggttgtgcg 6950477  T
Q  229 ctaataggccgtgcgcgtgtatggtattcatgagtgctcaagagatccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatataggtgattccat 328  Q
    |||||||| |||||| |||  ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6950478 ctaataggtcgtgcgtgtgcctggtattcatgagtgctctggagatccgccacggtctcatgcaagcagccccacttgacactcatataggtgattccat 6950577  T
Q  329 ctagtgtatgctacaaccaaacaccacccataagggcttatggtaatcattaaaagcctttaaagcttatccctcaattttatattatttagcacgtctc 428  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||| ||||||||||| || |||||| ||||||||||||||| ||||    
T  6950578 ctagtgtatgctacaatcaaacaccacccataaggacttatcataatcattaaaagcttttaaagcttacccatcaattatatattatttagcacatctc 6950677  T
Q  429 atccattatcttacactataggaaagagacaacaatattttagtgctaacagaactagcaagtaacttgtttttacccattgaaccttcttcatgagatc 528  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||| ||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  6950678 atccattatcatacactataggaaagagacaatattattttcgtgcttacagaactaacaagtaatttgtttttacccattgaaccttcttcatgggatc 6950777  T
Q  529 tccaatcacaaaggttgggttcccattacttgccgttttctagtggcatagtctcatttccctaaaattcttcccaaggggtttta 614  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||   |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  6950778 tccaatcacaacggttgggttcctattacttgtcgttttcgagtggctatgtctcatttccctaaatttcttcacaaggggtttta 6950863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 114 - 614
Target Start/End: Complemental strand, 19975662 - 19975161
Alignment:
Q  114 cttaacacacagtgaattggtttagcatgctatggaacccaagacacttggtgtatgctagacgtctcacagtcacattacacccccacaattcttgatg 213  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||| | ||||||| ||| ||||||||  ||||| |||||||||||||||||| ||    
T  19975662 cttaacacacggtgaattggtttagcaaactatggaccccaagacact-gttgtatgcaagaggtctcacaagcacatcacacccccacaattcttgctg 19975564  T
Q  214 ttacgcggttgtgcgctaataggccgtgcgcgtgtatggtattcatgagtgctcaagagatccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactca 313  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | ||| ||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  19975563 ttacgtggttgtgcgctaataggccgtgcacgtgtctggtattcatgagtgctctacagacccgtcacggtctcatgcaagcggtcgcacttgacactca 19975464  T
Q  314 tataggtgattccatctagtgtatgctacaaccaaacaccacccataagggcttatggtaatcattaaaagcctttaaagcttatccctcaattttatat 413  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  19975463 tataggtgattccatctggtgtatgctactaccatacaccatccataagggcttatggtaatcattaaaag-ctctaaagcttatccctcaattttatat 19975365  T
Q  414 tatttagcacgtctcatccattatcttacactataggaaagagacaacaatattttagtgctaacagaactagcaagtaacttgtttttacccattgaac 513  Q
    |||||||||| | || |||||||||  | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||| |||    
T  19975364 tatttagcacatgtcttccattatc--atactataggaaagagacaacattattttagtgctaacagcactaacaagtaacttatttttacccattaaac 19975267  T
Q  514 cttcttcatgagatctccaatcacaaaggttgggttcccattacttgccgttttctagtggcatagtctc-----atttccctaaaattcttcccaaggg 608  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||     ||||||||||| |||||||||||||    
T  19975266 cttcttcatgggatatccaatcacaaaggttgggttcccattacttgtcgtttttgagtggcatagtctcattatatttccctaaatttcttcccaaggg 19975167  T
Q  609 gtttta 614  Q
    | ||||    
T  19975166 gattta 19975161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 59 - 589
Target Start/End: Complemental strand, 27077784 - 27077256
Alignment:
Q  59 tgtaatgcatcggaacggtatagcaagctatggaacccgtcctagtctaatgaggcttaacacacagtgaattggtttagcatgctatggaacccaagac 158  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  27077784 tgtaatgcatcggaacggtgtagcaagctatggaacccgtcctagactaatgaggcttaacacacagtgaattggtttagcaagctatggaacccaatac 27077685  T
Q  159 acttggtgtatgctagacgtctcacagtcacattacacccccacaattcttgatgtta-cgcggttgtgcgctaataggccgtgcgcgtgtatggtattc 257  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||| || ||||  |||||||||||||| | ||| | ||| ||  |||||   |||||||||||||||| || | |||    
T  27077684 acttgatgtatgctagaggtctcacaatcgcatt--acccccacaattctcg-tgtaatcgctgtgttgcgcatttaggccgtgcgcgtgtctgattttc 27077588  T
Q  258 atgagtgctcaagagatccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatataggtgattccatctagtgtatgctacaaccaaacaccaccc 357  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||    
T  27077587 atgagtgctctagagacccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacacttatataggtgattccatctagtgcctgctacaaccacacaccaccc 27077488  T
Q  358 ataagggcttatggtaatcattaaaagcctttaaagcttatccctc-aattttatattatttagcacgtctca-tccattatc-ttacactataggaaag 454  Q
     ||| ||||||||| ||||||||||  | ||   |||  | ||||| |||||||  ||| ||||||| ||||| | || | || | || ||||||||||     
T  27077487 -taaaggcttatggaaatcattaaagacattatgagcccaaccctcaaattttaatttaattagcacttctcatttcaatgtcataactctataggaaaa 27077389  T
Q  455 agacaacaatattttagtgctaacagaactagcaagtaacttgtttttacccattgaaccttcttcatgagatctccaatcacaaaggttgggttcccat 554  Q
     ||||| || | ||||||||||||| ||||| ||| | ||||||||||  ||||| |||||| |||||| |||||||| ||| |||||||||||| ||||    
T  27077388 ggacaa-aacaatttagtgctaacataactaacaaatgacttgttttt-tccattaaacctttttcatgggatctccattcataaaggttgggtttccat 27077291  T
Q  555 tacttgccgttttctagtggcatagtctcatttcc 589  Q
     ||||| |||||||  |||||||||||||||||||    
T  27077290 cacttgtcgttttcgtgtggcatagtctcatttcc 27077256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 165; E-Value: 6e-88
Query Start/End: Original strand, 30 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 34235048 - 34234712
Alignment:
Q  30 aaagagttttcctaggtaaacatcgtagatgtaatgcatcggaacggtatagcaagctatggaacccgtcctagtctaatgaggcttaacacacagtgaa 129  Q
    ||||||||||  | ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | |  ||||||||||||||||    
T  34235048 aaagagtttttatgggtaaacatcgtaaatgtaatgcatcagaacggtatagcaagttatggaacccgtcctagactagtaaaacttaacacacagtgaa 34234949  T
Q  130 ttggtttagcatgctatggaacccaagacacttggtgtatgctagacgtctcacagtcacattacacccccacaattcttgatgttacgcggttgtgcgc 229  Q
    | ||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  34234948 tcggtttagcaagttatggaacccaagacacttgttgtatgttagaggtctcacaatcacattacacccccacaattcttgctgttacgcggtggtgcgc 34234849  T
Q  230 taataggccgtgcgcgtgtatggtattcatgagtgctcaagaga-tccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatataggtgattccat 328  Q
    ||||||||| |||| |||  || ||||||||||||||| ||||| |  || | | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||    
T  34234848 taataggccatgcgtgtgcctgatattcatgagtgctctagagattttgctaagatctcatgcaagcggccccacttgactctcatataggcgatttcat 34234749  T
Q  329 ctagtgtatgctacaa-ccaaacaccacccataaggg 364  Q
    | |||||||||| |||  || ||||||| ||||||||    
T  34234748 caagtgtatgctgcaagtcatacaccacgcataaggg 34234712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 203 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 15516408 - 15516273
Alignment:
Q  203 aattcttgatgttacgcggttgtgcgctaataggccgtgcgcgtgtatggtattcatgagtgctcaagagatccgccacggtctcatgcaagcggcccca 302  Q
    |||| ||| ||||||||| |||||||| ||||||||  |||||||| |||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||    
T  15516408 aattgttgctgttacgcgattgtgcgcgaataggccaagcgcgtgtctggtcttcatgagtgctctagagacccgccacggtctcatgcaagcggctcca 15516309  T
Q  303 cttgacactcatataggtgattccatctagtgtatg 338  Q
    |||||||| ||||||||  ||| |||| ||||||||    
T  15516308 cttgacacccatataggcaatttcatcaagtgtatg 15516273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 114 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 14922887 - 14922656
Alignment:
Q  114 cttaacacacagtgaa-ttggtttagcatgctatg-gaacccaagacacttggtgtatgctagacgtctcacagtcacattacacccccacaattcttga 211  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||  ||||  ||||| |||||||||  |||||| |||  ||||  || || ||| ||||||||||||||||||     
T  14922887 cttaacacacagtgaaattggtgtagcaaactatatgaaccaaagacactta-tgtatgttagcggtctaccactcgcatcacacccccacaattcttgt 14922789  T
Q  212 tgtta-cgcggttgtgcgctaataggccgtgcgcgtg---tatggtattcatgagtgctcaagagatcc-gccacggtctcatgcaagcggccccacttg 306  Q
      ||| |||||| |||| |||||||||||||||||||   |||  | ||||||||||||| ||||||   |||| | |||||| ||||||||||||||||    
T  14922788 cattaacgcggtggtgcactaataggccgtgcgcgtgccttattat-ttcatgagtgctctagagattttgccaagatctcatacaagcggccccacttg 14922690  T
Q  307 acactcatataggtgattccatctagtgtatgct 340  Q
    ||||||| |||||||||| |||| ||||||||||    
T  14922689 acactcacataggtgatttcatcaagtgtatgct 14922656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 114 - 322
Target Start/End: Original strand, 34096632 - 34096846
Alignment:
Q  114 cttaacacacagtgaatt-ggtttagcatgctatg-gaacccaagacacttggtgtatgctagacgtctcacagtcacattacacccccacaattcttga 211  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||| |||||  ||||| |||||||||| |||||| |||| ||||  ||  | |||  |||||||||||||||||     
T  34096632 cttaacacacagtgaatttggtgtagcaagctatatgaaccaaagacacttg-tgtatgttagaggtctatcacccgcatcgcacccccacaattcttgt 34096730  T
Q  212 tgtta-cgcggttgtgcgctaataggccgtgcgcgtgtatgg---tattcatgagtgctcaagaga-tccgccacggtctcatgcaagcggccccacttg 306  Q
     |||  ||| || |||||| |||||||||||||||||  |||   | ||||||||||||| ||||| | |||||   |||||||||||||||||||||||    
T  34096731 cgttggcgctgtggtgcgcaaataggccgtgcgcgtgcttggatattttcatgagtgctctagagatttcgccaatatctcatgcaagcggccccacttg 34096830  T
Q  307 acactcatataggtga 322  Q
    ||||||| ||||||||    
T  34096831 acactcacataggtga 34096846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 473 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 15516144 - 15516065
Alignment:
Q  473 gctaacagaactagcaagtaacttgtttttacc-cattgaaccttcttcatgagatctccaatcacaaaggttgggttcc 551  Q
    |||| |||||||| || || ||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  15516144 gctagcagaactaacatgtgacttgttcttaccacattgaaccttcttcatgggatctccaatcacaaaggttgggttcc 15516065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 467 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 34234645 - 34234560
Alignment:
Q  467 tttagtgctaacagaactagcaagtaacttgtttttaccc-attgaaccttcttcatgagatctccaatcacaaaggttgggttcc 551  Q
    ||||| |||| |||||||| || || |||| || |||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  34234645 tttagcgctagcagaactaacatgtgacttcttcttaccatattgaaccttcttcatgggatctccaatcacaaaggttgggttcc 34234560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 493 - 551
Target Start/End: Original strand, 34096870 - 34096929
Alignment:
Q  493 acttgtttttacccat-tgaaccttcttcatgagatctccaatcacaaaggttgggttcc 551  Q
    ||||||| |||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  34096870 acttgttattacccatatgaaccttattcatgggatctccaatcacaaaggttgggttcc 34096929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 469 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 14922514 - 14922431
Alignment:
Q  469 tagtgctaacagaactagcaagtaacttgtttttacccat-tgaaccttcttcatgagatctccaatcacaaaggttgggttcc 551  Q
    |||||||| ||||||||  |||| |||||||||||||||| ||||| || || ||| |||||| ||||| | ||||||||||||    
T  14922514 tagtgctagcagaactaataagtgacttgtttttacccatatgaacattattaatgggatctctaatcagagaggttgggttcc 14922431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 391; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 391; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 614
Target Start/End: Original strand, 10938578 - 10939163
Alignment:
Q  29 aaaagagttttcctag-gtaaacatcgtagatgtaatgcatcggaacggtatagcaagctatggaacccgtcctagtctaatgaggcttaacacacagtg 127  Q
    ||||||||||| || | ||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||| |||| || ||| ||    
T  10938578 aaaagagtttttcttgagtatacatcgtagatgtaatgcatcggaacggtgtatcaagctatggaacccgtcctagactaatgagacttagcatacaatg 10938677  T
Q  128 aattggtttagcatgctatggaacccaagacacttggtgtatgctagacgtctcacagtcacattacacccccacaattcttgatgttacgcggttgtgc 227  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | | |||||||  ||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  10938678 aattggtttagcaagctatggaacccaagacacttgttatgtgctagagatctcacaatcacactacacccccacaattcttgctgttacgcggttgtgc 10938777  T
Q  228 gctaataggccgtgcgcgtgtatggtattcatgagtgctcaagagatccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatataggtgattcca 327  Q
     | |||||||| ||||||||  |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10938778 acgaataggccatgcgcgtgcctggtattcatgagtgctctagagacccgccacggtctcatacaagcggccccacttgaaactcatataggtgattcca 10938877  T
Q  328 tctagtgtatgctacaaccaaacaccacccataagggcttatggtaatcattaaaagcctttaaagcttatccctcaattttatattatttagcacgtct 427  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| || |||||||||||||||||||||| |||    
T  10938878 tctagtgtatgctacaatcaaacaccaccaataagggcttatggtaatcattaaaagcttttaaa-cttacccatcaattttatattatttagcacatct 10938976  T
Q  428 catccattatcttacactataggaaagagacaacaatattttagtgctaacagaactagcaagtaacttgtttttacccattgaaccttcttcatgagat 527  Q
    ||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  10938977 catccattatcatacactataaaaaagagacaacaatattttagtgctaacataactaacaagtaacttgtttttacccattgaaccttcttcatgggat 10939076  T
Q  528 ctccaatcacaaaggttgggttcccattacttgccgttttctagtggcatagtctcatttccctaaaattcttcccaaggggtttta 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  10939077 ctccaatcacaaaggttgggttcccattacttgtcgttttcgagtggcagagtctcattttcctaaatttcttcccaaggggtttta 10939163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 391; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 614
Target Start/End: Original strand, 10944440 - 10945025
Alignment:
Q  29 aaaagagttttcctag-gtaaacatcgtagatgtaatgcatcggaacggtatagcaagctatggaacccgtcctagtctaatgaggcttaacacacagtg 127  Q
    ||||||||||| || | ||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||| |||| || ||| ||    
T  10944440 aaaagagtttttcttgagtatacatcgtagatgtaatgcatcggaacggtgtatcaagctatggaacccgtcctagactaatgagacttagcatacaatg 10944539  T
Q  128 aattggtttagcatgctatggaacccaagacacttggtgtatgctagacgtctcacagtcacattacacccccacaattcttgatgttacgcggttgtgc 227  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | | |||||||  ||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  10944540 aattggtttagcaagctatggaacccaagacacttgttatgtgctagagatctcacaatcacactacacccccacaattcttgctgttacgcggttgtgc 10944639  T
Q  228 gctaataggccgtgcgcgtgtatggtattcatgagtgctcaagagatccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatataggtgattcca 327  Q
     | |||||||| ||||||||  |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10944640 acgaataggccatgcgcgtgcctggtattcatgagtgctctagagacccgccacggtctcatacaagcggccccacttgaaactcatataggtgattcca 10944739  T
Q  328 tctagtgtatgctacaaccaaacaccacccataagggcttatggtaatcattaaaagcctttaaagcttatccctcaattttatattatttagcacgtct 427  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| || |||||||||||||||||||||| |||    
T  10944740 tctagtgtatgctacaatcaaacaccaccaataagggcttatggtaatcattaaaagcttttaaa-cttacccatcaattttatattatttagcacatct 10944838  T
Q  428 catccattatcttacactataggaaagagacaacaatattttagtgctaacagaactagcaagtaacttgtttttacccattgaaccttcttcatgagat 527  Q
    ||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  10944839 catccattatcatacactataaaaaagagacaacaatattttagtgctaacataactaacaagtaacttgtttttacccattgaaccttcttcatgggat 10944938  T
Q  528 ctccaatcacaaaggttgggttcccattacttgccgttttctagtggcatagtctcatttccctaaaattcttcccaaggggtttta 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  10944939 ctccaatcacaaaggttgggttcccattacttgtcgttttcgagtggcagagtctcattttcctaaatttcttcccaaggggtttta 10945025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 28 - 568
Target Start/End: Original strand, 26969495 - 26970036
Alignment:
Q  28 taaaagagttttcctaggtaaacatcg-tagatgtaatgcatcggaacggtatagcaagctatggaacccgtcctagtctaatgaggcttaacacacagt 126  Q
    ||||||| |||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||  |||| ||| ||| ||||| || |||||||||||||    
T  26969495 taaaagaattttcctgagtaaacatcggtagatgtaatgcatcggaatagtatagcaagctattaaacctgtcttagactaataagacttaacacacagt 26969594  T
Q  127 gaattggtttagcatgctatggaacccaagacacttggtgtatgctagacgtctcacagtcacattacacccccacaattcttgatgttacgcggttgtg 226  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | | || |||| |||||||| | ||||||||||||| ||| ||| | |||||||| ||||||    
T  26969595 gaattggtttagcaagctatggaacccaagacacttgttatgtgttagaggtctcacaatgacattacacccccgcaaatctagctgttacgccgttgtg 26969694  T
Q  227 cgctaataggccgtgcgcgtgtatggtattcatgagtgctcaagagatccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatataggtgattcc 326  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  26969695 cgctaataggccatgcgcgtgtctggtattcatgaatgctctagagacccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatatagatgattcc 26969794  T
Q  327 atctagtgtatgctacaaccaaacaccacccataagggcttatggtaatcattaaaagcctttaaagcttatccctcaattttatattatttagcacgtc 426  Q
    |||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || || |||| || ||||||||||||   ||| ||| ||    
T  26969795 atctagtgcatgctccaaccacacaccacccataagggcttatggtaatcattaaaagtcgtttaaccttacccatcaattttatatagattaacac-tc 26969893  T
Q  427 t--catccattatcttacactataggaaagagacaacaatattttagtgctaacagaactagcaagtaacttgtttttacccattgaaccttcttcatga 524  Q
    |  |||||| |||| ||||| ||||||||| ||| | ||  ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  26969894 ttacatccaatatcatacaccataggaaagggacgaaaaagtttcagtgctaacagaactaacaagtaacttgttttt-cccattgaaccttcttcatgg 26969992  T
Q  525 gatctccaatcacaaaggttgggttcccattacttgccgttttc 568  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  26969993 gatctccaatcacaaaggttgggttaccattacttgtcgttttc 26970036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 371 - 502
Target Start/End: Original strand, 68912 - 69043
Alignment:
Q  371 gtaatcattaaaagcctttaaagcttatccctcaattttatattatttagcacgtctcatccattatcttacactataggaaagagacaacaatatttta 470  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  68912 gtaatcattaaaagcctttaaagcttatccctcaattttatattatttagcacatctcatcctatatcatacactataggaaagagacaacaatctttta 69011  T
Q  471 gtgctaacagaactagcaagtaacttgttttt 502  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  69012 gtgctaacagaactagcaagtaacttgttttt 69043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 497 - 614
Target Start/End: Original strand, 73387 - 73504
Alignment:
Q  497 gtttttacccattgaaccttcttcatgagatctccaatcacaaaggttgggttcccattacttgccgttttctagtggcatagtctcatttccctaaaat 596  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |    
T  73387 gtttttacccattgaacattcttcatgggatctccaatcacaaaggttaggttctcattacttgtcgttttctagtggcaaagtatcatttccctaaatt 73486  T
Q  597 tcttcccaaggggtttta 614  Q
    |||| |||||||||||||    
T  73487 tctttccaaggggtttta 73504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 303 - 508
Target Start/End: Original strand, 9810435 - 9810645
Alignment:
Q  303 cttgacactcatataggtgattccatctagtgtatgctacaaccaaacaccacccataagggcttatggtaatcattaaaagcctttaaagcttatccct 402  Q
    ||||||||| |||||  ||||| ||||||||||||||||||| || |  |||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||| |    
T  9810435 cttgacacttatatatatgatttcatctagtgtatgctacaatcatatgccactcataagagcttatggtaatcattaaaagtctttaaaacatatcctt 9810534  T
Q  403 caattttatattatttagcacgtct--catcc---attatcttacactataggaaagagacaacaatattttagtgctaacagaactagcaagtaacttg 497  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||   ||||   |||||| ||||| |||| |||||||||  |  ||||||||||||||  ||||| ||||| |||||    
T  9810535 caattttatattaattagcacttcttatatccattattatcatacaccatagaaaagagacataataattttagtgctaacgtaactaacaagtgacttg 9810634  T
Q  498 tttttacccat 508  Q
    |||||||||||    
T  9810635 tttttacccat 9810645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 61 - 313
Target Start/End: Original strand, 14631933 - 14632185
Alignment:
Q  61 taatgcatcggaacggtatagcaagctatggaacccgtcctagtctaatgaggcttaacacacagtgaattggtttagcatgctatggaacccaagacac 160  Q
    |||| ||||| |||||| ||||||||||||||| ||||| ||| |||||||  |||||| |||  ||||||||||||||| |||| | ||||||| ||||    
T  14631933 taatacatcgaaacggtgtagcaagctatggaatccgtcttagactaatgaaacttaacgcacgttgaattggtttagcaagctaagaaacccaatacac 14632032  T
Q  161 ttggtgtatgctagacgtctcacagtcacattacacccccacaattcttgatgtta-cgcggttgtgcgctaataggccgtgcgcgtgtatggtattcat 259  Q
    ||| ||||||||||| |||||| | ||| |||||||||||  |||||||| ||| | ||  ||  || ||   |||| |||| || ||| || | ||||     
T  14632033 ttgatgtatgctagaggtctcataatcaaattacacccccgtaattcttg-tgtaatcgttgtattgtgcatttaggtcgtgtgcatgtctgattttcac 14632131  T
Q  260 gagtgctcaagagatccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactca 313  Q
    |||||||  | ||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14632132 gagtgctttatagacccgtcacagtctcatgcaagcggccccacttgacactca 14632185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 193 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 19436449 - 19436273
Alignment:
Q  193 acacccccacaattcttgatgtta-cgcggttgtgcgctaataggccgtgcgcgtgtatggt--attcatgagtgctcaagagatc-cgccacggtctca 288  Q
    |||||||||||||||||  ||||| ||| || |||||||||||||| |||| |||   ||||  |||||||||||||| ||| ||  ||||| | |||||    
T  19436449 acacccccacaattcttactgttaacgctgtggtgcgctaataggctgtgctcgtacctggttaattcatgagtgctccagatatttcgccaagatctca 19436350  T
Q  289 tgcaagcggccccacttgacactcatataggtgattccatctagtgtatgct-acaaccaaacaccacccataaggg 364  Q
    | ||| ||| ||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||| | || || ||||||||||||||||    
T  19436349 tacaaacgggcccacttgacactcacataggtgatttcatcaagtgtatgctgaaaatcatacaccacccataaggg 19436273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 466 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 19433091 - 19433005
Alignment:
Q  466 ttttagtgctaacagaactagcaagtaacttgtttttacccat-tgaaccttcttcatgagatctccaatcacaaaggttgggttcc 551  Q
    |||| |||||| ||||||||  |||| |||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  19433091 ttttggtgctagcagaactaataagtgacttgtttttacccatatgaaccttattcatgggatctccaatcacaaatgttgggttcc 19433005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 467 - 551
Target Start/End: Original strand, 18736829 - 18736914
Alignment:
Q  467 tttagtgctaacagaactagcaagtaacttgtttttacc-cattgaaccttcttcatgagatctccaatcacaaaggttgggttcc 551  Q
    ||||| |||| |||||||| || || ||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  18736829 tttagcgctagcagaactaacatgtgacttgttcttaccacattgaaccttcttcatgggatctccaatcacaaaggttgagttcc 18736914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 467 - 589
Target Start/End: Original strand, 14632311 - 14632433
Alignment:
Q  467 tttagtgctaacagaactagcaagtaacttgtttttacccat-tgaaccttcttcatgagatctccaatcacaaaggttgggttcccattacttgccgtt 565  Q
    ||||||||||| | ||||| ||||| |||||||||| ||||| ||||||||| ||||| |||||||||||| ||| |||||||||| || ||||| ||||    
T  14632311 tttagtgctaaaataactaacaagtgacttgttttt-cccatatgaaccttcctcatgggatctccaatcataaatgttgggttccaatcacttgtcgtt 14632409  T
Q  566 ttctagtggcatagtctcatttcc 589  Q
    ||   |||| ||||| ||||||||    
T  14632410 tttatgtgggatagtttcatttcc 14632433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 390; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 390; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 614
Target Start/End: Complemental strand, 14657628 - 14657043
Alignment:
Q  29 aaaagagttttcctaggtaaacatcgtagatgtaatgcatcggaacggtatagcaagctatggaacccgtcctagtctaatgaggcttaacacacagtga 128  Q
    |||||||||||| | |||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||    
T  14657628 aaaagagttttcttgggtaagtatcgtagatgtaatgcatcggaacggtgtagcaagctatcgaacccgtcctagactaatgagacttaacacatagtga 14657529  T
Q  129 attggtttagcatgctatggaacccaagacacttggtgtatgctagacgtctcacagtcacattacacccccacaattcttgatgttacgcggttgtgcg 228  Q
    |||||||| | | |||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| | | ||| |||||||||||    
T  14657528 attggtttgggaagctatgaaacccaagacacttgttgtatgcaagaggtctcacaatcacattacacccccacaattctagctattatgcggttgtgcg 14657429  T
Q  229 ctaataggccgtgcgcgtgtatggtattcatgagtgctcaagagatccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatataggtgattccat 328  Q
    ||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||    
T  14657428 ctaatagaccgtgcgcgtgcctggtattcatgagtgctctagaggcccgccacggtctcatgcaagcggcctcacttcacactcatatagctgattccat 14657329  T
Q  329 ctagtgtatgctacaaccaaacaccacccataagggcttatggtaatcattaaaagcctttaaagcttatccctcaattttatattatttagcacgtctc 428  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| | ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  14657328 ctagtgtatgctacgaccatacaccacccataagggcttatggtaatcattaaaagtccttacaacttatccatcaattttatattatttagcacatctc 14657229  T
Q  429 atccattatcttacactataggaaagagacaacaatattttagtgctaacagaactagcaagtaacttgtttttacccattgaaccttcttcatgagatc 528  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  14657228 atccattatcatacactataggaaagagacatcattattttagtgctaacaaaactaacaagtaacttgtttttacccattgaaccttcttcatgggatc 14657129  T
Q  529 tccaatcacaaaggttgggttcccattacttgccgttttctagtggcatagtctcatttccctaaaattcttcccaaggggtttta 614  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  14657128 tccaatcacaaaggttgggttcccattacttgtcgttttcgagtggcaaagtctcatttccctaaatttcttcctaaggggtttta 14657043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 375; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 44 - 614
Target Start/End: Original strand, 19930715 - 19931285
Alignment:
Q  44 ggtaaacatcgtagatgtaatgcatcggaacggtatagcaagctatggaacccgtcctagtctaatgaggcttaacacacagtgaattggtttagcatgc 143  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  19930715 ggtaaacatcgtagatgtaatgcatcggaacggtgtagcaagctatggaatctgtcctagactaatgagacttagcacacagtgaattggtttagcaagc 19930814  T
Q  144 tatggaacccaagacacttggtgtatgctagacgtctcacagtcacattacacccccacaattcttgatgttacgcggttgtgcgctaataggccgtgcg 243  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||| ||    
T  19930815 tatggaactcaagacacttgttgtatgcaagaggtctcacaatcacattacacccccacaattcttgttgttacacagttgtgcgctaataggccgtacg 19930914  T
Q  244 cgtgtatggtattcatgagtgctcaagagatccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatataggtgattccatctagtgtatgctaca 343  Q
    ||||  |||||||||||||||||| ||| | || ||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  19930915 cgtgcctggtattcatgagtgctctagaaacccaccacggtttcatgcaagctgccccacttgacacttatataggtgatttcgtctagtgtatgctaca 19931014  T
Q  344 accaaacaccacccataagggcttatggtaatcattaaaagcctttaaagcttatccctcaattttatattatttagcacgtctcatccattatcttaca 443  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  19931015 accaaacaccacccataagggcttatggtattcattaaaagtatttaaagcttatccctcaattttatattatttagcacatctcatccattatcataca 19931114  T
Q  444 ctataggaaagagacaacaatattttagtgctaacagaactagcaagtaacttgtttttacccattgaaccttcttcatgagatctccaatcacaaaggt 543  Q
    |||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||    
T  19931115 ctataggaaagagacaacataattttattgctaacagaactaactagtaacttgtttttacccattgaaccttcttcatgggatttgcaatcacaaaggt 19931214  T
Q  544 tgggttcccattacttgccgttttctagtggcatagtctcatttccctaaaattcttcccaaggggtttta 614  Q
    ||||||| || |||||| ||||||| ||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||    
T  19931215 tgggttcgcaatacttgtcgttttcgagtggtaaagtctcatttccctaaatttctttccaagggctttta 19931285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 314; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 28 - 568
Target Start/End: Original strand, 53727315 - 53727855
Alignment:
Q  28 taaaagagttttcctaggtaaacatcgtagatgtaatgcatcggaacggtatagcaagctatggaacccgtcctagtctaatgaggcttaacacacagtg 127  Q
    ||||||| |||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| || ||||||||||||||    
T  53727315 taaaagaatttttctgagtaaacatcgtagatgtaatgcatcggaacagtatagcaagctatggaacctgtcctagactaataagacttaacacacagtg 53727414  T
Q  128 aattggtttagcatgctatggaacccaagacacttggtgtatgctagacgtctcacagtcacattacacccccacaattcttgatgttacgcggttgtgc 227  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| | | || |||| |||||||| |||||||||||||||| |||||| | | |||||| |||||||    
T  53727415 aattggtttagcaagctatggaatccaagacacttgttatgtgttagaggtctcacaatcacattacacccccagaattctagctattacgccgttgtgc 53727514  T
Q  228 gctaataggccgtgcgcgtgtatggtattcatgagtgctcaagagatccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatataggtgattcca 327  Q
    ||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53727515 gctaataggccatgcgcgtgcctggtattcatgagtgctctagagacccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatataggtgattcca 53727614  T
Q  328 tctagtgtatgctacaaccaaacaccacccataagggcttatggtaatcattaaaagcctttaaagcttatccctcaattttatattatttagcac-gtc 426  Q
    || |||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| || |||||||||||| | |||||||  ||    
T  53727615 tccagtgcatgctccaaccacacaccacccataagggcttatggtaatcattaaaagccgtttaagcttacccatcaattttatataaattagcactctc 53727714  T
Q  427 tcatccattatcttacactataggaaagagacaacaatattttagtgctaacagaactagcaagtaacttgtttttacccattgaaccttcttcatgaga 526  Q
     |||||| |||| ||||| ||||||||| ||  | ||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  53727715 acatccaatatcatacaccataggaaagggaagaaaaagttttagtgctaacagaactaacaagtaacttgttttt-cccattgaaccttcttcatggga 53727813  T
Q  527 tctccaatcacaaaggttgggttcccattacttgccgttttc 568  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  53727814 tctccagtcacaaaggttgggttaccattacttgtcgttttc 53727855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 29 - 390
Target Start/End: Original strand, 42254230 - 42254581
Alignment:
Q  29 aaaagagttttcctaggtaaacatcgtagatgtaatgcatcggaacggtatagcaagctatggaacccgtcctagtctaatgaggcttaacacacagtga 128  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||         | |||||||| |||| |||  |||||    
T  42254230 aaaagagtttttctgggtaaacatcgtagatgtaatgcatcggaacggtgtagcaagctatggaa---------gactaatgagacttagcacggagtga 42254320  T
Q  129 attggtttagcatgctatggaacccaagacacttggtgtatgctagacgtctcacagtcacattacacccccacaattcttgatgttacgcggttgtgcg 228  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||    
T  42254321 attggtttagcaagctatggaacccaagacacttgttgtatgcaagaggtctcacaatcacattacacccccacaattcttgatgttatgtggttgtacg 42254420  T
Q  229 ctaataggccgtgcgcgtgtatggtattcatgagtgctcaagagatccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatataggtgattccat 328  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||| | ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  42254421 ctaataggccgtgcgcgtgtctggtattcatgaatgctctaga-acccgtcacggtctcatgcaagcggccccagttgacactcatataggtgattccat 42254519  T
Q  329 ctagtgtatgctacaaccaaacaccacccataagggcttatggtaatcattaaaagccttta 390  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  42254520 ctagtgtatgctacaaccaaacacctaccataagggcttatagtaatcattaaaagccttta 42254581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 59 - 589
Target Start/End: Complemental strand, 32895648 - 32895123
Alignment:
Q  59 tgtaatgcatcggaacggtatagcaagctatggaacccgtcctagtctaatgaggcttaacacacagtgaattggtttagcatgctatggaacccaagac 158  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  32895648 tgtaatgcatcggaacggtgtagcaagctatggaacccgtcctagactaataagacttaacacatagtgaattggtttagcaagctatggaacccaatac 32895549  T
Q  159 acttggtgtatgctagacgtctcacagtcacattacacccccacaattcttgatgtta-cgcggttgtgcgctaataggccgtgcgcgtgtatggtattc 257  Q
    ||||||||||||||||| |||||| | |||||||||  |||||||||||| | ||| | ||| ||  |||||   |||||||||||||||| |||| |||    
T  32895548 acttggtgtatgctagaggtctcaaa-tcacattac--ccccacaattctcg-tgtaatcgctgtgttgcgcatttaggccgtgcgcgtgtctggttttc 32895453  T
Q  258 atgagtgctcaagagatccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatataggtgattccatctagtgtatgctacaaccaaacaccaccc 357  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  32895452 atgagtgctctagagacccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatataggtgattccatctagtgcatgctacaaccacacaccaccc 32895353  T
Q  358 ataagggcttatggtaatcattaaaagcctttaaagcttatccctc-aattttatattatttagcacgtctca-tccattatcttacactataggaaaga 455  Q
     ||| ||||||||| ||||||||||  | ||   |||  | ||||| |||||||  ||| ||||||| ||||| | || | || || ||  |||||||      
T  32895352 -taaaggcttatggaaatcattaaagacattatgagcccaaccctcaaattttaatttaattagcacttctcatttcaatgtcata-acactaggaaaag 32895255  T
Q  456 gacaacaatattttagtgctaacagaactagcaagtaacttgtttttacccattgaaccttcttcatgagatctccaatcacaaaggttgggttcccatt 555  Q
    ||||| || | ||||||||||||| ||||| ||| | |||||||||| |||||| |||||  |||||| |||||||| ||| |||||||||||| ||||     
T  32895254 gacaa-aacaatttagtgctaacataactaacaaatgacttgttttt-cccattaaacctatttcatgggatctccattcataaaggttgggtttccatc 32895157  T
Q  556 acttgccgttttctagtggcatagtctcatttcc 589  Q
    ||||| |||||||  |||||||||||||||||||    
T  32895156 acttgtcgttttcgtgtggcatagtctcatttcc 32895123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 157; E-Value: 4e-83
Query Start/End: Original strand, 62 - 274
Target Start/End: Original strand, 16357032 - 16357244
Alignment:
Q  62 aatgcatcggaacggtatagcaagctatggaacccgtcctagtctaatgaggcttaacacacagtgaattggtttagcatgctatggaacccaagacact 161  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  16357032 aatgcatcggaacggtatagcaagctatggaacccgtcctagactaatgaggcttaacacacactgaattggtttagcaagctatggaacccaagacact 16357131  T
Q  162 tggtgtatgctagacgtctcacagtcacattacacccccacaattcttgatgttacgcggttgtgcgctaataggccgtgcgcgtgtatggtattcatga 261  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |  | ||||||||||    
T  16357132 tggtgtatgctagaggtctcacaatcacattacaccctcacaattcttgttgttacgcggttgtgcgctaataggccgtgtgcgggcctagtattcatga 16357231  T
Q  262 gtgctcaagagat 274  Q
     ||||| ||||||    
T  16357232 ctgctctagagat 16357244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 467 - 614
Target Start/End: Original strand, 42254578 - 42254724
Alignment:
Q  467 tttagtgctaacagaactagcaagtaacttgtttttacccattgaaccttcttcatgagatctccaatcacaaaggttgggttcccattacttgccgttt 566  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  42254578 tttagtgctaacagaactaacaagtaacttgtttttacccattgaaccttcttcatgggatctccaatcacaaaggtt-ggttcccattacttgtcgttt 42254676  T
Q  567 tctagtggcatagtctcatttccctaaaattcttcccaaggggtttta 614  Q
    || ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  42254677 tcgagtggcaaagtctcatttccctaaatttcttcccaaggggtttta 42254724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 115; E-Value: 4e-58
Query Start/End: Original strand, 24 - 317
Target Start/End: Original strand, 11634757 - 11635049
Alignment:
Q  24 agtttaaaagagttttcctaggtaaacatcgtagatgtaatgcatcggaacggtatagcaagctatggaacccgtcctagtctaatgaggcttaacacac 123  Q
    |||| ||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||    
T  11634757 agttaaaaagtgtttttctgggtaaacatcgtagatgtaatgcatcagaatggtatatcaagctatggaacccgtcctagactaataagacttaagacac 11634856  T
Q  124 agtgaattggtttagcatgctatggaacccaagacacttggtgtatgctagacgtctcacagtcacattacacccccacaattcttgatgttacgcggtt 223  Q
     |||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||| || ||| |||| | |||||| ||| |||||||||||  |||||||| |||||| | |||    
T  11634857 ggtgaattggtttagcaagctatggaaccc-agacaattgttgcatgttagaggcctcacaatcatattacacccccctaattcttgttgttacacagtt 11634955  T
Q  224 gtgcgctaataggccgtgcgcgtgtatggtattcatgagtgctcaagaga-tccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatata 317  Q
    ||||| ||||||| | ||||||||  || ||||||||||||||| ||||| |  || | | ||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  11634956 gtgcgttaataggtcatgcgcgtgcctgatattcatgagtgctctagagattttgctaagatct-atgcaagcggtcccacttgacactcatata 11635049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 473 - 560
Target Start/End: Original strand, 11635197 - 11635285
Alignment:
Q  473 gctaacagaactagcaagtaacttgtttttacc-cattgaaccttcttcatgagatctccaatcacaaaggttgggttcccattacttg 560  Q
    |||| |||||||| || || ||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| || |||||    
T  11635197 gctagcagaactaacatgtgacttgttcttaccacattgaaccttcttcatgggatctcaaatcacaaaggttgggttcctatcacttg 11635285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 291 - 364
Target Start/End: Original strand, 16363776 - 16363850
Alignment:
Q  291 caagcggccccacttgacactcatataggtgattccatctagtgtatgctacaa-ccaaacaccacccataaggg 364  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||| |||  || ||||||||||||||||    
T  16363776 caagcggccccacttgacactcatataggcgatttcatcaagtgtatgctgcaagtcatacaccacccataaggg 16363850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 467 - 551
Target Start/End: Original strand, 16363951 - 16364036
Alignment:
Q  467 tttagtgctaacagaactagcaagtaacttgtttttacc-cattgaaccttcttcatgagatctccaatcacaaaggttgggttcc 551  Q
    ||||| |||| |||||||| || || ||||||| ||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  16363951 tttagcgctagcagaactaacatgtgacttgttcttaccacattgaaccttcctcatgggatctccaatcacaaaggttgagttcc 16364036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 326 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 41541296 - 41541259
Alignment:
Q  326 catctagtgtatgctacaaccaaacaccacccataagg 363  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  41541296 catctagtgcatgctacaaccatacaccacccataagg 41541259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0028 (Bit Score: 381; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0028
Description:

Target: scaffold0028; HSP #1
Raw Score: 381; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 614
Target Start/End: Complemental strand, 127306 - 126719
Alignment:
Q  16 aaaataacagtttaaaagagttttcctaggtaaacatcgtagatgtaatgcatcggaacggtatagcaagctatggaacccgtcctagtctaatgaggct 115  Q
    ||||||| |||| |||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||  ||||||| |||||||| ||    
T  127306 aaaataaaagttaaaaagagttttcttgggtaaacatcatagatgtaatgcatcggaacggtttagcaagctatgtaacttgtcctagactaatgagact 127207  T
Q  116 taacacacagtgaattggtttagcatgctatggaacccaagacacttggtgtatgctagacgtctcacagtcacattacacccccacaattcttgatgtt 215  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||         
T  127206 taacacatagtgaattggtttagcaagctatggaacccaagacacttgttgtatgcaagaggtctcacaatcacattacacccccacaattcttg----- 127112  T
Q  216 acgcggttgtgcgctaataggccgtgcgcgtgtatggtattcatgagtgctcaagagatccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcata 315  Q
          |||||||||||||| || ||||||||  |||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  127111 ------ttgtgcgctaatagaccatgcgcgtgcctggtattcttgagtgctctagagacccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcata 127018  T
Q  316 taggtgattccatctagtgtatgctacaaccaaacaccacccataagggcttatggtaatcattaaaagcctttaaagcttatccctcaattttatatta 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| | | ||||||| |||| |||||||||    
T  127017 taggtgattccatctagtgtatgctacgaccatacaccacccataagagcttatggtaatcattaaaagtcttaacaacttatccatcaaatttatatta 126918  T
Q  416 tttagcacgtctcatccattatcttacactataggaaagagacaacaatattttagtgctaacagaactagcaagtaacttgtttttacccattgaacct 515  Q
    |||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||    
T  126917 tttaccacatctcatccattatcatacactataggaaagagacaacattattttagtgctaacagaactaacaagtaacttgtgtttacccatttaacct 126818  T
Q  516 tcttcatgagatctccaatcacaaaggttgggttcccattacttgccgttttctagtggcatagtctcatttccctaaaattcttcccaaggggtttta 614  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  126817 tcttcatgggatctccaatcacaaaggttgggttcccattacttgtcgttttctagtggtatagtctcgtttccctaaatttcttcccaaggggtttta 126719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 381; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 381; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 55 - 614
Target Start/End: Original strand, 16085801 - 16086361
Alignment:
Q  55 tagatgtaatgcatcggaacggtatagcaagctatggaacccgtcctagtctaatgaggcttaacacacagtgaattggtttagcatgctatggaaccca 154  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| || ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  16085801 tagatgtaatgcatcggaacagtatagcaagctatggaacctgtcctagactaataagacttaacacatagtgaattggtttagcaagctatggaaccca 16085900  T
Q  155 agacacttggtgtatgctagacgtctcacagtcacattacacccccacaattcttgatgttacgcggttgtgcgctaat-aggccgtgcgcgtgtatggt 253  Q
    ||||||||| | |||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||| | ||||| ||||| ||  || |    
T  16085901 agacacttgctatatgttagaggtctcacagtcacattacacccacacaattcatgctgttacgccgttgtgcgctatttaggccatgcgcatgcctgat 16086000  T
Q  254 attcatgagtgctcaagagatccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatataggtgattccatctagtgtatgctacaaccaaacacc 353  Q
    |||||||||||||| | ||| ||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||    
T  16086001 attcatgagtgctctaaagacccgccacagtctcatacaagcggcctcacttgacactcatataggtgattccatctagtgcatgctccaaccacacacc 16086100  T
Q  354 acccataagggcttatggtaatcattaaaagcctttaaagcttatccctcaattttatattatttagcacgtctcatccattatcttacactataggaaa 453  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  16086101 acccataagggcttatggtaatcattaaaagcattttaagcttacccatcaattttatattatttagcacatctcatccattatcatacactataggaaa 16086200  T
Q  454 gagacaacaatattttagtgctaacagaactagcaagtaacttgtttttacccattgaaccttcttcatgagatctccaatcacaaaggttgggttccca 553  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  16086201 gagacaacaatatattagtgctaacagaactagcaagtaacttgtttttacccattgaaccttcttcatgggatctccaatcacaaaggttgggttccca 16086300  T
Q  554 ttacttgccgttttctagtggcatagtctcatttccctaaaattcttcccaaggggtttta 614  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| || |||||    
T  16086301 ttacttgtcgttttctagtggcatagactcatatccctaaaattcttcccaatggatttta 16086361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 59 - 589
Target Start/End: Complemental strand, 26052881 - 26052353
Alignment:
Q  59 tgtaatgcatcggaacggtatagcaagctatggaacccgtcctagtctaatgaggcttaacacacagtgaattggtttagcatgctatggaacccaagac 158  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  26052881 tgtaatgcatcggaacggtgtagcaagctatggaacccgtcctagactaatgaggcttaacacacagtgaattggtttagcaagctatggaacccaatac 26052782  T
Q  159 acttggtgtatgctagacgtctcacagtcacattacacccccacaattcttgatgtta-cgcggttgtgcgctaataggccgtgcgcgtgtatggtattc 257  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||  |||||||||||||| | ||| | ||| ||  |||||   |||||||||||||||| |||| |||    
T  26052781 acttgatgtatgctagaggtctcacaatcacatt--acccccacaattctcg-tgtaatcgctgtgttgcgcatttaggccgtgcgcgtgtctggttttc 26052685  T
Q  258 atgagtgctcaagagatccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatataggtgattccatctagtgtatgctacaaccaaacaccaccc 357  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||    
T  26052684 atgagtgctctagagacccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatataggtgattccatctagtgcatgctacaaccacacaacaccc 26052585  T
Q  358 ataagggcttatggtaatcattaaaagcctttaaagcttatccctc-aattttatattatttagcacgtctca--tccattatcttacactataggaaag 454  Q
     ||| ||||||||| ||||||||||  | ||   |||  | ||||| |||||||  ||| ||||||| |||||  || ||    | || || |||||||     
T  26052584 -taaaggcttatggaaatcattaaagacattatgagcccaaccctcaaattttaatttaattagcacttctcatttcgatgtcataactctgtaggaaaa 26052486  T
Q  455 agacaacaatattttagtgctaacagaactagcaagtaacttgtttttacccattgaaccttcttcatgagatctccaatcacaaaggttgggttcccat 554  Q
     ||||| || | ||||||||||||| ||||| ||| | |||||||||| |||||| |||||| |||||| |||||||| ||| |||||||||||| ||||    
T  26052485 ggacaa-aacaatttagtgctaacataactaacaaatgacttgttttt-cccattaaacctttttcatgggatctccattcataaaggttgggtttccat 26052388  T
Q  555 tacttgccgttttctagtggcatagtctcatttcc 589  Q
     ||||| |||||||  |||||||||||||||||||    
T  26052387 cacttgtcgttttcgtgtggcatagtctcatttcc 26052353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 318 - 614
Target Start/End: Complemental strand, 31307948 - 31307650
Alignment:
Q  318 ggtgattccatctagtgtatgctacaaccaaacaccacccataagggcttatggtaatcattaaaagcctttaaagcttatccctcaattttatattatt 417  Q
    |||||||  |||| ||| ||||||||| || |||||  | |||| || |||||||||||||||||||  |||||| |||| || ||||||||||||||||    
T  31307948 ggtgattttatctggtgaatgctacaatcatacaccgtcaataatggtttatggtaatcattaaaagtatttaaaacttaaccatcaattttatattatt 31307849  T
Q  418 tagcacgtctcat--ccattatcttacactataggaaagagacaacaatattttagtgctaacagaactagcaagtaacttgtttttacccattgaacct 515  Q
    ||| || ||||||  | || ||| |||||||||||||   ||||| |  |||| |||||||||  || || ||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  31307848 tagtacttctcatatctatcatcatacactataggaataggacaaaatcatttcagtgctaacttaattaacaagtaatttgtttttacctattgaacct 31307749  T
Q  516 tcttcatgagatctccaatcacaaaggttgggttcccattacttgccgttttctagtggcatagtctcatttccctaaaattcttcccaaggggtttta 614  Q
    |||||||| | |||||||| |||||||||||| || |||||  || |||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||| ||||||    
T  31307748 tcttcatgggttctccaataacaaaggttgggctctcattatctgtcgttttctagtggcatagtctcgtttccttaaatttcttcccaaggagtttta 31307650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 466 - 559
Target Start/End: Original strand, 25636059 - 25636153
Alignment:
Q  466 ttttagtgctaacagaactagcaagtaacttgtttttacccat-tgaaccttcttcatgagatctccaatcacaaaggttgggttcccattactt 559  Q
    |||| |||||| ||||||||  |||| ||||||| |||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  25636059 ttttggtgctagcagaactaataagtgacttgttcttacccatatgaaccttattcatgggatctccaatcacaaaggttgggtttccatcactt 25636153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 193 - 243
Target Start/End: Original strand, 26707966 - 26708016
Alignment:
Q  193 acacccccacaattcttgatgttacgcggttgtgcgctaataggccgtgcg 243  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26707966 acacccccacaattcttgttgctacgcggttgtgcgctaataggccatgcg 26708016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 193 - 243
Target Start/End: Original strand, 26977700 - 26977750
Alignment:
Q  193 acacccccacaattcttgatgttacgcggttgtgcgctaataggccgtgcg 243  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26977700 acacccccacaattcttgttgctacgcggttgtgcgctaataggccatgcg 26977750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 255 - 364
Target Start/End: Original strand, 25635838 - 25635949
Alignment:
Q  255 ttcatgagtgctcaagagatc-cgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatataggtgattccatctagtgtatgctac-aaccaaacac 352  Q
    ||||||||||||| ||||||  ||||| | || ||| ||||||  ||||||||||||||| |||||||||| |||| |||| ||||| | || || ||||    
T  25635838 ttcatgagtgctccagagatttcgccaagatcacatacaagcgatcccacttgacactcacataggtgatttcatcaagtgcatgctgcaaatcatacac 25635937  T
Q  353 cacccataaggg 364  Q
    ||||||||||||    
T  25635938 cacccataaggg 25635949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 380; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 380; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 44 - 614
Target Start/End: Original strand, 49388081 - 49388649
Alignment:
Q  44 ggtaaacatcgtagatgtaatgcatcggaacggtatagcaagctatggaacccgtcctagtctaatgaggcttaacacacagtgaattggtttagcatgc 143  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||    
T  49388081 ggtatacatcgtagatgtaatgcatcagaacggtgtagcaagctatggaacccgtcttagactaatgagacttaacacacagtgaattggtttaacaagc 49388180  T
Q  144 tatggaacccaagacacttggtgtatgctagacgtctcacagtcacattacacccccacaattcttgatgttacgcggttgtgcgctaataggccgtgcg 243  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  49388181 tatggaacccaagacacttgttgtatgcaagaggtctcacaatcacattacacccccacaattcttgctgttacgcggttgtgcgctaagaggccgtgtg 49388280  T
Q  244 cgtgtatggtattcatgagtgctcaagagatccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatataggtgattccatctagtgtatgctaca 343  Q
    ||||  || |||||||||||| || ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||     
T  49388281 cgtgcctgatattcatgagtgttctagagacccgccatggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatataagtgattccatttagtgtatgctacg 49388380  T
Q  344 accaaacaccacccataagggcttatggtaatcattaaaagcctttaaagcttatccctcaattttatattatttagcacgtctcatccattatcttaca 443  Q
    |||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  49388381 accatacatcacccataatggcttatggtaatcattaaaaacctttaaagcttatccctca--tttttattatttagcacatctcatccattatcataca 49388478  T
Q  444 ctataggaaagagacaacaatattttagtgctaacagaactagcaagtaacttgtttttacccattgaaccttcttcatgagatctccaatcacaaaggt 543  Q
    | ||||||||||||||||  ||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  49388479 caataggaaagagacaacgttatattagtactaacagaactaacaagtaacttgtttttacctattgaaccttcttcatgggatctccaatcacaaaggt 49388578  T
Q  544 tgggttcccattacttgccgttttctagtggcatagtctcatttccctaaaattcttcccaaggggtttta 614  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  49388579 tgggttcccattacttgtcgttttcgagtggcagagtctcattttcctaaatttcttcccaaggggtttta 49388649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 374; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 614
Target Start/End: Complemental strand, 1968379 - 1967803
Alignment:
Q  29 aaaagagttttcctaggtaaacatcgtagatgtaatgcatcggaacggtatagcaagctatggaacccgtcctagtctaatgaggcttaacacacagtga 128  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||  ||||| || |||||||||||||||    
T  1968379 aaaagagtttttctagataaacatcgtagatgtaatgcatcggaacagtatagcaagctatggaacctgtcctaaactaataagacttaacacacagtga 1968280  T
Q  129 attggtttagcatgctatggaacccaagacacttggtgtatgctagacgtctcacagtcacattacacccccacaattcttgatgttacgcggttgtgcg 228  Q
     ||||||||||| |||||| || |||||||||||  |||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  1968279 gttggtttagcaagctatgaaatccaagacacttattgtatgttagaggtctcacaatcacattacacccccacaattcttgctgttacgcggttgtccg 1968180  T
Q  229 ctaataggccgtgcgcgtgtatggtattcatgagtgctcaagagatccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatataggtgattccat 328  Q
    |||||||| ||||||||||  || ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1968179 ctaataggtcgtgcgcgtgcctgatattcatgagtgctctagagacccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatataggtgattccat 1968080  T
Q  329 ctagtgtatgctacaaccaaacaccacccataagggcttatggtaatcattaaaagcctttaaagcttatccctcaattttatattatttagcacgtctc 428  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||         ||||||| || |||||||||||||||||||||  ||||    
T  1968079 ctagtgtatgttacaatcaaacaccacccataagtgcttatggtaatcattaa---------aagcttacccatcaattttatattatttagcatatctc 1967989  T
Q  429 atccattatcttacactataggaaagagacaacaatattttagtgctaacagaactagcaagtaacttgtttttacccattgaaccttcttcatgagatc 528  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  1967988 atccattatcatacactataggaaagagacaacattattttcgtgctaacagaactaacaagtaatttgtttttacccattgaaccttcttcatgggatc 1967889  T
Q  529 tccaatcacaaaggttgggttcccattacttgccgttttctagtggcatagtctcatttccctaaaattcttcccaaggggtttta 614  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||   |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1967888 tccaagcacaaaggttgggttcccattacttgtcgttttcgagtggctatgtctcatttccctaaatttcttcccaaggggtttta 1967803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 350; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 605
Target Start/End: Original strand, 38825985 - 38826555
Alignment:
Q  30 aaagagttttcctaggtaaacatcgtagatgtaatgcatcggaacggtatagcaagctatggaacccgtcctagtctaatgaggcttaacacacagtgaa 129  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||   |||||| ||||||||||| ||||    
T  38825985 aaagagttttcttgggtaaacatcgtagatgtaatgcatcgaaacgatgtagcaagctatggaacccgtcctagataaatgagacttaacacacattgaa 38826084  T
Q  130 ttggtttagcatgctatggaacccaagacacttggtgtatgctagacgtctcacagtcacattacacccccacaattcttgatgttacgcggttgtgcgc 229  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||| ||    
T  38826085 ttggtttagcaagctatggaacccaagacacttgttgtatgcaagaggtctcacaatcacattacacccccacaattcttg---ttacgcggttgtgtgc 38826181  T
Q  230 taataggccgtgcgcgtgtatggtattcatgagtgctcaagagatccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatataggtgattccatc 329  Q
    |||||| ||||||||||   |||||||||||||||||| ||||| | |||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||  |||    
T  38826182 taatagaccgtgcgcgtacttggtattcatgagtgctctagagaccagccacaatctcatgcaagcggccccacttgacactcacataagtgattttatc 38826281  T
Q  330 tagtgtatgctacaaccaaacaccacccataagggcttatggtaatcattaaaagcctttaaagcttatccctcaattttatattatttagcacgtctca 429  Q
    ||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  38826282 tagcgtatgctacgaccatacaccacccataagggcttatggtaatcattaaa-gtctttaaaacttatccctcaattttatattatttagcacatctca 38826380  T
Q  430 tccattatcttacactataggaaagagacaacaatattttagtgctaacagaactagcaagtaacttgtttttacccattgaaccttcttcatgagatct 529  Q
    ||||||||| |||||||||||||| | |||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  38826381 tccattatcatacactataggaaacatacaacattattttagtgctaatagaactaacaagtaacttgtttttacccattgaacgttcttcatgggatct 38826480  T
Q  530 ccaatcacaaaggttgggttcccattacttgccgttttctagtggcatagtctcatttccctaaaattcttcccaa 605  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||| |||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  38826481 ccaattacaaaggttgggttcccattacttgtcgttttcgaatggcgtagtctcatttccc-aaatttcttcccaa 38826555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 59 - 594
Target Start/End: Complemental strand, 24172631 - 24172095
Alignment:
Q  59 tgtaatgcatcggaacggtatagcaagctatggaacccgtcctagtctaatgaggcttaacacacagtgaattggtttagcatgctatggaacccaagac 158  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  24172631 tgtaatgcatcggaatggtgtagcaagctatggaacccgtcctagactgatgagacttaacacacagtgaattggtttagcaagctatggaacccaatac 24172532  T
Q  159 acttggtgtatgctagacgtctcacagtcacattacacccccacaattcttgatgtta-cgcggttgtgcgctaataggccgtgcgcgtgtatggtattc 257  Q
    ||||| ||||||||||| || | ||| ||||||||||||||||||||||| | ||| | ||| ||  |||||   ||||||||| |||||| | || |||    
T  24172531 acttgatgtatgctagaggtttaacaatcacattacacccccacaattctcg-tgtaatcgctgtgttgcgcatttaggccgtgtgcgtgtctcgttttc 24172433  T
Q  258 atgagtgctcaagagatccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatataggtgattccatctagtgtatgctacaaccaaacaccaccc 357  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  24172432 atgagtgctctagagacccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatataggtgatttcatctaatgtatgctacaaccatacaccaccc 24172333  T
Q  358 ataagggcttatggtaatcattaaaagcctttaaagcttatccctcaattttatattatttagcacgtctc--atccattatcttacactataggaaaga 455  Q
    |||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||  || ||||||  ||||| |||| || |     
T  24172332 ataaaggctaatggcaatcattaaaagcctttaaagcttacccctcaattttatattatttagcacttctcatattcattatgatacaccatagaaatgg 24172233  T
Q  456 gacaacaatattttagtgctaacagaactagcaagtaacttgtttttacccattgaaccttcttcatgagatctccaatcacaaaggttgggttcccatt 555  Q
    ||||| |  |||| |||||||||| ||||| | ||||| |||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  24172232 gacaaaatcatttaagtgctaacataactaac-agtaatttgtttttacccgttaaaccttcttcatgggatctccaatcacaaaggttgggtttccatt 24172134  T
Q  556 acttgccgttttctagtggcatagtctcatttccctaaa 594  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  24172133 acttgtcgttttctagtggcgtagtctcatttccctaaa 24172095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 128 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 47325441 - 47325006
Alignment:
Q  128 aattggtttagcatgctatggaacccaagacacttggtgtatgctagacgtctcacagtcacattacaccccc-acaattcttgatgtta-cgcggttgt 225  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||| |||| |||||| | ||||||||||||||| |||||||||| ||| | ||| ||  |    
T  47325441 aattggtttagcaagctatggaacccaatacacttgatgtatgttagaggtctcataatcacattacaccccccacaattcttg-tgtcatcgctgtgtt 47325343  T
Q  226 gcgctaataggccgtgcg--------cgtgtatggtattcatgagtgctcaagagatccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatata 317  Q
    ||||   |||||||||||        ||||| |||| ||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  47325342 gcgcatttaggccgtgcgggcgtgcgcgtgtctggttttcatgagtgctctagagacctgccacggtctcatgcaagcggccctacttcacactcatata 47325243  T
Q  318 ggtgattccatctagtgtatgctacaaccaaacaccacccataagggcttatggtaatcattaaaagcctttaaagcttatccctc-aattttatattat 416  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||| ||||||| || || ||||| || ||||| |||||||  |||     
T  47325242 ggtgattccatctagtgcatgctacaaccacacaccaccc-taaaggcttatggtaaccattaaaggcattaaaagcctaaccctcaaattttaatttaa 47325144  T
Q  417 ttagcacgtctca-tccattatc-ttacactataggaaagagacaacaatattttagtgctaacagaactagcaagtaacttgtttttacccattgaacc 514  Q
    ||||||| ||||| | |||| || | |||||||||||||  || || || | ||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||  ||||||||||    
T  47325143 ttagcacttctcatttcattgtcataacactataggaaaaggataa-aacaatttagtgctaacataactaacaagtgacttgttttt-tccattgaacc 47325046  T
Q  515 ttcttcatgagatctccaatcacaaaggttgggttcccat 554  Q
    || |||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  47325045 tttttcatgggatctccaatcataaagattgggttcccat 47325006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 488 - 551
Target Start/End: Original strand, 49874096 - 49874160
Alignment:
Q  488 aagtaacttgtttttacccat-tgaaccttcttcatgagatctccaatcacaaaggttgggttcc 551  Q
    |||| ||||||| |||||||| |||||||| |||||| |||||||||||| |||| |||||||||    
T  49874096 aagtgacttgttcttacccatatgaaccttattcatgggatctccaatcataaagattgggttcc 49874160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 186; Significance: 1e-100; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 24 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 38678212 - 38677873
Alignment:
Q  24 agtttaaaagagttttcctaggtaaacatcgtagatgtaatgcatcggaacggtatagcaagctatggaacccgtcctagtctaatgaggcttaacacac 123  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||  ||||||| ||||| || ||||||||||    
T  38678212 agttaaaaagagtttttctaggtaaacatcgtggatgtaatgcatcggaacggtataagaagctatgaaacatgtcctagactaataagacttaacacac 38678113  T
Q  124 agtgaattggtttagcatgctatggaacccaagacacttggtgtatgctagacgtctcacagtcacattacacccccacaattcttgatgttacgcggtt 223  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||| |||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  38678112 agtgaattgatttagcaagctatggaacc-aagacacttgttgtatgttagaggtctcacaatcacattacacccc-acaattcttgctgttacgcggtt 38678015  T
Q  224 gtgcgctaataggccgtgcgcgtgtatggtattcatgagtgctcaagagatccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatataggtgat 323  Q
    ||||| ||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||    
T  38678014 gtgcgttaataggccgtgcgcgtgcttggtattcgtgagtgctctagagacctgccacggtctcatgcaagcggccccactcgacacccatataggcgat 38677915  T
Q  324 tccatctagtgtatgctacaac-caaacaccacccataaggg 364  Q
    | |||| ||||||| || |||| || ||||||||||||||||    
T  38677914 ttcatcaagtgtatactgcaactcatacaccacccataaggg 38677873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 48 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 31183361 - 31183043
Alignment:
Q  48 aacatcgtagatgtaatgcatcggaacggtatagcaagctatggaacccgtcctagtctaatgaggcttaacacacagtgaattggtttagcatgctatg 147  Q
    |||||| ||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||| |  |||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  31183361 aacatcatagatgtaaggcatcagaacggtataccaagctatggaacccgtcttagactaataaaacttaacacacggtgaattggtttagcaagctatg 31183262  T
Q  148 gaacccaagacacttggtgtatgctagacgtctcacagtcacattacacccccacaattcttgatgttacgcggttgtgcgctaataggccgtgcgcgtg 247  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  31183261 gaacccaagacacttgttgtatgttagaggtctcacaatcacattacacccccacaattcttgctgttacgcggttgtgcgcgaataggccatgcgcgtg 31183162  T
Q  248 tatggtattcatgagtgctcaagaga-tccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatataggtgattccatctagtgtatgctacaa-c 345  Q
      |||||||||||||||||| ||||| |  |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||| |||      
T  31183161 cctggtattcatgagtgctctagagattttgccaagatctcatgcaagcggccccacttgacactcatataggcgatttcatcaagtgtatgctgcaagt 31183062  T
Q  346 caaacaccacccataaggg 364  Q
    || ||||||||||||||||    
T  31183061 catacaccacccataaggg 31183043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 62 - 347
Target Start/End: Original strand, 38641389 - 38641667
Alignment:
Q  62 aatgcatcggaacggtatagcaagctatggaacccgtcctagtctaatgaggcttaacacacagtgaattggtttagcatgctatggaacccaagacact 161  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||       ||||||||||||||| | |||||||||||| | |||    
T  38641389 aatgcatcggaacggtgtagcaagctatggaacccgtcctagactaatgagacttaa-------tgaattggtttagcaagttatggaacccaatatact 38641481  T
Q  162 tggtgtatgctagacgtctcacagtcacattacacccccacaattcttgatgttac-gcggttgtgcgctaataggccgtgcgcgtgtatggtattcatg 260  Q
    || ||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||| | ||| |  || ||  |||||   |||||||||||||||| |||| ||||||    
T  38641482 tgatgtatgctagaggtctcataatcacattacacccccacaattctcg-tgtaatagctgtgttgcgcatttaggccgtgcgcgtgtctggttttcatg 38641580  T
Q  261 agtgctcaagagatccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatataggtgattccatctagtgtatgctacaacca 347  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||    
T  38641581 agtgctctagagacccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatataggtgattccatccggtgcatgctacaacca 38641667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 278 - 589
Target Start/End: Complemental strand, 43657202 - 43656896
Alignment:
Q  278 ccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatataggtgattccatctagtgtatgctacaaccaaacaccacccataagggcttatggtaatca 377  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||| ||||||||| ||| |||||||| ||||||    
T  43657202 ccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatataggtgattccatctggagcatgctacaaccacacaccaccc-taaaggcttatgctaatca 43657104  T
Q  378 ttaaaagcctttaaagcttatccctc-aattttatattatttagcacgtctcatccattatcttacactataggaaagagacaacaatattttagtgcta 476  Q
    ||||| || || ||||| || ||||| |||||||  ||| | ||||| ||||||  ||||  | ||| | ||||||| ||| || |||| ||||||||||    
T  43657103 ttaaaggcattaaaagcctaaccctcaaattttaatttaatcagcacttctcat-aatta--taacaatgtaggaaaaagataa-aataatttagtgcta 43657008  T
Q  477 acagaactagcaagtaacttgtttttacccattgaaccttcttcatgagatctccaatcacaaaggttgggttcccattacttgccgttttctagtggca 576  Q
    ||| ||||| ||||| ||||||||||  |||||||||||| |||||  |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    
T  43657007 acataactaacaagtgacttgttttt-tccattgaacctttttcataggatctccaatcataaaggttgggttcccatcacttgtcgttttcgagtggca 43656909  T
Q  577 tagtctcatttcc 589  Q
    |||||| ||||||    
T  43656908 tagtcttatttcc 43656896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 487 - 614
Target Start/End: Original strand, 38641705 - 38641832
Alignment:
Q  487 caagtaacttgtttttacccattgaaccttcttcatgagatctccaatcacaaaggttgggttcccattacttgccgttttctagtggcatagtctcatt 586  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||| ||||||   ||||||||    
T  38641705 caagtaatttatttttacccattgaaccttcttcatgggatctccaatcacaaagtatgggttcccattacttgtcgttttcgagtggctatgtctcatt 38641804  T
Q  587 tccctaaaattcttcccaaggggtttta 614  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||    
T  38641805 tccctaaatttcttcccaaggggtttta 38641832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 59 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 43657385 - 43657249
Alignment:
Q  59 tgtaatgcatcggaacggtatagcaagctatggaacccgtcctagtctaatgaggcttaacacacagtgaattggtttagcatgctatggaacccaagac 158  Q
    |||||||||||| |||||||||      ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||| |||||||||||||| || || ||||||| ||| ||    
T  43657385 tgtaatgcatcgtaacggtata------tatggaacccgtcctagactaataagacttaacacatagtgaattggtttaacaagccatggaactcaatac 43657292  T
Q  159 acttggtgtatgctagacgtctcacagtcacattacaccccca 201  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  43657291 acttgatgtatgctagaggtctcacaatcacattacaccccca 43657249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 114 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 44316417 - 44316161
Alignment:
Q  114 cttaacacacagtgaatt-ggtttagcatgctatg-gaacccaagacacttggtgtatgctagacgtctcacagtcacattacacccccacaattcttga 211  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||| |||||  ||||| |||||||||| |||||| |||| ||||  ||  | |||  |||||||||||||||||     
T  44316417 cttaacacacagtgaatttggtgtagcaagctatatgaaccaaagacacttg-tgtatgttagaggtctatcacccgcatcgcacccccacaattcttgt 44316319  T
Q  212 tgtta-cgcggttgtgcgctaataggccgtgcgcgtgtatgg--tattcatgagtgctcaagagatc-cgccacggtctcatgcaagcggccccacttga 307  Q
     |||  ||| || |||||| |||||||||||||||||  |||  | ||||||||||||| ||||||  |||||   ||||||||||||||||||||||||    
T  44316318 cgttggcgctgtggtgcgcaaataggccgtgcgcgtgcttggatttttcatgagtgctctagagatttcgccaatatctcatgcaagcggccccacttga 44316219  T
Q  308 cactcatataggtgattccatctagtgtatgctac-aaccaaacaccacccataaggg 364  Q
    |||||| |||||||||| |||| |||||||||| | || || ||||||| ||||||||    
T  44316218 cactcacataggtgatttcatcaagtgtatgctgcaaatcatacaccactcataaggg 44316161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 466 - 559
Target Start/End: Original strand, 21256755 - 21256849
Alignment:
Q  466 ttttagtgctaacagaactagcaagtaacttgtttttacccat-tgaaccttcttcatgagatctccaatcacaaaggttgggttcccattactt 559  Q
    |||| |||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  21256755 tttttgtgctagcagaactaataagtaacttgtttttacccatatgaaccttattcatgggatctccaatcacaaatgttgggttcccatcactt 21256849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 467 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 38677776 - 38677691
Alignment:
Q  467 tttagtgctaacagaactagcaagtaacttgtttttacc-cattgaaccttcttcatgagatctccaatcacaaaggttgggttcc 551  Q
    ||||| |||| |||||||| || |||||||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  38677776 tttagcgctagcagaactaacatgtaacttgttcttaccacaatgaaccttcttcatgggatctccaatcacaaaggttgggttcc 38677691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 466 - 559
Target Start/End: Complemental strand, 9032578 - 9032484
Alignment:
Q  466 ttttagtgctaacagaactagcaagtaacttgtttttacccat-tgaaccttcttcatgagatctccaatcacaaaggttgggttcccattactt 559  Q
    |||| |||||| ||||||||  |||| ||||||| ||| |||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  9032578 ttttggtgctagcagaactaataagtgacttgttcttatccatatgaaccttattcatgggatctccaatcacaaaggttgggttcccatcactt 9032484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 478 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 31182935 - 31182861
Alignment:
Q  478 cagaactagcaagtaacttgtttttacc-cattgaaccttcttcatgagatctccaatcacaaaggttgggttcc 551  Q
    |||||||| || || ||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  31182935 cagaactaacatgtgacttgttcttaccacattgaaccttcttcatgggatctccaatcacaaaggttgggttcc 31182861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 255 - 362
Target Start/End: Original strand, 21256532 - 21256641
Alignment:
Q  255 ttcatgagtgctcaagaga-tccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatataggtgattccatctagtgtatgctac-aaccaaacac 352  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||| | |||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||| |||||||| | | || || ||||    
T  21256532 ttcatgagtgctcaagagagttcgccaagatctcatacaagcggccccacttgacattcacataggtgatttcatcaagtgtatgttgcaaatcatacac 21256631  T
Q  353 cacccataag 362  Q
    ||||||||||    
T  21256632 cacccataag 21256641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 193 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 29278527 - 29278350
Alignment:
Q  193 acacccccacaattcttgatgtta-cgcggttgtgcgctaataggccgtgcgcgtgtatgg--tatt-catgagtgctcaagagatc-cgccacggtctc 287  Q
    ||||||||||||||||||  |||  ||| || ||| ||||||||||||||||||||  |||  |||| ||||||||| | ||||||  ||||| | || |    
T  29278527 acacccccacaattcttgtcgttggcgctgtggtgtgctaataggccgtgcgcgtgcctggattatttcatgagtgcactagagatttcgccaagatccc 29278428  T
Q  288 atgcaagcggccccacttgacactcatataggtgattccatctagtgtatgctac-aaccaaacaccacccataaggg 364  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||| |||||||||| | || || |||||||||| |||||    
T  29278427 atacaagcggccccacttgacactcacataggagatttcatcaagtgtatgctgcaaatcatacaccacccacaaggg 29278350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 488 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 44316027 - 44315963
Alignment:
Q  488 aagtaacttgtttttacccat-tgaaccttcttcatgagatctccaatcacaaaggttgggttcc 551  Q
    |||| ||||||| |||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  44316027 aagtgacttgttattacccatatgaaccttattcatgggatctccaatcacaaaggttgggttcc 44315963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 466 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 29278237 - 29278150
Alignment:
Q  466 ttttagtgctaacagaactagcaagtaacttgtttttacccat-tgaaccttcttcatgagatctccaatcacaaaggttgggttccc 552  Q
    |||| |||||| ||||||||  |||| ||||||| |||||||  |||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  29278237 ttttggtgctagcagaactaataagtgacttgttcttacccacatgaaccttattcatgggatctcaaatcacaaaggttgggttccc 29278150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 1)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 59 - 589
Target Start/End: Complemental strand, 201999 - 201467
Alignment:
Q  59 tgtaatgcatcggaacggtatagcaagctatggaacccgtcct-agtctaatgaggcttaacacacagtgaattggtttagcatgctatggaacccaaga 157  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| | || |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||| |    
T  201999 tgtaatgcatcagaacggtgtagcaagctatggaacccgtcattagactaatgagtcttaacacacactgaattggtttagcaagctatgaaacccaata 201900  T
Q  158 cacttggtgtatgctagacgtctcacagtcacattacacccccacaattcttgatgtta-cgcggttgtgcgctaataggccgtgcgcgtgtatggtatt 256  Q
    |||||| ||||| ||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||| | ||| | ||| ||  |||||   ||||||||||   ||| |||| ||    
T  201899 cacttgatgtatcctagaggtctcaaaatcacattacacccccacaattctcg-tgtaatcgctgtgttgcgcatttaggccgtgcatatgtctggtttt 201801  T
Q  257 catgagtgctcaagagatccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatataggtgattccatctagtgtatgctacaaccaaac-accac 355  Q
    ||||||||||| ||||| |  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||  ||||    
T  201800 catgagtgctctagagacctaccacggtctcatgcaagcggccccacttaacactcatataggtgattccatctagtggatgctacaaccacacttccac 201701  T
Q  356 ccataagggcttatggtaatcattaaaagcctttaaagcttatccctc-aattttatattatttagcacgtctca-tccattatc-ttacactataggaa 452  Q
    || |||  ||||||||||||||||||| || || ||||  || | ||| |||||||  ||| ||||||| ||||| | |||| || | ||||||||||||    
T  201700 ccttaa-tgcttatggtaatcattaaaggcattaaaagtctaacactcaaattttaatttaattagcacttctcatttcattgtcataacactataggaa 201602  T
Q  453 agagacaacaatattttagtgctaacagaactagcaagtaacttgtttttacccattgaaccttcttcatgagatctccaatcacaaaggttgggttccc 552  Q
    |  ||||| || | ||||||||||||| ||||| ||| | |||||||||| ||||||||||||| |||| | |||||||||||| |||||||||||| ||    
T  201601 aaggacaa-aacaatttagtgctaacataactaacaaatgacttgttttt-cccattgaacctttttcacgggatctccaatcataaaggttgggttacc 201504  T
Q  553 attacttgccgttttctagtggcatagtctcatttcc 589  Q
    || ||||| ||||||  ||||||||||||||||||||    
T  201503 atcacttgtcgtttttgagtggcatagtctcatttcc 201467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 177; Significance: 4e-95; HSPs: 1)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 4e-95
Query Start/End: Original strand, 29 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 86588 - 86276
Alignment:
Q  29 aaaagagttttcctaggtaaacatcgtagatgtaatgcatcggaacggtatagcaagctatggaacccgtcctagtctaatgaggcttaacacacagtga 128  Q
    |||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||    
T  86588 aaaaaagtttttctgggtaaacatcgtagatgtaatgcattggaaaggtatagcaagctagggaacccgtcctagactaataagacttaacacacagtga 86489  T
Q  129 attggtttagcatgctatggaacccaagacacttggtgtatgctagacgtctcacagtcacattacacccccacaattcttgatgttacgcggttgtgcg 228  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||  | |||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  86488 attggtttagcaagctatggaacccaagacacttgttgtatgttagaggtctcgtaatcacattacacctccacaattcttgttgttacacggttgtgcg 86389  T
Q  229 ctaataggccgtgcgcgtgtatggtattcatgagtgctcaagaga-tccgccacggtctcatgcaagcggccccacttgacactcatataggtgattcca 327  Q
    |||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||| || ||||| |  |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  86388 ctaatacgccatgcgcgtgtctggtattcatgagtgttctagagattttgccaagatctcatgcaagcggccccacttgacactcatataggcgatttca 86289  T
Q  328 tctagtgtatgct 340  Q
    || ||| ||||||    
T  86288 tcaagtctatgct 86276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0086 (Bit Score: 67; Significance: 2e-29; HSPs: 2)
Name: scaffold0086
Description:

Target: scaffold0086; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 114 - 364
Target Start/End: Original strand, 37954 - 38210
Alignment:
Q  114 cttaacacacagtgaatt-ggtttagcatgctatg-gaacccaagacacttggtgtatgctagacgtctcacagtcacattacacccccacaattcttga 211  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||| |||||  ||||| |||||||||| |||||| |||| ||||  ||  | ||| ||||||||||||||||||     
T  37954 cttaacacacagtgaatttggtgtagcaagctatatgaaccaaagacacttg-tgtatgttagaggtctatcacccgcatcacacccccacaattcttgt 38052  T
Q  212 tgtta-cgcggttgtgcgctaataggccgtgcgcgtgtatgg--tattcatgagtgctcaagagatc-cgccacggtctcatgcaagcggccccacttga 307  Q
     |||  ||| || |||||| |||||||||||||||||  |||  | ||||||||||||| ||||||  |||||   ||||||||||||||||||||||||    
T  38053 cgttggcgctgtggtgcgcaaataggccgtgcgcgtgcttggatttttcatgagtgctctagagatttcgccaatatctcatgcaagcggccccacttga 38152  T
Q  308 cactcatataggtgattccatctagtgtatgctac-aaccaaacaccacccataaggg 364  Q
    |||||| ||||||||||  ||| |||||||||| | || || ||||||||||||||||    
T  38153 cactcacataggtgattttatcaagtgtatgctgcaaatcatacaccacccataaggg 38210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0086; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 493 - 551
Target Start/End: Original strand, 38348 - 38407
Alignment:
Q  493 acttgtttttacccat-tgaaccttcttcatgagatctccaatcacaaaggttgggttcc 551  Q
    ||||||| |||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  38348 acttgttattacccatatgaaccttattcatgggatctccaatcacaaaggttgggttcc 38407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University