View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1499_low_40 (Length: 290)

Name: NF1499_low_40
Description: NF1499
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1499_low_40
NF1499_low_40
[»] scaffold0012 (2 HSPs)
scaffold0012 (14-276)||(116675-116937)
scaffold0012 (67-138)||(109002-109073)
[»] scaffold0783 (1 HSPs)
scaffold0783 (14-276)||(455-717)
[»] chr1 (26 HSPs)
chr1 (14-276)||(13588669-13588931)
chr1 (14-276)||(20478429-20478691)
chr1 (14-276)||(20369356-20369618)
chr1 (14-276)||(13671470-13671727)
chr1 (67-269)||(13544577-13544779)
chr1 (67-276)||(19136511-19136720)
chr1 (67-270)||(13686447-13686650)
chr1 (67-256)||(13508209-13508398)
chr1 (67-276)||(13651707-13651916)
chr1 (67-270)||(20488290-20488493)
chr1 (67-270)||(13612004-13612207)
chr1 (67-228)||(13515397-13515558)
chr1 (67-276)||(13422347-13422556)
chr1 (67-276)||(15898057-15898266)
chr1 (69-261)||(13656241-13656433)
chr1 (14-65)||(13508115-13508166)
chr1 (14-65)||(13515303-13515354)
chr1 (14-65)||(13544483-13544534)
chr1 (14-65)||(13651613-13651664)
chr1 (14-65)||(19136763-19136814)
chr1 (14-65)||(13611910-13611961)
chr1 (14-65)||(13686353-13686404)
chr1 (14-63)||(20488196-20488245)
chr1 (217-269)||(16466896-16466948)
chr1 (217-269)||(16495861-16495913)
chr1 (68-96)||(16467069-16467097)
[»] scaffold0006 (8 HSPs)
scaffold0006 (18-276)||(219664-219922)
scaffold0006 (14-276)||(169084-169341)
scaffold0006 (67-276)||(141468-141677)
scaffold0006 (67-276)||(58169-58378)
scaffold0006 (67-276)||(110880-111089)
scaffold0006 (69-276)||(146002-146209)
scaffold0006 (14-65)||(58076-58127)
scaffold0006 (14-65)||(141374-141425)
[»] scaffold0069 (2 HSPs)
scaffold0069 (14-276)||(27417-27679)
scaffold0069 (14-276)||(31532-31794)
[»] scaffold0068 (2 HSPs)
scaffold0068 (67-269)||(39663-39865)
scaffold0068 (19-65)||(39913-39959)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (67-276)||(38056769-38056978)
chr2 (103-270)||(30704143-30704310)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (67-276)||(20813294-20813503)
chr8 (67-276)||(20792754-20792963)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (67-276)||(21815477-21815686)
chr6 (67-271)||(22282950-22283154)
chr6 (28-64)||(22283195-22283231)
[»] scaffold0460 (2 HSPs)
scaffold0460 (67-270)||(9279-9482)
scaffold0460 (14-63)||(9185-9234)


Alignment Details
Target: scaffold0012 (Bit Score: 239; Significance: 1e-132; HSPs: 2)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 14 - 276
Target Start/End: Original strand, 116675 - 116937
Alignment:
Q  14 agaggtattggcaaaaattaaaaagacaaattttagtctatagtaattattgcttaaatatgttttaggtgattccaaacttggagtttttgaggatgga 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  116675 agaggtattggcaaaaattaaaaagacaaattttagtctatagtaattattgtttaaatatgttttaggtgattccaaacttggagtttttgaggatgga 116774  T
Q  114 acaggcggatgctgacatgctattgcaaacccaaaacacaagtgccctcttttgcaaaatgacatcgattggctttaattgctatgacaccgatgatgct 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  116775 acaggcggatgctgacatgctattgcaaacccaaaacacaagtgccctcttttgcaaaatgacatggattggctttaattgctatgacactgatgatgct 116874  T
Q  214 agctttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagacactatttgttgaggggagt 276  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||    
T  116875 agctttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagtcactagttgttgagtggagt 116937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 67 - 138
Target Start/End: Original strand, 109002 - 109073
Alignment:
Q  67 ttaaatatgttttaggtgattccaaacttggagtttttgaggatggaacaggcggatgctgacatgctattg 138  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  109002 ttaaatatgttttaggtgattccaaacttggaggagttgaggatggaacaggcggatgctgacatgatattg 109073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0783 (Bit Score: 235; Significance: 1e-130; HSPs: 1)
Name: scaffold0783
Description:

Target: scaffold0783; HSP #1
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 14 - 276
Target Start/End: Original strand, 455 - 717
Alignment:
Q  14 agaggtattggcaaaaattaaaaagacaaattttagtctatagtaattattgcttaaatatgttttaggtgattccaaacttggagtttttgaggatgga 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  455 agaggtattggcaaaaattaaaaagacaaattttagtctatagtaattattgtttaaatatgttttaggtgattccaaacttggagtttttgaggatgga 554  T
Q  114 acaggcggatgctgacatgctattgcaaacccaaaacacaagtgccctcttttgcaaaatgacatcgattggctttaattgctatgacaccgatgatgct 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  555 acaggcggatgctgacatgctattgcaaacccaaaacacaagtgccctcttttgcaaaatgacatagattggctttaattgctatgacactgatgatgct 654  T
Q  214 agctttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagacactatttgttgaggggagt 276  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||| ||||    
T  655 agctttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagtcactagatgttgaggagagt 717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 227; Significance: 1e-125; HSPs: 26)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 14 - 276
Target Start/End: Original strand, 13588669 - 13588931
Alignment:
Q  14 agaggtattggcaaaaattaaaaagacaaattttagtctatagtaattattgcttaaatatgttttaggtgattccaaacttggagtttttgaggatgga 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13588669 agaggtattggcaaaaattaaaaagacaaattttagtctatagtaattattgtttaaatatgttttaggtgattccaaacttggagtttttgaggatgga 13588768  T
Q  114 acaggcggatgctgacatgctattgcaaacccaaaacacaagtgccctcttttgcaaaatgacatcgattggctttaattgctatgacaccgatgatgct 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  13588769 acaggcggatgctgacatgctattgcaaacccaaaatacaaatgccctcttttgcaaaatgacatgtattggctttaattgctatgacactgatgatgct 13588868  T
Q  214 agctttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagacactatttgttgaggggagt 276  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  13588869 agcttttcttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagacactagttgttgagtggagt 13588931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 14 - 276
Target Start/End: Original strand, 20478429 - 20478691
Alignment:
Q  14 agaggtattggcaaaaattaaaaagacaaattttagtctatagtaattattgcttaaatatgttttaggtgattccaaacttggagtttttgaggatgga 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||    
T  20478429 agaggtattggcaaaaattaaaaagacaaattttagtctatagtaattattgtttaaatatgttttaggtgattccaaacttggagaagttgaggatgga 20478528  T
Q  114 acaggcggatgctgacatgctattgcaaacccaaaacacaagtgccctcttttgcaaaatgacatcgattggctttaattgctatgacaccgatgatgct 213  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  20478529 ccaggcggatgctgacatgctattgcaaacccaaaacacaagtgccctcttttgcaaaatgacatggattggctttaattgctatgacactgatgatgct 20478628  T
Q  214 agctttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagacactatttgttgaggggagt 276  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||    
T  20478629 agctttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagtcactagttgttgagtggagt 20478691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 14 - 276
Target Start/End: Original strand, 20369356 - 20369618
Alignment:
Q  14 agaggtattggcaaaaattaaaaagacaaattttagtctatagtaattattgcttaaatatgttttaggtgattccaaacttggagtttttgaggatgga 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  20369356 agaggtattggcaaaaattaaaaagacaaattttagtctatagtaattattgtttaaatatgttttaggtgattccaaacttggagatgttgaggatgga 20369455  T
Q  114 acaggcggatgctgacatgctattgcaaacccaaaacacaagtgccctcttttgcaaaatgacatcgattggctttaattgctatgacaccgatgatgct 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  20369456 acaggcggatgctgacatgctattgcaaacccaaaacacaagtgtcatcttttgcaaaatgacatggattggctttaattgctatgacactgatgatgct 20369555  T
Q  214 agctttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagacactatttgttgaggggagt 276  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||| |||||||    
T  20369556 agctttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagtcactatatattggggggagt 20369618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 14 - 276
Target Start/End: Original strand, 13671470 - 13671727
Alignment:
Q  14 agaggtattggcaaaaattaaaaagacaaa-ttttagtctatagtaattattgcttaaatatgttttaggtgattccaaacttggagtttttgaggatgg 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||      || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13671470 agaggtattggcaaaaattaaaaagacaaaattttag------gtgattattgtttaaatatgttttaggtgattccaaacttggagtttttgaggatgg 13671563  T
Q  113 aacaggcggatgctgacatgctattgcaaacccaaaacacaagtgccctcttttgcaaaatgacatcgattggctttaattgctatgacaccgatgatgc 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| || |||||||||||||||||||||| |   |||| ||   | ||||| ||||||| |||||    
T  13671564 aacaggcggatgctgacatgctattgcaaactaaaaactcatgtgccctcttttgcaaaatgacctatcttggattggctggctataacaccgaagatgc 13671663  T
Q  213 tagctttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagacactatttgttgaggggagt 276  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||    
T  13671664 tagatttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagtcactatatgttggggggagt 13671727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 67 - 269
Target Start/End: Original strand, 13544577 - 13544779
Alignment:
Q  67 ttaaatatgttttaggtgattccaaacttggagtttttgaggatggaacaggcggatgctgacatgctattgcaaacccaaaacacaagtgccctctttt 166  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  13544577 ttaaatatgatttaggtgattccaaacttggagactttgaagatggcacaggcggatgctgacatgatattgcaaacccaaaactcaagtgccctcttta 13544676  T
Q  167 gcaaaatgacatcgattggctttaattgctatgacaccgatgatgctagctttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagacactatttgt 266  Q
    |||||||||  | ||||||||||| | ||||| |||| || |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  13544677 gcaaaatgatttggattggctttagtagctataacactgaagatgctacatttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagtcactacttgt 13544776  T
Q  267 tga 269  Q
    |||    
T  13544777 tga 13544779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 67 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 19136720 - 19136511
Alignment:
Q  67 ttaaatatgttttaggtgattccaaacttggagtttttgaggatggaacaggcggatgctgacatgctattgcaaacccaaaacacaagtgccctctttt 166  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  19136720 ttaaatatgttttaggtgattccaaacttggagctgttgaggatggtacaggcggatgctgacatgatattgcaaacccaaaactcaagttccctctttt 19136621  T
Q  167 gcaaaatgacatcgattggctttaattgctatgacaccgatgatgctagctttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagacactatttgt 266  Q
    |||||||||| |   |||| ||   | ||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||    
T  19136620 gcaaaatgacctatcttggattggctggctataacaccgaagatgctagatttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagaaactacatgt 19136521  T
Q  267 tgaggggagt 276  Q
    |||| |||||    
T  19136520 tgagtggagt 19136511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 67 - 270
Target Start/End: Original strand, 13686447 - 13686650
Alignment:
Q  67 ttaaatatgttttaggtgattccaaacttggagtttttgaggatggaacaggcggatgctgacatgctattgcaaacccaaaacacaagtgccctctttt 166  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  13686447 ttaaatatgttttaggtgattccaaacttggagctgttgaggatggtacaggcggatgctgacatgatattgcaaacccaaaactcaagttccctctttt 13686546  T
Q  167 gcaaaatgacatcgattggctttaattgctatgacaccgatgatgctagctttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagacactatttgt 266  Q
    |||||||||| |   |||| ||   | ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||| ||||    
T  13686547 gcaaaatgacctatcttggattggctagctataacaccgatgatgctagatttccttattggtttcttgaaaatgtgtatactcttgagaatctacttgt 13686646  T
Q  267 tgag 270  Q
    ||||    
T  13686647 tgag 13686650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 67 - 256
Target Start/End: Original strand, 13508209 - 13508398
Alignment:
Q  67 ttaaatatgttttaggtgattccaaacttggagtttttgaggatggaacaggcggatgctgacatgctattgcaaacccaaaacacaagtgccctctttt 166  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  13508209 ttaaatatgttttaggtgattccaaacttggagctgttgaggatggtacaggcggatgctgacatgatattgcaaacccaaaactcaagttccctctttt 13508308  T
Q  167 gcaaaatgacatcgattggctttaattgctatgacaccgatgatgctagctttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgaga 256  Q
    |||||||||| |   |||| ||   | ||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13508309 gcaaaatgacctatcttggattggctagctataacaccgaggatgctagatttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgaga 13508398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 67 - 276
Target Start/End: Original strand, 13651707 - 13651916
Alignment:
Q  67 ttaaatatgttttaggtgattccaaacttggagtttttgaggatggaacaggcggatgctgacatgctattgcaaacccaaaacacaagtgccctctttt 166  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||     
T  13651707 ttaaatatgttttaggtgattccaaacttggagctgttgaggatggtacaggcagatgctgacatgatattgcaaactcaaaactcaagtgccctcttta 13651806  T
Q  167 gcaaaatgacatcgattggctttaattgctatgacaccgatgatgctagctttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagacactatttgt 266  Q
    |||||||||| || |||||||| | | ||||| |||| || || || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||    
T  13651807 gcaaaatgacttctattggcttgactagctataacactgaagaggcaagatttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagaaactacatgt 13651906  T
Q  267 tgaggggagt 276  Q
    |||| |||||    
T  13651907 tgagtggagt 13651916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 67 - 270
Target Start/End: Original strand, 20488290 - 20488493
Alignment:
Q  67 ttaaatatgttttaggtgattccaaacttggagtttttgaggatggaacaggcggatgctgacatgctattgcaaacccaaaacacaagtgccctctttt 166  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||| ||||||||     
T  20488290 ttaaatatgttttaggtgattccaaacttggagttgttgaggatggaacaggcggatgctgacatgatattgcaaactcaaaactcaagttccctcttta 20488389  T
Q  167 gcaaaatgacatcgattggctttaattgctatgacaccgatgatgctagctttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagacactatttgt 266  Q
     ||||||||| |   ||||||| | | |||||||||  || |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||    
T  20488390 ccaaaatgacgtttgttggcttgagtggctatgacagtgaagatgctacatttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactctcgagtcactaattgt 20488489  T
Q  267 tgag 270  Q
    ||||    
T  20488490 tgag 20488493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 67 - 270
Target Start/End: Original strand, 13612004 - 13612207
Alignment:
Q  67 ttaaatatgttttaggtgattccaaacttggagtttttgaggatggaacaggcggatgctgacatgctattgcaaacccaaaacacaagtgccctctttt 166  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  13612004 ttaaatatgttttaggtgattccaaacttggagctgttgaggatggtacaggcggatgctgacatgatattgcaaacccaaaactcaagttccctctttt 13612103  T
Q  167 gcaaaatgacatcgattggctttaattgctatgacaccgatgatgctagctttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagacactatttgt 266  Q
    ||||||||||     |||| ||   | ||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||  |||    
T  13612104 gcaaaatgacccatcttggattggctagctataacaccgaagatgctagatttccttattggtttcttgaaaatgtgtatactcttgagaaactacgtgt 13612203  T
Q  267 tgag 270  Q
    ||||    
T  13612204 tgag 13612207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 67 - 228
Target Start/End: Original strand, 13515397 - 13515558
Alignment:
Q  67 ttaaatatgttttaggtgattccaaacttggagtttttgaggatggaacaggcggatgctgacatgctattgcaaacccaaaacacaagtgccctctttt 166  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  13515397 ttaaatatgttttaggtgattccaaacttggagctgttgaggatggtacaggcggatgctgacatgatattgcaaacccaaaactcaagttccctctttt 13515496  T
Q  167 gcaaaatgacatcgattggctttaattgctatgacaccgatgatgctagctttccttattgg 228  Q
    |||||||||| |   |||| ||   | ||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  13515497 gcaaaatgacctatcttggattggctagctataacaccgaggatgctagatttccttattgg 13515558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 82; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 67 - 276
Target Start/End: Original strand, 13422347 - 13422556
Alignment:
Q  67 ttaaatatgttttaggtgattccaaacttggagtttttgaggatggaacaggcggatgctgacatgctattgcaaacccaaaacacaagtgccctctttt 166  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||| || |||||||||||| |||| |||||||||||  ||||||||||||||     
T  13422347 ttaaatatgttataggtgattccaaacttggagctgttgaggatggtacacgcagatgctgacatgatatttcaaacccaaaattcaagtgccctcttta 13422446  T
Q  167 gcaaaatgacatcgattggctttaattgctatgacaccgatgatgctagctttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagacactatttgt 266  Q
    | ||||||||     |||| || | ||||||| |||  || ||  | || ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||    
T  13422447 gaaaaatgaccatttttggtttgagttgctataacagtgaagaaccaagatttccctattggtttcttgaaaatgtgcatactattgagacactatatgt 13422546  T
Q  267 tgaggggagt 276  Q
    |||| |||||    
T  13422547 tgagtggagt 13422556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 82; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 67 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 15898266 - 15898057
Alignment:
Q  67 ttaaatatgttttaggtgattccaaacttggagtttttgaggatggaacaggcggatgctgacatgctattgcaaacccaaaacacaagtgccctctttt 166  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  15898266 ttaaatattttttaggtgattccaaacttggaggagttgaggatggaacaggcaaatgctgacatgatattgcaaacccaaaactcaagtgccctcttta 15898167  T
Q  167 gcaaaatgacatcgattggctttaattgctatgacaccgatgatgctagctttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagacactatttgt 266  Q
    ||| | |||| |   | ||||| | | ||||| | |  || |  ||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  15898166 gcagattgacctgtgtaggcttgactagctataagattgaaggggctagatttcctcattggtttcttggaaatgtgcatactcttgagtcactaattgt 15898067  T
Q  267 tgaggggagt 276  Q
    ||||| ||||    
T  15898066 tgaggtgagt 15898057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 69 - 261
Target Start/End: Original strand, 13656241 - 13656433
Alignment:
Q  69 aaatatgttttaggtgattccaaacttggagtttttgaggatggaacaggcggatgctgacatgctattgcaaacccaaaacacaagtgccctcttttgc 168  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||| | |||||| ||||||||||| || ||    
T  13656241 aaatatgttttaggtgattccaaacttggaaatgttgaggatgcaacagacggatgctgacgtgatattgcaatctcaaaactcaagtgccctccttagc 13656340  T
Q  169 aaaatgacatcgattggctttaattgctatgacaccgatgatgctagctttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagacacta 261  Q
    ||||||||     |||| ||   ||||||| |||| || || ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13656341 aaaatgaccattcttggtttggcttgctataacactgaagaggctacatttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagaaacta 13656433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 14 - 65
Target Start/End: Original strand, 13508115 - 13508166
Alignment:
Q  14 agaggtattggcaaaaattaaaaagacaaattttagtctatagtaattattg 65  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  13508115 agagatattggcaaaaattaaaaagacaaattttagtcaatagtaattattg 13508166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 14 - 65
Target Start/End: Original strand, 13515303 - 13515354
Alignment:
Q  14 agaggtattggcaaaaattaaaaagacaaattttagtctatagtaattattg 65  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  13515303 agagatattggcaaaaattaaaaagacaaattttagtcaatagtaattattg 13515354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 14 - 65
Target Start/End: Original strand, 13544483 - 13544534
Alignment:
Q  14 agaggtattggcaaaaattaaaaagacaaattttagtctatagtaattattg 65  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  13544483 agagatattggcaaaaattaaaaagacaaattttagtcaatagtaattattg 13544534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 14 - 65
Target Start/End: Original strand, 13651613 - 13651664
Alignment:
Q  14 agaggtattggcaaaaattaaaaagacaaattttagtctatagtaattattg 65  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  13651613 agagatattggcaaaaattaaaaagacaaattttagtcaatagtaattattg 13651664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 14 - 65
Target Start/End: Complemental strand, 19136814 - 19136763
Alignment:
Q  14 agaggtattggcaaaaattaaaaagacaaattttagtctatagtaattattg 65  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  19136814 agagatattggcaaaaattaaaaagacaaattttagtcaatagtaattattg 19136763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 14 - 65
Target Start/End: Original strand, 13611910 - 13611961
Alignment:
Q  14 agaggtattggcaaaaattaaaaagacaaattttagtctatagtaattattg 65  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  13611910 agagatattggcaaaaattaaaaagacaatttttagtcaatagtaattattg 13611961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 14 - 65
Target Start/End: Original strand, 13686353 - 13686404
Alignment:
Q  14 agaggtattggcaaaaattaaaaagacaaattttagtctatagtaattattg 65  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  13686353 agagatattggcaaaaattaaaaggacaaattttagtcaatagtaattattg 13686404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 14 - 63
Target Start/End: Original strand, 20488196 - 20488245
Alignment:
Q  14 agaggtattggcaaaaattaaaaagacaaattttagtctatagtaattat 63  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||    
T  20488196 agaggtattggcaaaaattaaaaatacaaatattagtcaatagtaattat 20488245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 217 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 16466948 - 16466896
Alignment:
Q  217 tttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagacactatttgttga 269  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||  ||||| ||||||    
T  16466948 tttccttattggtttcttcaaaatgtgcgtactcttgaggtactatctgttga 16466896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 217 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 16495913 - 16495861
Alignment:
Q  217 tttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagacactatttgttga 269  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||  ||| |||||||    
T  16495913 tttccttattggtatcttcaaaatgtgcatactcttgagagtctagttgttga 16495861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #26
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 68 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 16467097 - 16467069
Alignment:
Q  68 taaatatgttttaggtgattccaaacttg 96  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  16467097 taaatatgttttaggtgattccaaacttg 16467069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 223; Significance: 1e-123; HSPs: 8)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 18 - 276
Target Start/End: Original strand, 219664 - 219922
Alignment:
Q  18 gtattggcaaaaattaaaaagacaaattttagtctatagtaattattgcttaaatatgttttaggtgattccaaacttggagtttttgaggatggaacag 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  219664 gtattggcaaaaattaaaaagacaaattttagtctttagtaattattgtttaaatatgttttaggtgattccaaacttggagtttttgaggatggaacag 219763  T
Q  118 gcggatgctgacatgctattgcaaacccaaaacacaagtgccctcttttgcaaaatgacatcgattggctttaattgctatgacaccgatgatgctagct 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  219764 gcggatgctgacatgctattgcaaacccaaaacacaagtgccctcttttgcaaaatgacatggatttgctttaattgctatgacactgatgatgctagct 219863  T
Q  218 ttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagacactatttgttgaggggagt 276  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||| ||||    
T  219864 ttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttaagtcactatatgttgaggagagt 219922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 14 - 276
Target Start/End: Original strand, 169084 - 169341
Alignment:
Q  14 agaggtattggcaaaaattaaaaagacaaa-ttttagtctatagtaattattgcttaaatatgttttaggtgattccaaacttggagtttttgaggatgg 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||      || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  169084 agaggtattggcaaaaattaaaaagacaaaattttag------gtgattattgtttaaatatgttttaggtgattccaaacttggagtttttgaggatgg 169177  T
Q  113 aacaggcggatgctgacatgctattgcaaacccaaaacacaagtgccctcttttgcaaaatgacatcgattggctttaattgctatgacaccgatgatgc 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| || |||||||||||||||||||||| |   |||| ||   | ||||| ||||||| |||||    
T  169178 aacaggcggatgctgacatgctattgcaaactaaaaactcatgtgccctcttttgcaaaatgacctatcttggattggctggctataacaccgaagatgc 169277  T
Q  213 tagctttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagacactatttgttgaggggagt 276  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||    
T  169278 tagatttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagtcactatatgttggggggagt 169341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 67 - 276
Target Start/End: Original strand, 141468 - 141677
Alignment:
Q  67 ttaaatatgttttaggtgattccaaacttggagtttttgaggatggaacaggcggatgctgacatgctattgcaaacccaaaacacaagtgccctctttt 166  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||     
T  141468 ttaaatatgttttaggtgattccaaacttggagctgttgaggatggtacaggcagatgctgacatgatattgcaaactcaaaactcaagtgccctcttta 141567  T
Q  167 gcaaaatgacatcgattggctttaattgctatgacaccgatgatgctagctttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagacactatttgt 266  Q
    |||||||||| || |||||||| | | ||||| |||| || || ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||    
T  141568 gcaaaatgacttctattggcttgactagctataacactgaagaggctatatttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagttactacttgt 141667  T
Q  267 tgaggggagt 276  Q
    |||| |||||    
T  141668 tgagtggagt 141677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 7e-58
Query Start/End: Original strand, 67 - 276
Target Start/End: Original strand, 58169 - 58378
Alignment:
Q  67 ttaaatatgttttaggtgattccaaacttggagtttttgaggatggaacaggcggatgctgacatgctattgcaaacccaaaacacaagtgccctctttt 166  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||| | |||| ||||  || |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  58169 ttaaatataatttaggtgattccaaacttggagatgttgaagatgccacgggcggatgctgacatgatattgcaaacccaaaactcaagtgccctcttta 58268  T
Q  167 gcaaaatgacatcgattggctttaattgctatgacaccgatgatgctagctttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagacactatttgt 266  Q
    |||||||||  | |||| |||||| | ||||| |||| || |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  58269 gcaaaatgatttggattagctttagtagctataacactgaagatgctacatttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagacactagttgt 58368  T
Q  267 tgaggggagt 276  Q
    |||| |||||    
T  58369 tgagtggagt 58378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #5
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 67 - 276
Target Start/End: Original strand, 110880 - 111089
Alignment:
Q  67 ttaaatatgttttaggtgattccaaacttggagtttttgaggatggaacaggcggatgctgacatgctattgcaaacccaaaacacaagtgccctctttt 166  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||| ||||||||     
T  110880 ttaaatatgttttaggtgattccaaacttggaggcgttgaggatgggacaggcggatgctgacatgatattgcaaactcaaaactcaagttccctcttta 110979  T
Q  167 gcaaaatgacatcgattggctttaattgctatgacaccgatgatgctagctttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagacactatttgt 266  Q
    ||||||||||    |||||||| | |  |||||| |  || || || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  110980 gcaaaatgactgttattggcttgagtgactatgagagtgaagaggcaagatttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagtcactagttgt 111079  T
Q  267 tgaggggagt 276  Q
    | || |||||    
T  111080 ttagtggagt 111089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #6
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 69 - 276
Target Start/End: Original strand, 146002 - 146209
Alignment:
Q  69 aaatatgttttaggtgattccaaacttggagtttttgaggatggaacaggcggatgctgacatgctattgcaaacccaaaacacaagtgccctcttttgc 168  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||| | |||||| ||||||||||| || ||    
T  146002 aaatatgttttaggtgattccaaacttggaaatgttgaggatgcaacagacggatgctgacgtgatattgcaatctcaaaactcaagtgccctccttagc 146101  T
Q  169 aaaatgacatcgattggctttaattgctatgacaccgatgatgctagctttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagacactatttgttg 268  Q
    ||||||||     |||| ||   ||||||| |||| || || ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||    
T  146102 aaaatgaccattcttggtttggcttgctataacactgaagaggctacatttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagaaactacatgttg 146201  T
Q  269 aggggagt 276  Q
    || |||||    
T  146202 agtggagt 146209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 14 - 65
Target Start/End: Original strand, 58076 - 58127
Alignment:
Q  14 agaggtattggcaaaaattaaaaagacaaattttagtctatagtaattattg 65  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  58076 agagatattggcaaaaattaaaaagacaaattttagtcaatagtaattattg 58127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 14 - 65
Target Start/End: Original strand, 141374 - 141425
Alignment:
Q  14 agaggtattggcaaaaattaaaaagacaaattttagtctatagtaattattg 65  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  141374 agagatattggcaaaaattaaaaagacaaattttagtcaatagtaattattg 141425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0069 (Bit Score: 175; Significance: 3e-94; HSPs: 2)
Name: scaffold0069
Description:

Target: scaffold0069; HSP #1
Raw Score: 175; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 14 - 276
Target Start/End: Original strand, 27417 - 27679
Alignment:
Q  14 agaggtattggcaaaaattaaaaagacaaattttagtctatagtaattattgcttaaatatgttttaggtgattccaaacttggagtttttgaggatgga 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||     
T  27417 agaggtattggcaaaaattaaaaagacaaattttagtctatactaattattgtttaaatatattttaggtgatttcaaacttggagatgttgaggatggt 27516  T
Q  114 acaggcggatgctgacatgctattgcaaacccaaaacacaagtgccctcttttgcaaaatgacatcgattggctttaattgctatgacaccgatgatgct 213  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||| | | ||||| |||  || || |||    
T  27517 acaggcggatgctgacatgatattgcaaacccaaaactcaagtgccctcttttgcaaaatgacatgtattggcttgagtagctataacattgaagaggct 27616  T
Q  214 agctttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagacactatttgttgaggggagt 276  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  27617 agatttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagtcactatttgttgagtggagt 27679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0069; HSP #2
Raw Score: 175; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 14 - 276
Target Start/End: Original strand, 31532 - 31794
Alignment:
Q  14 agaggtattggcaaaaattaaaaagacaaattttagtctatagtaattattgcttaaatatgttttaggtgattccaaacttggagtttttgaggatgga 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||     
T  31532 agaggtattggcaaaaattaaaaagacaaattttagtctatactaattattgtttaaatatattttaggtgatttcaaacttggagatgttgaggatggt 31631  T
Q  114 acaggcggatgctgacatgctattgcaaacccaaaacacaagtgccctcttttgcaaaatgacatcgattggctttaattgctatgacaccgatgatgct 213  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||| | | ||||| |||  || || |||    
T  31632 acaggcggatgctgacatgatattgcaaacccaaaactcaagtgccctcttttgcaaaatgacatgtattggcttgagtagctataacattgaagaggct 31731  T
Q  214 agctttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagacactatttgttgaggggagt 276  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  31732 agatttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagtcactatttgttgagtggagt 31794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0068 (Bit Score: 127; Significance: 1e-65; HSPs: 2)
Name: scaffold0068
Description:

Target: scaffold0068; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 67 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 39865 - 39663
Alignment:
Q  67 ttaaatatgttttaggtgattccaaacttggagtttttgaggatggaacaggcggatgctgacatgctattgcaaacccaaaacacaagtgccctctttt 166  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  39865 ttaaatatgatttaggtgattccaaacttggagatattgaggatggcacaggcggatgctgacatgatattgcaaacccaaaactcaagtgccctcttta 39766  T
Q  167 gcaaaatgacatcgattggctttaattgctatgacaccgatgatgctagctttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagacactatttgt 266  Q
    |||||||||  | ||||||||||| | ||||| |||| || |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  39765 gcaaaatgatttggattggctttagtagctataacactgaagatgctacatttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagtcactacttgt 39666  T
Q  267 tga 269  Q
    |||    
T  39665 tga 39663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0068; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 19 - 65
Target Start/End: Complemental strand, 39959 - 39913
Alignment:
Q  19 tattggcaaaaattaaaaagacaaattttagtctatagtaattattg 65  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  39959 tattggcaaaagttaaaaagacaaattttagtcaatagtaattattg 39913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 118; Significance: 3e-60; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 67 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 38056978 - 38056769
Alignment:
Q  67 ttaaatatgttttaggtgattccaaacttggagtttttgaggatggaacaggcggatgctgacatgctattgcaaacccaaaacacaagtgccctctttt 166  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||  ||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||     
T  38056978 ttaaatatgatttaggtgattccaaacttggagttgttgatgatggtacaggaagatgccgacatgatattgcaaacccaaaactcaagtgtcctcttta 38056879  T
Q  167 gcaaaatgacatcgattggctttaattgctatgacaccgatgatgctagctttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagacactatttgt 266  Q
    ||||||||||||  |||||||| | | |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||| ||||    
T  38056878 gcaaaatgacatgtattggcttgagtagctatgacactgaagatgctagctttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgaagaactaattgt 38056779  T
Q  267 tgaggggagt 276  Q
    |||| |||||    
T  38056778 tgagcggagt 38056769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 103 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 30704310 - 30704143
Alignment:
Q  103 ttgaggatggaacaggcggatgctgacatgctattgcaaacccaaaacacaagtgccctcttttgcaaaatga-catcgattggctttaattgctatgac 201  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||  ||||| ||||||||| ||| | |||| ||   | ||||||||    
T  30704310 ttgaagatggtacaggcggatgctgacatgatattgcaaacccaaaacgcaagtgctgtctttagcaaaatgaccattg-ttggtttggctagctatgac 30704212  T
Q  202 accgatgatgctagctttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagacactatttgttgag 270  Q
    ||||| |||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||    
T  30704211 accgaagatgctagatttccttgttagtttcttgaaaatgtgcatactcttaagtcattagttgttgag 30704143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 106; Significance: 4e-53; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 67 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 20813503 - 20813294
Alignment:
Q  67 ttaaatatgttttaggtgattccaaacttggagtttttgaggatggaacaggcggatgctgacatgctattgcaaacccaaaacacaagtgccctctttt 166  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||     
T  20813503 ttaaatatgttttaggtgattccaaacttggaggagttgaggatggaacaggcggatgctgacatgatattgaaaacccaaaacccaagttccctcttta 20813404  T
Q  167 gcaaaatgacatcgattggctttaattgctatgacaccgatgatgctagctttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagacactatttgt 266  Q
    ||||||||||     |||| ||   ||||||| |||| || || ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  20813403 gcaaaatgaccattcttggtttggcttgctataacacggaagaggctacatttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagtcactagttgt 20813304  T
Q  267 tgaggggagt 276  Q
    |||| |||||    
T  20813303 tgagtggagt 20813294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 67 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 20792963 - 20792754
Alignment:
Q  67 ttaaatatgttttaggtgattccaaacttggagtttttgaggatggaacaggcggatgctgacatgctattgcaaacccaaaacacaagtgccctctttt 166  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||| |||||| ||||||||| || ||||||||||||||||| ||| | ||||||||     
T  20792963 ttaaatatgttttaggtgattccaaacttggaggtgttgaagatggcacaggctgatgctgacttgatattgcaaacccaaaactcaaattccctcttta 20792864  T
Q  167 gcaaaatgacatcgattggctttaattgctatgacaccgatgatgctagctttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagacactatttgt 266  Q
    | |||||||| |  |||||||| | |  |||||||   || || || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  20792863 gtaaaatgacttttattggcttgagtgactatgactgtgaagaggcaagatttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagtcactacttgt 20792764  T
Q  267 tgaggggagt 276  Q
    |||| |||||    
T  20792763 tgagtggagt 20792754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 106; Significance: 4e-53; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 67 - 276
Target Start/End: Original strand, 21815477 - 21815686
Alignment:
Q  67 ttaaatatgttttaggtgattccaaacttggagtttttgaggatggaacaggcggatgctgacatgctattgcaaacccaaaacacaagtgccctctttt 166  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||| ||||||||     
T  21815477 ttaaatatgttttaggtgattccaaacttggagttgttgaggatggtacaggcagatgctgacatgatattgaaaacccagaacccaagttccctcttta 21815576  T
Q  167 gcaaaatgacatcgattggctttaattgctatgacaccgatgatgctagctttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagacactatttgt 266  Q
    ||||||||||     |||| ||   ||||||| |||| || || || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  21815577 gcaaaatgaccagtcttggtttggcttgctataacacggaagaggcaagatttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagtcactatttgt 21815676  T
Q  267 tgaggggagt 276  Q
    |||| |||||    
T  21815677 tgagtggagt 21815686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 67 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 22283154 - 22282950
Alignment:
Q  67 ttaaatatgttttaggtgattccaaacttggagtttttgaggatggaacaggcggatgctgacatgctattgcaaacccaaaacacaagtgccctctttt 166  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| | |||   |||| ||| | |||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||| |||||||||    
T  22283154 ttaaatatgttataggtgattccaaacatagaggagttgaagatcgtacaggcagatgctgacatgatattgcaaatccaaaactcaagttccctctttt 22283055  T
Q  167 gcaaaatgacatcgattggctttaattgctatgacaccgatgatgctagctttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagacactatttgt 266  Q
    ||||||||||     |||| ||   | ||||| |||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||    
T  22283054 gcaaaatgacccttcttggtttggctagctataacactgaagaggctagatttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagtcattagttgt 22282955  T
Q  267 tgagg 271  Q
    |||||    
T  22282954 tgagg 22282950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 28 - 64
Target Start/End: Complemental strand, 22283231 - 22283195
Alignment:
Q  28 aaattaaaaagacaaattttagtctatagtaattatt 64  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  22283231 aaattgaaaagacaaattttagtcaatagtaattatt 22283195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0460 (Bit Score: 88; Significance: 2e-42; HSPs: 2)
Name: scaffold0460
Description:

Target: scaffold0460; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 67 - 270
Target Start/End: Original strand, 9279 - 9482
Alignment:
Q  67 ttaaatatgttttaggtgattccaaacttggagtttttgaggatggaacaggcggatgctgacatgctattgcaaacccaaaacacaagtgccctctttt 166  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||| ||||| ||||||||     
T  9279 ttaaatatgttttaggtgattccaaacttggagaagttgacgatggaacaggcggatgcttacatgatattgcaaactcaaaactcaagttccctcttta 9378  T
Q  167 gcaaaatgacatcgattggctttaattgctatgacaccgatgatgctagctttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactcttgagacactatttgt 266  Q
     ||||||||| |   ||| ||| | | |||||||||  || || ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||| ||||    
T  9379 ccaaaatgacgtttgttgccttgagtggctatgacagtgaagaggctacatttccttattggtttcttgaaaatgtgcatactctcgattcactaattgt 9478  T
Q  267 tgag 270  Q
    ||||    
T  9479 tgag 9482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0460; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 14 - 63
Target Start/End: Original strand, 9185 - 9234
Alignment:
Q  14 agaggtattggcaaaaattaaaaagacaaattttagtctatagtaattat 63  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  9185 agaggtattggcaaaaattaaaaatacaaattttagtcaatagtaattat 9234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University