View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15000_low_2 (Length: 587)

Name: NF15000_low_2
Description: NF15000
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15000_low_2
NF15000_low_2
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (36-363)||(11751813-11752139)
chr6 (51-262)||(2391460-2391670)
chr6 (51-262)||(11785715-11785923)
chr6 (59-262)||(10479525-10479728)
chr6 (416-510)||(3312797-3312889)
chr6 (39-166)||(10629020-10629146)
chr6 (299-355)||(10479766-10479822)
[»] chr1 (24 HSPs)
chr1 (36-363)||(35306988-35307316)
chr1 (51-364)||(31165641-31165956)
chr1 (51-364)||(15183625-15183940)
chr1 (51-364)||(31064952-31065272)
chr1 (57-364)||(27458265-27458567)
chr1 (36-243)||(39984734-39984941)
chr1 (41-240)||(14579172-14579369)
chr1 (51-166)||(11581554-11581671)
chr1 (415-512)||(24537709-24537806)
chr1 (373-510)||(35307478-35307613)
chr1 (39-262)||(26801331-26801554)
chr1 (57-262)||(15939229-15939434)
chr1 (231-364)||(14578451-14578586)
chr1 (41-166)||(6568052-6568177)
chr1 (38-151)||(20710754-20710867)
chr1 (112-245)||(2765459-2765591)
chr1 (417-510)||(4523337-4523429)
chr1 (294-357)||(11580621-11580684)
chr1 (185-262)||(4080376-4080453)
chr1 (51-136)||(15947719-15947804)
chr1 (51-136)||(28292506-28292591)
chr1 (285-357)||(48496981-48497053)
chr1 (220-262)||(12512409-12512451)
chr1 (71-135)||(42241860-42241924)
[»] scaffold0001 (2 HSPs)
scaffold0001 (36-363)||(508102-508415)
scaffold0001 (374-495)||(507866-507987)
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (51-364)||(8795549-8795863)
chr3 (57-363)||(16194094-16194402)
chr3 (39-364)||(18680616-18680942)
chr3 (51-363)||(29306188-29306493)
chr3 (41-202)||(42339888-42340049)
chr3 (39-364)||(43369777-43370099)
chr3 (41-136)||(33282897-33282992)
chr3 (56-158)||(34629876-34629970)
chr3 (85-136)||(7579543-7579594)
chr3 (61-151)||(36260998-36261088)
chr3 (57-209)||(2757426-2757578)
chr3 (59-151)||(30299587-30299678)
[»] chr2 (13 HSPs)
chr2 (57-363)||(5187761-5188069)
chr2 (51-355)||(9298614-9298920)
chr2 (41-364)||(21436890-21437212)
chr2 (51-364)||(10221522-10221838)
chr2 (41-355)||(18704555-18704870)
chr2 (288-364)||(43080961-43081037)
chr2 (41-136)||(1130603-1130697)
chr2 (51-136)||(931122-931207)
chr2 (288-363)||(83565-83640)
chr2 (57-136)||(21508797-21508876)
chr2 (298-355)||(33428790-33428847)
chr2 (61-135)||(41959869-41959947)
chr2 (182-270)||(33428875-33428963)
[»] chr8 (24 HSPs)
chr8 (41-363)||(11175344-11175667)
chr8 (51-364)||(15175062-15175374)
chr8 (41-363)||(35170791-35171114)
chr8 (39-210)||(1824249-1824419)
chr8 (39-210)||(1858694-1858864)
chr8 (51-360)||(31447021-31447331)
chr8 (51-137)||(9555211-9555297)
chr8 (192-363)||(26600860-26601032)
chr8 (128-354)||(43120648-43120876)
chr8 (415-510)||(27416785-27416880)
chr8 (288-364)||(32350824-32350900)
chr8 (288-364)||(32367485-32367561)
chr8 (59-210)||(10839929-10840079)
chr8 (75-364)||(26916095-26916385)
chr8 (51-197)||(45537807-45537952)
chr8 (39-136)||(16816202-16816299)
chr8 (288-364)||(1823412-1823488)
chr8 (288-364)||(1857857-1857933)
chr8 (51-197)||(4606082-4606225)
chr8 (57-112)||(26601066-26601121)
chr8 (69-130)||(40112831-40112892)
chr8 (227-270)||(10839721-10839764)
chr8 (298-355)||(4187296-4187354)
chr8 (220-272)||(14628946-14628998)
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (41-363)||(34595918-34596241)
chr7 (51-210)||(29407999-29408158)
chr7 (61-202)||(47084763-47084905)
chr7 (51-136)||(39983543-39983630)
chr7 (204-355)||(47084935-47085088)
chr7 (36-132)||(37204695-37204791)
chr7 (69-262)||(3839142-3839335)
chr7 (51-136)||(30053685-30053770)
chr7 (39-151)||(32450394-32450506)
chr7 (190-270)||(44594342-44594422)
chr7 (85-132)||(19048529-19048576)
[»] chr4 (19 HSPs)
chr4 (39-364)||(5750578-5750904)
chr4 (39-364)||(56094117-56094446)
chr4 (51-363)||(867496-867812)
chr4 (175-363)||(42679216-42679405)
chr4 (39-328)||(24194912-24195197)
chr4 (57-132)||(48546775-48546850)
chr4 (158-270)||(600478-600590)
chr4 (56-262)||(18521332-18521540)
chr4 (285-363)||(48827713-48827790)
chr4 (302-363)||(25856972-25857033)
chr4 (89-262)||(22097212-22097384)
chr4 (51-97)||(24273919-24273965)
chr4 (298-355)||(13204802-13204859)
chr4 (121-234)||(35292995-35293108)
chr4 (189-262)||(40549334-40549407)
chr4 (310-363)||(15831884-15831939)
chr4 (102-166)||(23480643-23480707)
chr4 (452-492)||(40986114-40986154)
chr4 (298-362)||(48547012-48547076)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (39-364)||(16600316-16600646)
chr5 (58-339)||(33401528-33401801)
chr5 (39-105)||(27499493-27499559)
chr5 (39-132)||(932481-932574)
chr5 (301-357)||(994890-994946)
chr5 (57-131)||(5474145-5474219)
chr5 (51-136)||(8822257-8822342)
chr5 (58-135)||(12920552-12920629)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 240; Significance: 1e-132; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 240; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 36 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 11752139 - 11751813
Alignment:
Q  36 gtaataaattggtgatttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagtt 135  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  11752139 gtaataaattggtcatttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtt-atgtggatgtttaatgttaagtt 11752041  T
Q  136 gttttgtccaacttcattgctatcaaaactaaggtttgtaggtgttttattcggtcttgattcaaaacaaaattggccaattgcttgatttgtaatattg 235  Q
    | ||||||||| || ||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  11752040 ggtttgtccaaatttattgctatcaaaactaaggctcgtaggtgtgttattcg-tcttgattcaaaacaaaattgaccaattacttgatttgtaatattg 11751942  T
Q  236 ttgatcaaatgtttatatgtaaaattaaacttgaaatnnnnnnncaag-aaataaaatttgtataagtaatcgtgtttgatgtcataaacacttatggac 334  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  11751941 ttgatcaaatgtttatatgtaaaattaaacttgaaattaaaaaacaagaaaaaaaaatttgtataagtaatcgtgtttgatgtcataaacacttttggac 11751842  T
Q  335 ctaccatcttaatgttaaatggtctataa 363  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11751841 ctaccatcttaatgttaaatggtctataa 11751813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 51 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 2391670 - 2391460
Alignment:
Q  51 tttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttgttttgtccaacttc 150  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  2391670 tttaagtcataaaatatttgcaccattaccctaatttcatcaaactcaatcaaaaagtatttatgtggatatttaatgttaagttggtttgtccaaattc 2391571  T
Q  151 attgctatcaaaactaaggtttgtaggtgttttattcggtcttgattcaaaacaaaattggccaattgcttgatttgtaatattgttgatcaaatgttta 250  Q
    |||||| |||||||||  | || || |||| |||||||||||||||||||||||||||||  | ||| |||||||| |||||||||||||  ||| ||||    
T  2391570 attgctctcaaaactagagcttataagtgtgttattcggtcttgattcaaaacaaaattgatcgattacttgatttataatattgttgat-taatattta 2391472  T
Q  251 tatgtaaaatta 262  Q
    ||||||||||||    
T  2391471 tatgtaaaatta 2391460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 9e-50
Query Start/End: Original strand, 51 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 11785923 - 11785715
Alignment:
Q  51 tttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttgttttgtccaacttc 150  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  11785923 tttaagtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcacactcaatcaaaaagtgtttatgtggatgtttaatgttaagttggtttgtccaaattc 11785824  T
Q  151 attgctatcaaaactaaggtttgtaggtgttttattcggtcttgattcaaaacaaaattggccaattgcttgatttgtaatattgttgatcaaatgttta 250  Q
    |||||| ||||||||||   |  |||   | |||||| |||||||||||||||||||||| |  ||| |||  ||| |||||||||||||| ||| |||     
T  11785823 attgctctcaaaactaaaactcatagacatgttattcagtcttgattcaaaacaaaattgacagattactt--tttataatattgttgatc-aatatttc 11785727  T
Q  251 tatgtaaaatta 262  Q
    ||||||||||||    
T  11785726 tatgtaaaatta 11785715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 59 - 262
Target Start/End: Original strand, 10479525 - 10479728
Alignment:
Q  59 ataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatg-tgtttatgtggatgtttaatgttaagttgttttgtccaacttcattgcta 157  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||| |||| | ||     
T  10479525 ataaaatatttgtacctttatcctaatttcatcaaactcagtcaaaaacatgtttgtgtggatgtttaatgttaagttgatt-gtccaaattcactactc 10479623  T
Q  158 tcaaaactaaggtttgtaggtgttttattcggtcttgattcaaaacaaaattggccaattgcttgatttgtaatattgttgatcaaatgtttatatgtaa 257  Q
    | ||||||| || |   |||||| |||||||||||||||||||||||||||||  | ||| |||||||| |||| || || ||||||| ||||| |||||    
T  10479624 ttaaaactatggctcaaaggtgtgttattcggtcttgattcaaaacaaaattgatcgattacttgatttataatgtttttaatcaaatatttatttgtaa 10479723  T
Q  258 aatta 262  Q
    |||||    
T  10479724 aatta 10479728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 416 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 3312889 - 3312797
Alignment:
Q  416 aatatgtagtgcatttgagaatttatttttgtctttactaaagtatactttttaaacttggtcccctcgatgtttaaatcttggctccgcccctg 510  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||| ||||||| || |||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  3312889 aatatgtagtgcatttgagaatttatttttat-tttactaaagtataccttttaaatttggtcctct-gatgttcaaatcctggttccgcccctg 3312797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 39 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 10629146 - 10629020
Alignment:
Q  39 ataaattggtgatttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttgtt 138  Q
    |||||||||  ||||| |||||||| |||||||| |||||| ||| ||||| ||||||| || ||||   |||||||| |||||| ||| |||||||| |    
T  10629146 ataaattggccatttaagtcataaa-tatttgcatcattattctattttcaccaaactcgattaaaaaaagtttatgttgatgttcaatattaagttgat 10629048  T
Q  139 ttgtccaacttcattgctatcaaaacta 166  Q
     ||||||| ||||||| | |||||||||    
T  10629047 atgtccaaattcattgttctcaaaacta 10629020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 299 - 355
Target Start/End: Original strand, 10479766 - 10479822
Alignment:
Q  299 aagtaatcgtgtttgatgtcataaacacttatggacctaccatcttaatgttaaatg 355  Q
    ||| |||| |||||||||||||| |||||| | ||||||| ||||||||||||||||    
T  10479766 aagcaatcatgtttgatgtcatagacacttttagacctactatcttaatgttaaatg 10479822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 24)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 36 - 363
Target Start/End: Original strand, 35306988 - 35307316
Alignment:
Q  36 gtaataaattggtgatttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagtt 135  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  35306988 gtaataaattggtcatttatgtcataaaatatttgcatcattatcctaatttcatcaaactcaatcacaatgtgtttatgtggatgtttaatgataagtt 35307087  T
Q  136 gttttgtccaacttcattgctatcaaaactaaggtttgtaggtgttttattcggtcttgattcaaaacaaaattggccaattgcttgatttgtaatattg 235  Q
    | ||||| ||| ||||||||| |||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   | |||| ||||||||    
T  35307088 ggtttgttcaaattcattgctctcaaaactaaggctcgtaggtgtattattcggtcttgattcaaaacaaaattgaccaattaacttatttataatattg 35307187  T
Q  236 ttgatcaaatgtttatatgtaaa-attaaacttgaaatnnnnnnncaagaaataaaatttgtataagtaatcgtgtttgatgtcataaacacttatggac 334  Q
    ||||||||||||||||||||||| | || |||||||||       ||||||| ||||  ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||    
T  35307188 ttgatcaaatgtttatatgtaaatactagacttgaaattaaaaaacaagaaaaaaaaagtgtataagtaatcatgtttgatgtcaaaaacacttttggac 35307287  T
Q  335 ctaccatcttaatgttaaatggtctataa 363  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  35307288 ctaccatcttaatgttaaatgatctataa 35307316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 172; E-Value: 4e-92
Query Start/End: Original strand, 51 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 31165956 - 31165641
Alignment:
Q  51 tttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttgttttgtccaacttc 150  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  31165956 tttaagtcataaaatatttgcaccattatcttaatttcatcaaacaaaatcaaaaagtgtttatgtggatgtttaatgttaagttggtttgtccaaattc 31165857  T
Q  151 attgctatcaaaactaaggtttgtaggtgttttattcggtcttgattcaaaacaaaattggccaattgcttgatttgtaatattgttgatcaaatgttta 250  Q
    |||||| |||||||||| | |  ||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||  || ||| |||||||| |||||||||||| ||||| ||||    
T  31165856 attgctctcaaaactaaagctcataggtgtgttattcgatcttgattcaaaataaaattaaccgattacttgatttataatattgttgaacaaatattta 31165757  T
Q  251 tatgtaaaattaaacttgaaatnnnnnnncaaga--aataaaatttgtataagtaatcgtgtttgatgtcataaacacttatggacctaccatcttaatg 348  Q
    ||||||||||||| ||||||||       |||||  || ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  31165756 tatgtaaaattaagcttgaaattcaaaaacaagaagaagaaaatgtgtataagtaatcatgtttgatgtcataagcacttttggacctaccatcttaatg 31165657  T
Q  349 ttaaatggtctataag 364  Q
    ||||||||||||||||    
T  31165656 ttaaatggtctataag 31165641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 3e-68
Query Start/End: Original strand, 51 - 364
Target Start/End: Original strand, 15183625 - 15183940
Alignment:
Q  51 tttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttgttttgtccaacttc 150  Q
    |||| |||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||| ||| || || |||    
T  15183625 tttaagtcataaaatatttacatcattatcttaatttcatcaaacttaatcaaaaagtgtttatgtagatttttaatgttaagttggtttatctaaattc 15183724  T
Q  151 attgctatcaaaactaaggtttgtaggtgttttattcggtcttgattcaaaacaaaattggccaattgcttgatttgtaatattgttgatcaaatgttta 250  Q
    |||||| |||||||||    || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | |||||| |||||| ||||||||||| ||||    
T  15183725 attgctctcaaaactagaacttataggtgtgttattcggtcttgattcaaaacaaaattgaccgattacatgatttataatatcgttgatcaaatattta 15183824  T
Q  251 tatgtaaaattaaacttgaaatnnnnnnncaaga--aataaaatttgtataagtaatcgtgtttgatgtcataaacacttatggacctaccatcttaatg 348  Q
    ||||||||||||   |||||||       ||| |  || ||||| ||   |||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  15183825 tatgtaaaattaggtttgaaattcaaaaacaacaagaagaaaatgtgcgcaagtaatcatgtttgatgtcataagcacttttggacctaccatcttaatg 15183924  T
Q  349 ttaaatggtctataag 364  Q
    ||||||||||||||||    
T  15183925 ttaaatggtctataag 15183940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 51 - 364
Target Start/End: Original strand, 31064952 - 31065272
Alignment:
Q  51 tttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttgttttgtccaacttc 150  Q
    |||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||   |||||||| |||    
T  31064952 tttaagtcgtaaaatatttgcacaattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaaagtgtttatgtggatgtttaatgttatgtttggttgtccaaattc 31065051  T
Q  151 -----attgctatcaaaactaaggtttgtaggtgttttattcggtcttgattcaaaacaaaattggccaattgcttgatttgtaatattgttgatcaaat 245  Q
         |||||| |||||||||  | |  ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||  | ||| |||||||| |||||| |||||| ||||    
T  31065052 attatattgctctcaaaactagagctcataggtgtgttattcgatcttgattcaaaacaaaattgatctattacttgatttataatatcgttgataaaat 31065151  T
Q  246 gtttatatgtaaaattaaacttgaaatnnnnnnncaaga--aataaaatttgtataagtaatcgtgtttgatgtcataaacacttatggacctaccatct 343  Q
     ||||||||||||||||  ||||||||       |||||  || ||||| ||||||||||||| |||||||| |||||| || || ||||||||||||||    
T  31065152 atttatatgtaaaattaggcttgaaattcagaaacaagaagaaaaaaatgtgtataagtaatcatgtttgatatcataagcatttttggacctaccatct 31065251  T
Q  344 taatgttaaatggtctataag 364  Q
    |||| | ||||||||||||||    
T  31065252 taatttcaaatggtctataag 31065272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 57 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 27458567 - 27458265
Alignment:
Q  57 tcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttgttttgtccaacttcattgct 156  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||       |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  27458567 tcataaaatattagcaccattatcctaatttcat-------aatcaaaaagtgtttatgtggatgcttaatgttaagttggtttgtccaaattcattgct 27458475  T
Q  157 atcaaaactaaggtttgtaggtgttttattcggtcttgattcaaaacaaaattggccaattgcttgatttgtaatattgttgatcaaatgtttatatgta 256  Q
     | |||||||  | |  ||||||| |||| | |||||||||||||||||||||| |  ||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  27458474 cttaaaactagagctcataggtgtgttatccagtcttgattcaaaacaaaattgactgattacttgatttataatattgttgatcaaatatttatatgta 27458375  T
Q  257 aaattaaacttgaaatnnnnnnncaaga--aataaaatttgtataagtaatcgtgtttgatgtcataaacacttatggacctaccatcttaatgttaaat 354  Q
    ||||||   |||||||       |||||  || ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||  ||||||    
T  27458374 aaattatgtttgaaattaaaaaacaagaagaagaaaatgtgtataagtaatcatgtttgatgtcataaacacttttgaacctaccatcttaagtttaaat 27458275  T
Q  355 ggtctataag 364  Q
    ||| ||||||    
T  27458274 ggtttataag 27458265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 36 - 243
Target Start/End: Original strand, 39984734 - 39984941
Alignment:
Q  36 gtaataaattggtgatttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagtt 135  Q
    |||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  39984734 gtaataaattggtcttttaagtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaaaatgtttatgtggatgtttaatgttaagtt 39984833  T
Q  136 gttttgtccaacttcattgctatcaaaactaaggtttgtaggtgttttattcggtcttgattcaaaacaaaattggccaattgcttgatttgtaatattg 235  Q
    | ||| ||||| ||||||||  |||||||||| | |   || |||  ||||||||||| ||  |||||||||||| || ||| |||||||| ||||||||    
T  39984834 ggtttatccaaattcattgccctcaaaactaaagctcaaagatgtgctattcggtctttatgaaaaacaaaattgaccgattacttgatttataatattg 39984933  T
Q  236 ttgatcaa 243  Q
    ||||||||    
T  39984934 ttgatcaa 39984941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 81; E-Value: 8e-38
Query Start/End: Original strand, 41 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 14579369 - 14579172
Alignment:
Q  41 aaattggtgatttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttgtttt 140  Q
    ||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||| ||| |||    
T  14579369 aaattggtcttttaagtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaagagtgtttatgtagatgtttaatgttaaattggttt 14579270  T
Q  141 gtccaacttcattgctatcaaaactaaggtttgtaggtgttttattcggtcttgattcaaaacaaaattggccaattgcttgatttgtaatattgttgat 240  Q
     ||||| ||||||||| ||||| |||  | |  ||||  | |||||| |||||||||  ||| ||||||| || ||| |||||||| |||||||| ||||    
T  14579269 ctccaaattcattgctctcaaacctagagctcataggaatgttattccgtcttgatt--aaaaaaaattgaccgattacttgatttataatattgatgat 14579172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 51 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 11581671 - 11581554
Alignment:
Q  51 tttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaa--tgttaagttgttttgtccaact 148  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||| ||||  |||||||||| ||||||||| |    
T  11581671 tttaagtcataaaatatttgcatcattatcctaatttcatcaaacttaatcaaaaagtatttatgtggatgcttaatgtgttaagttggtttgtccaaat 11581572  T
Q  149 tcattgctatcaaaacta 166  Q
    |||||||| |||||||||    
T  11581571 tcattgctctcaaaacta 11581554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 415 - 512
Target Start/End: Original strand, 24537709 - 24537806
Alignment:
Q  415 aaatatgtagtgcatttgagaatttatttttgtctttactaaagtatactttttaaacttggtcccctcgatgtttaaatcttggctccgcccctggt 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||  |||||||||||| |||||||| |||||||    
T  24537709 aaatatgtagtgcatttgagaatttatttttgtctttactaaagtataccttttagacttgctccccaagatgtttaaatcctggctccgtccctggt 24537806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 373 - 510
Target Start/End: Original strand, 35307478 - 35307613
Alignment:
Q  373 gaggtatttgacctatattatatgtctatcttannnnnnnnaaaatatgtagtgcatttgagaatttatttttgtctttactaaagtatactttttaaac 472  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||        |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||  ||||||||    
T  35307478 gaggtatttgacctatattatatgtctagcttatttttta-aaaatatgtagtgcatttaagaatttatttttatctttattaaagtatatattttaaac 35307576  T
Q  473 ttggtcccctcgatgtttaaatcttggctccgcccctg 510  Q
    ||||||| | | || |||||||| ||||||||||||||    
T  35307577 ttggtcctc-caatatttaaatcatggctccgcccctg 35307613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 39 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 26801554 - 26801331
Alignment:
Q  39 ataaattggtgatttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttgtt 138  Q
    |||||||||| || || ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||  | | | ||||  ||||||| || ||  |||||||||||||| |    
T  26801554 ataaattggttatctaagtcataaaatatttgcatcattatcctattttcatcaagtttagttaaaaaatgtttatatgaataattaatgttaagttggt 26801455  T
Q  139 ttgtccaacttcattgctatcaaaactaaggtttgtaggtgttttattcggtcttgattcaaaacaaaattggccaattgcttgatttgtaatattgttg 238  Q
     | ||||| | ||   || |||||| |||||||| ||||||||||||||| |||| |||  |||||||||||  | |||  ||||||| ||||||| |||    
T  26801454 atatccaaatccacaactctcaaaattaaggtttataggtgttttattcgatctttattttaaacaaaattgatcgattatttgatttataatattcttg 26801355  T
Q  239 atcaaatgtttatatgtaaaatta 262  Q
    || |||||||||| | ||||||||    
T  26801354 atgaaatgtttatttataaaatta 26801331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 57 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 15939434 - 15939229
Alignment:
Q  57 tcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttgttttgtccaacttcattgct 156  Q
    ||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||| || | |||| ||||  ||||||| ||||||| |||||||| | |||||||  |||| |||    
T  15939434 tcataaaatatctgcaccattatcatattttcatcaaacccagttaaaaagtgtgcatgtggacgtttaatcttaagttggtatgtccaaactcatcgct 15939335  T
Q  157 atcaaaactaaggtttgtaggtgttttattcggtcttgattcaaaacaaaattggccaattgcttgatttgtaatattgttgatcaaatgtttatatgta 256  Q
     |||| |||| ||||  |||||||  ||| | |||||||||  |||||||||||  |||   |||||||| ||||| | ||||| |||| ||||||||||    
T  15939334 ctcaacactagggttcataggtgtaatatacagtcttgatttgaaacaaaattgatcaaacacttgatttataatactattgatgaaatatttatatgta 15939235  T
Q  257 aaatta 262  Q
    ||||||    
T  15939234 aaatta 15939229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 231 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 14578586 - 14578451
Alignment:
Q  231 tattgttgatcaaatgtttatatgtaaaattaaacttgaaatnnnnnnncaagaa--ataaaatttgtataagtaatcgtgtttgatgtcataaacactt 328  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||  ||| ||||       ||||||  | ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| | |||    
T  14578586 tattgatgatcaaatatttatatgtaaaattaggctttaaattaaaaaacaagaagaaaaaaatgtgtataagtaatcatgtttgatgtcataagccctt 14578487  T
Q  329 atggacctaccatcttaatgttaaatggtctataag 364  Q
     | |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  14578486 ttagacctaccatcttaatgttaaatgatctataag 14578451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 41 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 6568177 - 6568052
Alignment:
Q  41 aaattggtgatttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttgtttt 140  Q
    ||||||||  |||| |||||||||||||| || || ||  ||| |||||||||||||||| ||||  ||||||||| ||||||||||||||||||| |      
T  6568177 aaattggtactttaagtcataaaatattttcaacaatactctattttcatcaaactcaattaaaaattgtttatgtagatgtttaatgttaagttgatgg 6568078  T
Q  141 gtccaacttcattgctatcaaaacta 166  Q
    |||||| |||||||||  ||||||||    
T  6568077 gtccaaattcattgcttgcaaaacta 6568052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 38 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 20710867 - 20710754
Alignment:
Q  38 aataaattggtgatttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttgt 137  Q
    |||||||||||  |||| |||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||| ||||  | ||||||| | ||| ||||| |||||||     
T  20710867 aataaattggtcttttaagtcataaaatattttcaccattatcctcttttcatcaaactcaattaaaaaatatttatgtagctgtctaatgctaagttgg 20710768  T
Q  138 tttgtccaacttca 151  Q
    || |||||| ||||    
T  20710767 ttggtccaaattca 20710754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 112 - 245
Target Start/End: Original strand, 2765459 - 2765591
Alignment:
Q  112 tatgtggatgtttaatgttaagttgttttgtccaacttcattgctatcaaaactaaggtttgtaggtgttttattcggtcttgattcaaaacaaaattgg 211  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||  |  |||||| ||||  ||| ||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| ||     
T  2765459 tatgtggatgtttgatgttaactttgtacgtccaaattcaccgctctcaaaactaaggtttatagatgttt-attcggtcttgatttaaaacaaaagtga 2765557  T
Q  212 ccaattgcttgatttgtaatattgttgatcaaat 245  Q
       ||| |||||||| ||||||||||||| ||||    
T  2765558 ttgattacttgatttataatattgttgatgaaat 2765591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 417 - 510
Target Start/End: Original strand, 4523337 - 4523429
Alignment:
Q  417 atatgtagtgcatttgagaatttatttttgtctttactaaagtatactttttaaacttggtcccctcgatgtttaaatcttggctccgcccctg 510  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||  ||| ||||| ||||||||||||||| | | |||||||| | || ||||||||||||    
T  4523337 atatgtagtgcatttgaaaatttattttt-tctttaggaaactataccttttaaacttggtcctcccaatgtttaattttttgctccgcccctg 4523429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 294 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 11580684 - 11580621
Alignment:
Q  294 tgtataagtaatcgtgtttgatgtcataaacacttatggacctaccatcttaatgttaaatggt 357  Q
    ||||||| ||||| |||| |||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  11580684 tgtataattaatcatgttggatgtcataagcacttttgaacctaccatcttaatgttaaatggt 11580621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 185 - 262
Target Start/End: Original strand, 4080376 - 4080453
Alignment:
Q  185 ttcggtcttgattcaaaacaaaattggccaattgcttgatttgtaatattgttgatcaaatgtttatatgtaaaatta 262  Q
    ||||||||| |||  |||||||||||  | ||| ||||||||||||||||||| || |||| ||||| ||||||||||    
T  4080376 ttcggtcttaatttgaaacaaaattgatcgattacttgatttgtaatattgttaatgaaatatttatctgtaaaatta 4080453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 51 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 15947804 - 15947719
Alignment:
Q  51 tttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttg 136  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||| || | |||| ||||  |||||||  |||||| ||||||||    
T  15947804 tttaagtcataaaatatctgcaccattatcatattttcatcaaacccagttaaaaagtgtgcatgtggacatttaatcttaagttg 15947719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 51 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 28292591 - 28292506
Alignment:
Q  51 tttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttg 136  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||| || | |||| ||||  |||||||  |||||| ||||||||    
T  28292591 tttaagtcataaaatatctgcaccattatcatattttcatcaaacccagttaaaaagtgtgcatgtggacatttaatcttaagttg 28292506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 285 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 48497053 - 48496981
Alignment:
Q  285 aataaaatttgtataagtaatcgtgtttgatgtcataaacacttatggacctaccatcttaatgttaaatggt 357  Q
    |||||||||||| ||||||||| | |||||| |||||| | ||| || |||||||| || |||||||||||||    
T  48497053 aataaaatttgtgtaagtaatcctatttgatatcataagcccttttgaacctaccacctcaatgttaaatggt 48496981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 220 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 12512451 - 12512409
Alignment:
Q  220 ttgatttgtaatattgttgatcaaatgtttatatgtaaaatta 262  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  12512451 ttgatttataatattgttgatcaaacgtttatctgtaaaatta 12512409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 71 - 135
Target Start/End: Original strand, 42241860 - 42241924
Alignment:
Q  71 caccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagtt 135  Q
    |||| ||||| || ||| |||||||| | | |||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  42241860 caccgttatcttatttttatcaaacttagttaaaaagtgtttatgtggacgtttaatgttaagtt 42241924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001 (Bit Score: 168; Significance: 9e-90; HSPs: 2)
Name: scaffold0001
Description:

Target: scaffold0001; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 9e-90
Query Start/End: Original strand, 36 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 508415 - 508102
Alignment:
Q  36 gtaataaattggtgatttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagtt 135  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  508415 gtaataaattggtcatttatgtcatagaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagtt 508316  T
Q  136 gttttgtccaacttcattgctatcaaaactaaggtttgtaggtgttttattcggtcttgattcaaaacaaaattggccaattgcttgatttgtaatattg 235  Q
    | ||| ||||| ||||||||| |||||| ||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    |||| ||||||               
T  508315 gatttatccaaattcattgctctcaaaattaaggcttgtgggtgtgttattcggtcttgattcaaaacaaaattaattaattacttgat----------- 508227  T
Q  236 ttgatcaaatgtttatatgtaaaattaaacttgaaatnnnnnnncaagaaataaaatttgtataagtaatcgtgtttgatgtcataaacacttatggacc 335  Q
       |||||||||||||||||||||||| |||||||||       || |||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||    
T  508226 ---atcaaatgtttatatgtaaaattagacttgaaattaaaaaacaggaaaaaaaatgtgtataagtaatcatgtttgatgtcataaacatttttggacc 508130  T
Q  336 taccatcttaatgttaaatggtctataa 363  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  508129 taccatcttaacgttaaatggtctataa 508102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 374 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 507987 - 507866
Alignment:
Q  374 aggtatttgacctatattatatgtctatcttannnnnnnn-aaaatatgtagtgcatttgagaatttatttttgtctttactaaagtatactttttaaac 472  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  507987 aggtatttaacctatattatatgtctagcttatttttttttaaaatatgtagtgcatttgagaatttatttttgtctttagtaaagtataccttttaaac 507888  T
Q  473 ttggtcccctcgatgtttaaatc 495  Q
    ||||||||| | |||||||||||    
T  507887 ttggtcccc-caatgtttaaatc 507866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 148; Significance: 8e-78; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 8e-78
Query Start/End: Original strand, 51 - 364
Target Start/End: Original strand, 8795549 - 8795863
Alignment:
Q  51 tttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttgttttgtccaacttc 150  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  8795549 tttaagtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaaagtgtt-atgtggatgtttaatgttaagttggtttgtccaaattc 8795647  T
Q  151 attgctatcaaaactaaggtttgtaggtgttttattcggtcttgattcaaaacaaaattggccaattgcttgatttgtaatattgttgatcaaatgttta 250  Q
    |||||| |||||||||  | |  || |||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  8795648 attgctctcaaaactagagctcataagtgtgttattcggtcttgattcaaaacaaaattgatcaattacttgatttataatattgttgatcaaatattta 8795747  T
Q  251 tatgtaaaattaaacttgaaatnnnnnnncaaga--aataaaatttgtataagtaatcgtgtttgatgtcataaacacttatggacctaccatcttaatg 348  Q
    ||||||||||||   |||||||       ||| |  || ||||| ||||||| ||||| ||  |||||||||||  |||| ||||||||||||||||||     
T  8795748 tatgtaaaattatgtttgaaattcaaaaacaataagaagaaaatgtgtataaataatcatgcatgatgtcataagtacttttggacctaccatcttaata 8795847  T
Q  349 ttaaatggtctataag 364  Q
    ||||||||| ||||||    
T  8795848 ttaaatggtttataag 8795863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 57 - 363
Target Start/End: Original strand, 16194094 - 16194402
Alignment:
Q  57 tcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttgttttgtccaacttcattgct 156  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| |||    
T  16194094 tcataaaatatttgcatcattatcctaatttcatcaaattcaatcaaaaaatgtttttgtggatgtttaatattaagttggtttgtccaaattcatagct 16194193  T
Q  157 atcaaaactaaggtttgtaggtgttttattcggtcttgattcaaaacaaaattggccaattgcttgatttgtaatattgttgatcaaatgtttatatgta 256  Q
     | |||||||  | |  ||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||  | ||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  16194194 cttaaaactagagctcataggtgtgttatttagtcttgattcaaaacaaaattgatcgattacttgatttataatattgttgatcaaatatttatatgta 16194293  T
Q  257 aaattaaacttgaaatnnnnnnncaaga--aataaaatttgtataagtaatcgtgtttgatgtcataaacacttatggacctaccatcttaatgttaaat 354  Q
    ||||||  ||||||||       ||| |  || ||||| ||||| |||||||  |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  16194294 aaattaggcttgaaattcaaaaacaaaaagaagaaaatgtgtatgagtaatcacgtttgatgtcataagcacttttggacctaccatcttaatgttaaat 16194393  T
Q  355 ggtctataa 363  Q
    |||||||||    
T  16194394 ggtctataa 16194402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 128; E-Value: 7e-66
Query Start/End: Original strand, 39 - 364
Target Start/End: Original strand, 18680616 - 18680942
Alignment:
Q  39 ataaattggtgatttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttgtt 138  Q
    |||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||| |    
T  18680616 ataaattggtcatttaagtaataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaaagtgtttgtatggatgtttaatgttaagttggt 18680715  T
Q  139 ttgtccaacttcattgctatcaaaactaaggtttgtaggtgttttattcggtcttgattcaaaacaaaattggccaattgcttgatttgtaatattgttg 238  Q
    |||||||| || |||||| |||||||||| | |  ||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||  | ||| |||||||| |||||||||||    
T  18680716 ttgtccaaattaattgctctcaaaactaaagctcataggtgtgttattctgtcttgattc-aaacaaaattgatcgattacttgatttataatattgttg 18680814  T
Q  239 atcaaatgtttatatgtaaaattaaacttgaaatnnnnnnncaaga--aataaaatttgtataagtaatcgtgtttgatgtcataaacacttatggacct 336  Q
    || |||| | ||||| | ||||||  ||||||||       |||||  || ||||| ||||||| ||||| |||| | |||||||| ||||| |||| |     
T  18680815 ataaaatatctatatatgaaattaggcttgaaattcaaaaacaagaagaagaaaatgtgtataaataatcatgttggttgtcataagcacttttggatcc 18680914  T
Q  337 accatcttaatgttaaatggtctataag 364  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  18680915 accatcttaatgttaaaaggtttataag 18680942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 51 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 29306493 - 29306188
Alignment:
Q  51 tttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttgttttgtccaacttc 150  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  29306493 tttaagtcataaaatatttacaccattatcctaatttcatcaaacttaatcaaaaagcgtttatatggatgtttaatgttaagttggtttgtccaaattc 29306394  T
Q  151 attgctatcaaaactaaggtttgtaggtgttttattcggtcttgattcaaaacaaaattggccaattgcttgatttgtaatattgttgatcaaatgttta 250  Q
    ||| |||         ||| | |||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||  | ||| |||||||| |||||| ||||||||||| ||||    
T  29306393 atttcta--------gagg-tcgtaggtgtgttattcgatcttaattcaaaacaaaattgatcgattacttgatttataatatggttgatcaaatattta 29306303  T
Q  251 tatgtaaaattaaacttgaaatnnnnnnncaaga--aataaaatttgtataagtaatcgtgtttgatgtcataaacacttatggacctaccatcttaatg 348  Q
    |||||||||||   ||||||||       |||||  || ||||| ||||||||||||  ||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||     
T  29306302 tatgtaaaatttggcttgaaattcaaaaacaagaagaagaaaatgtgtataagtaataatgtttgatgtcataagcacttttgaacctaccatcttaata 29306203  T
Q  349 ttaaatggtctataa 363  Q
    |||||||||||||||    
T  29306202 ttaaatggtctataa 29306188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 41 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 42340049 - 42339888
Alignment:
Q  41 aaattggtgatttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttgtttt 140  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||  | |    
T  42340049 aaattggtcatttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcgtcaaactcaaacaaaaaatgtttatgtggatgtttaatgttaagttcgtct 42339950  T
Q  141 gtccaacttcattgctatcaaaactaaggtttgtaggtgttttattcggtcttgattcaaaa 202  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||  |||  ||||||| ||||||| |||| ||| ||||    
T  42339949 gtccaaattcattgctctcaaaactagagttcataggtgtgttattcgatctttattaaaaa 42339888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 39 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 43370099 - 43369777
Alignment:
Q  39 ataaattggtgatttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatg-tgtttatgtggatgtttaatgttaagttgt 137  Q
    |||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||| | ||||||   | ||| ||| |||||||||||   |||||     
T  43370099 ataaattggtcatttaagtcgtaaaatatttgcaccatttttctaatttcatcaaactaagtcaaaaaaatatttgtgtagatgtttaatg---agttga 43370003  T
Q  138 tttgtccaacttcattgctatcaaaactaaggtttgtaggtgttttattcggtcttgattcaaaacaaaattggccaattgcttgatttgtaatattgtt 237  Q
    ||||||||| |||| | || |||||||||| |||  ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |  ||| |  ||||| |||| |||||    
T  43370002 tttgtccaaattcactactctcaaaactaatgttcataggtgtgttattcggtcttgatacaaaacaaaattgactgattac--gatttataattttgtt 43369905  T
Q  238 gatcaaatgtttatatgtaaaattaaacttgaaatnnnnnnnca-agaaataaaatttgtataagtaatcgtgtttgatgtcataaacacttatggacct 336  Q
    ||| |||| ||||| ||||||||||  |||||| |        | |  || || || ||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||  |    
T  43369904 gattaaatatttatttgtaaaattatgcttgaattcaaaaataataagaagaatatgtgtataagtaatcatgtttgatgtcataaatacttttggattt 43369805  T
Q  337 accatcttaatgttaaatggtctataag 364  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  43369804 accatattaatgttaaatggtctataag 43369777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 41 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 33282992 - 33282897
Alignment:
Q  41 aaattggtgatttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttg 136  Q
    ||||||||  |||| ||||||||| |||  || ||||||| || ||| |||||||||| | |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  33282992 aaattggtcctttaagtcataaaacattcacatcattatcatattttaatcaaactcagttaaaaagtgtttatgtggacgtttaatgttaagttg 33282897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 56 - 158
Target Start/End: Original strand, 34629876 - 34629970
Alignment:
Q  56 gtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttgttttgtccaacttcattgc 155  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||||        | ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||  |||||||    
T  34629876 gtcataaaatatatgtaccattatcctaatttcat--------accaaaaagtgtttatgtggatgtttaatggtaagttgatttgtacaaactcattgc 34629967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 85 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 7579594 - 7579543
Alignment:
Q  85 tttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttg 136  Q
    |||||||||||||||| |||| |||||||||| || ||||||||||||||||    
T  7579594 tttcatcaaactcaattaaaaggtgtttatgttgacgtttaatgttaagttg 7579543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 61 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 36261088 - 36260998
Alignment:
Q  61 aaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttgttttgtccaacttca 151  Q
    ||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||  | |||| |||||||| ||||  ||||||||||||| | | ||||||| ||||    
T  36261088 aaaatatatgcaccatgatcctattttcatcaaactctgttaaaaagtgtttatttggacatttaatgttaagtaggtatgtccaaattca 36260998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 57 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 2757578 - 2757426
Alignment:
Q  57 tcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttgttttgtccaacttcattgct 156  Q
    |||||||| || | ||| ||||| ||| |||||||||||||    ||||  |||||||||  || |||||| ||| |||| | |||| || || | ||||    
T  2757578 tcataaaacatctacactattatgctattttcatcaaactcggctaaaaaatgtttatgttaatatttaatattatgttgatatgtcgaaatttactgct 2757479  T
Q  157 atcaaaactaaggtttgtaggtgttttattcggtcttgattcaaaacaaaatt 209  Q
    |||||||||||||||  || || | |||||| ||||||||| |||| ||||||    
T  2757478 atcaaaactaaggttcttaagtatattattcagtcttgatttaaaataaaatt 2757426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 59 - 151
Target Start/End: Original strand, 30299587 - 30299678
Alignment:
Q  59 ataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttgttttgtccaacttca 151  Q
    |||||||||||||| |||| ||||| |||||| ||||||| | ||||  | ||||||| || ||||||||||| |||||| | ||||| ||||    
T  30299587 ataaaatatttgcatcattgtcctattttcataaaactcatttaaaaaatatttatgt-gacgtttaatgttacgttgttatttccaaattca 30299678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 145; Significance: 5e-76; HSPs: 13)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 5e-76
Query Start/End: Original strand, 57 - 363
Target Start/End: Original strand, 5187761 - 5188069
Alignment:
Q  57 tcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttgttttgtccaacttcattgct 156  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||| ||||||  |    
T  5187761 tcataaaatatttgcaccattattctaatttcatcaaactcaatcaaaaagtgtttatgtgaatgtttaatgttaagttggttggtccaaattcattatt 5187860  T
Q  157 atcaaaactaaggtttgtaggtgttttattcggtcttgattcaaaacaaaattggccaattgcttgatttgtaatattgttgatcaaatgtttatatgta 256  Q
     |||||||||  | |  | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||| |||| |||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  5187861 ttcaaaactagagctcatgggtgtgttattcggtcttgattcaaaacaaaatttaccaattacttaatttataatattgttcatcaaatatttatatgta 5187960  T
Q  257 aaattaaacttgaaatnnnnnnncaaga--aataaaatttgtataagtaatcgtgtttgatgtcataaacacttatggacctaccatcttaatgttaaat 354  Q
    ||||||   |||||||       |||||  || ||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||    
T  5187961 aaattaggtttgaaatttaaaaacaagaacaagaaaatgtgtataaataatcatgtttgatgtcataaacacttttggacctaacatcttaatgttacat 5188060  T
Q  355 ggtctataa 363  Q
    |||||||||    
T  5188061 ggtctataa 5188069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 51 - 355
Target Start/End: Original strand, 9298614 - 9298920
Alignment:
Q  51 tttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttgttttgtccaacttc 150  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||  | ||||||| |||    
T  9298614 tttaagtcataaaatatttgcactattatcctaatttcatcaaattcagtcaaaaagtatttatgtggatgtttaatgttaagtttgtctgtccaaattc 9298713  T
Q  151 attgctatcaaaactaaggtttgtaggtgttttattcggtcttgattcaaaacaaaattggccaattgcttgatttgtaatattgttgatcaaatgttta 250  Q
    |||||| |  ||||||  | |  |||| || |||||| |||||||||||||||||||||| || |||  ||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  9298714 attgctctataaactagagctcataggagtgttattcagtcttgattcaaaacaaaattgaccgattatttgatttataatattgttgatcaaatattta 9298813  T
Q  251 tatgtaaaattaaacttgaaatnnnnnnncaaga--aataaaatttgtataagtaatcgtgtttgatgtcataaacacttatggacctaccatcttaatg 348  Q
    ||||||||||||| ||||||||       |||||  || ||||| ||||||||||||| || |||||||||||| ||||| |||| |||||||  |||||    
T  9298814 tatgtaaaattaagcttgaaatacaaaaacaagaagaagaaaatgtgtataagtaatcatgattgatgtcataagcacttttggatctaccattgtaatg 9298913  T
Q  349 ttaaatg 355  Q
    |||||||    
T  9298914 ttaaatg 9298920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 123; E-Value: 7e-63
Query Start/End: Original strand, 41 - 364
Target Start/End: Original strand, 21436890 - 21437212
Alignment:
Q  41 aaattggtgatttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttgtttt 140  Q
    ||||||||  |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||    
T  21436890 aaattggtcctttaagtcataaaataattgcaccgttatcctaatttcatcaaactaagtcaaaaagtgtttgtgtggatgtttaatgttaagttgattt 21436989  T
Q  141 gtccaacttcattgctatcaaaactaaggtttgtaggtgttttattcggtcttgattcaaaacaaaattggccaattgcttgatttgtaatattgttgat 240  Q
    |||||| |||| |||| |||||||||  | |  ||  ||| ||||||| | ||||||||||||||||||| || ||| |||||||| |||| ||||||||    
T  21436990 gtccaaattcactgctgtcaaaactagtgatcataaatgtgttattcgattttgattcaaaacaaaattgaccgattacttgatttataatgttgttgat 21437089  T
Q  241 caaatgtttatatgtaaaattaaacttgaaatnnnnnnncaagaaataaaatttgtataagtaatcgtgtttgatgtcataaacacttatggacctacca 340  Q
    ||||| ||||| ||||||||| |  ||| |||        |||||  ||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || |||| || ||||||||    
T  21437090 caaatatttatctgtaaaatt-aggttggaattcaaaaataagaagaaaaatatgtataagtaatcatgtttgatgtcatcaatacttttgaacctacca 21437188  T
Q  341 tcttaatgttaaatggtctataag 364  Q
    ||||||||||||||| ||||||||    
T  21437189 tcttaatgttaaatgctctataag 21437212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 51 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 10221838 - 10221522
Alignment:
Q  51 tttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactca----atcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttgttttgtccaa 146  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |    || |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  10221838 tttaagtcataaaatatttgcacgattatcctaatttcatcaaacatacataattaaaaggtgtttatgtggatgtttaatgttaagttggtttgtccaa 10221739  T
Q  147 cttcattgctatcaaaactaaggtttgtaggtgttttattcggtcttgattcaaaacaaaattggccaattgcttgatttgtaatattgttgatcaaatg 246  Q
     ||||||||| |||||||||  | |  || |||| ||||||||   |||||||||||||||||| | ||||  ||||||| ||||||||||||||||||     
T  10221738 attcattgctctcaaaactatagctcatatgtgtgttattcgg---tgattcaaaacaaaattgactaattatttgatttataatattgttgatcaaata 10221642  T
Q  247 tttatatgtaaaattaaacttgaaatnnnnnnncaaga--aataaaatttgtataagtaatcgtgtttgatgtcataaacacttatggacctaccatctt 344  Q
    |||||||||  |||||  ||||||||        ||||  || ||||| ||||||||||||| |||||||| |||||| || || |  ||||||||||||    
T  10221641 tttatatgttcaattaggcttgaaattcaaaaataagaagaagaaaatgtgtataagtaatcatgtttgatatcataagcattttttaacctaccatctt 10221542  T
Q  345 aatgttaaatggtctataag 364  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  10221541 aatgttaaatggtctataag 10221522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 41 - 355
Target Start/End: Original strand, 18704555 - 18704870
Alignment:
Q  41 aaattggtgatttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttgtttt 140  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||  |||||| |||| | |||||||| |||||||||||||| |||    
T  18704555 aaattggtcatttaagtcataaaatattttcaccattatcccaatttcatcaaactcggtcaaaaagtgtatgtgtggatgcttaatgttaagttgattt 18704654  T
Q  141 gtccaacttcattgctatcaaaactaaggtttgtaggtgttttattcggtcttgattcaaaacaaaattggccaattgcttgatttgtaatattgttgat 240  Q
    |||| | ||||| ||| ||||||||| ||||  ||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||| || |||  || |||| |||||||||||||    
T  18704655 gtcctaattcatcgctctcaaaactatggttcataggtgtgttatttgatcttgattcaaaacaaaattgaccgattatttaatttataatattgttgat 18704754  T
Q  241 caaatgtttatatgtaaaattaaacttgaaatnnnnnnncaaga--aataaaatttgtataagtaatcgtgtttgatgtcataaacacttatggacctac 338  Q
     |||| ||||| ||||||||||  |||| |||       |||||  || || || || |||||||||  |||||| |||||||| ||||| |||||||||    
T  18704755 aaaatatttatctgtaaaattaggcttg-aattcaaaagcaagaagaaaaatatatgcataagtaattatgtttgttgtcataagcacttttggacctac 18704853  T
Q  339 catcttaatgttaaatg 355  Q
    ||||||||| |||||||    
T  18704854 catcttaatattaaatg 18704870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 288 - 364
Target Start/End: Original strand, 43080961 - 43081037
Alignment:
Q  288 aaaatttgtataagtaatcgtgtttgatgtcataaacacttatggacctaccatcttaatgttaaatggtctataag 364  Q
    ||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  43080961 aaaatgtgtataagtactcatgtttgatgtcataaacacttttgaacttaccatcttaatgttaaatggtctataag 43081037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 41 - 136
Target Start/End: Original strand, 1130603 - 1130697
Alignment:
Q  41 aaattggtgatttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttg 136  Q
    ||||||||  |||| |||||||||||| |||| |||||||||| ||| |||||||||| | |||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  1130603 aaattggtcttttaagtcataaaatatctgcatcattatcctattttaatcaaactcagttaaaaagtgtttatgtgga-gtttaatgttaggttg 1130697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 51 - 136
Target Start/End: Original strand, 931122 - 931207
Alignment:
Q  51 tttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttg 136  Q
    |||| |||||||||||| |||| ||||||| || |||||||||||| | | |||| ||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  931122 tttaagtcataaaatatatgcatcattatcatactttcatcaaacttagttaaaaggtgtttatgtggccgtttaatgttaagttg 931207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 288 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 83640 - 83565
Alignment:
Q  288 aaaatttgtataagtaatcgtgtttgatgtcataaacacttatggacctaccatcttaatgttaaatggtctataa 363  Q
    ||||| || ||||| |||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| ||||    
T  83640 aaaatgtgcataagcaatcatgtttgatgacataaacacttttggacctaccacctcaatgttaaatggtcgataa 83565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 57 - 136
Target Start/End: Original strand, 21508797 - 21508876
Alignment:
Q  57 tcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttg 136  Q
    |||||||| || ||||| ||||||||| ||||||||||  || | |||| |||||||||||||  |||||||||||||||    
T  21508797 tcataaaacatatgcactattatcctattttcatcaaatgcagtaaaaaagtgtttatgtggacatttaatgttaagttg 21508876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 298 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 33428847 - 33428790
Alignment:
Q  298 taagtaatcgtgtttgatgtcataaacacttatggacctaccatcttaatgttaaatg 355  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||| || || ||||| || |||||||||||    
T  33428847 taagtaatcatatttgatgtcataaacacttttgaacataccacctcaatgttaaatg 33428790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 61 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 41959947 - 41959869
Alignment:
Q  61 aaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaa----aatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagtt 135  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||| ||    || |||||  ||| ||||||||||||||||||    
T  41959947 aaaatatttgcaccatgatcctatttttatcaaactcaattaattaaaaagtgttcgtgtagatgtttaatgttaagtt 41959869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 182 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 33428963 - 33428875
Alignment:
Q  182 ttattcggtcttgattcaaaacaaaattggccaattgcttgatttgtaatattgttgatcaaatgtttatatgtaaaattaaacttgaa 270  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||| |  | |||  ||||||| ||||||||||||| |||| ||||   |||||||||| ||||||    
T  33428963 ttattcagtcttgatttaaaacaaaatcgatcgattatttgatttataatattgttgataaaatatttaaccgtaaaattaagcttgaa 33428875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 143; Significance: 8e-75; HSPs: 24)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 8e-75
Query Start/End: Original strand, 41 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 11175667 - 11175344
Alignment:
Q  41 aaattggtgatttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttgtttt 140  Q
    |||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  11175667 aaattggtcatttaagtcgtaaaatatttgcaccattatcctaattttatcaaacttaatcaaaaagtgtttatgtggatgtttaatgttaagttggttt 11175568  T
Q  141 gtccaacttcattgctatcaaaactaaggtttgtaggtgttttattcggtcttgattcaaaacaaaattggccaattgcttgatttgtaatattgttgat 240  Q
    |||||| ||| ||||| |||||||||  | |  ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| || ||| |||||||| |||||||||||||    
T  11175567 gtccaaattctttgctctcaaaactagagctcataggtgtgttattcggtcttgattcaaaataaaattgaccgattacttgatttataatattgttgat 11175468  T
Q  241 caaatgtttatatgtaaaattaaacttgaaatnnnnnnncaagaa-ataaaatttgtataagtaatcgtgtttgatgtcataaacacttatggacctacc 339  Q
    ||||| |||||| |||||||||  ||||||||        ||||| | ||  | ||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||| || ||||| |    
T  11175467 caaatatttataagtaaaattaggcttgaaattcaaaaataagaagaaaatgtgtgtataaataatcatgtttgatgtcataagcacttttgaacctatc 11175368  T
Q  340 atcttaatgttaaatggtctataa 363  Q
    |||||||||||| || ||||||||    
T  11175367 atcttaatgttagatagtctataa 11175344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 51 - 364
Target Start/End: Original strand, 15175062 - 15175374
Alignment:
Q  51 tttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttgttttgtccaacttc 150  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |      
T  15175062 tttaagtcataaaatatttgcaccattattctaatttcatcaaactcaatcaaacaatgtttatgtggatgtttaatgttaagttggtttgtctaaat-- 15175159  T
Q  151 attgctatcaaaactaaggtttgtaggtgttttattcggtcttgattcaaaacaaaattggccaattgcttgatttgtaatattgttgatcaaatgttta 250  Q
     ||||| || ||||||  | |  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  | ||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  15175160 -ttgctctcgaaactagagctcataggtgtgttattcggtcttgattcaaaacaaaattgatcgattacttgatttataatattgttgatcaaatattta 15175258  T
Q  251 tatgtaaaattaaacttgaaatnnnnnnncaaga--aataaaatttgtataagtaatcgtgtttgatgtcataaacacttatggacctaccatcttaatg 348  Q
    ||||||| ||||   |||||||       |||||  || ||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||     
T  15175259 tatgtaatattaggtttgaaattcaaaaacaagaagaagaaaatgtgtgtaagtaatcatgtttgatgtcataagcatttttggacctaccatcttaata 15175358  T
Q  349 ttaaatggtctataag 364  Q
    ||||||| ||||||||    
T  15175359 ttaaatgatctataag 15175374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 41 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 35171114 - 35170791
Alignment:
Q  41 aaattggtgatttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttgtttt 140  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| | | ||||||||||| ||||||| |||    
T  35171114 aaattggtcatttaagtcataaaatatatgcaccattatcctaatttcatcaaactcagtcaaaaagtgtttgtatagatgtttaatgctaagttgattt 35171015  T
Q  141 gtccaacttcattgctatcaaaactaaggtttgtaggtgttttattcggtcttgattcaaaacaaaattggccaattgcttgatttgtaatattgttgat 240  Q
    |||||| |||| | || | |||| || || |  ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||| |||| |||||||||| ||    
T  35171014 gtccaaattcacttctcttaaaattagggctcataggtgtgttattcggtcttggttcaaaacaaaattggccgattacttaatttataatattgtttat 35170915  T
Q  241 caaatgtttatatgtaaaattaaacttgaaat-nnnnnnncaagaaataaaatttgtataagtaatcgtgtttgatgtcataaacacttatggacctacc 339  Q
    ||||| ||||| | ||| ||||  |||||  |        | |  || ||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||| ||| ||||| ||||    
T  35170914 caaatatttatctctaatattaggcttgatttcaaaaatacgaagaagaaaatgtgtataagtaatcatctttgatgtcataaactcttttggacttacc 35170815  T
Q  340 atcttaatgttaaatggtctataa 363  Q
    |||||||||||||| |||| ||||    
T  35170814 atcttaatgttaaacggtccataa 35170791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 39 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 1824419 - 1824249
Alignment:
Q  39 ataaattggtgatttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttgtt 138  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||  |    
T  1824419 ataaattggtcatttaagtcataaaatatttgcactattatcctaatttcatcaaactcggtcaaaaggtg-ttatgtggatgtttaatgttaagtttgt 1824321  T
Q  139 ttgtccaacttcattgctatcaaaactaaggtttgtaggtgttttattcggtcttgattcaaaacaaaattg 210  Q
    |||| ||| ||||||||| | |||||||  | |  || ||||  ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  1824320 ttgttcaaattcattgctctaaaaactagagctcatatgtgtgctattcggtcctgattcaaaacaaaattg 1824249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 39 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 1858864 - 1858694
Alignment:
Q  39 ataaattggtgatttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttgtt 138  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||  |    
T  1858864 ataaattggtcatttaagtcataaaatatttgcactattatcctaatttcatcaaactcggtcaaaaggtg-ttatgtggatgtttaatgttaagtttgt 1858766  T
Q  139 ttgtccaacttcattgctatcaaaactaaggtttgtaggtgttttattcggtcttgattcaaaacaaaattg 210  Q
    |||| ||| ||||||||| | |||||||  | |  || ||||  ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  1858765 ttgttcaaattcattgctctaaaaactagagctcatatgtgtgctattcggtcctgattcaaaacaaaattg 1858694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 51 - 360
Target Start/End: Original strand, 31447021 - 31447331
Alignment:
Q  51 tttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttgttttgtccaacttc 150  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||| |||||| | |||||||  |||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  31447021 tttaagtcataaaatatttgcactattatcttaatttaaccaaactccgtcaaaaagtgtttgtgtgggtgtttaatgttaagttgatttgtccaaattc 31447120  T
Q  151 attgctatcaaaactaaggtttgtaggtgttttattcggtcttgattcaaaacaaaattggccaattgcttgatttgtaatattgttgatcaaatgttta 250  Q
    |  ||| ||||||||| ||    ||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||    ||| |||||| | ||||||||||  | ||||  |||    
T  31447121 accgctctcaaaactagggcacatagttgtgttattcggtcttcattcaaaacaaaattgattgattacttgatctataatattgtttttaaaataatta 31447220  T
Q  251 tatgtaaaattaaacttgaaatnnnnnnncaaga--aataaaatttgtataagtaatcgtgtttgatgtcataaacacttatggacctaccatcttaatg 348  Q
    | ||||||||||  |||| |||        ||||  | |||||| |||| |||||||| ||||||||||||||| |||||  | | ||||||||||||||    
T  31447221 tctgtaaaattaggcttg-aattcaaaaataagaagagtaaaatgtgtacaagtaatcatgtttgatgtcataagcactttagaatctaccatcttaatg 31447319  T
Q  349 ttaaatggtcta 360  Q
    ||||||||||||    
T  31447320 ttaaatggtcta 31447331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 51 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 9555297 - 9555211
Alignment:
Q  51 tttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttgt 137  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9555297 tttaagtcataaaatatttgcaccagtatcctaatttcatcaaactcaatcaaaaagtgtttatgtggatgtttaatgttaagttgt 9555211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 192 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 26601032 - 26600860
Alignment:
Q  192 ttgattcaaaacaaaattggccaattgcttgatttgtaatattgttgatcaaatgtttatatgtaaaattaaacttgaaatnnnnnnncaagaa--ataa 289  Q
    ||||||||||||||||||| || ||| |||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||| |||  ||||||||       ||||||  | ||    
T  26601032 ttgattcaaaacaaaattgaccgattacttgatttataatattgttgatcaaatatttgtatgtaaa-ttaggcttgaaattcaaaaacaagaagaagaa 26600934  T
Q  290 aatttgtataagtaatcgtgtttgatgtcataaacacttatggacctaccatcttaatgttaaatggtctataa 363  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  26600933 aatgtgtataagtaatcatgtttgatgtcataagcacttttggacctaccatcttaatgttaaattgtttataa 26600860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 128 - 354
Target Start/End: Original strand, 43120648 - 43120876
Alignment:
Q  128 gttaagttgttttgtccaacttcattgctatcaaaactaaggtttgtaggtgttttattcggtcttgattcaaaacaaaattggccaattgcttgatttg 227  Q
    ||||| ||| ||||| ||| || |||| | |||||||||  | || || |||| |||||| ||||| |||||||| |||||||  | ||| ||||||||     
T  43120648 gttaaattggtttgttcaaatttattgttctcaaaactagagcttatatgtgtgttattcagtctttattcaaaataaaattgatcgattacttgattta 43120747  T
Q  228 taatattgttgatcaaatgtttatatgtaaaattaaacttgaaatnnnnnnncaagaa--ataaaatttgtataagtaatcgtgtttgatgtcataaaca 325  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||   |||||||       ||||||  | ||||| ||||||||||||| |||||||| |||||| ||    
T  43120748 taatattgttgattaaatatttatatgtaaaattaggtttgaaattcaaaaacaagaagaagaaaatgtgtataagtaatcatgtttgatatcataagca 43120847  T
Q  326 cttatggacctaccatcttaatgttaaat 354  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  43120848 cttttggacctaccatcttaatgttaaat 43120876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 415 - 510
Target Start/End: Original strand, 27416785 - 27416880
Alignment:
Q  415 aaatatgtagtgcatttgagaatttatttttgtctttactaaagtatactttttaaacttggtcccctcgatgtttaaatcttggctccgcccctg 510  Q
    |||||||| ||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  27416785 aaatatgtggtgtattagagaatttatttttgcctttactaaagtataccttttaaacttggttcccccgatgtttaaatcctggctccgcccctg 27416880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 288 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 32350900 - 32350824
Alignment:
Q  288 aaaatttgtataagtaatcgtgtttgatgtcataaacacttatggacctaccatcttaatgttaaatggtctataag 364  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  32350900 aaaatgtgtataagtaatcatgtttgatgtcataaacacttttagacctatcatcttaatgttaaatggtctataag 32350824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 288 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 32367561 - 32367485
Alignment:
Q  288 aaaatttgtataagtaatcgtgtttgatgtcataaacacttatggacctaccatcttaatgttaaatggtctataag 364  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  32367561 aaaatgtgtataagtaatcatgtttgatgtcataaacacttttagacctatcatcttaatgttaaatggtctataag 32367485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 59 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 10840079 - 10839929
Alignment:
Q  59 ataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttgttttgtccaacttcattgctat 158  Q
    ||||| ||| |||||||||||| || |||||||||||||  | |||| ||||||||||||| |||| ||||||||||| | ||||||| |||| |||  |    
T  10840079 ataaagtatatgcaccattatcttattttcatcaaactcggttaaaa-gtgtttatgtggacgttttatgttaagttgatatgtccaaattcactgcact 10839981  T
Q  159 caaaactaaggtttgtaggtgttttattcggtcttgattcaaaacaaaattg 210  Q
    ||||||||   ||| ||||||| ||||||  ||||||||  |||||||||||    
T  10839980 caaaactagaatttataggtgtattattcactcttgatttgaaacaaaattg 10839929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 75 - 364
Target Start/End: Original strand, 26916095 - 26916385
Alignment:
Q  75 attatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttgttttgtccaacttcattgctatcaaaactaaggtttgt 174  Q
    ||||| ||| ||||||||||||| || |||| |||||||| || | |||||||  ||| ||  | ||| ||| ||||| ||| |||||||||  |||  |    
T  26916095 attattctattttcatcaaactcgattaaaaagtgtttatttgaacgtttaatactaaattcatatgttcaaattcatcgctctcaaaactatagttcat 26916194  T
Q  175 aggtgttttattcggtcttgattcaaaacaaaattggccaattgcttgatttgtaatattgttgatcaaatgtttatatgtaaaattaaacttgaaatnn 274  Q
    | ||||  ||||| ||||||||| ||| ||||||||  || || |||||||| ||||| | ||||| |||| ||||| | ||||||||||||| ||||      
T  26916195 atgtgtgatattcagtcttgatttaaatcaaaattgatcatttacttgatttataatactattgatgaaatatttatttataaaattaaactt-aaattc 26916293  T
Q  275 nnnnncaaga--aataaaatttgtataagtaatcgtgtttgatgtcataaacacttatggacctaccatcttaatgttaaatggtctataag 364  Q
          ||||  || ||||| ||  | ||||||| || |||||||||||||||||| || |||||||| |||||| |||||||||| |||||    
T  26916294 aaaaataagaagaagaaaatatgcgttagtaatcatggttgatgtcataaacacttttgaacctaccaccttaattttaaatggtccataag 26916385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 51 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 45537952 - 45537807
Alignment:
Q  51 tttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttgttttgtccaacttc 150  Q
    |||| |||||||||| | ||||| |||||| || |||||||||||||  | ||||  | ||||||||||| ||||||||||| ||| |  |||||| |||    
T  45537952 tttaagtcataaaatctctgcactattatcatattttcatcaaactcggttaaaaaatatttatgtggat-tttaatgttaaattggtaggtccaaattc 45537854  T
Q  151 attgctatcaaaactaaggtttgtaggtgttttattcggtcttgatt 197  Q
    || ||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||  ||||||||    
T  45537853 atcgctctcaaaactaaggttcataggtgtattattcattcttgatt 45537807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 39 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 16816299 - 16816202
Alignment:
Q  39 ataaattggtgatttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttg 136  Q
    ||||||||||  |||| |||||||||||| | || |||||| ||||||||||||||||| || ||||  | ||||||||||  |||||||||||||||    
T  16816299 ataaattggtcctttaagtcataaaatatctacatcattattctaatttcatcaaactcgattaaaaaatatttatgtggacatttaatgttaagttg 16816202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 288 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 1823488 - 1823412
Alignment:
Q  288 aaaatttgtataagtaatcgtgtttgatgtcataaacacttatggacctaccatcttaatgttaaatggtctataag 364  Q
    ||||| |||||| |||||| |||||||||||| || ||| | ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  1823488 aaaatgtgtataggtaatcttgtttgatgtcacaagcacatttggacctaccatcgtaatgttaaatggtttataag 1823412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 288 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 1857933 - 1857857
Alignment:
Q  288 aaaatttgtataagtaatcgtgtttgatgtcataaacacttatggacctaccatcttaatgttaaatggtctataag 364  Q
    ||||| |||||| |||||| |||||||||||| || ||| | ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  1857933 aaaatgtgtataggtaatcttgtttgatgtcacaagcacatttggacctaccatcgtaatgttaaatggtttataag 1857857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 51 - 197
Target Start/End: Original strand, 4606082 - 4606225
Alignment:
Q  51 tttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttgttttgtccaacttc 150  Q
    |||| ||||||||||| |||||| |||||| || ||||| |||||||||| ||||  || ||||||   ||||||||||||||||| | ||||||| |||    
T  4606082 tttaagtcataaaatacttgcacaattatcttattttcaccaaactcaattaaaaaatggttatgt---tgtttaatgttaagttggtatgtccaaattc 4606178  T
Q  151 attgctatcaaaactaaggtttgtaggtgttttattcggtcttgatt 197  Q
    ||   | | ||||||| ||||  || |||| ||||||||||||||||    
T  4606179 atccatcttaaaactagggttcataagtgtattattcggtcttgatt 4606225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 57 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 26601121 - 26601066
Alignment:
Q  57 tcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgttt 112  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  26601121 tcatacaatatttgcaccattatcttaattttatcaaactcaatcaaaaagtgttt 26601066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 69 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 40112892 - 40112831
Alignment:
Q  69 tgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgtt 130  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||| |||| |||||||| || ||||||||||||    
T  40112892 tgcaccattatcttattttcatcaaactcaattaaaaagtgtttatatgaatgtttaatgtt 40112831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 227 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 10839764 - 10839721
Alignment:
Q  227 gtaatattgttgatcaaatgtttatatgtaaaattaaacttgaa 270  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||    
T  10839764 gtaatattgttgatgaaatatttatatgtaaaatcaaacttgaa 10839721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 298 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 4187354 - 4187296
Alignment:
Q  298 taagtaatcgtgtttgatgtcataaacactta-tggacctaccatcttaatgttaaatg 355  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||| ||| || |||||||||||    
T  4187354 taagtaatcatgtttgatgtcataaacactaattggaccttccacctcaatgttaaatg 4187296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #24
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 220 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 14628998 - 14628946
Alignment:
Q  220 ttgatttgtaatattgttgatcaaatgtttatatgtaaaattaaacttgaaat 272  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| ||| ||||    
T  14628998 ttgatttataatattgttgatgaaatatttatttgtaaaattaagcttaaaat 14628946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 141; Significance: 1e-73; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 41 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 34596241 - 34595918
Alignment:
Q  41 aaattggtgatttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttgtttt 140  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||| | |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||    
T  34596241 aaattggtcatttaagtcataaaatatttgcactattatcctagtttcatcgaactaagtcaaaaagtgtttgtgtggatgtttaatgttaagttgattt 34596142  T
Q  141 gtccaacttcattgctatcaaaactaaggtttgtaggtgttttattcggtcttgattcaaaacaaaattggccaattgcttgatttgtaatattgttgat 240  Q
    |||||| |||| |||| |||||||||  ||  |||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||| |  ||| |||||||| |||| ||||||||    
T  34596141 gtccaaattcactgctctcaaaactagtgtccgtaggtgtgttattcgatcttgattcaaaataaaattgacggattacttgatttataatgttgttgat 34596042  T
Q  241 caaatgtttatatgtaaaattaaacttgaaatnnnnnnncaaga--aataaaatttgtataagtaatcgtgtttgatgtcataaacacttatggacctac 338  Q
    ||||| ||||| | ||||||||| |||| |||        ||||  || ||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  34596041 caaatatttatctttaaaattaagcttg-aattcaaaaataagaagaagaaaatgtgtataagtaatcatatttgatgtcataaacacttttggacctac 34595943  T
Q  339 catcttaatgttaaatggtctataa 363  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  34595942 catcttaatgttaaatggtctataa 34595918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 9e-47
Query Start/End: Original strand, 51 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 29408158 - 29407999
Alignment:
Q  51 tttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttgttttgtccaacttc 150  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  29408158 tttaagtcataaaatatttgcactattattctaatttcatcaaactcaatcaaaaagtgtttatatggatgtttaatgttaagttggtttgtccaaattc 29408059  T
Q  151 attgctatcaaaactaaggtttgtaggtgttttattcggtcttgattcaaaacaaaattg 210  Q
    |||| | |||||||||  |||  ||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  29408058 attgttctcaaaactagagttcatagatgtattattcggtcttgattcaaatcaaaattg 29407999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 61 - 202
Target Start/End: Original strand, 47084763 - 47084905
Alignment:
Q  61 aaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatg-ttaagttgttttgtccaacttcattgctatc 159  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| || ||||||| | ||    
T  47084763 aaaatatttgcaccattatcctaatttcaacaaacttaatcaaaaagtgtttatgtggatgtttaatgtttaagttggtttgtcaaaattcattgatgtc 47084862  T
Q  160 aaaactaaggtttgtaggtgttttattcggtcttgattcaaaa 202  Q
    ||| |||  |||  ||||||| ||||||||| |||||| ||||    
T  47084863 aaatctagagttcataggtgtgttattcggtattgattaaaaa 47084905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 51 - 136
Target Start/End: Original strand, 39983543 - 39983630
Alignment:
Q  51 tttatgtcataaaatattt--gcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttg 136  Q
    ||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39983543 tttatgtcataaaatatatatgcaccattatcctaatttcatcagattcaatcaaaaagtgtttatgtggatgtttaatgttaagttg 39983630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 204 - 355
Target Start/End: Original strand, 47084935 - 47085088
Alignment:
Q  204 aaaattggccaattgcttgatttgtaatattgttgatcaaatgtttatatgtaaaattaaacttgaaatnnnnnnncaaga--aataaaatttgtataag 301  Q
    ||||||| || ||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||  | ||||||       |||||  || ||||| || |||||    
T  47084935 aaaattgaccgattacttgatttataatattgttgatcaaatatttatatgtaaaactaggcctgaaattcaaaaacaagaagaagaaaatgtgcataag 47085034  T
Q  302 taatcgtgtttgatgtcataaacacttatggacctaccatcttaatgttaaatg 355  Q
    ||  | |||||||||| ||||||| || || |||||||||||||||||||||||    
T  47085035 tatccatgtttgatgtaataaacatttttgaacctaccatcttaatgttaaatg 47085088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 36 - 132
Target Start/End: Original strand, 37204695 - 37204791
Alignment:
Q  36 gtaataaattggtgatttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaa 132  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| |||   |||| ||||||||   ||||  |||||||||||| ||||||||||||    
T  37204695 gtaataaattggtcatttaagtcataaaatattttcaccattaccctcccttcaacaaactcagataaaaaatgtttatgtggaagtttaatgttaa 37204791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 69 - 262
Target Start/End: Original strand, 3839142 - 3839335
Alignment:
Q  69 tgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgttt-atgtggatgtttaatgttaagttgttttgtccaacttcattgctatcaaaactaa 167  Q
    ||||| ||||||||| |||||| ||||||| | |||| |||||| ||||||| |||||||||||||||| |  ||  || ||||  |||  ||||| ||     
T  3839142 tgcactattatcctattttcattaaactcatt-aaaaggtgttttatgtggaggtttaatgttaagttggtaagttaaatttcaccgctcacaaaagtag 3839240  T
Q  168 ggtttgtaggtgttttattcggtcttgattcaaaacaaaattggccaattgcttgatttgtaatattgttgatcaaatgtttatatgtaaaatta 262  Q
    ||||| ||||| | |||||| |  ||||||  |||||||||||  | |||||||||||| |||| |||||||| |||| ||| | ||||||||||    
T  3839241 ggtttataggtttattattcagctttgatttgaaacaaaattgatcgattgcttgatttataatgttgttgatgaaatatttttctgtaaaatta 3839335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 51 - 136
Target Start/End: Original strand, 30053685 - 30053770
Alignment:
Q  51 tttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttg 136  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||||  || || ||||||||||||| |||| ||| |||||||||||| || || |||||||    
T  30053685 tttaagtcataaaatatatgcaccattattatatttccatcaaactcaattaaaaagtgcttatgtggatgtgtattgctaagttg 30053770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 39 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 32450506 - 32450394
Alignment:
Q  39 ataaattggtgatttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttgtt 138  Q
    |||||||| | ||||| |||| ||||||  |||| ||||||| || |||||||||||||  | |||| || ||||||| || |||||||||||||||| |    
T  32450506 ataaattgatcatttaagtcagaaaatacatgcatcattatcttattttcatcaaactcggttaaaaggtatttatgtagacgtttaatgttaagttgat 32450407  T
Q  139 ttgtccaacttca 151  Q
    |||| ||| ||||    
T  32450406 ttgttcaaattca 32450394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 190 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 44594422 - 44594342
Alignment:
Q  190 tcttgattcaaaacaaaattggccaattgcttgatttgtaatattgttgatcaaatgtttatatgtaaaattaaacttgaa 270  Q
    |||||||| ||||||||||||  | |||  || |||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||    
T  44594422 tcttgatttaaaacaaaattgatcgatttattaatttataatattgttgatgaaatgtttatttgtaaaattagacttgaa 44594342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 85 - 132
Target Start/End: Original strand, 19048529 - 19048576
Alignment:
Q  85 tttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaa 132  Q
    |||||||||||||||| |||| |||||||||| || ||||||||||||    
T  19048529 tttcatcaaactcaattaaaaagtgtttatgtcgacgtttaatgttaa 19048576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 128; Significance: 7e-66; HSPs: 19)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 7e-66
Query Start/End: Original strand, 39 - 364
Target Start/End: Original strand, 5750578 - 5750904
Alignment:
Q  39 ataaattggtgatttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttgtt 138  Q
    |||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||| |    
T  5750578 ataaattggtcatttaagtaataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaaagtgtttgtatggatgtttaatgttaagttggt 5750677  T
Q  139 ttgtccaacttcattgctatcaaaactaaggtttgtaggtgttttattcggtcttgattcaaaacaaaattggccaattgcttgatttgtaatattgttg 238  Q
    |||||||| || |||||| |||||||||| | |  ||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||  | ||| |||||||| |||||||||||    
T  5750678 ttgtccaaattaattgctctcaaaactaaagctcataggtgtgttattctgtcttgattc-aaacaaaattgatcgattacttgatttataatattgttg 5750776  T
Q  239 atcaaatgtttatatgtaaaattaaacttgaaatnnnnnnncaaga--aataaaatttgtataagtaatcgtgtttgatgtcataaacacttatggacct 336  Q
    || |||| | ||||| | ||||||  ||||||||       |||||  || ||||| ||||||| ||||| |||| | |||||||| ||||| |||| |     
T  5750777 ataaaatatctatatatgaaattaggcttgaaattcaaaaacaagaagaagaaaatgtgtataaataatcatgttggttgtcataagcacttttggatcc 5750876  T
Q  337 accatcttaatgttaaatggtctataag 364  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  5750877 accatcttaatgttaaaaggtttataag 5750904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 39 - 364
Target Start/End: Original strand, 56094117 - 56094446
Alignment:
Q  39 ataaattggtgatttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatg--tgtttatgtggatgtttaatgttaagttg 136  Q
    |||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  56094117 ataaattggtcatttaagttataaaataattgcaccattatcctaatttcatcaaactaagtcaaaaaaaatgtttgtgtggatgtttaatgttaagttg 56094216  T
Q  137 ttttgtccaacttcattgctatcaaaactaaggtttgtaggtgttttattcggtcttgattcaaaacaaaattggccaattgcttgatttgtaatattgt 236  Q
     ||||||||| |||| |||| |||||||||  | |  ||| ||| |||||||||||| |||||||| ||||||| || ||| |||||||| |||| ||||    
T  56094217 atttgtccaaattcactgctctcaaaactagtgctcatagatgtgttattcggtctttattcaaaataaaattgacctattacttgatttataatgttgt 56094316  T
Q  237 tgatcaaatgtttatatgtaaaattaaacttgaaat--nnnnnnncaagaaataaaatttgtataagtaatcgtgtttgatgtcataaacacttatggac 334  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||  ||| || |          |||||  ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||    
T  56094317 tgatcaaatatttatctgtaaaattaggcttaaattcaaaaataagaagaagaaaaatgtgtataagtaatcatgtttgatgtcataaacacttttgaac 56094416  T
Q  335 ctaccatcttaatgttaaatggtctataag 364  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56094417 ctaccatcttaatgttaaatggtctataag 56094446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 51 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 867812 - 867496
Alignment:
Q  51 tttatgtcataaaatatttgcaccatta----tcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttgttttgtccaa 146  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||    |||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||  |||||||||    
T  867812 tttaagtcataaaatatttgcatcattaattgtcctaatttcatcaaacttaatcaaaaagtgtttacgtggatgtttactgttaagttagtttgtccaa 867713  T
Q  147 cttcattgctatcaaaactaaggtttgtaggtgttttattcggtcttgattcaaaacaaaattggccaattgcttgatttgtaatattgttgatcaaatg 246  Q
     ||||||  |||||||| ||  | |  ||   || |||||||||||||||||||||||||| || || |||  ||||||| ||||||||||||||||||     
T  867712 attcatttatatcaaaagtagagctcataatagtgttattcggtcttgattcaaaacaaaaatgaccgattatttgatttataatattgttgatcaaata 867613  T
Q  247 tttatatgtaaaattaaacttgaaatnnnnnnncaaga--aataaaatttgtataagtaatcgtgtttgatgtcataaacacttatggacctaccatctt 344  Q
    |   ||||||||||||  ||||||||       |||||  |  ||||| | ||||||||||| |||||||||||||||  | || || ||||||||||||    
T  867612 t---tatgtaaaattaggcttgaaattcaaaaacaagaagaggaaaatgtttataagtaatcatgtttgatgtcataagtatttttgaacctaccatctt 867516  T
Q  345 -aatgttaaatggtctataa 363  Q
     |||||||||| ||||||||    
T  867515 aaatgttaaatagtctataa 867496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 175 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 42679405 - 42679216
Alignment:
Q  175 aggtgttttattcggtcttgattcaaaacaaaattggccaattgcttgatttgtaatattgttgatcaaatgtttatatgtaaaattaaacttgaaatnn 274  Q
    |||||| |||| |||| ||||||||||||||||||| || ||| |||||||| |||  |||| |||||||| ||||| ||||||||||  |||||| |      
T  42679405 aggtgtgttatacggttttgattcaaaacaaaattgaccgattacttgatttataacgttgtcgatcaaatatttatctgtaaaattaggcttgaattca 42679306  T
Q  275 nnnnnca--agaaataaaatttgtataagtaatcgtgtttgatgtcataaacacttatggacctaccatcttaatgttaaatggtctataa 363  Q
          |  ||||| ||||| |||||| |||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  42679305 aaaataataagaaa-aaaatatgtatacgtaatcatgtttgatgttataaacacttttggacctactatcttaatgttaaatggtctataa 42679216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 39 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 24195197 - 24194912
Alignment:
Q  39 ataaattggtgatttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttgtt 138  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||  ||||||||||  || |||| ||||||||| | |||| ||||||||||| | |||| ||||||||||| |    
T  24195197 ataaattggtcatttaagtcataaaatatcggcaccattattatattttcttcaaactcagttaaaaagtgtttatgtgaacgtttgatgttaagttggt 24195098  T
Q  139 ttgtccaacttcattgctatcaaaactaaggtttgtaggtgttttattcggtcttgattcaaaacaaaattggccaattgcttgatttgtaatattgttg 238  Q
     ||||||| |||||  || |||||| || ||||   | |||| |||||| ||||||| |  |||||||||||   |||| ||| |||| |||||| ||||    
T  24195097 atgtccaatttcatcactctcaaaattagggttcaaaagtgtgttattcagtcttgacttgaaacaaaattgattaattacttaatttataatatcgttg 24194998  T
Q  239 atcaaatgtttatatgtaaaattaaacttgaaatnnnnnnncaagaaataaaatttgtataagtaatcgtgtttgatgtcataaacactt 328  Q
    || | || ||||| ||||||||||| |||||| |        ||| || ||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  24194997 attatatatttat-tgtaaaattaagcttgaattcaaatt--aag-aagaaaatgtgtgtaagtaatcatgtttgatgtcataaacactt 24194912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 57 - 132
Target Start/End: Original strand, 48546775 - 48546850
Alignment:
Q  57 tcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaa 132  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | | |||| ||||||||||||| |||| |||||||    
T  48546775 tcataaaatatttgcaccattatcctattttcatcaaacttagttaaaaagtgtttatgtggacgtttgatgttaa 48546850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 158 - 270
Target Start/End: Original strand, 600478 - 600590
Alignment:
Q  158 tcaaaactaaggtttgtaggtgttttattcggtcttgattcaaaacaaaattggccaattgcttgatttgtaatattgttgatcaaatgtttatatgtaa 257  Q
    ||||||||||||||  || |||| |||||   |||| ||| |||||||||  |  | ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  600478 tcaaaactaaggttcataagtgtattatttaatcttaatttaaaacaaaaacgttcgattacttgatttgtaatattgttgatgaaatgtttatatgtaa 600577  T
Q  258 aattaaacttgaa 270  Q
    |||||| ||||||    
T  600578 aattaagcttgaa 600590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 56 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 18521540 - 18521332
Alignment:
Q  56 gtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgttta--atgttaagttgttttgtccaacttcatt 153  Q
    |||||||||||| ||||||| |||| || |||||| |||||||| | ||| || |||| ||||  |||||  |||||||||||   ||||| | ||||      
T  18521540 gtcataaaatatatgcaccactatcttattttcattaaactcaaccgaaaagtctttaggtgggcgtttaatatgttaagttgacatgtcctagttcagg 18521441  T
Q  154 gctatcaaaactaaggtttgtaggtgttttattcggtcttgattcaaaacaaaattggccaattgcttgatttgtaatattgttgatcaaatgtttatat 253  Q
    ||| ||||||||| ||||   | |||| ||||||| ||||||||  |||||||||||   |  | |||||||| |||||||||||||  ||| ||||| |    
T  18521440 gctctcaaaactatggttcacatgtgtgttattcgatcttgatttgaaacaaaattgataatatacttgatttataatattgttgatggaatatttattt 18521341  T
Q  254 gtaaaatta 262  Q
    |||||||||    
T  18521340 gtaaaatta 18521332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 285 - 363
Target Start/End: Original strand, 48827713 - 48827790
Alignment:
Q  285 aataaaatttgtataagtaatcgtgtttgatgtcataaacacttatggacctaccatcttaatgttaaatggtctataa 363  Q
    |||||||| || |||||||||| |||| |||||||||||||||| || | ||||||||| || |||||||||| |||||    
T  48827713 aataaaatgtgcataagtaatcatgtt-gatgtcataaacacttttgaagctaccatctcaacgttaaatggtttataa 48827790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 302 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 25857033 - 25856972
Alignment:
Q  302 taatcgtgtttgatgtcataaacacttatggacctaccatcttaatgttaaatggtctataa 363  Q
    ||||| |||||||||||||||||| || |||| |||||| || |||||||||||||| ||||    
T  25857033 taatcatgtttgatgtcataaacatttttggatctaccacctcaatgttaaatggtccataa 25856972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 89 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 22097384 - 22097212
Alignment:
Q  89 atcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttgttttgtccaacttcattgctatcaaaactaaggtttgtaggtgttttattcg 188  Q
    ||||||||||||||||| | |||| ||||||   ||||| ||||||   | ||||||| || ||| || ||||||||||||||  ||||||| | ||||     
T  22097384 atcaaactcaatcaaaaagcgtttgtgtggaaacttaattttaagtcagtatgtccaaatttattcctctcaaaactaaggttgataggtgtatcattca 22097285  T
Q  189 gtcttgattcaaaa-caaaattggccaattgcttgatttgtaatattgttgatcaaatgtttatatgtaaaatta 262  Q
    ||||||||| |||| | ||||||  | ||| |||||  | ||||||||||||| |||| ||||| | ||||||||    
T  22097284 gtcttgatttaaaagcgaaattgttcgattacttga--tataatattgttgatgaaatatttatctttaaaatta 22097212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 51 - 97
Target Start/End: Original strand, 24273919 - 24273965
Alignment:
Q  51 tttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactc 97  Q
    |||| |||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||    
T  24273919 tttaagtcataaaatatctgcatcattatcctattttcatcaaactc 24273965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 298 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 13204859 - 13204802
Alignment:
Q  298 taagtaatcgtgtttgatgtcataaacacttatggacctaccatcttaatgttaaatg 355  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||| |  | |||||||||||    
T  13204859 taagtaattatgtttgatgtcataaacacttatgaacctactacttcaatgttaaatg 13204802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 121 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 35293108 - 35292995
Alignment:
Q  121 gtttaatgttaagttgttttgtccaacttcattgctatcaaaactaaggtttgtaggtgttttattcggtcttgattcaaaacaaaattggccaattgct 220  Q
    |||||||||||||||| | |||| || ||||| ||| |||||| || ||||  ||  ||| |||||| |||||||||  |||||||||||  | ||| ||    
T  35293108 gtttaatgttaagttggtatgtctaaattcatcgctctcaaaattagggttcataaatgtattattcagtcttgatttgaaacaaaattgatcgattact 35293009  T
Q  221 tgatttgtaatatt 234  Q
    |||||| |||||||    
T  35293008 tgatttataatatt 35292995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 189 - 262
Target Start/End: Original strand, 40549334 - 40549407
Alignment:
Q  189 gtcttgattcaaaacaaaattggccaattgcttgatttgtaatattgttgatcaaatgtttatatgtaaaatta 262  Q
    ||||||||| ||||| ||||||  | ||| ||||| || ||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||    
T  40549334 gtcttgatttaaaacgaaattgatcgattacttgacttataatattgttgataaaatatttatttgtaaaatta 40549407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 310 - 363
Target Start/End: Original strand, 15831884 - 15831939
Alignment:
Q  310 tttgatgtcataaacacttatggacc--taccatcttaatgttaaatggtctataa 363  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||  ||||| || ||| |||||||||||||||    
T  15831884 tttgatgtcataaacacttttggacctataccacctcaatattaaatggtctataa 15831939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 102 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 23480707 - 23480643
Alignment:
Q  102 aaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttgttttgtccaacttcattgctatcaaaacta 166  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |  || ||| |||| |||| |||||||||    
T  23480707 aaaaagtgtttatgttgatgtttaatgttaagttggtgggttcaaattcactgctctcaaaacta 23480643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 452 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 40986154 - 40986114
Alignment:
Q  452 actaaagtatactttttaaacttggtcccctcgatgtttaa 492  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  40986154 actagagtatacattttaaacttggtcccctcgttgtttaa 40986114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 298 - 362
Target Start/End: Original strand, 48547012 - 48547076
Alignment:
Q  298 taagtaatcgtgtttgatgtcataaacacttatggacctaccatcttaatgttaaatggtctata 362  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||| | |||| ||| || || |||||||||| |||||||    
T  48547012 taagttatcatgtttgatgtcataaacacatttggagctatcacctcaatgttaaatagtctata 48547076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 114; Significance: 2e-57; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 39 - 364
Target Start/End: Original strand, 16600316 - 16600646
Alignment:
Q  39 ataaattggtgatttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttgtt 138  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  16600316 ataaattggtcatttaagtcataaaatatttgcaccattatcctaatttaatcaaactaagtcaaaaagtgtttatgtggatgtttaatgttaagtttat 16600415  T
Q  139 ttgtccaacttcattgctatcaaaactaaggtttgtaggtgttttattcggtcttgattcaaaacaaaattggccaattgcttgatttgtaatattgttg 238  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||  | |  ||||| | ||||||| ||||||||||||| ||||||  || ||| ||||| || |||| | ||||    
T  16600416 ttgtccaagttcattgctctcaaaactagtgctcataggtctgttattcgctcttgattcaaaataaaatttaccgattacttgaattataatgtggttg 16600515  T
Q  239 atcaaatgtttatatgtaaaattaaacttg-----aaatnnnnnnncaagaaataaaatttgtataagtaatcgtgtttgatgtcataaacacttatgga 333  Q
    ||||||| ||| | ||||||||||  ||||     |||         || ||  ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |    
T  16600516 atcaaatatttgtctgtaaaattaggcttgaattcaaaaataaaataaaaaagaaaaatgtgtataagtaatcatgtttgatgtcataaacacttttgaa 16600615  T
Q  334 cctaccatcttaatgttaaatggtctataag 364  Q
    |||| ||||||||||| ||| ||||||||||    
T  16600616 cctatcatcttaatgtcaaagggtctataag 16600646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 58 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 33401801 - 33401528
Alignment:
Q  58 cataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttgttttgtccaacttcattgcta 157  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| || ||||||     
T  33401801 cataaaatatttgcactattatcctagtttcattaaattcgatcaaaaagtgtttatgtggatgtttaatgttaacttggtttgtccaaattaattgctc 33401702  T
Q  158 tcaaaactaaggtttgtaggtgttttattcggtcttgattcaaaacaaaattggccaattgcttgatttgtaatattgttgatcaaatgtttatatgtaa 257  Q
    |||||||||  | |  || ||||       | ||||||||||||||||||||| |  ||| | |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  33401701 tcaaaactagaggtcatatgtgt-------gttcttgattcaaaacaaaattgacggattacgtgatttataatattgttgatcaaatatttatatgtaa 33401609  T
Q  258 aattaaacttgaaatnnnnnnncaagaaataaaatttgtataagtaatcgtgtttgatgtcataaacacttatggacctacc 339  Q
    |||||  ||||||||       ||| ||| ||||| | |  |||||||| ||||||||||||||| || || ||||||||||    
T  33401608 aattaggcttgaaattcaaaaacaa-aaagaaaatgttttcaagtaatcatgtttgatgtcataagcatttttggacctacc 33401528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 39 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 27499559 - 27499493
Alignment:
Q  39 ataaattggtgatttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaa 105  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||| || |||||||||||||||| ||||    
T  27499559 ataaattggtcatttatgtcataaaatatttacaccactatcttattttcatcaaactcaattaaaa 27499493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 39 - 132
Target Start/End: Original strand, 932481 - 932574
Alignment:
Q  39 ataaattggtgatttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaa 132  Q
    ||||||||||  ||||  |||||||||||||| | ||||||| |  ||||||||||||| || ||||  |||||||||||  ||||||||||||    
T  932481 ataaattggtcctttaaatcataaaatatttgaatcattatcttgttttcatcaaactcgattaaaaattgtttatgtgggcgtttaatgttaa 932574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 301 - 357
Target Start/End: Original strand, 994890 - 994946
Alignment:
Q  301 gtaatcgtgtttgatgtcataaacacttatggacctaccatcttaatgttaaatggt 357  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||  | |||||||||||||    
T  994890 gtaatcatgtttgatgtcataaacacttttgaacctaccacatcaatgttaaatggt 994946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 57 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 5474219 - 5474145
Alignment:
Q  57 tcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgtta 131  Q
    ||||||||||| |||| ||| |||||| |||||||||||| | | |||| ||||||||||| |  ||||||||||    
T  5474219 tcataaaatatatgcatcatcatcctattttcatcaaacttagttaaaaagtgtttatgtgcacatttaatgtta 5474145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 51 - 136
Target Start/End: Original strand, 8822257 - 8822342
Alignment:
Q  51 tttatgtcataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagttg 136  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||| ||  |||||| |||||| || |||| ||||| || |||  |||||||| |||||||    
T  8822257 tttacgtcataaaatatttgcatcattattctcttttcattaaactctattaaaaagtgttcatatggtcgtttaatgctaagttg 8822342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 58 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 12920629 - 12920552
Alignment:
Q  58 cataaaatatttgcaccattatcctaatttcatcaaactcaatcaaaatgtgtttatgtggatgtttaatgttaagtt 135  Q
    |||||||||| |||| |||||||||  ||  |||||||||| | ||||  |||||||||||||||||| || ||||||    
T  12920629 cataaaatatatgcatcattatcctctttctatcaaactcagttaaaaattgtttatgtggatgtttattgctaagtt 12920552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University