View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15005_high_7 (Length: 364)

Name: NF15005_high_7
Description: NF15005
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15005_high_7
NF15005_high_7
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (12-364)||(51120811-51121163)
chr3 (93-354)||(51113780-51114041)
chr3 (28-269)||(13470666-13470907)
chr3 (28-277)||(51764374-51764623)
chr3 (114-181)||(27005792-27005859)
chr3 (98-152)||(1657292-1657346)
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (93-270)||(18315272-18315449)
chr8 (96-276)||(27922425-27922605)
chr8 (27-201)||(34936096-34936270)
chr8 (95-275)||(17636402-17636581)
chr8 (76-305)||(21235446-21235675)
chr8 (93-201)||(32151293-32151401)
chr8 (14-206)||(28246215-28246405)
chr8 (115-156)||(17628035-17628076)
chr8 (96-151)||(17643598-17643653)
[»] chr4 (33 HSPs)
chr4 (93-284)||(546822-547013)
chr4 (27-360)||(553312-553645)
chr4 (76-305)||(570239-570468)
chr4 (91-329)||(1524483-1524718)
chr4 (28-201)||(3438500-3438672)
chr4 (94-205)||(8187091-8187202)
chr4 (93-205)||(1548423-1548535)
chr4 (28-360)||(7225817-7226149)
chr4 (95-270)||(12121458-12121633)
chr4 (94-201)||(1513407-1513514)
chr4 (95-198)||(8184031-8184134)
chr4 (90-201)||(1537763-1537874)
chr4 (35-270)||(55908669-55908904)
chr4 (124-201)||(1508033-1508110)
chr4 (28-360)||(640748-641080)
chr4 (96-200)||(7307853-7307957)
chr4 (94-289)||(1489361-1489556)
chr4 (28-159)||(1600453-1600584)
chr4 (75-196)||(532186-532307)
chr4 (95-155)||(1519143-1519203)
chr4 (224-360)||(55505235-55505371)
chr4 (96-187)||(1545779-1545870)
chr4 (93-200)||(1552766-1552873)
chr4 (28-202)||(53761706-53761878)
chr4 (149-290)||(558401-558542)
chr4 (29-166)||(659736-659873)
chr4 (95-159)||(12116576-12116640)
chr4 (238-355)||(1545611-1545728)
chr4 (121-205)||(55505135-55505219)
chr4 (235-282)||(644742-644789)
chr4 (147-205)||(12123423-12123481)
chr4 (143-200)||(566182-566239)
chr4 (238-270)||(53761913-53761945)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (27-360)||(45245018-45245351)
chr2 (28-270)||(1037598-1037840)
chr2 (95-198)||(32785773-32785876)
[»] chr6 (27 HSPs)
chr6 (73-277)||(6394780-6394984)
chr6 (28-276)||(6432078-6432326)
chr6 (28-198)||(6402855-6403025)
chr6 (28-276)||(7119074-7119322)
chr6 (28-277)||(6594540-6594789)
chr6 (28-276)||(7131552-7131800)
chr6 (14-186)||(6585157-6585329)
chr6 (81-185)||(12102274-12102378)
chr6 (91-201)||(6409998-6410108)
chr6 (72-269)||(14820617-14820814)
chr6 (14-206)||(11936195-11936387)
chr6 (14-206)||(11948175-11948367)
chr6 (96-277)||(6423133-6423314)
chr6 (91-269)||(14818306-14818484)
chr6 (91-270)||(6415889-6416068)
chr6 (122-276)||(6603230-6603384)
chr6 (14-201)||(7994102-7994289)
chr6 (92-201)||(9411347-9411456)
chr6 (121-201)||(19632431-19632511)
chr6 (93-268)||(6589322-6589497)
chr6 (100-198)||(14802331-14802429)
chr6 (119-198)||(10579761-10579840)
chr6 (96-159)||(28935083-28935146)
chr6 (73-203)||(6426501-6426631)
chr6 (233-270)||(28934972-28935009)
chr6 (238-266)||(7994326-7994354)
chr6 (238-270)||(10579881-10579913)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (29-206)||(32267462-32267636)
chr5 (28-205)||(41889488-41889665)
chr5 (101-276)||(41901542-41901717)
chr5 (101-201)||(37937879-37937979)
chr5 (100-198)||(38267562-38267660)
chr5 (119-201)||(20478107-20478189)
chr5 (224-265)||(17205527-17205568)
chr5 (235-277)||(20478223-20478265)
chr5 (151-204)||(12845582-12845635)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (28-294)||(15092085-15092351)
chr7 (14-156)||(7977615-7977757)
chr7 (28-277)||(10614509-10614758)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (73-277)||(19468478-19468682)
chr1 (96-192)||(52082582-52082678)
chr1 (127-266)||(7554415-7554554)
chr1 (175-290)||(29719004-29719119)
chr1 (96-194)||(52092776-52092874)
[»] scaffold0295 (1 HSPs)
scaffold0295 (73-194)||(603-724)
[»] scaffold0041 (1 HSPs)
scaffold0041 (121-200)||(39177-39256)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 345; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 345; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 364
Target Start/End: Original strand, 51120811 - 51121163
Alignment:
Q  12 caaaggtattggttgtgttttatggagatgttgtaacattagacacttgaacttgaccggttgttcaagagtgaaaccgcatggaatgaactttgaagtt 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  51120811 caaaggtattggttgtgttttatggagatgttgtaacattagacacttgaacttcaccggttgttcaagagtgaaactgcatggaatgaactttgaagtt 51120910  T
Q  112 ctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaattgtctctag 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51120911 ctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaattgtctctag 51121010  T
Q  212 aaagctgtttgtatgtcacacaaaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacaattgagagtgatcaacttgaggtattgctataaagtccatgc 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51121011 aaagctgtttgtatgtcacacaaaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacaattgagagtgatcaacttgaggtattgctataaagtccatgc 51121110  T
Q  312 tgattttgttgcctcaatagtcttttcaaggtcatcgttgagaaagatatttg 364  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51121111 tgattttgttgcctcaatagtcttttcaaggtcatcgttgagaaagatatttg 51121163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 93 - 354
Target Start/End: Original strand, 51113780 - 51114041
Alignment:
Q  93 tggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtggg 192  Q
    ||||||||||||||||| || |||| ||||||||||  |||||||  ||||||  ||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||| |||||    
T  51113780 tggaatgaactttgaagctcccaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtggg 51113879  T
Q  193 cttttgcaattgtctctagaaagctgtttgtatgtcacacaaaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacaattgagagtgatcaacttgaggt 292  Q
    ||||||||| |||  ||  |||  ||||   |||||||| | || |||||||| |||||||||||||| |||||| || | |||| ||| || || | |     
T  51113880 cttttgcaactgttactgaaaaattgttaccatgtcacagagaagggagtgaagcatgtggtagaaaaatgcacaaaactaagagagattaatttaaagg 51113979  T
Q  293 attgctataaagtccatgctgattttgttgcctcaatagtcttttcaaggtcatcgttgaga 354  Q
     ||| | |||||| |||||| ||||||||||||||||  | ||||||||| |||| ||||||    
T  51113980 gttgttttaaagtgcatgctaattttgttgcctcaatgatattttcaaggccatcattgaga 51114041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 28 - 269
Target Start/End: Original strand, 13470666 - 13470907
Alignment:
Q  28 gttttatggagatgttgtaacattagacacttgaacttgaccggttgttcaagagtgaaaccgcatggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgt 127  Q
    |||||| ||| ||||||||| ||||| || ||||||||  ||  ||||  || |||||| |  | ||||||||||||||  |||| |||  |||||||||    
T  13470666 gttttaaggatatgttgtaagattaggcatttgaacttagcctattgtaaaaaagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcccaatctggaggtgt 13470765  T
Q  128 tgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaattgtctctagaaagctgtttgtatgt 227  Q
    ||||||||||  ||||||  ||| ||||| ||| ||| ||| | |||||||||| |||| |||||||||||||| | |  || |||   |||    ||||    
T  13470766 tgaacttgtcaaatacaaaggttaatgataaaacactctatatgatctcaaagaattgttgtgggcttttgcaactattacttgaactttgtcataatgt 13470865  T
Q  228 cacacaaaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacaca 269  Q
    |||| || | |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  13470866 cacagaagagggagtgaaacatgtggtagagaactgcacaca 13470907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 28 - 277
Target Start/End: Original strand, 51764374 - 51764623
Alignment:
Q  28 gttttatggagatgttgtaacattagacacttgaacttgaccggttgttcaagagtgaaaccgcatggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgt 127  Q
    |||||| ||||||||| ||| ||||| || |||||| |  |||  |||||||||||||| |  | |||||||||||||| |||||  ||  |||||||||    
T  51764374 gttttaaggagatgttctaagattaggcatttgaacctatccgaatgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgcagttccgaagctggaggtgt 51764473  T
Q  128 tgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaattgtctctagaaagctgtttgtatgt 227  Q
    |  |||||||   ||||| |||||||||| ||| ||| ||||  |||||||||| |||| | |||||||||||| | |  || |||   |||    ||||    
T  51764474 tagacttgtcatttacaaaagttgatgataaaacactctatgcgatctcaaagaattgttgcgggcttttgcaactattactggaacattgtgataatgt 51764573  T
Q  228 cacacaaaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacaattgagag 277  Q
    ||   | || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  51764574 caaggagaagggagtgaaacatgtggttgaaaactgcacacaattgagag 51764623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 114 - 181
Target Start/End: Original strand, 27005792 - 27005859
Alignment:
Q  114 caaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaaga 181  Q
    |||| ||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||| ||  || ||| ||||||||||||||||    
T  27005792 caaactggaggtcttgaacttgtcacatacaagaattgataatacaacactttatgtaatctcaaaga 27005859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 98 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 1657346 - 1657292
Alignment:
Q  98 tgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttga 152  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||   ||||||||||||    
T  1657346 tgaactttgaagttcccaaactggaggtgttggacttgtcatttacaagagttga 1657292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 78; Significance: 3e-36; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 93 - 270
Target Start/End: Original strand, 18315272 - 18315449
Alignment:
Q  93 tggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtggg 192  Q
    ||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||  ||| ||||| |||||||||||||||||| ||    
T  18315272 tggaatgaactttaaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaaaagttgatgatgaagcactctatgtgatctcaaagagttgtcgtagg 18315371  T
Q  193 cttttgcaattgtctctagaaagctgtttgtatgtcacacaaaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacaa 270  Q
    ||||||||| |||   | ||| ||||||   |||||||| | |||||||  ||  |||||||||||||||||||||||    
T  18315372 cttttgcaactgttattggaacgctgttgtgatgtcacagagaaaggagaaaagtatgtggtagaaaactgcacacaa 18315449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 96 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 27922605 - 27922425
Alignment:
Q  96 aatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggctt 195  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||  ||||||||||||  ||| ||| | ||||||||||||||| ||||||||    
T  27922605 aatgaactttgaagttcccaaattggaggtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgatgaagcactttatatgatctcaaagagttgttgtgggctt 27922506  T
Q  196 ttgcaattgtctctagaaagctgtttgtatgtcacacaaaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacaattgaga 276  Q
    ||| ||||||| || ||||  |||    || ||||| | || |||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  27922505 ttgaaattgtcacttgaaaattgtaatgatttcacaaagaagggagtgaaccatgtggtagaaaactgcactcaactgaga 27922425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 27 - 201
Target Start/End: Original strand, 34936096 - 34936270
Alignment:
Q  27 tgttttatggagatgttgtaacattagacacttgaacttgaccggttgttcaagagtgaaaccgcatggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtg 126  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||| ||| |||||||| |||||| |  ||  |||||| |||||| ||||  ||| | ||||||    
T  34936096 tgttttaaggagatgttgtgacattagacatttgtacttggccgattgttcaaaagtgaaccttcacagaatgatctttgatgttccaaaactagaggtg 34936195  T
Q  127 ttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaa 201  Q
    ||| |||||||  ||||||||||||||||| ||| ||| ||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  34936196 ttggacttgtcatatacaagagttgatgataaaacactctatgccatcgcaaagagttgtcgtgggcttttgcaa 34936270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 95 - 275
Target Start/End: Original strand, 17636402 - 17636581
Alignment:
Q  95 gaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggct 194  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||| ||||||  | | ||||| |||||||||||||||| | | ||    
T  17636402 gaatgaactttgaagttcccaaattggaggtgttgaacttgtcacaaacaggagttgacgatgaagcattgtatgtgatctcaaagagttgtcttagact 17636501  T
Q  195 tttgcaattgtctctagaaagctgtttgtatgtcacacaaaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacaattgag 275  Q
    |||||||||||| || |||   ||| |  |||||||  | ||||||||||  |||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  17636502 tttgcaattgtcacttgaatattgtgttaatgtcac-gagaaaggagtgaggcatgtgctagaaaattgcacacaattgag 17636581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 76 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 21235675 - 21235446
Alignment:
Q  76 tcaagagtgaaaccgcatggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatct 175  Q
    |||| |||||||| |  |||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||  ||||| |||||||| | ||| |||| ||| | || |    
T  21235675 tcaaaagtgaaactgtgtggagtgaactttgaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcatatacaggagttgataacgaagaactctatttgattt 21235576  T
Q  176 caaagagttgtcgtgggcttttgcaattgtctctagaaagctgtttgtatgtcacacaaaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacaattgag 275  Q
    ||||||| |||||  ||||||||||| |||  || ||    ||||  ||||||||  ||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  21235575 caaagagctgtcgcaggcttttgcaactgttacttgagcattgttattatgtcactaaaagaggcgtgaatcatgtggtagaaaactgcacacaactgag 21235476  T
Q  276 agtgatcaacttgaggtattgctataaagt 305  Q
     | |||||| |||| | | |||||||||||    
T  21235475 ggagatcaatttgaagaactgctataaagt 21235446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 93 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 32151401 - 32151293
Alignment:
Q  93 tggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtggg 192  Q
    |||||||||||| ||||||  |||  |||||||||| ||||||||   ||||||  |||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||| |||||    
T  32151401 tggaatgaacttcgaagtttccaatctggaggtgttaaacttgtcatgtacaaggtttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgtagtggg 32151302  T
Q  193 cttttgcaa 201  Q
    |||||||||    
T  32151301 cttttgcaa 32151293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 14 - 206
Target Start/End: Original strand, 28246215 - 28246405
Alignment:
Q  14 aaggtattggttgtgttttatggagatgttgtaacattagacacttgaacttgaccggttgttcaagagtgaaaccgcatggaatgaactttgaagttct 113  Q
    ||||||||| |  |||||||  || |||||||||||||||||| ||||| || ||  ||||||||||| |||| |  |||  | |||||||||||||||     
T  28246215 aaggtattgttcatgttttaatgatatgttgtaacattagacatttgaatttaactcgttgttcaagactgaagctacatacattgaactttgaagttcc 28246314  T
Q  114 caaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaattgtc 206  Q
    |||| ||||||||||| |||||||   ||||||||||||  || ||  ||| |||   ||||||||||||||| | |||||||||||| ||||    
T  28246315 caaactggaggtgttggacttgtcatttacaagagttga--ataaatcactctattggatctcaaagagttgtagcgggcttttgcaactgtc 28246405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 115 - 156
Target Start/End: Original strand, 17628035 - 17628076
Alignment:
Q  115 aaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgat 156  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  17628035 aaattggaggtgttgaacttgtcacatactagagttgatgat 17628076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 96 - 151
Target Start/End: Original strand, 17643598 - 17643653
Alignment:
Q  96 aatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttg 151  Q
    ||||||| ||| ||||| ||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||    
T  17643598 aatgaacgttggagttcccaaattggaggcgttgaacttgtcacaaacaagagttg 17643653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 72; Significance: 1e-32; HSPs: 33)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 93 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 547013 - 546822
Alignment:
Q  93 tggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtggg 192  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||| | |||||  ||  ||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||| |||||    
T  547013 tggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacgtacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtggg 546914  T
Q  193 cttttgcaattgtctctagaaagctgtttgtatgtcacacaaaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacaattgagagtgatcaa 284  Q
    |||||| ||||||  || |||   |||||  |||||||| | || ||||||||||||||| |||||||||||||| || | |||| ||||||    
T  546913 cttttggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaagggagtgaaacatgtgctagaaaactgcacaaaactaagagagatcaa 546822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 27 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 553645 - 553312
Alignment:
Q  27 tgttttatggagatgttgtaacattagacacttgaacttgaccggttgttcaagagtgaaaccgcatggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtg 126  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||| ||| | ||||||||||||||    | |  | |||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  553645 tgttttaaggacatgttgtaacattagacatttgaacttaacccgctgttcaagagtgaagttacgtacattgaactttaaagttctcaaactggaggtg 553546  T
Q  127 ttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaattgtctctagaaagctgtttgt-at 225  Q
    |||||||||||   |||||||||||||||||||  |||  |||| || ||||||||||||  ||||||||||||| ||| | | |     |  | || ||    
T  553545 ttgaacttgtcatttacaagagttgatgatgaagcacttaatgtgatttcaaagagttgttctgggcttttgcaactgt-tgttgttttattgtagtgat 553447  T
Q  226 gtcacacaaaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacaattgagagtgatcaacttgaggtattgctataaagtccatgctgattttgttgcct 325  Q
    |||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||| |||| | ||| ||  |||  ||||||| |||||  || |||||||||    
T  553446 gtcacagataaaggagtgaatcatgtggtagaaaactgcacacaacttagagagatcgatttggggggttgtgataaagtgcatgcaaatgttgttgcct 553347  T
Q  326 caatagtcttttcaaggtcatcgttgagaaagata 360  Q
    |||| ||   |||| || |||| ||||||||||||    
T  553346 caatggtacattcacggacatcattgagaaagata 553312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 76 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 570468 - 570239
Alignment:
Q  76 tcaagagtgaaaccgcatggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatct 175  Q
    |||| |||||||| || |||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||  ||||| |||||||| | ||| |||| ||| | || |    
T  570468 tcaaaagtgaaactgcgtggattgaactttgaagttctcaaactcgaggtgttgaacttgtcatatacaggagttgataacgaagaactctatctgattt 570369  T
Q  176 caaagagttgtcgtgggcttttgcaattgtctctagaaagctgtttgtatgtcacacaaaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacaattgag 275  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| |||  || ||    ||||  ||||| ||  ||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  570368 caaagagttgtcgcgggcttttgcaactgttacttgagcattgttattatgttactaaaagaggcgtgaatcatgtggtagaaaactgcacacaactgag 570269  T
Q  276 agtgatcaacttgaggtattgctataaagt 305  Q
     | |||||| |||| | | |||||||||||    
T  570268 ggagatcaatttgaagaactgctataaagt 570239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 91 - 329
Target Start/End: Original strand, 1524483 - 1524718
Alignment:
Q  91 catggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtg 190  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||| | |||||| ||||||||||||| ||| ||| | |||||| ||||||||||||    
T  1524483 catggaatgaactttgaagttcccaatttggaggtgttgaatttgtcacgtacaagtgttgatgatgaaacactctatatgatctcacagagttgtcgtg 1524582  T
Q  191 ggcttttgcaattgtctctagaaagctgtttgtatgtcacacaaaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacaattgagagtgatcaacttgag 290  Q
    ||||||||||| |||   ||    |  |||  ||||||||| | |  ||||||||  ||||| ||||||||||||||||| |||||| ||| || |||||    
T  1524583 ggcttttgcaactgt---tattgcgtagttgttatgtcacagagaggggagtgaattatgtgatagaaaactgcacacaactgagagagattaatttgag 1524679  T
Q  291 gtattgctataaagtccatgctgattttgttgcctcaat 329  Q
    |  ||| | |||||| ||||||   ||||||||||||||    
T  1524680 gggttgttgtaaagttcatgctagctttgttgcctcaat 1524718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 28 - 201
Target Start/End: Original strand, 3438500 - 3438672
Alignment:
Q  28 gttttatggagatgttgtaacattagacacttgaacttgaccggttgttcaagagtgaaaccgcatggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgt 127  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||  | ||||||| | |||||||   |  || |||||||||||| |||   ||||||||||| |    
T  3438500 gttttaaggagatgttgtaagattagacatttgaacttagctggttgtttaggagtgaatttgtgtgcaatgaactttgatgtttcaaaattggaggtat 3438599  T
Q  128 tgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaa 201  Q
    ||| |||||| |||||||||||||||||| ||| |||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  3438600 tgagcttgtcacatacaagagttgatgat-aaatactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaa 3438672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 94 - 205
Target Start/End: Original strand, 8187091 - 8187202
Alignment:
Q  94 ggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggc 193  Q
    ||||||||||||||| ||  |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||| |||| ||| |||||||||||| ||||||    
T  8187091 ggaatgaactttgaaatttccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagagttgatgataaaacactttatgcaatttcaaagagttgttgtgggc 8187190  T
Q  194 ttttgcaattgt 205  Q
    ||||||| ||||    
T  8187191 ttttgcagttgt 8187202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 93 - 205
Target Start/End: Original strand, 1548423 - 1548535
Alignment:
Q  93 tggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtggg 192  Q
    |||| ||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||| |||  |||| ||||||||||||||| |||||    
T  1548423 tggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgttgtggg 1548522  T
Q  193 cttttgcaattgt 205  Q
    |||||||| ||||    
T  1548523 cttttgcacttgt 1548535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 28 - 360
Target Start/End: Original strand, 7225817 - 7226149
Alignment:
Q  28 gttttatggagatgttgtaacattagacacttgaacttgaccggttgttcaagagtgaaaccgcatggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgt 127  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||  ||   ||| |||||||||| |  |     |||||||||||||||||| |||||||||| |    
T  7225817 gttttacggagatgttgtaagattagacatttgaacttatcctactgtccaagagtgaagctacgcaacatgaactttgaagttctcgaattggaggtct 7225916  T
Q  128 tgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaattgtctctagaaagctgtttgtatgt 227  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||  ||  |||   ||| || |||||||||||| |||| ||||||||| | |  || ||||| |||||  | ||    
T  7225917 tgaacttgtcacatacaagagttgatgacaaaggacttcgtgtgatatcaaagagttgttgtggacttttgcaactattactggaaagttgttttgaggt 7226016  T
Q  228 cacacaaaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacaattgagagtgatcaacttgaggtattgctataaagtccatgctgattttgttgcctca 327  Q
    |||  | || ||| |||| || ||||||||||||||||  ||| |||||| |||||| |||| | | |||  |  ||| || | |||| |||||||||||    
T  7226017 caccgagaagggattgaagcacgtggtagaaaactgcaagcaactgagagagatcaatttgaagaactgccgtggagtgcaaggtgatattgttgcctca 7226116  T
Q  328 atagtcttttcaaggtcatcgttgagaaagata 360  Q
    || || | ||||||| |||| ||||||||||||    
T  7226117 atggtttcttcaaggccatcattgagaaagata 7226149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 95 - 270
Target Start/End: Original strand, 12121458 - 12121633
Alignment:
Q  95 gaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggct 194  Q
    |||||||||||||||||| |||| | || ||||||||||||||  ||||||  ||||||||||||| ||| |  |||||||||||| |||| ||||||||    
T  12121458 gaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgatgaaacactctccgtaatctcaaagtgttgccgtgggct 12121557  T
Q  195 tttgcaattgtctctagaaagctgtttgtatgtcacacaaaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacaa 270  Q
    ||||||| | || || ||| | || || | ||||||| | |  |||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  12121558 tttgcaactctcactggaatggtgcttttttgtcacagagatgggagtgaagcatgtggtagaaaaatgcacacaa 12121633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 94 - 201
Target Start/End: Original strand, 1513407 - 1513514
Alignment:
Q  94 ggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggc 193  Q
    ||||||||||||||||||| |||| | || ||||||||||||||   |||||  ||||||||||||| ||| || |||||||||||| ||||||||||||    
T  1513407 ggaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatttacaaatgttgatgatgaaacactctacgtaatctcaaagtgttgtcgtgggc 1513506  T
Q  194 ttttgcaa 201  Q
    ||||||||    
T  1513507 ttttgcaa 1513514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 95 - 198
Target Start/End: Original strand, 8184031 - 8184134
Alignment:
Q  95 gaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggct 194  Q
    ||||||||||||||||||  ||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |  ||| |||| |||||||||||||||| |||||||    
T  8184031 gaatgaactttgaagttccgaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagagttgatgatatagcactctatgcaatctcaaagagttgttgtgggct 8184130  T
Q  195 tttg 198  Q
    ||||    
T  8184131 tttg 8184134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 90 - 201
Target Start/End: Original strand, 1537763 - 1537874
Alignment:
Q  90 gcatggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgt 189  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| | || ||||||||||||||  ||||||  ||| ||||  ||| ||| | ||||||||||||| ||||||||    
T  1537763 gcatggaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaaatgttaatgacaaaacactgtgtgtaatctcaaagtgttgtcgt 1537862  T
Q  190 gggcttttgcaa 201  Q
    ||||||||||||    
T  1537863 gggcttttgcaa 1537874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 35 - 270
Target Start/End: Original strand, 55908669 - 55908904
Alignment:
Q  35 ggagatgttgtaacattagacacttgaacttgaccggttgttcaagagtgaaaccgcatggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaactt 134  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||||| ||  ||   ||||||||||||||||  | | |||| |||||| ||||||   |||| |||||||| |||||    
T  55908669 ggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaactt 55908768  T
Q  135 gtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaattgtctctagaaagctgtttgtatgtcacacaa 234  Q
    ||| |||||| | ||||||||||||| ||| ||| | |||||||||| |||| |||||||||| ||| ||| ||| ||||  |||    | |||||| |     
T  55908769 gtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaagaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagag 55908868  T
Q  235 aaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacaa 270  Q
    || || ||||||||||| || |||||||||||||||    
T  55908869 aatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaa 55908904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 124 - 201
Target Start/End: Original strand, 1508033 - 1508110
Alignment:
Q  124 gtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaa 201  Q
    |||||||||||||| ||||| |  ||||||||||||| ||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  1508033 gtgttgaacttgtcacataccaatgttgatgatgaaacactgtgtgtaatctcaaagtgttgtcgtgggcttttgcaa 1508110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 28 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 641080 - 640748
Alignment:
Q  28 gttttatggagatgttgtaacattagacacttgaacttgaccggttgttcaagagtgaaaccgcatggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgt 127  Q
    |||||| ||| |||||||||  ||||||| ||||||||  ||||||||    |||| || |  | ||||||||| |||||| | |  | |||||||||||    
T  641080 gttttaaggatatgttgtaatgttagacatttgaacttagccggttgtgatggagtaaacctacttggaatgaaatttgaactaccaatattggaggtgt 640981  T
Q  128 tgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaattgtctctagaaagctgtttgtatgt 227  Q
    ||||||||||  ||||||  ||||||||||||| ||| || || | |||||||| ||| ||||| ||||||||  |||  || |||   |||   |||||    
T  640980 tgaacttgtcagatacaaacgttgatgatgaaacactctacgtgacctcaaagaattgccgtggtcttttgcatctgttactggaagattgtcattatgt 640881  T
Q  228 cacacaaaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacaattgagagtgatcaacttgaggtattgctataaagtccatgctgattttgttgcctca 327  Q
     ||| | || |||||||| ||||||||||||||||||| | |||| |||| | |||| || | |  |||  |||||||  ||||| || | |||| ||||    
T  640880 aacaaagaagggagtgaatcatgtggtagaaaactgcaaagaattaagagaggtcaatttaaagggttgtaataaagtgaatgctaatgtcgttgactca 640781  T
Q  328 atagtcttttcaaggtcatcgttgagaaagata 360  Q
    || || ||||||||| |||| ||||||||||||    
T  640780 atggtattttcaaggccatcattgagaaagata 640748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 96 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 7307957 - 7307853
Alignment:
Q  96 aatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggctt 195  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||  |||||  |||||||||||||  ||||  | | ||||||||||||||| || |||||    
T  7307957 aatgaactttaaagttcccaaattggaggtattgaacttgtcatatacagaagttgatgatgaagcactacgtatgatctcaaagagttgttgtaggctt 7307858  T
Q  196 ttgca 200  Q
    |||||    
T  7307857 ttgca 7307853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 94 - 289
Target Start/End: Original strand, 1489361 - 1489556
Alignment:
Q  94 ggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggc 193  Q
    ||||||||||||||||||| |||| | || ||||||||||||||  ||||||  ||| |  | |||| ||| | ||||||||||| | |||| |||||||    
T  1489361 ggaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaaatgttaacaacgaaacactgtgtgtaatctcaatgtgttgccgtgggc 1489460  T
Q  194 ttttgcaattgtctctagaaagctgtttgtatgtcacacaaaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacaattgagagtgatcaacttga 289  Q
    |||||||| | |  || ||| | |||||  |||||||| | || |||||||| |||||| ||||||| ||| ||||| | |||| |||||| ||||    
T  1489461 ttttgcaactcttactggaagggtgttttaatgtcacagagaagggagtgaagcatgtgctagaaaaatgcgcacaactaagagagatcaatttga 1489556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 28 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 1600584 - 1600453
Alignment:
Q  28 gttttatggagatgttgtaacattagacacttgaacttgaccggttgttcaagagtgaaaccgcatggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgt 127  Q
    |||||| |||||| || ||| |||||||| ||||||||  ||   ||||||| | |||| | ||  |||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  1600584 gttttaaggagattttctaaaattagacatttgaacttagcccagtgttcaataatgaagctgcgaggaatgaactttgaagttcttaaactggaggtgt 1600485  T
Q  128 tgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaa 159  Q
    ||||||||||  ||||||| ||||| ||||||    
T  1600484 tgaacttgtcatatacaagggttgacgatgaa 1600453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 75 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 532307 - 532186
Alignment:
Q  75 ttcaagagtgaaaccgcatggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatc 174  Q
    |||||||||||| |  | |||||||||||||||||| | |||  | |||||||||||||||||  ||||||   ||||||||||||| || ||||| | |    
T  532307 ttcaagagtgaatctacttggaatgaactttgaagtccccaagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaacattgatgatgaaaagctttatgtgacc 532208  T
Q  175 tcaaagagttgtcgtgggcttt 196  Q
    ||||||| |||||||| |||||    
T  532207 tcaaagaattgtcgtgagcttt 532186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 95 - 155
Target Start/End: Original strand, 1519143 - 1519203
Alignment:
Q  95 gaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatga 155  Q
    |||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  1519143 gaatgaactttgaagttcccaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagggttgatga 1519203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 224 - 360
Target Start/End: Original strand, 55505235 - 55505371
Alignment:
Q  224 atgtcacacaaaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacaattgagagtgatcaacttgaggtattgctataaagtccatgctgattttgttgc 323  Q
    |||||||| | || ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| | |||| |||||||||||    |||  ||||||| ||| ||  | ||||||     
T  55505235 atgtcacagagaagggagtgaaacacgtgttagaaaactgcacacaactaagagagatcaacttgaacggttgtgataaagtgcatactagtgttgttga 55505334  T
Q  324 ctcaatagtcttttcaaggtcatcgttgagaaagata 360  Q
    |||||| || ||||||||| |||| ||||||||||||    
T  55505335 ctcaatggtattttcaaggccatcattgagaaagata 55505371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 96 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 1545870 - 1545779
Alignment:
Q  96 aatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtc 187  Q
    |||||||||| ||||||  ||| |||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||| ||| ||| ||||  |||||| |||||    
T  1545870 aatgaactttaaagttcctaaactggaggtgttgaacttgttgtttacaagagttgatgatgaaacactttatataataacaaagaattgtc 1545779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 93 - 200
Target Start/End: Original strand, 1552766 - 1552873
Alignment:
Q  93 tggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtggg 192  Q
    |||| ||||||||||| ||| |||| |||| |||||||| ||||| |||||||   || ||||||||| |||  |||| || ||||||| ||||||||||    
T  1552766 tggactgaactttgaaattcccaaactggaagtgttgaatttgtcacatacaaatattaatgatgaaacactcaatgtgatatcaaagaattgtcgtggg 1552865  T
Q  193 cttttgca 200  Q
    ||||||||    
T  1552866 cttttgca 1552873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 28 - 202
Target Start/End: Original strand, 53761706 - 53761878
Alignment:
Q  28 gttttatggagatgttgtaacattagacacttgaacttgaccggttgttcaagagtgaaaccgcatggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgt 127  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||  |||  |||||||||||||| |    |||||||||||||| ||||| |||  | |||| ||    
T  53761706 gttttaaggagatgttgtaacattaggcatttgaacttagccgagtgttcaagagtgaagctaattggaatgaactttgtagttcccaagctagaggcgt 53761805  T
Q  128 tgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaat 202  Q
    ||||||||||   ||| | |||| | |||  |||||  | ||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  53761806 tgaacttgtcatttacgaaagttaacgat--aaaacactctgtgatctcgaagaattgtcgtgggcttttgcaat 53761878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 149 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 558542 - 558401
Alignment:
Q  149 ttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaattgtctctagaaagctgtttgtatgtcacacaaaaaggagtgaaaca 248  Q
    |||||||||||  |||  |||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||  ||   ||| | |  || ||| | ||||||||||| ||    
T  558542 ttgatgatgaagcactccatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttggaactgtatcttcaattttgtatttgcgttacagataaaggagtgaagca 558443  T
Q  249 tgtggtagaaaactgcacacaattgagagtgatcaacttgag 290  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||  ||||| |||||    
T  558442 tgtgctagaaaactgcacacaaatgagagaaatcaatttgag 558401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 29 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 659873 - 659736
Alignment:
Q  29 ttttatggagatgttgtaacattagacacttgaacttgaccggttgttcaagagtgaaaccgcatggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgtt 128  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| | || |||||  || | |||||||||| ||| |  |  | ||| || |||||||||| |||| | ||||||||    
T  659873 ttttaaggagatgttgtaacattagatatttaaacttagcctgctgttcaagagggaagctacgagtaataaattttgaagttcccaaactagaggtgtt 659774  T
Q  129 gaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactat 166  Q
    ||||||||| |||||||| ||| || |||||| |||||    
T  659773 gaacttgtcacatacaagtgttaataatgaaacactat 659736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 95 - 159
Target Start/End: Original strand, 12116576 - 12116640
Alignment:
Q  95 gaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaa 159  Q
    ||||||||||||| ||||  || || ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  12116576 gaatgaactttgatgttccaaatttagaggtgttgaacttgtcacatacaagtgttgatgatgaa 12116640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 238 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 1545728 - 1545611
Alignment:
Q  238 ggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacaattgagagtgatcaacttgaggtattgctataaagtccatgctgattttgttgcctcaatagtctttt 337  Q
    ||||||||| ||| |||| |||||||||||||| | ||||||||||| ||||||  |||  ||||||| |||||| || || |||| | | |||| || |    
T  1545728 ggagtgaaagatgcggtaaaaaactgcacacaactaagagtgatcaatttgaggggttgtgataaagtgcatgctaatgttattgctttattagtattat 1545629  T
Q  338 caaggtcatcgttgagaa 355  Q
    ||||| |||| |||||||    
T  1545628 caaggccatcattgagaa 1545611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 121 - 205
Target Start/End: Original strand, 55505135 - 55505219
Alignment:
Q  121 gaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaattgt 205  Q
    |||||||||||||||||  ||||||  ||||| |||| || ||| ||||| | |||||||| ||||||||| |||||||| ||||    
T  55505135 gaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaaagaattgtcgtggacttttgcatttgt 55505219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 235 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 644789 - 644742
Alignment:
Q  235 aaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacaattgagagtgatc 282  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| ||||    
T  644789 aaaggagtgaaacatgtggttgaaaaatgcacacaactgagagagatc 644742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 147 - 205
Target Start/End: Original strand, 12123423 - 12123481
Alignment:
Q  147 agttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaattgt 205  Q
    |||||| ||||||  ||| |||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  12123423 agttgacgatgaagcactttatgcaatcccaaaaagttgtcgtgggcttttgcaattgt 12123481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 143 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 566239 - 566182
Alignment:
Q  143 caagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 200  Q
    |||| ||||||||||||| ||| ||||| |||||||||   |||||||||||||||||    
T  566239 caagcgttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagtactgtcgtgggcttttgca 566182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 238 - 270
Target Start/End: Original strand, 53761913 - 53761945
Alignment:
Q  238 ggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacaa 270  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  53761913 ggagtgaaacatgtggaagaaaactgcacacaa 53761945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 70; Significance: 2e-31; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 27 - 360
Target Start/End: Original strand, 45245018 - 45245351
Alignment:
Q  27 tgttttatggagatgttgtaacattagacacttgaacttgaccggttgttcaagagtgaaaccgcatggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtg 126  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| || || |||||     | ||||||||| || ||   | |||||| |||||||||||||  ||| | ||||||    
T  45245018 tgttttaaggagatgttgtaacattaggcatttaaacttagtttgctgttcaagactggaattacgtggaataaactttgaagttccaaaacttgaggtg 45245117  T
Q  127 ttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaattgtctctagaaagctgtttgtatg 226  Q
    ||||| |||||  | ||||  ||||||||||||| |||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |   |  |||  ||||   |||    
T  45245118 ttgaatttgtcagagacaatggttgatgatgaaacactccatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaactattattgaaaaaatgttatcatg 45245217  T
Q  227 tcacacaaaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacaattgagagtgatcaacttgaggtattgctataaagtccatgctgattttgttgcctc 326  Q
    ||||| | || ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | | || |||||| |||||| | |||| | |||| |||||| || || ||| |||    
T  45245218 tcacagataagggagtgaaacatgtggtagaaaattgcacacaacttacagagatcaatttgaggcactgctttcaagtgcatgctaatgttattgtctc 45245317  T
Q  327 aatagtcttttcaaggtcatcgttgagaaagata 360  Q
     || || ||||||||| ||||||||| |||||||    
T  45245318 gatggtattttcaaggccatcgttgaaaaagata 45245351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 28 - 270
Target Start/End: Original strand, 1037598 - 1037840
Alignment:
Q  28 gttttatggagatgttgtaacattagacacttgaacttgaccggttgttcaagagtgaaaccgcatggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgt 127  Q
    |||||| |||||||||||||  ||||||| ||||| ||  ||   | ||||||||||||||  | | |||| |||||| ||||||   |||| |||||||    
T  1037598 gttttaaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactattcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgt 1037697  T
Q  128 tgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaattgtctctagaaagctgtttgtatgt 227  Q
    | |||||||| |||||| | ||||||||||||| ||| ||| | |||||||||| |||| |||||||||| ||| ||| ||| ||||  |||    | ||    
T  1037698 ttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaagaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagt 1037797  T
Q  228 cacacaaaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacaa 270  Q
    |||| | || || ||||||||||| || |||||||||||||||    
T  1037798 cacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaa 1037840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 95 - 198
Target Start/End: Original strand, 32785773 - 32785876
Alignment:
Q  95 gaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggct 194  Q
    ||||||||||| ||| || |||| | ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||  ||| ||||| |||||||  |||| || ||||||    
T  32785773 gaatgaactttaaagctcccaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagaattgatgatgaagcactttatgtgatctcaataagttttcatgggct 32785872  T
Q  195 tttg 198  Q
    ||||    
T  32785873 tttg 32785876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 69; Significance: 7e-31; HSPs: 27)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 73 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 6394984 - 6394780
Alignment:
Q  73 tgttcaagagtgaaaccgcatggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaa 172  Q
    ||||||| ||||||||  |||||||||||||||| ||||| | |  |||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||  || | ||| |    
T  6394984 tgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaactctttctgtga 6394885  T
Q  173 tctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaattgtctctagaaagctgtttgtatgtcacacaaaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacaatt 272  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||||    || || |  |||    |||||||| |||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  6394884 tctcaaagaattgttgtgggcttttgcaattacaacttgataattgtaaaaatgtcacagaaaagggtgtggaacatgtggtagaaaactgcacacaatt 6394785  T
Q  273 gagag 277  Q
    |||||    
T  6394784 gagag 6394780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 28 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 6432326 - 6432078
Alignment:
Q  28 gttttatggagatgttgtaacattagacacttgaacttgaccggttgttcaagagtgaaaccgcatggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgt 127  Q
    |||||| |||||||||||||  ||| ||| ||||||||  ||  ||||  || |||||| |  |||||||||||||||||||||| |||  || ||||||    
T  6432326 gttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttcccaagctgaaggtgt 6432227  T
Q  128 tgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaattgtctctagaaagctgtttgtatgt 227  Q
    ||||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||| ||||| |||| ||||| |||| |||||||| ||||| | |  ||  | |  |||    ||||    
T  6432226 tgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaacactttatgtgatcttaaagaattgttgtgggcttctgcaactattcctgtacaattgtgataatgt 6432127  T
Q  228 cacacaaaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacaattgaga 276  Q
    |||||| || |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  6432126 cacacagaagggagtgaaacttgtggtagaaaaatgcacacaattgaga 6432078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 28 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 6403025 - 6402855
Alignment:
Q  28 gttttatggagatgttgtaacattagacacttgaacttgaccggttgttcaagagtgaaaccgcatggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgt 127  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| || |||||||| || || |||||||||||||| |  | |||||| ||||||| ||||| | || | || ||||    
T  6403025 gttttaaggagatgttgtaacattaggcatttgaacttaactgggtgttcaagagtgaagctacttggaataaactttgcagttccccaactagaagtgt 6402926  T
Q  128 tgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 198  Q
    ||||||||||  |||| |  ||||||||||||| ||| ||||| |||||||||| |||| |||||||||||    
T  6402925 tgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagaattgtagtgggcttttg 6402855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 28 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 7119322 - 7119074
Alignment:
Q  28 gttttatggagatgttgtaacattagacacttgaacttgaccggttgttcaagagtgaaaccgcatggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgt 127  Q
    |||||| ||||||||| ||| |||| ||| ||||||||  ||   |||||||||||||| |  | ||||||||||||||  |||| | |  |||||||||    
T  7119322 gttttaaggagatgttctaagattaaacatttgaacttagcccactgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcaccagctggaggtgt 7119223  T
Q  128 tgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaattgtctctagaaagct-gtttgtatg 226  Q
    ||||||||||  |||| |  ||||||||||||| |||  |||| ||||| |||| |||| | ||||||||| || | |  || ||||| | |||  ||||    
T  7119222 tgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaaacactccatgtgatctcgaagaattgttgcgggcttttggaactattact-gaaagattgttattatg 7119124  T
Q  227 tcacacaaaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacaattgaga 276  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  7119123 tcacaaaaaaagaagtgaaacatgtggaagaaaactgcacacaattgaga 7119074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 28 - 277
Target Start/End: Original strand, 6594540 - 6594789
Alignment:
Q  28 gttttatggagatgttgtaacattagacacttgaacttgaccggttgttcaagagtgaaaccgcatggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgt 127  Q
    |||||| ||||||||| ||| |||| ||| ||| ||||  |||| |||||||||||||| |  |||||||| ||||||  ||||| |||| |||||||||    
T  6594540 gttttaaggagatgttataagattacacatttgtacttatccgggtgttcaagagtgaagctacatggaataaactttttagttcccaaactggaggtgt 6594639  T
Q  128 tgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaattgtctctagaaagctgtttgtatgt 227  Q
    || |||||||  |||||   ||||||||||| | ||||  ||| |||||||||| |||| |||||||||| ||| |    |||||||  |||    || |    
T  6594640 tgtacttgtcaaatacagaggttgatgatgagacactacgtgtgatctcaaagaattgttgtgggcttttacaactaaaactagaaaattgtgatcatct 6594739  T
Q  228 cacacaaaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacaattgagag 277  Q
    |||| |  | ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6594740 cacagaggagggagccaaacatgtggtagaaaactgcacacaattgagag 6594789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 28 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 7131800 - 7131552
Alignment:
Q  28 gttttatggagatgttgtaacattagacacttgaacttgaccggttgttcaagagtgaaaccgcatggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgt 127  Q
    |||||| ||||||||| ||| |||| ||| ||||||||  ||   |||||||||||||| |  | ||||||||||||||  |||| | |  |||||||||    
T  7131800 gttttaaggagatgttctaagattaaacatttgaacttagcccactgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcgccagctggaggtgt 7131701  T
Q  128 tgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaattgtctctagaaag-ctgtttgtatg 226  Q
    ||||||||||  |||| |  ||||||||||||| |||  |||| ||||| |||| |||| | ||||||||| || | |  || |||||  ||||  ||||    
T  7131700 tgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaaacactccatgtgatctcgaagaattgttgcgggcttttggaactattact-gaaagattgttattatg 7131602  T
Q  227 tcacacaaaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacaattgaga 276  Q
    ||||| | |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  7131601 tcacaaacaaagcagtgaaacatgtggaagaaaactgcacacaattgaga 7131552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 14 - 186
Target Start/End: Original strand, 6585157 - 6585329
Alignment:
Q  14 aaggtattggttgtgttttatggagatgttgtaacattagacacttgaacttgaccggttgttcaagagtgaaaccgcatggaatgaactttgaagttct 113  Q
    |||||||| ||  ||||||| ||||||||| ||| ||||| || |||||||| || || |||||||||||||| |  | |||||| ||||||  ||||      
T  6585157 aaggtatttgtcatgttttaaggagatgttttaatattaggcatttgaactttactgggtgttcaagagtgaagctacttggaataaactttttagttac 6585256  T
Q  114 caaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgt 186  Q
    | | |||||||| |||||||||||  ||||||  ||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||    
T  6585257 ccagttggaggtattgaacttgtcagatacaaaggttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgt 6585329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 81 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 12102378 - 12102274
Alignment:
Q  81 agtgaaaccgcatggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaag 180  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||| | ||| |||| ||| | || ||||||    
T  12102378 agtgaaactgcatggattgaactttgaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacatgagttgataacgaagaactctatctgatttcaaag 12102279  T
Q  181 agttg 185  Q
    |||||    
T  12102278 agttg 12102274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 91 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 6410108 - 6409998
Alignment:
Q  91 catggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtg 190  Q
    |||||||||||||||||||||| |||  || |||||||||||| |||  ||||||| |||||||||||||  || ||||| |||||||||| |||| ||     
T  6410108 catggaatgaactttgaagttcccaagctgaaggtgttgaactagtcaaatacaagcgttgatgatgaaactctttatgtgatctcaaagaattgttgtc 6410009  T
Q  191 ggcttttgcaa 201  Q
    |||||||||||    
T  6410008 ggcttttgcaa 6409998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 72 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 14820814 - 14820617
Alignment:
Q  72 ttgttcaagagtgaaaccgcatggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgta 171  Q
    ||||||| |||||||||  |||||||| ||||||| ||||| ||| || |||||||||||||| ||  ||||||  |||||| |||||| ||| ||| |     
T  14820814 ttgttcaggagtgaaactacatggaattaactttgcagttcccaagttagaggtgttgaacttatcaaatacaaaggttgataatgaaacactttatatg 14820715  T
Q  172 atctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaattgtctctagaaagctgtttgtatgtcacacaaaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacaca 269  Q
    ||||| |||| |||| |||||||||||| ||| |  || ||||  |||    |||||||| | || || ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  14820714 atctccaagaattgttgtgggcttttgcgattattacttgaaaaatgtaatgatgtcacagagaagggtgtgaaacatgtggtaaaaaactgcacaca 14820617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 14 - 206
Target Start/End: Original strand, 11936195 - 11936387
Alignment:
Q  14 aaggtattggttgtgttttatggagatgttgtaacattagacacttgaacttgaccggttgttcaagagtgaaaccgcatggaatgaactttgaagttct 113  Q
    ||||||||| |  |||||||  || |||||||||||||||||| ||||| || ||  | ||||||||| |||| |  | |  | |||||||||||||||     
T  11936195 aaggtattgttcatgttttaatgatatgttgtaacattagacatttgaatttaactcgctgttcaagactgaagctacgtacattgaactttgaagttcc 11936294  T
Q  114 caaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaattgtc 206  Q
    |||| ||||||||||| |||||||   |||||||||||| ||| ||  ||| |||   ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  11936295 caaactggaggtgttggacttgtcatttacaagagttgacgataaatcactctattggatctcaaagagttgtagtgggcttttgcaactgtc 11936387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 14 - 206
Target Start/End: Original strand, 11948175 - 11948367
Alignment:
Q  14 aaggtattggttgtgttttatggagatgttgtaacattagacacttgaacttgaccggttgttcaagagtgaaaccgcatggaatgaactttgaagttct 113  Q
    ||||||||| |  |||||||  || |||||||||||||||||| ||||| || ||  | ||||||||| |||| |  | |  | |||||||||||||||     
T  11948175 aaggtattgttcatgttttaatgatatgttgtaacattagacatttgaatttaactcgctgttcaagactgaagctacgtacattgaactttgaagttcc 11948274  T
Q  114 caaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaattgtc 206  Q
    |||| ||||||||||| |||||||   |||||||||||| ||| ||  ||| |||   ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  11948275 caaactggaggtgttggacttgtcatttacaagagttgacgataaatcactctattggatctcaaagagttgtagtgggcttttgcaactgtc 11948367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 96 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 6423314 - 6423133
Alignment:
Q  96 aatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggctt 195  Q
    |||||||||| |||||| |||  |||||||||||||||||||  |||||||||||   ||| ||| ||| ||||  ||||||||||||||| ||||| ||    
T  6423314 aatgaacttttaagttcccaagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagagttagcgataaaacactctatgcgatctcaaagagttgttgtgggatt 6423215  T
Q  196 ttgcaattgtctctagaaagctgtttgtatgtcacacaaaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacaattgagag 277  Q
    |||||| | |  || |||   |||   ||||| ||| | |||||| |||||| |||||||  ||||||||||||||||||||    
T  6423214 ttgcaactattacttgaagattgtgattatgtaacaaacaaaggactgaaacgtgtggtattaaactgcacacaattgagag 6423133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 91 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 14818484 - 14818306
Alignment:
Q  91 catggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtg 190  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||| || |||||||||||||| ||  ||||||  |||||| |||||| ||| ||| | ||||| |||| ||||  ||    
T  14818484 catggaattaactttgcagttctcaagttagaggtgttgaacttatcaaatacaaaggttgataatgaaacactttatatgatctccaagaattgttctg 14818385  T
Q  191 ggcttttgcaattgtctctagaaagctgtttgtatgtcacacaaaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacaca 269  Q
    ||||||||| ||| |  || ||||  |||    |||||||| | || || ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  14818384 ggcttttgcgattattacttgaaaattgtaataatgtcacagagaagggtgtgaaacatgtagtagaaaactgcacaca 14818306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 91 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 6416068 - 6415889
Alignment:
Q  91 catggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtg 190  Q
    ||||||||| |||||| ||||| |||  |||||||||||||||||||  ||||||  ||| ||||| |||  || ||||| |||||||||| |||| | |    
T  6416068 catggaatggactttgtagttcccaacctggaggtgttgaacttgtcaaatacaaaggttaatgataaaactctctatgtgatctcaaagaattgtagcg 6415969  T
Q  191 ggcttttgcaattgtctctagaaagctgtttgtatgtcacacaaaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacaa 270  Q
    ||||||||||| | |  || |||   |||    |||||||| ||   |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  6415968 ggcttttgcaactattacttgaattttgtgataatgtcacagaagtgggagtgaaacatgtggtagagaactgcacacaa 6415889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 122 - 276
Target Start/End: Original strand, 6603230 - 6603384
Alignment:
Q  122 aggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaattgtctctagaaagct-gtt 220  Q
    |||||||| ||||| |  ||||| | ||||||||||||| | | ||||  |||||||||||||||| |||||||||| || | | | | ||||  | |||    
T  6603230 aggtgttggacttggcagatacaggtgttgatgatgaaacagtctatgcgatctcaaagagttgtcctgggcttttggaactat-tattgaaatattgtt 6603328  T
Q  221 tgtatgtcacacaaaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacaattgaga 276  Q
      ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  6603329 attatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcaaacaactgaga 6603384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 14 - 201
Target Start/End: Original strand, 7994102 - 7994289
Alignment:
Q  14 aaggtattggttgtgttttatggagatgttgtaacattagacacttgaacttgaccggttgttcaagagtgaaaccgcatggaatgaactttgaagttct 113  Q
    |||||||| |||  |||||| ||| ||||||||| || || || |||||| |  ||| |||| |||||||||| |  |  ||||||||||||| |||||     
T  7994102 aaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttcc 7994201  T
Q  114 caaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaa 201  Q
     ||  | |||||||||||| ||||  ||||||| ||| |||| |||| ||||||||| |||||||||| ||||  ||| |||||||||    
T  7994202 gaagctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatgacgaaacactatatgtgatctcaaagaattgttctggacttttgcaa 7994289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 92 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 9411456 - 9411347
Alignment:
Q  92 atggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgg 191  Q
    ||||| |||||||||| |||| |||  |||||||||||||||||||  ||||| | |||   ||||||| ||| ||||  |||||||||| |||||||||    
T  9411456 atggattgaactttgaggttcccaagctggaggtgttgaacttgtcatatacaggtgttttcgatgaaatactctatgagatctcaaagaattgtcgtgg 9411357  T
Q  192 gcttttgcaa 201  Q
     |||||||||    
T  9411356 acttttgcaa 9411347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 121 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 19632511 - 19632431
Alignment:
Q  121 gaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaa 201  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||  |||||||||||  |||| | ||| |||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  19632511 gaggtgttggacttgtcgtatacaaaggttgatgatgagcaactttttgtgatctcaaagaattgttgtgggcttttgcaa 19632431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 93 - 268
Target Start/End: Original strand, 6589322 - 6589497
Alignment:
Q  93 tggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtggg 192  Q
    |||||||||||||| ||||| ||   |||||||||||||||||||  ||||||  ||| ||||| ||| ||||||| | |||||||| | ||||   |||    
T  6589322 tggaatgaactttgtagttcccatgctggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctcaaaaaattgtataggg 6589421  T
Q  193 cttttgcaattgtctctagaaagctgtttgtatgtcacacaaaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacac 268  Q
    ||| ||||||| || ||  ||   |||   ||||||||  |  | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6589422 cttatgcaattatcacttcaactttgtaattatgtcacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacac 6589497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 100 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 14802429 - 14802331
Alignment:
Q  100 aactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 198  Q
    ||||||||||||| |||  |||| |||||||| |||||  ||||||  ||||||||||||| ||| ||||| || ||||||| |||| |||| ||||||    
T  14802429 aactttgaagttcccaagatggaagtgttgaatttgtcaaatacaaaggttgatgatgaaacactctatgtgatttcaaagaattgttgtggtcttttg 14802331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 119 - 198
Target Start/End: Original strand, 10579761 - 10579840
Alignment:
Q  119 tggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 198  Q
    |||||||||||||||||||  |||||| |||||||||| ||| ||| |||   |||||||||| |||| || ||||||||    
T  10579761 tggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagttgatgataaaacactctattcgatctcaaagaattgttgtcggcttttg 10579840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 96 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 28935146 - 28935083
Alignment:
Q  96 aatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaa 159  Q
    |||||| ||||| |||| | || | ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  28935146 aatgaagtttgatgttccccaactcgaggtgttgaacttgtcacatacaagagttgacgatgaa 28935083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 73 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 6426631 - 6426501
Alignment:
Q  73 tgttcaagagtgaaaccgcatggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaa 172  Q
    |||||||  |||||||  |||||||||||||||| ||||| | |  ||||||||||||| |||||  | |||||  ||||||||||||   | ||||  |    
T  6426631 tgttcaaacgtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaatttgtcaaacacaagcattgatgatgaaactttttatgcga 6426532  T
Q  173 tctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaatt 203  Q
    ||||||||| |||| || || ||||||||||    
T  6426531 tctcaaagaattgttgtcggattttgcaatt 6426501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 233 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 28935009 - 28934972
Alignment:
Q  233 aaaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacaa 270  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  28935009 aaaaaggagtgaagcatgtggtagaaaattgcacacaa 28934972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 238 - 266
Target Start/End: Original strand, 7994326 - 7994354
Alignment:
Q  238 ggagtgaaacatgtggtagaaaactgcac 266  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7994326 ggagtgaaacatgtggtagaaaactgcac 7994354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 238 - 270
Target Start/End: Original strand, 10579881 - 10579913
Alignment:
Q  238 ggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacaa 270  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10579881 ggagttaaacatgtggtagaaaactgcacacaa 10579913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 68; Significance: 3e-30; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 29 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 32267636 - 32267462
Alignment:
Q  29 ttttatggagatgttgtaacattagacacttgaacttgaccggttgttcaagagtgaaaccgcatggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgtt 128  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||  ||   ||||||| ||||||||   |   ||||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  32267636 ttttaaggatatgttgtaacattagacatttgaacttatcccagtgttcaacagtgaaactaga---aatgaactttgaagttcccaaattggaggtatt 32267540  T
Q  129 gaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaattgtc 206  Q
    ||||||||| || |||| |||||||||||||  ||| ||| | ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  32267539 gaacttgtcacaaacaatagttgatgatgaagcactttatatgatctcaaagagttgttgtgggcttttgaaattgtc 32267462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 28 - 205
Target Start/End: Original strand, 41889488 - 41889665
Alignment:
Q  28 gttttatggagatgttgtaacattagacacttgaacttgaccggttgttcaagagtgaaaccgcatggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgt 127  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||| | ||||||||  |||| ||||||| |||||| |  | || |||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  41889488 gttttaaggatatgttgtaacattagatatttgaacttatccggatgttcaatagtgaagctacttgaaatgaactttaaagttcccaaattggaggtgt 41889587  T
Q  128 tgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaattgt 205  Q
    ||||||| ||  |||||| |||||||||||||| ||| |||   ||||||||||||||| | ||||||| | ||||||    
T  41889588 tgaacttatcatatacaaaagttgatgatgaaacactttataagatctcaaagagttgttgcgggctttcgaaattgt 41889665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 101 - 276
Target Start/End: Original strand, 41901542 - 41901717
Alignment:
Q  101 actttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 200  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||  ||| ||| | ||||||||||||||| |||| |||||| |    
T  41901542 actttgaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagttgatgatgaagcactttatatgatctcaaagagttgttgtggacttttgaa 41901641  T
Q  201 attgtctctagaaagctgtttgtatgtcacacaaaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacaattgaga 276  Q
    |||||| ||  ||   |||    |||||||| | || |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||    
T  41901642 attgtcacttcaagattgtaatgatgtcacaaagaagggagtgaagcatgtggtagaaaactgtacgcaattgaga 41901717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 101 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 37937979 - 37937879
Alignment:
Q  101 actttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 200  Q
    |||||||||||| |||  | ||||||||| ||||| | ||||||||| |||||||| ||| ||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  37937979 actttgaagttcccaaccttgaggtgttggacttgacacatacaagaattgatgatcaaacactctatgtaatctcaaagatgtgtcgtgggcttttgca 37937880  T
Q  201 a 201  Q
    |    
T  37937879 a 37937879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 100 - 198
Target Start/End: Original strand, 38267562 - 38267660
Alignment:
Q  100 aactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 198  Q
    ||||||||||||| |||  | ||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||  || ||||||||||||    
T  38267562 aactttgaagttcccaaccttgaggtgttggacttgacacatacaagagttgatgatgacacactctatgtaatctcaaagacgtgccgtgggcttttg 38267660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 119 - 201
Target Start/End: Original strand, 20478107 - 20478189
Alignment:
Q  119 tggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaa 201  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||  |||||||| |||| | ||| ||| ||||||| || |||| ||||||||||||||    
T  20478107 tggaggtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgacgaaacattatctgtgatctcaaggaattgttgtgggcttttgcaa 20478189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 224 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 17205568 - 17205527
Alignment:
Q  224 atgtcacacaaaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgca 265  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  17205568 atgtcacagaaaaaggattgaaacatgtggtagaaaactgca 17205527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 235 - 277
Target Start/End: Original strand, 20478223 - 20478265
Alignment:
Q  235 aaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacaattgagag 277  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  20478223 aaaggagcgaaacatgtcgtagaaaactgcacacaactgagag 20478265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 151 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 12845635 - 12845582
Alignment:
Q  151 gatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaattg 204  Q
    |||||||||  |||||||| |||||||||||||||| |||| || |||||||||    
T  12845635 gatgatgaagcactatatgcaatctcaaagagttgttgtggtctattgcaattg 12845582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 55; Significance: 2e-22; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 28 - 294
Target Start/End: Original strand, 15092085 - 15092351
Alignment:
Q  28 gttttatggagatgttgtaacattagacacttgaacttgaccggttgttcaagagtgaaaccgcatggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgt 127  Q
    |||||| ||| ||||| |||  ||| ||| |||||||| || || |||| ||| |||||||  |||||||||||||||| ||||| | |  |||||||||    
T  15092085 gttttaaggaaatgttataagcttaaacatttgaacttaactggatgtttaagtgtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgt 15092184  T
Q  128 tgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaattgtctctagaaagctgtttgtatgt 227  Q
    |||| |||||  | ||||  ||| ||||| ||| ||| ||||  |||||||||| |||| |||||||||||||| | |  || |||   ||||   ||||    
T  15092185 tgaatttgtcagaaacaaaggttaatgataaaacactctatgcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgcaactattacttgaattttgttataatgt 15092284  T
Q  228 cacacaaaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacaattgagagtgatcaacttgaggtat 294  Q
    |||| ||   ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| || ||| |||||    
T  15092285 cacagaagtgggagtgaaacatgtgctagaaaactgcacacaattgagagagattaatttgcggtat 15092351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 14 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 7977757 - 7977615
Alignment:
Q  14 aaggtattggttgtgttttatggagatgttgtaacattagacacttgaacttgaccggttgttcaagagtgaaaccgcatggaatgaactttgaagttct 113  Q
    |||||||||||   |||||| |||||||||||||||||||||| || ||| |  || |||||||||| ||||| |  | ||||||||| || || |||      
T  7977757 aaggtattggtcaagttttaaggagatgttgtaacattagacatttaaacctagcctgttgttcaagggtgaatctacgtggaatgaaattcgacgtttg 7977658  T
Q  114 caaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgat 156  Q
    |||| | ||||  ||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  7977657 caaactcgaggctttgaacttgtcacatacaacagttgatgat 7977615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 28 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 10614758 - 10614509
Alignment:
Q  28 gttttatggagatgttgtaacattagacacttgaacttgaccggttgttcaagagtgaaaccgcatggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgt 127  Q
    |||||| ||| ||||||||| ||||| || ||||||||  ||  ||||  || |||||| |  | |||||||||| |||  |||| |||  |||||||||    
T  10614758 gttttaaggatatgttgtaagattaggcatttgaacttagcctattgtaaaaaagtgaagctacttggaatgaacgttgttgttcccaatctggaggtgt 10614659  T
Q  128 tgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaattgtctctagaaagctgtttgtatgt 227  Q
    ||||||||||  |||| |  ||| ||||| ||| ||| ||||| ||||| ||||  ||| |||||||||||||| | |  || |||   | |    ||||    
T  10614658 tgaacttgtcaaatacgaaggttaatgataaaacactctatgtgatctcgaagaactgtagtgggcttttgcaactattacttgaactttctcataatgt 10614559  T
Q  228 cacacaaaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacaattgagag 277  Q
    |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  10614558 cacagaagaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcatgcaattgagag 10614509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 45; Significance: 1e-16; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 73 - 277
Target Start/End: Original strand, 19468478 - 19468682
Alignment:
Q  73 tgttcaagagtgaaaccgcatggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaa 172  Q
    |||||||||||||| |  | |||| ||||||||| ||||| |||  ||||||||||||| |||||  ||||||  ||||||||||||| ||| ||||| |    
T  19468478 tgttcaagagtgaatctacttggagtgaactttgtagttcccaagctggaggtgttgaagttgtcagatacaaaggttgatgatgaaacactttatgtga 19468577  T
Q  173 tctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaattgtctctagaaagctgtttgtatgtcacacaaaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacaatt 272  Q
    |||||||||  ||| |||| |||||| |||| | | | ||  | |||    |||||||| | ||||||||||||||||||  |||||| ||| ||||| |    
T  19468578 tctcaaagaactgttgtggacttttggaattatttgtggacggttgtaatgatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgaaagaaaattgctcacaact 19468677  T
Q  273 gagag 277  Q
    |||||    
T  19468678 gagag 19468682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 96 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 52082678 - 52082582
Alignment:
Q  96 aatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtggg 192  Q
    |||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||  | |||| | |||||||||||| | | ||||| ||||||||||||||| |||||    
T  52082678 aatgaactttcaagtttccaaattggaggtgttgaacttgtcaaagacaaaaattgatgatgaaacattgtatgtgatctcaaagagttgttgtggg 52082582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 127 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 7554554 - 7554415
Alignment:
Q  127 ttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaattgtctctagaaagctgtttgtatg 226  Q
    |||||||| ||  ||||||| ||||||||||||  ||| ||| | ||||||||||||||| |||| ||||| ||| |||  ||  || | |||    |||    
T  7554554 ttgaacttatcatatacaagtgttgatgatgaagcactctatatgatctcaaagagttgtggtggacttttacaactgttactgaaaggatgtgataatg 7554455  T
Q  227 tcacacaaaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcac 266  Q
    ||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  7554454 tcacagaaaagggagtgaagcatgtggtagaaaactgcac 7554415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 175 - 290
Target Start/End: Original strand, 29719004 - 29719119
Alignment:
Q  175 tcaaagagttgtcgtgggcttttgcaattgtctctagaaagctgtttgtatgtcacacaaaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacaattga 274  Q
    |||| ||||||| |||| |||||||||||||  || ||||| ||| || |||||||| | || |||||||||||||||||  |||||||||  ||| |||    
T  29719004 tcaacgagttgttgtggccttttgcaattgttactggaaagttgtatgaatgtcacagagaatggagtgaaacatgtggttcaaaactgcaagcaactga 29719103  T
Q  275 gagtgatcaacttgag 290  Q
    | | |||||| |||||    
T  29719104 gggagatcaatttgag 29719119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 96 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 52092874 - 52092776
Alignment:
Q  96 aatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggct 194  Q
    |||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||| |  | |||| | |||||||||| | | | ||||| ||||||||||||| | |||||||    
T  52092874 aatgaactttcaagtttccaaattggaggtgttgaacttggcaaagacaaaaattgatgatgacacattgtatgtgatctcaaagagtttttgtgggct 52092776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0295 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0295
Description:

Target: scaffold0295; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 73 - 194
Target Start/End: Original strand, 603 - 724
Alignment:
Q  73 tgttcaagagtgaaaccgcatggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaa 172  Q
    ||||||||||||||||  | | |||| |||||| ||||||   |||| |||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||| ||| ||| | |    
T  603 tgttcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacaagtgtcgatgatgaaacactctatatga 702  T
Q  173 tctcaaagagttgtcgtgggct 194  Q
    |||| |||| |||| |||||||    
T  703 tctcgaagaattgttgtgggct 724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0041 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0041
Description:

Target: scaffold0041; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 121 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 39256 - 39177
Alignment:
Q  121 gaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 200  Q
    ||||||||||||||| |   |||||  ||| ||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  39256 gaggtgttgaacttgacatttacaaaggttaatgatgaaacactttatgtgatctcaaagagttgtagtgggcttttgca 39177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University