View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1500_low_59 (Length: 247)

Name: NF1500_low_59
Description: NF1500
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1500_low_59
NF1500_low_59
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (1-231)||(5455052-5455282)
chr3 (11-224)||(5484842-5485055)
chr3 (4-231)||(5503042-5503269)
chr3 (4-231)||(5490229-5490456)
chr3 (1-224)||(5446500-5446720)
chr3 (4-231)||(5854001-5854228)
chr3 (4-231)||(5525879-5526109)
chr3 (68-231)||(5848764-5848927)
chr3 (3-229)||(20343674-20343900)
chr3 (68-229)||(5828035-5828196)
chr3 (1-229)||(5802300-5802528)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (1-224)||(25809092-25809312)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (155-224)||(34205796-34205865)
chr2 (171-224)||(34194286-34194339)
chr2 (171-224)||(34217237-34217290)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 219; Significance: 1e-120; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 5455282 - 5455052
Alignment:
Q  1 cagattggtctggtgggtgtgtaaggaaaacacattgaaattgtctccatgtagatggatttttaccgtacacaaacatgaagttgccagatacgtcagc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5455282 cagattggtctggtgggtgtgtaaggaaaacacatttaaattgtctccatggagatggatttttaccgtacacaaacatgaagttgccagatacgtcagc 5455183  T
Q  101 atcgtggtttgacaaaaccttaagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgtacttgcaatgcatatgcaactttagatatcagagatggt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  5455182 atcgtggtttgacaaaaccttaagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgtacttgcaatgcatatgcaactttagatatcagagatgat 5455083  T
Q  201 gggagtggctgcatactttggtttcacaaca 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5455082 gggagtggctgcatactttggtttcacaaca 5455052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 11 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 5485055 - 5484842
Alignment:
Q  11 tggtgggtgtgtaaggaaaacacattgaaattgtctccatgtagatggatttttaccgtacacaaacatgaagttgccagatacgtcagcatcgtggttt 110  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5485055 tggtgggtgtgtaaggaaaacgcatttaaattgtcccgatggagatggatttttaccgtacacaaacatgaagttgccagatacgtcagcatcgtggttt 5484956  T
Q  111 gacaaaaccttaagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgtacttgcaatgcatatgcaactttagatatcagagatggtgggagtggct 210  Q
    ||||| | ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5484955 gacaagagcttgagccttaaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgcactgcatatgcaaatttagatatcagagatggtgggagtggct 5484856  T
Q  211 gcatactttggttt 224  Q
    || |||||||||||    
T  5484855 gcttactttggttt 5484842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 4 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 5503269 - 5503042
Alignment:
Q  4 attggtctggtgggtgtgtaaggaaaacacattgaaattgtctccatgtagatggatttttaccgtacacaaacatgaagttgccagatacgtcagcatc 103  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||| || ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  5503269 attggtctggtgggtgcataaggaaaacacgtttaaattgtctccatggcgatggatttttaccgtacacaaacatgaagttgccagacacgtcaacatc 5503170  T
Q  104 gtggtttgacaaaaccttaagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgtacttgcaatgcatatgcaactttagatatcagagatggtggg 203  Q
     |||| |||||  | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  5503169 ttggtatgacaggagcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgcactgcatatgcaaattcagatatcagagatggtggg 5503070  T
Q  204 agtggctgcatactttggtttcacaaca 231  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  5503069 agtggctgcttactttggtttgacaaca 5503042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 4 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 5490456 - 5490229
Alignment:
Q  4 attggtctggtgggtgtgtaaggaaaacacattgaaattgtctccatgtagatggatttttaccgtacacaaacatgaagttgccagatacgtcagcatc 103  Q
    ||||||||||||| ||| |||| ||||||| || ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  5490456 attggtctggtggatgtctaagaaaaacacgtttaaattgtctccatggcgatggatttttaccgtacacaaacatgaagttgccagatacatcatcatc 5490357  T
Q  104 gtggtttgacaaaaccttaagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgtacttgcaatgcatatgcaactttagatatcagagatggtggg 203  Q
    ||  | | |||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||||    
T  5490356 gtattataacaagagcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgtacttgcactgcatatgcaaattcagatatcaaagatggtggg 5490257  T
Q  204 agtggctgcatactttggtttcacaaca 231  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  5490256 agtggctgcatactttggtttaacaaca 5490229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 5446720 - 5446500
Alignment:
Q  1 cagattggtctggtgggtgtgtaaggaaaacacattgaaattgtctccatgtagatggatttttaccgtacacaaacatgaagttgccagatacgtcagc 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |    
T  5446720 cagattggtctggtgggtgcgtaaggaaaacacatttaaattgtctccatggagatggatttttaccgtacacaaacatgaagttaccagatacatcatc 5446621  T
Q  101 atcgtggtttgacaaaaccttaagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgtacttgcaatgcatatgcaactttagatatcagagatggt 200  Q
    ||| |||| | |||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5446620 atcatggtataacaagatcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgttctgcatatgcaactttagatatcagatatggt 5446521  T
Q  201 gggagtggctgcatactttggttt 224  Q
       ||||||||| |||| ||||||    
T  5446520 ---agtggctgcttactctggttt 5446500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 4 - 231
Target Start/End: Original strand, 5854001 - 5854228
Alignment:
Q  4 attggtctggtgggtgtgtaaggaaaacacattgaaattgtctccatgtagatggatttttaccgtacacaaacatgaagttgccagatacgtcagcatc 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||| || ||| |||||| |||||||| ||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  5854001 attggtctggtgggtgtgtaaggaaaacaagtttaaattgtgtctatggagatgggtttttaccatacgcaaacatgaagttaccagacacgtcagcatc 5854100  T
Q  104 gtggtttgacaaaaccttaagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgtacttgcaatgcatatgcaactttagatatcagagatggtggg 203  Q
    |||||||||||| | ||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||| |||     
T  5854101 gtggtttgacaagagcttgagccttgaggaatgtatgacagtgtgtttgaaaaactgttcttgcactgcatatgcaaatttagatatcagatatgttgga 5854200  T
Q  204 agtggctgcatactttggtttcacaaca 231  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  5854201 agtggctgcttactttggtttgacaaca 5854228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 4 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 5526109 - 5525879
Alignment:
Q  4 attggtctggtgggtgtgtaaggaaaacacattgaaattgtctcca---tgtagatggatttttaccgtacacaaacatgaagttgccagatacgtcagc 100  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||| || |||||||||| |   ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  5526109 attgggctagtgggtgtgtaaggaaaacacctttaaattgtctcgacgatggggatggatttttaccgtacacaaacatgaagttgccagacacgtcaac 5526010  T
Q  101 atcgtggtttgacaaaaccttaagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgtacttgcaatgcatatgcaactttagatatcagagatggt 200  Q
    ||| |||| |||||| | ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||| || |||| |||||||||||    
T  5526009 atcttggtatgacaagagcttgagcctcgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaattgttcttgcactgcatatgcaaattcagatgtcagagatggt 5525910  T
Q  201 gggagtggctgcatactttggtttcacaaca 231  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  5525909 gggagtggctgcttactttggtttaacaaca 5525879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 68 - 231
Target Start/End: Original strand, 5848764 - 5848927
Alignment:
Q  68 gtacacaaacatgaagttgccagatacgtcagcatcgtggtttgacaaaaccttaagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgtacttgc 167  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||| |||| |||| |||||| | ||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  5848764 gtacacaagcatgaagttgccagacacgtcaacatcttggtatgacaagagcttgagccttgaggaatgtaagacactgtgcttgaaaaactgtacttgc 5848863  T
Q  168 aatgcatatgcaactttagatatcagagatggtgggagtggctgcatactttggtttcacaaca 231  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  5848864 actgcatatgcaaatttagatatcagagatggtgggagtggctgcttactttggtttaacaaca 5848927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 3 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 20343900 - 20343674
Alignment:
Q  3 gattggtctggtgggtgtgtaaggaaaacacattgaaattgtctccatgtagatggatttttaccgtacacaaacatgaagttgccagatacgtcagcat 102  Q
    ||||||||||| |||||| | |||| |||| | |  ||||||||| ||| ||||||||||||   |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  20343900 gattggtctggcgggtgtctgaggagaacaaaattgaattgtctcaatggagatggatttttgaagtacacaaacatgaagttgccagacacgtcggcat 20343801  T
Q  103 cgtggtttgacaaaaccttaagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgtacttgcaatgcatatgcaactttagatatcagagatggtgg 202  Q
    | |||| |||||| | ||| |||||| ||||||||||||| | |||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  20343800 catggtatgacaagagcttgagccttcaggaatgtaagacgacgtgtttgaaaaattgtaattgcactgcatatgcaaatttagatatcagagatggtgg 20343701  T
Q  203 gagtggctgcatactttggtttcacaa 229  Q
    |||||| ||| ||||||||||| ||||    
T  20343700 gagtggttgcttactttggtttgacaa 20343674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 68 - 229
Target Start/End: Original strand, 5828035 - 5828196
Alignment:
Q  68 gtacacaaacatgaagttgccagatacgtcagcatcgtggtttgacaaaaccttaagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgtacttgc 167  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||| |||| |||| |||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5828035 gtacacaagcatgaagttgccagacacgtcaacatcttggtatgacaagaacttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgc 5828134  T
Q  168 aatgcatatgcaactttagatatcagagatggtgggagtggctgcatactttggtttcacaa 229  Q
    | ||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  5828135 attgcatatgcaaattctgatatcagagatggtgggagtggctgcttactttggtttaacaa 5828196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 229
Target Start/End: Original strand, 5802300 - 5802528
Alignment:
Q  1 cagattggtctggtgggtgtgtaaggaaaacacattgaaattgtctccatgtagatggatttttaccgtacacaaacatgaagttgccagatacgtcagc 100  Q
    |||||||||||||||||||| | |||| |||| | |  ||||||||| |||  ||||| |||||   |||||||||||||||||| |||||||| ||| |    
T  5802300 cagattggtctggtgggtgtctgaggagaacaaaattgaattgtctcaatggtgatggctttttgaagtacacaaacatgaagttaccagatacatcatc 5802399  T
Q  101 atcgtggtttgacaaaaccttaagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgtacttgcaatgcatatgcaactttagatatcagagatggt 200  Q
    |||||  | | |||| | ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||| || ||||||||| ||||||    
T  5802400 atcgtattataacaagagctttagccttgaagaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgcaccgcatatgcaaattcagatatcagggatggt 5802499  T
Q  201 gggagtggctgcatactttggtttcacaa 229  Q
    || ||||||||| ||||||||||| ||||    
T  5802500 ggtagtggctgcttactttggtttaacaa 5802528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 134; Significance: 7e-70; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Original strand, 25809092 - 25809312
Alignment:
Q  1 cagattggtctggtgggtgtgtaaggaaaacacattgaaattgtctccatgtagatggatttttaccgtacacaaacatgaagttgccagatacgtcagc 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |    
T  25809092 cagattggtctggtgggtgcgtaaggaaaacacatttaaattgtctccatggagatggatttttaccgtacacaaacatgaagttaccagatacatcatc 25809191  T
Q  101 atcgtggtttgacaaaaccttaagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgtacttgcaatgcatatgcaactttagatatcagagatggt 200  Q
    ||| |||| | |||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  25809192 atcatggtataacaagatcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgttctgcatatgcaactttagatatcagatatggt 25809291  T
Q  201 gggagtggctgcatactttggttt 224  Q
       ||||||||| |||| ||||||    
T  25809292 ---agtggctgcttactctggttt 25809312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000006; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 155 - 224
Target Start/End: Original strand, 34205796 - 34205865
Alignment:
Q  155 aaactgtacttgcaatgcatatgcaactttagatatcagagatggtgggagtggctgcatactttggttt 224  Q
    |||||||| |||||  |||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  34205796 aaactgtaattgcacagcatatgcaagtttagatgtcagagatggtggaagtggttgcatactttggttt 34205865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 171 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 34194339 - 34194286
Alignment:
Q  171 gcatatgcaactttagatatcagagatggtgggagtggctgcatactttggttt 224  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||| | |||||||||    
T  34194339 gcatatgcaaatttagatgtcagagatggtggaagtggctgcttgctttggttt 34194286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 171 - 224
Target Start/End: Original strand, 34217237 - 34217290
Alignment:
Q  171 gcatatgcaactttagatatcagagatggtgggagtggctgcatactttggttt 224  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||| | |||||||||    
T  34217237 gcatatgcaaatttagatgtcagagatggtggaagtggctgcttgctttggttt 34217290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University