View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15017_high_5 (Length: 375)

Name: NF15017_high_5
Description: NF15017
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15017_high_5
NF15017_high_5
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (1-359)||(2053805-2054163)
chr8 (10-364)||(1950611-1950965)
chr8 (10-364)||(2028031-2028385)
chr8 (11-359)||(2049809-2050157)
chr8 (10-359)||(2032567-2032916)
chr8 (11-359)||(2036623-2036971)
chr8 (11-359)||(2046000-2046348)
chr8 (10-359)||(10767206-10767555)
chr8 (64-111)||(2021932-2021979)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (10-342)||(48908894-48909226)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (64-109)||(28713715-28713760)
chr2 (64-109)||(28743615-28743660)
chr2 (64-109)||(28736989-28737034)
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (65-114)||(16419767-16419816)
chr1 (71-114)||(16443101-16443144)
chr1 (59-114)||(16499340-16499395)
chr1 (65-114)||(16416588-16416637)
chr1 (65-114)||(16427507-16427556)
chr1 (65-114)||(16438211-16438260)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 330; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 359
Target Start/End: Original strand, 2053805 - 2054163
Alignment:
Q  1 cataggtagaatgggaaccattgatacaaccaagcctaaccttgattccacattcaatgaacgcaaagcatttgatgaaacaaaagctggtgtaaaagga 100  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2053805 cataagtagaatgggaaccattgatacaaccaagcctaaccttgattccacattcaatgaacgcaaagcatttgatgaaacaaaagctggtgtaaaagga 2053904  T
Q  101 cttgttgatgcaggagttgagaagataccaagcttattccatcatcaaccagacaaatatgagatagccaacaatacaagcaatgttattcctgttatag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2053905 cttgttgatgcaggagttgagaagataccaagcttattccatcatcaaccagacaaatatgagatagccaacaatacaagcaatgttattcctgttatag 2054004  T
Q  201 accttgatgatattgataataaagatccaagtattcaccaagggatagttgagaaagtcaaggaagcatgtgaaacattaggnnnnnnncaggttgttaa 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||    
T  2054005 accttgatgatattgataataaagatccaagtattcaccaagggatagttgagaaagtcaaggaagcatgtgaaacattaggtttttttcaggttgttaa 2054104  T
Q  301 tcatgaaatccctttgagtgttcttgaggagttgaatgatggggtgaaaaggttttatg 359  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2054105 tcatggaatccctttgagtgttcttgaggagttgaatgatggggtgaaaaggttttatg 2054163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 10 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 1950965 - 1950611
Alignment:
Q  10 aatgggaaccattgatacaaccaagcctaaccttgattccacattcaatgaacgcaaagcatttgatgaaacaaaagctggtgtaaaaggacttgttgat 109  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1950965 aatgggaaccactaatacaaccaagcctaaccttgattctacattcaatgaacgtaaagcatttgatgaaacaaaagctggtgtaaaaggacttgttgat 1950866  T
Q  110 gcaggagttgagaagataccaagcttattccatcatcaaccagacaaatatgagatagccaacaatacaagcaatgttattcctgttatagaccttgatg 209  Q
    | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||| ||||||||| | |    
T  1950865 ggaggagttgagaagataccaagtttattccatcatcaacctgacaaatatgagatagcctacaacacaagccatgttattcctgtcatagaccttaaag 1950766  T
Q  210 atattgataataaagatccaagtattcaccaagggatagttgagaaagtcaaggaagcatgtgaaacattaggnnnnnnncaggttgttaatcatgaaat 309  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||  ||| ||||||||||||||||||| |  ||       |||||||||||||||| |||    
T  1950765 atattgataacaaagatccaagtattcatcaagggattgttggcaaaatcaaggaagcatgtgaaacttgggggttttttcaggttgttaatcatggaat 1950666  T
Q  310 ccctttgagtgttcttgaggagttgaatgatggggtgaaaaggttttatgtgatg 364  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||| |||||| ||| ||||    
T  1950665 ccctttgagtgttcttgaggagatgaaggatggtgtgaagaggtttcatgagatg 1950611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 10 - 364
Target Start/End: Original strand, 2028031 - 2028385
Alignment:
Q  10 aatgggaaccattgatacaaccaagcctaaccttgattccacattcaatgaacgcaaagcatttgatgaaacaaaagctggtgtaaaaggacttgttgat 109  Q
    ||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2028031 aatgggaactactaatacaaccaagcctaaccttgattccacattcaatgaacgcaaagcatttgatgaaacaaaagctggtgtaaaaggacttgttgat 2028130  T
Q  110 gcaggagttgagaagataccaagcttattccatcatcaaccagacaaatatgagatagccaacaatacaagcaatgttattcctgttatagaccttgatg 209  Q
    | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||| ||||||||| | |    
T  2028131 ggaggagttgagaagataccaagtttattccatcatcaacctgacaaatatgagatagcctacaacacaagccatgttattcctgtcatagaccttaaag 2028230  T
Q  210 atattgataataaagatccaagtattcaccaagggatagttgagaaagtcaaggaagcatgtgaaacattaggnnnnnnncaggttgttaatcatgaaat 309  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||   ||| ||||||||||||||||||| |  ||       |||||||||||||||| |||    
T  2028231 atattgataacaaagatccaagtattcatcaagggattgttagcaaaatcaaggaagcatgtgaaacttgggggttttttcaggttgttaatcatggaat 2028330  T
Q  310 ccctttgagtgttcttgaggagttgaatgatggggtgaaaaggttttatgtgatg 364  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||| |||||| ||| ||||    
T  2028331 ccctttgagtgttcttgaggagatgaaggatggtgtgaagaggtttcatgagatg 2028385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 11 - 359
Target Start/End: Original strand, 2049809 - 2050157
Alignment:
Q  11 atgggaaccattgatacaaccaagcctaaccttgattccacattcaatgaacgcaaagcatttgatgaaacaaaagctggtgtaaaaggacttgttgatg 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||| | ||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2049809 atgggaaccattgatacaaccaagcctaactttgattctatattgagtgagcgcatagcatttgatgaaacaaaagcaggtgtaaaaggacttgttgatg 2049908  T
Q  111 caggagttgagaagataccaagcttattccatcatcaaccagacaaatatgagatagccaacaatacaagcaatgttattcctgttatagaccttgatga 210  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||| | ||    
T  2049909 caggagttaagaagataccaaccttattccatcatcaaccagacaaatatgaggaagccaacaacacaagccatgttattcctgtcatagaccttaaaga 2050008  T
Q  211 tattgataataaagatccaagtattcaccaagggatagttgagaaagtcaaggaagcatgtgaaacattaggnnnnnnncaggttgttaatcatgaaatc 310  Q
    |||||||||| |||| || |||||||| ||||| || || || ||  ||||||||||||||||||| |  ||       |||||||||||||||| ||||    
T  2050009 tattgataatcaagaccctagtattcatcaaggaattgtcgacaatatcaaggaagcatgtgaaacttggggtttttttcaggttgttaatcatggaatc 2050108  T
Q  311 cctttgagtgttcttgaggagttgaatgatggggtgaaaaggttttatg 359  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2050109 cctttgagtgttcttgaggagttgaaagatggggtgaaaaggttttatg 2050157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 10 - 359
Target Start/End: Original strand, 2032567 - 2032916
Alignment:
Q  10 aatgggaaccattgatacaaccaagcctaaccttgattccacattcaatgaacgcaaagcatttgatgaaacaaaagctggtgtaaaaggacttgttgat 109  Q
    |||||||||||  |  ||||||||||||||||||||||| | ||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2032567 aatgggaaccacaggcacaaccaagcctaaccttgattctatattgagtgaacgcaaagaatttgatgaaacaaaagctggtgtaaaaggacttgttgat 2032666  T
Q  110 gcaggagttgagaagataccaagcttattccatcatcaaccagacaaatatgagatagccaacaatacaagcaatgttattcctgttatagaccttgatg 209  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |  ||| ||| ||||||||| ||||||||| | |    
T  2032667 gcaggacttaagaagataccaagcttattccatcatcaacctgacaaatatgagaaagccaacaacatgagccatgctattcctgtcatagaccttaaag 2032766  T
Q  210 atattgataataaagatccaagtattcaccaagggatagttgagaaagtcaaggaagcatgtgaaacattaggnnnnnnncaggttgttaatcatgaaat 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |  ||       || ||||||||||||| |||    
T  2032767 atattgataataaagatccaagtattcaccaagggatagttgacaatatcaaggaagcatgtgaaacttggggttttttccaagttgttaatcatggaat 2032866  T
Q  310 ccctttgagtgttcttgaggagttgaatgatggggtgaaaaggttttatg 359  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||    
T  2032867 ccctttgagtgttcttgaggagttgaaagatggtgtcaagaggttttatg 2032916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 11 - 359
Target Start/End: Original strand, 2036623 - 2036971
Alignment:
Q  11 atgggaaccattgatacaaccaagcctaaccttgattccacattcaatgaacgcaaagcatttgatgaaacaaaagctggtgtaaaaggacttgttgatg 110  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||   | | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  2036623 atgggaaccattgatgcaaccatgcctaaccttgattctgtaatgaatgaacgcaaagcatttgatgaaacaaaatctggtgtgaaaggacttgttgatg 2036722  T
Q  111 caggagttgagaagataccaagcttattccatcatcaaccagacaaatatgagatagccaacaatacaagcaatgttattcctgttatagaccttgatga 210  Q
     |||| || ||| ||||||     ||||||||  |||||| |||||||| |||| ||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| ||||  ||    
T  2036723 gaggacttaagaggatacctgagatattccattgtcaacctgacaaatacgagaaagccaacaacacaagccatgttattcctgtcatagatcttgtaga 2036822  T
Q  211 tattgataataaagatccaagtattcaccaagggatagttgagaaagtcaaggaagcatgtgaaacattaggnnnnnnncaggttgttaatcatgaaatc 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||  ||| |||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||| ||||    
T  2036823 tattgataataaagatccaagtatttaccaagggattgttggcaaaatcaaggaagcatgtgaaacattaggtttttttcaggttgttaatcatggaatc 2036922  T
Q  311 cctttgagtgttcttgaggagttgaatgatggggtgaaaaggttttatg 359  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2036923 cctttgagtgttcttgaggagttgaaagatggggtgaaaaggttttatg 2036971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 11 - 359
Target Start/End: Original strand, 2046000 - 2046348
Alignment:
Q  11 atgggaaccattgatacaaccaagcctaaccttgattccacattcaatgaacgcaaagcatttgatgaaacaaaagctggtgtaaaaggacttgttgatg 110  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||   | | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  2046000 atgggaaccattgatgcaaccatgcctaaccttgattctgtaatgaatgaacgcaaagcatttgatgaaacaaaatctggtgtgaaaggacttgttgatg 2046099  T
Q  111 caggagttgagaagataccaagcttattccatcatcaaccagacaaatatgagatagccaacaatacaagcaatgttattcctgttatagaccttgatga 210  Q
     |||| || ||| ||||||     ||||||||  |||||| ||||||||  ||| ||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| ||||  ||    
T  2046100 gaggacttaagaggatacctgagatattccattgtcaacctgacaaataccagaaagccaacaacacaagccatgttattcctgtcatagatcttgtaga 2046199  T
Q  211 tattgataataaagatccaagtattcaccaagggatagttgagaaagtcaaggaagcatgtgaaacattaggnnnnnnncaggttgttaatcatgaaatc 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||  ||| |||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||| ||||    
T  2046200 tattgataataaagatccaagtatttaccaagggattgttggcaaaatcaaggaagcatgtgaaacattaggtttttttcaggttgttaatcatggaatc 2046299  T
Q  311 cctttgagtgttcttgaggagttgaatgatggggtgaaaaggttttatg 359  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2046300 cctttgagtgttcttgaggagttgaaagatggggtgaaaaggttttatg 2046348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 10 - 359
Target Start/End: Original strand, 10767206 - 10767555
Alignment:
Q  10 aatgggaaccattgatacaaccaagcctaaccttgattccacattcaatgaacgcaaagcatttgatgaaacaaaagctggtgtaaaaggacttgttgat 109  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10767206 aatgggaaccactgatacaaccaagcctaaccttgattctttattgaatgaacgcaaagcatttgatgaaacaaaagctggtgtaaaaggacttgttgat 10767305  T
Q  110 gcaggagttgagaagataccaagcttattccatcatcaaccagacaaatatgagatagccaacaatacaagcaatgttattcctgttatagaccttgatg 209  Q
    | |||| || | ||||| || | |||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| |||| |||||| ||||||||||| | ||||| ||||  |    
T  10767306 ggaggacttaacaagatccctaccttattccatcatcaacctgataaatatgagttagcctacaacacaagccatgttattcctatcatagatcttgcag 10767405  T
Q  210 atattgataataaagatccaagtattcaccaagggatagttgagaaagtcaaggaagcatgtgaaacattaggnnnnnnncaggttgttaatcatgaaat 309  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||   || ||||| ||||| |||||||||||||||||||  ||       || ||||||||||||| |||    
T  10767406 atattgataacaaagatccaagtattcaccaaaaaattgttgacaaagtgaaggaagcatgtgaaacatgggggttttttcaagttgttaatcatggaat 10767505  T
Q  310 ccctttgagtgttcttgaggagttgaatgatggggtgaaaaggttttatg 359  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||    
T  10767506 ccctttgagtgttcttgaggagttgaaagatggtgttaagaggttttatg 10767555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 64 - 111
Target Start/End: Original strand, 2021932 - 2021979
Alignment:
Q  64 caaagcatttgatgaaacaaaagctggtgtaaaaggacttgttgatgc 111  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  2021932 caaagcatttgatgaaacaaaagatggtgtcaaaggacttgttgatgc 2021979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 124; Significance: 1e-63; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 10 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 48909226 - 48908894
Alignment:
Q  10 aatgggaaccattgatacaaccaagcctaaccttgattccacattcaatgaacgcaaagcatttgatgaaacaaaagctggtgtaaaaggacttgttgat 109  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||| | ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  48909226 aatgggaaccacggatacaaccaagcctaactttgattctatattgagtgaacgcaaagcatttgatgaaacaaaagctagtgtaaaaggatttgttgat 48909127  T
Q  110 gcaggagttgagaagataccaagcttattccatcatcaaccagacaaatatgagatagccaacaatacaagcaatgttattcctgttatagaccttgatg 209  Q
    | |||  || ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |   || ||||| ||||| | ||||||||||  |    
T  48909126 gaaggtattaagaagatcccaagctttttccatcatcaaccagacaaaaatgagatagcctacaacaattgccatgttcttcctatcatagaccttgcag 48909027  T
Q  210 atattgataataaagatccaagtattcaccaagggatagttgagaaagtcaaggaagcatgtgaaacattaggnnnnnnncaggttgttaatcatgaaat 309  Q
    | |||||||| |||||||||| ||||||||||   ||  |||| ||| | || ||||||||||||||||  ||       |||||||||||||||| |||    
T  48909026 acattgataacaaagatccaattattcaccaaaaaattattgacaaattgaaagaagcatgtgaaacatggggtttttttcaggttgttaatcatggaat 48908927  T
Q  310 ccctttgagtgttcttgaggagttgaatgatgg 342  Q
    ||||||||   |||||||||| ||||| |||||    
T  48908926 ccctttgaacattcttgaggaattgaaagatgg 48908894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000002; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 64 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 28713760 - 28713715
Alignment:
Q  64 caaagcatttgatgaaacaaaagctggtgtaaaaggacttgttgat 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  28713760 caaagcatttgatgaaacaaaagctggtgttaaaggccttgttgat 28713715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 64 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 28743660 - 28743615
Alignment:
Q  64 caaagcatttgatgaaacaaaagctggtgtaaaaggacttgttgat 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  28743660 caaagcatttgatgaaacaaaagctggtgttaaaggccttgttgat 28743615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 64 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 28737034 - 28736989
Alignment:
Q  64 caaagcatttgatgaaacaaaagctggtgtaaaaggacttgttgat 109  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||    
T  28737034 caaagcatttgatgaaagaaaagctggtgttaaaggccttgttgat 28736989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000002; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 65 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 16419816 - 16419767
Alignment:
Q  65 aaagcatttgatgaaacaaaagctggtgtaaaaggacttgttgatgcagg 114  Q
    ||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  16419816 aaagcttttgatgaaacaaaatttggtgtaaaaggacttgttgatgcagg 16419767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 71 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 16443144 - 16443101
Alignment:
Q  71 tttgatgaaacaaaagctggtgtaaaaggacttgttgatgcagg 114  Q
    |||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||    
T  16443144 tttgatgaaacaaaacttggtgttaaaggacttgttgatgcagg 16443101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 59 - 114
Target Start/End: Original strand, 16499340 - 16499395
Alignment:
Q  59 gaacgcaaagcatttgatgaaacaaaagctggtgtaaaaggacttgttgatgcagg 114  Q
    |||| |||||| |||||||| ||||||  |||||| ||||||||||||||||||||    
T  16499340 gaactcaaagcttttgatgatacaaaacttggtgttaaaggacttgttgatgcagg 16499395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 65 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 16416637 - 16416588
Alignment:
Q  65 aaagcatttgatgaaacaaaagctggtgtaaaaggacttgttgatgcagg 114  Q
    ||||| |||||||||||||||  |||||| ||||||||||| ||||||||    
T  16416637 aaagcttttgatgaaacaaaacttggtgttaaaggacttgtcgatgcagg 16416588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 65 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 16427556 - 16427507
Alignment:
Q  65 aaagcatttgatgaaacaaaagctggtgtaaaaggacttgttgatgcagg 114  Q
    ||||| |||||||||||||||  |||||| | ||||||||||||||||||    
T  16427556 aaagcttttgatgaaacaaaacttggtgttagaggacttgttgatgcagg 16427507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 65 - 114
Target Start/End: Original strand, 16438211 - 16438260
Alignment:
Q  65 aaagcatttgatgaaacaaaagctggtgtaaaaggacttgttgatgcagg 114  Q
    ||||| |||||||||||||||   ||||| ||||||||||||||||||||    
T  16438211 aaagcttttgatgaaacaaaattgggtgttaaaggacttgttgatgcagg 16438260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University