View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15023_low_3 (Length: 644)

Name: NF15023_low_3
Description: NF15023
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15023_low_3
NF15023_low_3
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (19-626)||(11592414-11593021)
chr4 (19-626)||(11645098-11645705)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (161-552)||(37180666-37181056)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 556; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 556; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 626
Target Start/End: Original strand, 11592414 - 11593021
Alignment:
Q  19 atgacccaacaaagcaaccaataaacaataacccatagccctaaaataaacaggataaatcttactctggaccacagcaaattgttgtcttggcataacc 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11592414 atgacccaacaaagcaaccaataaacaataacccatagccctaaaataaacaggataaatcttactctggaccacagcaaattgttgtcttggcataacc 11592513  T
Q  119 ctagacaaaacataactagaaacaaatgttatccaaacattcattccataaccacttgaaaatcccaataaattcaacaaactcatcaatgattcaactc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11592514 ctagacaaaacataactagaaacaaatgtgatccaaacattcattccataaccacttgaaaatcccaacaaattcaacaaactcatcaatgattcaactc 11592613  T
Q  219 tctccattgataatgacataaacttcttcacaccgtctttcgcttcggtcacgttgtgaacaacatgttccttaaacgtttgtcccatctctttcccttt 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  11592614 tctccattgataatgacataaacttcttcacaccgtctttcgcctcggtcacgttgtgaacaacatgttctttaaacgtttgtcccatttctttgccttt 11592713  T
Q  319 ttctaatgacccttttgtgtattcttgaacattatcataaacatcatttgctttatcataaactctctctttagcattatcaactgcatcaacaacattg 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11592714 ttctaatgacccttttgtgtattcttgaacattatcataaacatcatttgctttatcataaactctctctttagcattatcaactgcatcaacaacattg 11592813  T
Q  419 ttaccaacttctttcactgcttctttgtttgaataaacaatatctctcttcttatcaattgtttctgaagctttatcctttgctttctccattacatgtt 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  11592814 ttaccaacttctttcactgcttctttgtttgaattaacaatatctctcttcttatcaattgtttctgaggctttatcctttgctttctccatcacatgtt 11592913  T
Q  519 tgcatttaccatatgcatcacaaataagctctttagcatctctagcattaggagtatgaagattataatgtgatgaagatgcatcatgtgaaattccttg 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  11592914 tgcatttaccatatgcatcacaaataagctctttagcatttttggcattaggagtatgaagattataatgtgatgaagatgcatcttgtgaaattccttg 11593013  T
Q  619 acccatgt 626  Q
    ||||||||    
T  11593014 acccatgt 11593021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 556; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 626
Target Start/End: Complemental strand, 11645705 - 11645098
Alignment:
Q  19 atgacccaacaaagcaaccaataaacaataacccatagccctaaaataaacaggataaatcttactctggaccacagcaaattgttgtcttggcataacc 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11645705 atgacccaacaaagcaaccaataaacaataacccatagccctaaaataaacaggataaatcttactctggaccacagcaaattgttgtcttggcataacc 11645606  T
Q  119 ctagacaaaacataactagaaacaaatgttatccaaacattcattccataaccacttgaaaatcccaataaattcaacaaactcatcaatgattcaactc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11645605 ctagacaaaacataactagaaacaaatgtgatccaaacattcattccataaccacttgaaaatcccaacaaattcaacaaactcatcaatgattcaactc 11645506  T
Q  219 tctccattgataatgacataaacttcttcacaccgtctttcgcttcggtcacgttgtgaacaacatgttccttaaacgtttgtcccatctctttcccttt 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  11645505 tctccattgataatgacataaacttcttcacaccgtctttcgcctcggtcacgttgtgaacaacatgttctttaaacgtttgtcccatttctttgccttt 11645406  T
Q  319 ttctaatgacccttttgtgtattcttgaacattatcataaacatcatttgctttatcataaactctctctttagcattatcaactgcatcaacaacattg 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11645405 ttctaatgacccttttgtgtattcttgaacattatcataaacatcatttgctttatcataaactctctctttagcattatcaactgcatcaacaacattg 11645306  T
Q  419 ttaccaacttctttcactgcttctttgtttgaataaacaatatctctcttcttatcaattgtttctgaagctttatcctttgctttctccattacatgtt 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  11645305 ttaccaacttctttcactgcttctttgtttgaattaacaatatctctcttcttatcaattgtttctgaggctttatcctttgctttctccatcacatgtt 11645206  T
Q  519 tgcatttaccatatgcatcacaaataagctctttagcatctctagcattaggagtatgaagattataatgtgatgaagatgcatcatgtgaaattccttg 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  11645205 tgcatttaccatatgcatcacaaataagctctttagcatttttggcattaggagtatgaagattataatgtgatgaagatgcatcttgtgaaattccttg 11645106  T
Q  619 acccatgt 626  Q
    ||||||||    
T  11645105 acccatgt 11645098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 240; Significance: 1e-132; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 240; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 161 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 37181056 - 37180666
Alignment:
Q  161 attccataaccacttgaaaatccc-aataaattcaacaaactcatcaatgattcaactctctccattgataatgacataaacttcttcacaccgtctttc 259  Q
    |||||||||||||||| ||||||| || |||||||||    || |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||      
T  37181056 attccataaccacttgcaaatccctaacaaattcaactctttcgtcaatgattcaactctctccatagataatgacacaaacttctttacaccgtcttat 37180957  T
Q  260 gcttcggtcacgttgtgaacaacatgttccttaaacgtttgtcccatctctttc-cctttttctaatgacccttttgtgtattcttgaacattatcataa 358  Q
    |  |||||||||||   | ||||||||||||| || ||||||||||| | |||  |||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  37180956 gtctcggtcacgtt---accaacatgttccttcaatgtttgtcccatttttttttcctttttccaatgacccttttgtggaatcttgaacattatcataa 37180860  T
Q  359 acatcatttgctttatcataaactctctctttagcattatcaactgcatcaacaacattgttaccaacttctttcactgcttctttgtttgaataaacaa 458  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37180859 acatcattagctttatcataaactttctctttaacattatcaactgcatcaacaacattgttaccaacttctttcactgcttctttgtttgcataaacaa 37180760  T
Q  459 tatctctcttcttatcaattgtttctgaagctttatcctttgctttctccattacatgtttgcatttaccatatgcatcacaaataagctcttt 552  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37180759 tatctctcttcttatcaattgtttatgaggctttatcctttgctttctccattgcgtgtttgcatttaccatatgcatcacaaataagctcttt 37180666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University