View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15024_high_14 (Length: 449)

Name: NF15024_high_14
Description: NF15024
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15024_high_14
NF15024_high_14
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (17-434)||(40820404-40820822)
chr4 (17-416)||(40825071-40825472)
[»] chr7 (20 HSPs)
chr7 (17-444)||(20293009-20293437)
chr7 (20-434)||(20169311-20169726)
chr7 (20-304)||(20302353-20302636)
chr7 (20-321)||(20300263-20300560)
chr7 (19-434)||(20272212-20272628)
chr7 (23-418)||(20277972-20278368)
chr7 (20-291)||(20230205-20230475)
chr7 (23-432)||(20282536-20282947)
chr7 (20-416)||(20242028-20242425)
chr7 (89-247)||(20090388-20090545)
chr7 (19-203)||(20262861-20263044)
chr7 (17-409)||(20287673-20288069)
chr7 (20-238)||(20063785-20064002)
chr7 (346-431)||(20064097-20064182)
chr7 (56-132)||(19937728-19937804)
chr7 (56-132)||(19968867-19968943)
chr7 (346-418)||(20230076-20230148)
chr7 (243-416)||(20262661-20262836)
chr7 (17-65)||(20090330-20090378)
chr7 (56-120)||(47601851-47601915)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 377; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 377; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 434
Target Start/End: Original strand, 40820404 - 40820822
Alignment:
Q  17 acacgaacatatagatcgagtcctccactttggagttgatgtatgtcaagtagattcccagtccaagacatacagccaatcccagaatcatgagaatacg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40820404 acacgaacatatagatcgagtcctccactttggagttgatgtatgtcaagtagattcccagtccaagacatacagccaatcccagaatcatgagaatacg 40820503  T
Q  117 caacgcaggagcaattgtgcaaacataagcttctgcatatgtctggtgtaacaagctacaccttctgcaaaatctgaaacttcaaccgcatgcaatttca 216  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  40820504 caacgcaggagcaattgtgcagacataagcttctgcatatgtctggtgtaac-agctacaccttctgcaaattctgaaacttcaaccgcatgcaatttca 40820602  T
Q  217 aaaacccattttcctttgtactcgtggttttattgctgatccttccacactccaaaggtgtcctcgtaacacaccgacccgtccaattatgtatactcca 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40820603 aaaacccattttcctttgtactcgtggttttattgctgatcctttcacactccaaaggtgtcctcctaacacaccgacccgtccaattatgtatactcca 40820702  T
Q  317 ttcttc--tgtttctgggtacaaatcctcgaaaacagctacatattggcgagctcattaaactacagcttgcaaatgctgcacatataccataaacatca 414  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40820703 ttcttctatgtttctgggtacaaatcctctaaaacagctacatattggcgagctcaataaactacagcttgcaaatgctgcacatataccataaacatca 40820802  T
Q  415 cactatgattctcggcttgt 434  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  40820803 cactatgattctcggcttgt 40820822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 17 - 416
Target Start/End: Original strand, 40825071 - 40825472
Alignment:
Q  17 acacgaacatatagatcgagtcctccactttggagtt-gatgtatgtcaagtagattcccagtccaagacatacagccaatcccagaatcatgagaatac 115  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||| || || | ||||| |||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||     ||||||||     
T  40825071 acacgaacatatagatcaagtcctccattttagaatttgttgtatatcaattagattgccagtccaagacatacaaccaatcccagtggtgtgagaatat 40825170  T
Q  116 gcaacgcaggagcaattgtgcaaacataagcttctgcatatgtctggtgtaacaagctacaccttctgcaaaatctgaaacttcaaccgcatgcaatttc 215  Q
    |||| ||| |||||||| |  |  |||  |||| | |||||||||||||||||  |||  || || ||||||||| | ||||| ||||   |||||||||    
T  40825171 gcaatgcaagagcaattctctatgcattggcttttacatatgtctggtgtaac-tgctgaactttgtgcaaaatcaggaactttaaccatctgcaatttc 40825269  T
Q  216 aaaaacccattttcctttgtactcgtggttttattgctgatccttccacactccaaaggtgtcctcgtaacacaccgacccgtccaattatgtatactcc 315  Q
    |||||||||| |||||||||||| || || |||||  ||| | || |||||| |||| |||||||  ||||||||| ||| ||||| || ||| || |||    
T  40825270 aaaaacccatcttcctttgtacttgttgtcttattattgaccttttcacactgcaaaagtgtccttctaacacacccacctgtccagttgtgtctattcc 40825369  T
Q  316 attc--ttctgtttctgggtacaaatcctcgaaaacagctacatattggcgagctcattaaactacagcttgcaaatgctgcacatataccataaacatc 413  Q
    | ||   | |||| |||||| |||||||||  ||||| || ||||| ||  |  ||| | |||||||||||| ||||||  |||||||||||||||| ||    
T  40825370 actcctgtttgttcctgggttcaaatcctctcaaacaactgcatatcggtaacttcaatgaactacagcttgaaaatgccccacatataccataaacgtc 40825469  T
Q  414 aca 416  Q
    |||    
T  40825470 aca 40825472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 287; Significance: 1e-161; HSPs: 20)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 17 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 20293437 - 20293009
Alignment:
Q  17 acacgaacatatagatcgagtcctccactttggagttgatgtatgtcaagtagattcccagtccaagacatacagccaatcccagaatcatgagaatacg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20293437 acacgaacatatagatcgagtcctccactttggagttgatgtatgtcaagtagatttccagtccaagacatacagccaatcccagaatcatgagaatacg 20293338  T
Q  117 caacgcaggagcaattgtgcaaacataagcttctgcatatgtctggtgtaacaagctacaccttctgcaaaatctgaaacttcaaccgcatgcaatttca 216  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||   | ||||||||    
T  20293337 caatgcaggagcaattatgcaaacataagcttctgcatatttctggtgtaac-agctacaccttctgcaaaatctggaactttaaccatcttcaatttca 20293239  T
Q  217 aaaacccattttcctttgtactcgtggttttattgctgatccttccacactccaaaggtgtcctcgtaacacaccgacccgtccaattatgtatactcca 316  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||| |||||||    
T  20293238 aaaacccatcttcctttgtactggtggttttattgttgaccctttcacactccaaaggtgtcctcctaacacacccaccggtccaattatgtttactcca 20293139  T
Q  317 ttcttc--tgtttctgggtacaaatcctcgaaaacagctacatattggcgagctcattaaactacagcttgcaaatgctgcacatataccataaacatca 414  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||    
T  20293138 ttcttctatgtttctgggtacaaatcctctcaaacagctacatattggtgagctcaatgaactacagcttgcaaaggccccacatataccataaacatca 20293039  T
Q  415 cactatgattctcggcttgttcatctcact 444  Q
    |||| |||||||||| |||| ||| |||||    
T  20293038 cactctgattctcgggttgtccatgtcact 20293009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 20 - 434
Target Start/End: Original strand, 20169311 - 20169726
Alignment:
Q  20 cgaacatatagatcgagtcctccactttggagttgatgtatgtcaagtagattcccagtccaagacatacagccaatcccagaatcatgagaatacgcaa 119  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||| | ||| ||||||||| ||||||| || |||||||||||||| |||||||||  |||||||||||| ||||    
T  20169311 cgaacatatagatcaagtcctcctctttgaaattgttgtatgtcacgtagattgccggtccaagacatacaaccaatcccatcatcatgagaatatgcaa 20169410  T
Q  120 cgcaggagcaattgtgcaaacataagcttctgcatatgtctggtgtaacaagctacaccttctgcaaaatctgaaacttcaaccgcatgcaatttcaaaa 219  Q
     ||| |||||||| | ||| |||| ||||||||||||||||| |||||| ||  | |||||| |||||||||| ||||| || |   || | ||||||||    
T  20169411 ggcaagagcaattctccaagcataggcttctgcatatgtctgatgtaac-agtcaaaccttcagcaaaatctggaactttaatcatttgtagtttcaaaa 20169509  T
Q  220 acccattttcctttgtactcgtggttttattgctgatccttccacactccaaaggtgtcctcgtaacacaccgacccgtccaattatgtatactccattc 319  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||||||| ||| |||| |||||| ||||||||||||   |||||||| ||| ||||| ||||||||| ||||||     
T  20169510 acccatcttcctttgtacttgtggttttattgttgaccctttcacactgcaaaggtgtccttcgaacacacccaccggtccagttatgtatattccattg 20169609  T
Q  320 ttc--tgtttctgggtacaaatcctcgaaaacagctacatattggcgagctcattaaactacagcttgcaaatgctgcacatataccataaacatcacac 417  Q
    |||  ||||||||||| |||| ||||  |||||||||||| |||| ||||||| | || |||| |||||||||||  ||||||   | ||||||||||||    
T  20169610 ttctatgtttctgggttcaaaccctctcaaacagctacatgttggtgagctcaatgaattacaacttgcaaatgccccacataagtcgtaaacatcacac 20169709  T
Q  418 tatgattctcggcttgt 434  Q
    | |||||| || |||||    
T  20169710 tttgattcccgacttgt 20169726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 8e-62
Query Start/End: Original strand, 20 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 20302636 - 20302353
Alignment:
Q  20 cgaacatatagatcgagtcctccactttggagttgatgtatgtcaagtagattcccagtccaagacatacagccaatcccagaatcatgagaatacgcaa 119  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |  || || |||     
T  20302636 cgaaaatatagatcaagtcctccactttcgagttgttgtatgtcaagtaaattcccagtccaagacatgcagccaatcccagcatcgttggagtatgcag 20302537  T
Q  120 cgcaggagcaattgtgcaaacataagcttctgcatatgtctggtgtaacaagctacaccttctgcaaaatctgaaacttcaaccgcatgcaatttcaaaa 219  Q
     ||| |||||||| | ||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| ||||   |||||||||||||    
T  20302536 tgcaagagcaattctccaagcataagcttctgcatatatctggtgtaac-agctacaccttctgcaaaatcgggaactttaaccatctgcaatttcaaaa 20302438  T
Q  220 acccattttcctttgtactcgtggttttattgctgatccttccacactccaaaggtgtcctcgtaacacaccgacccgtccaatt 304  Q
    |||||| ||| |||||||| |||||||||||| ||| |||| |||||| ||||| | | ||| ||||||||| ||  ||||||||    
T  20302437 acccatcttcttttgtacttgtggttttattgttgaccctttcacactgcaaagatcttctcctaacacacccactagtccaatt 20302353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 20 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 20300560 - 20300263
Alignment:
Q  20 cgaacatatagatcgagtcctccactttggagttgatgtatgtcaagtagattcccagtccaagacatacagccaatcccagaatcatgagaatacgcaa 119  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||  |||||   ||| |||| |||||||| ||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||| |||||    
T  20300560 cgaacatatagatcaagtcctccactttctagttg---tatatcaattagattcctagtccaagacatacaaccaattccagcatcatgagaattcgcaa 20300464  T
Q  120 cgcaggagcaattgtgcaaacataagcttctgcatatgtctggtgtaacaagctacaccttctgcaaaatctgaaacttcaaccgcatgcaatttcaaaa 219  Q
    |||| |||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| || | ||||| ||||   |||||| ||||||    
T  20300463 cgcatgagcaattctacaagcataagcttctgcatatgtctggtgcaac-agctacaccttctgcaaattcaggaactttaaccatctgcaatatcaaaa 20300365  T
Q  220 acccattttcctttgtactcgtggttttattgctgatccttccacactccaaaggtgtcctcgtaacacaccgacccgtccaattatgtatactccattc 319  Q
    | |||| |||||||||||| |||||||||||| ||| ||||  |||||  |||| ||||||| | ||||||| ||| |||||||| | | || |||||||    
T  20300364 atccatcttcctttgtactggtggttttattgttgaccctttaacactgaaaagctgtcctcctgacacacccaccagtccaattgtttctattccattc 20300265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 19 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 20272628 - 20272212
Alignment:
Q  19 acgaacatatagatcgagtcctccactttggagttgatgtatgtcaagtagattcccagtccaagacatacagccaatcccagaatcatgagaatacgca 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||  || || |||||||||||||||||  |||||||   ||||||||||||||||  |||||||||||| |||    
T  20272628 acgaacatatagatcgagtcctcccatttcaagctgttgtatgtcaagtagatttgcagtccacagcatacagccaatcccatcatcatgagaatatgca 20272529  T
Q  119 acgcaggagcaattgtgcaaacataagcttctgcatatgtctggtgtaacaagctacaccttctgcaaaatctgaaacttcaaccgcatgcaatttcaaa 218  Q
    | ||| |||||||| | ||| |||| ||||||||||||||| |||||||| |  || |||||| |||||||||| ||||| || ||  || | |||||||    
T  20272528 aggcaagagcaattctccaagcataggcttctgcatatgtcaggtgtaacga-ttaaaccttcagcaaaatctggaactttaatcgtctgtagtttcaaa 20272430  T
Q  219 aacccattttcctttgtactcgtggttttattgctgatccttccacactccaaaggtgtcctcgtaacacaccgacccgtccaattatgtatactccatt 318  Q
    | ||||| |||||||||||| ||||||||||||  || |||| | |||| |||||||||| || ||||||||| ||| | ||| || | |||  ||||||    
T  20272429 atcccatcttcctttgtacttgtggttttattgtggaccctttcgcactgcaaaggtgtcttcctaacacacccaccagaccagttgtttattttccatt 20272330  T
Q  319 --cttctgtttctgggtacaaatcctcgaaaacagctacatattggcgagctcattaaactacagcttgcaaatgctgcacatataccataaacatcaca 416  Q
      | | | ||| | ||| ||||||||   | |||||| |||||||| ||| ||  | |||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  20272329 cacgtatatttttaggttcaaatcctttcagacagctgcatattggtgaggtcgatgaactacagattgcaaatgcgccacatataccataaacatcaca 20272230  T
Q  417 ctatgattctcggcttgt 434  Q
    || ||| |||||||||||    
T  20272229 ctctgaatctcggcttgt 20272212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 23 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 20278368 - 20277972
Alignment:
Q  23 acatatagatcgagtcctccactttggagttgatgtatgtcaagtagattcccagtccaagacatacagccaatcccagaatcatgagaatacgcaacgc 122  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||| | |||||||| ||||| |||| ||    
T  20278368 acatatagatcaagtcctccactttcgagttgttgtatgtcaagtagtttccctgtccacgacatacagccaatcacggaatcatgggaatatgcaaggc 20278269  T
Q  123 aggagcaattgtgcaaacataagcttctgcatatgtctggtgtaacaagctacaccttctgcaaaatctgaaacttcaaccgcatgcaatttcaaaaacc 222  Q
    | || ||||| | ||| |||| ||||||||| |||||||||||||| ||||| | |||| |||||| |||  ||||  ||||  || ||||||||||||     
T  20278268 aagaacaattctccaagcataggcttctgcaaatgtctggtgtaac-agctaaagcttcagcaaaagctggtactttcaccgtctgtaatttcaaaaacg 20278170  T
Q  223 cattttcctttgtactcgtggttttattgctgatccttccacactccaaaggtgtcctcgtaacacaccgacccgtccaattatgtatactccattct-- 320  Q
    ||| ||||||| | |  |||||||||||| |   ||| | ||||| |||||  || ||| ||||||||| ||| ||||| ||||||  | ||||||||      
T  20278169 catcttcctttctccgtgtggttttattgttatccctactacactgcaaagtggttctcctaacacacccaccggtccagttatgtccattccattcttg 20278070  T
Q  321 tctgtttctgggtacaaatcctcgaaaacagctacatattggcgagctcattaaactacagcttgcaaatgctgcacatataccataaacatcacact 418  Q
    | ||||||| ||| |||||||||  | |||| |||||||||| |||  || | |||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||    
T  20278069 tatgtttctaggttcaaatcctctcagacagatacatattggtgagaacaatgaactacagcttgcaaatgccccacatataccgtaaacatcacact 20277972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 20 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 20230475 - 20230205
Alignment:
Q  20 cgaacatatagatcgagtcctccactttggagttgatgtatgtcaagtagattcccagtccaagacatacagccaatcccagaatcatgagaatacgcaa 119  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  20230475 cgaacatataggtcaagtcctccactttggaattgttgtatgtcaagtagattgccggtccaagacatacagccaatcccatcatcatgagaatacgcaa 20230376  T
Q  120 cgcaggagcaattgtgcaaacataagcttctgcatatgtctggtgtaacaagctacaccttctgcaaaatctgaaacttcaaccgcatgcaatttcaaaa 219  Q
    | || |||||||| | |||||||||| |||||||| |||| |||||  |   ||| |||||| |||||||||| ||||| ||||   || | ||||||||    
T  20230375 cacaagagcaattctccaaacataagattctgcatctgtcaggtgt-cccttctaaaccttcagcaaaatctggaactttaaccatctgtagtttcaaaa 20230277  T
Q  220 acccattttcctttgtactcgtggttttattgctgatccttccacactccaaaggtgtcctcgtaacacacc 291  Q
    |||| | ||||||| |||  ||||||||||||| |||||||  ||||| ||| ||| ||| | |||||||||    
T  20230276 acccgtcttcctttctacctgtggttttattgccgatccttttacactgcaatggtttccgcctaacacacc 20230205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 23 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 20282947 - 20282536
Alignment:
Q  23 acatatagatcgagtcctccactttggagttgatgtatgtcaagtagattcccagtccaagacatacagccaatcccagaatcatgagaatacgcaacgc 122  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||| | |||||||| ||||| |||| ||    
T  20282947 acatatagatcaagtcctccactttggagttgttgtatgtcaagtagtttccctgtccacgacatacagccaatcacggaatcatgggaatatgcaaggc 20282848  T
Q  123 aggagcaattgtgcaaacataagcttctgcatatgtctggtgtaacaagctacaccttctgcaaaatctgaaacttcaaccgcatgcaatttcaaaaacc 222  Q
    | || ||||| | ||| |||| ||||||||| |||||||||||||| ||||| | |||| |||||| | |  ||||  |||   || | ||| |||||      
T  20282847 aagaacaattctccaagcataggcttctgcaaatgtctggtgtaac-agctaaagcttcagcaaaagccggtactttcaccatctgtagtttgaaaaa-g 20282750  T
Q  223 cattttcctttgtactcgtggttttattgctgatcctt-ccacactccaaaggtgtcctcgtaacacaccgacccgtccaattatgtatactccattct- 320  Q
    ||| ||||||| |    |||||||||||| | | |||| ||||||| |||||| || ||| ||||||||| ||| ||||| ||||||||| ||||||||     
T  20282749 catattcctttctctgtgtggttttattg-ttagccttgccacactgcaaaggggttctcctaacacacccaccggtccagttatgtatattccattctt 20282651  T
Q  321 -tctgtttctgggtacaaatcctcgaaaac--agctacatattggcgagctcattaaactacagcttgcaaatgctgcacatataccataaacatcacac 417  Q
     | ||||||| ||| |||||||||  | ||  || |||||||||| |||  || | || ||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||    
T  20282650 gtatgtttctaggttcaaatcctctcagacagagatacatattggtgagaccaatgaattacagcttgcaaatgccccacatataccataagcatcacac 20282551  T
Q  418 tatgattctcggctt 432  Q
    | ||| ||| |||||    
T  20282550 tctgagtcttggctt 20282536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 20 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 20242425 - 20242028
Alignment:
Q  20 cgaacatatagatcgagtcctccactttggagttgatgtatgtcaagtagattcccagtccaagacatacagccaatcccagaatcatgagaatacgcaa 119  Q
    ||||||||||| || ||||||||| ||| || ||| | ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||  || ||||||||||||||    
T  20242425 cgaacatataggtcaagtcctccaatttcgaattgttctatgtcaagtagattgccggtccaagacatacagccaatcacatcatgatgagaatacgcaa 20242326  T
Q  120 cgcaggagcaattgtgcaaacataagcttctgcatatgtctggtgtaacaagctacaccttctgcaaaatctgaaacttcaaccgcatgcaatttcaaaa 219  Q
    | || |||||||| |  ||||||||| |||||||| |||| ||||||||  |||| |||||| |||||||||| ||||| ||||   || | ||||| ||    
T  20242325 cacaagagcaattctctaaacataagattctgcatgtgtcaggtgtaac-tgctaaaccttcagcaaaatctggaactttaaccatctgtagtttcagaa 20242227  T
Q  220 acccattttcctttgtactcgtggttttattgctgatccttccacactccaaaggtgtcctcgtaacacaccgacccgtccaattatgtatactccatt- 318  Q
    |||||| ||||||| |||| |||||||||||| ||| ||||  ||||  ||||||| ||  | |||||||||  || ||||| || | | |||||||||     
T  20242226 acccatcttcctttctacttgtggttttattggtgacccttttacacagcaaaggtctctgcctaacacacccgccagtccagttgtttctactccattc 20242127  T
Q  319 -cttctgtttctgggtacaaatcctcgaaaacagctacatattggcgagctcattaaactacagcttgcaaatgctgcacatataccataaacatcaca 416  Q
     |   | ||||||||| ||||||||   ||||| || || | ||| ||||||| | || ||||||||| |||  || |||||| |||||||||||||||    
T  20242126 acgagtatttctgggttcaaatcctttcaaacaactgcaaactggtgagctcaatgaattacagcttgtaaaatctccacatagaccataaacatcaca 20242028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 89 - 247
Target Start/End: Original strand, 20090388 - 20090545
Alignment:
Q  89 cagccaatcccagaatcatgagaatacgcaacgcaggagcaattgtgcaaacataagcttctgcatatgtctggtgtaacaagctacaccttctgcaaaa 188  Q
    ||||||||| |||  || ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  20090388 cagccaatctcagtgtcgtgacaatacgcaacgcaggagcaattatgcaaacataagctgctgcatatttctggtgcaac-agctacaccttctgcaaaa 20090486  T
Q  189 tctgaaacttcaaccgcatgcaatttcaaaaacccattttcctttgtactcgtggtttt 247  Q
    |||| ||||| ||||   | ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||    
T  20090487 tctggaactttaaccatcttcaatttcaaaaacccatcttcctttgtatttgtggtttt 20090545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 19 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 20263044 - 20262861
Alignment:
Q  19 acgaacatatagatcgagtcctccactttggagttgatgtatgtcaagtagattcccagtccaagacatacagccaatcccagaatcatgagaatacgca 118  Q
    ||||| |||||| || |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||| ||  || |||||||||||||    
T  20263044 acgaatatataggtcaagtcctccactttggaattgttgtatgtcaagtagatttcgggtccaagacatacagccaatcacatcatgatgagaatacgca 20262945  T
Q  119 acgcaggagcaattgtgcaaacataagcttctgcatatgtctggtgtaacaagctacaccttctgcaaaatctgaaacttcaacc 203  Q
    || || |||||||| | |||||||||| || ||||| |||| |||| |||  |||| |||||| |||||||||| ||||| ||||    
T  20262944 acacaagagcaattctccaaacataagattttgcatttgtcaggtgcaac-tgctaaaccttcagcaaaatctggaactttaacc 20262861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 17 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 20288069 - 20287673
Alignment:
Q  17 acacgaacatatagatcgagtcctccactttggagttgatgtatgtcaagtagattcccagtccaagacatacagccaatcccagaatcatgagaatacg 116  Q
    ||||||||||||| ||| || |||||| ||| || ||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||     |||||||| |    
T  20288069 acacgaacatataaatcaagccctccatttttgaattgttgtatatcaattagattcccagtccaagacatacaaccaatcccagcggtgtgagaatatg 20287970  T
Q  117 caacgcaggagcaattgtgcaaacataagcttctgcatatgtctggtgtaacaagctacaccttctgcaaaatctgaaacttcaaccgcatgcaatttca 216  Q
    ||| ||| |||||||| |  || |||  |||||| ||||||||||||||||   |||  ||||| ||||||||| | ||||| ||||   | ||||||||    
T  20287969 caatgcaagagcaattctctaagcatcggcttctacatatgtctggtgtaa-gtgctgaaccttgtgcaaaatcaggaactttaaccatcttcaatttca 20287871  T
Q  217 aaaacccattttc---ctttgtactcgtggttttattgctgatccttccacactccaaaggtgtcctcgtaacacaccgacccgtccaattatgtatact 313  Q
    |||| |||| |||   ||||||||| ||||| |||||  ||| |||| |||||| |||| || ||||  ||||||||| ||| ||||| || ||| || |    
T  20287870 aaaatccatcttccttctttgtacttgtggtgttattattgaccctttcacactgcaaaagtatccttctaacacacccaccagtccagttgtgtctatt 20287771  T
Q  314 ccattc--ttctgtttctgggtacaaatcctcgaaaacagctacatattggcgagctcattaaactacagcttgcaaatgctgcacatataccataaa 409  Q
    ||| ||   | |||| |||||| |||||||||  ||||| || ||||||||  |  ||| | ||||||||||||| |||||  |||||||||||||||    
T  20287770 ccactcctgtttgttcctgggttcaaatcctctcaaacaactgcatattggtaacttcaatgaactacagcttgcgaatgccccacatataccataaa 20287673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 20 - 238
Target Start/End: Original strand, 20063785 - 20064002
Alignment:
Q  20 cgaacatatagatcgagtcctccactttggagttgatgtatgtcaagtagattcccagtccaagacatacagccaatcccagaatcatgagaatacgcaa 119  Q
    |||| ||||||||| ||||||||  |||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||| |||||| |||||||||| ||| | ||| ||||||     
T  20063785 cgaaaatatagatcaagtcctcccatttggagttgttgtatgtcaagtaagttcccagtccaagtcatacaaccaatcccagcatcgttagagtacgcag 20063884  T
Q  120 cgcaggagcaattgtgcaaacataagcttctgcatatgtctggtgtaacaagctacaccttctgcaaaatctgaaacttcaaccgcatgcaatttcaaaa 219  Q
     ||| |||||||| | ||| ||||| |||||||||||||| |||||  | |||||  ||   ||||||||| | ||||| ||||   | |||||||||||    
T  20063885 tgcaagagcaattctccaagcataaccttctgcatatgtccggtgtctc-agctattccacttgcaaaatcaggaactttaaccatcttcaatttcaaaa 20063983  T
Q  220 acccattttcctttgtact 238  Q
    |||||| ||| ||||||||    
T  20063984 acccatcttcttttgtact 20064002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 346 - 431
Target Start/End: Original strand, 20064097 - 20064182
Alignment:
Q  346 aaacagctacatattggcgagctcattaaactacagcttgcaaatgctgcacatataccataaacatcacactatgattctcggct 431  Q
    |||||||| |||||||| | | ||| | |||||||||||||||||||  ||||| ||||||| |||||||||| ||||| ||||||    
T  20064097 aaacagctgcatattggtgtgttcaatgaactacagcttgcaaatgccccacatgtaccatatacatcacactctgattttcggct 20064182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 56 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 19937804 - 19937728
Alignment:
Q  56 tgtatgtcaagtagattcccagtccaagacatacagccaatcccagaatcatgagaatacgcaacgcaggagcaatt 132  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||  ||| ||||| |||||| ||||| || ||||||||    
T  19937804 tgtatgtcaactaggttcccagtccaagacatacaaccaatgtcagcatcataagaatatgcaacacaagagcaatt 19937728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 56 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 19968943 - 19968867
Alignment:
Q  56 tgtatgtcaagtagattcccagtccaagacatacagccaatcccagaatcatgagaatacgcaacgcaggagcaatt 132  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||  ||| ||||| |||||| ||||| || ||||||||    
T  19968943 tgtatgtcaactaggttcccagtccaagacatacaaccaatgtcagcatcataagaatatgcaacacaagagcaatt 19968867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 346 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 20230148 - 20230076
Alignment:
Q  346 aaacagctacatattggcgagctcattaaactacagcttgcaaatgctgcacatataccataaacatcacact 418  Q
    |||||||| || ||||||| ||||| | || ||||||||| ||||||  |||||| |||||||||||||||||    
T  20230148 aaacagctgcaaattggcgtgctcaatgaattacagcttgtaaatgccccacatagaccataaacatcacact 20230076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 243 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 20262836 - 20262661
Alignment:
Q  243 gttttattgctgatccttccacactccaaaggtgtcctcgtaacacaccgacccgtccaattatgtatactccatt--cttctgtttctgggtacaaatc 340  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||| | |||||||||  || ||||| || | | |||||||||  |   | ||||||||| ||||||    
T  20262836 gttttattgctgatcctttcacactgcaaaggtctccgcctaacacacccgccagtccagttgtttctactccattcacgagtatttctgggttcaaatc 20262737  T
Q  341 ctcgaaaacagctacatattggcgagctcattaaactacagcttgcaaatgctgcacatataccataaacatcaca 416  Q
    ||   ||||| || ||||  || ||||||| | || ||||||||| |||| || |||| | |||||||||||||||    
T  20262736 ctttcaaacaactgcataccggtgagctcaatgaattacagcttgtaaattctccacagagaccataaacatcaca 20262661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 17 - 65
Target Start/End: Original strand, 20090330 - 20090378
Alignment:
Q  17 acacgaacatatagatcgagtcctccactttggagttgatgtatgtcaa 65  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||    
T  20090330 acacgaaaatatagatcaagtcctccactttcgagttgttctatgtcaa 20090378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 56 - 120
Target Start/End: Original strand, 47601851 - 47601915
Alignment:
Q  56 tgtatgtcaagtagattcccagtccaagacatacagccaatcccagaatcatgagaatacgcaac 120  Q
    |||||||||| | ||||||||||||| |||||||| |||||  ||| ||||| |||||| |||||    
T  47601851 tgtatgtcaacttgattcccagtccaggacatacaaccaatgtcaggatcataagaatatgcaac 47601915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University