View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15024_low_6 (Length: 610)

Name: NF15024_low_6
Description: NF15024
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15024_low_6
NF15024_low_6
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (1-593)||(21488782-21489374)
chr3 (4-593)||(21482443-21483026)
chr3 (1-593)||(21492595-21493181)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 549; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 549; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 593
Target Start/End: Complemental strand, 21489374 - 21488782
Alignment:
Q  1 tagattatacttactttcaccaatgacccactcaccctgttccatggtgttgtactggaggatattactgagttaacatcaattccaatatgtgcataat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21489374 tagattatacttactttcaccaatgacccactcaccctgttccatggtgttgtactggatgatattactgagttaacatcaattccaatatgtgcataat 21489275  T
Q  101 tgggatcaaacacttgcttattggcatgactatcaaactcgacaccaacaaattgattgaaagcctttttcccatcaactactccgagttttgaacccac 200  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21489274 tgggatcaaacactaacttattggcatgactatcaaactcgacaccaacaaattgattgaaagcatttttcccatcaactactccgagttttgaacccac 21489175  T
Q  201 agagttgtgaggaattacggtgtcttgtggtgcaagaaagaagacgagtccatcggcttgtttataaccttgataatcctcaaccgtgaaggtaaaggaa 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21489174 agagttgtgaggaattacggtgtcttgtggtgcaagaaagaagatgagtccatcggcttgtttataaccttgataatcctcaaccgtgaaggtaaaggaa 21489075  T
Q  301 gtaacgaagctagcgacatgtccagtagtactatcccaaatattcactggatttgaatacaacacccgtccagtactttgtttagaaaggttggttagga 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  21489074 gtaacgaagctagcgacatgtccagtagtactatcccaaatagtcactggatttgaatacaacacccgtccagtactttgtttagaaaggttggttaggg 21488975  T
Q  401 caattaccccatttggtaaaatcgcggtactaccttgcatgattaaatcagattgaccagaagtgaaattttgaaagttgaaagaagttgttttctgaga 500  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  21488974 ccattaccccatttggtaaaatcgcggtactaccttgcatgattaaatcagattgaccagaagtgaaattttgaaagtcgaaggaagttgttttctgaga 21488875  T
Q  501 ggtcactggttcagtagttgccagcaagagagcaactattactgaaacagaaagaaaagaagatggtaattttgaagacatgatgatactcat 593  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21488874 ggtcactagttcagtagttgccagcaagagagcaactattactgaaacagaaagaaaagaagatggtaattttgaagacatgatgatactcat 21488782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 593
Target Start/End: Complemental strand, 21483026 - 21482443
Alignment:
Q  4 attatacttactttcaccaatgacccactcaccctgttccatggtgttgtactggaggatattactgagttaacatcaattccaatatgtgcataattgg 103  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  21483026 attatacttactttgactaatgacccactcaccctgttccatggtgttgtcctggaggaaattacagagttaacatcaattccaatatgtggatacttgg 21482927  T
Q  104 gatcaaacacttgcttattggcatgactatcaaactcgacaccaacaaattgattgaaagcctttttcccatcaactactccgagttttgaacccacaga 203  Q
    ||||| ||      | |||||||| |   |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||| ||||||||  ||||    
T  21482926 gatcatac------tgattggcataagagtcaaactctacaccaacaaattgattgaaagcattttgcgcatcaactactccgagatttgaacctccaga 21482833  T
Q  204 gttgtgaggaattacggtgtcttgtggtgcaagaaagaagacgagtccatcggcttgtttataaccttgataatcctcaaccgtgaaggtaaaggaagta 303  Q
    |||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||  |||||| |||||   ||||||||||||||||  |||||||      
T  21482832 gttgggaggaatgacggtatcttgtggtgcaagaaagaagatgactccatcggctttattataatcttgaatgtcctcaaccgtgaaggagaaggaagcg 21482733  T
Q  304 acgaagctagcgacatgtccagtagtactatcccaaatattcactggatttgaatacaacacccgtccagtactttgtttagaaaggttggttaggacaa 403  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| || |  | |||||| ||||||| ||  | |    
T  21482732 acgaagctagcaacatgtccagtagtactatcccaaataggcactggatttgaatacaacacccgtccaatattaggcttagaagggttggtgagtgcca 21482633  T
Q  404 ttaccccatttggtaaaatcgcggtactaccttgcatgattaaatcagattgaccagaagtgaaattttgaaagttgaaagaagttgttttctgagaggt 503  Q
    ||| ||||||||  |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  21482632 ttatcccatttgaaaaaatctcagtactaccttgcatgattaaatcagattgacctgaggtgaatttttgaaagtcgaaggaagttgttttctgagaggt 21482533  T
Q  504 cactggttcagtagttgccagcaagagagcaactattactgaaacagaaagaaaagaagatggtaattttgaagacatgatgatactcat 593  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21482532 cactggttcagtagttgccagcaagagagcaactattactgaaacagaaagaaaataaaatggtaattttgaagacatgatgatactcat 21482443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 1 - 593
Target Start/End: Complemental strand, 21493181 - 21492595
Alignment:
Q  1 tagattatacttactttcaccaatgacccactcaccctgttccatggtgttgtactggaggatattactgagttaacatcaattccaatatgtgcataat 100  Q
    ||||||||| ||||||| || ||||||||||| ||| | ||||||| |||||| |||  ||| ||||  ||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  21493181 tagattatatttactttgactaatgacccacttaccttattccatgttgttgtcctgcgggaaattaaagagttaacatcaattccaatatgtggatact 21493082  T
Q  101 tgggatcaaacacttgcttattggcatgactatcaaactcgacaccaacaaattgattgaaagcctttttcccatcaactactccgagttttgaacccac 200  Q
    |||||||| ||      | |||||||| |   |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||| | |  |||  |    
T  21493081 tgggatcatac------tgattggcataagagtcaaactctacaccaacaaattgattgaaagcattttgcacatcaactactccgagatatttacctcc 21492988  T
Q  201 agagttgtgaggaattacggtgtcttgtggtgcaagaaagaagacgagtccatcggcttgtttataaccttgataatcctcaaccgtgaaggtaaaggaa 300  Q
    ||||||| ||||||| |||||||| |||| |||||||||||||| || |||||||||| |  ||||||||||||||||||||||   |||||  ||||||    
T  21492987 agagttgggaggaatgacggtgtcatgtgatgcaagaaagaagatgattccatcggctggcatataaccttgataatcctcaacgacgaaggagaaggaa 21492888  T
Q  301 gtaacgaagctagcgacatgtccagtagtactatcccaaatattcactggatttgaatacaacacccgtccagtactttgtttagaaaggttggttagga 400  Q
    |  | ||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||  ||| | ||||||||||||||||||||||||| |  | ||||   ||||||| ||      
T  21492887 gcgatgaagctagcaacatgtccggtagtacgatcccaaataggcaccgaatttgaatacaacacccgtccagtattagggttagttgggttggtgagtg 21492788  T
Q  401 caattaccccatttggtaaaatcgcggtactaccttgcatgattaaatcagattgaccagaagtgaaattttgaaagttgaaagaagttgttttctgaga 500  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  21492787 ccattaccccatttggtaaaatcgcggtactaccttgcatgattaaatcagattgaccagaagtgaagttttgaaagtcgaaggaagttgttttctgaga 21492688  T
Q  501 ggtcactggttcagtagttgccagcaagagagcaactattactgaaacagaaagaaaagaagatggtaattttgaagacatgatgatactcat 593  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21492687 ggtcactggttcagtagttgccagcatgagagcaactattattgaaacagaaagaaaagaagatggtaattttgaagacatgatgatactcat 21492595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University