View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15026_low_1 (Length: 786)

Name: NF15026_low_1
Description: NF15026
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15026_low_1
NF15026_low_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-770)||(34094855-34095624)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 695; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 695; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 770
Target Start/End: Original strand, 34094855 - 34095624
Alignment:
Q  1 tggtcgagtgagatgaacacaagaatgaaacatgttgaccactttttgtttgccatatttcaaaaggtatatgtactggcagccaggggcacaaccaaaa 100  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34094855 tggtagagagagatgaacacaagaatgaaacatgctgaccactttttgtttgccatatttcaaaaggtatatgtactggcagccaggggcacaaccaaaa 34094954  T
Q  101 agcatgccagcagcaattcagatcttttctcttgaccatgttttgggtgacaaaatggattccaacatatcaaaagggaaaatcccattaggggtttcgt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  34094955 agcatgccagcagcaattcagatcttttctcttgaccatgttttgggtgacaaaatggattccaacatatcaaaagggaaaatcccattaggagttttgt 34095054  T
Q  201 ttcaatagtaagacatgtttcctaattaatcacatactaatcatttatgtattatcctggttagtgaaaatggacctacatcttgtcttttaattgaatt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34095055 ttcaatagtaagacatgtttcctaattaatcacatactaatcatttatgtattatcctggttagtgaaaatggacctacatcttgtcttttaattgaatt 34095154  T
Q  301 aattaaatattgattaaaaagcaatcctattaagctctaannnnnnnnnnnnnnnnnactgtgataatacacgtgtggcgacattgcattggattaccag 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34095155 aattaaatattgattaaaaagcaatcctattaagctctaatctctctttctctctctattgtgataatacacgtgtggcgacattgcattggattaccag 34095254  T
Q  401 tctgtatctatcagcaagcagaaatgagtcaccccatgatgtatacatgtgtctcctttacactttcaagtgtatatagttggaaatttttgaataaatc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34095255 tctgtatctatcagcaagcagaaatgagtcaccccatgatgtatacatgtgtctcctttacactttcaagtgtatatagttggaaatttttgaataaatc 34095354  T
Q  501 taaacttaaaactgtttcagctttggatagcatataaaatattcagtgttacgtgggagaggacaaatatattcctcaagaggtgggatggtcaacattt 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34095355 taaacttaaaactgtttcagctttggatagcatataaaatattcagtgttacgtgggagaggacaaatatattcctcaagaggtgggatggtcaacattt 34095454  T
Q  601 cttctcattgattattgccttttgagggtattgatattctcagaagaatttaaaactattggagtatcccttaagatacacacttgaaagcatcgattgt 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34095455 cttctcattgattattgccttttgagggtattgatattctcagaagaatttaaaactattggagtatcccttaagatacacacttgaaagcatcgattgt 34095554  T
Q  701 tgtttcaaaattgagtgtgaaggcctatgtataggaatccatgccttagtaatgggaccacattccaaac 770  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34095555 tgtttcaaaattgagtgtgaaggcctatgtataggaatccatgccttagtaatgggaccacattccaaac 34095624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University