View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15027_low_1 (Length: 575)

Name: NF15027_low_1
Description: NF15027
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15027_low_1
NF15027_low_1
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (1-562)||(25557718-25558279)
chr1 (1-562)||(25553389-25553950)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 530; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 530; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 562
Target Start/End: Original strand, 25557718 - 25558279
Alignment:
Q  1 tcatccccaaagtgaacttccttaatcttcctaaaagcatgaagagtcagcaaactatcagaccccgcctgatgactcttcccagcaacacgatccacat 100  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25557718 tcattcccaaagtgaacttccttaatcttcctaaaagcatgaagagtcagcaaactatcagaccccgcctgatgactcttcccagcaacacgatccacat 25557817  T
Q  101 tcagcgtcttcccaactctatccaaaccaccatacaacccttcacaaaacttcaccaaatgcttcacatcataaacactctccccaaagaaaaccctaac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25557818 tcagcgtcttcccaactctatccaaaccaccatacaacccttcacaaaacttcaccaaatgcttcacatcataaacactctccccaaagaaaaccctaac 25557917  T
Q  201 cagcaccagaaactcagcaagctcatcaggcaaagctctctgcgtcaacgccttcaccaaatatccgaaatcatatccgctatgaaatgtcacccagcta 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25557918 cagcaccagaaactcagcaagctcatcaggcaaagctctctgcgtcaacgccttcaccaaatatccgaaatcatatccgctatgaaatgtcacccagcta 25558017  T
Q  301 acctcctccttacacacaagtccagaactcatcatcaactcagcaaacttcactgactcaaccccaaattccttattcttctcaaaatcaatcccctgac 400  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25558018 acctcctcattacacacaagtccagaactcatcatcaactcagcaaacttcattgactcaaccccaaattccttattcttctcaaaatcaatcccctgac 25558117  T
Q  401 tcttcagcaattcaattgactcgtgcgcgtgaatatcacgcacaacatcaaaatcactgaaattaaattcccaaattagaaactcctctgaatttccatt 500  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25558118 tcttcagcaattcaattgactcatgcgcgtgaatatcacgcacaacatcaaaatcactgaaattaaattcccaaattagaaactcctctgaatttccatt 25558217  T
Q  501 ttccaatttcggcaggttacctttgtcataggataaagtgagaccaacttggatgagattaa 562  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  25558218 ttccaatttgggcaggttacctttggcatcggataaagtgagaccaacttgtatgagattaa 25558279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 562
Target Start/End: Original strand, 25553389 - 25553950
Alignment:
Q  1 tcatccccaaagtgaacttccttaatcttcctaaaagcatgaagagtcagcaaactatcagaccccgcctgatgactcttcccagcaacacgatccacat 100  Q
    |||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||| |||| ||||||||||    
T  25553389 tcattcccaaagtaaacttccttgatcttcctaaaagcatgaagagtcagcaaactatcagaacccgcctcatgagtcttcccaacaacccgatccacat 25553488  T
Q  101 tcagcgtcttcccaactctatccaaaccaccatacaacccttcacaaaacttcaccaaatgcttcacatcataaacactctccccaaagaaaaccctaac 200  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25553489 tcagcatcttcccaaccctatccaaaccaccatacaacccctcacaaaactttgccaaatgcttcacatcataaacactctccccaaagaaaaccctaac 25553588  T
Q  201 cagcaccagaaactcagcaagctcatcaggcaaagctctctgcgtcaacgccttcaccaaatatccgaaatcatatccgctatgaaatgtcacccagcta 300  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  25553589 cagcaccagaaactcagcaagctcttcaggcaaagcatattgagtcaacgccttcaccaaatatccgaaatcataaccgctatgaaatgtcacccagcta 25553688  T
Q  301 acctcctccttacacacaagtccagaactcatcatcaactcagcaaacttcactgactcaaccccaaattccttattcttctcaaaatcaatcccctgac 400  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||   || |||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  25553689 acctcctcattacacacaagtccagaactcatcatcaattcagcaaatctcctagagtcaatcccaaattccttgtttttctcaaaatcaatcccctgac 25553788  T
Q  401 tcttcagcaattcaattgactcgtgcgcgtgaatatcacgcacaacatcaaaatcactgaaattaaattcccaaattagaaactcctctgaatttccatt 500  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | |  ||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||| || ||||||||    
T  25553789 tcttcagcaattcaatagactcatgcgcgtgaatatcacgctccaagtcaaaatcactgaaattgaattcccaaatcagagactcctcagagtttccatt 25553888  T
Q  501 ttccaatttcggcaggttacctttgtcataggataaagtgagaccaacttggatgagattaa 562  Q
    |  |||||| || || ||||| |    ||  |||||||| ||||| |||||||||| |||||    
T  25553889 tctcaattttggaagattaccatcaaaatcagataaagtcagaccgacttggatgatattaa 25553950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University