View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15029_low_2 (Length: 608)

Name: NF15029_low_2
Description: NF15029
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15029_low_2
NF15029_low_2
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (17-590)||(26191780-26192353)
chr4 (19-538)||(26179555-26180072)
chr4 (22-556)||(26161740-26162272)
chr4 (24-185)||(26175213-26175374)
chr4 (23-346)||(25928965-25929288)
chr4 (23-417)||(25648635-25649029)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (23-337)||(32189485-32189799)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 522; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 522; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 590
Target Start/End: Complemental strand, 26192353 - 26191780
Alignment:
Q  17 attctctagagtccatgctcgaatttgttgacacaattattggttcaaacgtcaaatatagtattctaaccacgagcaacccctcacccagaactacccc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26192353 attctctagagtccatgctcgaatttgttgacacaattattggttcaaacgtcaaatatagtattctaaccacgagcaacccctcacccagaactacccc 26192254  T
Q  117 tctacaaaagtacaccgttttagaagtatcacatgatattgatgttcccaaatgggtagcttgtcatcccctcccatatccatatgccatttactattgc 216  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  26192253 tctacaaaagtacactgttttagaagtatcacatgatattgatgttcccaaatgggtagcttgtcatccccttccatatccatatgccatttactattgc 26192154  T
Q  217 cattacattgccacaaagattaaagtgttcaaagtctcacttgttagtgatcagaatggagataaaatagaagctcttggagtttgccattttgatacat 316  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26192153 cattacattgccacaaagactaaagtgttcaaggtctcacttgttagtgatgagaatggagataaaatggaagctcttggagtttgccattttgatacat 26192054  T
Q  317 ctgaatggaaccctaatcatattatattcaaacaacttgggattaaggctgggaggaattctccagtgtgtcactttttccctgtgaaccatcttatgtg 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26192053 ctgaatggaaccctaatcatattatattcaaacaacttgggattaaggctgggaagaattctccagtgtgtcactttttccctgtgaaccatcttatgtg 26191954  T
Q  417 gatcccaatgtagccatcccaaagccactatgtgaaatgagtttgtctatctagatttgtataataaaggttttatcaatcttaccaatgatgctggtga 516  Q
    ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26191953 gattccaatctagccatcccaaagccactatgtgaaatgagtttgtctatctagatttgtataataaaggttttatcaatcttaccaatgatgctggtga 26191854  T
Q  517 gtattgagtgatgaccaatttcctatttgtatgtattgttattgttacttgttttatgtataaattaagctcac 590  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  26191853 gtgttgagtgatgaccaatttcctatttgtatgtcttgttattgttacttgttttatgtaaatattaagctcac 26191780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 19 - 538
Target Start/End: Complemental strand, 26180072 - 26179555
Alignment:
Q  19 tctctagagtccatgctcgaatttgttgacacaattattggttcaaacgtcaaatatagtattctaaccacgagcaacccctcacccagaactacccctc 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||  |||||||| | | ||||  ||||||||||||||| | ||| |||||||| | | ||  ||||     
T  26180072 tctctagagtccatgctcgaatttgttaacacgatctttggttcagatgccaaaattagtattctaaccaccaacaaaccctcaccgacagctgtccctt 26179973  T
Q  119 tacaaaagtacaccgttttagaagtatcacatgatattgatgttcccaaatgggtagcttgtcatcccctcccatatccatatgccatttactattgcca 218  Q
    |||| ||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  26179972 tacagaagtacaccattttggaagtatcccatgatattgatgctccaaaatgggtagcttgtcatcccctctcatatccatatgccatttacttttgtca 26179873  T
Q  219 ttacattgccacaaagattaaagtgttcaaagtctcacttgttagtgatcagaatggagataaaatagaagctcttggagtttgccattttgatacatct 318  Q
    |||||| || |||  || || ||||||||| ||||| |||||  ||||| |||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||| || ||||||    
T  26179872 ttacatagctacagggactagagtgttcaaggtctcgcttgtcggtgatgagaatggagataaaatggaagctgttggaatttgccatttggacacatct 26179773  T
Q  319 gaatggaaccctaatcatattatattcaaacaacttgggattaaggctgggaggaattctccagtgtgtcactttttccctgtgaaccatcttatgtgga 418  Q
    || ||||||||  ||||||| ||||| |  || ||| | |||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||     
T  26179772 gattggaacccagatcatataatatttaggcagcttagcattaaggccgggaagaactctccagtgtgtcacttcttacctgtgaaccatcttctgtggg 26179673  T
Q  419 tcccaatgtagccatcccaaagccactatgtgaaatgagtttgtctatctagatttgtataataaaggttttatcaatcttaccaatgatgctggtgagt 518  Q
    | |||||| | || | | |||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || | ||||| | ||||||    
T  26179672 ttccaatgcaacc-ttcaaaagccaccatgtgaagtgagttggtctatctagacttgtataataaagg-tttatcaatctcactagtgatggttgtgagt 26179575  T
Q  519 attgagtgatgaccaatttc 538  Q
      ||||||||||||||||||    
T  26179574 gatgagtgatgaccaatttc 26179555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 22 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 26162272 - 26161740
Alignment:
Q  22 ctagagtccatgctcgaatttgttgacacaattattggttcaaacgtcaaatatagtattctaaccacgagcaacccctcacccagaactacccctctac 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||  ||| ||| |||||| || || | ||| |||||| | | | | | |||| |||    
T  26162272 ctagagtccatgctcgaatttgttgacacgatcattggttcatacgcgaaacataatattctcactaccaccaaaccctcatcgacagccatccctttac 26162173  T
Q  122 aaaagtacaccgttttagaagtatcacatgatattgatgttcccaaatgggtagcttgtcatcccctcccatatccatatgccatttactattgccatta 221  Q
    | || |||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  26162172 agaattacaccattttggaagtatcacatgatattgatgctcccaaatgggtagcttgtcatcccctctcatatccatatgccatttacttttgtcatta 26162073  T
Q  222 cattgccacaaagattaaagtgttcaaagtctcacttgttagtgatcagaatggagataaaatagaagctcttggagtttgccattttgatacatctgaa 321  Q
    ||| || |||  || || ||||||||| |||||||||||| |||||  ||||||||||||||| |||| | ||||| |||| ||||| || ||||||||     
T  26162072 catagctacagggactagagtgttcaaggtctcacttgttggtgatgcgaatggagataaaatggaagttgttggaatttgtcatttggacacatctgat 26161973  T
Q  322 tggaaccctaatcatattatattcaaacaacttgggattaaggctgggaggaattctccagtgtgtcactttttccctgtgaaccatcttatgtggatcc 421  Q
    ||||||||  |||||||| |||| |  || ||| || |||  ||||||| ||| |||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||| | |    
T  26161972 tggaacccagatcatattgtatttaggcagcttagggttaccgctgggaagaactctccaatgtgtcacttcttacctgtgaaccatcttatgtgggttc 26161873  T
Q  422 caatgtagccatcccaaagccactatgtgaaatgagtttgtctatctagatttgtataataaaggttttatcaatcttaccaatgatgctggtgagtatt 521  Q
    ||||| |||| | | |||||||| ||||||| |||||| ||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||| || | |||| || |||| |  |    
T  26161872 caatgcagcc-ttcaaaagccaccatgtgaagtgagttggtctatctaaacttgtataataaagg-tttatcaatctcactagtgatactagtgattgat 26161775  T
Q  522 gagtgatgaccaatttcctatttgtatgtattgtt 556  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||| |||||    
T  26161774 gagtgatgaccaatttcatgtttgtatgtcttgtt 26161740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 24 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 26175374 - 26175213
Alignment:
Q  24 agagtccatgctcgaatttgttgacacaattattggttcaaacgtcaaatatagtattctaaccacgagcaacccctcacccagaactacccctctacaa 123  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  26175374 agagcccatgcttgaatttgttgacacaattattagtttaaacgtcaaatatagtattctgaccaccagcaacccctcaaccagaactatccctctacaa 26175275  T
Q  124 aagtacaccgttttagaagtatcacatgatattgatgttcccaaatgggtagcttgtcatcc 185  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  26175274 aagtacaccattttagaagtatcacatgatattgatgttccctaatgggtagcttgtcatcc 26175213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 23 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 25929288 - 25928965
Alignment:
Q  23 tagagtccatgctcgaatttgttgacacaattattggttcaaacgtcaaatatagtattctaaccacgagcaacccctcacccagaactacccctctaca 122  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||  ||  |||  ||| | |||| || || | | |||||||||||    ||| |||||| ||    
T  25929288 tagagtccatgcttgaatttgttgacaaaataattggttccgactccaagcataatgttcttactaccacccacccctcaccctcggctatccctctcca 25929189  T
Q  123 aaagtacaccgttttagaagtatcacatgatattgatgttcccaaatgggtagcttgtcatcccctcccatatccatatgccatttactattgccattac 222  Q
    ||| |||||| ||||| ||||||||| ||| |||  |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  25929188 aaaatacaccattttaaaagtatcacgtgacattagtgttcccaaatgggtatcttgccatcccctcccatatccatatgccatttactattgtcattac 25929089  T
Q  223 attgccacaaagattaaagtgttcaaagtctcacttgttagtgatcagaatggagataaaatagaagctcttggagtttgccattttgatacatctgaat 322  Q
    || || |||   | ||  |||||||| |||||| | ||| |||||  |||||||||||||||||||||| | ||| | |||||||| ||||||||||| |    
T  25929088 atagctacaggaactagggtgttcaaggtctcattggttggtgatgtgaatggagataaaatagaagctgtaggaatgtgccatttggatacatctgatt 25928989  T
Q  323 ggaaccctaatcatattatattca 346  Q
    |||| ||  ||||||| |||||||    
T  25928988 ggaatccagatcatataatattca 25928965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 23 - 417
Target Start/End: Original strand, 25648635 - 25649029
Alignment:
Q  23 tagagtccatgctcgaatttgttgacacaattattggttcaaacgtcaaatatagtattctaaccacgagcaacccctcacccagaactacccctctaca 122  Q
    ||||||| |||||  |||||||||||||||| ||||||||| | | |||||||  |||||| || || | |||||| ||||||  | | | ||||||  |    
T  25648635 tagagtctatgcttaaatttgttgacacaataattggttcagaagccaaatatgatattctcacaaccaacaacccatcaccctcagccatccctctcta 25648734  T
Q  123 aaagtacaccgttttagaagtatcacatgatattgatgttcccaaatgggtagcttgtcatcccctcccatatccatatgccatttactattgccattac 222  Q
     || |||||| | || ||||||||| | |||||| |||   | ||||||||| |||| |||||| | ||||||||||||||  |||||  ||| ||| ||    
T  25648735 gaaatacaccatcttggaagtatcagacgatattaatgcatctaaatgggtatcttgccatcccatgccatatccatatgctgtttacggttgtcatcac 25648834  T
Q  223 attgccacaaagattaaagtgttcaaagtctcacttgttagtgatcagaatggagataaaatagaagctcttggagtttgccattttgatacatctgaat 322  Q
    || || |||  || |||||||||||| || ||  | ||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||| | || || || ||||||||||| |    
T  25648835 atagctacagggagtaaagtgttcaaggtatctttggttggtgatgagaatggagataaaatggaagctcttggaatgtgtcacttggatacatctgact 25648934  T
Q  323 ggaaccctaatcatattatattcaaacaacttgggattaaggctgggaggaattctccagtgtgtcactttttccctgtgaaccatcttatgtgg 417  Q
    |||||||| |||||    |||||||   |||  | || ||| |||||| ||||||| ||| ||||||||| || ||||| ||||||||| |||||    
T  25648935 ggaaccctgatcatgagttattcaagacactaagaatcaagcctgggaagaattcttcagcgtgtcacttctttcctgtaaaccatcttttgtgg 25649029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 103; Significance: 6e-51; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 6e-51
Query Start/End: Original strand, 23 - 337
Target Start/End: Original strand, 32189485 - 32189799
Alignment:
Q  23 tagagtccatgctcgaatttgttgacacaattattggttcaaacgtcaaatatagtattctaaccacgagcaacccctcacccagaactacccctctaca 122  Q
    ||||||||||||| ||||| |||| |||||| ||||||||| | | |||||||  |||||| || || |||||||| ||||||| ||| |||||||| ||    
T  32189485 tagagtccatgcttgaattcgttggcacaataattggttcagaagccaaatatgatattctcacaaccagcaacccatcacccacaaccacccctctcca 32189584  T
Q  123 aaagtacaccgttttagaagtatcacatgatattgatgttcccaaatgggtagcttgtcatcccctcccatatccatatgccatttactattgccattac 222  Q
     || |||||| |||| |||||||||| ||| ||| ||| ||| |||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||  ||| ||| ||    
T  32189585 gaaatacaccattttggaagtatcacctgacattaatgctccaaaatgggttgcttgccatcccatcccatatccatatgccatttacggttgtcatcac 32189684  T
Q  223 attgccacaaagattaaagtgttcaaagtctcacttgttagtgatcagaatggagataaaatagaagctcttggagtttgccattttgatacatctgaat 322  Q
    || || |||  || |||||||||||| || ||  | ||| || || |||||||||||||||| |||||||||||| | || ||||| ||||||||||  |    
T  32189685 atagctacagggagtaaagtgttcaaggtatctttggttggtaatgagaatggagataaaatggaagctcttggaatgtgtcatttggatacatctggtt 32189784  T
Q  323 ggaaccctaatcata 337  Q
    ||||||| |||||||    
T  32189785 ggaacccaaatcata 32189799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University